BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G27640.2
Length=2536
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg489433 jgi|Araly1|489433|fgenesh2_kg.6__2567__AT5G27640.2 3530 0.0
Ahg489563 jgi|Araly1|489563|fgenesh2_kg.6__2697__AT5G25780.1 3031 0.0
Ahg351685 jgi|Araly1|351685|fgenesh1_pg.C_scaffold_6002278 1646 0.0
> Ahg489433 jgi|Araly1|489433|fgenesh2_kg.6__2567__AT5G27640.2
Length=2322
Score = 3530 bits (1911), Expect = 0.0
Identities = 2197/2332 (94%), Gaps = 31/2332 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 58 CTTCTTCTTTGTTTTTTGCT-CTCGGCT-GATCTCTGTATTGGATTTTTGATATAAGGTT 115
||||||||||| ||||| || ||| | || | ||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2 CTTCTTCTTTG-TTTTTCCTACTCCAATCCAT-TTTGTATTGGATTTTTGATATAATGTT 59
Query 116 TGAAATCATG--GA-------GGTCGTTGATATTGATGCCCGAGCTGCT-AAGTTAGGGA 165
|||||||||| || ||| |||||||||||||||| | | ||| || ||||||
Sbjct 60 TGAAATCATGTTGATGGCGGCGGTAGTTGATATTGATGCCCTATCGGCTCAA-TTAGGGG 118
Query 166 TTGATTGGTCTCAGGTTAATTTTGATTCCATCCAACTTCCTCCTGGAGAA-GACTTTGGG 224
|| |||||||| |||||||| | ||||| |||||||||||| ||||| || ||||||||
Sbjct 119 TTAATTGGTCTGAGGTTAATCTCGATTCAATCCAACTTCCTTCTGGA-AACAACTTTGGG 177
Query 225 ATCGAGAGTGATGATGAAGCTGTTTACCAGGATGACCAGTCTGAATTCGACACTGGATTC 284
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 178 ATCGAGAGTGATGATGAAGCTGTATACCATGATGATCAGTCGGAATTCGACACTGGATTT 237
Query 285 GGTAACATTATCGTGGTCGATCACCTCCCTGTTGTTCCCAAGGAGAAGTTTGAGAAACTT 344
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 238 GGTAACATTATCGTGGTTGATCACCTCCCTGTTGTTCCCAAGGAGAAGTTTGAGAAACTA 297
Query 345 GAAGGTGTTGTCAAGAAAATTTACAACCAGTTAGGTGTGATTAAGGAAAATGGACTGTGG 404
||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 298 GAAGGTGTTCTCAAGAAAATTTACAATCAGTTAGGTGTTATTAAGGAAAATGGACTGTGG 357
Query 405 ATGCCTGTTGATCCCGATACCAAGATGACATTGGGCTACTGTTTTATTGAGTTCAACACT 464
||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 358 ATGCCCGTTGATCCCGATACGAAGATGACATTGGGCTACTGTTTTATTGAGTTCAATACT 417
Query 465 CCTCAGAAAGGAGCCCA-AACTAGGTTG-TTCTTAATGGTTGAGTAT-TTCCTAAGAGTT 521
|||| ||||| || |||||| ||| || |||||| | |||| || |||||||||
Sbjct 418 CCTC----AGGAG-ACAGAACTAGATTGTTTGACAATGGTAGTGTATATT-CTAAGAGTT 471
Query 522 TCTCTCAATGTCTGGGGCTCTTTGCAGGAAGCACAAAACGCTAAGGAAAAGTCTCATGGC 581
| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 472 TGTTTCAATGTCTGGGGCTCTTTGCAGGAAGCACAAAATGCTAAGGAAAAGTCGCATGGC 531
Query 582 TACAAGTTGGACAAGTCTCACATCTTTGCTGTAAACATGTTCGATGATTTTGACAGGTTG 641
||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||||
Sbjct 532 TACAAGTTGGACAAGACTCACATCTTTGCTGTTAACATGTTTGATGATTTCGATAGGTTG 591
Query 642 ATGAATGTGAAGGAGGAGTGGGAGCCTCCTCAGGCCAGGCCCTACGTCCCTGGGGAAAAT 701
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 592 ATGAATGTGAGGGAGGAGTGGGAGCCTCCTCAGGCCAGGCCCTATGTCCCTGGGGAAAAT 651
Query 702 TTGCAAAAATGGCTTACTGATGAAAAAGCCCGAGACCAGCTAGTCATTCGTTCTGGCCCT 761
||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 652 TTGCAGAAGTGGCTTACCGATGAAAAAGCCCGGGACCAGCTAGTCATTCGTTCAGGCCCT 711
Query 762 GATACTGAAGTTTTCTGGAATGATACTAGGCAGAAGGCGCCTGAACCTGTTCATAAGCGT 821
|||||||| |||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 712 GATACTGAGGTTTACTGGAATGATGCTAGGCAGAAGAAGCCTGAACCTGTTCATAAGCGT 771
Query 822 CCTTATTGGACAGAGAGTTATGTGCAGTGGTCTCCTTTAGGTACATACCTTGTGACACTC 881
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 772 CCTTATTGGACAGAGAGTTATGTGCAGTGGTCTCCTTTAGGTACATACCTTGTGACACTT 831
Query 882 CACAAGCAGGGGGCAGCTGTTTGGGGTGGTGCTGATACATTCACGCGTCTCATGCGTTAT 941
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 832 CACAAGCAGGGGGCAGCTGTTTGGGGTGGTGCTGATACATTCACGCGTCTCATGCGTTAT 891
Query 942 CAGCATTCTATGGTAAAACTAGTTGATTTCTCGCCAGGTGAGAAATATCTTGTAACTTAC 1001
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 892 CAGCATTCTATGGTCAAACTAGTTGATTTCTCGCCAGGTGAGAGATATCTTGTAACTTAC 951
Query 1002 CATAGCCAAGAACCAAGCAACCCGCGAGATGCAAGTAAAGTTGAGATTAAGGTTTTTGAT 1061
|||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 952 CATAGCCAAGAACCAAGCAATCCGAGAGATGCAAGTAAAGTAGAGATTAAGGTCTTTGAT 1011
Query 1062 GTGAGAACCGGGAGGATGATGAGAGATTTCAAGGGTAGTGCTGATGAGTTTTCAATTGGA 1121
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1012 GTGAGAACCGGGAGGATGATGAGAGATTTCAAGGGTAGTGCTGATGAGTTTTCAATTGGA 1071
Query 1122 GGACCTGGTGGTGTTGCTGGTGCCTCTTGGCCTGTTTTCAGATGGGCTGGTGGAAAAGAT 1181
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1072 GGACCTGGTGGTGTTGCTGGTGCCTCTTGGCCTGTTTTCAGATGGGCTGGTGGAAAAGAT 1131
Query 1182 GATAAATACTTTGCCAAGCTTAGCAAAAACACTATCTCTGTCTATGAGACTGAGACTTTC 1241
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1132 GATAAATACTTTGCCAAGCTTAGCAAAAACACCATCTCTGTCTATGAGACTGAGACTTTC 1191
Query 1242 AGCCTAATAGACAAGAAATCCATGAAGGTAGATAATGTTGTGGATATCTGCTGGTCTCCT 1301
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1192 AGCCTAATAGACAAGAAATCCATGAAGGTTGATAATGTTGTGGATATTTGCTGGTCTCCC 1251
Query 1302 ACTGATTCCATCCTTTCATTGTTTGTTCCTGAACAAGGTGGTGGAAACCAACCTGCGAAG 1361
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1252 ACTGATTCTATCCTTTCATTGTTTGTTCCTGAACAAGGTGGTGGAAACCAACCTGCCAAG 1311
Query 1362 GTTGCCCTAGTCCAAATCCCGAGCAAGGTGGAGCTGAGGCAGAAGAATCTCTTCAGTGTG 1421
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1312 GTTGCTCTAGTCCAAATCCCGAGTAAGGTGGAGCTGAGGCAGAAGAATCTCTTCAGTGTG 1371
Query 1422 AGCGACTGCAAGATGTACTGGCAGAGTAGTGGAGAGTATCTTGCTGTCAAGGTTGATCGA 1481
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1372 AGCGACTGCAAGATGTACTGGCAGAGTAGTGGAGAGTATCTTGCTGTTAAGGTTGATCGA 1431
Query 1482 TACACAAAAACTAAGAAGAGCACATACTCTGGATTTGAACTTTTCCGTATCAAAGAAAGG 1541
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1432 TACACAAAAACTAAGAAGAGCACATACTCTGGATTTGAGCTTTTCCGTATCAAAGAAAGG 1491
Query 1542 GATATTCCCATCGAGGTTCTTGAGCTGGACAACAAGAACGACAAGATCATTGCTTTTGCA 1601
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1492 GATATTCCCATCGAGGTTCTTGAGCTGGATAACAAGAACGACAAGATCATTGCTTTCGCT 1551
Query 1602 TGGGAGCCCAAGGGTCACAGGTTTGCTGTGATTCATGGTGACCAACCAAGACCAGATGTC 1661
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1552 TGGGAGCCCAAGGGTCACAGGTTTGCTGTGATTCATGGTGACCAACCAAGACCAGATGTC 1611
Query 1662 AGTTTCTACTCAATGAAGACCGCACAAAACACTGGAAGGGTTTCAAAGCTCGCAACTTTG 1721
||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1612 AGTTTCTACTCGATGAAGACCGCACAAAATACTGGAAGGGTTTCAAAGCTCGCAACGTTG 1671
Query 1722 AAGGCCAAACAAGCTAATGCCCTCTTCTGGTCGCCCACAGGCAAGTACATAATTCTTGCT 1781
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 1672 AAGGCCAAACAAGCCAATGCCCTCTTCTGGTCGCCCACAGGAAAGTACATCATTCTTGCT 1731
Query 1782 GGGTTAAAAGGTTTCAATGGCCAGCTTGAATTTTTCAACGTGGATGAGCTCGAGACAATG 1841
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1732 GGGTTAAAAGGTTTCAATGGCCAGCTTGAATTTTTCAACGTGGATGAGCTCGAGACAATG 1791
Query 1842 GCCACAGCTGAACACTTCATGGCCACGGATATCGAATGGGACCCGACTGGAAGGTACGTT 1901
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1792 GCCACAGCTGAACACTTCATGGCCACGGATATCGAATGGGACCCAACTGGAAGGTACGTT 1851
Query 1902 GCAACCGCAGTGACATCAGTCCATGAGATGGAGAATGGGTTCACCATATGGTCTTTCAAC 1961
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1852 GCAACCGCAGTGACATCAGTCCACGAGATGGAGAATGGGTTCACCATATGGTCTTTCAAC 1911
Query 1962 GGGA-TTATGCTTTACCGGATATTGAAGGATCATTTCTTCCAGTTGGCTTGGCGTCCAAG 2020
|||| || || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1912 GGGAATT-TGGTTTACCGGATACTGAAGGATCATTTCTTCCAGTTGGCTTGGCGTCCAAG 1970
Query 2021 ACCTCCATCATTCTTGACTGCAGAGAAGGAAGAAGAGATAGCAAAGACCCTGAAGAAGTA 2080
||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1971 ACCGCCATCATTCTTAACTGCAGAGAAGGAAGAAGAGATAGCAAAGAACCTGAAGAAGTA 2030
Query 2081 CAGCAAGAAGTATGAGGCAGAGGATCAGGACGTGTCGTTGCTGTTGAGTGAACAAGACAG 2140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2031 CAGCAAGAAGTATGAGGCAGAGGATCAGGACGTGTCGTTGCTGTTGAGTGAACAAGACAG 2090
Query 2141 AGAGAAGAGAAAGGCATTGAAGGAAGAATGGGAGAAATGGGTAATGCAGTGGAAGTCTCT 2200
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2091 AGAGAAGAGAAGGGCATTGAAGGAAGAATGGGAGAAATGGGTGATGCAGTGGAAGTCTCT 2150
Query 2201 GCATGAAGAGGAGAAACTCGTGAGGCAAAACCTTCGGGATGGTGAAGTAAGTGATGTGGA 2260
|||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2151 GCATGAAGAGGAGAAACTCGCGAGGCAAAATCTTCGAGATGGTGAAGTTAGTGATGTGGA 2210
Query 2261 AGAAGATGAATATGAAGCCAAAGAAGTTGAGTTTGAGGATCTTATCGATGTCACTGAGGA 2320
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2211 AGAAGATGAATATGAAGCCAAGGAAGTTGAGTTTGAGGATCTTATTGATGTCACTGAGGA 2270
Query 2321 AATCGTTCAAGAGTCG-T--AAGATACTCGGTCTCTTTTGTTGCCATCTCTT 2369
|||||||||||||||| | ||| | |||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2271 AATCGTTCAAGAGTCGATGTAAGTTTCTCGGTCTCTTTTGTTACCATCTCTT 2322
> Ahg489563 jgi|Araly1|489563|fgenesh2_kg.6__2697__AT5G25780.1
Length=2255
Score = 3031 bits (1641), Expect = 0.0
Identities = 1765/1826 (97%), Gaps = 3/1826 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 546 CAGGAAGCACAAAACGCTAAGGAAAAGTCTCATGGCTACAAGTTGGACAAGTCTCACATC 605
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 426 CAGGAAGCACAAAACGCTAAGGAAAAGTCTCATGGCTACAAGTTGGACAAGTCTCACATC 485
Query 606 TTTGCTGTAAACATGTTCGATGATTTTGACAGGTTGATGAATGTGAAGGAGGAGTGGGAG 665
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 486 TTTGCTGTAAACATGTTCGATGATTTCGACAGGTTGATGAATGTGCGGGAGGAGTGGGAG 545
Query 666 CCTCCTCAGGCCAGGCCCTACGTCCCTGGGGAAAATTTGCAAAAATGGCTTACTGATGAA 725
||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 546 CCTCCTCAGGCCAGGCCATATGTCCCTGGGGAAAATTTACAAAAGTGGCTTACTGATGAC 605
Query 726 AAAGCCCGAGACCAGCTAGTCATTCGTTCTGGCCCTGATACTGAAGTTTTCTGGAATGAT 785
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 606 AAAGCCCGGGACCAGCTAGTTATTCGTTCTGGCCCTGATACTGAAGTTTACTGGAATGAT 665
Query 786 ACTAGGCAGAAGGCGCCTGAACCTGTTCATAAGCGTCCTTATTGGACAGAGAGTTATGTG 845
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 666 GCTAGGCAGAAGAAGCCTGAACCTGTTCATAAGCGTCCTTATTGGACAGAGAGTTATGTG 725
Query 846 CAGTGGTCTCCTTTAGGTACATACCTTGTGACACTCCACAAGCAGGGGGCAGCTGTTTGG 905
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 726 CAGTGGTCTCCTTTAGGTACATACCTTGTGACACTTCACAAGCAGGGGGCAGCTGTTTGG 785
Query 906 GGTGGTGCTGATACATTCACGCGTCTCATGCGTTATCAGCATTCTATGGTAAAACTAGTT 965
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 786 GGTGGTGCTGATACATTCACACGTCTCATGCGTTATCAGCATTCTATGGTTAAACTAGTT 845
Query 966 GATTTCTCGCCAGGTGAGAAATATCTTGTAACTTACCATAGCCAAGAACCAAGCAACCCG 1025
|||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 846 GATTTCTCACCAGGTGAGAAATATCTGGTAACTTACCACAGCCAAGAACCAAGCAACCCG 905
Query 1026 CGAGATGCAAGTAAAGTTGAGATTAAGGTTTTTGATGTGAGAACCGGGAGGATGATGAGA 1085
|| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 906 CGGGATGCAAGTAAAGTAGAGATTAAGGTTTTTGATGTGAGAACTGGGAGGATGATGAGA 965
Query 1086 GATTTCAAGGGTAGTGCTGATGAGTTTTCAATTGGAGGACCTGGTGGTGTTGCTGGTGCC 1145
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 966 GATTTCAAGGGTAGTGCTGATGAGTTTTCAATTGGAGGACCTGGTGGTGTTGCTGGTGCC 1025
Query 1146 TCTTGGCCTGTTTTCAGATGGGCTGGTGGAAAAGATGATAAATACTTTGCCAAGCTTAGC 1205
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1026 TCTTGGCCTGTTTTCAGATGGGCTGGTGGAAAAGATGATAAATACTTTGCCAAGCTTAGC 1085
Query 1206 AAAAACACTATCTCTGTCTATGAGACTGAGACTTTCAGCCTAATAGACAAGAAATCCATG 1265
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1086 AAAAACACTATCTCCGTCTATGAGACTGAGACTTTCAGCCTAATAGACAAGAAATCCATG 1145
Query 1266 AAGGTAGATAATGTTGTGGATATCTGCTGGTCTCCTACTGATTCCATCCTTTCATTGTTT 1325
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1146 AAGGTTGATAATGTTGTGGATATCTGCTGGTCTCCTACTGATTCCATCCTTTCATTGTTT 1205
Query 1326 GTTCCTGAACAAGGTGGTGGAAACCAACCTGCGAAGGTTGCCCTAGTCCAAATCCCGAGC 1385
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 1206 GTTCCTGAACAAGGTGGTGGAAACCAACCTGCCAAGGTCGCTCTAGTCCAAATCCCGAGC 1265
Query 1386 AAGGTGGAGCTGAGGCAGAAGAATCTCTTCAGTGTGAGCGACTGCAAGATGTACTGGCAG 1445
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1266 AAGGTGGAGCTGAGGCAGAAGAATCTCTTCAGTGTGAGCGACTGCAAGATGTACTGGCAG 1325
Query 1446 AGTAGTGGAGAGTATCTTGCTGTCAAGGTTGATCGATACACAAAAACTAAGAAGAGCACA 1505
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1326 AGTAGTGGAGAGTATCTTGCTGTCAAGGTTGATCGGTACACGAAAACTAAGAAGAGCACA 1385
Query 1506 TACTCTGGATTTGAACTTTTCCGTATCAAAGAAAGGGATATTCCCATCGAGGTTCTTGAG 1565
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1386 TACTCTGGATTTGAGCTTTTCCGTATCAAAGAAAGGGATATTCCCATCGAGGTTCTTGAG 1445
Query 1566 CTGGACAACAAGAACGACAAGATCATTGCTTTTGCATGGGAGCCCAAGGGTCACAGGTTT 1625
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1446 CTGGACAACAAGAACGACAAGATCATTGCTTTCGCGTGGGAGCCCAAGGGTCACAGGTTT 1505
Query 1626 GCTGTGATTCATGGTGACCAACCAAGACCAGATGTCAGTTTCTACTCAATGAAGACCGCA 1685
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1506 GCTGTGATTCATGGTGACCAACCAAGACCAGACGTCAGTTTCTACTCAATGAAGACCACA 1565
Query 1686 CAAAACACTGGAAGGGTTTCAAAGCTCGCAACTTTGAAGGCCAAACAAGCTAATGCCCTC 1745
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1566 CAAAACACTGGAAGGGTTTCAAAGCTCGCAACTTTGAAGGCCAAACAAGCTAATGCCCTC 1625
Query 1746 TTCTGGTCGCCCACAGGCAAGTACATAATTCTTGCTGGGTTAAAAGGTTTCAATGGCCAG 1805
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1626 TTCTGGTCGCCCACAGGCAAGTACATAATTCTTGCTGGGTTAAAAGGTTTCAATGGCCAG 1685
Query 1806 CTTGAATTTTTCAACGTGGATGAGCTCGAGACAATGGCCACAGCTGAACACTTCATGGCC 1865
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1686 CTTGAGTTTTTCAACGTGGATGAGCTCGAGACAATGGCCACAGCTGAACACTTCATGGCC 1745
Query 1866 ACGGATATCGAATGGGACCCGACTGGAAGGTACGTTGCAACCGCAGTGACATCAGTCCAT 1925
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1746 ACTGATATCGAATGGGACCCGACTGGAAGGTACGTAGCAACCGCGGTGACATCAGTCCAC 1805
Query 1926 GAGATGGAGAATGGGTTCACCATATGGTCTTTCAACGGGATTATGCTTTACCGGATATTG 1985
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||
Sbjct 1806 GAGATGGAGAATGGGTTCACCATATGGTCTTTCAACGGGATTGTGATTTACCGGATACTG 1865
Query 1986 AAGGATCATTTCTTCCAGTTGGCTTGGCGTCCAAGACCTCCATCATTCTTGACTGCAGAG 2045
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1866 AAGGATCATTTCTTCCAGTTGGCCTGGCGTCCAAGACCGCCATCATTCTTGACTGCAGAG 1925
Query 2046 AAGGAAGAAGAGATAGCAAAGACCCTGAAGAAGTACAGCAAGAAGTATGAGGCAGAGGAT 2105
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1926 AAGGAAGAAGAGATAGCAAAGAACCTGAAGAAGTACAGCAAGAAGTATGAGGCAGAGGAT 1985
Query 2106 CAGGACGTGTCGTTGCTGTTGAGTGAACAAGACAGAGAGAAGAGAAAGGCATTGAAGGAA 2165
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 1986 CAGGACGTGTCGTTGCTGTTGAGTGAACAAGACAGAGAGAAGAGGAAGGCATTAAAGGAA 2045
Query 2166 GAATGGGAGAAATGGGTAATGCAGTGGAAGTCTCTGCATGAAGAGGAGAAACTCGTGAGG 2225
||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2046 GAATGGGAGAAATGGGTGATGCAGTGGAAGGCTCTGCATGAAGAGGAGAAACTCGCGAGG 2105
Query 2226 CAAAACCTTCGGGATGGTGAAGTAAGTGATGTGGAAGAAGATGAATATGAAGCCAAAGAA 2285
||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2106 CAAAATCTTCGGGATGGTGAAGTTAGTGATGTGGAAGAAGATGAGTATGAAGCCAAAGAA 2165
Query 2286 GTTGAGTTTGAGGATCTTATCGATGTCACTGAGGAAATCGTTCAAGAGTCG-T--AAGAT 2342
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||
Sbjct 2166 GTTGAGTTTGAGGATCTTATTGATGTCACTGAGGAAATCGTTCAGGAGTCGATGTAAGAT 2225
Query 2343 ACTCGGTCTCTTTTGTTGCCATCTCT 2368
|||| ||||||||||||||| |||||
Sbjct 2226 ACTCTGTCTCTTTTGTTGCCCTCTCT 2251
Score = 614 bits (332), Expect = 1e-174
Identities = 363/378 (96%), Gaps = 1/378 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 98 GATTTTTGATAT-AAGGTTTGAAATCATGGAGGTCGTTGATATTGATGCCCGAGCTGCTA 156
|||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 55 GATTTTTGATCTAAAGTTTTGAAATCATGGAGGTCGTTGATATTGATGCTCGAGCAGCTA 114
Query 157 AGTTAGGGATTGATTGGTCTCAGGTTAATTTTGATTCCATCCAACTTCCTCCTGGAGAAG 216
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 115 AGTTAGGGATTAATTGGTCTCAGGTTAATTTTGATTCCATCCAACTTCCTCCTGGAGAAG 174
Query 217 ACTTTGGGATCGAGAGTGATGATGAAGCTGTTTACCAGGATGACCAGTCTGAATTCGACA 276
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 175 ACTTTGGGATTGAGAGTGATGATGAAGCTGTTTACCACGATGACCAGTCAGAATTCGACA 234
Query 277 CTGGATTCGGTAACATTATCGTGGTCGATCACCTCCCTGTTGTTCCCAAGGAGAAGTTTG 336
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 235 CTGGATTCGGTAACATTATCGTGGTTGATCACCTCCCTGTTGTTCCCAAGGAGAAGTTTG 294
Query 337 AGAAACTTGAAGGTGTTGTCAAGAAAATTTACAACCAGTTAGGTGTGATTAAGGAAAATG 396
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 295 AGAAACTTGAAGGTGTTGTCAAGAAAATTTACAACCAGTTAGGTGTGATCAAGGAAAATG 354
Query 397 GACTGTGGATGCCTGTTGATCCCGATACCAAGATGACATTGGGCTACTGTTTTATTGAGT 456
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 355 GACTGTGGATGCCCGTTGATCCCGACACCAAGATGACATTGGGCTACTGTTTTATTGAGT 414
Query 457 TCAACACTCCTCAGAAAG 474
|||| ||||||||| |||
Sbjct 415 TCAATACTCCTCAGGAAG 432
> Ahg351685 jgi|Araly1|351685|fgenesh1_pg.C_scaffold_6002278
Length=3744
Score = 1646 bits (891), Expect = 0.0
Identities = 976/1017 (96%), Gaps = 5/1017 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1338 GGTGGTGGAAACCAACCTGCGAAGGTTGCCCTAGTCCAAATCCCGAGCAAGGTGGAGCTG 1397
|||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 919 GGTGGTGGAAACCAACCTGCTAAGGTTGCTCTAGTCCAAATCCCGAGCAAGGTGGAGCTG 978
Query 1398 AGGCAGAAGAATCTCTTCAGTGTGAGCGACTGCAAGATGTACTGGCAGAGTAGTGGAGAG 1457
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 979 AGGCAGAAGAATCTCTTCAGTGTGAGCGACTGCAAGATGTACTGGCAGAGTAGTGGAGAG 1038
Query 1458 TATCTTGCTGTCAAGGTTGATCGATACACAAAAACTAAGAAGAGCACATACTCTGGATTT 1517
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1039 TATCTTGCTGTTAAGGTTGATCGATACACAAAAACTAAGAAGAGCACATACTCTGGATTT 1098
Query 1518 GAACTTTTCCGTATCAAAGAAAGGGATATTCCCATCGAGGTTCTTGAGCTGGACAACAAG 1577
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1099 GAGCTTTTCCGTATCAAAGAAAGGGATATTCCCATCGAGGTTCTTGAGCTGGATAACAAG 1158
Query 1578 AACGACAAGATCATTGCTTTTGCATGGGAGCCCAAGGGTCACAGGTTTGCTGTGATTCAT 1637
|||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1159 AACGACAAGATCATTGCTTTCGCTTGGGAGCCCAAGGGTCACAGGTTTGCTGTGATTCAT 1218
Query 1638 GGTGACCAACCAAGACCAGATGTCAGTTTCTACTCAATGAAGACCGCACAAAACACTGGA 1697
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1219 GGTGACCAACCAAGACCAGATGTCAGTTTCTACTCGATGAAGACCGCACAAAATACTGGA 1278
Query 1698 AGGGTTTCAAAGCTCGCAACTTTGAAGGCCAAACAAGCTAATGCCCTCTTCTGGTCGCCC 1757
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1279 AGGGTTTCAAAGCTCGCAACGTTGAAGGCCAAACAAGCCAATGCCCTCTTCTGGTCGCCC 1338
Query 1758 ACAGGCAAGTACATAATTCTTGCTGGGTTAAAAGGTTTCAATGGCCAGCTTGAATTTTTC 1817
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1339 ACAGGAAAGTACATCATTCTTGCTGGGTTAAAAGGTTTCAATGGCCAGCTTGAATTTTTC 1398
Query 1818 AACGTGGATGAGCTCGAGACAATGGCCACAGCTGAACACTTCATGGCCACGGATATCGAA 1877
|||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1399 AACGTGGATGAGCTCGAGACAATGGCAACATCTGAACACTTCATGGCCACGGATATCGAA 1458
Query 1878 TGGGACCCGACTGGAAGGTACGTTGCAACCGCAGTGACATCAGTCCATGAGATGGAGAAT 1937
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 1459 TGGGACCCAACTGGAAGGTACGTTGCAACCGCAGTGACATCAGTTCACGAGATGGAGAAT 1518
Query 1938 GGGTTCACCATATGGTCTTTCAACGGGA-TTATGCTTTACCGGATATTGAAGGATCATTT 1996
||||||||||| |||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1519 GGGTTCACCATGTGGTCTTTCAACGGGAATT-TGGTTTACCGGATACTGAAGGATCATTT 1577
Query 1997 CTTCCAGTTGGCTTGGCGTCCAAGACCTCCATCATTCTTGACTGCAGAGAAGGAAGAAGA 2056
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1578 CTTCCAGTTGGCTTGGCGTCCAAGACCGCCATCATTCTTAACTGCAGAGAAGGAAGAAGA 1637
Query 2057 GATAGCAAAGACCCTGAAGAAGTACAGCAAGAAGTATGAGGCAGAGGATCAGGACGTGTC 2116
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1638 GATAGCAAAGAACCTGAAGAAGTACAGCAAGAAGTATGAGGCAGAGGATCAGGACGTATC 1697
Query 2117 GTTGCTGTTGAGTGAACAAGACAGAGAGAAGAGAAAGGCATTGAAGGAAGAATGGGAGAA 2176
||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1698 GTTGCTGTTGAGTGAACAAGACAGAGAGAAGAGGAGGGCATTGAAGGAAGAATGGGAGAA 1757
Query 2177 ATGGGTAATGCAGTGGAAGTCTCTGCATGAAGAGGAGAAACTCGTGAGGCAAAACCTTCG 2236
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||
Sbjct 1758 ATGGGTGATGCAGTGGAAGTCTCTGCATGAAGAGGAGAAACTCGCGAGAAAAAATCTTCG 1817
Query 2237 GGATGGTGAAGTAAGTGATGTGGAAGAAGATGAATATGAAGCCAAAGAAGTTGAGTTTGA 2296
|||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1818 GGATGGTGAAGTTAGTGATGTGGAAGAAGATGAGTATGAAGCCAAAGAAGTTGAGTTTGA 1877
Query 2297 GGATCTTATCGATGTCACTGAGGAAATCGTTCAAGAGTCG-TAAGATAC-TCGGTCT 2351
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||
Sbjct 1878 GGATCTTATTGATGTCACTGAGGAAATCGTTCAAGAGTCGATA-GATTCGTCGGTCT 1933
Score = 737 bits (399), Expect = 0.0
Identities = 428/442 (97%), Gaps = 1/442 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 828 TGGACAGAGAGTTATGTGCAGTGGTCTCCTTTAGGTACATACCTTGTGACACTCCACAAG 887
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 479 TGG-CAGAGAGTTATGTGCAGTGGTCTCCTTTAGGTACATACCTTGTGACACTTCACAAG 537
Query 888 CAGGGGGCAGCTGTTTGGGGTGGTGCTGATACATTCACGCGTCTCATGCGTTATCAGCAT 947
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 CAGGGGGCAGCTGTTTGGGGTGGTACTGATACATTCACGCGTCTCATGCGTTATCAGCAT 597
Query 948 TCTATGGTAAAACTAGTTGATTTCTCGCCAGGTGAGAAATATCTTGTAACTTACCATAGC 1007
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 TCTATGGTCAAACTTGTTGATTTCTCGCCAGGTGAGAGATATCTTGTAACTTACCATAGC 657
Query 1008 CAAGAACCAAGCAACCCGCGAGATGCAAGTAAAGTTGAGATTAAGGTTTTTGATGTGAGA 1067
|||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 658 CAAGAACCAAGCAATCCGAGAGATGCAAGTAAAGTAGAGATTAAGGTCTTTGATGTGAGA 717
Query 1068 ACCGGGAGGATGATGAGAGATTTCAAGGGTAGTGCTGATGAGTTTTCAATTGGAGGACCT 1127
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 ACCGGGAGGATGATGAGAGATTTCAAGGGTAGTGCTGATGAGTTTTCAATTGGAGGACCT 777
Query 1128 GGTGGTGTTGCTGGTGCCTCTTGGCCTGTTTTCAGATGGGCTGGTGGAAAAGATGATAAA 1187
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 778 GGTGGTGTTGCTGGCGCCTCTTGGCCTGTTTTCAGATGGGCTGGTGGAAAAGATGATAGA 837
Query 1188 TACTTTGCCAAGCTTAGCAAAAACACTATCTCTGTCTATGAGACTGAGACTTTCAGCCTA 1247
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 TACTTTGCCAAGCTTAGCAAAAACACCATCTCTGTCTATGAGACTGAGACTTTCAGCCTA 897
Query 1248 ATAGACAAGAAATCCATGAAGG 1269
|||||||||| |||||||||||
Sbjct 898 ATAGACAAGACATCCATGAAGG 919
Score = 132 bits (71), Expect = 1e-29
Identities = 81/86 (94%), Gaps = 0/86 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 740 GCTAGTCATTCGTTCTGGCCCTGATACTGAAGTTTTCTGGAATGATACTAGGCAGAAGGC 799
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||
Sbjct 351 GCTAGTCATTCGTTCTGGCCCTGATACTGAAGTTTACTGGAATGATGCAAGGCAGAAGAA 410
Query 800 GCCTGAACCTGTTCATAAGCGTCCTT 825
||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 411 GCCTGAACCTGTTCATAAGCGTCCTT 436
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 95606514950
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5