BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G24540.1
Length=1605
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg894358 jgi|Araly1|894358|Al_scaffold_0006_2354 2470 0.0
> Ahg894358 jgi|Araly1|894358|Al_scaffold_0006_2354
Length=1605
Score = 2470 bits (1337), Expect = 0.0
Identities = 1516/1605 (94%), Gaps = 2/1605 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCAATTAAGCTCATTGCACTAGTAATCACACTATGTGTAGCATCATGGGATGTTGCA 60
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Sbjct 1 ATGGCAATTAAGCTAATTGCACTAGTAATCACACTATGTGTAGCATCATGGGATACTGCA 60
Query 61 CAGGGCAGATCTTTAAGATTTTCTACAACTCCTCTAAATCGTTATAGCTTCCCTCCTCAT 120
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Sbjct 61 GAAGGAAGATCTTTAAGATTTTCTACAACTCCTCTAAATCGTTATAGCTTTCCTCCTCAT 120
Query 121 TTTGATTTTGGTGTTGCCTCTTCCGCTTATCAGTATGAAGGTGCAGTAGAAGAAGGAGGG 180
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Sbjct 121 TTTGATTTTGGTGTTGCCTCTTCCGCTTATCAGTATGAAGGTGCAGTAGAAGAAGGAGGG 180
Query 181 AGGAGTCTAAGCATATGGGACAATTTCACACATGCATTTCCAGAAAGGACGAACATGGAC 240
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Sbjct 181 AGGAGTCTAAGCATATGGGATAATTTCACACATGCATTTCCAGAAAGGACGAACATGGAC 240
Query 241 AATGGAGATGTTGCCGTTGATTTTTACCATCGTTATAAGGAAGACATCAAACTAATAAAG 300
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Sbjct 241 AATGGAGATGTTGCCGTTGATTTTTACCATCGTTATAAGGAAGACATCAAATTAATAAAG 300
Query 301 GAAATGAATATGGATAGTTTCAGATTTTCCCTGTCCTGGTCAAGAATATTACCAAGTGGA 360
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Sbjct 301 GAAATGAATATGGATAGTTTCAGATTTTCCCTGTCCTGGTCAAGAATATTACCGAGTGGA 360
Query 361 AAACTAAGTGATGGGGTCAATAAAGAAGGTGTTCAATTCTACAAGAATCTTATTGATGAA 420
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Sbjct 361 AAAGTAAGTGATGGGGTCAATCAAGACGGTGTTCAATTCTACAAGAATCTTATTGATGAA 420
Query 421 CTTATCGAGAACGGTATCAAACCTTTTGTAACAATTTATCACTGGGATATCCCTCAAGCT 480
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Sbjct 421 CTTATCAAGAACGGTATAAAACCTTTTGTAACAATTTATCATTGGGATATCCCTCAAGCT 480
Query 481 CTTGATGATGAGTATGGTAGCTTTTTAAGTCCTCGAATCATAGATGATTTTCGAAACTAT 540
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Sbjct 481 CTTGATGATGAGTATGGTAGCTTTTTAAGTCCTCGAATCATAGATGATTTTCGAAACTAC 540
Query 541 GCCAGATTTTGTTTCCAAGAGTTTGGGGACAAGGTCAGTATGTGGACAACTTTCAACGAG 600
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Sbjct 541 GCCAGATTTTGTTTCCAAGAGTTTGGGGACAAGGTCAGTATGTGGACAACGTTCAACGAA 600
Query 601 CCATATGTTTATAGCGTTTCGGGTTATGATGCGGGTAATAAGGCAATGGGTCGATGTTCT 660
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Sbjct 601 CCATATGTTTATAGCGTTTCTGGTTATGATGCGGGAAATAAGGCAATGGGTCGATGTTCC 660
Query 661 AAATGGGTAAACAGTTTATGTATCGCCGGTGACTCGGGCACGGAGCCTTATTTAGTCTCC 720
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Sbjct 661 AAATGGGTAAACAGTTTGTGCATAGCCGGTGATTCGGGCACGGAGCCTTATTTAGTCTCT 720
Query 721 CACCACCTTCTTCTCGCTCACGCTGCTGCTGTTGAAGAGTTCAGGAAATGTGACAAGATT 780
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Sbjct 721 CACCACCTTCTTCTTGCTCACGCTGCTGCTGTTGAAGAGTTCAGGAAATGTGATAAGATT 780
Query 781 TCGCAAGATTCCAAGATAGGCATAGTGTTGTCTCCTTATTGGTTCGAGCCATATGACAGT 840
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Sbjct 781 TCAAAAAATTCCAAAATAGGCATAGTGTTGTCCCCTTATTGGTTCGAGCCATATGACATT 840
Query 841 GCTTCTAATGCTGATAAAGAAGCAGTTGAAAGGGCTCTTGCTTTCAATATTGGTTGGCAT 900
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Sbjct 841 GCTTCTAATGCTGATAAAGAAGCTGTTGAAAGAGCTCTTGCTTTCAATATTGGTTGGCAT 900
Query 901 CTCAGCCCTCT-AGTTTTCGGAGACTATCCAGAGACGATAAAGATAAGCGCTGGAAATAG 959
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Sbjct 901 CTCAGCCCTCTGA-TTTTCGGAGACTATCCCGAGATAATAAAGGCAAGCGCTAGAAATAG 959
Query 960 ACTGCCATCTTTTACCAAAGAGCAATCTATGATGGTTAAAAATTCGTTTGATTTTATCGG 1019
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Sbjct 960 ACTGCCATCTTTCACCAAAGAGCAATCTATGATGGTTAAAAATTCATTTGATTTTATTGG 1019
Query 1020 TGTAAATTACTACACTGCACGGTTTGTTGCTCACGATCTTAACGTCGATATTTCACGGCC 1079
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Sbjct 1020 TGTAAATTACTACACTGCACGGTTTGTCGCTCACGATCTTAATGTCGATATTTCAAGGCC 1079
Query 1080 TCGCTTCATGACCGACCAACACCTCCAATACAAATTGACAAATCGTACCGGCGACACCAT 1139
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Sbjct 1080 TCGCTTCATGACCGACCAACACCTCCAATACAAATTGACAAATCGTAGCGGAGACACCAT 1139
Query 1140 CTCATTGGAATCGGATGGTACCAAAATTCTCTGGTCATATCCGGAAGGGTTACGAAAGAT 1199
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Sbjct 1140 CTCATTGGAATCGGATGGGACCAAAATTCTCTGGTCATATCCGGAAGGGCTACGAAAGAT 1199
Query 1200 TCTTAATTATATCAAAAATAAGTACAACAATCCAACTATCTACATAACTGAAAACGGTTT 1259
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Sbjct 1200 TCTTAATTACATCAAAAATAAATACAATAATCCAACTATTTACATAACAGAAAATGGTTT 1259
Query 1260 CGATGACTACGAAAATGGAACGGTGACACGTGAAGAGATACTAGAAGACACAAAGAGAAT 1319
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Sbjct 1260 TGATGACTACGAAAATGGAACAGTGACACGTGAAGAGATAATAGAAGACACAAAGAGAAT 1319
Query 1320 AGAGTACCACCAAAAACATCTTCAAGAACTCCAGAAAGCGATCACTGAGGATGGGTGTGA 1379
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Sbjct 1320 AGAATACCACCAAAAACATCTTCAACAACTCCAGAAAGCGATCATTGAGGATGGGTGTAA 1379
Query 1380 CGTGAAAGGCTACTTCACATGGTCGTTATTGGATAATTTTGAATGGGAACATGGATATGC 1439
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Sbjct 1380 CGTGAAAGGCTATTTCACATGGTCGTTGTTGGATAATTTTGAATGGGAACATGGATATGC 1439
Query 1440 AGTGAGATTTGGTTTGTACTACGTTGACTATAAAAATGGTCTTCAACGACATGCTAAACA 1499
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Sbjct 1440 TGTGAGATTTGGTCTGTACTACGTTGACTATAAAAATGGTCTAAAAAGACATGCTAAAAA 1499
Query 1500 TTCAGCTATGTGGTTCAAACATTTTCTTGAGAGATCCGGAAAGCCAATGCCGATGGATCT 1559
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Sbjct 1500 CTCATCCATATGGTTCAAGCATTTTCTTCTGAGATCTGGAAAACCAATGCCGATGGATCT 1559
Query 1560 GTTTAAGAGTGTCAAGAGATGGTGGTCTACATTACAGATGATTTA 1604
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Sbjct 1560 GTTTAAAAGTGTCAAGAGATGGTGGTATGGATTACAGATGATTTA 1604
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 60144496855
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5