BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G24350.2
Length=7577
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg941983 jgi|Araly1|941983|scaffold_602527.1 8654 0.0
> Ahg941983 jgi|Araly1|941983|scaffold_602527.1
Length=7180
Score = 8654 bits (4686), Expect = 0.0
Identities = 5204/5458 (95%), Gaps = 20/5458 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1998 GGATTACAGAAAATTTCGGAGTAATCCTATCAATCAGGCTGCTATTTCACTTGCTGAGAG 2057
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1730 GGATTACAGAAAATTTCGGAGTATTCCTATCAATCAGGCTGCTATTTCACTTGCCGAGAG 1789
Query 2058 CGGGAGAATAGGAGCCTTAAACCTGCTATTTAAGCGGCATCCTTATTCACTTGTTTCGTT 2117
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1790 CGGGAGAATAGGAGCCTTAAACCTGCTATTTAAGCGGCATCCTTATTCACTTGCTTCGTT 1849
Query 2118 TATGCTGCAAATTTTGGCAGCTATTCCTGAAACAGTCCCTGTTGAAACGTATGCACATCT 2177
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1850 CATGCTGAAAATTTTGGCAGCTATTCCTGAAACAGTCCCCGTTGAAACGTATGCACATCT 1909
Query 2178 TCTTCCGGGAAAATCTCCTCCAACCAGTATGGCAGTGAGAGAAGAAGATTGGGTTGAATG 2237
|||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1910 TCTTCCTGGAAAATCTCCTCCAACGAGTATGGCAGTGAGAGAAGAAGACTGGGTTGAATG 1969
Query 2238 TGAGAAGATGGTTAAG-TTTATTAATAACTTGCCGGAGAATGGCAAGAATGATTCTCTGA 2296
||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1970 TGAGAAGATGGTT-AGATTTATTAGTAACTTGCCGGAGAATGGCAAGAATGATTCTCTGA 2028
Query 2297 TTCAAACTGAGCCAATTGTTAGAAGGTGTTTGGGGTATAATTGGCCATCATCAGAAGAAC 2356
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2029 TTCAAACTGAGCCAATTGTCAGAAGGTGTTTGGGGTATAATTGGCCATCATCACAAGAAC 2088
Query 2357 TTGCTGCATGGTACAAAAGTAGAGCTAGAGATATTGATTCGACCACTGGGCTGTTAGACA 2416
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2089 TTGCTGCATGGTACAAAAGTAGAGCTAGAGATATTGATTCGTCCACTGGGCTGTTAGACA 2148
Query 2417 ACTGCATTTGCTTGATTGATATTGCATGTCGAAAAGGCATATCTGAGTTGGAACAGTTCC 2476
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2149 ACTGCATTTGCTTGATTGATATTGCATGTCGAAAAGGCATATCTGAGTTGGAACAGTTCC 2208
Query 2477 ATGAGGATCTATCATACTTGCACCAGATAATTTATTCTGACGAAATTGGAGGCGAAATCT 2536
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2209 ATGAGGATCTATCATACTTGCACCAGATAATTTATTCTGACGAAATTGGAGGTGAAATCT 2268
Query 2537 GCTTCAGCTTAAGCCTTGCTGGGTGGGAGCATTTATCTGATTATGAGAAATTTAAAATAA 2596
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2269 GCTTCAGCTTAAGCCTTGTTGGGTGGGAGCATTTATCTGATTATGAGAAATTTAAAATAA 2328
Query 2597 TGCTTGAAGGGGTTAAAGCTGATACTGTGGTTAGAAGATTGCATGAGAAGGCAATTCCAT 2656
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2329 TGCTTGAAGGGGTCAAAGCTGATACTGTGGTTAGAAGATTGCATGACAAGGCAATTCCAT 2388
Query 2657 TTATGCAGAAAAGGTTTTTGGGGACAAACAACCAG-AATGTGGAGTCCTTTCTAGTTAAA 2715
||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2389 TTATGCAGAAAAGGTTTTTGGGGACAAACAACC-GTAATGTGGAGTCCTTTCTAGTTAAA 2447
Query 2716 TGGCTGAAGGAGATGGCAGCAAAAAGTGATATGGATTTATGCTCAAAAGTTATTGATGAA 2775
||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||| || |||
Sbjct 2448 TGGCTGAAGGAGATGGCAGCAAAAAATGATATGGAATTATGCTCACAAGTTATAGAGGAA 2507
Query 2776 GGGTGCATTGATTTATATACTGTTTGtttttttAAGGATGATGTT-GAAGCTGTTGATTG 2834
|||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||
Sbjct 2508 GGGTGCATGGATTTACATACTGTTTGTTTTTTTAAGGATGA-GTTTGAAGTTGTTGATTG 2566
Query 2835 TGCTCTGCAATGTTTGTATCTGTGCAAAGTTACGGATAAGTGGAATGTCATGGCAACAAT 2894
||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2567 TGCTCTGCAATGTCTGTATCTGTGCAAAGTTACAGATAAGTGGAATGTCATGGCAACAAT 2626
Query 2895 GCTATCAAAGCTACCAAAGATAAATGATAAAGCTGGTGAAGACATTCAGAGAAGACTCAA 2954
| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2627 GTTATCAAAGCTACCGAAGATAAATGATAATGCTGGTGAAGACATTCAGAAAAGACTCAA 2686
Query 2955 ACGGGCAGAAGGTCATATTGAAGCAGGGAGGCTTTTGGAGTTTTATCAGGTCCCCAAACC 3014
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2687 ACGGGCGGAAGGTCATATAGAAGCAGGGAGGCTTTTGGAGTTTTATCAGGTCCCCAAACC 2746
Query 3015 AATTAACTATTTTCTTGAGGTTCATTTGGATGAAAAAGGTGTAAAGCAGATTCTTCGACT 3074
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2747 AATTAATTATTTTCTTGAGGTTCATTTGGATGAAAAAGGTGTAAAGCAGATTCTTCGACT 2806
Query 3075 CATGCTTTCGAAATTTGTTCGTCGTCAACCTGGACGATCTGATAATGACTGGGCATGCAT 3134
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2807 CATGCTTTCGAAATTTGTCCGTCGTCAACCTGGGCGATCTGATAATGACTGGGCATGCAT 2866
Query 3135 GTGGCGTGATCTGCGACAGTTGCAAGAGAAAGCCTTTTATTTCCTTGATCTTGAGTTTGT 3194
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2867 GTGGCGTGATCTGAGACAGTTGCAAGAGAAAGCCTTTTATTTCCTTGATCTTGAGTTTGT 2926
Query 3195 GCTAACAGAATTCTGTAGAGGACTTCTAAAGGCTGGGAAGTTTTCTCTGGCTAGAAATTA 3254
||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2927 GCTCACAGAGTTCTGTAGAGGACTTCTAAAGGCTGGGAAGTTTTCTCTGGCTAGAAATTA 2986
Query 3255 TCTCAAGGGTACAGGTTCAGTTGCTCTGCCATCAGAGAAGGCAGAGAGTCTGGTTATTAA 3314
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2987 TCTCAAGGGTACAGGCTCAGTTGCTCTGCCATCAGAGAAGGCAGAGAGTCTTGTTATTAA 3046
Query 3315 TGCGGCAAAGGAATACTTCTTCTCTGCTCCGAGCCTTGCTTCTGAAGAAATATGGAAAGC 3374
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3047 TGCGGCAAAGGAATACTTCTTCTCTGCTCCGAGCCTTGATTCTGAAGAAATATGGAAAGC 3106
Query 3375 AAGGGAGTGCCTGAATATATTTTCTAGTAGCCGGACTGTTAAAGCCGAGGACGATATCAT 3434
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3107 AAGGGAGTGCCTGAATATATTTTCTAGTAGCCGGACTGTTAAAGCCGAGGCCGATATCAT 3166
Query 3435 TGATGCAGTTACCGTTAGGCTTCCAAAGCTTGGGGTTAGTCTCTTACCAGTGCAGTTCAA 3494
||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3167 TGACGCAGTTACTATTAGGCTTCCAAATCTTGGGGTTCGTCTCTTACCAGTGCAGTTCAA 3226
Query 3495 ACAAGTAAAAGACCCAATGGAGATTATTAAGATGGCAATCACGGG-CGATCCTGAGGCTT 3553
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||
Sbjct 3227 ACAAGTAAAAGACCCAATGGAGATTATTAAGATGGCAATCACGGGGC-ATCCTGGGGCTT 3285
Query 3554 ATCTACATGGTGAAGAGCTTATTGAGGTTGCTAAACTTCTTGGGTTGAATTCTTCAGAAG 3613
||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3286 ATCTACATGTTGAAGAACTTATTGAGGTTGCTAAACTTCTTGGGTTGAATTCTTCAGAAG 3345
Query 3614 ATATATCATCTGT-GAAAGAAGCTATTGCTAGAGAAGCTGCAATTGCAGGGGATATGCAG 3672
||| |||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 3346 ATAGATCACCTGTTGAA-GAAGCTATTGCTAGAGAAGCTGCAGTTGCAGGGGATCTGCAT 3404
Query 3673 CTGGCTTTTGATCTATGCCTTGTTCTAACCAAAGAGGGGCATGGTCCCATTTGGGATTTA 3732
||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3405 CTGGCTTCTGATTTATGCCTTGTTCTAACCAAAAAGGGGCATGGTCCCATTTGGGATTTG 3464
Query 3733 GGTGCTGCAATAGCAAGAAGTCCTGCACTTGAACACATGGATATAAGTTCTAGAAAGCAG 3792
|||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3465 GGTGCTGCAATAGCAAGAGGTCCTGCACTTGAGCACATGGATATAAGTTCTAGAAAGCAG 3524
Query 3793 TTGCTTGGTTTTGCTTTGGGTCACTGTGATGATGAATCGATTAGTGAGTTATTGCACGCA 3852
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||
Sbjct 3525 TTGCTTGGCTTTGCTTTGGGTCACTGTGATGATGAATCGATCAGTGAGTTATTGCACTCA 3584
Query 3853 TGGAAAGATTTTGACCTGCAAGGCCAGTGCGAGACTCTGGGAATGTTATCTGAGTCGAAT 3912
||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3585 TGGAAAGATCTTGACCTGCAAGGCCAATGTGAGACTCTGGGAATGTTATCTGAGTCGGAT 3644
Query 3913 TCTCCTGAGT-TTCAAAAGATGGACGGTGTTTCTTGTCTTACTGATTTCCCTCAAATGCT 3971
|||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||
Sbjct 3645 TCTCCTGA-TATTCACAAGATGGACGGTGTTTCTTGTCTTAGAGAATTCCCTCAGATGCT 3703
Query 3972 TGATGGACTAAGCAGTGATCAACAACTAGATTTGGATAGAGCCAAAGATTCAATTTCTTG 4031
|||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 3704 TGATGGGCTATGCAGTGATCAACAACTAGATTTGGATAGAGTCAAAGATTCACTTTCTTG 3763
Query 4032 TGTTGCTAAGGA-TATGCCGGTTGATGATAGCGTGGACTTGGAATCTCTGCTAAAGGAAA 4090
| |||||||||| | | ||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3764 TATTGCTAAGGACT-TACCGGTTGATAATAGAGTGGACTTGGAATCTCTTCTAAAGGAAA 3822
Query 4091 ATGGGAAGCTTTTCTCATTTGCTGCTTCACATCTTCCTTGGTTGCTTAAGCTGGGAAGAA 4150
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3823 ATGGGAAGCTTCTCTCATTTGCTGCTTCACATCTTCCTTGGTTGCTTAAGCTGGGTAGAA 3882
Query 4151 ATAGGAAACTGGATAAAAGTCTAGTGCTTGATTCAATTCCTGGAAAGCAGTTTGTCAGCA 4210
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3883 ATAGGAAACTGGATAAAAGTCTAGTGCTTGATTCAATTCCTGGAAAGCAGTTTGTCAGCA 3942
Query 4211 TAAAAGCAACTGCTCTAATTACCATTCTTTCCTGGCTGGCAAAGAATGGTTTTGCGCCAA 4270
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3943 TAAAAGCAACTGCTCTTGTTACCATTCTTTCCTGGCTGGCAAAGAATGGTTTTGCGCCGA 4002
Query 4271 AAGATGAGCTGATAGCCATGATTACAGACTCCATCATCGAACATCCGGTAACAAAAGAGG 4330
||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 4003 AAGATGAGCTGATAGTTATGATTACAGACTCAATCATCGAACAACCGGTAACAAAAGAGG 4062
Query 4331 AAGACGTCATAGGATGCTCCTTTCTGTTGAATCTGGTAGATGCATCTAATGCAGTAGAAG 4390
||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4063 AAGACATTATAGGATGCTCCTTTCTGTTGAATCTGGTAGATGCATCTAATGCAGTAGAAG 4122
Query 4391 TTATAGAGAAGCAGTTGAGAATAAGGGGGAACTACCAAGAAATTCGAAGTATCATGAGTC 4450
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4123 TTATTGAGAAGCAGTTGAGAATAAGGGGGAACTACCAAGAAATTCGAAGTATCATGAGTC 4182
Query 4451 TAGGGATGATATACAGTTTGCTACATGACTCTGGGGTAGAGTGCACAGCTCCCATCCAGA 4510
||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4183 TAGGGATGATATATAGTTTGCTACATGACTCTGGAGTAGAGTGCACAGCTCCCATCCAGA 4242
Query 4511 GGAGAGAACTGCTACAGAAGAACTTTGAGAGAAAGCAAACAGAAAGTCTCGCTGATGATA 4570
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 4243 GGAGAGAACTGCTACGGAAGAACTTTGAGAGAAAGCAAACAGAAAGTCTCTCTGATGATA 4302
Query 4571 TGAGCAAGATCGACAAACTTCAATCAACTTTTTGGAAGGAATGGAAGCATAAATTAGAGG 4630
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 4303 TGAGCAGGATCGACAAACTTCAATCAACTTTTTGGAAGGAATGGAAACATAAATTAGAGG 4362
Query 4631 AAAAAATGCATGATGCTGACCGTTCTAGGATGCTGGAGAGAATCATTCCTGGGGTTGAGA 4690
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 4363 AAAAAATGCATGATGCTGACCGTTCTAGAATGCTGGAGAGAATTATTCCTGGGGTTGAGA 4422
Query 4691 CTGAAAGGTTTTTGTCTCATGATATTGAATACATTAAGGTTGCTGTTTTCTCTCTCATTG 4750
|||||||||||||||| | |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 4423 CTGAAAGGTTTTTGTCACTTGATATGGAATATATTAAGGTTGCTGTTTTCTCTCTGGTTG 4482
Query 4751 AATCTGTGAAATCAGAGAAGAAGCTGATTTTGAAGGATGTACTAAAATTAGCTGATACAT 4810
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 4483 AATCTGTGAAATCCGAGAAGAAGCTGATTTTGAAGGATGTACTAAAATTGGCTGATACAT 4542
Query 4811 ATGGCTTGAAGCAATCAGAGGTGATATTAAGGTATTTAAGCTCTATCCTTTGCTCTGAGA 4870
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 4543 ATGGCTTGAAGCAATCAGAGGTGATATTACGGTATTTAAGCTCTATCCTTTGCTCTGAAA 4602
Query 4871 TTTGGACAAATGAGGACATCACGGCTGAAATTTTACAAGTCAAGGAAGAAATACTCACCT 4930
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 4603 TTTGGACAAATGAGGACATCACGGCTGAAATTTTACAAGTCAAGGACGAAATACTTTCCC 4662
Query 4931 TTGCTTCAGACACCATAGAAACCATAAGCACAATCGTGTACCCAGCAGCTAGTGGTCTTA 4990
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 4663 TTGCTTCAGACACCATACAAACCATAAGCACAATCGTGTACCCAGCAGTTAGTGGTCTTA 4722
Query 4991 ACAAACAACGCCTTGCTTACATATATAGCCTCCTTTCTGAATGCTATTGTCATTTGGCAG 5050
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||
Sbjct 4723 ACAAACAACGCCTTGCTTACATATATAGCCTCCTTTCTGAATGCTATTGCCATTTGGTAG 4782
Query 5051 AAAGCAAGGAAGCATCATTGTTGGTTCAACCGAATTCTTCCTTTGCTGGGTTATCAAATT 5110
|||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4783 AAAGCAAGGAAGCATCATTGTTGGTTGAACCGCATGGTTCCTTTGCTGGGTTATCAAATT 4842
Query 5111 GGTATAACGTCCTTAAGCAAGAGTGCAGTAGAGTGTCATTTATCAAAGATTTGGATTTCA 5170
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4843 TGTGTAACGTCCTTAAGCAAGAGTGCAGTAGAGTGTCATTTATCAAAGATTTGGATTTCA 4902
Query 5171 AAAATATTTCAGAATTGGGAGGTTTGAATTTTGACAGCTTCAACAATGAAGTCCATGCGC 5230
|||||||| | || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4903 AAAATATTGCGGAGTTGGGAGGTTTGAACTTTGACAGCTTCAACAATGAAGTCCATGCGC 4962
Query 5231 ACATCAATGAGATGAACTTGGAAGCTTTGGCCAAAATGGTAGAAACTCTAAGTGGCTTAT 5290
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 4963 ACATCAATGAGATGAACTTGGAAGCTTTGGCCAAAATGGTAGAAACTCTCACTGGCTTAT 5022
Query 5291 CCATGGAAAATTCGTCCAAGGGTCTCATTTCCTGTCAAGATGTCTACAAACAATATATTA 5350
||| |||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 5023 TCATTGAAAATTCCTCCATGGGTCTCATTTCCTGGCAAGATGTCTACAAGCAATATATTA 5082
Query 5351 TGAATTTGTTAGATACATTGGAGAGTAGAAGAGATCTTGATTTTGGAAGTGCAGAGAGTT 5410
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5083 TGAATTTGTTAGATACATTGGAGAGTAGAAGAGATCTTGATTTTGGAAGTGCAGAGAGTT 5142
Query 5411 TCCAGGGCTTCCTCGGTCAACTTGAGAAGACATATGACCACTGTAGAGTATATGTCAGAA 5470
|||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 5143 TCCAAGGCTTCCTCGGTCAACTTGAGCAGACATATGACCACTGCAGAGTATATGTCAGGA 5202
Query 5471 TCTTGGAACCTTTGCAGGCTGTGGAAATCCTGAAACGGCATTTCACGTTAGTTCTACCGC 5530
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |
Sbjct 5203 TCTTGGAACCTTTGCAGGCTGTGGAAATCCTGAAACGGAATTTCACCTTAGTTCTACCAC 5262
Query 5531 CAAATGGTTCCTATATGCACATCCCTGATAGTTCTACATGGCAAGAATGTCTTATCTTAC 5590
|||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 5263 CAAATGGTTCTTACATGCACATCCCTGATAGTTCTAAATGGCAAGAATGTCTTATCTTAC 5322
Query 5591 TGATTAACTTTTGGATAAGATTAGCTGATGAGATGCAAGAGGTAAAATCATCTAATCCAA 5650
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||
Sbjct 5323 TGATTAACTTTTGGATAAGATTAGCTGATGAGATGCAGGAAGTAAAATCATCTAGTCCAA 5382
Query 5651 GTTTGGTGGAGAATCTTACCTTGAGCCCTGAATGCATTAGCAGCTGTTTTACTCTACTCA 5710
||||||||| |||||| | ||| |||||||||||||||||||||||| ||||| | || |
Sbjct 5383 GTTTGGTGGCGAATCTCATCTTAAGCCCTGAATGCATTAGCAGCTGTCTTACTGTTCTTA 5442
Query 5711 TAAAACTTGTAATGTATGACAGTCTGTCCCCAAGTCAGGCTTGGGCTGCAATACTTGTCT 5770
||||||| |||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 5443 TAAAACTAGTAATGGATGATAGTCTGTACCCAAGTCAGGCTTGGGCTGCAATACTTATCT 5502
Query 5771 ACCTTAGATCTGGCTTGGTTGGTGATTGTGCCACTGAAATCTTCAATTTCTGCAGAGCCA 5830
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5503 ACGTTAGATCTGGCTTGGTTGGTGATTGTGCCACTGAAATCTTCAATTTCTGCAGAGCCA 5562
Query 5831 TGGTCTTCTCTGGTTGTGGATTCGGGCCCATTTCTGATGTCTTCTCAGATATGTCCTCTC 5890
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 5563 TGGTCTTCTCTGGTTGTGGATTCGGGCCCATTTCTGATGTCTTCTCAGATTTGTCCTCTC 5622
Query 5891 GGTATCCAACAGCTTTGCAGGATCTTCCACACCTGTATTTGAGTGTCCTTGAACCTATTT 5950
||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 5623 GGTATCCAACAGCTTTGCAGGATCTTCCACATCTTTATTTGAGTGTACTTGAACCTATTT 5682
Query 5951 TACAAGATTTGGTATCTGGGGCTC-CTGAAACACAAAATCTTTACCGGCTGCTCTCTTCT 6009
|||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||| |||||||||||
Sbjct 5683 TACAAGATTTGGTATCTGGGGCTCAC-GAAACACAGAATCTTTACCGGTTGCTCTCTTCT 5741
Query 6010 CTTAGTAACTTGGAAGGCAACCTGGAAGAACTGAAACGTGTCAGGCTTGTAGTCTGGAAA 6069
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||
Sbjct 5742 CTTAGTAACTTAGAAGGCAACCTAGAAGAACTGAAGCGTGTTAGGCTTGTAGTCTGGGAA 5801
Query 6070 CAACTCGTAATATTTTCTGAGAACCTGGAGTTGCCAAGTCAAGTTCGCGTCTACTCCTTA 6129
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 5802 CAACTCGTAATATTTTCTGAGAACCTGGAGTTGCCAAGTCAAGTTCGCGTCTACTCTTTA 5861
Query 6130 GAGCTTATGCAGTTCATCTCGGGTAAGAATATCAAGGGCTCATCGTCTGAGCTACAATCA 6189
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5862 GAGCTTATGCAGTTCATCTCGGGTAAGAATATCAAGGGCTCATCGTCTGAGCTACAATCA 5921
Query 6190 AACGTTATGCCATGGGACGGTTCGGCTGAGTTACTATCATCTATGCAGAAGACTGAAGCC 6249
|||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 5922 AACGTTTTGCCATGGGACGGTTCAGCTGAGTTACTATCTTCTATGCAGAAGACTGAAGCC 5981
Query 6250 GCGCTTAACCAAGCGTTGCCTGACCAGGCTGATGGCTCTAGCAGGCTCACAAACACTCTG 6309
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5982 ACACTTAACCAAGCGTTGCCTGACCAGGCTGATGGCTCTAGCAGGCTCACAAACACTCTG 6041
Query 6310 GTTGCACTTAAATCATCTCAGGTCGCTGTAGCAGCCATCTCTCCAGGCCTAGAGATCTCC 6369
|| |||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6042 GTCGCACTTAAATCATCTCAGATCGCTGTTGCTGCCATCTCTCCAGGCCTAGAGATCTCA 6101
Query 6370 CCGGAGGATTTATCTACTGTTGAGACATCTGTTTCTTGCTTCTCTAAACTCTCTGCTGCT 6429
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6102 CCGGAGGATTTATCTACTGTTGAGACATCTGTTTCCTGCTTCTCTAAACTCTCTGCTGCT 6161
Query 6430 GTTACTACAGCTTCACAAGCTGAAGCTCTTTTGGCTATTTTGGAAGGATGGGAAGAGCTG 6489
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 6162 GTTACTACAGCTTCACAAGCTGAAGCTCTTCTGGCTATTTTAGAAGGATGGGAAGAGCTG 6221
Query 6490 TTTGAAGCTAAGAACGCCGAACTATTGCCATCTAATGAGGCAACCGACCAAGGAAACGAC 6549
|||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||
Sbjct 6222 TTTGAAGCTAAGAAAGCCGAACTATTGCCGTCTAATGACGCAACCGACCGAGGAAACGAC 6281
Query 6550 TGGGGTGATGATGATTGGAATGATGGATGGGAAACACTGCAGGAATCAGAACCCGTGGAG 6609
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 6282 TGGGGTGATGATGATTGGAATGATGGATGGGAAACACTCCAGGAATCAGAACCCGTGGAG 6341
Query 6610 AAAGTaaaaaaaGAATGCGTAGTCTCAGCTCATCCTTTACATTCTTGCTGGCTGGATATT 6669
||||| ||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 6342 AAAGTGAAAAAGGAATGCATAGTGTCAGCTCATCCTTTACATTCATGCTGGCTGGATATT 6401
Query 6670 TTCAGAAAGTACATTGCATTGTCCATGCCCGAAAATGTACTACAACTAATAGATGGTTCT 6729
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||
Sbjct 6402 TTCAGAAAGTACATTGCATTGTCCATGCCCGAAAATGTTCTACGACTAATAGATGGATCG 6461
Query 6730 CTTCAGAAGCCTGAAGAGGTGATAATTGAAGAAACTGAAGCAGAAAGCCTGACCGGGATC 6789
||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6462 CTTCAAAAGCCCGAAGAGGTCATAATTGAAGAAAATGAAGCAGAAAGCCTGACCGGGATC 6521
Query 6790 TTAGCCAGGACCGACCCATTTCTCGCACTAAAGATTTCTCTTTTGTTACCCTACAAACAG 6849
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 6522 TTAGCCAGGACCGACCCATTTCTCGCACTAAAGATTTCTCTTTTGTTACCCTACGAACAG 6581
Query 6850 ATCAGATCTCAGTGTCTCAGTGTTGTTGAAGAACAATTGAAGCAAGAAGGCATTCCGGAG 6909
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6582 ATCAGATCTCAGTGTCTCAGTGTTGTGGAAGAACAATTGAAGCAAGAAGGCATTCCGGAG 6641
Query 6910 TTATCGAGTCAGAGCCATCATGAAGTTCTTCTCCTGGTTATATATTCTGGGACTCTCTCA 6969
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6642 TTATCGAGTCAGAGCCATCATGAAGTTCTTCTCCTGGTTATATATTCTGGGACTCTCTCA 6701
Query 6970 ACGATCATCTCCAATGCTTGCTACGGCTCAGTCTTCTCCTTCCTCTGTTATCTGATTGGA 7029
|| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6702 ACAATCATCTCCAATTCTTGCTACGGCTCAGTCTTCTCCTTCCTCTGTTATCTGATTGGA 6761
Query 7030 AAGCTATCTCGAGAATTCCAAGAAGAGCGGATAACACAAGCTGACAACAGAGAATCGAAT 7089
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 6762 AAGCTATCTCGAGAGTTCCAAGAAGAGCGGATAACACAAGCTGACAACAGAGAATCAAAT 6821
Query 7090 GCAAGTTCCGAGAGTCGGTTTATATCATGTTTTGGGCAACTCATGTTCCCCTGTTTTGTC 7149
|||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 6822 GCAAGTTCGGAGAGTCGGTTTATCTCATGTTTTGGGCAACTCATGTTCCCGTGTTTTGTC 6881
Query 7150 TCAGGGCTTGTTAAGGCAGATCAGCAGATATTAGCGGGGTTTTTGGTGACCAAGTTCATG 7209
| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||
Sbjct 6882 GCGGGGCTTGTTAAGGCGGATCAGCAGATATTAGCCGGGTTTCTGGTGACCAAGTTCATG 6941
Query 7210 CACAGTAACCCATCTCTTAGTCTGATTAATGTTGCAGAGGCAAGTCTGCGGAGATACTTG 7269
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 6942 CACAGTAACCCATCTCTTAGTCTGATTAATGTTGCAGAGGCAAGTCTGAGGAGATACTTG 7001
Query 7270 GATAAGCAGCTCGAATCTTTGGAGCATTTGGAGGATTCGTTTGCCGAGAGCTCAGA-CTT 7328
|| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 7002 GAGAAGCAGCTCGAGTCTTTGGAGCATTTGGAGGATTCGTTTGCCGAGAGCTCAGAACTT 7061
Query 7329 TGAAACACTGAAGAATACAGTCTCAAGCCTAAGAGGCACTTCAAAGGAAGTTATACGATC 7388
||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 7062 -GAAACGCTGAAGAATACAGTCTCAAGCTTAAAAGGCAATTCAAAGGAAGTTATACGATC 7120
Query 7389 TGCGTTAGCTTCTCTCTCTAATTGTACAAACAGCAGATGATTTG-ACAATGGAGGCTT 7445
||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||| || | |||||||||||
Sbjct 7121 TGCGTTAGCGTCTCTTTCTACTTGTACAAACAGCAGATGATATGGA-AATGGAGGCTT 7177
Score = 2710 bits (1467), Expect = 0.0
Identities = 1632/1711 (95%), Gaps = 13/1711 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 229 CGATTGATCATGGAAAGTCCTGGAAGAAAAGTTTTGTATGAGATACGTCATCATGCTTCA 288
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 12 CGATTGATCATGGAAACTCCTGGAAGAAAAGTTTTGTATGAGATACGTCATCATGCTTCA 71
Query 289 TTGCCTTATGTTCCTAGATATCCTCCTCTTCCTCAGGCAGATGGAACTAATTCGAAAGGA 348
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 72 TTGCCTTTTGTTCCTAGATATCCTCCTCTTCCTCAGGCAGATGGAGCTGATTCGAAAGGA 131
Query 349 GGACTTCGGTCACTTGTTTCCATCAAAGGTGTTAGTCAACTCAAGGAAAAGTGGAGTGAA 408
|| |||||||| ||||| ||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 132 GGGCTTCGGTCTCTTGTCTCCATTAGAGGTTTTAGTCAACTCAAGGAAAAGTGGAGTGGA 191
Query 409 TACTGGAATCCGaaaaaaaCTAATAAGCCGGTGTCGTTATTTATTTCACCAAGAGGAGAA 468
|| |||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 192 TATTGGAATCCGAGAAAGACTAATAAACCGGTGTCGTTATTTATTTCACCAAGAGGAGAA 251
Query 469 CTTGTGGCTGTCACTTCTGGAAATCACGTTACTATCTTGCGAAAGGATGATGATTACAGG 528
||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 252 CTTGTGGCTGTCACTTCCGCAAATCATGTTACTATCTTACGAAAGGATGATGATTACAGG 311
Query 529 AAACCTTGTGGCAATTTTACATCCAGCATATCAGGTTCATTTACTTCTGGAGTATGGTCC 588
||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 312 AAACCTTGTGGCAATTTTACATCCAACATATCAGGATCATTTACTTCTGGAGTGTGGTCC 371
Query 589 GAAAAACATGATGTTCTTGGTCTTGTGGATGATAGTGAGACCCTCTTTTTCATCAGAGCT 648
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 372 GAAAAACATGATGTTCTTGGTCTTGTGGATGATAGTGAGACCCTCTTTTTCATCAGAGCT 431
Query 649 AATGGCGAAGAAATAAGTCAGGTCACAAAAAGAAACTTGAAGGTTTCTGCACCAGTATTA 708
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 432 AATGGTGAAGAAATAAGTCAAGTCACAAAAAGAAACTTGAAGGTTTCTGCATCAGTATTA 491
Query 709 GGATTAATGGAGGACGACTCTGATTTGCAACCATCATGCTTGTGTTCGTTCAGTATACTT 768
|||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||
Sbjct 492 GGATTAATAGAGGACGACTGTGATTTGCAACCATCATGTTTGTGTTCATTCAGTGTACTT 551
Query 769 ACGTCAGATGGACGTATTCATCATGTCGAGATCAGTAGGGAGCCAAGTGCTTCTGCCTTT 828
|| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
Sbjct 552 ACATCAGATGGACTTATTCATCATGTCGAGATCAGTAGGGAGCCAAGCGCTTCTTCCTTT 611
Query 829 TCCAAGCATGCTTCAAATAGTGTCT---C------AAAGCAATTCCCCAACCACGTTTTC 879
||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 612 TCCAAACATGCTTCAAATAGTGTCTCAGCTTTGAGAAAGCAATTCCCCAACCACGTTTTT 671
Query 880 TGCTTTGATTACCATCCAGATCTTTCTTTTCTTC-TCATTGTTGGTAGTGTTGCAGGCAT 938
|||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||
Sbjct 672 TGCTTTGATTACCATCCAAATCTTTCTTTTCTTCTTC-TTGTTGGTAGTGCTGCAGGCAT 730
Query 939 ATCATCGTCAGGGAGTTCTGGTTCATCGTGTATCTCGCTTTGGCGTAAGTGTCAGAATTT 998
||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 731 ATCATCGACAGGGAGTTCTGGTTCATCATGTATCTCACTTTGGCGTAAGTGTCAGAATTT 790
Query 999 AGGTCTGGAATTGTTGTCCACCACAAAGTTTGATGGCGTGTATTGTGAGAACAAAGATGA 1058
|||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 791 AGGTCTGGAACTGTTGTCCACCACAAAGTTTGAAGGCGAGTATTGTGAGAACAAAGATGA 850
Query 1059 TCAGTTGGCATATCCAAAGACTTTAATCTCCCCTCAAGGGTCACATGTTGCAAGTCTTGA 1118
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 851 TCAGTTGGCATATCCAAAGACTTTAATCTCACCTCAAGGGTCACATGTTGCAAGTCTTGA 910
Query 1119 TAGCAATGGGTGCGTGCATATTTTCCAGTTAGATAAAGCAAGATTGACACTTTCGTGCTG 1178
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 911 TAGCAATGGGTGCGTGCATCTTTTCCAGTTAGATAAAGCAAGATTGACACTTTCGTGCTG 970
Query 1179 TCCTTCTGAAGACAGTTCTGATTCACTGAAGCCAGATAAGTCGCTACAAAGTTGGAAAGA 1238
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||
Sbjct 971 TCCTTCTGAAGACAGTTCTGATTCACTGAAGCCAGATAAGTCACTAAAAAATTGGAAAGA 1030
Query 1239 AAGTTTAAGAAATGTCGTAGATTTTACTTGGTGGTCTGATCACGCCCTTGCAATTTTGAA 1298
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1031 AAGTTTAAGAAATGTCGTAGATTTTACTTGGTGGTCTGATCACGCCCTTACAATTTTGAA 1090
Query 1299 AAGGAGCGGTAACATTAGTATATTTGACATCAGTAGGTGTGTTATAGTTCAAGAGGATGC 1358
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1091 AAGGAGCGGTAACATTAGTATATTTGACATCAATAGGTGTGTTATAGTTCAAGAGGATGC 1150
Query 1359 TACCATTTATTCTATGCCTGTCGTGGAAAGAGTTCAGAAATATGAAGGACACATTTTTCT 1418
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 1151 TACCATTTATTCTATGCCTGTCGTGGAAAGAGTTCAGAGATATGAGGGACACATTTTTCT 1210
Query 1419 TTTAGAAAGTTCAACACAGGAAGCAAAATCAGCTCTGGCCAATGTTGACAGGGACGCAAG 1478
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||| ||||
Sbjct 1211 TTTAGAAAGTTCAACACAGGAAGCAAAATCAGCCCTGGCCAAGGTTGACAAGGACCCAAG 1270
Query 1479 TGAATTTCATCATACTAGTGAGCATAGTATGTTATGGAGGCTAATATCATTTACTGAGAA 1538
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1271 TGAATTGCATCATACTAGTGAGCATAGTATGTTATGGAGGCTAATATCTTTTACTGAGAA 1330
Query 1539 AACAATTCCTGAAATGTATAAAATCTTAGTTGAGAAATGCCAATATCAAGAAGCGTTAGA 1598
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1331 AACAATTCCTGAAATGTATAAAATCTTAGTTGAGAAATGCCACTATCAAGAAGCGTTGGA 1390
Query 1599 TTTCT-CTGATAGTCATGGCTTGGACAGAGATGAAGTTTTCAAGTCAAGATGGTTGAAGT 1657
||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1391 TTT-TGCTGATAGTCATGGCTTGGACAGAGATGAAGTTTTCAAGTCAAGATGGTTGAACT 1449
Query 1658 CAGAAAAAGGAGTCAGTGATGTGAGCACGATTCTATCAAAGATAAAAGATAAAGCTTTTG 1717
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1450 CAGGAAAAGGAGTCAGTGATGTGAGCACGATTCTATCAAAGATAAAAGATAAAGCTTTTG 1509
Query 1718 TGCTCTCCGAATGCTTAGATAGAATTGGGCCAACAGAAGATTCCATGAAGGCCTTACTTG 1777
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1510 TGCTCTCCGAATGCTTAGATAGAATTGGGCCAACAGAAGATTCCATGAAGGCCTTACTTG 1569
Query 1778 CGCATGGACTTTATCTAACCAATCACTATGTATTTGCTAAATCTGAAGATCAAGAATCCC 1837
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1570 CGCATGGACTTTATCTAACTAATCACTATGTATTTGCTAAATCTGAAGATCAAGAATCCC 1629
Query 1838 AACAACTTTGGGAATTTCGTTTGGCTAGGCTTCGTCTATTACAGTTTAGTGAAAGGCTTG 1897
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1630 AACAACTTTGGGAATTTCGTTTGGCTAGGCTTCGTCTATTACAGTTTAGTGAAAGGCTCG 1689
Query 1898 ACACCTATTTGGGGATAAGCATGGGCAGATA 1928
|||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1690 ACACATATTTGGGGATAAGCATGGGCAGATA 1720
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 287049977649
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5