BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G27970.2
Length=5026
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg326991 jgi|Araly1|326991|fgenesh1_pm.C_scaffold_6002211 4392 0.0
> Ahg326991 jgi|Araly1|326991|fgenesh1_pm.C_scaffold_6002211
Length=4854
Score = 4392 bits (2378), Expect = 0.0
Identities = 2593/2692 (96%), Gaps = 33/2692 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2221 CTTCACAGGGTGGAACCACTATGGGACCAAGTGGTTGGCCACTTTCTTGAGCTCGCTGAA 2280
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2153 CTTCA-AGGGTGGAACCACTATGGGACCAAGTGGTTGGCCACTTTCTTGAGCTCGCTGAA 2211
Query 2281 CATTCAAATCAGAACTTGAGAAATATGGCGCTTGATGCCCTGGATCAATCCATATGTGCT 2340
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2212 CATTCAAATCAGAACTTGAGAAATATGGCGCTTGATGCCCTGGATCAATCCATATGTGCT 2271
Query 2341 GTCTTAGGTTCAGAGCAGTTTGGAGAAGATCCAGCCAGATCAAGAGATGCAACTTTGGAT 2400
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2272 GTCTTAGGTTCAGAGCAGTTTGGAGAAGATCCAGCCAGATCAAGAGATGCAACTTTGGAT 2331
Query 2401 GTAGACTCAAAGTCAACTGAGGTGAAGTCAGTTGAGTGTGCTGTACTATCTTCTCTCAGG 2460
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2332 GTAGACTCAAAGTCAACTGAGGTGAAATCAGTTGAGTGTGCTGTACTATCTTCTCTCAGG 2391
Query 2461 GTTCTTTACTTTTCTGCTCAAAAGGCTGATGTTCGAGTTGGGTCATTAAAAATTCTTCTT 2520
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 2392 GTTCTTTACTTTTCTGCTCAAAAGGCCGATGTTCGAGTTGGGTCGTTAAAAATTCTCCTT 2451
Query 2521 CACGTACTGGAGAGATGTGGAGAAAAGTTATACTATAGCTGGTCGAGCATTCTTGAAATG 2580
|| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2452 CATGTACTGGAGAGATGTGGAGAAAAGTTACACTATAGCTGGTCGAGCATTCTTGAAATG 2511
Query 2581 TTGAGGTCTGTTGCAGACGCATCAGAGAAGGATGTGGCGACCCTTGGGTTCCAGAGTCTC 2640
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2512 TTGAGGTCTGTTGCAGACGCATCAGAGAAGGATGTGGCGACCCTTGGGTTCCAGAGTCTC 2571
Query 2641 CGGGTTATTATGAGTGATGGACTTCCTACACTCCCGGAAGACTGTCTTCATGTGTGCATA 2700
||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2572 CGGGTTATTATGAGTGATGGACTTCCTACTCTTCCAGAAGACTGTCTTCATGTGTGCATA 2631
Query 2701 GACGTTACTGGAGCTTATAGTGCACAAAAGACTGATTTGAATATAAGTTTGACTGCCATT 2760
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2632 GACGTTACGGGAGCTTATAGTGCACAAAAGACTGATTTGAATATAAGTTTGACTGCCATT 2691
Query 2761 GGCCTGTTGTGGACTTTGACTGATTTCGTAGCAAAAGGACTCCACCATGGGTCTCTAGTG 2820
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2692 GGCCTGTTGTGGACTTTGACTGATTTCGTAGCAAAAGGACTCCACCATGGGTCTCTAGTG 2751
Query 2821 GAGAAAGGATCGGGATTCAATAATGCAGATTCCACTCCACAGCAAACAAATGGCGAGGAC 2880
|| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2752 GACAAAGGATCGGGATTCAATATTGCAGATTCCACTCCACAGCAAACAAATGGCGAGGAC 2811
Query 2881 GGGGAAAAGCATATGGGTAGCAATTCGGGCAAGTCAGATTATGAAGCTCCAATACAAGTG 2940
||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2812 GGGGAAAAGAATATGGTTAGCAATTCGGACAAGTCAGATTATGAAGCTCGAATACAAGTG 2871
Query 2941 GTCAATCATGAGAAATTACTGTTCTTAGTCTTTTCGTTAATTCAGAAACTTGTTGATGAC 3000
||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||||| ||||||
Sbjct 2872 GTCAATCATGAGAAATTGCTGTTTTTAGTCTTTTCGTTGATACAAAAACTTGTGGATGAC 2931
Query 3001 GAACGACCAGAGGTCAGGAATTCAGCTGTCAGGACATTTTTTCAGATTTTGGGAAGTCAT 3060
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2932 GAACGACCAGAGGTCAGGAATTCAGCTGTCAGGACATTTTTTCAGATTTTGGGAAGTCAT 2991
Query 3061 GGAAACAAACTTTCAAAAAGCATGTGGGAGGATTGTCTATGGAACTATATCTTCCCAATG 3120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2992 GGAAACAAACTTTCAAAAAGCATGTGGGAGGATTGTCTATGGAACTATATCTTCCCGATG 3051
Query 3121 TTGGATGGCGCCTCTCACAAGGCTGCAACATCATCGAAGGACGAATGGCAAGGGAAAGAA 3180
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3052 TTAGATGGCGCCTCTCACAAGGCTGCAACATCATCAAAGGACGAATGGCAAGGGAAAGAA 3111
Query 3181 ATCGGTACTCGAGGAGGGAAAGCTGTGCACATGCTTATACATCATAGTCGCAATTCAGCC 3240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3112 ATCGGTACTCGAGGAGGGAAAGCTGTGCACATGCTTATACATCATAGTCGCAATTCAGCC 3171
Query 3241 CAGAAGCAGTGGGATGAAACATTTGTACTTGTCCTTGGAGGAATAGCCCGCCTCTTCCGG 3300
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3172 CAGAAGCAGTGGGATGAAACATTTGTACTTGTCCTTGGAGGAATAGCCCGTCTCTTCCGG 3231
Query 3301 TCCTACTTTCCTCTTCTTGAAAGCTTACCTAACTTCTGGTCAGGATGGGAGTCTTTGCTT 3360
||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3232 TCCTATTTTCCTCTTCTTGAAAGTTTACCGAACTTCTGGTCAGGATGGGAGTCTTTGCTT 3291
Query 3361 GCTTTTGTTAAGAAAAGCATTTTCAATGGGAGTAAAGAGGTATCACTTGCAGCGATAAAT 3420
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3292 GCTTTTGTTAAGAATAGCATTTTCAATGGGAGTAAAGAGGTATCACTGGCAGCGATAAAT 3351
Query 3421 TGTCTGCAGACAGCTGTTGTGTCCCACTGTGTCAAGGGAAACTTGCAACTTCGATATCTT 3480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3352 TGTCTGCAGACAGCTGTTGTGTCCCACTGTGTCAAGGGAAACTTGCAACTTCGATATCTT 3411
Query 3481 AATTCGGTACTGGACGTGTATGAGCTTGTTTTCCAGAAGTCATCGAGTTACACAGGTGAC 3540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3412 AATTCGGTACTGGACGTGTATGAGCTTGTTTTCCAGAAGTCATCGAGTTACACAGGTGAC 3471
Query 3541 ACAGCAGCCAAGGTGAAACAAGAGATTCTGCATGGTTTAGGTGAATTATATGTGCAATCA 3600
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3472 ACAGCAGCCAAGGTGAAACAAGAGATTCTGCATGGTTTAGGTGAATTATATGTGCAGTCA 3531
Query 3601 TCGAAGATGTTTGATGATAAAATGTACATGCAATTGTTGGGAATTGTTGATTTGGCTATA 3660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3532 TCGAAGATGTTTGATGATAAAATGTACATGCAATTGTTGGGAATTGTTGATTTAGCTATA 3591
Query 3661 AAACAGGCCATCATAAATAGCGAAAATTTCGAAACTGAATATGGACATGTACCCCCTGTA 3720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3592 AAACAGGCCATCATAAATAGCGAAAATTTCGAAACTGAATATGGACATGTACCCCCTGTA 3651
Query 3721 CTACGTCATGTTTTGGAAATCTTGCCCTCTTTGGGGCCTCCTGAACACCTTTCGTCAATG 3780
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 3652 CTACGTCATGTTTTGGAAATCTTGCCCTCTTTGGGTCCTCCTGAGCACCTTTCGTCACTG 3711
Query 3781 TGGCTAATCTTGCTTA-GAGAGTTCTTGCATTATCTTCCACGGGTTGATTCTGTTCTGCC 3839
||||||||| || ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3712 TGGCTAATCCTG-TTAAGAGAGTTTTTGCATTATCTTCCACGGGTTGATTCTGTTCTGCC 3770
Query 3840 AAATGACGAAGGC-AG-T---G-A-A--------G----T-A--T--TGGAACAGAAAGC 3875
|||||| ||||| || | | | | | | | | ||||||| |||||
Sbjct 3771 AAATGAGGAAGGTGAGATTCAGCAGAACAAAACAGGCAGTGAAGTAGTGGAACATAAAGC 3830
Query 3876 TGATGCTTCGTCTGAAACAATTCCAACCACAAGAATTACGACTAATATGTTTGCAGAAAA 3935
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3831 TGATGCTTCGTCTGAAACAATGCCAACCACAAGAATTACGACTAATATGTTTGCAGAAAA 3890
Query 3936 GCTGATCCCTGCCTTGATAGAGCTTCTCCTTCAGGCTCCTGCAGTTGAAAAGTATATCCT 3995
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3891 GCTGATCCCTGCCTTGATAGAGCTTCTCCTTCAGGCTCCTGCAGTTGAAAAATATATCCT 3950
Query 3996 GTTTCCGGAAGTCATCCAGAACCTGAGAAGGTGCATGATGACAAGACGAGACAATCCAGA 4055
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3951 GTTTCCGGAAGTCATCCAGAACCTGAGAAGGTGCATGATGACAAGACGAGACAATCCAGA 4010
Query 4056 TGGTTCACTCTGGAAGGTAGCAGCTGAGGGCTTCAACCGTTTACTTGTTGAAGATGTGAA 4115
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4011 TGGTTCACTCTGGAAGGTAGCAGCTGAGGGCTTCAACCGTTTACTTGTTGAAGATGTGAA 4070
Query 4116 GTTATGTTCTGTGGGTGGTGAAACAGAACTGAAAATTAGCAAAACAGCTCGAATACGCAT 4175
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4071 GTTATGTTCCGTGGGTGGTGAAACAGAACTGAAAATTAGCAAAACAGCTCGAATACGCAT 4130
Query 4176 TTGGAAAGAAATTGGAGATGTTTACGATATATTCCTTGTTGGTTATTGTGGACGTGCACT 4235
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4131 TTGGAAAGAAATTGGAGATGTTTACGATATATTCCTTGTTGGTTATTGTGGACGTGCACT 4190
Query 4236 TTCTTCAAATTCTCTCCCTGCTGCAACACTTAAGGCCAATGAGACCCTTGAGATTGCCTT 4295
|| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 4191 TTTTTCAAATTCTCTCCCTGCTGCAGCACTTAAGGCCAATGAGACCCTTGAGATGGCCTT 4250
Query 4296 ATTAAACGGTCTTGGCGATATTATTCTTAAGTCGACCGTGGATGCACCCCGAGAAGTCCT 4355
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 4251 ATTAAACGGTCTTGGCGATATCATTCTTAAGTCGACCGTTGATGCACCCCGAGAAGTCCT 4310
Query 4356 GGAGCGTCTTGTTTCAACTCTAGATCGATGTGCATCACGTACATGCTCATTGCCTGTTGA 4415
|||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4311 GGAGCGGCTTGTTTCAACCCTAGATCGCTGCGCATCACGTACATGCTCATTGCCTGTTGA 4370
Query 4416 AACTGTAGAGCTGATGCCTGCCCATTGTAGCAGATTTTCCTTGACATGCTTACAAAAATT 4475
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 4371 AACTGTAGAGCTGATGCCTGCCCATTGTAGCAGATTTTCCTTGACATGCTTAGAAAAATT 4430
Query 4476 GTTTTCCTTGAGCAGTTTCAGCTCTGAAACCGAGAACTGGCACTCCACAAGAGCAGAAGT 4535
||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 4431 GTTTTCCTTGAGCAG---C---TCTGAAACCGAGAACTGGCATTCCACAAGAGCAGAAGT 4484
Query 4536 GAGCAAGATCTCTATCACCACACTAATGGCCAGATGTGAATTCATTTTGAGTAGATTTTT 4595
||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4485 AAGCAAGATCTCTAACACCACGCTAATGGCCAGATGTGAATTCATTTTGAGTAGATTTTT 4544
Query 4596 AATCGACGAAAATAATCTAGGCAACCGTCCAATCCCAACAGCTAGACTTGAAGAGATTAT 4655
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4545 AATCGACGAAAGTAATCTAGGCAACCGTCCAATCCCAACAGCTAGACTTGAAGAGATTAT 4604
Query 4656 CTTTACCCTCCAAGAACTTTACCGCCTCAGCATTCATCCTGAGGTTGCATCTGTTCTTCC 4715
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4605 CTTTACCCTCCAAGAACTTGACCGCCTCAGCATTCATCCTGAGGTTGCATCTGTTCTTCC 4664
Query 4716 GTTGCAACCCTACCTGAAAAACGTTCTACGCGAAGATAACCGTGACACCCGTGCACACCT 4775
|||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 4665 GTTGCAACCCTACCTGAAAACCGTCCTACGCGAAGATAATCGTGACACCCGTGCGCACCT 4724
Query 4776 ACTTGTCCTTTTTCCCTCTCTGTGCGAGATTGTGTTATCAAGGGAAATGCGGGTGAGAGA 4835
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 4725 ACTTGTCCTTTTTCCCTCTCTGTGCGAGATTGTGTTATCAAGGGAAACGCGGGTGAGAGA 4784
Query 4836 GCTGGTGCAAATTTTACTACGAGCAGTTGCTACGGAACTAGGCCTAGAAAAG 4887
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4785 GCTGGTGCAAGTTTTACTACGAGCAGTTGCTACGGAACTAGGCCTAGAAAAG 4836
Score = 1668 bits (903), Expect = 0.0
Identities = 960/987 (97%), Gaps = 6/987 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1173 GCACCCCAAAAACACGAATGTTGTGGAGAGCATGGTCAAAGCACTTGCTCGAGTTGTTTC 1232
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1179 GCACCCCAAAAACACAAATGTTGTGGAGAGCATGGTCAAAGCACTTGCTCGAGTTGTTTC 1238
Query 1233 TAGCATACAGTTTCAGGAGACGAGTGAGGAAAGTCTAGCAGCTGTTGCTGGGATGTTTAG 1292
|||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1239 TAGCAT--A----CAGGAGACGAGTGAGGAAAGTTTAGCAGCTGTTGCTGGGATGTTTAG 1292
Query 1293 TAGCAAAGCTAAAGGAATTGAGTGGATTCTTGATAATGATGCATCCAGTGCTGCTGTTCT 1352
||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1293 TAGCAAAGCGAAAGGAATTGAATGGATTCTTGATAATGATGCTTCCAGTGCTGCTGTTCT 1352
Query 1353 CGTTGCGAGTGAAGCTCATGCAATAACGTTGGCAATTGAAGGCTTACTTGGAGTTGTTTT 1412
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1353 CGTTGCGAGTGAAGCTCATGCAATAACTTTGGCAATTGAAGGCTTACTTGGAGTTGTTTT 1412
Query 1413 TACAGTTGCCACATTAACAGATGAAGCAGTAGATGTTGGGGAGCTTGAATCTCCCAGATA 1472
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1413 TACAGTTGCCACATTAACAGATGAAGCAGTAGATGTTGGGGAGCTTGAATCTCCCAGATA 1472
Query 1473 CGAGCATCTTCCTTCATCAGATTATACTGGGAAAACCTCACTTCTCTGTATCTCAATGGT 1532
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1473 TGAGCATCTTCCTTCATCTGATTATACTGGGAAAACCTCACATCTCTGTATCTCAATGGT 1532
Query 1533 AGATTCATTGTGGTTGACTATACTTGACGCATTTTCCCTTATATTATCAAGGTCACAAGG 1592
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1533 AGATTCATTGTGGTTGACTATACTTGACGCATTTTCCCTTATATTATCAAGGTCACAAGG 1592
Query 1593 AGAGGCAATCGTATTAGAGATACTGAAAGGATATCAAGCATTTACTCAGGCATGTGGCGT 1652
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1593 AGAGGCAATCGTATTGGAGATACTGAAAGGATATCAAGCATTTACTCAGGCATGTGGCGT 1652
Query 1653 TCTCCATGCTGTAGAACCCTTGAACTCTTTTCTTGCATCGCTTTGTAAATTTACTATCGT 1712
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1653 TCTTCATGCTGTAGAACCCTTGAACTCTTTTCTTGCATCTCTTTGTAAATTTACCATCGT 1712
Query 1713 TTTGCCAACTGATGTGGAAAGGAAAAGCAGCGTCGTACAGTCGCCTGTGTCCAAACGTTC 1772
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1713 TTTGCCAACTGATGTGGAAAGGAAAAGCAGCGTCGTGCAGTCGCCTGTCTCCAAACGTTC 1772
Query 1773 TGAAGTACAGGTTGATCTGAAAGATGTCATTGTCCTGACACCCAAGAATGTTCAGGCATT 1832
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1773 TGAAGTACAGGTTGATCAGAAAGATGTCATTGTCCTGACACCCAAGAATGTTCAGGCATT 1832
Query 1833 GAGAACACTCTTCAACATCGCTCACAGGTTGCATAACGTGTTGGGCCCATCATGGGTGTT 1892
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1833 GAGAACACTCTTCAACATCGCTCACAGGTTGCATAACGTGTTGGGCCCATCATGGGTGTT 1892
Query 1893 GGTTCTTGAAACTCTGGCAGCCCTAGATCGAGCTATTCATTCTCCTCATGCAACTACCCA 1952
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1893 GGTTCTTGAAACTCTGGCAGCCCTAGATCGAGCTATTCATTCTCCTCATGCAACCACCCA 1952
Query 1953 GGAGGTTGCAACTGCAGTCCCAAAGCTTACCAGAGAGCCTTCTAGGCAGTACGCTGATTT 2012
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1953 GGAGGTTGCAACTGCAGTCCCAAAGCTTACCAGAGAGCCTTCTAGGCAGTACGCTGATTT 2012
Query 2013 TAGCATTCTATCCTCCTTAAATTCTCAGCTGTTTGAGAGCTCAGCGCTGATGCAAGTGTC 2072
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2013 TAGCATTCTATCTTCCTTAAATTCTCAGCTGTTTGAGAGCTCGGCGCTGATGCAAGTGTC 2072
Query 2073 TTCTGTTAAATCACTTCTTTCTGCACTCCATATGTTGTCCCATCAATCCATGACAGAAAC 2132
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2073 TTCTGTTAAATCACTTCTTTCTGCACTCCATATGTTGTCCCATCAATCTATGACAGAAAC 2132
Query 2133 TTCAGGCAGTGTTTCATCAGCTTCAAG 2159
||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2133 TTCGGGCAGTGTTTCATCAGCTTCAAG 2159
Score = 734 bits (397), Expect = 0.0
Identities = 423/436 (97%), Gaps = 0/436 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 292 CATTCAGAAATGGCAGAAGAAAATATTCAACTAAAGACTCTACAAACTATTCTAATAATA 351
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 328 CATTCAGAAATGGCAGAAGAAAATATTCAACTAAAGACTCTACAAACTATTCTAATAATA 387
Query 352 TTTCAGTCTCGACTACATCCAGAAACAGAGGATAATATGGTCCTAGGACTAAGCATCTGT 411
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 388 TTTCAGTCTCGACTACATCCAGAAACAGAGGATAATATGGTCCTAGGACTAAGTATCTGT 447
Query 412 CTCACGCTTCTTGATAATAACCGTCCTCCTAGTGTTTACAATACTGCTGCAGCTACCTTC 471
|| | |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 448 CTGAGGCTTCTTGATAACAACCGACCTCCTAGTGTTTACAATACTGCTGCAGCTACCTTC 507
Query 472 AGGCAAGCAGTTGCATTGATTTTTGATCAAGTGGTTTCGGCTGAGTCCCTTCCTATGCCT 531
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 508 AGGCAAGCAGTTGCATTGATTTTTGATCAAGTGGTTTCGGCTGAGTCCCTTCCTATGCCT 567
Query 532 AAATTTGGTTCGAGCAGTCAAACAGCAAGGACTGGATCAGTTACTGGAGATTTGAGTCAG 591
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 568 AAATTTGGTTCTAGCAGTCAAACAGCAAGGACTGGGTCAGTAACTGGAGATTTGAGTCAA 627
Query 592 AATATCAATAATTCAGGGCCCTTGGAGAAGGATGTTATCGGTGGTCGATTGACAATAAGA 651
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 628 AATATCAATAATTCAGAGCCCTTGGAGAAGGATGTTATCGGTGGTCAATTGACAATGAGA 687
Query 652 GACACCCTGAGTGAAACCGGTAAACTTGGTCTGCGGTTGCTTGAGGACCTGACAGCCTCA 711
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 688 GAAACCCTGAGTGAAACCGGTAAACTTGGTCTGCGGTTGCTTGAGGACCTGACAGCCTCA 747
Query 712 GCTGCAGGTGGATCTG 727
||||||||||||||||
Sbjct 748 GCTGCAGGTGGATCTG 763
Score = 477 bits (258), Expect = 3e-133
Identities = 280/291 (96%), Gaps = 0/291 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCTTTGGTGGCGGCTTTAGAGGCGGATCTTCGCGCTCTCTCCGCCGAAGCGCGGCGG 60
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCTTTGGTGGCGGCTTTGGAGGCGGATCTTCGCGCCCTCTCCGCCGAAGCGCGGCGG 60
Query 61 AGGTATCCCGCCGTGAAAGACGGAGCCGAGCACGCAATCCTAAAGCTTCGGTCGTCATCG 120
||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 61 AGGTACCCCGCCGTGAAAGATGGAGCCGAGCACGCTATCCTTAAGCTTCGGTCGTCATCG 120
Query 121 AGTGCCAGTGATCTTTCAAGCAATGAAGACATTCTTCGGATATTTCTGATGGCGTGTGGA 180
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 121 AGTGCCAGTGATCTTTCAAGTAATGAAGACATTCTTCGGATCTTTCTGATGGCGTGTGGA 180
Query 181 GTCAGGAATACAAAGCTTAGTGTTATAGGACTTTCCTGCTTGCAGAAGCTTATATCTCAT 240
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GTCAGGAATACAAAACTTAGTGTTATAGGACTTTCGTGTTTGCAGAAGCTTATATCTCAT 240
Query 241 GATGCAGTTGAACCATCATCTCTAAAGGAGATACTTTATACATTGAAAGAT 291
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GATGCAGTTGAACCATCATCTCTAAAGGAGATACTTTATACATTGAAAGAT 291
Score = 213 bits (115), Expect = 1e-53
Identities = 121/124 (98%), Gaps = 0/124 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1008 TATGCTCGTGAAAGCTACATTTTTAGATTTGCCATTGTGGCATCGCATTCTTGTTCTTGA 1067
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1056 TATGCTCGTGAAAGCTACATTTTTAGATTTGCCATTGTGGCATCGCATTCTTGTTCTGGA 1115
Query 1068 GATTTTGCGGGGGTTCTGTGTTGAGGCAAGAACATTACGGATTCTTTTCCAGAACTTTGA 1127
||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1116 GATTTTGAGGGGGTTCTGTGTTGAGGCAAGAACATTGCGGATTCTTTTCCAGAACTTTGA 1175
Query 1128 TATG 1131
||||
Sbjct 1176 TATG 1179
Score = 211 bits (114), Expect = 4e-53
Identities = 158/176 (90%), Gaps = 15/176 (9%)
Strand=Plus/Plus
Query 838 GTTTTGCGTCACCAAATCTGTTCCCTTCTGATGACATCGCTTCGGACCAGTTC------- 890
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 763 GTTTTGCGTCACCAAATCTGTTCCCTTCTGATGACATCGCTTCGGACCAGTTCAGAGTTT 822
Query 891 ---A--G---AGCTCGAGGGAGAAATGGTTGAACCTTATTTTCGCCGGTTAGTGCTGCGG 942
| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 823 GTTACTGCTCAGCTCGAGGGAGAAATGGTTGAACCTTATTTTCGCCGGTTGGTGCTGCGG 882
Query 943 TCGGTTGCGCATATTATAAGACTGTATAGTTCGTCTCTCATCACAGAATGCGAGGT 998
|| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 883 TCAGTTGCGCATATTATACGACTGTATAGTTCGTCTCTCATCACAGAATGCGAGGT 938
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 190249807427
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5