BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G24830.1
Length=2554
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg894393 jgi|Araly1|894393|Al_scaffold_0006_2389 2752 0.0
> Ahg894393 jgi|Araly1|894393|Al_scaffold_0006_2389
Length=1767
Score = 2752 bits (1490), Expect = 0.0
Identities = 1681/1773 (95%), Gaps = 14/1773 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 249 ATGGCTCTTTTAATATCTTGTGGGGAAGTTACCTCTTCTCAATTCACTGTATTTCGCTTA 308
||||||||||| || ||||||||||||||| | ||||||||||||||| || |||| |||
Sbjct 1 ATGGCTCTTTTCATTTCTTGTGGGGAAGTTTCATCTTCTCAATTCACTCTACTTCGTTTA 60
Query 309 CTCAACCAAAGCCTTGATTTTGTTAGTGACAATGTCTCTAGGCTCTTAGCTCCTATTTTC 368
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||
Sbjct 61 CTCAACCAAAGCCTTGATTTTGTTAGTGACAATGTCTCTAGAATCTTAGCTCCTATATTC 120
Query 369 ACCAACCTCAGGGACTTTGAAATGCGTCTTTCTTGTATCGAACGTCCTCCATCCATTTCT 428
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 121 ACCAACCTAAGGGACTTTGAAATGCGTCTTTCTTGTATCGAACGTCCTTCATCTATTTCT 180
Query 429 GGCAATCATTCTCATTTGTGCACTGAGAAATGGTTTTCTGATCAAAAAGATTATGATCAA 488
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | | ||||||
Sbjct 181 GGCAATCATTCTCATTTGTGCACTGAGAAATGGTTTTCTGATC--AAA-A--A-GATCAA 234
Query 489 AAGGA-AGACCCGGAAGCTATTTTCAATGTG-TTGGATTATATCTTGAAAAGCAGCTTGG 546
|| || ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 235 AA-GAGAGACCCGGAAGCTATTTTCAATGTGCTT-GATTATATCTTGAAAAGCAGCTTGG 292
Query 547 ATCGTCTGGCTTCATTGAGGGAGAGTGTATGTCAGACAAAGAGTTTTGATTACGATGATT 606
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 293 ATCGCCTGGCTTCGTTGAGGGAGAGTGTATGTCAGACAAAGAGTTTTGAGTACGATGATT 352
Query 607 -GTTTATCTATTCACTCGTCTATAATGAGGGATCTTTGTTTGCAAGGGAAGTTGGATGCT 665
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||
Sbjct 353 CG-TTATCTATTCACTCGTCTATAATGAGGGATCTTTGTTTACAAGGGAAGATGGACGCT 411
Query 666 GCTCTCTGGCTACGGaaaaaaaTGATATATAGTGGAGTTATTCCAGGTTTGATCACGCAC 725
||||||||||||||| |||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 412 GCTCTCTGGCTACGGGAAAAAATGTTACGTAGTGGATTTATTCCAGGTTTGATCACGCAC 471
Query 726 AATCATCTTTTAAATGGGTTGTGTAAAGCAGGTTATATCGAGAAGGCGGATGGGCTTGTT 785
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 472 AATCATCTTTTAAATGGGTTGTGTAAATTAGGTTATATCGAGAAGGCGGATGGACTTGTT 531
Query 786 AGAGAGATGAGGGAGATGGGTCCTTCGCCTAATTGTGTCTCTTATAACACCTTAATCAAG 845
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 532 AGAGAGATGAGGGAAATGGGTCCTTCGCCCAATTGTGTCTCTTATAACACCTTAATCAAG 591
Query 846 GGTCTTTGCAGTGTTAACAATGTAGATAAAGCTCTGTACCTCTTCAATACTATGAATAAA 905
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||
Sbjct 592 GGTCTGTGCAGTGTTAACAATGTAGATAAAGCTCTGTATCTCTTCAGTACTCTGAATAAA 651
Query 906 TATGGTATTAGGCCAAATAGAGTGACTTGCAATATAATTGTGCATGCACTTTGCCAGAAA 965
|||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 652 TATGGTATTAAGCCAAATAGAGTGACTTGCAACATAATTGTGCATGCACTTTGCCAGAAA 711
Query 966 GGTGTTATAGGAAACAACAACAAAAAGCTTCTTGAAGAGATCTTAGATAGTAGCCAGGCG 1025
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 712 GGTGTTATAGGAAACAACAACACAAAGCTTCTTGAAGAGATCTTAGATAGTAGCCAGGTG 771
Query 1026 AACGCACCCTTGGATATAGTCATCTGTACCATTCTGATGGATAGTTGTTTTAAGAATGGA 1085
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 772 AACGCACCCTTGGATATAGTCACCTGTACCATTCTGATGGATAGTTGTTTTAAGAACGGA 831
Query 1086 AATGTGGTTCAAGCCCTTGAGGTTTGGAAGGAGATGTCACAGAAAAATGTCCCTGCTGAT 1145
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 832 AATGTTGTTCAAGCCCTTGAGGTTTGGAAGGAGATGTCACAGAAAAATGTCCCTACTGAT 891
Query 1146 TCAGTTGTGTACAATGTCATTATTCGTGGGTTATGTTCGAGTGGAAACATGGTAGCTGCT 1205
|| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 892 TCGGTTGTGTACAATGTCATTATTCGTGGGTTGTGTTCGAGTGGAAACATGGTAACTGCT 951
Query 1206 TATGGGTTCATGTGTGACATGGTAAAGAGAGGAGTGAATCCTGATGTTTTCACTTACAAC 1265
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 952 TATGGGTTCATGTGTGACATGGTAAAGAGAGGAGTAAATCCTGATGTTTTCACTTACAAC 1011
Query 1266 ACTCTCATTAGCGCCTTGTGCAAAGAGGGAAAGTTTGATGAGGCATGTGATCTCCATGGT 1325
|||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1012 ACTCTCATAAGCGCATTGTGCAAAGCGGGAAAGTTTGATGTGGCATGTGATCTCCATGGT 1071
Query 1326 ACCATGCAAAATGGTGGTGTTGCTCCTGATCAGATCTCATACAAAGTTATTATTCAAGGT 1385
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1072 ACCATGCAAAATGTTGGTGTTGCTCCTGATCAGATCTCATACAAAGTTATCATTCAAGGT 1131
Query 1386 TTATGTATACATGGAGATGTGA-ACAGGGCGAACGAGTTCCTTCTAAGCATGCTAAAAAG 1444
|||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1132 CTATGTATACAGGGAGATGT-AGACAGGGCGAACGAGTTCCTTCTAAGCATGCTAAAAAG 1190
Query 1445 TTCTCTGCTTCCAGAGGTTCTGCTATGGAATGTGGTTATTGATGGTTATGGAAGATATGG 1504
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1191 GTCTCTGCTTCCAGAGGTTCTGCTATGGAATGTGGTTATTGATGGTTATGGAAGATATGG 1250
Query 1505 TGATACTAGCAGTGCTTTATCTGTTCTGAATCTAATGCTTTCGTACGGTGTTAAACCAAA 1564
||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1251 TGATACTAGCAGTGCTTTATCTGTTCTAAATTTAATGCTTTCTTACGGTGTTAAACCAAA 1310
Query 1565 TGTTTACACAAACAATGCTTTGATTCATGGGTATGTGAAAGGGGGAAGATTAATTGATGC 1624
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1311 TGTTTACACAAACAATGCTTTGATTCATGGGTATGTGAAAGGGGGAAGATTAATTGATGC 1370
Query 1625 ATGGTGGGTCAAAAATGAAATGCGATCTACCAAAATCCACCCAGATACTACCACCTATAA 1684
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1371 ATGGTGGGTCAAAAATGAAATGCGATCTACCAAAATCCACCCAGATACAACCACCTATAA 1430
Query 1685 TCTGCTACTAGGTGCTGCTTGTACATTGGGTCACTTGCGGTTGGCATTTCAGTTGTATGA 1744
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1431 TCTGCTAGTAGGTGCTGCTTGTACATTGGGTCACTTGCGGTTGGCATTTCAGTTGTATGA 1490
Query 1745 TGAAATGCTGAGAAGGGGATGTCAACCTGATATCATTACGTATACTGAGCTGGTTAGAGG 1804
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1491 TGAAATGCTGAAAAGGGGATGTCAACCTGATATCATTACTTATACTGAGCTGGTTAGAGG 1550
Query 1805 GCTCTGTTGGAAGGGTCGATTGAAGAAAGCCGAAAGCCTTCTGTCGAGAATACAAGCAAC 1864
||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||| |||| | |
Sbjct 1551 GCTCTGTTGGAAGGGTCGATTGAAGGAGGCCGAAAGCCTTTTGTCGAGAATGCAAGTATC 1610
Query 1865 TGGTATAACAATAGATCATGTTCCATTTTTGATACTAGCAAAGAAATATACCAGATTGCA 1924
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1611 TGGTATAACAATGGATCATGTTCCATTTTTGATACTAGTAAAGAAATATACCAGATTGCA 1670
Query 1925 GAGGCCAGGCGAGGCGTATTTAGTTTACAAAAAGTGGTTAGCGACGAGGAACAGAGGAGT 1984
| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1671 GCGACCAGATGAGGCGTATTTAGTTTACAAAAAGTGGTTAGTGACGAGGAACAGAGGAGT 1730
Query 1985 TTCTTGTCCAAGCATACTAAATCACATGCATAC 2017
|||||||||||| || |||||||||| || |||
Sbjct 1731 TTCTTGTCCAAGTATCCTAAATCACAAGCCTAC 1763
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 96292139360
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5