BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G24260.1
Length=2514
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg941965 jgi|Araly1|941965|scaffold_602509.1 3648 0.0
> Ahg941965 jgi|Araly1|941965|scaffold_602509.1
Length=2284
Score = 3648 bits (1975), Expect = 0.0
Identities = 2168/2264 (96%), Gaps = 2/2264 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 112 AATCTAAAGGATCTCCCTTTATGGCGGATAAGGACGTTCCTTTTGGGGTTGAAGATATTG 171
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 1 AATCTAAAGGATCTCCCTTTATGGCGGATAAGGACGTTCCTTTCGCGGTTGAAGATATTG 60
Query 172 TTCAGACGCCTTTACCTGGTTATGTAGCTCCAACTGCAGTTAGCTTTAGTCCTGATGATT 231
||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 61 TTCAGACGCCTTTACCTGGTTATGTTGCCCCAACTGCAGTTAGCTTTAGTCCGGATGATT 120
Query 232 CTTTGATCACTTATTTGTTTAGCCCTGAAAAGAATTTGAAAAGGAGGGTGTATGCTTTTG 291
||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 121 CTTTGATCACTTACTTGTTTAGCCCTGAGAAGAATTTGAATAGGAGGGTGTATGCGTTTG 180
Query 292 ATGTCAATAAAGGGGAATCTAATTTGGTTTTTAGTCCTCCTGATGGTGGAGTTGATGAGA 351
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 ATGTGAATAAAGGTGAATCTAATTTGGTTTTTAGTCCTCCTGATGGTGGAGTTGATGAGA 240
Query 352 GTAACATTTCACCTGAAGAGAAGTTGAGGAGGGAGAGGTTGCGGGAGCGTGGTTTAGGTG 411
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |
Sbjct 241 GTAACATTTCACCGGAAGAGAAGTTGAGAAGGGAGAGGTTGCGGGAGCGGGGATTAGGAG 300
Query 412 TAACTCGGTATGAATGGGTCAAGACTAACTCAAAGATGAGATTCATTGTGGTTCCTTTAC 471
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 301 TAACTCGGTATGAATGGGTTAAGACTAACTCGAAGATGAGATTCATTGTTGTGCCTTTAC 360
Query 472 CTGCCGGGGTGTATATGAAGGACCTTTCTTCATCACCAAATCCGGAGCTCATAGTTCCAA 531
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CTGCCGGGGTGTATATGAAGGACCTTTCTTCATCACCAAATCCGGAGCTCATAGTTCCAA 420
Query 532 GTTCACCCACTTCTCCAATTATTGATCCTCGTCTATCTCCTAATGGCTTATTTCTTGCAT 591
|||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GTTCACCCACGTCTCCAATTATTGATCCACGTCTATCTCCTAATGGCTTATTTCTTGCAT 480
Query 592 ACGTAAGAGAATCCGAGTTGCATGTCCTCAATTTGTTAAAAAACCAGACACAACAGTTAA 651
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 ACGTAAGAGACTCCGAGTTGCATGTACTCAATTTGTTAAAAAACCAGACACAACAGTTAA 540
Query 652 CTAGCGGTGCCAATGGAAGTACTTTGAGTCATGGCCTTGCTGAGTACATAGCTCAGGAGG 711
| | ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CAACCGGTGCCAATGGAAGTACTTTGACTCATGGTCTTGCTGAGTACATAGCTCAGGAGG 600
Query 712 AGATGGATCGGAGAAATGGGTATTGGTGGTCATTAGATAGCAAGTTTATCGCCTATACAG 771
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 AGATGGATCGGAGAAATGGGTATTGGTGGTCATTAGATAGCAAGTTTATCGCCTATACAG 660
Query 772 AAGTTGACTCCTCACAGATTCCTTTGTTCAGAATAATGCATCAGGGAAAACGTTCGGTTG 831
|||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 661 AAGTCGACTCCTCACAGATTCCTTTATTCAGAATAATGCATCAGGGAAAACGCTCGGTTG 720
Query 832 GTTCAGAGGCGCAAGAAGATCATGCTTATCCTTTTGCAGGAGCTCTCAATTCTACACTTC 891
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 GTACAGAGGCGCAAGAAGATCATGCTTATCCTTTTGCAGGAGCTCTCAATTCTACACTTC 780
Query 892 GTCTCGGGGTAGTTTCTTCAGCTGGTGGTGGAAAGACGACTTGGATGAATCTTGTGTGCG 951
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 GTCTCGGGGTAGTTTCTTCAGCTGGTGGTGGGAAGACGACTTGGATGAATCTTGTGTGCG 840
Query 952 GAGGAAGAGGCAATACAGAGGACGAGTATCTTGGTAGAGTCAACTGGCTGCCCGGGAATG 1011
||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 841 GAGGACGAACCAATACAGAGGAAGAGTATCTTGGTAGAGTCAATTGGTTGCCCGGGAATA 900
Query 1012 TCCTCATAGTGCAGGTTCTGAATAGGTCGCAGAGTAAACTGAAAATCATCAGCTTTGACA 1071
| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 TTCTCACGGTGCAGGTTCTAAATAGGTCGCAGAGTAAACTGAAAATCATCAGCTTTGACA 960
Query 1072 TAAACACTGGTCAAGGAAACGTACTGTTGACGGAAGAATCCGACACGTGGGTGACTTTAC 1131
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 961 TCAACACTGGTCAAGGAAACGTACTGTTGACGGAAGAATCTGATGCGTGGGTGACTTTAC 1020
Query 1132 ATGACTGTTTTA-CTCCTCTGGAGAAAGTCCCTTCATCGAGAGGTTCAGGAGGATTCATT 1190
|||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 ATGACTGTTTTACCT-CTCTGGAGAAAGTCCCTTCGTCGAGAGGTTCAGGAGGATTCATT 1079
Query 1191 TGGGCCAGTGAGAGGACTGGTTTTAGACATTTGTATCTTTATGAGTCTGATGGGACATGC 1250
|||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 TGGGCCAGCGAGAGGACCGGTTTCAGACATTTGTATCTTTATGAGTCTGATGGGACATGC 1139
Query 1251 CTTGGAGCTATTACTAGCGGTGAATGGATGGTTGAGCAAATAGCAGGTGTAAATGAGCCG 1310
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 1140 CTTGGAGCTATTACTAGCGGTGAATGGATGGTTGAGCAAATTGCTGGTGTAAATGAGCCG 1199
Query 1311 ATGAGTCTGGTGTATTTCACAGGAACCCTTGATGGACCACTTGAGACTAATCTTTACTGC 1370
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 ATGAGTCTGGTGTATTTCACTGGAACCCTTGATGGACCACTTGAGACTAATCTTTACTGC 1259
Query 1371 GCAAAATTGGAAGCTGGGAATACATCTCGGTGTCAACCCATGAGACTTACACATGGGAAA 1430
|||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 ACAAAATTGGAAGCTGGGAATGCCTCTCGGTGTCAACCGATGAGACTTACACATGGGAAA 1319
Query 1431 GGAAAACATATCGTTGTGCTCGATCACCAGATGAAGAACTTCGTTGACATTCATGATTCA 1490
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GGAAAACATATCGTTGTGGTCGATCACCAGATGAAGAACTTCGTTGACATTCATGATTCA 1379
Query 1491 GTTGATTCGCCTCCGCGGGTTTCTCTTTGCTCTCTGAGTGACGGAACTGTACTCAAGATT 1550
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 1380 GTTGATTCGCCTCCGCGGGTTTCTCTTTGCTCTCTGAGCGACGGAACCGTACTCAAGATT 1439
Query 1551 CTCTACGAGCAGACATCTCCTATACAGATACTGAAAAGCCTTAAACTAGAGCCTCCAGAG 1610
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 CTCTACGAGCAGACATCTCCTATACAGATACTGAAAAACCTTAAACTAGAGCCTCCAGAG 1499
Query 1611 TTTGTTCAAATACAAGCAAATGACGGAAAGACAACACTGTATGGCGCGGTTTACAAACCC 1670
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 1500 TTTGTTCAAATACAAGCGAATGACGGAAAGACAACGCTGTACGGCACGGTTTACAAACCC 1559
Query 1671 GACAGTTCGAAATTTGGTCCTCCTCCATATAAAACAATGATTAACGTTTATGGAGGTCCC 1730
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1560 GACAGTTTGAAATTTGGTCCTCCTCCATATAAAACAATGATCAACGTTTATGGAGGTCCC 1619
Query 1731 AGCGTTCAGTTGGTCTATGATTCTTGGATTAATACAGTCGACATGAGGACACAGTATCTG 1790
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 1620 AGCGTTCAGTTGGTCCATGATTCTTGGATTAATACAGTTGACATGAGGACACAGTACCTG 1679
Query 1791 AGAAGCAGAGGCATCTTAGTTTGGAAGCTTGATAACAGAGGAACTGCACGGCGTGGGCTG 1850
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1680 AGAAGCAGAGGCATCTTAGTTTGGAAGCTTGATAACAGAGGAACTGCACGGCGTGGGTTG 1739
Query 1851 AAATTTGAATCTTGGATGAAGCATAACTGTGGATATGTTGATGCAGAAGATCAAGTAACT 1910
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 AAATTTGAATCTTGGATGAAGCATAACTGTGGATATGTTGATGCAGAAGATCAAGTAACC 1799
Query 1911 GGGGCCAAATGGCTAATCGAGCAAGGTCTGGCTAAACCAGACCACATTGGAGTGTATGGT 1970
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 1800 GGGGCCAAATGGCTAATCGAGCAAGGTCTGGCTAAACCGGACCACATTGGGGTGTATGGT 1859
Query 1971 TGGAGTTACGGTGGGTACCTTTCAGCTACACTCTTGACCCGATACCCTGAGATCTTTAAC 2030
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 TGGAGTTACGGTGGGTACCTTTCAGCTACACTCTTGACCCGATACCCTGAGATCTTTAAC 1919
Query 2031 TGCGCTGTCTCGGGTGCTCCTGTTACATCTTGGGATGGCTATGACTCGTTCTACACGGAG 2090
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 1920 TGCGCTGTCTCGGGTGCTCCTGTTACATCTTGGGATGGCTATGACTCATTCTACACCGAA 1979
Query 2091 AAGTACATGGGTCTTCCCACGGAGGAGGAGCGCTACCTAAAGAGCTCGGTAATGCACCAT 2150
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 AAGTACATGGGCCTTCCCACGGAGGAGGAGCGCTACCTGAAGAGCTCGGTAATGCACCAT 2039
Query 2151 GTCGGGAACTTGACCGATAAGCAGAAGCTGATGTTAGTACACGGAATGATCGATGAGAAT 2210
||||| ||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 GTCGGAAACCTAACAGATAAGCAGAAGCTGATGTTAGTACACGGAATGATCGATGAGAAT 2099
Query 2211 GTGCATTTCAGACACACGGCTAGGCTTGTGAACGCGCTTGTTGAAGCGGGAAAGCGGTAC 2270
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 2100 GTGCATTTCAGACACACGGCTAGGCTCGTGAACGCGCTTGTCGAAGCAGGAAAGCGGTAT 2159
Query 2271 GAGTTGTTGATATTTCCCGATGAACGGCATATGCCACGGAAGAAGAAAGACCGGATATAT 2330
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 2160 GAATTGTTGATATTTCCGGATGAACGGCATATGCCGCGGAAAAAGAAGGACCGGATATAT 2219
Query 2331 ATGGAACAGAGGATTTGGGAGTTTATAGAGAAGAACTTATGAAG 2374
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2220 ATGGAACAGAGGATTTGGGAGTTTATAGAGAAGAACTTATGAAG 2263
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 94768529560
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5