BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G25370.1
Length=2463
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg894445 jgi|Araly1|894445|Al_scaffold_0006_2441 3764 0.0
> Ahg894445 jgi|Araly1|894445|Al_scaffold_0006_2441
Length=2460
Score = 3764 bits (2038), Expect = 0.0
Identities = 2325/2466 (94%), Gaps = 9/2466 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGACGGAGCAATTGCTGCTTCATGGAACTCTTGAAGTGAAGATTTATAGGATCGATAAG 60
|||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGACGGAACAGTTGCTCCTTCATGGAACTCTTGAAGTGAAGATTTATAGGATCGATAAG 60
Query 61 TTGCATCAACGTTCAAGATTCAATTTATGCGGCAAGGGGAACAAGGAGCCAACAGGTAAA 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||
Sbjct 61 TTGCATCAACGTTCAAGATTCAATTTATGCGGCAAGGAGAACAAGGAGCCGACGGGTAAA 120
Query 121 AAGACTCAATCTCAAATCAAAAGACTAACGGACTCATGCACAAGTTTGTTTGGAGGACAT 180
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 121 AAGACTCAATCCCAAATCAAAAGACTAACGGACTCATGCACAAATTTGTTTGGAGGAAAT 180
Query 181 CTATACGCAACTATTGACCTAGACAGGTCAAGAGTGGCTAGAACCATGATGAGACGTCAT 240
|| || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 181 CTCTATGCAACCATTGACCTAGATAGGTCAAGAGTGGCTCGAACTATGATGAGACGTCAT 240
Query 241 CCTAAATGGTTACAATCCTTCCACGTCTACACCGCACATTCAATCTCTAAAATCATATTC 300
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 241 CCTAAATGGTTACAATCCTTCCATGTCTACACGGCACATTCAATCTCCAAAATCATATTC 300
Query 301 ACAGTTAAAGAAGATGAACCGGTCAGTGCTAGTTTGATAGGGCGAGCTTATTTACCTGTA 360
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 301 ACAGTTAAAGAAGATGAACCGGTCAGTGCTAGTTTGATCGGTCGAGCTTATTTACCTGTC 360
Query 361 ACAGAAGTCATCACCGGACAACCTATAGACCGATGGCTCGATATCTTAGACGAGAACAGG 420
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 361 ACTGAAGTCATCACCGGACAACCTATAGACCGATGGCTCGATATTTTAGACGAGAATAGG 420
Query 421 AGACCAATCCAAGGAGGTTCCAAACTCCATGTACGTGTGAAGTTCACTCATGTGACACAG 480
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||||
Sbjct 421 AGACCAATCCAAGGAGGTTCCAAACTCCATGTTCGTGTCAAGTTCAATCACGTGACACAG 480
Query 481 GACGTGAATTGGAACAAAGGAATAATATTACCTTCCTTCAATGGAGTTCCTAACGCTTAT 540
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GACGTGAATTGGAACAAAGGAATTATATTACCTTCCTTCAATGGAGTTCCTAACGCTTAT 540
Query 541 TTCAACCAAAGAGAAGGTTGCAAAGTTACACTATACCAAGACGCTCACGTTCTTAACGAA 600
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||
Sbjct 541 TTCAATCAAAGAGAAGGTTGCAAAGTTACACTTTACCAAGACGCTCACGTTATTCCCGAG 600
Query 601 TACCCTGATGTTACCCTCACGGGAGGACAAGTTATATACAAGCATCATCGGTGTTGGGAA 660
||||||||| || ||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TACCCTGATATT---CTCGCGGAAGGACAAGTTATTTACAAGCATCATCGGTGTTGGGAA 657
Query 661 GAGATTTTCGATGCGATATGGGAAGCAAAACATTTGATATACATCGCTGGTTGGTCCGTA 720
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 658 GAGATTTTCGATGCGATATGGGATGCAAAACATTTAATATACATTGCTGGTTGGTCGGTG 717
Query 721 AACACCGACGTGACATTAG-TTAGAGATCCTAAACGGACGAGACCGGGAGGGGACCTCAA 779
||||||| ||| ||||| | | || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 718 AACACCGGCGTAACATT-GATCAGGGATCCTAAACGGACGAGACCGGGAGGGGACCTGAA 776
Query 780 GTTAGGGGAATTGCTGAAGAAGAAAGCAGAAGAAAACGTGACCGTGCTGATGCTTGTGTG 839
||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 777 GTTAGGGGAATTGCTTAAGAAGAAAGCGGAAGAAAACGTGACCGTGTTGATGCTTGTGTG 836
Query 840 GGACGATAGAACGTCTCACGAAGTTTTTAAGAGAGACGGTTTGATGATGACTCATGATCA 899
|||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 GGACGATAGAACGTCTAACGAAATTTTTAAGAGAGACGGTTTGATGATGACTCATGATCA 896
Query 900 AGAAACTTACGATTACTTCAAGAACACGAAAGTGCGTTGCGTTCTCTGTCCGCGGAATCC 959
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 897 AGAAACTTATGATTACTTCAAGAACACGAAAGTGCGTTGTGTTCTCTGTCCGCGGAACCC 956
Query 960 GGATAATGGTGATAGCATTGTGCAAGGGTTCGAGGTCGCTACTATGTTTACTCATCATCA 1019
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||
Sbjct 957 GGATAATGGTGATAGCATTGTACAAGGGTTCGAGGTTGCTACGATGTTTTCTCATCATCA 1016
Query 1020 AAAAACGATTGTGGTGGACAGTGAAGTGGACGGGTCATTAACCAAGAGAAGGATAGTGAG 1079
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 AAAAACGATTGTGGTGGACGGTGAAGTGGACGGGTCAATAACCAAGAGAAGGATAGTGAG 1076
Query 1080 TTTTCTTGGAGGTATTGATCTTTGTGATGGGAGATACGACACTGTA-GAGCATCCTTTGT 1138
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||
Sbjct 1077 TTTTCTTGGAGGTATTGATCTTTGTGATGGGAGATACGACACTG-AGGAGCATCCTCTGT 1135
Query 1139 TTGGTACTTTGAATAGTGTTCATGCTAATGACTTTCACCAGCCGAACTTTGATGGTGCAT 1198
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |
Sbjct 1136 TTGGTACTTTAAATAGTGTTCATGCTAATGACTTTCACCAGCCCAACTTTGATGGCGCGT 1195
Query 1199 CGATTAAAAAGGGCGGTCCACGTGAACCGTGGCACGATATTCACTGCAAGCTGGATGGTC 1258
|||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1196 CGATTAAAAAGGGCGGTCCACGAGAGCCATGGCACGATATTCATTGCAAGCTGGATGGCC 1255
Query 1259 CTGCGGCGTGGGATGTTTTATACAATTTTGAGCAGAGGTGGATGAAACAAGGTAGTGGTA 1318
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 CTGCGGCGTGGGATGTTTTATACAATTTTGAGCAGAGGTGGATGAAACAAGGTAGTGGTA 1315
Query 1319 GAAGGTACCTTATATCGATGGCACAGCTCGCAGAGATCACGGTCCCGCCACTTCCGATTG 1378
|||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1316 GAAGGTACCTTAAATCAATGGCACAACTCGCAGAGATCACGGTTCCGCCACTTCCGATTG 1375
Query 1379 TACAACCAGACAATGAAGAAGGTTGGACAGTTCAAGTCTTCCGGTCGATAGATGATGGTG 1438
|||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 TACAACCAGACAATGAAGAAGGCTGGACGGTTCAAGTCTTCCGGTCGATAGATGATGGTG 1435
Query 1439 CAGTTGAAGGGTTCCCAGAGGATCCACGTGAAGCTGCAAGCATAGGACTTATAAGCGGAA 1498
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 1436 CAGTTGAAGGGTTTCCAGAGGATCCACGTGAAGCTGCAAGCGTAGGACTTATAAGCGGCA 1495
Query 1499 AAGATAACGTGATCGAAAGAAGCATTCAAGACGCTTACGTTAATGCCATAAGGAGAGCCA 1558
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 AAGATAACGTGATTGAAAGAAGCATACAAGACGCTTATGTTAATGCCATAAGGAGAGCCA 1555
Query 1559 AAAACTTCATCTACATTGAGAACCAATATTTTCTAGGAAGCTCCTTTGGATGGAACTCTA 1618
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1556 AACACTTCATCTACATTGAGAACCAATATTTTCTAGGAAGCTCCTTTGGATGGAACTCTA 1615
Query 1619 GAGACATAAATTTAAATGAGATCAATGCACTACAACTCATTCCTAAAGAGATTTCTCTAA 1678
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1616 GAGACATTGATTTAAATGAGATCAATGCACTACAACTCATTCCCAAAGAGATTTCTCTCA 1675
Query 1679 AAATCGTGAGTAAAATCGAGGCAGGCGAGCGGTTTTCGGTGTATATAGTGATTCCGTTAT 1738
||||||| || || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 AAATCGTTAGCAAGATCGAGGCAGGCGAGCGGTTTGCGGTGTATATAGTGATTCCGTTAT 1735
Query 1739 GGCCTGAAGGTAAACCTGGTTCCGCATCGGTTCAAGCAATACTAGACTGGCAAAGGAGAA 1798
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736 GGCCTGAAGGTAAACCTGGTTCTGCATCGGTTCAAGCAATACTAGACTGGCAAAGGAGAA 1795
Query 1799 CAATGGAGATGATGTATACTGATATAATCATTGCACTACGTAAAAAAGGTTTAGATGCAA 1858
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1796 CAATGGAGATGATGTATACTGATATAATCATTGCACTACGTAAGAAAGGTTTAGATGCAA 1855
Query 1859 ACCCTAGAGACTACCTAACGTTTTTCTGCCTCGGGAACCGGGAAAAGGGCAAGGTGGGTG 1918
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||
Sbjct 1856 ACCCTAGAGACTACCTAACGTTTTTCTGCCTCGGGAATCGGGAAGTTGGCAAGGCGGGTG 1915
Query 1919 AATACTTGCCTCCGGAAAAACCGGAGGCTAATTCTGATTACGCAAGAGCTCAAGAATCTC 1978
|||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1916 AATACTTGCCTCCGGAGAAACCAGAGCCTAATTCTGACTACGCAAGAGCTCAAGAATCTC 1975
Query 1979 GTCGGTTCATGATCTATGTCCACTCTAAAATGATGATTGTTGATGATGAGTACATAATAA 2038
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1976 GTCGGTTCATGATCTATGTCCACTCTAAAATGATGATTGTTGATGATGAGTACCTAATAA 2035
Query 2039 TAGGATCAGCCAATATAAACCAAAGGTCAATGGATGGAGGTCGAGACACAGAGATCGCCA 2098
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2036 TAGGATCAGCCAATATAAACCAAAGGTCAATGGATGGAGGTCGAGACACAGAGATCGCGA 2095
Query 2099 TGGGAGCATATCAACCTAGCCATCTCCTATCTACTAATAATATGAGGCCGGTTGGCCAAA 2158
|||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||| | |||||||| ||||||
Sbjct 2096 TGGGAGCATACCAACCTAGCCATCTGATATCTACTCATAACAGGAGGCCGGGGGGCCAAG 2155
Query 2159 TATTTAGCTTCAGGATATCACTATGGCTTGAACACCTACGAGTAACAACCAATGCA-TTT 2217
|||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| | | |||
Sbjct 2156 TATTTAACTTCAGGATATCACTATGGCTTGAACATCTACGAAAAACAACCGGT-AAGTTT 2214
Query 2218 CAGTGCCCCGAAAGCGAAGAGTGTATAAGAATGGTTAATGCAACGGCAGACGAGCTATGG 2277
|||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2215 CAGTACCCCGAAAGAGAAGAGTGTATAAGATTGGTTAATGAAACGGCAGACGAGCTATGG 2274
Query 2278 GGACTATACTCAGCACAAGAGTATCCTCGAAATGACGATTTACCGGGGCATTTGCTTAGT 2337
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2275 GGACTATACTCAGCACAAGAGTATCCTCGAAATGACGATTTACCGGGGCATTTGCTTAGT 2334
Query 2338 TATCCGATTAGCATTGGTAGCAATGGGGAAGTAACAAATCTTGCTGGGACTGAATTCTTT 2397
||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2335 TATCCTATTAACATTGGTAGCAACGGGGAAGTAACAAATCTTGCTGGGACTGAGTTCTTT 2394
Query 2398 CCTGATACTAACGCAAAGGTTGTAGGCGAAAAATCTAATTATCTTCCTCCAATCCTTACT 2457
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2395 CCTGATACTAACGCAAAGGTTGTAGGCGAAAAATCTAATTATCTTCCTCCAATCCTCACT 2454
Query 2458 TCTTAG 2463
||||||
Sbjct 2455 TCTTAG 2460
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 92825927065
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5