BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G23300.1
Length=1749
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg941855 jgi|Araly1|941855|scaffold_602399.1 2401 0.0
> Ahg941855 jgi|Araly1|941855|scaffold_602399.1
Length=1425
Score = 2401 bits (1300), Expect = 0.0
Identities = 1383/1424 (97%), Gaps = 2/1424 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 143 GATTTAATCATCTT-ACCTAATGGCCGGAAGGGCTGCGACGTCGTCGGCGAAATGGGCGA 201
|||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3 GATTTAATCATCTTGA-CTAATGGCCGGAAGGGCTGCGACGTCGTCGGCGAAATGGGCGA 61
Query 202 GAGAGTTTTTGTTCAGAAGGGTTTCGTCTAATCCTCTTGGAGCTACCCGTAACTGTTCTT 261
|||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 62 AAGAGTTTTTGTTCAGAAGAGTCTCGTCGAATCCTCTTGGAGCTACCCGAAACTGTTCTT 121
Query 262 CGGTTCCTGGAGCTTCTTCTGCACCGAAAGTCCCTCATTTTTCCAAGAGAGGAAGGATAT 321
||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 122 CGGTTCCTGGAGCTTCTTCTGCACCTAAAGTTCCTCATTTTTCCAAGAAAGGAAGGATAT 181
Query 322 TGACAGGAGCTACCATTGGTCTGGCCATAGCTGGAGGAGCTTATGTTAGTACTGCAGATG 381
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 182 TGACAGGAGCTACCATTGGTCTGGCCATAGCTGGAGGAGCTTATGTGAGTACTGCAGATG 241
Query 382 AAGCAACCTTCTGTGGGTGGCTATTCAACGCAACAAAGGTTGTGAATCCTTTCTTTGCTC 441
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 242 AAGCAACCTTCTGTGGGTGGCTATTCAACGCAACAAAGGTTGTGAATCCTTTCTTTGCTC 301
Query 442 TTCTGGATGCTGAGTTTGCGCATAAGCTGGCTGTTTCAGCTGCAGCTCGCGGGTGGGTAC 501
||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 302 TTCTGGATGCTGAGTTTGCACATAAGCTTGCTGTTTCGGCTGCGGCTCGTGGGTGGGTAC 361
Query 502 CTAGAGAAAAGAGGCCTGATCCAGCAATCTTGGGACTTGAAGTTTGGGGAAGGAAATTCT 561
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 362 CTAGAGAAAAGAGGCCTGATCCAGCAATCTTGGGACTTGAAGTTTGGGGAAGGAAATTCT 421
Query 562 CAAACCCAATTGGGCTTGCTGCTGGATTTGACAAAAACGCTGAGGCTACTGAGGGACTGC 621
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 422 CAAACCCGATTGGGCTTGCTGCTGGATTTGACAAAAACGCTGAGGCTACCGAAGGACTGC 481
Query 622 TAGGGATGGGATTTGGCTTTGTTGAGGTAGGCTCTGTAACTCCTGTTCCACAAGAAGGCA 681
|||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 482 TAGGAATGGGATTTGGATTTGTTGAGGTAGGCTCTGTAACTCCTGTTCCACAAGAAGGCA 541
Query 682 ATCCGAAACCACGTATCTTCAGACTAAGCCAAGAAGGAGCTATTATCAATAGGTGTGGAT 741
||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 542 ATCCGAAACCACGCATCTTCAGATTAAGCCAAGAAGGAGCTATTATCAATAGGTGTGGAT 601
Query 742 TTAATAGCGAAGGGATTGTTGTCGTTGCAAAGCGGTTGGGTGCTCAACATGGTAAAAGAA 801
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 602 TTAATAGCGAAGGGATTGTTGTCGTTGCAAAGCGGTTGGGTGCTCAACATGGTAAAAGAA 661
Query 802 TGTTGGCTGAAACATCAGCTACTTCGTCATCTCCAAGTGATGATGTAAAACCAGGGGGAA 861
||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 662 TGTTGGCGGAAACATCAGGTACTTCGTCATCTCCAAGTGATGATGTAAAACCAGGGGGGA 721
Query 862 AATCTGGACCTGGTATTCTTGGGGTCAACCTTGGAAAGAACAAGACGAGTGAGGATGCTG 921
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 722 AATCTGGACCTGGTATTCTTGGGGTCAACCTTGGAAAGAACAAGACGAGTGAGGATGCTG 781
Query 922 CTGCTGACTATGTCCAAGGAGTTCATAACTTATCCCAGTATGCTGATTACTTGGTGATCA 981
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 782 CTGCTGACTATGTCCAAGGAGTTCATAACTTATCCCAGTATGCTGATTACTTGGTGATCA 841
Query 982 ATGTTTCATCACCCAATACTGCAGGACTGCGCATGCTTCAAGGAAGGAAACAGTTGAAGG 1041
||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 842 ATGTTTCATCACCCAATACTGCAGGGCTCCGCATGCTTCAGGGAAGGAAACAGTTGAAGG 901
Query 1042 ACCTTGTAAAGAAGGTTCAAGCTGCTCGGGATGAGATGCAATGGGGTGATGAAGGTCCTC 1101
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 902 ACCTTGTAAAGAAGGTTCAAGCTGCTCGGGATGAGATGCAATGGGGTGATGAAGGTCCTC 961
Query 1102 CTCCTCTTCTTGTGAAGATTGCTCCTGATCTGTCCAGAGGAGAGCTTGAAGATATTGCAG 1161
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 962 CTCCTCTTCTTGTGAAGATTGCTCCTGATCTGTCCAGAGGAGAGCTTGAAGATATTGCAG 1021
Query 1162 CGGTGGCTCTTGCTCTGCACTTGGATGGGCTGATCATATCAAATACAACAGTCTCAAGGC 1221
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1022 CGGTGGCTCTTGCTTTGCACTTGGATGGGCTGATCATATCAAATACAACAGTCTCAAGGC 1081
Query 1222 CTGATGCTGTAAGCAACAACCCCGTGGCAACAGAAACAGGTGGTTTGAGCGGGAAACCGC 1281
| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1082 CAGATCCTGTAAGCAACAACCCCGTGGCAACAGAAGCAGGTGGTTTGAGCGGGAAACCAC 1141
Query 1282 TCTTTGCTCTCTCCACCAACATGTTGAGAGATATGTACACTTTGACACGAGGAAAGATTC 1341
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1142 TCTTTCCTCTCTCCACCAACATGTTGAGAGATATGTACACTCTGACACGAGGAAAGATTC 1201
Query 1342 CATTGATAGGCTGTGGCGGGGTTAGTAGTGGTGAGGATGCTTACAAGAAAATAAGAGCTG 1401
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1202 CATTGATAGGCTGTGGTGGGGTTAGTAGTGGTGAGGATGCTTACAAGAAAATAAGAGCCG 1261
Query 1402 GAGCTACTCTTGTTCAGCTGTACACGGGATTTGCCTATGGAGGACCTGCCCTCATCCCAC 1461
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1262 GAGCTACTCTTGTTCAGCTGTACACGGGATTTGCATATGGAGGACCTGCCCTCATCCCAC 1321
Query 1462 AAATAAAGGAGGAACTGGTGAAATGCTTAGAAAGGGATGGCTTCAAGTCGATCCATGAAG 1521
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1322 AAATAAAGGAGGAACTGGTGAAATGCTTAGAAAGGGATGGCTTCAAGTCAATCCATGAAG 1381
Query 1522 CAATTGGTGCTGATCACAGATGATAAAACTCAAAGAGCAATACG 1565
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1382 CAATTGGTGCGGATCACAGATGATAAAACTCAAAGAGCAATACG 1425
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 65629492135
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5