BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G22780.1
Length=3509
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg489126 jgi|Araly1|489126|fgenesh2_kg.6__2260__AT5G22770.2 5251 0.0
Ahg352355 jgi|Araly1|352355|fgenesh1_pg.C_scaffold_6002948 830 0.0
> Ahg489126 jgi|Araly1|489126|fgenesh2_kg.6__2260__AT5G22770.2
Length=3370
Score = 5251 bits (2843), Expect = 0.0
Identities = 3045/3142 (97%), Gaps = 15/3142 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 144 TTAGATCCGGTTTCGCGAGTTCGGATCTGCGCCGTGTGAGGCGGTGGAGGACGGTGGATC 203
|||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 42 TTAGATCCGGTTTCGCCAGTTTGGATCTGCGCCGTGTGAGGCGGCGGAGGACGGTGGATC 101
Query 204 TGAGGACTCT-GTTCCACCATGACCGGAATGAGAGGTCTCTCCGTATTTATCAGCGACGT 262
|||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 102 TGAGGA-TTTGGTTCCACCATGACCGGAATGAGAGGTCTCTCCGTATTTATCAGCGACGT 160
Query 263 TCGTAATTGTCAGAACAAGGAAGCGGAGAGACTACGAGTTGATAAGGAGCTCGGAAACAT 322
||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 161 TCGTAATTGCCAGAACAAGGAAGCGGAGAGACTCCGAGTTGATAAGGAGCTTGGAAACAT 220
Query 323 TCGTACATGCTTCAAGAATGAGAAGGTCTTAACACCATACAAAAAGAAGAAATATGTCTG 382
|||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 221 ACGTACATGCTTCAAGAATGACAAGGTTTTGACACCATATAAAAAGAAGAAATATGTCTG 280
Query 383 GAAAATGCTTTATATACATATGCTAGGCTACGATGTGGATTTTGGCCATATGGAGGCAGT 442
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 281 GAAAATGCTTTATATACATATGCTAGGCTACGATGTGGATTTTGGCCATATGGAGGCGGT 340
Query 443 TTCTCTTATATCTGCGCCAAAGTATCCAGAAAAGCAGGTTGGCTACATTGTTACATCTTG 502
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 341 TTCTCTTATATCTGCGCCAAAGTATCCAGAAAAGCAGGTTGGCTACATTGTTACATCTTG 400
Query 503 CTTGCTCAATGAGAACCATGACTTTTTGAAGTTGGCTATAAATACAGTGCGGAACGATAT 562
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 401 CTTGCTCAATGAGAACCATGACTTTTTGAAGTTGGCAATAAATACAGTGCGGAACGATAT 460
Query 563 TATTGGTCGGAATGAGACTTTCCAATGCTTAGCACTGACCTTGGTTGGAAATATTGGTGG 622
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 461 TATTGGTCGGAATGAGACTTTCCAATGCCTAGCACTGACCTTGGTAGGAAATATTGGTGG 520
Query 623 AAGAGATTTTGCTGAATCATTGGCACCTGATGTTCAAAAGCTACTTATTTCTAGTAGTTG 682
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 521 AAGAGATTTTGCTGAATCATTGGCACCTGATGTTCAAAAGCTACTTATTTCTAGTAGTTG 580
Query 683 CAGACCTCTCGTAAGGAAAAAAGCGGCACTGTGCCTACTGCGCTTATTCCGAAAAAATCC 742
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 581 CAGACCTCTCGTAAGGAAAAAAGCGGCACTGTGCCTACTGCGCTTATTCCGAAAAAATCC 640
Query 743 GGATGCTGTCAACGTTGATGGCTGGGCGGATCGTATGGCACAACTTTTGGATGAACGAGA 802
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 641 GGATGCTGTCAACGTTGATGGCTGGGCGGATCGTATGGCACAACTTTTGGATGAACGAGA 700
Query 803 TCTTGGTGTCTTGACGTCTTCTACGAGTCTTCTTGTAGCTCTGGTATCTAACAATCATGA 862
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 701 TCTTGGTGTCTTGACGTCTTCTACGAGTCTTCTTGTAGCTCTGGTATCTAATAATCATGA 760
Query 863 GGCGTACTCAAGTTGTCTACCTAAATGTGTCAAAATATTAGAACGCCTTGCTAGGAACCA 922
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 761 GGCGTACTCAAGTTGTCTACCTAAATGTGTCAAAATATTAGAACGCCTTGCTAGGAACCA 820
Query 923 GGATGTTCCTCAGGAGTACACATACTATGGCATCCCATCTCCTTGGCTCCAGGTTAAGGC 982
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 821 GGATGTTCCTCAGGAGTACACATACTATGGCATCCCATCACCTTGGCTCCAGGTTAAGGC 880
Query 983 AATGAGGGCTCTTCAATATTTTCCAACCATTGAAGATCCCAGTACCAGAAAAGCTCTCTT 1042
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 881 AATGAGGGCTCTTCAATATTTTCCAACCATTGAAGATCCCAGTACCAGAAAAGCTCTCTT 940
Query 1043 TGAGGTCCTTCAGCGAATATTGATGGGCACAGATGTTGTGAAAAATGTGAATAAAAACAA 1102
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 941 TGAGGTCCTTCAGCGAATATTGATGGGGACAGATGTTGTGAAAAATGTGAATAAAAACAA 1000
Query 1103 TGCGTCTCATGCCGTGCTGTTTGAAGCTCTCTCCCTGGTCATGCATCTTGATGCTGAGAA 1162
|||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1001 TGCGTCTCATGCTGTGCTGTTTGAAGCTCTATCCCTGGTCATGCATCTTGATGCTGAGAA 1060
Query 1163 GGAAATGATGTCACAGTGTGTTGCTCTTCTTGGCAAGTTTATTTCTGTCCGTGAGCCCAA 1222
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1061 GGAAATGATGTCACAGTGTGTTGCTCTTCTTGGCAAGTTTATTTCTGTCCGTGAGCCCAA 1120
Query 1223 CATCAGATATCTAGGCTTGGAAAATATGACGCGAATGCTGATGGTCACAGATGTTCAAGA 1282
|||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1121 CATCAGATATCTGGGCTTGGAAAATATGACACGAATGCTGATGGTCACAGATGTTCAAGA 1180
Query 1283 TATCATAAAGAAGCATCAGTCTCAGATAATCACCTCGTTGAAAGACCCTGACATCAGTAT 1342
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1181 TATCATAAAGAAGCATCAGTCTCAGATAATCACCTCCTTGAAAGACCCTGACATCAGTAT 1240
Query 1343 TCGTAGACGCGCTCTTGATTTGCTATATGGGATGTGCGATGTGTCAAATGCAAAGGATAT 1402
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1241 TCGTAGACGTGCTCTTGATTTGCTATATGGGATGTGCGATGTGTCAAATGCAAAGGATAT 1300
Query 1403 AGTTGAAGAGTTGTTGCAGTATCTTAGCACAGCAGAATTTTCTATGCGGGAGGAATTATC 1462
||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1301 AGTCGAAGAGTTGTTGCAGTATCTTAGCACAGCGGAATTTTCCATGCGGGAGGAATTATC 1360
Query 1463 ACTTAAAGCTGCTATTCTTGCTGAGAAGTTTGCTCCTGATCTTTCATGGTATGTAGATGT 1522
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1361 ACTTAAAGCTGCAATTCTTGCTGAGAAGTTTGCTCCTGATCTATCATGGTATGTAGATGT 1420
Query 1523 GATCCTTCAGTTGATCGACAAGGCTGGGGATTTTGTTAGCGATGACATTTGGTTTCGTGT 1582
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1421 GATCCTTCAGTTAATCGACAAGGCTGGGGATTTTGTTAGCGACGACATTTGGTTTCGTGT 1480
Query 1583 GGTTCAGTTTGTAACAAATAATGAAGACCTGCAGCCTTATGCGGCATCAAAAGCAAGAGA 1642
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1481 GGTTCAGTTTGTAACAAATAATGAAGACCTCCAGCCTTATGCCGCATCAAAAGCAAGAGA 1540
Query 1643 ATATATGGACAAAATTGCAATCCATGAGACCATGGTGAAGGTCAGTGCTTATATTTTGGG 1702
|||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1541 ATATTTGGACAAAATTGCAATACATGAGACCATGGTGAAGGTCAGTGCTTATATTTTGGG 1600
Query 1703 GGAGTATGGTCACCTTTTAGCTAGACAACCTGGATGCAGTGCAAGTGAACTCTTTAGCAT 1762
|||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1601 GGAGTATGGTCACCTTCTAGCTCGACAACCTGGATGCAGTGCAAGTGAACTCTTTAGCAT 1660
Query 1763 CTTACATGAGAAGCTTCCTACAGTATCGACTCCCACCATTCCTATTCTTCTTTCTACATA 1822
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 1661 CTTACATGAGAAGCTTCCCACAGTATCGACTCCCACCATTCCTATACTTCTTTCCACATA 1720
Query 1823 TGCAAAGCTTCTTATGCACGCTCAACCCCCGGATCCAGAACTGCaaaaaaaaGTTTGGGC 1882
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1721 TGCAAAGCTTCTTATGCACACTCAACCCCCGGATCCAGAACTGCAAAAAAAAATTTGGGC 1780
Query 1883 TGTATTTAAGAAATATGAGAGTTGTATCGATGTGGAGATACAACAGAGGGCAGTTGAATA 1942
||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1781 TGTATTTCAGAAGTATGAGAGTTGTATTGATGTGGAGATACAACAGAGGGCAGTTGAATA 1840
Query 1943 TTTTGAATTGAGTAAAAAAGGGCCTGCCTTTATGGATGTATTGGCTGAGATGCCAAAATT 2002
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1841 TTTTGAATTGAGTAAAAAAGGGCCTGCCTTTATGGATGTATTGGCTGAGATGCCAAAATT 1900
Query 2003 TCCGGAGCGCCAGTCTTCATTGATTAAAAAGGCAGAAAACGTTGAAGATACCGCAGACCA 2062
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1901 TCCGGAGCGCCAGTCTTCATTGATAAAAAAGGCAGAAAACGTGGAAGATACCGCAGACCA 1960
Query 2063 GAGTGCCATCAAACTTAGAGCACAACAACAGCCTTCAAATGCTATTG-TTTTGGCTGACC 2121
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 1961 GAGTGCCATCAAGCTTAGAGCACAACAACAGCCTTCAAATGCT-TTGGTTTTGGCTGACC 2019
Query 2122 CACAGCCTGTTAATGGGGCACCACCACCTTTGAAGGTTCCAATTTTAAGTGGAAGCACGG 2181
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2020 CACAGCCTGTTAATGGGGCACCCCCACCTTTGAAGGTTCCAATTGTAAGTGGAAGCACGG 2079
Query 2182 -ACCCTGAGTCAGTGGCTCGATCTCTCTCACATCCCAATGGAACTTTAAGTAATATAGAT 2240
|||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2080 GACCCC-AGTCAGTGGCTCGATCTCTCTCTCATCCTAATGGAACTTTAAGTAATATAGAT 2138
Query 2241 CCACAAACTCCATCACCTGATCTCCTTAGTGACCTACTCGGTCCTCTTGCAATAGAGGCT 2300
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2139 CCACAAACTCCATCACCTGATCTCCTTAGTGACCTGCTCGGTCCTCTTGCAATAGAGGCT 2198
Query 2301 CCACCTGGAGCTGTCTCATATGAACAACATGGTCCCGTAGGGGCAGAAGGAGTTCCAGAT 2360
|| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2199 CCTCCTGGAGCTGTCTCAAATGAACAACATGGTCCCATAGGGGCAGAAGGAGTACCAGAT 2258
Query 2361 GAAATTGATGGTTCCGCCATTGTACCTGTTGAAGAGCAAACAAATACAGTGGAGCTTATC 2420
||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2259 GAAGTTGGTGGTTCCGCCATTGTACCTGTTGAAGAGCAACCAAATACAGTGGAGCTTATC 2318
Query 2421 GGAAATATTGCTGAGAGATTTCATGCTTTATGTTTGAAAGACAGTGGTGTCTTATACGAG 2480
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2319 GGAAATATTGCCGAGAGATTTCATGCTTTATGTTTGAAAGACAGTGGTGTCTTATACGAG 2378
Query 2481 GATCCTCATATCCAGATTGGCATCAAAGCTGAATGGAGAGGACACCATGGGAGACTTGTT 2540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 2379 GATCCTCATATCCAGATTGGCATCAAAGCTGAATGGAGAGGGCATCATGGGAGACTTGTT 2438
Query 2541 CTCTTCATGGGAAACAAGAATACTTCTCCACTTACATCAGTTCAAGCTCTGATACTACCC 2600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2439 CTCTTCATGGGAAACAAGAATACTTCTCCACTTACATCAGTTCAAGCTCTGATACTACCC 2498
Query 2601 CCTGCCCACTTAAGACTGGATCTGTCTCCAGTACCTGATACAATTCCTCCTCGAGCACAG 2660
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2499 CCTGCCCATTTAAGACTGGATCTGTCTCCAGTACCTGATACAATTCCTCCTCGAGCACAG 2558
Query 2661 GTACAATCTCCGCTTGAAGTGATGAACATCCGCCCTAGTAGGGATGTTGCAGTTTTGGAT 2720
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2559 GTACAATCTCCACTTGAAGTGATGAACATCCGCCCTAGTAGGGATGTTGCAGTTTTGGAT 2618
Query 2721 TTCTCCTACAAGTTTGGTACAAACGTGGTCAGTGCCAAATTACGCATCCCGGCAACCTTG 2780
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 2619 TTCTCCTACAAGTTTGGTACAAACGTGGTCAGTGCCAAATTACGGATCCCGGCAACTTTG 2678
Query 2781 AATAAGTTTCTTCAACCTCTACAATTGACATCTGAAGAGTTCTTCCCTCAATGGAGAGCA 2840
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2679 AATAAGTTTCTTCAACCGCTACAATTGACATCTGAAGAGTTCTTCCCTCAATGGAGAGCA 2738
Query 2841 ATCTCAGGGCCACCCTTGAAACTTCAGGAAGTGGTAAGAGGTGTAAGACCTCTAGCTCTT 2900
| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739 CTTTCAGGGCCACCCTTGAAACTTCAGGAAGTTGTTAGAGGTGTAAGACCTCTAGCTCTT 2798
Query 2901 CCGGAAATGGCAAATCTGTTCAACAGTTTTCATGTGACGATATGCCCTGGGCTTGATCCA 2960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2799 CCGGAAATGGCAAATCTGTTCAACAGTTTTCATGTGACGATATGCCCTGGGCTTGATCCA 2858
Query 2961 AACCCTAATAATCTAGTGGCAAGCACAACCTTCTACTCTGAAACTACAGGAGCCATGCTC 3020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2859 AACCCTAATAATCTAGTGGCAAGCACAACCTTCTACTCTGAAAGTACAGGAGCCATGCTC 2918
Query 3021 TGTTTGGCAAGAATTGAAACAGACCCAGCGGACAGAACCCAACTACGATTGACAGTAGGC 3080
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||
Sbjct 2919 TGTTTGGCAAGAATTGAAACAGACCCAGCGGACAGAACCCAATTGCGAATGACAGTAGGC 2978
Query 3081 TCGGGAGATCCTACCCTTACATTTGAGTTAAAAGAATTCATCAAGGAACAATTAATTACT 3140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2979 TCGGGAGATCCTACCCTTACATTTGAGTTAAAAGAATTCATCAAGGAACAACTAATTACT 3038
Query 3141 ATTCCAATGGGATCTCGAGCTCTAGTTCCAGCAGCAGGTCCAGCACCATCACCAGCA--- 3197
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3039 ATCCCAATGGGATCTCGAGCTCTAGTTCCAGCAGCAGGTTCAGCACCATCACCAGCACCA 3098
Query 3198 ---GT---TCAACCGCCTAGCCCAGCGGCTTTAGCTGATGATCCAGGAGCTATGCTTGCT 3251
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3099 CCTGTAGCTCAACCGCCTAGCCCAGCGGCTTTAGCTGATGATCCAGGAGCTATGCTTGCT 3158
Query 3252 GGCTTACTTTAAATTCATTGGG 3273
|||||||||||| |||||||||
Sbjct 3159 GGCTTACTTTAATTTCATTGGG 3180
> Ahg352355 jgi|Araly1|352355|fgenesh1_pg.C_scaffold_6002948
Length=1722
Score = 830 bits (449), Expect = 0.0
Identities = 540/579 (93%), Gaps = 26/579 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 766 GGGCGGATCGTATGGCACAACTTTTGGATGAACGAGATCTTGGTGTCTTGACGTCTTCTA 825
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 158 GGGCGGATCGTATGGCACAACTTTTGGATGAACGAGATCTTGGTGTCTTGGCGTCTTCTA 217
Query 826 CGAGTCTTCTTGTAGCTCTGGTATCTAACAATCATGAGGCGTACTCAAGTTGTCTACCTA 885
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 218 CGAGTCTTCTTGTAGCTCTGGTATCTAATAATCATGAGGCGTACTCAAGTTGTCTACCTA 277
Query 886 AATGTGTCAAAATATTAGAACGCCTTGCTAGGAACCAGGATGTTCCTCAGGAGTACACAT 945
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 278 AATATGTCAAAATATTAGAACGCCTTGCTAGGAACCAGGATGTTCCTCAGGAGTACACAT 337
Query 946 ACTATGGCATCCCATCTCCTTGGCTCCAGGTTAAGGCAATGAGGGCTCTTCAATATTTTC 1005
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 338 ACTCTGGCATCCCATCTCCTTGGCTCCAGGTTAAGGCAATGAGGGCTCTTCAATATTTTC 397
Query 1006 CAACCATTGAAGATCCCAGTACCAGAAAAGCTCTCTTTGAGGTCCTTCAGCGAATATTGA 1065
|||||||||||| | | | | | | |||||||||| ||||||||
Sbjct 398 CAACCATTGAAG-----A-T----------C-C-C----A-GTCCTTCAGC-AATATTGA 433
Query 1066 TGGGCACAGATGTTGTGAAAAATGTGAATAAAAACAATGCGTCTCATGCCGTGCTGTTTG 1125
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 434 TGGGGACAGATGTTGTGAAAAATGTGAATAAAAACAATGCGTCTCATGTTGTGCTGTTTG 493
Query 1126 AAGCTCTCTCCCTGGTCATGCATCTTGATGCTGAGAAGGAAATGATGTCACAGTGTGTTG 1185
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 494 AAGCTCTATCCCTGGTCATGCATCTTGATGCTGAGAAGGAAATGATGTCACAGTGTGTTG 553
Query 1186 CTCTTCTTGGCAAGTTTATTTCTGTCCGTGAGCCCAACATCAGATATCTAGGCTTGGAAA 1245
|| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 554 CTTTTCTTGGCAAATTTATTTCGGTCCGTGAGCCCAACATCAGATATCTAGGCTTGGAAA 613
Query 1246 ATATGACGCGAATGCTGATGGTCACAGATGTTCAAGATATCATAAAGAAGCATCAGTCTC 1305
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 614 ATATGACACGAATGCTGATGGTCACAGATGTTCAAGATATCATAAAGAAGCATCAGTCTC 673
Query 1306 AGATAATCACCTCGTTGAAAGACCCTGACATCAGTATTC 1344
||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 674 AGATAATCACCTCCTT-AAAGACCCTGACATCAG-ATTC 710
Score = 575 bits (311), Expect = 8e-163
Identities = 411/454 (91%), Gaps = 27/454 (6%)
Strand=Plus/Plus
Query 1961 AGGGCCTGCCTTTATGGATGTATTGGCTGAGATGCCAAAATTTCCGGAGCGCCAGTCTTC 2020
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1257 AGGGGCTGCCTTTATGGATGTATTGGCTGAGATGCCAAAATTTCCCGAGCGCCAGTCTTC 1316
Query 2021 ATTGATTAAAAAGGCAGAAAACGTTGAAGATACCGCAGACCAGAGTGCCATCAAACTTAG 2080
|||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1317 ATTGATAAAAAAGGCAGAATATGTTGAAGATACCGCAGACCAGAGTGCCATCAAGCTTAG 1376
Query 2081 AGCACAACAACAGCCTTCAAATGCTATTGTTTTGGCTGACCCACAGCCTGTTAATGGGGC 2140
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 AGCACAACAACAGCCTTCAAATGCTTTTGTTTTGGCTGACCCACAGCCTGTTAATGGGGC 1436
Query 2141 ACCACCACCTTTGAAGGTTCCAATTTTAAGTGGAAGCACGGACCCTGAGTCAGTGGCTCG 2200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1437 ACCACCACCTTTGAAGGTTCCAATTTTAAGTGGAAGCACGGACCCCGAGTCAGTGGCTCG 1496
Query 2201 ATCTCTCTCACATCCCAATGGAACTTTAAGTAATATAGATCCACAAACTCCATCACCTGA 2260
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 ATCTGTCTCACATCCCAATGGACCTTTAAGTAATATAGATCCACAAACTCCATCACCTGA 1556
Query 2261 TCTCCTTAGTGACCTACTCGGTCCTCTTGCAATAGAGGCTCCACCTGGAGCTGTCTCATA 2320
||| || |||||||| ||| || || | | || | || | |||
Sbjct 1557 TCTGCTAAGTGACCTGCTC-GT--TC---C--T-----CT-----T---GC-G----ATA 1590
Query 2321 TGAACAACATGGTCCCGTAGGGGCAGAAGGAGTTCCAGATGAAATTGATGGTTCCGCCAT 2380
||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1591 -GAACAACATGGTCCCATAGGGGTAGAAGGAGTTCCAGATGAAGTTGATGGTTCCGCCAT 1649
Query 2381 TGTACCTGTTGAAGAGCAAACAAATACAGTGGAG 2414
||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1650 TGTACCTGTTGAAGAGCAAACAAATACAGTGGAG 1683
Score = 446 bits (241), Expect = 7e-124
Identities = 267/280 (95%), Gaps = 0/280 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1337 CAGTATTCGTAGACGCGCTCTTGATTTGCTATATGGGATGTGCGATGTGTCAAATGCAAA 1396
||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 732 CAGTATTCGTAGACGTGATCTTGATTTGCTATATGGGATGTGCGATGTGTCAAATGCAAA 791
Query 1397 GGATATAGTTGAAGAGTTGTTGCAGTATCTTAGCACAGCAGAATTTTCTATGCGGGAGGA 1456
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||
Sbjct 792 GGATATAGTCGAAGAGTTGTTGCAGTATCTTAGCACAATGGAGTTTTCTATGCAGGAGGA 851
Query 1457 ATTATCACTTAAAGCTGCTATTCTTGCTGAGAAGTTTGCTCCTGATCTTTCATGGTATGT 1516
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 852 ATTATCACTTAAAGCTGCTATCCTTGCTGAGAAGTTTGCTCCTGATCTATCATGGTATGT 911
Query 1517 AGATGTGATCCTTCAGTTGATCGACAAGGCTGGGGATTTTGTTAGCGATGACATTTGGTT 1576
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 912 CGATGTGATCCTTCAGTTGATCGACAAGGCTGGGGATTTTGTTAGCGACGACATTTGGTT 971
Query 1577 TCGTGTGGTTCAGTTTGTAACAAATAATGAAGACCTGCAG 1616
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 972 TCGTGTGGTTCAGTTTGTAACAAATAATGAAGACCTCCAG 1011
Score = 387 bits (209), Expect = 4e-106
Identities = 239/253 (94%), Gaps = 3/253 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1681 AGGTCAGTGCTTATATTTTGGGGGAGTATGGTCACCTT-TTAGCTAGACAACCTGGATGC 1739
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||
Sbjct 1010 AGGTCAGTGCTTATATTTTGGGGGAGTATGGTCACCTTCTT-TCTCGACAACCTGGATGC 1068
Query 1740 AGTGCAAGTGAACTCTTTAGCATCTTACATGAGAAGCTTCCTACAGTATCGACTCCCACC 1799
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1069 AGTGCAAGTGAACTCTTTAGCATCTTACATGAGAAGCTTCCCACAGTATCGACTCCCACC 1128
Query 1800 ATTCCTATTCTTCTTTCTACATATGCAAAGCTTCTTATGCACGCTCAACCCCCGGATCCA 1859
|||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1129 ATTCCTATACTTCTTTCCACATATGCAACGCTTCTTATGCACACTCAACCCCCGGATCCA 1188
Query 1860 GAACTGCaaaaaaaaGTTTGGGCTGTATTTAAGAAATATGAGAGTTGTATCGATGTGGAG 1919
||||||||||| |||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1189 GAACTGCAAAATAAAGTT-GGGCTGTATTTCAGAAGTATGAGAGTTGTATTGATGTGGAG 1247
Query 1920 ATACAACAGAGGG 1932
|||||||||||||
Sbjct 1248 ATACAACAGAGGG 1260
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 132516469186
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5