BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G26240.1
Length=2861
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg942216 jgi|Araly1|942216|scaffold_602760.1 4002 0.0
Ahg357249 jgi|Araly1|357249|fgenesh1_pg.C_scaffold_8001036 407 3e-112
Ahg894781 jgi|Araly1|894781|Al_scaffold_0006_2777 134 5e-30
> Ahg942216 jgi|Araly1|942216|scaffold_602760.1
Length=2419
Score = 4002 bits (2167), Expect = 0.0
Identities = 2334/2416 (97%), Gaps = 5/2416 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 84 ATCGAACTCTCGATCATGTTATCGAATCATCTCCAGAACGGGATCGAATCCGATAACCTA 143
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 8 ATCGAA--CTCGATCATGTTATCGAATCATCTCCAGAACGGGATCGAATCCGATAACCTA 65
Query 144 CTCTGGTCTCGTGTCCCTGAATCCGATGATACTTCCACCGACGATATTACTCTACTCAAC 203
||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 66 ATCTGGTCTCGTGTCCCTGAATCCGACGATCCTTCCACCGACGGTGTTACTCTACTCAAC 125
Query 204 TCTCACCGTGACGGTGACGGAGGTGTCAATAGTCTCGATTACGAAGTCATCGAGAATTAC 263
|||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 126 TCTCGCCGTGACGGTGACGGAGGTGTCGATAGTCTCGATTACGAAGTCATCGAGAATTAC 185
Query 264 GCTTATAGAGAAGAACAAGCTCATCGAGGAAAGCTTTATGTTGGTTACTACGTTGCTGTC 323
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 186 GCTTATAGAGAAGAACAAGCTCATCGAGGAAAGCTTTATGTTGGTTACTACGTTGCTGTC 245
Query 324 AAATGGTTCTTCTCTTTACTCATCGGGATCGGAACTGGATTAGCTGCTGTGTTCATCAAT 383
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 246 AAATGGTTCTTCTCTTTACTCATCGGGATCGGAACTGGATTAGCTGCTGTGTTCATCAAT 305
Query 384 CTCTCTGTTGAGAATTTCGCTGGATGGAAATTTGCTCTTACTTTTGCTATTATTCAGAAG 443
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 306 CTCTCTGTTGAGAATTTCGCTGGATGGAAATTTGCTCTTACGTTTGCTATTATTCAGAAG 365
Query 444 TCGTATTTTGCTGGGTTTATTGTTTATCTTCTCATCAATTTAGTCTTAGTGTTTTCTTCT 503
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 366 TCTTATTTCGCTGGGTTTATTGTTTATCTTCTCATCAATTTAGTCTTAGTGTTTTCTTCT 425
Query 504 GCGTATATTATTACTCAATTTGCTCCTGCTGCTGCTGGTTCTGGCATTCCTGAGATTAAG 563
|||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 426 GCGTATATCATTACGCAATTCGCTCCTGCTGCTGCTGGTTCTGGCATTCCTGAGATTAAG 485
Query 564 GGTTATCTCAATGGAATTGATATTCCCGGCACCTTGCTCTTTAGAACTCTCATTGGAAAG 623
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 486 GGTTATCTCAATGGAATTGATATTCCCGGAACCTTGCTCTTTAGAACTCTCATAGGAAAG 545
Query 624 ATATTTGGAAGCATTGGTTCTGTTGGGGGTGGCTTAGCCTTGGGGAAAGAAGGTCCTCTT 683
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 546 ATATTTGGAAGCATTGGTTCTGTTGGGGGTGGTTTAGCCTTGGGGAAAGAAGGTCCTCTT 605
Query 684 GTGCATACAGGTGCCTGCATTGCATCGTTGCTTGGTCAGGGTGGATCTACGAAATATCAT 743
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 606 GTACATACAGGTGCCTGCATTGCATCGTTGCTTGGTCAGGGTGGATCTACAAAATATCAT 665
Query 744 TTGAATTCTAGATGGCCGCAACTTTTTAAGAGTGATAGAGATCGGCGTGATCTTGTCACT 803
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 666 TTGAATTCTAGATGGCCGCAACTTTTTAAGAGTGATAGAGATCGTCGTGATCTTGTCACT 725
Query 804 TGTGGATGTGCAGCTGGAGTTGCTGCTGCCTTTAGAGCCCCAGTTGGTGGAGTGTTATTT 863
|||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 726 TGTGGATGTGCAGCTGGAGTTGCTGCCGCTTTTAGAGCTCCAGTTGGAGGAGTGTTATTT 785
Query 864 GCATTAGAGGAGGTCACATCATGGTGGAGAAGTCAACTTATGTGGCGTGTCTTTTTCACT 923
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 786 GCATTAGAGGAGGTCACATCATGGTGGAGAAGTCAACTTATGTGGCGTGTCTTTTTCACT 845
Query 924 TCCGCTATTGTGGCTGTTGTTGTGCGTACTGCCATGGGATGGTGCAAGAGTGGAATATGT 983
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 846 TCCGCTATTGTGGCTGTTGTTGTGCGTACTGCCATGGGCTGGTGCAAGAGTGGAATATGT 905
Query 984 GGACATTTTGGTGGAGGTGGTTTCATTATATGGGATGTATCAGATGGTCAAGATGACTAC 1043
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 906 GGACATTTTGGTGGAGGTGGTTTCATTATATGGGATGTATCAGATGGTCAAGATGACTAC 965
Query 1044 TACTTCAAAGAGCTACTGCCAATGGCTGTAATAGGAGTTATCGGAGGGCTACTTGGGGCA 1103
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 966 TACTTCAAGGAGCTACTGCCAATGGCTGTAATAGGAGTTATCGGAGGCCTACTTGGGGCA 1025
Query 1104 TTATTTAACCAACTTACACTCTATATGACATCTTGGCGTCGGAACTCTTTGCACAAGAAA 1163
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1026 TTATTTAACCAACTTACACTTTATATGACATCTTGGCGTCGGAACTCTTTGCACAAGAAA 1085
Query 1164 GGAAATCGAGTGAAGATAATTGAAGCATGCATCATCTCTTGTATAACTTCAGCTATCTCA 1223
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1086 GGAAATCGAGTGAAGATAATTGAAGCATGCATCATCTCTTGTATAACTTCTGCAATCTCA 1145
Query 1224 TTTGGGCTGCCACTCCTAAGAAAATGCAGTCCATGCCCTGAATCAGTTCCTGACTCTGGT 1283
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1146 TTTGGGCTGCCACTCCTAAGAAAATGCAGTCCATGCCCTGAGTCAGTTCCTGACTCTGGT 1205
Query 1284 ATTGAGTGTCCACGACCTCCAGGAATGTATGGAAATTATGTAAATTTCTTCTGCAAGACG 1343
||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||
Sbjct 1206 ATTGAATGTCCACGGCCTCCAGGAATGTATGGAAATTACGTAAATTTCTACTGCAAGACG 1265
Query 1344 GATAACGAATACAATGATCTCGCTACAATTTTCTTCAATACTCAGGATGATGCTATAAGG 1403
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1266 GATAACGAATACAATGATCTCGCTACAATTTTCTTCAATACTCAGGATGATGCTATAAGG 1325
Query 1404 AATTTGTTCAGCGCAAAAACAATGCGAGAGTTCAGTGCTCAGAGTCTACTAACTTTTCTG 1463
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1326 AATTTGTTCAGCGCTAAAACAATGCGAGAGTTCAGTGCTCAGAGTCTACTAACTTTTTTG 1385
Query 1464 GCTATGTTTTACACATTAGCTGTAGTGACCTTTGGCACTGCTGTTCCCGCCGGCCAGTTT 1523
| |||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1386 GTTATGTTTTACACATTAGCAGTGGTAACCTTTGGCACTGCTGTTCCCGCTGGCCAGTTT 1445
Query 1524 GTTCCTGGAATAATGATAGGATCAACTTATGGGCGCCTTGTAGGCATGTTTGTGGTCAGG 1583
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1446 GTTCCTGGAATAATGATAGGATCAACTTATGGGCGGCTTGTAGGCATGTTTGTGGTCAGG 1505
Query 1584 TTTTATAAGAAGCTCAACATTGAGGAGGGAACTTATGCTTTGCTGGGAGCTGCTTCATTT 1643
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1506 TTTTACAAGAAGCTCAACATTGAGGAGGGAACTTATGCTTTACTGGGAGCTGCTTCATTT 1565
Query 1644 CTCGGAGGCTCGATGCGGATGACTGTATCTTTATGTGTTATCATGGTTGAAATCACAAAT 1703
|| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1566 CTTGGAGGCTCGATGCGGATGACTGTATCATTATGTGTTATTATGGTTGAAATCACAAAT 1625
Query 1704 AACCTGAAACTTCTGCCTCTTATAATGTTGGTACTTCTCATCTCAAAGGCCGTCGGTGAT 1763
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1626 AACCTGAAACTTCTGCCTCTTATAATGTTGGTTCTTCTCATCTCAAAGGCCGTCGGTGAT 1685
Query 1764 GCTTTCAATGAGGGATTATATGAAGTACAAGCACGCCTGAAGGGCATTCCGTTACTTGAA 1823
||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1686 GCTTTCAATGAAGGATTGTATGAAGTACAAGCACGCCTGAAGGGCATTCCGTTACTGGAA 1745
Query 1824 TCGAGACCTAAGTATCACATGCGTCAAATGATAGCAAAGGAAGCGTGTCAAAGTCAGAAG 1883
|||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1746 TCGAGACCCAAGTATCATATGCGTCAAATGATAGCAAAGGAAGCATGTCAAAGTCAGAAG 1805
Query 1884 GTAATCTCTTTACCTCGAGTTATCAGGGTCGCAGATGTTGCTTCAATTTTGGGCAGCAAT 1943
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1806 GTAATCTCTTTACCTCGAGTTATCAGGGTTGCAGATGTTGCTTCAATTTTGGGCAGCAAT 1865
Query 1944 AAACATAATGGATTTCCTGTAATCGACCACACGAGAAGTGGTGAAACACTTGTCATAGGG 2003
||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1866 AAACACAATGGATTTCCGGTAATTGACCACACGAGAAGTGGTGAAACACTTGTCATCGGG 1925
Query 2004 TTAGTCCTTCGGAGTCACTTGCTTGTTCTCCTTCAATCAAAAGTCGATTTCCAACATAGT 2063
|| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1926 TTGGTTCTTCGGAGTCACTTGCTTGTTCTCCTTCAATCTAAAGTCGATTTCCAACATAGT 1985
Query 2064 CCTTTGCCTTGTGATCCAAGTGCCAGGA-ATATCAGGCACAGTTTTAGCGAGTTTGCTAA 2122
|||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1986 CCTTTGCCCTGTGATCCAAGTGCCAG-ACATATCAGGCACAGTTTTAGCGAGTTTGCGAA 2044
Query 2123 ACCTGTTTCATCGAAAGGGTTATGCATAGAAGATATACATTTAACTTCAGATGATTTAGA 2182
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2045 ACCTGTTTCATCGAAAGGGTTATGCATAGAAGATATACATTTAACTTCAGATGATTTAGA 2104
Query 2183 GATGTACATAGATCTTGCTCCATTTTTGAATCCGTCTCCATACGTTGTTCCCGAAGACAT 2242
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2105 GATGTACATAGATCTTGCTCCGTTTTTGAATCCGTCTCCATATGTTGTTCCCGAAGACAT 2164
Query 2243 GTCCTTGACAAAGGTATACAATCTTTTCCGGCAACTTGGGTTGCGACATCTATTCGTTGT 2302
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 2165 GTCATTGACAAAGGTATACAATCTTTTCCGGCAACTTGGATTGCGACATCTATTCGTCGT 2224
Query 2303 TCCCCGTCCTTCCCGTGTGATAGGCTTGATCACCAGAAAGGATTTACTGATTGAGGAAAA 2362
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 2225 TCCCCGTCCTTCCCGTGTGATAGGCTTGATCACTAGAAAGGATTTGCTAATTGAGGAAAA 2284
Query 2363 TGGGGAATCATCAGCAGTGGAACTCCAACAGTCAACTAGTGTAAGAGGTCGGTACAGTGA 2422
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2285 CGGGGAATCATCAGCAGTGGAACTCCAACAGTCAACTAGTGTAAGAGGTCGGTACAGTGA 2344
Query 2423 GACAGCAACGCGGATGGACGCTGCACGACCGCTTCTAGACGATCTTTTAGGTTAATAAAA 2482
| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2345 GTCAGCAACGCGGATGGACGCTGCACGTCCGCTTCTAGACGATCTTTTAGGTTAATAAAG 2404
Query 2483 CAGACCAAACATATAC 2498
||| | ||||||||||
Sbjct 2405 CAGTC-AAACATATAC 2419
> Ahg357249 jgi|Araly1|357249|fgenesh1_pg.C_scaffold_8001036
Length=471
Score = 407 bits (220), Expect = 3e-112
Identities = 252/268 (94%), Gaps = 0/268 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 573 AATGGAATTGATATTCCCGGCACCTTGCTCTTTAGAACTCTCATTGGAAAGATATTTGGA 632
|||||| |||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 91 AATGGATTTGATATTCCAGGAACCTTTCTCTTTAGAACTCTCATCGGAAAGATATTTGGA 150
Query 633 AGCATTGGTTCTGTTGGGGGTGGCTTAGCCTTGGGGAAAGAAGGTCCTCTTGTGCATACA 692
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 151 AGCATAGGTTCTGTTGGGGGTGGCTTAGCCTTGGGGAAAGAAGGTCCCCTTGTACATACA 210
Query 693 GGTGCCTGCATTGCATCGTTGCTTGGTCAGGGTGGATCTACGAAATATCATTTGAATTCT 752
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 211 GGTGCCTACATTGCATCGTTGCTTGGTCAGGGTGGATCTACAAAATATCATTTGAATTCT 270
Query 753 AGATGGCCGCAACTTTTTAAGAGTGATAGAGATCGGCGTGATCTTGTCACTTGTGGATGT 812
|| |||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 271 AGGTGGCAGCAATTTTTTAAGAGTGATAGAGATCGTCGTGATCTTGTCACTTGTGGATGT 330
Query 813 GCAGCTGGAGTTGCTGCTGCCTTTAGAG 840
||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 331 GCAGCTGGAGTTGCTGCCGCTTTTAGAG 358
> Ahg894781 jgi|Araly1|894781|Al_scaffold_0006_2777
Length=273
Score = 134 bits (72), Expect = 5e-30
Identities = 82/87 (94%), Gaps = 0/87 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 754 GATGGCCGCAACTTTTTAAGAGTGATAGAGATCGGCGTGATCTTGTCACTTGTGGATGTG 813
|||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 74 GATGGCAGCAATTTTTTAAGAGTGATAGAGATCGTCGTGATCTTGTCACTTGTGGATGTG 133
Query 814 CAGCTGGAGTTGCTGCTGCCTTTAGAG 840
|||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 134 CAGCTGGAGTTGCTGCCGCTTTTAGAG 160
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 107985844575
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5