BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G23630.1
Length=3974
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg489225 jgi|Araly1|489225|fgenesh2_kg.6__2359__AT5G23630.1 6442 0.0
> Ahg489225 jgi|Araly1|489225|fgenesh2_kg.6__2359__AT5G23630.1
Length=3939
Score = 6442 bits (3488), Expect = 0.0
Identities = 3803/3954 (96%), Gaps = 25/3954 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GATTCCTTTTGGGTTTCGCCGTGATTCGATCTTCGCATGTCAATTTGAAAACCCTAGTTT 60
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1 GATTCCTTTTGGGTTTCGTCGTGATTCGATCTTAGCATGTCAATTTGAAAACCCTAG-TT 59
Query 61 TTGATCTCTCTCAATTCCAAGCTACTCCTAATT-T-CAAGAACTCAAGGAACTTCAGACG 118
|||||||||||| ||| ||| | || || || | | |||| ||||||||||| |||||
Sbjct 60 TTGATCTCTCTCGATTTCAA-ATCCTACTGGTTGTGC-AGAAATCAAGGAACTTTAGACG 117
Query 119 AATTT-AAGGA-GAACTAGttttttttttttttttttGAAATGTCGAGCTTTCGTGTGGG 176
|||| || || ||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 118 -ATTTGAA-GACGAACTAG-------GTTTTGGTTTTGAGATGTCGAGCTTTCGTGTGGG 168
Query 177 AGGAAAGGTAGTGGAGAAGGTTGATTTATGTAGGAAGAAACAATTGGTGTGGCGCTTGGA 236
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 169 AGGAAAGGTAGTGGAGAAGGTTGATTTATGTAGGAAGAAACAGTTGGTGTGGCGCTTGGA 228
Query 237 CGTTTGGCCATTTGCGATTCTGTATACTGTATGGTTGACTACGATCGTTCCTAGCATAGA 296
||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 229 CGTTTGGCCTTTTGCGATTCTGTATACAGTATGGTTGACTACGATCGTTCCTAGCATAGA 288
Query 297 CTTCAGTGATGCTTGCATTGCGCTTGGTGGTCTTTCTGCTTTCCACATCTTAGTCTTGCT 356
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 289 CTTCACTGATGCTTGCATTGCGCTTGGTGCTCTTTCTGCTTTCCACATCCTAGTCTTGCT 348
Query 357 TTTCACTACGTGGTCCGTGGATTTCAAGTGTTTTGTCCAGTTTAGCAAGGTTAACAGTAT 416
||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 349 TTTCACTGCGTGGTCGGTGGATTTCAAGTGTTTTGTCCAGTTTAGCAAGGTTAACAGTAT 408
Query 417 CGACCAGGCAGATGCATGTAAAGTTACACCAGCCAAATTTTCTGGTTCTAAAGAAGTTGT 476
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 409 CGACCAGGCAGATGCATGTAAAGTTACCCCAGCCAAATTTTCTGGTTCTAAAGAAGTCGT 468
Query 477 GCCTCTTCATTTTCGTAGCCAAATGACAGATTCAGCATCCTCGGGAGACATGGAAGAAAT 536
||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||| |||| ||||||||||
Sbjct 469 GCCTCTTCATTTTCGTAGCCAAATGACAGGTTCGGCAGCCTCGGAAGACCTGGAAGAAAT 528
Query 537 TTTCTTTGACTTCAGGAAGCAGCGTTTTATATACTCAAAAGAGTTAGGAGCCTTTTCCAA 596
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 529 TTTCTTTGACTTCAGGAAGCAGCGTTTTATATACTCAAAAGAGTTAGGAGCCTTTTCCAA 588
Query 597 GCTTCCTTATCCCACAAAGGAAACATTTGGTCATTATTTGAAATGTACTGGTCATGGTAC 656
||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 589 GCTTCCTTACCCCACAAAAGAAACATTTGGTCATTATTTGAAATGTACTGGTCATGGTAC 648
Query 657 AGAAGCTAAAATTGCCACTGCCACTGAGAAGTGGGGAAGGAATGTATTTGATTATCCACA 716
|||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 649 AGAAGCTAAAGTTGCCACTGCCACGGAGAAGTGGGGAAGGAATGTATTTGATTATCCACA 708
Query 717 ACCTACATTCCAGAAGCTAATGAAAGAAAACTGCATGGAACCCTTTTTTGTATTTCAGGT 776
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 709 ACCTACATTCCAGAAGCTAATGAAAGAAAACTGCATGGAACCCTTTTTTGTATTTCAGGT 768
Query 777 TTTCTGTGTGGGTCTTTGGTGCTTGGATGAATTCTGGTACTACAGTGTGTTCACACTATT 836
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 769 TTTCTGTGTGGGTCTTTGGTGCTTGGATGAATTCTGGTACTACAGTGTGTTCACACTATT 828
Query 837 CATGCTTTTCATGTTCGAGTCAACAATGGCAAAAAGCCGCTTGAAGACATTAACCGACCT 896
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 829 CATGCTTTTCATGTTCGAGTCAACAATGGCAAAAAGCCGCTTGAAGACATTAACCGACCT 888
Query 897 AAGAAGTGTTAGGGTGGACAGTCAGACCGTGATGGTGTATCGATCCGGAAAGTGGGTGAA 956
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 AAGACGTGTTAGGGTGGACAGTCAGACCGTGATGGTGTATCGATCCGGAAAGTGGGTGAG 948
Query 957 GCTCTTAGGTACAGATCTGCTTCCAGGAGATGTTGTGTCCATTGGGCGACCTTCAACTCA 1016
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 949 GCTCTTAGGTACAGATCTGCTTCCAGGAGATGTTGTGTCCATTGGGCGACCTTCAACTCA 1008
Query 1017 GACTGGAGGAGAGGATAAAACAGTACCAGCGGATATGCTTTTACTGGTAGGAAGTGCTAT 1076
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1009 GACTGGAGGAGAGGATAAGACAGTACCAGCGGACATGCTTTTACTGGTAGGAAGTGCTAT 1068
Query 1077 TGTAAATGAAGCCATTTTGACAGGCGAGTCAACTCCCCAATGGAAGGTTCCAATTGTTGG 1136
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1069 TGTAAATGAAGCCATTTTGACAGGCGAGTCAACTCCCCAATGGAAGGTTCCCATTGTTGG 1128
Query 1137 CCAAAGATCTGATGAAAAATTATCGATCAAAAGAAATAAGAATCATGTTTTATTTGGCGG 1196
|||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1129 CCAAGGATCTGATGAAAAATTATCGATCAAAAGGGATAAGAATCATGTTTTATTTGGCGG 1188
Query 1197 GACCAAGATCTTGCAACATTCACCTGACAAGTCCTTCTCTCTGAAGACCCCTGATGGTGG 1256
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1189 GACCAAGATCTTGCAACATTCACCTGACAAGTCCTTCTCTCTGAAAACCCCTGATGGTGG 1248
Query 1257 CTGTCTAGCTGTTGTTCTCCGAACTGGATTTGAGACGAGCCAAGGAAAACTAATGAGGAC 1316
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1249 CTGTCTAGCTGTTGTTCTCCGAACTGGATTTGAGACGAGCCAAGGAAAACTAATGAGGAC 1308
Query 1317 AATTTTATTTTCTACAGAAAGGGTTACTGCAAACAGCTGGGAGAGTGGTCTGTTCATATT 1376
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1309 AATTTTATTTTCTACAGAAAGGGTTACTGCAAACAGCTGGGAGAGTGGTCTGTTCATATT 1368
Query 1377 ATTTCTTGTGGTATTTGCCGTGATAGCTGCAGGTTATGTTCTTGTAAAGGGTCTCGAGGA 1436
|||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1369 ATTTCTAGTGGTATTTGCCGTGATAGCTGCTGGCTATGTTCTTGTAAAGGGTCTCGAGGA 1428
Query 1437 TCCTACAAGGAGCAAATATAAGCTTTTGCTAGGCTGTTCACTTATCATCACCTCAGTGAT 1496
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1429 TCCTACAAGGAGCAAATATAAGCTTTTGTTAGGCTGTTCACTTATCATCACCTCAGTGAT 1488
Query 1497 CCCGCCCGAATTGCCTATGGAATTATCCATTGCTGTCAATACGTCATTACTTGCTCTTG- 1555
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 1489 CCCGCCCGAATTGCCTATGGAATTATCCATTGCTGTCAATACTTCATTAATTGCTCTTGC 1548
Query 1556 TACGACGTGGGATATTTTGCACAGAGCCTTTTAGGATCCCTTTTGCGGGGAAGGTTGATT 1615
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1549 T-CGACGTGGGATATTTTGCACAGAGCCTTTTAGGATCCCTTTTGCCGGGAAGGTTGATT 1607
Query 1616 TGTGTTGTTTTGATAAGACTGGTACACTCACGTCAGATGACATGGAGTTCCGAGGAGTCG 1675
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1608 TGTGTTGTTTCGATAAGACTGGTACACTCACGTCAGATGACATGGAGTTCCGAGGAGTTG 1667
Query 1676 GGGGTTTGTCTAATTGTGAAGAAGCAGAGACTGATATGAGCAAGGTTCCTGTACGCACAT 1735
|||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1668 GGGGCTTGTCTAATTCTGAAGAAGCAGAGACTGATATGAGCAAGGTTCCTGTACGCACAT 1727
Query 1736 TGGAAATTTTGGCTTCTTGTCATGCCTTGGTCTTTGTAGAAAACAAGCTGGTTGGTGATC 1795
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1728 TGGAAATTTTGGCTTCTTGTCATGCCTTGGTCTTTGTAGACAACAAGCTGGTTGGTGATC 1787
Query 1796 CTCTTGAGAAGGCTGCACTTAAAGGAATTGACTGGAGTTACAAAGCTGATGAAAAGGCCT 1855
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1788 CTCTTGAGAAGGCTGCACTTAAAGGAATTGACTGGAGTTACAAAGCTGATGAAAAGGCCT 1847
Query 1856 TACCTAGAAGAGGAAATGGCAACTCAGTGCAGATTATGCAGAGATACCATTTTGCTTCGC 1915
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1848 TGCCTAGAAGAGGAAATGGCAACTCGGTGCAGATTATGCAGAGATACCATTTTGCTTCGC 1907
Query 1916 ATCTGAAGAGAATGTCTGTTATCGTTCGTATTCAGGAGGAATATTTGGCATTTGTGAAGG 1975
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1908 ATCTGAAGAGAATGTCTGTTATCGTTCGTATTCAGGAGGAATATTTGGTGTTTGTGAAGG 1967
Query 1976 GTGCGCCAGAGACAATCCAAGAGAGGCTTGTGGATGTGCCTGCACAATATATCGAAACAT 2035
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1968 GTGCGCCAGAGACAATCCAAGAGAGGCTTGTGGATGTGCCAGCACAATATATCGAAACAT 2027
Query 2036 ATAAGAGATACACACGCCAAGGATCTCGGGTTCTAGCCCTTGCATATAAACGACTGCCTG 2095
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 2028 ATAAGAGATACACACGCCAAGGATCTCGGGTTCTAGCCCTTGCGTATAAACGACTTCCTG 2087
Query 2096 ATATGATGGTCAGTGAAGCTAGGGACATGGACAGGGATGCTGTTGAGAGTGATCTTACTT 2155
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2088 ATATGATGGTCAGTGAAGCTAGGGACATGGACAGAGATGCTGTTGAGAGTGATCTTACTT 2147
Query 2156 TTGCTGGGTTTGCGGTCTTCAACTGCCCCATTAGACCAGACTCAGCCCCCGTGCTCTTGG 2215
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 2148 TTGCTGGGTTTGCGGTCTTCAACTGCCCCATTAGACCAGATTCAGCCCCCGTTCTCTTGG 2207
Query 2216 AGTTGAAGAATTCATCCCATGATTTGGTGATGATAACAGGTGATCAAGCTTTGACAGCTT 2275
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2208 AGTTGAAGAATTCATCCCATGATTTGGTGATGATAACAGGTGATCAAGCTTTGACAGCTT 2267
Query 2276 GTCATGTTGCAGGCCAAGTGCATATTGTATCAAACCCAGTTTTAATTCTTGGACGATCAG 2335
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2268 GTCATGTTGCAGGCCAAGTGCATATTGTATCAAACCCAGTTTTAATTCTTGGTCGATCAG 2327
Query 2336 GGAGTGGTAACGAATACAAGTGGGTGTCACCTGATGAGAAGGAGATCATCCCCTACAGTG 2395
||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2328 GGACTGGTAACGAATACAAGTGGATGTCACCTGATGAGAAGGAGATCATACCCTACAGTG 2387
Query 2396 AAAAAGAGATCGAAACCCTGGCAGAGACCCATGATTTATGCATTGGAGGTGACAGCATTG 2455
||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2388 AAAAAGATATCGAAACCCTTGCAGAGACCCACGATTTATGCATTGGAGGTGACAGCATTG 2447
Query 2456 AAATGCTACAGGCTACATCTGCTGTTTTGCGAGTCATTCCGTTTGTTAAGGTTTTTGCGA 2515
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2448 AAATGCTACAGGCTACATCTGCTGTTTTGCGAGTCATTCCGTTTGTTAAGGTTTTTGCGA 2507
Query 2516 GAGTTGCTCCACAGCAGAAGGAGCTGATCTTAACCACCTTCAAAGCGGTGGGCAGAGGTA 2575
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 2508 GAGTTGCTCCACAGCAGAAGGAGCTGATCTTAACCACCTTCAAAGCGGTAGGCAGAGGGA 2567
Query 2576 CTTTGATGTGTGGTGACGGGACAAATGATGTCGGAGCACTGAAGCAGGCCCATGTTGGAG 2635
|| |||||||||| || |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2568 CTCTGATGTGTGGGGATGGGACAAATGATGTTGGAGCATTGAAGCAGGCCCATGTTGGAG 2627
Query 2636 TTGCCTTACTGAATAATAAACTTCCCTTGTCTCCATCGGATTCGTCTAAAGATGACAAGT 2695
||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2628 TTGCCTTACTGAATACTATACCTCCCTCGTCTCCATCGGATTCGTCTAAAGATGACAAGT 2687
Query 2696 CAAAGTCAAAAAAGTCCAAACTGCCATTAGAACCAGCAAGCAAAACCATAACTCAGAATG 2755
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 2688 CAAAGTCAAAAAAGTCCAAACTGCCATTAGAACCAGCAAGCAAAACTATAATTCAGAATG 2747
Query 2756 GGGAAGGATCATCAAAAGGAAAGATCCCACCCCAAAACCGCCACTTAACTGCTGCGGAAC 2815
||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2748 GGGAAGGATCATCAAAAGGAAAGATTCCGCCCCAAAACCGTCACTTAACTGCTGCGGAAT 2807
Query 2816 TGCAAAGACAAAAGTTGAAGAAGATTATGGATGACCTAAACAATGATGAAGGTGATGGCC 2875
||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2808 TGCAAAGACAAAAGTTGAAGAAGATGATGGATGAACTAAACAGTGATGAAGGTGATGGCC 2867
Query 2876 GGTCAGCTCCCCTAGTTAAACTTGGGGATGCATCAATGGCATCCCCCTTCACAGCTAAAC 2935
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2868 GGTCAGCTCCCCTGGTCAAACTTGGGGATGCATCAATGGCATCCCCCTTCACAGCTAAAC 2927
Query 2936 ATGCGTCAGTTGCCCCAGTGACAGACATAATCCGGCAGGGTCGTAGCACACTTGTGACGA 2995
||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2928 ATGCGTCGGTTGCCCCAGTGACAGACATAATCCGACAGGGTCGTAGTACACTTGTGACGA 2987
Query 2996 CTCTTCAGATGTTCAAAATTCTCGGTCTGAACTGTCTCGCCACAGCATATGTCCTAAGTG 3055
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2988 CTCTTCAGATGTTCAAAATTCTCGGTCTGAACTGTCTCGCCACAGCTTATGTCCTAAGTG 3047
Query 3056 TTATGTACTTAGACGGTGTAAAGCTTGGTGATGTCCAGGCTACAATCAGCGGAGTGTTAA 3115
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3048 TTATGTACTTAGACGGTGTAAAGCTCGGTGATGTCCAGGCTACAATCAGCGGAGTATTAA 3107
Query 3116 CAGCTGCGTTTTTCCTCTTCATTTCTCATGCCCGACCGCTTCAAACCCTCTCTGCAGAAC 3175
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3108 CAGCTGCGTTTTTCCTCTTCATTTCTCATGCCCGACCGCTTCAAACCCTCTCTGCAGAAC 3167
Query 3176 GGCCCCACCCGAGTGTCTTCTCCGTGTACCTCTTCCTCTCTCTGATAGGACAGTTTGCTG 3235
| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 3168 GACCCCACCCGAGTGTCTTCTCCTTGTACCTCTTCCTCTCTCTGCTAGGTCAGTTTGCTG 3227
Query 3236 TTCACTTGACCTTCTTGGTCTACTCTGTGAAGGAAGCTGAGAAACACATGCCCGAGGAAT 3295
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3228 TTCACTTGACCTTCTTGATCTACTCTGTGAAGGAAGCTGAGAAACACATGCCCGAGGAAT 3287
Query 3296 GCATCGAACCAGACGCAAGTTTCCATCCTAACCTGGTGAACACAGTGTCGTACATGGTGA 3355
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3288 GCATCGAACCAGACGCAAGTTTCCATCCTAATCTGGTGAACACAGTGTCGTACATGGTGA 3347
Query 3356 GCATGATGCTTCAGGTTGCTACATTTGCTGTGAACTACATGGGACATCCCTTTAACCAGA 3415
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3348 GCATGATGCTTCAGGTTGCAACATTTGCTGTGAACTACATGGGACATCCCTTTAACCAGA 3407
Query 3416 GTATCAGAGAAAACAAACCGTTCTTCTACGCACTCATTGCTGGAGCAGGGTTCTTCACCG 3475
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3408 GTATCAGAGAAAACAAACCGTTCTTCTACGCACTGATTGCTGGAGCAGGGTTCTTCACCG 3467
Query 3476 TCATCGCCTCTGATCTCTTCAGAGACCTGAACGATTCGCTGAAGCTAGTTCCATTACCTC 3535
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3468 TCATCGCCTCTGATCTCTTTAGAGACCTGAACGATTCGCTGAAGCTGGTTCCATTACCTC 3527
Query 3536 AAGGTCTGAGAGATAAGCTTCTCATCTGGGCATCACTTATGTTCATCATCTGCTACTCAT 3595
|||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3528 AAGGTCTGAGGGATAAGCTTCTCCTCTGGGCCTCACTTATGTTCATCATCTGCTACTCGT 3587
Query 3596 GGGAGCGGTTACTCAGGTGGGCTTTCCCTGGTAAGATTTCTTCTTGGAAACATAAGCAAA 3655
|||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3588 GGGAGCGGTTGCTCAGGTGGGCTTTCCCCGGTAAGATCTCTTCTTGGAAACATAAGCAAA 3647
Query 3656 GAGCTGTCACTGCAAATCTGGAGAAGAAGAAGAAAGTTTGAAGAGAAACTAAACAGGTTA 3715
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3648 GAGCTGTCACTGCAAATCTGGAGAAGAAGAAGAAAGTTTGAAGAGAAACCAAACAGGTTA 3707
Query 3716 GGTTGAGGTAATAATCATCAATCCATACAATTTTTTACTCGAGAAAGATGTTCGTTTTTG 3775
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 3708 GGTTGAGGTAATAATCATCAATCCATACA-TTTTTTACTCGAGAAAGATGTTTGTTATTG 3766
Query 3776 GGGATCTTGTTTTGCCAGAAAGCTTC-aaaaaaaaaaa---CATGAGCATTTTTCCCATA 3831
||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3767 GGGATCTTGTTTTGC-AGAAAGCTTCCAAAAAAAAAAAAAACATGAGCATTTTTCCCATA 3825
Query 3832 GGTCTCCCATATTGTCTCATTACCTTATTTTGTCACTCTCTAAGAACCACTAAATCTAAG 3891
|||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3826 GGTCTCACATTTTGTCTCATTACCTTATTTTGTCACTCTCTAAGAACCACTAAATCTAAG 3885
Query 3892 GGCTTTCATTATTAGTCTTTGTAATTGTTTCGTTGCTT-ACTTTCTTTGTATAA 3944
|| ||||||||||||||| |||||||||||| ||| || |||||||||||||||
Sbjct 3886 GGTTTTCATTATTAGTCTCTGTAATTGTTTCTTTGTTTTACTTTCTTTGTATAA 3939
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 150213240631
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5