BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G22770.1
Length=3559
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg489126 jgi|Araly1|489126|fgenesh2_kg.6__2260__AT5G22770.2 5155 0.0
Ahg352355 jgi|Araly1|352355|fgenesh1_pg.C_scaffold_6002948 835 0.0
> Ahg489126 jgi|Araly1|489126|fgenesh2_kg.6__2260__AT5G22770.2
Length=3370
Score = 5155 bits (2791), Expect = 0.0
Identities = 3027/3141 (96%), Gaps = 16/3141 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 143 TTAGATCCGGTGCCGCGAGTTTGGATCTGCGCCGTGTGAGGCGGCGGAGCACGGTGGATT 202
||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 42 TTAGATCCGGTTTCGCCAGTTTGGATCTGCGCCGTGTGAGGCGGCGGAGGACGGTGGATC 101
Query 203 TGAGGATTTGGTTCAACCATGACCGGAATGAGAGGTCTCTCCGTATTTATCAGCGACGTT 262
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 102 TGAGGATTTGGTTCCACCATGACCGGAATGAGAGGTCTCTCCGTATTTATCAGCGACGTT 161
Query 263 CGTAATTGCCAGAACAAGGAAGCGGAGAGACTACGAGTTGATAAGGAGCTCGGAAACATT 322
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 162 CGTAATTGCCAGAACAAGGAAGCGGAGAGACTCCGAGTTGATAAGGAGCTTGGAAACATA 221
Query 323 CGTACATGCTTCAAGAATGAGAAGGTTTTGACACCATATAAAAAGAAGAAATATGTCTGG 382
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 222 CGTACATGCTTCAAGAATGACAAGGTTTTGACACCATATAAAAAGAAGAAATATGTCTGG 281
Query 383 AAAATGCTTTATATACATATGCTAGGCTACGATGTGGATTTTGGCCATATGGAGGCGGTT 442
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 282 AAAATGCTTTATATACATATGCTAGGCTACGATGTGGATTTTGGCCATATGGAGGCGGTT 341
Query 443 TCTCTTATATCTGCGCCAAAGTATCCAGAAAAGCAGGTTGGCTACATTGTTACATCTTGC 502
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 342 TCTCTTATATCTGCGCCAAAGTATCCAGAAAAGCAGGTTGGCTACATTGTTACATCTTGC 401
Query 503 TTGCTCAATGAGAACCATGACTTTTTGAAGTTGGCAATAAATACAGTGCGGAACGATATT 562
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 402 TTGCTCAATGAGAACCATGACTTTTTGAAGTTGGCAATAAATACAGTGCGGAACGATATT 461
Query 563 ATTGGTCGGAATGAGACTTTCCAGTGCCTAGCACTGACCTTGGTTGGAAATATCGGTGGA 622
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 462 ATTGGTCGGAATGAGACTTTCCAATGCCTAGCACTGACCTTGGTAGGAAATATTGGTGGA 521
Query 623 AGGGATTTTGCTGAATCATTGGCACCTGATGTTCAAAAGCTACTTATTTCTAGTAGTTGC 682
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 522 AGAGATTTTGCTGAATCATTGGCACCTGATGTTCAAAAGCTACTTATTTCTAGTAGTTGC 581
Query 683 AGACCTCTTGTAAGGAAAAAAGCAGCACTGTGCCTACTGCGCTTATTCCGAAAAAATCCT 742
|||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 582 AGACCTCTCGTAAGGAAAAAAGCGGCACTGTGCCTACTGCGCTTATTCCGAAAAAATCCG 641
Query 743 GATGCTGTCAACGTGGATGGCTGGGCGGATCGTATGGCACAACTTTTGGATGAACGAGAT 802
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 642 GATGCTGTCAACGTTGATGGCTGGGCGGATCGTATGGCACAACTTTTGGATGAACGAGAT 701
Query 803 CTTGGTGTCTTGACGTCTTCTACGAGTCTTCTTGTAGCTCTGGTATCTAATAATCATGAG 862
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 702 CTTGGTGTCTTGACGTCTTCTACGAGTCTTCTTGTAGCTCTGGTATCTAATAATCATGAG 761
Query 863 GCGTACTCAAGTTGTCTACCTAAATGTGTCAAAATATTAGAACGCCTTGCTAGGAACCAA 922
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 762 GCGTACTCAAGTTGTCTACCTAAATGTGTCAAAATATTAGAACGCCTTGCTAGGAACCAG 821
Query 923 GATGTTCCTCAGGAGTACACATACTATGGCATCCCATCTCCTTGGCTCCAGGTTAAGGCA 982
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 822 GATGTTCCTCAGGAGTACACATACTATGGCATCCCATCACCTTGGCTCCAGGTTAAGGCA 881
Query 983 ATGAGGGCTCTTCAATATTTCCCGACCATTGAAGATCCCAGTACCAGAAAAGCTCTGTTT 1042
|||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 882 ATGAGGGCTCTTCAATATTTTCCAACCATTGAAGATCCCAGTACCAGAAAAGCTCTCTTT 941
Query 1043 GAGGTCCTTCAGCGAATATTGATGGGGACAGATGTTGTGAAAAATGTGAATAAAAACAAT 1102
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 942 GAGGTCCTTCAGCGAATATTGATGGGGACAGATGTTGTGAAAAATGTGAATAAAAACAAT 1001
Query 1103 GCGTCTCATGCTGTGCTGTTTGAAGCTCTATCCCTGGTCATGCATCTTGATGCTGAGAAG 1162
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1002 GCGTCTCATGCTGTGCTGTTTGAAGCTCTATCCCTGGTCATGCATCTTGATGCTGAGAAG 1061
Query 1163 GAAATGATGTCACAGTGTGTTGCTCTTCTTGGCAAGTTTATTTCTGTCCGTGAGCCCAAC 1222
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1062 GAAATGATGTCACAGTGTGTTGCTCTTCTTGGCAAGTTTATTTCTGTCCGTGAGCCCAAC 1121
Query 1223 ATCAGATATCTAGGCTTGGAAAATATGACGCGGATGCTGATGGTCACAGATGTTCAAGAT 1282
||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1122 ATCAGATATCTGGGCTTGGAAAATATGACACGAATGCTGATGGTCACAGATGTTCAAGAT 1181
Query 1283 ATCATAAAGAAGCATCAGTCTCAGATAATCACCTCCTTGAAAGACCCTGACATCAGTATT 1342
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1182 ATCATAAAGAAGCATCAGTCTCAGATAATCACCTCCTTGAAAGACCCTGACATCAGTATT 1241
Query 1343 CGTAGGCGTGCTCTTGATTTATTATATGGGATGTGTGATGTGTCAAATGCAAAGGATATA 1402
||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1242 CGTAGACGTGCTCTTGATTTGCTATATGGGATGTGCGATGTGTCAAATGCAAAGGATATA 1301
Query 1403 GTCGAAGAGTTGCTGCAGTATCTTAGCACAGCAGAGTTTTCCATGCGGGAAGAATTATCA 1462
|||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1302 GTCGAAGAGTTGTTGCAGTATCTTAGCACAGCGGAATTTTCCATGCGGGAGGAATTATCA 1361
Query 1463 CTTAAAGCTGCTATCCTTGCTGAGAAGTTTGCTCCTGATCTATCATGGTATGTTGATGTG 1522
||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1362 CTTAAAGCTGCAATTCTTGCTGAGAAGTTTGCTCCTGATCTATCATGGTATGTAGATGTG 1421
Query 1523 ATCCTTCAGTTGATCGACAAGGCTGGGGATTTTGTTAGCGATGACATATGGTTTCGTGTG 1582
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 1422 ATCCTTCAGTTAATCGACAAGGCTGGGGATTTTGTTAGCGACGACATTTGGTTTCGTGTG 1481
Query 1583 GTTCAGTTTGTAACAAATAATGAAGACCTGCAGCCTTACGCCGCGTCAAAAGCAAGAGAA 1642
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 1482 GTTCAGTTTGTAACAAATAATGAAGACCTCCAGCCTTATGCCGCATCAAAAGCAAGAGAA 1541
Query 1643 TATTTGGACAAAATCGCAATACATGAGACTATGGTGAAGGTCAGTGCTTATATTTTGGGG 1702
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1542 TATTTGGACAAAATTGCAATACATGAGACCATGGTGAAGGTCAGTGCTTATATTTTGGGG 1601
Query 1703 GAGTATGGTCACCTTCTAGCTAGACAACCTGGATGCAGTGCAAGTGAACTCTTTAGCATC 1762
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1602 GAGTATGGTCACCTTCTAGCTCGACAACCTGGATGCAGTGCAAGTGAACTCTTTAGCATC 1661
Query 1763 TTACATGAGAAGCTTCCTACAATATCGACTCCCACCATTCCTATTCTTCTTTCCACATAT 1822
||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1662 TTACATGAGAAGCTTCCCACAGTATCGACTCCCACCATTCCTATACTTCTTTCCACATAT 1721
Query 1823 GCAAAGCTTCTTATGCACGCTCAACCCCCGGATCCAGAACTGCaaaaaaaaGTTTGGGCT 1882
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1722 GCAAAGCTTCTTATGCACACTCAACCCCCGGATCCAGAACTGCAAAAAAAAATTTGGGCT 1781
Query 1883 GTATTTAAGAAATATGAGAGTTGTATCGATGTGGAGATACAACAGAGGGCAGTTGAATAT 1942
|||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1782 GTATTTCAGAAGTATGAGAGTTGTATTGATGTGGAGATACAACAGAGGGCAGTTGAATAT 1841
Query 1943 TTTGAATTGAGTAAAAAAGGGCCTGCCTTTATGGATGTATTGGCTGAGATGCCAAAATTT 2002
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1842 TTTGAATTGAGTAAAAAAGGGCCTGCCTTTATGGATGTATTGGCTGAGATGCCAAAATTT 1901
Query 2003 CCGGAGCGCCAGTCTTCATTGATTAAAAAGGCAGAAAACGTTGAAGATACCGCAGACCAG 2062
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1902 CCGGAGCGCCAGTCTTCATTGATAAAAAAGGCAGAAAACGTGGAAGATACCGCAGACCAG 1961
Query 2063 AGTGCCATCAAACTTAGAGCACAACAACAGCCTTCAAATGCTATGGTTTTGGCTGACCAA 2122
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 1962 AGTGCCATCAAGCTTAGAGCACAACAACAGCCTTCAAATGCTTTGGTTTTGGCTGACCCA 2021
Query 2123 CAGCCTGTTAATGGGGCACCACCACCTTTGAAGGTTCCAATTTTAAGTGGAAGCACGG-A 2181
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 2022 CAGCCTGTTAATGGGGCACCCCCACCTTTGAAGGTTCCAATTGTAAGTGGAAGCACGGGA 2081
Query 2182 CCCTGAGTCAGTGGCTCGATCTCTCTCACATCCCAATGGAACTTTAAGTAATATAGATCC 2241
||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2082 CCCC-AGTCAGTGGCTCGATCTCTCTCTCATCCTAATGGAACTTTAAGTAATATAGATCC 2140
Query 2242 ACAAACTCCATCACCTGATCTCCTTAGTGACCTACTCGGTCCTCTTGCAATAGAGGCTCC 2301
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2141 ACAAACTCCATCACCTGATCTCCTTAGTGACCTGCTCGGTCCTCTTGCAATAGAGGCTCC 2200
Query 2302 ACCTGGAGCTGTCTCAAATGAACAACATGGTCCCGTAGGGGCAGAAGGAGTTCCAGATGA 2361
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2201 TCCTGGAGCTGTCTCAAATGAACAACATGGTCCCATAGGGGCAGAAGGAGTACCAGATGA 2260
Query 2362 AGTTGATGGTTCCGCCATTGTACCTGTTGAAGAGCAAACCAA-TACAGTGGAGCTTATCG 2420
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||
Sbjct 2261 AGTTGGTGGTTCCGCCATTGTACCTGTTGAAGAGCAA-CCAAATACAGTGGAGCTTATCG 2319
Query 2421 GAAATATTGCTGAGAGATTTCATGCTTTATGTTTGAAAGACAGTGGTGTCTTATACGAGG 2480
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2320 GAAATATTGCCGAGAGATTTCATGCTTTATGTTTGAAAGACAGTGGTGTCTTATACGAGG 2379
Query 2481 ATCCTCATATCCAGATTGGCATCAAAGCTGAATGGAGAGGACACCATGGTAGACTTGTTC 2540
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||
Sbjct 2380 ATCCTCATATCCAGATTGGCATCAAAGCTGAATGGAGAGGGCATCATGGGAGACTTGTTC 2439
Query 2541 TCTTCATGGGAAACAAGAATACTTCTCCACTTACATCAGTTCAAGCTCTGATACTACCCC 2600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2440 TCTTCATGGGAAACAAGAATACTTCTCCACTTACATCAGTTCAAGCTCTGATACTACCCC 2499
Query 2601 CTGCCCACTTAAGACTGGATCTGTCTCCAGTACCTGATACAATTCCTCCTCGAGCACAGG 2660
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2500 CTGCCCATTTAAGACTGGATCTGTCTCCAGTACCTGATACAATTCCTCCTCGAGCACAGG 2559
Query 2661 TACAATCTCCACTTGAAGTGATGAACATCCGCCCTAGCAGGGATGTTGCGGTTTTGGATT 2720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2560 TACAATCTCCACTTGAAGTGATGAACATCCGCCCTAGTAGGGATGTTGCAGTTTTGGATT 2619
Query 2721 TCTCTTACAAGTTTGGTGCAAACGTGGTCAGTGCCAAATTACGGATCCCAGCAACCTTAA 2780
|||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |
Sbjct 2620 TCTCCTACAAGTTTGGTACAAACGTGGTCAGTGCCAAATTACGGATCCCGGCAACTTTGA 2679
Query 2781 ATAAGTTTCTTCAACCTCTACAATTGACATCTGAAGAGTTCTTCCCGCAATGGAGAGCAA 2840
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2680 ATAAGTTTCTTCAACCGCTACAATTGACATCTGAAGAGTTCTTCCCTCAATGGAGAGCAC 2739
Query 2841 TCTCAGGTCCACCCTTGAAACTTCAGGAAGTGGTTAGAGGTGTAAGACCTCTAGCTCTTC 2900
| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2740 TTTCAGGGCCACCCTTGAAACTTCAGGAAGTTGTTAGAGGTGTAAGACCTCTAGCTCTTC 2799
Query 2901 CGGAAATGGCAAATCTGTTCAACAGTTTTCATGTGACGATATGCCCTGGGCTTGATCCAA 2960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2800 CGGAAATGGCAAATCTGTTCAACAGTTTTCATGTGACGATATGCCCTGGGCTTGATCCAA 2859
Query 2961 ACCCTAATAATCTAGTGGCAAGTACAACCTTCTACTCTGAAAGTACAGGAGCCATTCTCT 3020
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2860 ACCCTAATAATCTAGTGGCAAGCACAACCTTCTACTCTGAAAGTACAGGAGCCATGCTCT 2919
Query 3021 GTTTGGCAAGAATAGAAACAGACCCAGCGGACAGAACCCAATTGCGAATGACAGTAGGCA 3080
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2920 GTTTGGCAAGAATTGAAACAGACCCAGCGGACAGAACCCAATTGCGAATGACAGTAGGCT 2979
Query 3081 CGGGAGATCCTACCCTTACATTTGAGTTGAAAGAATTTATCAAGGAACAACTAATTACTG 3140
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2980 CGGGAGATCCTACCCTTACATTTGAGTTAAAAGAATTCATCAAGGAACAACTAATTACTA 3039
Query 3141 TCCCAATGGGATCTCGAGCTTTAGTTCCAGCAGCAGGT-C--CA---------GCACCAC 3188
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | || |||||||
Sbjct 3040 TCCCAATGGGATCTCGAGCTCTAGTTCCAGCAGCAGGTTCAGCACCATCACCAGCACCAC 3099
Query 3189 CTGTAGCTCAACCGCCAAGCCCAGCGGCTTTAGCTGATGATCCAGGAGCTATGCTCGCTG 3248
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3100 CTGTAGCTCAACCGCCTAGCCCAGCGGCTTTAGCTGATGATCCAGGAGCTATGCTTGCTG 3159
Query 3249 GCTTACTTTAAATTCATTGGG 3269
||||||||||| |||||||||
Sbjct 3160 GCTTACTTTAATTTCATTGGG 3180
Score = 76.8 bits (41), Expect = 1e-12
Identities = 41/41 (100%), Gaps = 0/41 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 9 CTTCTCCAAAGATCAGTCTCTCCTTTTGAATTTCTTCGATT 49
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CTTCTCCAAAGATCAGTCTCTCCTTTTGAATTTCTTCGATT 41
> Ahg352355 jgi|Araly1|352355|fgenesh1_pg.C_scaffold_6002948
Length=1722
Score = 835 bits (452), Expect = 0.0
Identities = 541/579 (93%), Gaps = 26/579 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 765 GGGCGGATCGTATGGCACAACTTTTGGATGAACGAGATCTTGGTGTCTTGACGTCTTCTA 824
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 158 GGGCGGATCGTATGGCACAACTTTTGGATGAACGAGATCTTGGTGTCTTGGCGTCTTCTA 217
Query 825 CGAGTCTTCTTGTAGCTCTGGTATCTAATAATCATGAGGCGTACTCAAGTTGTCTACCTA 884
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 218 CGAGTCTTCTTGTAGCTCTGGTATCTAATAATCATGAGGCGTACTCAAGTTGTCTACCTA 277
Query 885 AATGTGTCAAAATATTAGAACGCCTTGCTAGGAACCAAGATGTTCCTCAGGAGTACACAT 944
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 278 AATATGTCAAAATATTAGAACGCCTTGCTAGGAACCAGGATGTTCCTCAGGAGTACACAT 337
Query 945 ACTATGGCATCCCATCTCCTTGGCTCCAGGTTAAGGCAATGAGGGCTCTTCAATATTTCC 1004
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 338 ACTCTGGCATCCCATCTCCTTGGCTCCAGGTTAAGGCAATGAGGGCTCTTCAATATTTTC 397
Query 1005 CGACCATTGAAGATCCCAGTACCAGAAAAGCTCTGTTTGAGGTCCTTCAGCGAATATTGA 1064
| |||||||||| | | | | | | |||||||||| ||||||||
Sbjct 398 CAACCATTGAAG-----A-T--C-------C-C------A-GTCCTTCAGC-AATATTGA 433
Query 1065 TGGGGACAGATGTTGTGAAAAATGTGAATAAAAACAATGCGTCTCATGCTGTGCTGTTTG 1124
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 434 TGGGGACAGATGTTGTGAAAAATGTGAATAAAAACAATGCGTCTCATGTTGTGCTGTTTG 493
Query 1125 AAGCTCTATCCCTGGTCATGCATCTTGATGCTGAGAAGGAAATGATGTCACAGTGTGTTG 1184
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 494 AAGCTCTATCCCTGGTCATGCATCTTGATGCTGAGAAGGAAATGATGTCACAGTGTGTTG 553
Query 1185 CTCTTCTTGGCAAGTTTATTTCTGTCCGTGAGCCCAACATCAGATATCTAGGCTTGGAAA 1244
|| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 554 CTTTTCTTGGCAAATTTATTTCGGTCCGTGAGCCCAACATCAGATATCTAGGCTTGGAAA 613
Query 1245 ATATGACGCGGATGCTGATGGTCACAGATGTTCAAGATATCATAAAGAAGCATCAGTCTC 1304
||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 614 ATATGACACGAATGCTGATGGTCACAGATGTTCAAGATATCATAAAGAAGCATCAGTCTC 673
Query 1305 AGATAATCACCTCCTTGAAAGACCCTGACATCAGTATTC 1343
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 674 AGATAATCACCTCCTT-AAAGACCCTGACATCAG-ATTC 710
Score = 527 bits (285), Expect = 2e-148
Identities = 319/336 (95%), Gaps = 0/336 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1960 AGGGCCTGCCTTTATGGATGTATTGGCTGAGATGCCAAAATTTCCGGAGCGCCAGTCTTC 2019
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1257 AGGGGCTGCCTTTATGGATGTATTGGCTGAGATGCCAAAATTTCCCGAGCGCCAGTCTTC 1316
Query 2020 ATTGATTAAAAAGGCAGAAAACGTTGAAGATACCGCAGACCAGAGTGCCATCAAACTTAG 2079
|||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1317 ATTGATAAAAAAGGCAGAATATGTTGAAGATACCGCAGACCAGAGTGCCATCAAGCTTAG 1376
Query 2080 AGCACAACAACAGCCTTCAAATGCTATGGTTTTGGCTGACCAACAGCCTGTTAATGGGGC 2139
||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1377 AGCACAACAACAGCCTTCAAATGCTTTTGTTTTGGCTGACCCACAGCCTGTTAATGGGGC 1436
Query 2140 ACCACCACCTTTGAAGGTTCCAATTTTAAGTGGAAGCACGGACCCTGAGTCAGTGGCTCG 2199
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1437 ACCACCACCTTTGAAGGTTCCAATTTTAAGTGGAAGCACGGACCCCGAGTCAGTGGCTCG 1496
Query 2200 ATCTCTCTCACATCCCAATGGAACTTTAAGTAATATAGATCCACAAACTCCATCACCTGA 2259
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 ATCTGTCTCACATCCCAATGGACCTTTAAGTAATATAGATCCACAAACTCCATCACCTGA 1556
Query 2260 TCTCCTTAGTGACCTACTCGGTCCTCTTGCAATAGA 2295
||| || |||||||| |||| ||||||||| |||||
Sbjct 1557 TCTGCTAAGTGACCTGCTCGTTCCTCTTGCGATAGA 1592
Score = 429 bits (232), Expect = 7e-119
Identities = 264/280 (94%), Gaps = 0/280 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1336 CAGTATTCGTAGGCGTGCTCTTGATTTATTATATGGGATGTGTGATGTGTCAAATGCAAA 1395
|||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 732 CAGTATTCGTAGACGTGATCTTGATTTGCTATATGGGATGTGCGATGTGTCAAATGCAAA 791
Query 1396 GGATATAGTCGAAGAGTTGCTGCAGTATCTTAGCACAGCAGAGTTTTCCATGCGGGAAGA 1455
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| ||
Sbjct 792 GGATATAGTCGAAGAGTTGTTGCAGTATCTTAGCACAATGGAGTTTTCTATGCAGGAGGA 851
Query 1456 ATTATCACTTAAAGCTGCTATCCTTGCTGAGAAGTTTGCTCCTGATCTATCATGGTATGT 1515
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 852 ATTATCACTTAAAGCTGCTATCCTTGCTGAGAAGTTTGCTCCTGATCTATCATGGTATGT 911
Query 1516 TGATGTGATCCTTCAGTTGATCGACAAGGCTGGGGATTTTGTTAGCGATGACATATGGTT 1575
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 912 CGATGTGATCCTTCAGTTGATCGACAAGGCTGGGGATTTTGTTAGCGACGACATTTGGTT 971
Query 1576 TCGTGTGGTTCAGTTTGTAACAAATAATGAAGACCTGCAG 1615
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 972 TCGTGTGGTTCAGTTTGTAACAAATAATGAAGACCTCCAG 1011
Score = 392 bits (212), Expect = 9e-108
Identities = 239/252 (95%), Gaps = 1/252 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1680 AGGTCAGTGCTTATATTTTGGGGGAGTATGGTCACCTTCTAGCTAGACAACCTGGATGCA 1739
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 1010 AGGTCAGTGCTTATATTTTGGGGGAGTATGGTCACCTTCTTTCTCGACAACCTGGATGCA 1069
Query 1740 GTGCAAGTGAACTCTTTAGCATCTTACATGAGAAGCTTCCTACAATATCGACTCCCACCA 1799
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 1070 GTGCAAGTGAACTCTTTAGCATCTTACATGAGAAGCTTCCCACAGTATCGACTCCCACCA 1129
Query 1800 TTCCTATTCTTCTTTCCACATATGCAAAGCTTCTTATGCACGCTCAACCCCCGGATCCAG 1859
||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1130 TTCCTATACTTCTTTCCACATATGCAACGCTTCTTATGCACACTCAACCCCCGGATCCAG 1189
Query 1860 AACTGCaaaaaaaaGTTTGGGCTGTATTTAAGAAATATGAGAGTTGTATCGATGTGGAGA 1919
|||||||||| |||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1190 AACTGCAAAATAAAGTT-GGGCTGTATTTCAGAAGTATGAGAGTTGTATTGATGTGGAGA 1248
Query 1920 TACAACAGAGGG 1931
||||||||||||
Sbjct 1249 TACAACAGAGGG 1260
Score = 156 bits (84), Expect = 1e-36
Identities = 90/93 (97%), Gaps = 0/93 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2321 GAACAACATGGTCCCGTAGGGGCAGAAGGAGTTCCAGATGAAGTTGATGGTTCCGCCATT 2380
||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1591 GAACAACATGGTCCCATAGGGGTAGAAGGAGTTCCAGATGAAGTTGATGGTTCCGCCATT 1650
Query 2381 GTACCTGTTGAAGAGCAAACCAATACAGTGGAG 2413
|||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1651 GTACCTGTTGAAGAGCAAACAAATACAGTGGAG 1683
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 134419347836
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5