BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G24540.1 Length=1605 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg894358 jgi|Araly1|894358|Al_scaffold_0006_2354 2470 0.0 > Ahg894358 jgi|Araly1|894358|Al_scaffold_0006_2354 Length=1605 Score = 2470 bits (1337), Expect = 0.0 Identities = 1516/1605 (94%), Gaps = 2/1605 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGGCAATTAAGCTCATTGCACTAGTAATCACACTATGTGTAGCATCATGGGATGTTGCA 60 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1 ATGGCAATTAAGCTAATTGCACTAGTAATCACACTATGTGTAGCATCATGGGATACTGCA 60 Query 61 CAGGGCAGATCTTTAAGATTTTCTACAACTCCTCTAAATCGTTATAGCTTCCCTCCTCAT 120 | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 61 GAAGGAAGATCTTTAAGATTTTCTACAACTCCTCTAAATCGTTATAGCTTTCCTCCTCAT 120 Query 121 TTTGATTTTGGTGTTGCCTCTTCCGCTTATCAGTATGAAGGTGCAGTAGAAGAAGGAGGG 180 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 TTTGATTTTGGTGTTGCCTCTTCCGCTTATCAGTATGAAGGTGCAGTAGAAGAAGGAGGG 180 Query 181 AGGAGTCTAAGCATATGGGACAATTTCACACATGCATTTCCAGAAAGGACGAACATGGAC 240 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 AGGAGTCTAAGCATATGGGATAATTTCACACATGCATTTCCAGAAAGGACGAACATGGAC 240 Query 241 AATGGAGATGTTGCCGTTGATTTTTACCATCGTTATAAGGAAGACATCAAACTAATAAAG 300 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 241 AATGGAGATGTTGCCGTTGATTTTTACCATCGTTATAAGGAAGACATCAAATTAATAAAG 300 Query 301 GAAATGAATATGGATAGTTTCAGATTTTCCCTGTCCTGGTCAAGAATATTACCAAGTGGA 360 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 301 GAAATGAATATGGATAGTTTCAGATTTTCCCTGTCCTGGTCAAGAATATTACCGAGTGGA 360 Query 361 AAACTAAGTGATGGGGTCAATAAAGAAGGTGTTCAATTCTACAAGAATCTTATTGATGAA 420 ||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 AAAGTAAGTGATGGGGTCAATCAAGACGGTGTTCAATTCTACAAGAATCTTATTGATGAA 420 Query 421 CTTATCGAGAACGGTATCAAACCTTTTGTAACAATTTATCACTGGGATATCCCTCAAGCT 480 |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 421 CTTATCAAGAACGGTATAAAACCTTTTGTAACAATTTATCATTGGGATATCCCTCAAGCT 480 Query 481 CTTGATGATGAGTATGGTAGCTTTTTAAGTCCTCGAATCATAGATGATTTTCGAAACTAT 540 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 481 CTTGATGATGAGTATGGTAGCTTTTTAAGTCCTCGAATCATAGATGATTTTCGAAACTAC 540 Query 541 GCCAGATTTTGTTTCCAAGAGTTTGGGGACAAGGTCAGTATGTGGACAACTTTCAACGAG 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 541 GCCAGATTTTGTTTCCAAGAGTTTGGGGACAAGGTCAGTATGTGGACAACGTTCAACGAA 600 Query 601 CCATATGTTTATAGCGTTTCGGGTTATGATGCGGGTAATAAGGCAATGGGTCGATGTTCT 660 |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 601 CCATATGTTTATAGCGTTTCTGGTTATGATGCGGGAAATAAGGCAATGGGTCGATGTTCC 660 Query 661 AAATGGGTAAACAGTTTATGTATCGCCGGTGACTCGGGCACGGAGCCTTATTTAGTCTCC 720 ||||||||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 661 AAATGGGTAAACAGTTTGTGCATAGCCGGTGATTCGGGCACGGAGCCTTATTTAGTCTCT 720 Query 721 CACCACCTTCTTCTCGCTCACGCTGCTGCTGTTGAAGAGTTCAGGAAATGTGACAAGATT 780 |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 721 CACCACCTTCTTCTTGCTCACGCTGCTGCTGTTGAAGAGTTCAGGAAATGTGATAAGATT 780 Query 781 TCGCAAGATTCCAAGATAGGCATAGTGTTGTCTCCTTATTGGTTCGAGCCATATGACAGT 840 || || ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 781 TCAAAAAATTCCAAAATAGGCATAGTGTTGTCCCCTTATTGGTTCGAGCCATATGACATT 840 Query 841 GCTTCTAATGCTGATAAAGAAGCAGTTGAAAGGGCTCTTGCTTTCAATATTGGTTGGCAT 900 ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 841 GCTTCTAATGCTGATAAAGAAGCTGTTGAAAGAGCTCTTGCTTTCAATATTGGTTGGCAT 900 Query 901 CTCAGCCCTCT-AGTTTTCGGAGACTATCCAGAGACGATAAAGATAAGCGCTGGAAATAG 959 ||||||||||| | |||||||||||||||| |||| |||||| ||||||| ||||||| Sbjct 901 CTCAGCCCTCTGA-TTTTCGGAGACTATCCCGAGATAATAAAGGCAAGCGCTAGAAATAG 959 Query 960 ACTGCCATCTTTTACCAAAGAGCAATCTATGATGGTTAAAAATTCGTTTGATTTTATCGG 1019 |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || Sbjct 960 ACTGCCATCTTTCACCAAAGAGCAATCTATGATGGTTAAAAATTCATTTGATTTTATTGG 1019 Query 1020 TGTAAATTACTACACTGCACGGTTTGTTGCTCACGATCTTAACGTCGATATTTCACGGCC 1079 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||| Sbjct 1020 TGTAAATTACTACACTGCACGGTTTGTCGCTCACGATCTTAATGTCGATATTTCAAGGCC 1079 Query 1080 TCGCTTCATGACCGACCAACACCTCCAATACAAATTGACAAATCGTACCGGCGACACCAT 1139 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| Sbjct 1080 TCGCTTCATGACCGACCAACACCTCCAATACAAATTGACAAATCGTAGCGGAGACACCAT 1139 Query 1140 CTCATTGGAATCGGATGGTACCAAAATTCTCTGGTCATATCCGGAAGGGTTACGAAAGAT 1199 |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1140 CTCATTGGAATCGGATGGGACCAAAATTCTCTGGTCATATCCGGAAGGGCTACGAAAGAT 1199 Query 1200 TCTTAATTATATCAAAAATAAGTACAACAATCCAACTATCTACATAACTGAAAACGGTTT 1259 ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| Sbjct 1200 TCTTAATTACATCAAAAATAAATACAATAATCCAACTATTTACATAACAGAAAATGGTTT 1259 Query 1260 CGATGACTACGAAAATGGAACGGTGACACGTGAAGAGATACTAGAAGACACAAAGAGAAT 1319 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1260 TGATGACTACGAAAATGGAACAGTGACACGTGAAGAGATAATAGAAGACACAAAGAGAAT 1319 Query 1320 AGAGTACCACCAAAAACATCTTCAAGAACTCCAGAAAGCGATCACTGAGGATGGGTGTGA 1379 ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| | Sbjct 1320 AGAATACCACCAAAAACATCTTCAACAACTCCAGAAAGCGATCATTGAGGATGGGTGTAA 1379 Query 1380 CGTGAAAGGCTACTTCACATGGTCGTTATTGGATAATTTTGAATGGGAACATGGATATGC 1439 |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1380 CGTGAAAGGCTATTTCACATGGTCGTTGTTGGATAATTTTGAATGGGAACATGGATATGC 1439 Query 1440 AGTGAGATTTGGTTTGTACTACGTTGACTATAAAAATGGTCTTCAACGACATGCTAAACA 1499 |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| | Sbjct 1440 TGTGAGATTTGGTCTGTACTACGTTGACTATAAAAATGGTCTAAAAAGACATGCTAAAAA 1499 Query 1500 TTCAGCTATGTGGTTCAAACATTTTCTTGAGAGATCCGGAAAGCCAATGCCGATGGATCT 1559 ||| | || |||||||| ||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1500 CTCATCCATATGGTTCAAGCATTTTCTTCTGAGATCTGGAAAACCAATGCCGATGGATCT 1559 Query 1560 GTTTAAGAGTGTCAAGAGATGGTGGTCTACATTACAGATGATTTA 1604 |||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| Sbjct 1560 GTTTAAAAGTGTCAAGAGATGGTGGTATGGATTACAGATGATTTA 1604 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 60144496855 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5