BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G25410.1
Length=1204
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg489393 jgi|Araly1|489393|fgenesh2_kg.6__2527__AT5G25410.1 1746 0.0
> Ahg489393 jgi|Araly1|489393|fgenesh2_kg.6__2527__AT5G25410.1
Length=1182
Score = 1746 bits (945), Expect = 0.0
Identities = 1113/1192 (93%), Gaps = 20/1192 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 22 AATGTCTACAAGAGTTAGGATTGCTCTTGTTATGAATGTCTT-CCTTTTTTGGTTCTCAC 80
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Sbjct 1 AATGTCTACAGGAGTTAGGATTGCTCTTGTTATGAATCTCTTACCTTTTTT-GTTCTCAC 59
Query 81 CAGCCCTAATTCGTTCGGATCCAAATATGGTGCCTCTAAGAACCTTCAAGATACGTGAAA 140
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Sbjct 60 CAGCCCTAATTCGTTCGGATCCAAATATGGTACCTCTCAGAACCTTCAAGATACGTGAAA 119
Query 141 ATGTAACATATGACTGCATTAACATTTATAAGCAACCAGGACTTGATCATCCCTTGCTCA 200
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Sbjct 120 ATGTAACATATGACTGCATTAACATTTATAAGCAACCGGGACTTGAGCATCCCTTGCTCC 179
Query 201 AAAACCATAAAATTCAGATGAAACCATCAGTTT-CAAGACATGAATTAAGGAATCAAACA 259
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Sbjct 180 AAAATCACAAAATCCAGATGAAACCATCA-TTTGCAAGACATGAATTAAAGAATCAAACT 238
Query 260 GACAACACTAAAACATATAAGAATAAAATGGGATGTCCAGATGGAACCGTTCCTATATTA 319
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Sbjct 239 GACAACACTAAAACATATAAGAATAAAATGGGCTGTCCACATGGCACCGTTCCTATATTA 298
Query 320 AGAAATTCAAAAGAATATATTACCAATGCACAACTTTTCGCCGAGAAGTATTTTC-ATCC 378
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Sbjct 299 AGAAATTCAAAAGAATATATCACCAATGCACAACTTTTTGCCGAGAAGTA-TGTCTATCC 357
Query 379 GCTATCAAGCGAAAGTCCTGGATCACATGTTGCTGGAGT-AAGGTCACAAAATGGTCCAT 437
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Sbjct 358 GCTATCAGGCGATAGTCCTGGAACACATATTGCTGGAGTGAA-GTCACAAAATGGTCCAT 416
Query 438 ATCATGGTGTAGATGCTTCATTTAGTATACATAA-ATTAAACATCGAAAGAGATCAGGCC 496
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Sbjct 417 ATCACGGTGTAGAAGCTTCATTTAGTATACATAACA-TAAACATCGAAAGAGATCAAGCC 475
Query 497 TCATATGCTCAATTATATGTAGGCAGTGGTTTGAACCATCAGATCAATTTTATCCAAGCA 556
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Sbjct 476 TCATATGCTCAATTATATGTAGGCAGTGGTTTGAACAATAAGGTCAATTTTATCCAAGCA 535
Query 557 GGTTGGATGATAAATCCAAGTATATTTGGCGATGGAGGTGTTTGGTCATATGGATTTTGG 616
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Sbjct 536 GGTTGGATGATAAATCCAAGTCTATTTGGCGACGGAGGTGTTTGGTCATATGGATTTTGG 595
Query 617 AAGGGTGAAAATGGAAATGGATGTTATAATACGGCATGTCCAGGGTTTGTTCAAGTATCA 676
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Sbjct 596 AAGGGTGAAAATGGAAAAGGATGTTATAATACGGCATGTCCAGGGTTTGTTCAAGTATCA 655
Query 677 CAGGAGGTTCCCATAGCCCAGCCCTTGGACCAGCCAAAGGAAGATTTGTTGCATTACTCC 736
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Sbjct 656 CAGGAGGTTCCCATAGCCCAGCCCTTGGACCAGCCACACGAACATTTGTTGCATTACTCC 715
Query 737 ATCCATCAGGATAAACAAACAGGAAACTGGTGGATTACAAAACTGATAGC-AAATGCACC 795
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Sbjct 716 ATCCACCAGGATAAACAAACAGGAAACTGGTGGATTACAAAACTGATA-CTAAATGCACC 774
Query 796 TAACATAGATGTCGGATATTGGCCAAAAGAATTATTTAACCTAATAGGTAATGGTGCAAA 855
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Sbjct 775 GAACATAGATGTCGGATATTGGCCAAAAGAATTATTTAACCTAATAGGTACTGGTGCAAA 834
Query 856 TATGGTGGGAGTTGGAGGTGCAGTTCAAGCTTCTCATCAAGGTCCAAGTCCTCCGATGGG 915
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Sbjct 835 TATGGTTGGAGTTGGAGGTGCAGTTCAAGCTTCTCATCAAGGTTCAAGTCCTCCAATGGG 894
Query 916 TAATGGTAAATTTCCGATTGGAGACCCAAAGGAATCAGCAATGTTTACAAATATTGAAGT 975
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Sbjct 895 TAATGGTAAATTTCCGACTGGAGACCGAAAGGAATCAGCAATGTTTGCAAATATTGAAGT 954
Query 976 CTTGAATTCCAACTATGAACAACGTCGAATCGATTCTTTTCCTATGGAGAAGTTGCTAGA 1035
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Sbjct 955 CTTGAATTCCAACTATGAACAATGTAGAATCGATTCTTTTCCTATGGAGAAGTTGCTAGA 1014
Query 1036 TAGCCCCAAATGTTATGGAATAA-ATACCGATAAAATAAAACTACTCGGTTTTGCTTTTA 1094
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Sbjct 1015 TAGTCCAAAATGTTATGGCATAAGA-ACCGATAAAGTAAAACTACTCGACTTTACTTTTA 1073
Query 1095 ATTATGGTGGTGCGGGAGGAGAATT-TTGTGGAGTTTGACATTTGCCAATGTA-ATCTTT 1152
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Sbjct 1074 ATTATGGTGGTCCAGGAGGA-AATTCTTGCGGAGTTTGACATTTGCCAATGTAGA-CTTT 1131
Query 1153 TTAAA-TCGCCATTTAATAAACTTATTCTAAATTAATAAATATGAAATTGTT 1203
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Sbjct 1132 TAAAAATGGCT-TTTAATAAACTTATTTTAAATTAATAAATATGAAATTGTT 1182
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 44946919143
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5