BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G24810.2
Length=3273
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg942040 jgi|Araly1|942040|scaffold_602584.1 4193 0.0
> Ahg942040 jgi|Araly1|942040|scaffold_602584.1
Length=3077
Score = 4193 bits (2270), Expect = 0.0
Identities = 2501/2614 (96%), Gaps = 10/2614 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 601 GTTTGTCGAACTATTGAAAGAGAACTAGGGAATTCCATGGATGTTTTGTTCACCGATTTT 660
||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 466 GTTTGTCGAACCATTGAAAGAGAATTAGGGCATTCCATGGATGTTTTGTTCACCGATTTT 525
Query 661 GTTGACGAGCCTTTGGCAACTGCTTCGATAGCTCAGGTTCATCGTGCAACTCTAGCTAAC 720
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 526 GTCGACGAGCCTTTGGCAACTGCTTCGATAGCTCAGGTTCATCGTGCAACTCTAGCTAAC 585
Query 721 GGGCAGGATGTGGTTGTTAAAGTTCAGCATGATGGCATTAGAGCGATTATTTTGGAGGAC 780
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 586 GGCCAGGATGTGGTTGTTAAAGTTCAGCATGATGGCATTAGAGCAATTATTTTGGAGGAC 645
Query 781 TTAAAGAATGCAAAGTCCATTGTTGACTGGATTGCGTGGGCGGAACCACAGTACAATTTT 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 646 TTAAAGAATGCAAAGTCCATTGTTGACTGGATTGCGTGGGCAGAGCCACAGTACAATTTT 705
Query 841 AATCCCATGATAGATGAATGGTGCAAGGAAGCTCCAAGAGAACTAGACTTCAATATTGAA 900
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 706 AACCCCATGATAGATGAATGGTGCAAGGAAGCTCCAAGAGAACTAGACTTCAATATTGAA 765
Query 901 GCTGAAAATACTAGAACAGTATCCGGGAATCTCGGGTGCAAGAAGACAAATGATGAAGTT 960
||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 766 GCTGAAAATACTAGAGCTGTATCCAAGAATCTCGGGTGCAAGAAGACAAATGACAAAGTT 825
Query 961 AGAAGTGCCAATCGGGTTGATGTCTTGATTCCAGATATTATTCAGTCGTCTGAGAGTGTA 1020
||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 826 AGAAGTGACAATCGGGTTGATGTTTTGATTCCAGATATAATTCAGTCGTCTGAGAGTGTC 885
Query 1021 CTCATTCTGGAGTACATGGATGGAGTACGTTTGAATGATGTGGAATCTCTAGATGCTTTT 1080
|||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 886 CTCATTCTTGAGTACATGGATGGAATTCGTTTGAATGATGTGGAATCTCTAGATGCTTCT 945
Query 1081 GGTGTGGATAAACAAAAGATCGTTGAAGAGATCACTCGTGCATATGCCCATCAGATATTT 1140
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 946 GGTGTGGATAAACAAAAGATCGTTGAAGAGATCACTAGGGCATATGCCCATCAGATATTT 1005
Query 1141 GTTGATGGGTTTTTTAATGGCGACCCTCATCCAGGAAATTTTCTTGTTAGTAAGGAACCA 1200
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1006 GTTGATGGATTTTTTAATGGCGACCCTCATCCAGGAAATTTTCTTGTTAGTAAGGAACCA 1065
Query 1201 CAACATCGT-CCAATTTTACTTGATTTCGGGCTTTCAAAGAAAATCTCACACTCCTTGAA 1259
||||||| | || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1066 CAACATC-TACCTATTTTACTTGATTTCGGGCTTACAAAGAAAATCTCACACTCTTTGAA 1124
Query 1260 ACAAGCACTAGCCAAGATGTTTCTAGCATCGGCAGAGGGAGATCAAGTGGCGCTTTTGTC 1319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1125 ACAAGCACTAGCCAAGATGTTTCTAGCATCGGCAGAGGGAGATCAAGTGGCGCTTTTGTC 1184
Query 1320 TGCCTTTGCAGAAATGGGACTGAAGCTGCGGCTAGACATGCCAGATCAAGCAATGAGTGT 1379
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1185 TGCCTTTGCAGAAATGGGACTGAAGCTGCGGCTAGACATGCCAGATCAGGCAATGAGTGT 1244
Query 1380 GGCAGGTCTCTTCTTTCGATCTTCAACTCCATCAAGCGAGGCTATGAAAACGTTTAAAAC 1439
|||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| |||||
Sbjct 1245 GGCAGGGCTCTTCTTCCGATCTTCAACTCCATCAAACGAAGCTACGAAAACGTTAAAAAC 1304
Query 1440 CCTGAACGATCAAAGAGTGCAAAATATGAAAGTTATACAGGAGAAGATGCAGCTCAACCA 1499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1305 CCTGAACGATCAAAGAGTGCAAAATATGAAAGTTATACAGGAGAAGATGCAGCTCAACCA 1364
Query 1500 GAAAGAAGTTAAACGCTTCAATCCGATAGATGCATTTCCTGGTGATATTGTTATTTTTGC 1559
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1365 GAAAGAAGTTAAACGTTTCAATCCGATAGATGCATTTCCTGGCGATATTGTTATTTTTGC 1424
Query 1560 GAGGGTCATTAATTTACTCAGAGGACTTTCATCTACTATGAATGTTCGGATTGTTTATCT 1619
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1425 AAGGGTCATTAATCTACTCAGAGGACTTTCATCTACTATGAATGTTCGGATTGTTTATCT 1484
Query 1620 GGACATCATGAGACCATTTGCCGAATCTGTTCTGTTAGGGAGTATTAGTCGAGGACCAAC 1679
||| |||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1485 GGATATCATGAGACCATTTGCCGAGTCTGTTTTGTTGGGGAGTATCAGTCGAGGACCAAC 1544
Query 1680 TGTGGATGCTCATTGGATACATGACTCGCCAATCCATTCTGATGTAGAGTCCAAAGTGAG 1739
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1545 TGTGGATGCTCATTGGATACATGACTCACCAATCCATTCTGATGTAGAGTCCAAAGTGAG 1604
Query 1740 GAAGCTGCTCGCTGAACTTGGGAGTATCCAGAAAATACTTGGAATTCAGGTGTGTGCATA 1799
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1605 GAAGCTGCTTGCTGAACTTGGGAGTATCCAGAAAATACTTGGAATTCAGGTATGTGCATA 1664
Query 1800 TAAAGATGGGAAAGTCATAATTGACACTGCTGCTGGAGTGCTTGGAAGATATGACCCTCG 1859
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1665 TAAAGATGGGAAAGTCATTATTGACACTGCTGCTGGAGTGCTTGGAAGATATGACCCTCG 1724
Query 1860 TCCAGTTCAACCCGATAGTTTATTTCCTGTTTTCTCTGTGACAAAGGGTGTCACTGCTGG 1919
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1725 TCCAGTTCAACCCGATAGTTTATTTCCTGTTTTCTCTGTGACAAAGGGTGTCACTGCCGG 1784
Query 1920 AATGATACATTGGCTTGTTGACAAAAGGAAACTCCAGCTCGACCAGACTGTGGCAAATAT 1979
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1785 AATGATACATTGGCTTGTCGACAAAAGGAAACTCCAGCTCGACCAGACTGTGGCAAATAT 1844
Query 1980 GTGGCCAGGGTTCGGATCAAATGGAAAAGATACCATAAAGGTCCATCATGTGCTTAACCA 2039
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1845 ATGGCCAGGGTTCGGATCAAATGGAAAAGATACCATAAAGGTCAATCATGTGCTTAACCA 1904
Query 2040 TACATCTGGGATGCAAAATTCCTTTGACCCTGTAGGAGAAAATCCTCTGCTTATTTGTGA 2099
||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1905 TACATCTGGGATGCACAATGCCTTTGACCCTGTAGGAGAAAATCCTCTGCTTATTTGTGA 1964
Query 2100 CTGGGATGAATGTTTGAAACGGATTGCTAATTCATCACCTGAAACAGAGCCTGGCAGTCA 2159
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1965 CTGGGATGAATGTTTGAAACGGATTGCTAATTCATCACCTGAAACAGAGCCTGGCAATCA 2024
Query 2160 GCAGTCCTATCACTATCTCACGTTTGGATGGCTATGTGGTGGAATCCTCGAGTATGCTTC 2219
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2025 GCAGTTCTATCACTATCTCACGTTTGGATGGCTATGTGGTGGAATCCTCGAGTATGCTTC 2084
Query 2220 TGGAAAGAAACTCCAGGAGATCCTTGAAGAGTCCATTGTTAAACCCCTAAATATTGATGG 2279
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2085 AGGAAAGAAATTCCAGGAGATCCTTGAAGAGTCCATTGTTAAACCCCTAAAGATTGATGG 2144
Query 2280 AGAACTGTACATTGGAATCCCCCCAGGTGTTGAATCTAGGCTTGCCACATTGACGTTCGA 2339
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2145 AGAACTGTACATTGGAATCCCCCCAGGTGTTGAATCTAGGCTTGCCACATTGACGTTGGA 2204
Query 2340 CACTGATGAAATGAGCAAGCTTTCGTCCATTGCCAGCCAACCTGAGCTTCCTTCCACATT 2399
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 2205 CACCGATGAAATGAGCAAGCTTTCGTCCATTGCCAGTCAGCCTGAGCTTCCTTCCACATT 2264
Query 2400 TCAGCCTGACAAGATCATACAAATGGCAACCAACTTGCCAGTCTTATTTAACACATTGAA 2459
|||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2265 TCAGCCTGACAAGATCTTACAACTGGCAACCAACTTGCCAGTCTTATTTAACACATTGAA 2324
Query 2460 TGTGCGCAGAGCCATAATCCCTGCGGCTAATGGACATTGCTCTGCTCGTGCACTTGCAAG 2519
||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2325 TGTACGTAGAGCCATAATCCCTGCGGCTAATGGACATTGCTCTGCTCGTGCACTTGCACG 2384
Query 2520 GTACTATGCAACCCTAGCAGATGGTGGCCTAGTGCCACCTCCACATTCCTCTTTATCCCA 2579
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2385 GTACTATGCAACCCTAGCAGATGGTGGCCTAGTGCCACCTCCACATTCCTCTTTATCCCA 2444
Query 2580 GCCACCACTAGGTAGCCACACCCATGTTCCGAAATTCACGTCGTTGAAAGACACAACaaa 2639
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||
Sbjct 2445 GCCACCACTAGGTAGCCACACCCATGTTCCGAAATTCACGCCGTCGAAAGACACAACGAA 2504
Query 2640 aaagaaaaaGGGTAAGGAGATGGCAGCTACAGAAAAGGGTAAATCAAAAGATCATCAAGA 2699
||||| |||| |||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2505 AAAGAGAAAGAGTAAGGAGATGGTAGCTACGGAAAAGCGTAAATCAAAAGATCATCAAGA 2564
Query 2700 GAGGAAGCTTTATGATGAGAAACAGTTTATGAGTGCTAGTAGCAGCAG-AGAGTCAAATA 2758
||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| || |||||||||||
Sbjct 2565 GAGGAGGCTTTATGATGAGAAACAGTTTACCAGTGCTGGCAGCAG-AGGAGAGTCAAATA 2623
Query 2759 CAGAAAGTTTAGCCAGGCTAGTTGATACTAACAGTTCTGCTGGCAAAACTGAGATCAATA 2818
||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2624 CAGAAAGTTTAGCTAGGCTAGTTGATACTAGCAGTTCTGCTGGCAAAACTGAGATCAATA 2683
Query 2819 GCGATGATCATCAACATGATATTCATAATATGTTTAGCAACCCGAGGATCCATGATGCTT 2878
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2684 GCGATGATCATCAACATGATATTCATAATCTGTTTAGCAACCCGAGGATCCATGACGCTT 2743
Query 2879 TCATGGGTGCTGGAGACTACAGTGGCTTAGTAGTGCCTGATGGAAAGTTTGGGCTTGGTT 2938
||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 2744 TCATGGGTGATGGAGATTACAGTGGCTTAGTAGTGCCTGATGGGAAGTTTGGACTTGGTT 2803
Query 2939 TTAAGCGCGCCATTTCTCAAGATGGGTCTCTGGTTGGCTTTGGACATTCAGGGTTAGGAG 2998
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||
Sbjct 2804 TTAAGCGCGTAATTTCTCAAGATGGGTCTCTGGTTGGCTTTGGACATTCGGGGATGGGAG 2863
Query 2999 GATCAACAGGCTTCTGTGACATCAACAACAGATTTTCCATTGCAGTAACACTGAACAAGA 3058
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2864 GATCAACAGGCTTCTGTGACATCAAAAACAGATTTTCCATTGCAGTAACACTGAACAAGA 2923
Query 3059 TGTCTATGGGAGGTGTAACGGCTAATATTGTGAAGCTTGTTTGCTCGGAATTAAATATCC 3118
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2924 TGTCTATGGGAGGTGTTACGGCTAATATTGTGAAGCTTGTTTGCTCGGAATTAAATATCC 2983
Query 3119 CATTGCCTAAGGACTTCGC------AACTGATATAGGTGCAGATTCGCAGATGGGTACGC 3172
||||||||||||||||| | |||||||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2984 CATTGCCTAAGGACTTCTCCCTTTCAACTGATACGGGTCCAGATTCGCAGATGGGTACGC 3043
Query 3173 CTCTAATCAACTGAGGTTGGTTTTCGACGTAAGT 3206
|||||||||||| ||||||||||||||| |||||
Sbjct 3044 CTCTAATCAACTAAGGTTGGTTTTCGACCTAAGT 3077
Score = 743 bits (402), Expect = 0.0
Identities = 442/461 (96%), Gaps = 4/461 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 55 ATTTTATAAATGCGGAATTCGCGATTTCGTGGAATCAATTCTGGCTCTTTCCAGAATAAA 114
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 13 ATTTTATATATGCGGAATTCGCGATTTCGTGGAATCAATTCTGGCTCATTCCAGAATAAT 72
Query 115 CGGTGGTGGTCACTAGTGTTGGATTCTCTCTTATCGTTTTTCGTTAGACTATCAGAAATT 174
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 73 CGGTGGTGGTCACTAGTGGTGGATTCTCTCTTATCGTTTTTCGTTAGAGTATCAGAAATT 132
Query 175 ATCAAGAGA-TTCTTTCATAAATTTGTATCGATGGGTTTGGGAAACATTTATAGAAGACG 233
||||||||| || | | ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 133 ATCAAGAGACTT-TGTAATAAATTTGTATCAATGGGTTTGGGAAATATTTATAGAAGACG 191
Query 234 AATGAAAGTCTTCTCTA-TAGCTATACTTATTTACCTCGATTATAAGGGTGTTCAGCAAA 292
||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 192 AATGAAAGTCTTCTC-AGTAGCTATACTTATTTACCTCGATTATAAGGGTGTTCAACAAA 250
Query 293 AGGAGAAGTGGATTAAGAAGTCTAAAGTTCCTGCTTTATGGGATAAAGCTCATGATCGTA 352
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 251 AGGAGAAGTGGATTAAGAAGTCTAAAGTTCCTGCTTTATGGGATAAAGCTCATGATCGTA 310
Query 353 ATGCTAAGCGGGTTTTGAATTTGATTGTGGAATTGGAAGGGTTATGGGTGAAACTTGGGC 412
|||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 311 ATGCCAAGAGGGTTTTGAATTTGATTGTGGAATTGGAAGGTTTATGGGTGAAACTTGGGC 370
Query 413 AGTATCTATCTACTCGTGCTGATGTTTTACCTCAGGCTTATATATCTCTTCTCACTCAGT 472
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 371 AGTATCTATCTACTCGTGCTGATGTTTTACCGCAGGCTTATATATCTCTTCTCACACAGT 430
Query 473 TGCAAGACTCGCTACCTCCTCGTCCGTTGCAGGAGGTTTGT 513
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 431 TGCAAGACTCGCTACCTCCTCGTCCGTTGCAGGAGGTTTGT 471
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 123534881958
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5