BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G27540.1
Length=2452
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg489574 jgi|Araly1|489574|fgenesh2_kg.6__2708__AT5G27540.1 3779 0.0
> Ahg489574 jgi|Araly1|489574|fgenesh2_kg.6__2708__AT5G27540.1
Length=2403
Score = 3779 bits (2046), Expect = 0.0
Identities = 2290/2403 (95%), Gaps = 35/2403 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 15 aaaaaaaaaaaaCAGCTTACCAAATTTTTCTCCTCCTTCACGGCAAATCGTCACCGCCAC 74
|||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 16 AAAAAAAAAAAAGAGCTTA-CTAATTTTTCTCCTCCTTCACGGCAAATCGTCACCGCCAC 74
Query 75 ATTATCTCCCAAACTA-AGAATCTAGGGTTTTCTAAGGGTTTTTAATCTTCGTCCTTCTC 133
||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 75 ATTTTCTCCTAAACTAGAGAATCTAGGGTTTTCTAAGGGTTTTTAATCTTCGTGCTTCTC 134
Query 134 TCCTTCTCCA-----G-TT-T--TAGGTTTCAGTTTCAGATGGCGAGATACGCTGCTGGT 184
| |||||| | | || | | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 135 TTCTTCTCTAGTTTTGCTTCTCCTTGGTTGCAGTTTCAGATGGCGAGATACGCTGCTGGT 194
Query 185 GCGGTTGATTGTCCTGGTTCTCCCAAATCTGTGCGAATCGTTGTGGTTGGTGATAAGGGC 244
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 195 ACGGTTGATTGTCCTGGTTCACCCAAATCTGTACGAATCGTTGTGGTTGGAGATAAGGGT 254
Query 245 ACTGGAAAATCAAGCTTGATTGTTGCTGCAGCCACTGATTCTTTCCCTCCCAATGTCCCT 304
||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 255 ACTGGAAAATCAAGCTTGATTGTCGCTGCAGCTACTGATTCTTTCCCTCCCAATGTTCCT 314
Query 305 CCTGTTTTGCCTGATTACAAGTTGCCTATTGAATTCTTCCCTGATGGTATACCCGTCACC 364
|||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 315 CCTGTTTTGCCTGACTACAAGTTGCCTGTTGAATTCTTCCCTGATGGTATACCCGTCACC 374
Query 365 ATTGTCGACACTTCCTCGAGGCCAGAAGATAGGGACATTGTTGCTGAGGAATTGAAGCGC 424
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 375 ATTGTCGACACTTCCTCGAGGCCAGAAGATAGGGACATGGTTGCTGAGGAATTGAAGCAT 434
Query 425 GCAGATGCAGTAGTTTTGACATATGCCTGTGATCGACCTGAGACTCTCGAACGTTTGAGT 484
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 435 GCAGATGCAGTAGTTTTGACATATGCCTGTGATCGACCTGAGACTCTCGAACGTTTGAGT 494
Query 485 GAATACTGGCTTCCAGAGCTTCGGCGATTAGAGGTAAAAATTCCTATTATCGTAGCAGGA 544
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 495 GAATACTGGCTTCCAGAGCTTCGGCGATTGGAGGTAAAAATTCCTATTATAGTAGCAGGG 554
Query 545 TGTAAGCTTGACTTCAGAGACGACAATAACCAGGTCAGCCTCGAACAAGTGATGTCACCT 604
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 555 TGTAGGCTTGACTTCAGAGACGACAATAACCAGGTCAGCCTCGAACAAGTGATGTCACCT 614
Query 605 ATAATGCAGCAGTTTCGGGAGATAGAGACTTGTATCGAGTGTTCTGCCCTGAAGCAACTC 664
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 615 ATAATGCAGCAGTTTCGGGAGATAGAGACTTGTATCGAGTGTTCTGCCCTCAAGCAACTC 674
Query 665 CAGGCACAAGAAGTTTTCTATTATGCACAAAAGACTGTCCTTCACCCAACAGGACCTCTG 724
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 675 CAGGCACAAGAAGTTTTCTATTATGCACAAAAGACTGTCCTTCACCCAACAGGACCTCTG 734
Query 725 TTTGATCAAGATTCCCAGGCACTGAAACCCCGGTGTGTAAGGGCATTGAAGCGTATCTTT 784
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 735 TTTGATCAAGATTCCCAGGCACTGAAGCCCCGGTGTGTAAGGGCATTGAAGCGTATCTTT 794
Query 785 ATACTCTGTGATCATGACAGAGATGGTGCTCTTAGCGAGGCTGAGTTAAATGATTTTCAG 844
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 795 ATACTCTGTGATCATGACAGAGATGGTGCTCTTAGCGAGGCTGAGCTAAATGATTTTCAG 854
Query 845 GTCAAGTGTTTCCATGCACCATTGCAGCCTTCTGAAATTGAAGGTGTTAAGAGGGTTGTG 904
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 855 GTCAAGTGTTTCCATGCACCATTGCAGCCTTCTGAAATTGAAGGTGTTAAGAGGGTTGTG 914
Query 905 CAAGAAAAGTTGCCAGAAGGTGTGAATGAAAGAGGACTGACAGTCACTGGCTTCCTATTT 964
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 915 CAAGAAAAGTTGCCAGAAGGTGTGAATGAAAGAGGACTGACAGTGACTGGCTTCCTGTTT 974
Query 965 TTACATGCACTTTTTATTGAGAAAGGGAGGCTTGAGACTACGTGGACTGTACTCAGGAAG 1024
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 975 TTACATGCACTTTTTATTGAGAAAGGGAGGCTCGAGACTACATGGACTGTACTGAGGAAG 1034
Query 1025 TTTGGGTATAATAATGATATAAGACTTGCTGAAGAATTGCTTCCATCTGCAATATTCAAG 1084
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 1035 TTTGGGTATAATAATGATATAAGACTTGCTGAAGAATTGCTCCCATCTACAATATTCAAG 1094
Query 1085 CGAGCTCCTGATCAGAGCTTTGAGTTGACAAATGCAGCAATCGATTTCCTGAAAGGAATG 1144
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1095 GGAGCTCCCGATCAGAGTTTTGAGTTGACAAATGCAGCAATCGAATTCCTGAAAGGAATG 1154
Query 1145 TATATGTTGTTTGATGACGACCAGGATAACAATCTGAGACCTCAAGAGATCGAGGATCTT 1204
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1155 TATATGTTGTTTGATGACGACCAGGATAATAATCTGAGACCTCAAGAGATAGAGGATCTT 1214
Query 1205 TTTTCAACTGCACCTGAAAGTCCATGGAAGGAAGCTCCTTATGAAGATGCTGCGGAAAAA 1264
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1215 TTTTCAACTGCACCTGAAAGTCCTTGGAAGGAAGCTCCTTATGAGGATGCTGCGGAGAAA 1274
Query 1265 ACTGCCCTTGGAGGACTATCATTTGACGCTTTCCTGTCAATGTGGTCACTGATGACACTA 1324
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1275 ACTGCCCTTGGAGGACTATCATTTGACGCTTTCCTGTCAATGTGGTCACTAATGACACTA 1334
Query 1325 TTAGAACCGGCTCGGAGTGTGGAGAATTTGATTTACATTGGATTCCCGGGTGATCCATCG 1384
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1335 TTAGAACCGGCTCGGAGTGTGGAAAATTTGATTTACATTGGATTCCCGGGTGATCCATCG 1394
Query 1385 ACTGCCATTCGTGTTACTAGGAGAAGACGTTTAGATCGCAAAAAGCAGCAATGTGAACGA 1444
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1395 ACTGCCATTCGTGTTACTAGGAGAAGACGTTTAGATCGCAAAAAGCAGCAATGTGAAAGA 1454
Query 1445 AAAGTTTTCCAGTGCTTTGTTTTTGGACCTAATAATGCTGGAAAATCTGCATTGCTGAAT 1504
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1455 AAAGTTTTCCAGTGCTTTGTTTTTGGACCTAATAATGCTGGAAAATCTTCATTGCTGAAT 1514
Query 1505 TGCTTTCTTGGAAGGTCATATACTGATAACCAGGAATCAACTACTGATGAGCGTTATGCA 1564
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1515 TGCTTTCTTGGAAGGTCATATGCTGATAACCAGGAATCAACTACTGATGAGCGTTATGCA 1574
Query 1565 GTAAATATGGTCGATGAATC-GGG--TGCTAAGAAAACTCTTATCATGAGGGAAATTCCA 1621
|||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1575 GTAAATATGGTCGATGAATCTGGGGGTGCAAAGAAAACTCTTATCATGAGGGAAATTCCA 1634
Query 1622 GAAGATGGAGTTCAAGGGCTATTTTCATCCAAGGAATCCTTAGCTGCATGTGACATAGCT 1681
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1635 GAAGATGGAGTTCAAGGGCTATTTTCATCCAAGGAATCCTTGGCTGCATGTGACATAGCT 1694
Query 1682 GTCTTCGTGTATGACAGTTCTGATGAGTCGTCATGGAAGAGAGCGACCCAGTTGCTTGTA 1741
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1695 GTCTTCGTGTATGACAGTTCTGATGAGTCGTCATGGAAGAGAGCGACTCAGTTGCTTGTA 1754
Query 1742 GAAGTTGCAAATTATGGTGAGGCCACTGGGTATGAGGTCCCTTGCCTCATGGTTTCAGCA 1801
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1755 GAAGTTGCAACTTATGGTGAGGCCACTGGGTATGAGGTCCCTTGCCTCATGGTTTCTGCA 1814
Query 1802 AAAGACGATCTTGATTCATCTCCTATTTCCATACAAGAATCCACCAGGATGACACAAGAT 1861
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1815 AAAGACGATCTTGATTCATCTCCTATTTCCATACAAGAATCCACCAGGATGACACAAGAT 1874
Query 1862 ATGGGAATAGAGCCTCCGGTATCAATCAGCTCCAAATTGGGGGATTTCAACAATTTATTC 1921
||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1875 ATGGGAATAGAGCCTCCAGTATCCATCAGTTCCAAATTGGGGGATTTCAACAACTTATTC 1934
Query 1922 CGCAAAATCTTAACTGCAGCACAACATCCTCATTTGAGCATTCCAGAGACCGAAGCAGGC 1981
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1935 CGCAAAATCTTAACTGCAGCACAACACCCTCATTTGAGCATTCCAGAGACCGAAGCAGGA 1994
Query 1982 AAAAGCCGCAAACATTACAACAGGCTAATCAACCGCTCTCTTATGGCCGTTTCCATTGGT 2041
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1995 AAAAGCCGCAAACATTACAACAGGCTAATCAACCGCTCTCTTATGGCTGTTTCAATTGGG 2054
Query 2042 GCTGCTGCTGTGGTCGTTGGGCTGGCTGCATACCGTGTGTATGCCACAAGAAAGAGCTCG 2101
||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2055 GCTGCTGCTGTAGTTGTTGGGCTGGCTGCATACCGTGTGTATGCCACAAGAAAGAGTTCG 2114
Query 2102 TCTGCCTGAGAAGATTGAGAATGAACAATCCAATCTCTTAAGGTATGAACACGGAAAGAG 2161
||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2115 TCTACCTGAGAAGATTGAGACCGAGCAATCCAATCTCTTAAGGTATGAACATGGAAAGAA 2174
Query 2162 GATAGCAAATCTCGTGTACTGA-GTTTGTTTATCGTTCTCAAGGTTTTA--C-AACTTGA 2217
||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||
Sbjct 2175 GATAGCAAATCTCGTGTTC-GAAGTTTGTTTATCGTTCTCAAG-TTTTAAACCAACTTGA 2232
Query 2218 TCCAGAGTACTGTTGAGTACTGTTCTTAGAAGTTTAATGGAAATGGGCTTTGTTTGAAGT 2277
|||| |||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2233 TCCAAAGTACT--------CT-TT-TTAGAAGTTTAATGGAAATGGGCTTTGTTTGAAGT 2282
Query 2278 AATTGTGGAAGAAGATCTGTAGCAAACACAAACATTTAGGGACAAGATAAAAAGAGAACA 2337
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2283 AATTGTGGAAGAAGATCTGTAGCAA-CACAAACATTTAGGGACAAGATAAAA-GAGAACA 2340
Query 2338 TAGTCAATAGACATTGTGTTGAATTT---CAATAACAATAGAACTTTGTCTCCTCGATGT 2394
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 2341 TAGTCAATAGACATTGTGTTGAATTTTTTCAATAACAATAGAACTTTGTCTCATTGATGA 2400
Query 2395 TGT 2397
|||
Sbjct 2401 TGT 2403
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 92406934370
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5