BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G27270.1
Length=3279
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg489600 jgi|Araly1|489600|fgenesh2_kg.6__2734__AT5G27270.1 3419 0.0
> Ahg489600 jgi|Araly1|489600|fgenesh2_kg.6__2734__AT5G27270.1
Length=3181
Score = 3419 bits (1851), Expect = 0.0
Identities = 2150/2295 (94%), Gaps = 17/2295 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 848 AAATGGTGGAGGAAGGTGTGCCTCCGAATGAATTCACGTATACGTTAGTTGTGAGCTCTT 907
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 812 AAATGGTTGAGGAAGGTGTGCCTCCGAATGAATTCACGTATACGATAGTTGTGAGCTCGT 871
Query 908 ATGCTAAACAGGGTTTTAAGGAGGAGGCGTTGAAGGCTTTTGGTGAGATGAAGAGTTTGG 967
||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 872 ATGCTAAACAGGGTTTTAAAGAGGAGGCGTTGAGGGCTTTTGGTGAGATGAAGAGCTTGG 931
Query 968 GGTTTGTCCCCGAGGAAGTGACTTACAGCTCGGTTATTAGTTTAAGTGTGAAGGCTGGTG 1027
||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 932 GGTTTGTGCCAGAGGAAGTGACTTACAGCTTGGTTATTGGGTTAAGTGTGAAGGCTGGTG 991
Query 1028 ATTGGGAGAAGGCTATTGGATTGTATGAGGATATGAGATCTCAGGGAATCGTTCCGAGTA 1087
||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 992 ATTGGGATCAGGCTCTTGGATTGTATGAGGATATGAGATCTCAGGGAATCGTTCCGAGTA 1051
Query 1088 ACTATACTTGTGCTACTATGTTAAGTTTATATTACAAAACGGAGAACTACCCGAAAGCGC 1147
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1052 ACTATACTTGTGCTTCTATGTTAAGTTTATATTACAAAACGGAGAACTACCCGAAAGCGC 1111
Query 1148 TCTCTCTCTTTGCAGACATGGAAAGAAATAAGATTCCAGCTGATGAGGTCATCCGCGGGT 1207
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1112 TTTCTCTCTTTGCAGACATGGAAAGAAATAAGATTCCAGCTGATGAGGTCATCCGCGGGT 1171
Query 1208 TGATCATCAGAATATATGGGAAGCTCGGACTTTTCCATGATGCACAGAGTATGTTTGAAG 1267
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||
Sbjct 1172 TGATCATCAGAATATATGGGAAGCTCGGACTTTTCCATGATGCACAAAGCATTTTTGAAG 1231
Query 1268 AGACTGAACGCCTGAATTTACTGGCTGATGAGAAAACATATCTGGCAATGTCTCAAGTTC 1327
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1232 AGACTGAACGCCTGAATCTACTGGCTGATGAGAAAACGTATCTGGCAATGTCTCAAGTTC 1291
Query 1328 ATTTGAATTCGGGAAATGTTGTCAAAGCATTAGATGTAATTGAAATGATGAAGACAAGAG 1387
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1292 ATTTAAATTCGGGGAATGTTGTCAAAGCATTAGATGTTATTGAAATGATGAAGACCAGAG 1351
Query 1388 ATATTCCTCTTTCCAGATTTGCCTATATTGTCATGTTACAGTGTTATGCTAAGATACAGA 1447
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1352 ATATTCCTCTTTCCAGATTTGCCTATATTGTCATGTTACAGTGTTATGCTAAAATACAGA 1411
Query 1448 ATGTTGACTGTGCTGAGGAAGCATTTCGTGCTTTATCGAAGACTGGACTTCCTGATGCCA 1507
||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 1412 ATGTTGATTGTGCTGAGGAAGCATTTCGAGCTTTATCAAACACTGGACTTCCTGATGCCA 1471
Query 1508 GTTCTTGTAACGACATGCTTAATTTGTATACCAGACTCAATTTAGGAGAGAAAGCTAAGG 1567
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1472 GTTCTTGTAACGACATGCTCAATTTGTATACCAGACTCAATCTAGGAGAGAAAGCTAAGG 1531
Query 1568 GTTTTATCAAGCAGATAATGGTTGATCAAGTGCACTTTGATATAGAGCTTTACAAGACGG 1627
||||||||||||||||| ||| ||||||||| || ||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 1532 GTTTTATCAAGCAGATATTGGCTGATCAAGTTCAGTTTAATATAGAGCTTTACAAGATGG 1591
Query 1628 CTATGAGAGTGTATTGCAAGGAAGGAATGGTAGCAGAAGCTCA-AGATTTGATAG-TAAA 1685
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| | ||| || ||| ||||
Sbjct 1592 CTATGAGAGTGTATTGCAAGGAGGGAATGGTGGCAGAAGCT-ATAGAGCTGGTAGATAAA 1650
Query 1686 AATGGGTAGAGAGGCAAG-GGTTAAGGATAACAGATTTGTTCAGACACTTGCAGAGTCTA 1744
| |||||||||| || | |||||||||| ||||||| || || |||||||||||| |||
Sbjct 1651 A-TGGGTAGAGAAGCT-GTGGTTAAGGATGACAGATTCGTACAAACACTTGCAGAGGCTA 1708
Query 1745 TGCATATCGT--TAA-CAAGCACGATAAACATGAAGCAGTTTTAAACGTGAGTCAACTTG 1801
||||||||| ||| |||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 1709 TGCATATCGAAATAAACAAGCAGGATAAACACGAAGCAGTCTTAAACGTGAGTCGACTTG 1768
Query 1802 ATGTCATGGCTCTTGGACTGATGCTCAATTTGCGACTGAAAGAGGGAAATTTGAATGAGA 1861
|||||| |||||||||| || |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1769 ATGTCACGGCTCTTGGAATGCTGCTCAATTTACGACTAAAAGAGGGAAATTTGAATGAGA 1828
Query 1862 CTAAAGCAATCTTGAACTTAATGTTCAAGACTGATCTTGGTTCA-TCGGCAGTAAATCGA 1920
|||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 1829 CTAAAGCAATTTTGAATTTAATGTTCCAGACTGATCTTGGTTCACT-GGCAGTAAATCGA 1887
Query 1921 GTCATAAGTAGCTTTGTGAGAGAAGGTGATGTATCTAAAGCAGAAATGATTGCCGATATA 1980
||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1888 GTCTTAAGTACCTTTGTGAGAGAAGGTGATGTATTTAAAGCAGAAATTCTTGCCGATATA 1947
Query 1981 ATTATCAGACTAGGACTCAGGATGGAGGAGGAAACAATCGCGACTTTGATTGCTGTATAT 2040
||||||| ||||||| || |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1948 ATTATCAAACTAGGATTCCGGATAGAGGAGGAAACAGTCGCGACTTTGATTGCTGTATAT 2007
Query 2041 GGGAGGCAACATAAGCTTAAAGAAGCGAAACGGCTTTACCTTGCAGCAGGAGAATCTAAA 2100
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 2008 GGGAGGCAACATAAGCTTAAAGAGGCGAAACGGCTTTACGTTTCAGCAGGAGAATCTAAA 2067
Query 2101 ACTCCGGGGAAATCTGTTATCCGCTCAATGATTGATGCTTATGTCAGATGTGGCTGGCTT 2160
|||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2068 ACTCTGGGGAAATCTGTTGTCAGCTCAATGATTGATGCTTATGTCAGATGTGGCTGGCTT 2127
Query 2161 GAAGATGCATATGGACTCTTTATGGAATCAGCAGAAAAGGGCTGTGACCCAGGAGCTGTT 2220
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||
Sbjct 2128 GAAGATGCATATGGGCTCTTTATGGAATCAGCAGAAAAGTGTTGTGACCCGGGAGCTGTT 2187
Query 2221 ACCATTAGCATACTTGTGAATGCTCTAACAAATCGAGGGAAACACCGAGAAGCAGAACAT 2280
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2188 ACCATCAGTATACTTGTGAATGCTCTAACAAATCGAGGGAAACACCGAGAAGCAGAACAT 2247
Query 2281 ATATCACGGACCTGCCTTGaaaaaaaCATAGAGCTTGACACCGTTGGCTATAATACTCTT 2340
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2248 ATATCACGGACCTGCCTTGAAAAAAATATGGAGCTTGACACCGTTGGCTATAATACTCTT 2307
Query 2341 ATCAAGGCAATGCTAGAAGCAGGTAAACTACAATGTGCATCTGAAATTTATGAGCGGATG 2400
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2308 ATCAAGGCAATGCTAGAAGCAGGTAAACTACAATGTGCATCTGAAATTTATGAGCGGATG 2367
Query 2401 CATACCTCAGGTGTTCCTTGTTCGATTCAGACCTACAACACAATGATCAGTGTATATGGG 2460
|| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2368 CAAACCTCAGGTGTTCCTTGTTCGATTCAGACATACAACACAATGATCAGTGTGTATGGG 2427
Query 2461 CGAGGTCTGCAGCTGGACAAAGCAATTGAGATTTTTAGTAACGCTCGCAGATCAGGGTTG 2520
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2428 CGGGGTCTGCAGCTGGACAAAGCAATTGAGATTTTTAGTAACGCTCGCAGATCAGGGTTG 2487
Query 2521 TATCTGGACGAGAAAATTTACACAAACATGATTATGCATTATGGCAAGGGGGGAAAGATG 2580
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||
Sbjct 2488 TATCTGGACGAGAAAATTTACACGAACATTATTATGCATTATGGCAAGGCGGGAAAGGTG 2547
Query 2581 AGTGAAGCATTGTCTTTGTTTAGTGAAATGCAGAAGAAAGGGATTAAACCTGGAACGCCT 2640
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2548 AGTGAAGCATTGTCTTTGTTTAGTGAAATGCAGAAGAAAGGGATTAAACCTGGAACGCCT 2607
Query 2641 AGTTACAACATGATGGTCAAAATATGTGCAACCAGTAGACTCCATCACGAGGTTGATGAA 2700
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2608 AGTTACAACATGGTGGTCAAAATATGTGCAACCAGTAGACTCCATCGCGAGGTTGATGAA 2667
Query 2701 CTTTTGCAAGCAATGGAGAGAAATGGTCGCTGTACTGACTTATCCACATACCTCACCCTG 2760
|||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 2668 CTTTTGCAAGCAATGGAGAGAACTGGTATCTGTACGGACTCATCCACATACCTCTCCCTG 2727
Query 2761 ATTCAAGTC-TATGCTGAGAGTTCACAGTTTGCAGAAGCAGAGAAAACGATAACTCTTGT 2819
||||||| | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| |
Sbjct 2728 ATTCAAG-CATATGCCGAGAGTTCACAGTTCGCAGAAGCAGAGAAGACGATAAATCTCAT 2786
Query 2820 TAAAGAGAAAGGCATCCCGCTATCTCACAGCCATTTCAGTTCATTGCTCTCTGCTCTTGT 2879
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||
Sbjct 2787 GCAAGAGAAAGGCATCCCGCTATTTCACAGCCATTTCAGTTTATTGCTCTCTGCTTTTGC 2846
Query 2880 CAAAGCTGGGATGATGGAGGAGGCTGAAAGGA-CATACTGCAAGATGTCTGAAGCCGGTA 2938
|||||||||||||||||| || || ||| ||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2847 CAAAGCTGGGATGATGGATGAAGCCGAACGGATC-TACTGCAAGATGTCTGAAGCCGGTA 2905
Query 2939 TAAGTCCAGACAGTGCTTGCAAGCGGACGATCCTAAAGGGATATATGA-CTTGTGGTGAC 2997
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| || ||||||||
Sbjct 2906 TAAGTCCAGACAGTGCTTGCAAGCGGACTATCCTAAAGGGATACATGAGCT-GTGGTGAC 2964
Query 2998 GCAGAGAAAGGAATCTTGTTCTATGAGAAAATGATAAGAAGCTCTGTGGAAGATGACAGA 3057
|| |||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2965 GCTGAGAAAGGTATATTGTTCTATAAGAAAGTGATAAGAAGCTCTGTGGAAGATGACAGA 3024
Query 3058 TTTGTTAGCAGTGTAGTTGAAGATCTGTATAAAGCTGTTGGTAAAGAACAAGATGTATAA 3117
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3025 TTTGTTAGCAGTGTAGTTCAAGATCTGTATAAAGCTGTTGGTAAAGAACATGATGTATAA 3084
Query 3118 AATAAAGAATTTTGA 3132
|||||||||||||||
Sbjct 3085 AATAAAGAATTTTGA 3099
Score = 1247 bits (675), Expect = 0.0
Identities = 769/814 (94%), Gaps = 7/814 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAAGAGTGACTTCCTCACTTCAACAACACACTTCAATCCTTCAATATTCCTTCCCAAA 60
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 1 ATGAAGAGTGACTTCCTCACTTCCACAACACACTTCAATCCTTCAATATTTCTTCCGAAA 60
Query 61 ATACCCTCAAGAAACTCTAGGATCTCAATAAAGTCATCATCTTCTTCTTCCAAAGTCCGA 120
||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ATACCCTCAAGAAACTCTAAAATCTCAATAAAGTC--C-TCTTCTTCTTCCAAAGTCCGA 117
Query 121 CCCGACCCGTGGTCACTCAGCGACGGTAACCCGGAAAAACCAAAACCGAGATACGAGAGA 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 118 CCCGACCCGTGGTCACTCAGCGACGGTAACCCGGAAAAACCAAAACCAAGATACGAGAGA 177
Query 181 CCGAAGCATCCATTATCAGACGACGACGCTCGACGAATCATAAAGAAGAAAGCACAATA- 239
||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 178 CCGAAACATCCGTTATCAGACGACGACGCTCGACGAATCATAAAGAAGAAAGCACAGTAT 237
Query 240 CTTAAGCACGTTAAGAAGGAACCAAGGCTCACAAGCAATGACTCCCAAATGGATAAAGCG 299
|| ||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||| |||||
Sbjct 238 CT-AAGCACGTTGAGAAGGAACCAAGGCTCACACGCCATGACTCCGAAGTGGATTAAGCG 296
Query 300 AACTCCAGAGCAAATGGTTCAGTATTTGGAAGATGATCGGAATGGTCAGATGTATGGGAA 359
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 297 AACTCCAGAGCAAATGGTTCAGTATTTGGAAGATGATCGTAATGGTCAGATGTATGGGAA 356
Query 360 ACATGTGGTGGCTGCGATTAAGACGGTGAGAGGTTTGTCACAGAGAAGACAAGGTAGTGA 419
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 357 ACATGTGGTGGCTGCGATTAAGACGGTTAGAGGTTTGTCACAGAGAAGAGAAGGTAGTGA 416
Query 420 TGATATGAGATTTGTGATGAGTAGCTTTGTAGCGAAGTTGAGTTTTAGAGATATGTGTGT 479
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 417 TGATATGAGACTTGTGATGAGTAGCTTTGTAGCGAAGTTGAGTTTTAGAGATATGTGTGT 476
Query 480 TGTTTTGAAAGAACAGA-GAGGTTGGAGACAAGTTAGAGACTTTTTCTCTTGGATGAAAT 538
||||||||||||||| | |||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 477 TGTTTTGAAAGAACA-ACGAGGTTGGAGACAAGTGAGGGACTTCTTCTCTTGGATGAAAT 535
Query 539 TGCAGTTGAGTTATCGTCCGAGTGTGGTTGTGTATACGATTGTTCTTCGTTTATATGGAC 598
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 536 TGCAGTTAAGTTATCGTCCGAGTGTGGTTGTGTATACGATTGTTCTTCGTTTGTATGGAC 595
Query 599 AAGTTGGGAAGATAAAGATGGCTGAGGAGACTTTTTTAGAAATGCTTGAAGTTGGATGTG 658
||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 596 AAGTTGGGAAGATTAAGATGGCGGAGGAAACTTTTTTGGAAATGCTTGAAGTTGGATGTG 655
Query 659 AACCAGATGCTGTAGCTTGTGGTACAATGTTGTGTACTTATGCTAGATGGGGACGTCATA 718
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 656 AACCAGATGCAGTAGCTTGTGGTACAATGTTGTGTACTTATGCTAGATGGGGACGTCATA 715
Query 719 GTGCTATGTTGACGTTTTACAAAGCTGTTCAAGAAAGGCGGATACTTTTGTCGACTTCTG 778
||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 716 ACGCTATGTTGACATTTTATAAAGCTGTTCAAGAAAGGCGGATGGTTTTATCGACTTCTG 775
Query 779 TGTATAATTTCATGCTGTCGTCTCTTCAGAAGAA 812
|||||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 776 TGTATAATTTTATGTTGTCGTCTCTTCAGAAGAA 809
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 123763227396
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5