BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G24710.1
Length=4688
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg489332 jgi|Araly1|489332|fgenesh2_kg.6__2466__AT5G24710.1 7022 0.0
> Ahg489332 jgi|Araly1|489332|fgenesh2_kg.6__2466__AT5G24710.1
Length=4518
Score = 7022 bits (3802), Expect = 0.0
Identities = 4114/4265 (96%), Gaps = 19/4265 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 166 AATCGTCTATGCGGATGCAGTTGTGCTCAGATTTTTGAGTTGTCTAATTGATCTTGAAGA 225
|||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| | |||||||||| |||
Sbjct 97 AATCGTCTTTGCGGATGCAATTGTGCTCAGA-TTTTGAGTTGTTTCATTGATCTTGGAGA 155
Query 226 ACTG---T-gagagagagagagagagaTCGAAATGTTGCGGGCGAGAGCATTTCGGCAGA 281
|||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 156 ACTGATATAGAGAGCGAGAGAGAGAGATCGAAATGTTGCGGGCGAGAGCATTTCGGCAGA 215
Query 282 CCAATGGTAAGATTGTGAAGATACAGGTACATCCTACGCATCCATGGCTTGTTACGGCTG 341
| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || || |
Sbjct 216 CAAATGGTAAGATTGTGAAGATACAGGTGCATCCCACGCATCCATGGCTTGTCACAGCCG 275
Query 342 ATGATTCAGATCACGTCTCCGTCTGGAATTGGGAGCATCGTCAGGTAATTTATGAATTGA 401
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 276 ATGATTCAGATCACGTTTCCGTCTGGAATTGGGAGCATCGTCAGGTAATTTATGAATTGA 335
Query 402 AAGCCGGCGGAGTTGACGAGCGCCGTTTAGTTGGTGCCAAGTTAGAGAAGCTCGCCGAAG 461
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 336 AAGCCGGCGGAGTTGACGAGCGCCGTTTAGTTGGTGCTAAGTTAGAGAAGCTCGCCGAAG 395
Query 462 GAGAATCCGACTATAAAGCTAAGCCTACTGAAGCCATTCGAGGAGGAAGCGTTAAGCAGG 521
||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||
Sbjct 396 GAGAATCCGACTATAAAGCCAAGCCCACTGAAGCCATTAGAGGAGGAAGTGTTAAGCAGG 455
Query 522 TGAAGTTTTATGACGATGATGTGCGTTATTGGCAACTGTGGCGCAACCGCTCCGCAGCTG 581
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||
Sbjct 456 TGAAGTTTTATGACGATGATGTGCGTTATTGGCAACTGTGGCGTAATCGCTCTGCAGCTG 515
Query 582 CTGAATCTCCATCAGCTGTCAATCATCTGACATCTGCTTTCACTTCCCCTGCTCCATCGA 641
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 516 CTGAATCTCCATCAGCTGTCAATCATCTCACATCTGCTTTCACTTCCCCTGCTCCATCGA 575
Query 642 CTAAAGGCCGTCATTTTCTGGTCATTTGTTGTGAGAATAAAGCTATTTTCTTGGATTTGG 701
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 576 CTAAAGGCCGGCATTTTCTGGTCATCTGTTGTGAGAATAAAGCCATTTTCTTGGACTTGG 635
Query 702 TGACAATGCGTGGTCGTGATGTGCCAAAGCAAGAGCTTGATAACAAGTCACTTCTCTGCA 761
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 636 TGACAATGCGTGGTCGTGATGTGCCAAAGCAAGAGCTTGATAACAAGTCACTTCTCTGCA 695
Query 762 TGGAGTTTCTTTCGAGATCATCTGGTGGTGATGGCCCTTTAGTTGCATTTGGTTCAACTG 821
||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 696 TGGAGTTTCTTACCAGATCATCTGGTGGTGATGGCCCTTTAGTTGCATTTGGTTCAACTG 755
Query 822 ATGGTGTCATTCGGGTTTTATCAATGATAACATGGAAGCTTGCACGTCGATATACAGGTG 881
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 756 ATGGTGTCATTCGGGTTTTATCAATGATAACTTGGAAGCTTGCACGTAGATATACAGGTG 815
Query 882 GCCATAAAGGATCCATTTATTGCTTGATGAATTTCATGGCATCATCTGGCGAAGCACTCC 941
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 816 GCCATAAAGGATCCATATATTGCTTGATGAATTTCATGGCATCGTCTGGCGAAGCACTCC 875
Query 942 TTGTTTCAGGTGGCAGTGATGGCTTACTTGTACTGTGGAGTGCCGATCATGGCGCTGACT 1001
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||
Sbjct 876 TTGTTTCAGGTGGCAGTGATGGCTTACTTGTACTGTGGAGTGCTGATAATGGCACTGACT 935
Query 1002 CAAGGGAACTTGTACCCAAGCTTAGCTTAAAGGCACATGATGGTGGGGTGGTGGCTGTTG 1061
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 936 CAAGGGAACTTGTACCCAAGCTTAGCTTAAAGGCACATGATGGTGGGGTGGTGGCTGTTG 995
Query 1062 AGCTGTCAAGGGTAAGTGGGAGTGCTCCACAATTGATTACAATTGGGGCTGACAAGACAT 1121
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 996 AGTTGTCAAGGGTAAGTGGGAGTGCTCCACAATTGATTACAATTGGGGCTGACAAGACAT 1055
Query 1122 TGGCCATATGGGATACAATGACATTTAAGGAGCTACGTAGAATTAAACCTGTCCCGAAAC 1181
| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1056 TAGCCATATGGGACACAATGACATTTAAGGAGCTGCGTAGAATTAAACCTGTCCCGAAGC 1115
Query 1182 TAGCTTGCCACAGTGTTGCATCTTGGTGTCACCCTCGAGCGCCAAACCTTGATATTTTGA 1241
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1116 TAGCTTGCCACAGTGTTGCATCTTGGTGTCACCCTCGAGCGCCAAACCTTGATATTTTGA 1175
Query 1242 CTTGCGTTAAAGATTCACACATATGGTCTATTGAGCATCCAACTTATTCGGCCCTGACAA 1301
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1176 CTTGCGTTAAAGATTCGCACATATGGTCTATTGAGCATCCAACTTATTCGGCCCTAACAA 1235
Query 1302 GGCCGTTATGTGAACTTTCTTCCTTGGTTCCGCCTCAAGTACTTGCAACCCACAGAAAAC 1361
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1236 GGCCATTATGTGAACTTTCTTCCTTGGTTCCGCCTCAAGTACTTGCAACCCACAGAAAAC 1295
Query 1362 TTAGGGTCTATTGTATGGTTGCACATCCTCTACAACCACATCTCGTCGCAACTGGTACCA 1421
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1296 TTAGGGTCTATTGTATGGTTGCACATCCTCTACAACCACATCTCGTCGCAACTGGTACCA 1355
Query 1422 ATGTTGGTATTATAGTTAGTGAATTTGATCCTCGTGCTATCCCGTCTGCAGCTCCTCTAC 1481
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1356 ATGTTGGTATTATAGTTAGTGAATTTGATCCTCGTGCCATCCCGTCTGCAGCTCCTCTAC 1415
Query 1482 CAGCACTGCCTGGAAGTCGGGAGAATTCAGCTATATATATCCTTGGAAGAGAATTAAAGC 1541
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1416 CAGCACTGCCTGGAAGTCGGGAGAATTCAGCTATATATATCCTTGGAAGAGAATTAAAGC 1475
Query 1542 TCTTGAACTTTCAACTATCCAACACAGCCAACCCATCCCTTGGCAATAATAGTGCCTTGT 1601
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1476 TCTTGAACTTTCAACTATCCAACTCAGCCAACCCATCCCTTGGAAATAATAGTGCCTTGT 1535
Query 1602 CCGAATCAGGGCTTTCTAAGGGAGACCCAGGTGAACAGTTAACTGTAAAGCAAACCAAAA 1661
||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 1536 CCGAATCAGGGCTGTCTAAGGGAGACCCAAGTGAGCAGTTGACTGTAAAGCAGACCAAAA 1595
Query 1662 AGCAGATCGTGGCACCAGTTCCACATGATTCATACTCAGTTCTTTCTGTGAGCAGTTCAG 1721
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1596 AGCAGATCGTGGCACCTGTTCCACATGATTCATACTCAGTTCTTTCTGTGAGCAGTTCAG 1655
Query 1722 GGAAGTATGTGGCAGTTGTATGGCCGGATATTCTATACTTCTCTATCTACAAGGTTAGTG 1781
||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1656 GGAAGTATGTGGCAGTTGTATGGCCTGATATTCTGTACTTCTCTATCTACAAGGTTAGTG 1715
Query 1782 ACTGGTCCATTGTTGACTCTGGAAGTGCAAGACTGTTGGCGTGGGATACATGTCGAGACA 1841
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1716 ACTGGTCGATTGTTGACTCTGGAAGTGCAAGACTGTTGGCTTGGGATACATGTCGAGACA 1775
Query 1842 GATTTGCGATTCTAGAATCTGTGTTACCTCATAGAATGCCTATAATCCCTAAGGGTGGTT 1901
||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1776 GATTTGCCATTCTAGAATCTGTGTTACCTCAAAGGATGCCTATAATCCCTAAGGGTGGTT 1835
Query 1902 CATCGAGAAAGGCAAAAGAAGCCgctgcagctgcagctcaagctgctgctgctgccagtg 1961
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1836 TATCGAGAAAGGCAAAAGAAGCCGCTGCAGCTGCAGCTCAAGCTGCTGCTGCTGCCAGTG 1895
Query 1962 cagctTCATCGGCTAGTGTCCAAGTTCGTATTCTCTTGGATGATGGTACCTCAAACATAC 2021
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1896 CAGCTTCATCGGCTAGTGTCCAAGTTCGTATTCTCTTGGATGATGGTACCTCAAACATAC 1955
Query 2022 TCATGAGATCCGTAGGAGGTCGCTCTGAACCGGTCATTGGTCTGCATGGTGGTGCTCTAC 2081
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1956 TCATGAGATCTGTAGGAGGTCGCTCTGAACCGGTCATTGGTCTGCATGGTGGTGCTCTAC 2015
Query 2082 TTGGTATAGGTTATCGCACATCCCGAAGGATTAGTCCTGTTGCTGCAACAGCTATTTCAA 2141
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2016 TTGGTATAGGCTATCGCACATCCCGAAGGATTAGTCCTGTTGCTGCAACAGCTATTTCAA 2075
Query 2142 CCATTCAGTCGATGCCACTCTCGGGATTTGGAAACAGCAATGTTTCTTCGTTTTCTAGCT 2201
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2076 CCATTCAGTCGATGCCACTCTCGGGATTTGGAAACAGCAATGTTTCTTCGTTTTCTAGCT 2135
Query 2202 ATGATGATGGGTTTTCTTCGCAGAAGTCTGCTGAGTCTGCACCCCTAAACTACCAGCTCT 2261
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2136 ATGATGATGGGTTTTCTTCGCAGAAGTCTGCTGAGTCTGCACCCCTAAACTACCAGCTCT 2195
Query 2262 ACAGTTGGGAAAATTTTGAGCCAGTAGGTGGTATGCTACCTCAGCCAGAATGGACGGCAT 2321
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2196 ACAGTTGGGAAAATTTTGAGCCAGTTGGTGGTATGCTACCTCAGCCAGAATGGACGGCGT 2255
Query 2322 GGGACCAAACAGTTGAATACTGTGCTTTTGCTTATCAACAATACATGGTCATATCGTCCT 2381
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2256 GGGACCAAACAGTTGAGTACTGTGCTTTTGCTTATCAACAATACATGGTCATATCGTCCT 2315
Query 2382 TGCGCCCTCAGTATAGATATCTTGGTGATGTTGCCATTGCACATGCTACTGGAGCTGTTT 2441
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2316 TGCGCCCTCAGTATAGATATCTTGGTGATGTTGCCATTGCACATGCTACTGGAGCTGTTT 2375
Query 2442 GGCATCGCAGACAGCTGTTTGTGGCTACACCAACCACGATTGAATGTGTTTTTGTGGATG 2501
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2376 GGCATCGCAGACAGCTGTTTGTGGCTACACCAACCACGATTGAATGTGTTTTTGTGGACG 2435
Query 2502 CGGGAGTTTCCGAAATTGATATAGAGACTAGGAAGATGAAGGAAGAAATGAAACTTAAGG 2561
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2436 CGGGAGTTTCTGAAATTGATATAGAGACTAGGAAGATGAAGGAAGAAATGAAACTTAAGG 2495
Query 2562 AGGCGCAGGCTAGAGCAGTTGCAGAGCATGGAGAGTTGGCCTTAATCACAGTAGAAGGTT 2621
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2496 AGGCGCAGGCTAGAGCAGTTGCAGAGCATGGAGAGTTAGCCTTAATCACAGTAGAAGGTT 2555
Query 2622 CCCAGGCTGCAAAGCAAGAAAGGATATCTTTAAGGCCCCCCATGCTGCAGGTGGTGCGTT 2681
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2556 CCCAGGCTGCAAAGCAAGAAAGGATATCTTTAAGGCCCCCCATGCTGCAGGTTGTGCGTT 2615
Query 2682 TAGCTTCTTTCCAAAATGCTCCATCTGTTCCACCATTCTTATCATTGCCAAGACAATCTA 2741
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2616 TAGCTTCTTTCCAAAATGCTCCATCTGTTCCACCATTCTTATCATTGCCAAGACAATCTA 2675
Query 2742 GAGGTGATAGCGATGACATAATGGATGAAAGAAGGGTCAATGAGGTAGCTGTGGGTGGTG 2801
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2676 GAGGTGATAGCGATGACATAATGGATGAAAGAAGGGTCAATGAGGTAGCTGTGGGTGGTG 2735
Query 2802 GAGGAGTCTCAGTTGCTGTTACTCGTTTCCCAGTGGAGCAAAAACGACCAGTGGGGCCTC 2861
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2736 GAGGAGTCTCAGTTGCTGTTACTCGTTTCCCAGTGGAGCAAAAACGACCAGTGGGGCCTC 2795
Query 2862 TTGTTGTTGCCGGTGTGCGGGATGGAGTTCTTTGGCTCATTGACAGGTACATGTGTGCCC 2921
|||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2796 TTGTTGTTGCCGGTGTACGTGATGGAGTTCTTTGGCTCATTGACAGGTACATGTGTGCCC 2855
Query 2922 ATGCCATATCCCTTAATCATCCTGGTATCCGCTGTCGCTGTCTTGCTGCTTACGGGGATG 2981
||||||| || || ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2856 ATGCCATTTCACTGAATCATCCTGGTATCCGTTGCCGCTGTCTTGCTGCTTACGGGGATG 2915
Query 2982 CTGTTAGTGCAGTTAAATGGGCAAGTAGGCTTGGGAGAGAACATCATGACGATCTGGCAC 3041
||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2916 CTGTTAGTGCAGTCAAATGGGCAAGTAGGCTTGGCAGGGAACATCATGACGATCTGGCAC 2975
Query 3042 AGTTTATGCTAGGGATGGGATACGCAACAGAAGCTCTTCATTTGCCTGGAATATCTAAGA 3101
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2976 AGTTTATGCTAGGGATGGGATACGCAACAGAAGCTCTTCATTTGCCTGGAATATCTAAGA 3035
Query 3102 GGCTGGAGTTTGACCTAGCAATGCAGAGCAATGATCTTAAGAGGGCACTTCATTGTCTTC 3161
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3036 GGCTGGAGTTTGATCTAGCAATGCAGAGCAATGATCTTAAGAGGGCTCTTCATTGTCTTC 3095
Query 3162 TCACAATGAGTAATAGCAAGGACATTGGACAGGACGGTGTAGGCCTTGATTTGAGTGACA 3221
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3096 TCACAATGAGTAATAGTAAGGACATTGGACAGGACGGTGTAGGCCTTGATTTGAGTGACA 3155
Query 3222 TTCTCTCTTTGACAGCTACTAAAAAAGAAGATGTTGTTGAAGCTGTGGAAGGAATAGTGA 3281
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3156 TTCTCTCTTTGACAGCTACTAAAAAAGAAGATGTTGTTGAAGCTGTGGAGGGAATAGTGA 3215
Query 3282 AATTTGCAAAGGAGTTTCTTGACCTTATAGATGCTGCAGATGCCACAGGGCACGCCGACA 3341
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3216 AATTTGCAAAGGAGTTTCTTGACCTTATAGATGCTGCTGATGCCACAGGGCACGCTGACA 3275
Query 3342 TTGCTCGCGAAGCTCTCAAAAGACTGGCAACTGCAGGTTCGGTCAAAGGCGCTTTACAGG 3401
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 3276 TTGCTCGCGAAGCTCTCAAAAGACTGGCAACTGCAGGTTCAGTCAAAGGCGCCTTACAGG 3335
Query 3402 GTCATGAGTTGCGAGGCCTTTCATTACGCCTAGCAAACCATGGAGAATTGACACGCCTAA 3461
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3336 GTCATGAGTTGCGAGGCCTTTCATTACGCCTAGCAAACCATGGAGAATTGACACGCCTAA 3395
Query 3462 GTGGACTTGTAAACAATCTGATCTCCATAGGCCTTGGACGAGAATCAGCATTTTCTGCTG 3521
| |||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3396 GCGGACTTATAAACAATCTGATCTCCATAGGCCTCGGGCGAGAATCAGCATTTTCTGCTG 3455
Query 3522 CAGTTCTGGGAGACAATGCGCTCATGGAGAAGGCATGGCAAGACACGGGAATGCTCGCAG 3581
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3456 CAGTTCTGGGAGACAATGCGCTCATGGAGAAGGCATGGCAAGACACGGGAATGCTTGCAG 3515
Query 3582 AAGCCGTGCTTCATGCCCATGCACATGGTCGCCCAACTCTAAAGAACTTGGTCCAGGCTT 3641
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3516 AAGCCGTGCTTCATGCCCATGCACATGGTCGTCCAACTCTAAAGAACTTGGTCCAGGCTT 3575
Query 3642 GGAATAAAACGCTGCAGAAGGAAGTTGAGAAAGCTCCGTCTTCTAAAACCGATGCTGCAA 3701
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3576 GGAATAAAACGCTGCAGAAGGAAGTTGAGCAAGCTCCATCTTCTAAAACTGATGCTGCAA 3635
Query 3702 GTGCGTTTCTGGCTTCTCTCGAGGATCCAAAGCTCACTAGTTTATCTGATGCATCTAGAA 3761
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3636 GTGCGTTTCTGGCTTCTCTCGAGGATCCAAAGCTCACGAGTTTATCTGATGCATCCAGAA 3695
Query 3762 AACCTCCTATCGAGATTCTACCTCCTGGAATGTCTTCAATCTTTGCTTCCATTACGGCTC 3821
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3696 AACCTCCTATCGAGATTCTACCTCCTGGAATGTCTTCAATCTTTGCTTCCATTACTGCTC 3755
Query 3822 CCAAAAAACCTCTACTCACGCAGAAGACTGCACAGCCAGAAGTAGCTAAGCCATTGGCGC 3881
||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3756 CCAAAAAACCTTTACTCACACAGAAGACTGCACAGCCAGAAGTAGCTAAGCCATTGGCGC 3815
Query 3882 TCGAAGAACCTACGAAACCATTGGCTATTGAAGCTCCTCCATCTTCCGAGGCACCACAGA 3941
||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 3816 TCGAAGAACCTGCAAAACCATTGGCTATTGAAGCTCCTCCATCTTCTGAGGCACCTCAGA 3875
Query 3942 CCGAATCAGCGCCTGAAACCGCAGCCGCTGCTGAGTCACCAGCACCTGAAACCGCAGCCG 4001
| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3876 CTGAATCAGCGCCTGAAACTGCAGCTACTGCTGAGTCACCAGCACCTGAAACCGTAGCCG 3935
Query 4002 TTGCTGAGTCACCAGCACCTGGAACCGCAGCCGTTGCTGAGGCACCAGCATCTGAGACTG 4061
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||
Sbjct 3936 TTGCTGAGTCACCAGCACCTGAAACCGTAGCCGTTGCTGAGTCACCAGCATCTGAAACTG 3995
Query 4062 CAGCAGCACCTGTGGATGGACCAGTGACGGAGACTGTGTCTGAGCCTCCTCCCGTAGAGA 4121
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3996 CAGCAGCACCTGTGGATGGACCCGTGACGGAGACAGTGTCTGAGCCTCCTCCCGTAGAG- 4054
Query 4122 AGGAGGAAACTTCTTTGGAAGAAAAAAGCGATCCGTCTTCAACTCCAAACACAGAAACAG 4181
| ||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4055 -G-AGGAAACTTCTTTGGAATACAAAAGTGATCCGTCTTCAACTCCAAACACAGAAACAG 4112
Query 4182 CT--ACGTCCACAGAAAATACTAGCCAAACAACAACAACGCCTGAAAGTGTTACAACAGC 4239
|| | | |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||
Sbjct 4113 CTGTA-G-CCACAGAAGATACTAGCCAAACAACAACGACGCCTGAAACTGTTACAAGAGC 4170
Query 4240 GCCACCTGAACCTATTACAACAGCGCC---GCCTGAAACTGTTACGACAACAGCAGTGAA 4296
|||||| ||| || |||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 4171 GCCACCAGAAACTGTTACAACAGCCCCTCCGCCTGAAACTGCTACGACAACAG---TGAA 4227
Query 4297 ACCAACAGAGAATGCAGCAACCGAGAGACGAGTAACCAATTACCCTCCAATAAGAAGCCA 4356
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 4228 ACCAACAGAGAATGCAGCAACCGAGAGACGAGTAACCAATTATCCTCCAATAAGAAGCCA 4287
Query 4357 GCCAATAGATTTTGATTTCTTGAATGGCTAAA-CCAAGTTTTCACAGAAGATCCCAAAAC 4415
|||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 4288 GCCAATTGATTTTGACTTCTTGAATGGCTAAAACCAAGTTTGCACAGAAGATCCCAAAAC 4347
Query 4416 GAAGA 4420
|||||
Sbjct 4348 GAAGA 4352
Score = 145 bits (78), Expect = 4e-33
Identities = 92/98 (94%), Gaps = 3/98 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 3 ACACTACCGGAGTTTTTGTTCGGCGATTGTAGTTAGTGGTGGTGGATCCGGGCA-TTTCA 61
|||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| || ||||
Sbjct 1 ACACTACCGGAGTTTTTGTTCGGCGATTGTAG-TGGTGGTGGTGGATCCGGCCATTTTC- 58
Query 62 TTTGATAACCGCGGTGGATCTAATTGATCTGGATCTGA 99
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 59 TTTGATAACCGCGGTGGATCTAATCGATCTGGATCTGA 96
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 177386347753
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5