BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G25754.1
Length=1937
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg489426 jgi|Araly1|489426|fgenesh2_kg.6__2560__AT5G25754.1 2466 0.0
Ahg319240 jgi|Araly1|319240|fgenesh1_pm.C_scaffold_3002256 2311 0.0
Ahg942271 jgi|Araly1|942271|scaffold_602815.1 675 0.0
> Ahg489426 jgi|Araly1|489426|fgenesh2_kg.6__2560__AT5G25754.1
Length=1784
Score = 2466 bits (1335), Expect = 0.0
Identities = 1536/1632 (94%), Gaps = 18/1632 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 154 GGGAGAGTGGGTACGACCCGAATATGGTGCCGGATTCGGTGAAATCGTTCGT-GTCACAC 212
||||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 166 GGGAGAGCGGGTACGACCCAAATATAGTGGCGGATTCGGTGAAATCGTTCGTGGT-ACAC 224
Query 213 ATGTACAGACACATAAGGGACAAGAACGTGTACGAGATCCACCAGATGTGTGAGACATCG 272
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 225 ATGTACAGACACATAAGGGAGAAGAACGTGTACGAGATCCACCAGATGTGTGAGACATCG 284
Query 273 TTCCAGAGCATATCGGAGCGTCTGTTCAAGGACACGCCGTGGCCAAGTGTGGAAGCGATT 332
||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 285 TTCCAGAGCATATCGGAACGTCTGTTCAAGGAGACGCCATGGCCAAGTGTGGAAGCTATA 344
Query 333 GCTCCTTACGTAGACAACGACCATGTGTTCTGTCTTCTGTACCGTGAGATGTGGTTTCGA 392
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 345 GCTCCATACGTAGACAACGACCATGTGTTCTGTCTTCTGTACCGTGAGATGTGGTTTCGA 404
Query 393 CATTTGTATGCGAGGTTGTCTCCGACGTTGAAGCAGAGGATTGATTCTTATGACAACTAT 452
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 405 CATTTGTATGCGAGGTTATCTCCTACGTTGAAGCAGAGGATTGATTCTTATGACAACTAT 464
Query 453 TGCAGCCTCTTTCAGGTTGTGTTGCACGGCGTAGTGAATATGCAGTTGCCGAACCAGTGG 512
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 465 TGCAGCCTCTTTCAGGTGGTGTTGCACGGCGTAGTGAATATGCAGTTACCGAACCAGTGG 524
Query 513 TTGTGGGATATGGTGGATGAGTTTGTCTACCAGTTCCAAAGTTTCTGTCAATTCAGAGCA 572
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 525 TTGTGGGATATGGTGGATGAGTTTGTCTACCAGTTCCAAAGTTTCTGTCAGTTCAGAGCA 584
Query 573 AAGCTCAAGAACAAAACAGAGGAGGAGATTGCATTGCTCAGACAGCACGATAAGGCCTGG 632
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 585 AAGCTCAAGAACAAAACAGAGCAGGAGATTGCATTGCTCAGACAGCATGATAAGGCATGG 644
Query 633 AATGTCTATGGCGTGCTCAACTTCTTGCAAGCACTTGTGGAGAAGTCTTGTATCATCCAG 692
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 645 AATGTCTATGGCGTGCTCAACTTCTTGCAAGCACTTGTGGAAAAGTCTTGTATCATCCAA 704
Query 693 ATCCTTGAGCATGACAAGGATGGCCTTG---AGTTCACTGAGACTGATGGCTACGATTTC 749
|| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 705 ATTCTTGAGCATGACAAGCATGGCCTTGAACAGTTCACTGCCACTGATGGCTACGATTAC 764
Query 750 AGCGGTGGCAGCAACGTCTTGAAGGTCCTCGGTTACTTCAGCATGGTCGGTCTCTTGCGT 809
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 765 AGCGGTGGAAGTAACGTCTTGAAGGTCCTCGGTTACTTCAGCATGGTCGGTCTCTTGCGT 824
Query 810 GTTCACTGCCTCCTCGGTGACTACCACACTGCTCTCAAATGGTTGCAGCCCATTGACATC 869
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 825 GTTCACTGCCTCCTCGGTGACTACCACACTGCTCTCAAATGGTTGCAGCCCATTGACATC 884
Query 870 ACTCAGCCAGGTGTTTACACCAGTGTCATTGGTTGCCATATCGCTACTATCTACCACTAT 929
||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||
Sbjct 885 ACTCAGCAAGGTGTTTACACCAGTGTCATTGGATGCCATATTGCTACCATCTATCACTAT 944
Query 930 GGATTTGCCACCCTTATGTTGCGGAGG-TATGTCGATGCTGTTCGTGAGTTCAACAAGAT 988
|||||||||| |||||||||||| | | ||| | ||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 945 GGATTTGCCAACCTTATGTTGCG-ACGCTATCTAGATTCTGTTCGTGAATTCAACAAGAT 1003
Query 989 TCTCCTCTACATTTTCAAGACTAAGCAGTACCATCAAAAGTCACCTCAGTACGAGCAATT 1048
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1004 TCTCCTCTACATTTTCAAGACTAAGCAGTACCATCAAAAGTCACCTCAGTACGAGCAACT 1063
Query 1049 ACTCAAGAAGAATGAGCAGATGTACGCTTTGCTTGCTCTCTCCCTCTCCCTCTGCCCTCA 1108
|||||||||||||||||||||||| || || |||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 1064 ACTCAAGAAGAATGAGCAGATGTATGCATTACTTGCTCTTTGCCTCTCCCTCTGCCCTCA 1123
Query 1109 AACTAAACTCGTTGACGAGTCTGTCAACTCTCAGCTGCGAGACAAGTATGGTGAAAAGAT 1168
| |||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1124 ACCTAAACTCGTTGACGACTCTGTCAGCTCTCAGTTGCGAGACAAGTATGGTGAAAAGAT 1183
Query 1169 GATGAGGATGCTGAGGTCTGACGACGAGGCCTTTGGTATTTATGATGAGCTCTTCTCTTA 1228
||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1184 GATGAGGATGCTGAGGTATGACGATGAGGCCTTTGGTATTTACGATGAGCTCTTCTCTTA 1243
Query 1229 CGCATGCCCCAAGTTTATCACCCCTTCCGCACCACCAACTTTCGAGGAACCTCTTGTCAA 1288
||||||||||||||||||||||||||| | | |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1244 TGCATGCCCCAAGTTTATCACCCCTTCC-C-C-ACCATGTTTCGAGGAACCTCTTGTCAA 1300
Query 1289 TTACAATCAGGATGCATACAGGCTTCAGCTGAAGATGTTCCTTTACGAGGTAAAGCAGCA 1348
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1301 TTACAATCAGGATGCATACAGGCTTCAGTTGAAGATGTTCCTTTATGAGGTAAAGCAGCA 1360
Query 1349 GCAGCTCTTGTCGGGAGTGCGGACTTTCCTGAAAGTCTACTCCTCCATTTCTCTTGCTAA 1408
||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1361 GCAGCTCTTGTCGGGAGTGCGAACATTCCTGAAAGTCTACTCCTCCATTTCTCTTGCTAA 1420
Query 1409 GCTCGCAAACTACATGGAAGTTGATGAGCCCACTCTAAGGACCATATTGTTAACATACAA 1468
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1421 GCTCGCAAACTGCATGGAAGTTGATGAGCCCACTCTAAGGACCATATTGTTAACATACAA 1480
Query 1469 GCACAAGACCCATTCAGTTGATTCCGATGGTAGGATCATCTCCAATGCAGACATTGATTT 1528
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481 GCACAAGACCCATTCAGTTGATTCCGATGGTAGGATCATCTCCAATGCAGACATTGATTT 1540
Query 1529 CTTCATCAACAACGACATGATCTACGTTGTCGAATCAAAACCCGCAAAACGTTATGGTGA 1588
|| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1541 CTACATCAACAATGACATGATCTACGTTGTGGAATCAAAACCCGCAAAACGTTATGGTGA 1600
Query 1589 TTTCTTCTTGCGGCAGATTGCCAAGCTTGAAGGTGTGATCAACGACATGGATCGTGTCAA 1648
|||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1601 TTTCCTCTTGCGACAGATTGCCAAGCTGGACGGTGTGATAAACGACATGGATCGTGTCAA 1660
Query 1649 GCTGGAATGACGACTTTTCTGTGTTATACCTAATCATCAATGCCCAATCTGATATGATGC 1708
||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 1661 ACTGGAATGAGGACTTTTCTGTGTTACACCTA-TCATCAATGCCCAATCTGATATGCT-C 1718
Query 1709 TTTCTCTTATAAACCATATGTTTACTTAAAGCCAAACACTTTTTTGAGTAGCTGTCTTCA 1768
| || || |||||| || ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 1719 T--CT-TT-TAAACCCTAAATTTACTTGGAGCCAAACACTTTT--GAGAAGCTGTCTTCA 1772
Query 1769 TGTGGTCAAATG 1780
||||||||||||
Sbjct 1773 TGTGGTCAAATG 1784
> Ahg319240 jgi|Araly1|319240|fgenesh1_pm.C_scaffold_3002256
Length=1482
Score = 2311 bits (1251), Expect = 0.0
Identities = 1410/1487 (95%), Gaps = 10/1487 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 177 ATGGTGCCGGATTCGGTGAAATCGTTCGT-GTCACACATGTACAGACACATAAGGGACAA 235
|||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1 ATGGTGCCGGATTCGGTGAAATCGTTTGTGGT-ACACATGTACAGACACATAAGGGATAA 59
Query 236 GAACGTGTACGAGATCCACCAGATGTGTGAGACATCGTTCCAGAGCATATCGGAGCGTCT 295
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 60 GAACGTGTACGAGATCCACCAGATGTGTGAGACATCGTTCCAGAGCATATCGGAACGTCT 119
Query 296 GTTCAAGGACACGCCGTGGCCAAGTGTGGAAGCGATTGCTCCTTACGTAGACAACGACCA 355
||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 120 GTTCAAGGAGACGCCATGGCCAAGTGTGGAAGCCATAGCTCCATACGTAGACAACGACCA 179
Query 356 TGTGTTCTGTCTTCTGTACCGTGAGATGTGGTTTCGACATTTGTATGCGAGGTTGTCTCC 415
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 180 TGTGTTCTGTCTTCTGTACCGTGAGATGTGGTTTCGACATTTGTATGCGAGGCTATCTCC 239
Query 416 GACGTTGAAGCAGAGGATTGATTCTTATGACAACTATTGCAGCCTCTTTCAGGTTGTGTT 475
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 240 TACGTTGAAGCAGAGGATTGATTCTTATGATAACTATTGCAGCCTCTTTCAGGTGGTGTT 299
Query 476 GCACGGCGTAGTGAATATGCAGTTGCCGAACCAGTGGTTGTGGGATATGGTGGATGAGTT 535
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 GCATGGGGTAGTGAATATGCAGTTGCCGAACCAGTGGTTGTGGGATATGGTGGATGAGTT 359
Query 536 TGTCTACCAGTTCCAAAGTTTCTGTCAATTCAGAGCAAAGCTCAAGAACAAAACAGAGGA 595
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 TGTCTACCAGTTCCAAAGTTTCTGTCAGTTCAGAGCAAAGCTCAAGAACAAAACAGAGGA 419
Query 596 GGAGATTGCATTGCTCAGACAGCACGATAAGGCCTGGAATGTCTATGGCGTGCTCAACTT 655
|||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 GGAGATTGCATTGCTCAGACAGCATGATAAGGCATGGAATGTCTATGGCGTGCTCAACTT 479
Query 656 CTTGCAAGCACTTGTGGAGAAGTCTTGTATCATCCAGATCCTTGAGCATGACAAGGATGG 715
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||| ||||
Sbjct 480 CTTGCAAGCACTTGTGGAAAAGTCTTGTATCATCCAAATTCTTGAGCAGGACAAGCATGG 539
Query 716 CCTTG---AGTTCACTGAGACTGATGGCTACGATTTCAGCGGTGGCAGCAACGTCTTGAA 772
|||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||
Sbjct 540 ACTTGAACAGTTCACTGCCACTGATGGCTACGATTACAGCGGTGGAAGTAACGTCTTGAA 599
Query 773 GGTCCTCGGTTACTTCAGCATGGTCGGTCTCTTGCGTGTTCACTGCCTCCTCGGTGACTA 832
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 GGTCCTCGGTTACTTCAGCATGGTCGGTCTCTTGCGTGTTCACTGCCTCCTCGGTGACTA 659
Query 833 CCACACTGCTCTCAAATGGTTGCAGCCCATTGACATCACTCAGCCAGGTGTTTACACCAG 892
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 660 CCACACTGCTCTCAAATGGTTGCAGCCCATTGACATCACTCAGCAAGGTGTTTACACCAG 719
Query 893 TGTCATTGGTTGCCATATCGCTACTATCTACCACTATGGATTTGCCACCCTTATGTTGCG 952
||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 720 TGTCATTGGATGCCATATCGCTACCATCTATCACTATGGATTTGCCAACCTTATGTTGCG 779
Query 953 GAGG-TATGTCGATGCTGTTCGTGAGTTCAACAAGATTCTCCTCTACATTTTCAAGACTA 1011
| | ||| | ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 -ACGCTATCTAGATTCTGTTCGTGAATTCAACAAGATTCTCCTCTACATTTTCAAGACTA 838
Query 1012 AGCAGTACCATCAAAAGTCACCTCAGTACGAGCAATTACTCAAGAAGAATGAGCAGATGT 1071
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 AGCAGTACCATCAAAAGTCACCTCAGTACGAGCAATTACTCAAGAAGAATGAGCAGATGT 898
Query 1072 ACGCTTTGCTTGCTCTCTCCCTCTCCCTCTGCCCTCAAACTAAACTCGTTGACGAGTCTG 1131
| || || |||||||| | ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||
Sbjct 899 ATGCATTACTTGCTCTTTGCCTCTCCCTCTGCCCTCAACCTAATCTCGTTGACGACTCTG 958
Query 1132 TCAACTCTCAGCTGCGAGACAAGTATGGTGAAAAGATGATGAGGATGCTGAGGTCTGACG 1191
||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 959 TCAGCTCTCAGTTGCGAGACAAGTATGGTGAAAAGATGATGAGGATGCTGAGGTATGACG 1018
Query 1192 ACGAGGCCTTTGGTATTTATGATGAGCTCTTCTCTTACGCATGCCCCAAGTTTATCACCC 1251
| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 ATGAGGCCTTTGGTATTTACGATGAGCTCTTCTCTTATGCATGCCCCAAGTTTATCACCC 1078
Query 1252 CTTCCGCACCACCAACTTTCGAGGAACCTCTTGTCAATTACAATCAGGATGCATACAGGC 1311
||||| | | |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 CTTCC-C-C-ACCATGTTTAGAGGAACCTCTTGTCAATTACAATCAGGATGCATACAGGC 1135
Query 1312 TTCAGCTGAAGATGTTCCTTTACGAGGTAAAGCAGCAGCAGCTCTTGTCGGGAGTGCGGA 1371
||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1136 TTCAGTTGAAGATGTTCCTTTATGAGGTAAAGCAGCAGCAGCTCTTGTCGGGAGTGCGGA 1195
Query 1372 CTTTCCTGAAAGTCTACTCCTCCATTTCTCTTGCTAAGCTCGCAAACTACATGGAAGTTG 1431
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1196 CATTCCTAAAAGTCTACTCCTCCATTTCTCTTGCTAAGCTCGCAAACTACATGGAAGTTG 1255
Query 1432 ATGAGCCCACTCTAAGGACCATATTGTTAACATACAAGCACAAGACCCATTCAGTTGATT 1491
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1256 ATGAGCCCACTCTAAGGACCATATTGTTAACATACAAGCACAAGACCCATGCAGTTGATT 1315
Query 1492 CCGATGGTAGGATCATCTCCAATGCAGACATTGATTTCTTCATCAACAACGACATGATCT 1551
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||
Sbjct 1316 CCGATGGTAGGATCATCTCCAATGCAGACATTGATTTCTACATCAACAATGACATGATCT 1375
Query 1552 ACGTTGTCGAATCAAAACCCGCAAAACGTTATGGTGATTTCTTCTTGCGGCAGATTGCCA 1611
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1376 ACGTTGTGGAATCAAAACCCGCAAAACGTTATGGTGATTTCTTCTTGCGACAGATTGCCA 1435
Query 1612 AGCTTGAAGGTGTGATCAACGACATGGATCGTGTCAAGCTGGAATGA 1658
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1436 AGCTTGAAGGTGTGATAAACGACATGGATCGTGTCAAACTGGAATGA 1482
> Ahg942271 jgi|Araly1|942271|scaffold_602815.1
Length=1040
Score = 675 bits (365), Expect = 0.0
Identities = 434/467 (93%), Gaps = 5/467 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 700 AGCATGACAAGGATGGCCTTG---AGTTCACTGAGACTGATGGCTACGATTTCAGCGGTG 756
||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 256 AGCATGACAAGCATGGCCTTGAACAGTTCACTGCCACTGATGGCTACGATTACAGCGGTG 315
Query 757 GCAGCAACGTCTTGAAGGTCCTCGGTTACTTCAGCATGGTCGGTCTCTTGCGTGTTCACT 816
| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 316 GAAGTAACGTCTTGAAGGTCCTCGGTTACTTCAGCATGGTCGGTCTCTTGCGTGTTCACT 375
Query 817 GCCTCCTCGGTGACTACCACACTGCTCTCAAATGGTTGCAGCCCATTGACATCACTCAGC 876
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 376 GCCTCCTCGGTGACTACCACACTGCTCTCAAATGGTTGCAGCCCATTGACATCACTCAGC 435
Query 877 CAGGTGTTTACACCAGTGTCATTGGTTGCCATATCGCTACTATCTACCACTATGGATTTG 936
|||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||
Sbjct 436 AAGGTCTTTACACCAGTGTCATTGGATGCCATATCGCTACCATCTATCAATATGGATTTG 495
Query 937 CCACCCTTATGTTGCGGAGG-TATGTCGATGCTGTTCGTGAGTTCAACAAGATTCTCCTC 995
||| |||||||||||| | | ||| | ||| |||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 496 CCAACCTTATGTTGCG-ACGCTATCTAGATTCTGTTCGTGAATTCAACAAGATTCTCCTC 554
Query 996 TACATTTTCAAGACTAAGCAGTACCATCAAAAGTCACCTCAGTACGAGCAATTACTCAAG 1055
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 555 TACATTTTCAAGACTAACCAGTACCATCAAAAGTCACCTCAGTACGAGCAATTACTCAAG 614
Query 1056 AAGAATGAGCAGATGTACGCTTTGCTTGCTCTCTCCCTCTCCCTCTGCCCTCAAACTAAA 1115
||||||||||||||||| || || |||||||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 615 AAGAATGAGCAGATGTATGCATTACTTGCTCTTTGCCTCTCCCTCTGCCCTCAAACTAAA 674
Query 1116 CTCGTTGACGAGTCTGTCAACTCTCAGCTGCGAGACAAGTATGGTGA 1162
||||||||||| |||| || ||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 675 CTCGTTGACGATTCTGCCAGCTCTCAGTTGCGAGACAAGTATGGTGA 721
Score = 394 bits (213), Expect = 1e-108
Identities = 250/266 (94%), Gaps = 9/266 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 361 TCTGTCTTCTGTACCGTGAGATGTGGTTTCGACATTTGTATGCGAGGTTGTCTCCGACGT 420
|||||||||| ||||||||||||| | | |||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 1 TCTGTCTTCTATACCGTGAGATGT-G----G----TTGTATGCGAGGTTATCTCCTACGT 51
Query 421 TGAAGCAGAGGATTGATTCTTATGACAACTATTGCAGCCTCTTTCAGGTTGTGTTGCACG 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 52 TGAAGCAGAGGATTGATTCTTATGACAACTATTGCAGCCTCTTTCAGGTGGTGTTGCACG 111
Query 481 GCGTAGTGAATATGCAGTTGCCGAACCAGTGGTTGTGGGATATGGTGGATGAGTTTGTCT 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 112 GCGTAGTGAATATGCAGTTGCCGAACCAGTGGTTGTGGGATATGGTGGATGAGTTTGTCT 171
Query 541 ACCAGTTCCAAAGTTTCTGTCAATTCAGAGCAAAGCTCAAGAACAAAACAGAGGAGGAGA 600
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 172 ACCAGTTCCAAAGTTTCTGTCAGTTCAGAGCAAAGCTCAAGAACAAAACAGAGCAGGAGA 231
Query 601 TTGCATTGCTCAGACAGCACGATAAG 626
||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 232 TTGCATTGCTCAGACAGCATGATAAG 257
Score = 235 bits (127), Expect = 8e-61
Identities = 218/256 (85%), Gaps = 29/256 (11%)
Strand=Plus/Plus
Query 1194 GAGGCCTTTGGTATTTATGATGAGCTCTTCTCTTACGCATGCCCCAAGTTTATCACCCCT 1253
|||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 720 GAGGCCTTTGGTATTTTTGATGAGCTCTTCTCTTATGCATCCCCCAAGTTTATCACCCCT 779
Query 1254 TCCGCACCACCAACTTTCGAGGAACCTCTTGTCAATTACAATCAGGATGCATACAGGCTT 1313
|||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | | |
Sbjct 780 TCCG---CACCAAGTTTCGAGGAACCTCTTGTCAATTACAATCAG--T---T---G---- 824
Query 1314 CAGCTGAAGATGTTCCTTTACGAGGTAAAGCAGCAGCAGCTCTTGTCGGGAGTGCGGAC- 1372
| | |||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||
Sbjct 825 -A----A-GATGTTCCTTTATGAGGTAAAGCAGCGGCAGCTGTTGTCGGGAGTGCGGACA 878
Query 1373 ------TTTCCTGAAAGTCTACTCCTCCATTTCTCTTGCTAAGCTCGCAAACTACATGGA 1426
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 879 CGGACATTTC-TGAAAGTCTACTCCTCCATTTCTCTTGCTAAGCTCGCAAACTACTTGGA 937
Query 1427 AGTTGATGAGCCCACT 1442
||| ||||||||||||
Sbjct 938 AGTCGATGAGCCCACT 953
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 72790458195
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5