BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G26850.1
Length=3284
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg489516 jgi|Araly1|489516|fgenesh2_kg.6__2650__AT5G26850.1 5199 0.0
> Ahg489516 jgi|Araly1|489516|fgenesh2_kg.6__2650__AT5G26850.1
Length=3218
Score = 5199 bits (2815), Expect = 0.0
Identities = 3054/3172 (96%), Gaps = 5/3172 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 13 TTTCTTTCTAGATTAATCAAATTCTTTGAAACCAGTTTCTCACTTCGCCTCTCTCTTCAG 72
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1 TTTCTTTCTAGATTAATCAAA-TCTTTGAAACCAGTTTCTCACTTTGCTTCTCTCTTCAG 59
Query 73 ATCCGTCCTCTGTAGCTCTAGAACAATGGGGTTTATCTCTAGGAATGTGTTTCCGGCATG 132
||| |||||||| ||||| |||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||
Sbjct 60 ATCTGTCCTCTGGAGCTCCAGAAAAATGGGGTTTATCTCGAGGAATGTATTTCCGGCGTG 119
Query 133 CGAGAGTATGTGCATTTGCTGTCCTGCTCTCAGGTCGAGATCTCGTCAGCCTGTCAAGCG 192
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 120 CGAGAGTATGTGCGTTTGCTGTCCTGCTCTCAGGTCGAGATCTCGACAGCCTGTCAAGCG 179
Query 193 TTACAAGAAATTGCTCGGCGAGATCTTCCCTAAATCCCCTGATGGTGGACCAAATGAGAG 252
||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 180 TTACAAGAAATTGCTTGGTGAGATCTTCCCTAAATCCCCTGATGGTGCACCAAATGAGAG 239
Query 253 AAAGATTGTCAAATTGTGTGAGTATGCTGC-AAAGAACCCAATCCGTATCCCTAAGATTG 311
|||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 AAAGATTGTCAAATTGTGCGAGTATGCTGCGAAA-AACCCAATCCGTATCCCTAAGATTG 298
Query 312 CTAAGTTTCTTGAAGAGAGGTGTTACAAGGACCTTCGATCTGAACAGATGAAGTTCATCA 371
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 299 CTAAGTTTCTTGAAGAGAGGTGTTACAAGGACCTTCGATCTGAACAGATGAAGTTCATCA 358
Query 372 ATATTGTCACTGAAGCTTACAACAAAATGCTTTGCCACTGCAAGGATCAGATGGCTTATT 431
|||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 ATATTGTCACCGAGGCTTACAACAAAATGCTTTGCCATTGCAAGGATCAGATGGCTTATT 418
Query 432 TCGCTACAAGTTTGCTGAATGTGGTTACGGAACTACTTGACAATTCAAAGCAGGACACAC 491
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 TCGCTACAAGTTTGCTGAATGTGGTTACGGAACTACTTGACAATTCAAAGCAGGACACAC 478
Query 492 CGACCATTCTTGGATGCCAAACACTGACGAGGTTCATTTACAGCCAGGTTGATGGAACTT 551
|||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 479 CGACCATTCTTGCATGCCAAACATTGACGAGGTTCATTTACAGTCAGGTTGATGGAACTT 538
Query 552 ATACACACAGCATTGAAAAATTTGCGCTCAAAGTTTGCTCATTGGCTCGTGAAGAAGGTG 611
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 539 ATACACACAGCATTGAAAAATTTGCGCTGAAAGTTTGCTCATTAGCTCGTGAAGAAGGTG 598
Query 612 AGGAACATCAAAAACAGTGTCTGAGAGCATCTGGCCTGCAATGCCTGTCAGCGATGGTGT 671
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 599 AAGAACATCAAAAACAGTGTCTGAGAGCATCTGGCCTGCAATGCCTTTCAGCGATGGTGT 658
Query 672 GGTATATGGGAGAGTTTTCACATATCTTCGCTACTGTTGATGAGATTGTACATGCCATTC 731
|||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 GGTATATGGGAGAGTTCTCACATATCTTTGCTACTGTTGATGAGATTGTACATGCCATTC 718
Query 732 TTGATAATTACGAGGCAGACATGATTGTTCAGACAAATGAAGACAGAGAAGAGCAAAATT 791
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 TTGATAATTACGAGGCAGACATGATTGTTCAGACCAATGAAGACAGAGAAGAGCAAAATT 778
Query 792 GTAACTGGGTAAATGAAGTGATTAGATGTGAAGGCCGAGGAACAACAATTTGTAATAGCC 851
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 779 GTAACTGGGTGAATGAAGTGATTAGATGTGAAGGCCGAGGAACAACAGTTTGTAATAGCC 838
Query 852 CTAGCTACATGATTGTCCGACCGAGAACTGCAAGAAAAGATCCGACTCTATTGACTAAAG 911
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 CTAGCTACATGATTGTCCGACCGAGGACTGCAAGAAAAGATCCGACTCTATTGACTAAAG 898
Query 912 AAGAGACTGAGATGCCCAAAGTTTGGGCACAGATTTGTCTCCAGAGAATGGTTGACCTGG 971
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 899 AAGAGACTGAGATGCCCAAAGTTTGGGCACAGATTTGTCTCCAGAGGATGGTTGACCTGG 958
Query 972 CTAAAGAAAGCACAACTCTGCGGCAAATCTTGGATCCTATGTTCAGCTATTTTAATTCTA 1031
||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 CTAAAGAAAGCACAACTTTGCGGCAAATATTGGATCCTATGTTCAGCTATTTTAATTCTA 1018
Query 1032 GACGCCAATGGACTCCCCCAAATGGCCTGGCCATGATAGTTCTGTCTGATGCAGTATACT 1091
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 GACGCCAGTGGACTCCCCCAAATGGCCTGGCCATGATAGTTCTGTCTGATGCAGTATACT 1078
Query 1092 TGATGGAAACCTCTGGGAGTCAGCAGTTGGTGTTGTCGACTGTTGTACGCCATCTGGACA 1151
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 1079 TGATGGAAACCTCTGGGAGTCAGCAGTTGGTGTTGTCGACTGTTGTACGCTATCTTGACA 1138
Query 1152 ATAAGCATGTTGCCAATGACCCTGAGCTCAAGGCTTATATCATACAAGTTGCTGGTTGTC 1211
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 ATAAGCATGTTGCCAATGACCCTGAGCTCAAGGCTTATATCATACAAGTTGCTGGTTGTC 1198
Query 1212 TAGCAAAGCTGATCAGGACCAGCTCGTATCTTAGGGACATAAGTTTTGTTAATGACTTGT 1271
| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 TTGCAAAGCTGATCAGGACCAGCTCGTATCTCAGGGACATAAGTTTTGTTAATGACTTGT 1258
Query 1272 GTCGCCACCTGAGGAAAAGCTTTCAGGCGACAGCTAGATCAATTGGAGATGAGGAACTCA 1331
|||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1259 GTCGGCACCTAAGGAAAAGCTTTCAGGCGACATCTAGATCAATCGGAGATGAGGAACTCA 1318
Query 1332 ACTTGAACGTGATGATTCAAAACTCTATTGAAGATTGTCTGCGGGAGATAGCCAAAGGAA 1391
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 ACTTGAACGTGATGCTTCAAAACTCTATTGAAGATTGTCTGCGGGAGATAGCCAAAGGAA 1378
Query 1392 TTGTTAATACACAGCCCCTGTTCGATATGATGGCTGTTTCAGTCGAGGGTCTTCCTTCTT 1451
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1379 TTGTTAATACACAGCCCTTGTTCGATATGATGGCTGTTTCAGTCGAGGGGATTCCTTCTT 1438
Query 1452 CAGGAATTGTTTCACGCGCAGCCGTTGGATCACTGTTGATACTTGCACATGCAATGTCTT 1511
|||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1439 CAGGAATTGTTTCACGTGCAGCGGTTGGATCACTGTTGATACTTGCTCATGCAATGTCTT 1498
Query 1512 CAGCATTATCGCCATCTATGCGTTCACAACAGGTCTTCCCTGACACACTTCTTGATGCAC 1571
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1499 CAGCATTATCGCCATCTATGCGGTCACAACAGGTCTTCCCTGACACACTTCTTGATGCGC 1558
Query 1572 TTCTAAAAGCAATGCTGCATCCAAATGTGGAAACCCGTGTAGGAGCGCATGAAATATTCT 1631
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 TTCTAAAAGCAATGCTGCATCCAAATGTGGAAACTCGTGTAGGAGCGCATGAAATATTCT 1618
Query 1632 CTGTAATTCTCTTGCAAAGTTCTGGTCAATCTCAGGCTGGACTTGCATCAGTGAGAGCTT 1691
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 CTGTAATTCTCTTGCAAAGTTCTGGTCAATCTCAGGCTGGACTTGCATCAGTGAGAGCTT 1678
Query 1692 CTGGCTATCTTAATGAATCAAGAAACTGGAGGAGTGATACAACCTCTGCGTTCACATCTG 1751
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 CTGGCTATCTTAATGAATCAAGAAACTGGAGGAGCGATACAACCTCTGCGTTCACATCTG 1738
Query 1752 TCACTGCTCGTTTAGACAAGCTCAGGAAGGAGAAGGATGGCGTCAAGATTGAGAAGAATG 1811
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 TCACTGCTCGATTAGACAAGCTCAGGAAGGAGAAGGATGGCGTCAAGATTGAGAAGAATG 1798
Query 1812 GTTACAATAATACTCACGAGGATCTTAAGAACTACAAATCGTCCCCAAAGTTTCACAAGT 1871
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1799 GTTACAATAATACTCACGAGGATCTTAAGAACTACAAATCGTCCCCAAAATTTCACAAGT 1858
Query 1872 TGAATTCCATAATTGATAGGACTGCTGGGTTTATCAATCTAGCTGATATGTTACCATCGA 1931
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1859 TGAATTCCATAATTGATAGGACTGCTGCGTTTATCAATCTAGCTGATATGTTACCATCAA 1918
Query 1932 TGATGAAGTTTACGGAAGATCAAATCGGGCAACTGTTATCTGCATTTTGGATACAATCAG 1991
||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 TGATGAAGTTTACCGAAGATCAAATCGGGCAATTGTTATCTGCATTTTGGATACAATCAG 1978
Query 1992 CACTTCCTGATATCTTACCTTCAAACATTGAAGCTATTGCTCATTCTTTTAGCTTGGTGC 2051
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1979 CACTTCCCGATATCTTACCTTCAAACATTGAAGCTATTGCTCATTCTTTCAGCTTGGTGC 2038
Query 2052 TTCTGTCCTTGCGACTAAAGAATCCTGATGACGGGCTTGTTGTTCGAGCCTTCCAGCTTC 2111
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 TTCTGTCCTTGCGGCTTAAGAATCCTGATGACGGGCTTGTTGTTCGAGCCTTCCAGCTTC 2098
Query 2112 TCTTCTCATTGAGGACTCTTTCGTTGGACCTTAATAACGGCACATTACCCTCAGTTTGCA 2171
||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 TCTTCTCATTGAGGAATCTTTCTTTGGACCTTAATAACGGCACATTACCCTCAGTTTGCA 2158
Query 2172 AGCGGTTGATCCTTGCTTTATCCACAAGTATGCTGATGTTCGCTGCCAAAATATATCAGA 2231
|| |||| |||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2159 AGAGGTTAATCCTTGCTTTATCCACAAGTACGTTGATGTTTGCTGCCAAAATATATCAGA 2218
Query 2232 TTCCTCATATTTGTGAAATGTTGAAGGCCCAACTTCCTGGTGATGTGGATCCTTATCTTT 2291
||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2219 TTCCTCATATTTGCGAAATGCTGAAGGCCCAACTTCCTGGTGATGTGGATCCTTATCTAT 2278
Query 2292 TCATTGGAGATGACTTACAACTTCACGTAAGACCACAGGCAAATATGAAAGATTTTGGGT 2351
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2279 TCATTGGAGATGACTTACAACTTCACGTGAGACCACAGGCAAATATGAAAGATTTTGGGT 2338
Query 2352 CCTCAAGCGATAGCCAGATGGCTACTTCAATGCTGTTTGAGATGCGAAGCAAAGTAGAAC 2411
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2339 CCTCAAGCGATAGCCAGATGGCTACTTCAATGCTGTTTGAGATGCGAAGCAAAGTAGAAC 2398
Query 2412 TGTCCAACACTATTATAACCGATATTGTCGCAAAAAATCTACCTAAACTTTCGAAGCTCG 2471
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||| |
Sbjct 2399 TGTCCAACACTATTATAATTGATATTGTCGCAAAAAATCTATCTAACCTTTCAAAGCTTG 2458
Query 2472 AGGAAGCTGATGTGAAGATGCAAATCTTGGAGCAATTTACACCTGATGATGCTTTTATGT 2531
||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 2459 AGGAAGCTGATGTAAAGATGCAAATCTTGGAGCCATTCACACCTGATGATGCCTTTATGT 2518
Query 2532 TTGGATCAAGGCCAAACATTGAACCTCAACCAAACCAAAGTATCTCTAAGGAATCGCTGT 2591
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2519 TTGGATCACGGCCAAACATTGAACCTCAACCAAACCAAAGTATCTCTAAGGAATCGCTGT 2578
Query 2592 CCTTCGATGAGGACATACCTGCCGGTTCAATGGTTGAGGACGAAGTGACGAGTGAACTCT 2651
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2579 CCTTCGATGAGGACATACCTGCAGGTTCAATGGTTGAAGACGAAGTGACGAGTGAACTCT 2638
Query 2652 CTGTGCGTTTCCCCCCAAGAGGATCTCCCTCACCATCTATTCCTCAAGTTATCAGCATTG 2711
||||||||| ||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2639 TTGTGCGTTTTCCCCCAAGAGGTTCTCCTTCACCAACTATTCCTCAAGTTATCAGCATTG 2698
Query 2712 GACAGCTCATGGAATCTGCGCTTGAGGTCGCTGGTCAAGTGGTTGGGTCATCTGTCTCTA 2771
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2699 GCCAGCTCATGGAGTCTGCGCTTGAGGTCGCTGGTCAAGTGGTTGGGTCATCTGTCTCTA 2758
Query 2772 CTTCTCCGCTTCCTTATGACACAATGACTAACCGCTGTGAAACCTTTGGGACTGGTACTA 2831
|||| || ||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2759 CTTCACCACTTTCTTATGATACAATGACAAACCGCTGTGAAACCTTTGGGACTGGTACTA 2818
Query 2832 GAGAGAAGCTCTCAAGGTGGTTGGCCACTGAGAACCGTCAGATGAATGGGCTCTATGGAA 2891
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 2819 GACAGAAGCTCTCAAGGTGGTTGGCCACTGAGAACCGCCAGATGAATGGGCTCTACAGAA 2878
Query 2892 ATTCA-CTTGAGGAATCATCTGCACTTGAGAAGGTAGTAGAAGATGGGAACATCTATGGG 2950
||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2879 ATTCATCA-GAGGAATCATCTGCACTTGAGAAGGTAGTAGAAGATGGTAACATCTATGGG 2937
Query 2951 AGAGAATCTGGAATGTTGCAGGATTCATGGTCCATGATGAGACTACCTCCAGCTAGTCCC 3010
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2938 AGAGAATCTGGAATGTTGCAGGATTCATGGTCCATGATGAGACTACCTCCAGCTAGTCCC 2997
Query 3011 TTTGACAATTTCCTCAAAGCAGCAGGAGCTGGAAGATGATTCAACTAACTTGATCATATC 3070
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2998 TTTGACAATTTCCTCAAAGCAGCAGGAGCAGGAAGATGATTCAACTAACTTGATCCTATA 3057
Query 3071 AATCTCTGTAGAAAGTGTGTAATCTTGTTGTTCTTATTGGATTTGTAGAGAACTAACTTA 3130
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3058 AATCTCTGTAGAAAGTGTGTAATCTTGTTGTTGTTATTGGATTTGTAGAGAACTAACTTA 3117
Query 3131 TCTAGGGCCAATCACGATGCTTCTCGTAGTAATCTAGAATCAGTAGTAAGTA 3182
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 3118 TCTAGGGCCAATCACGATGCTTCTTGTAGTAATCTAGAATCAGTACTCAGTA 3169
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 123953515261
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5