BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G28350.1
Length=3711
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg486626 jgi|Araly1|486626|fgenesh2_kg.5__2618__AT5G28350.1 5840 0.0
> Ahg486626 jgi|Araly1|486626|fgenesh2_kg.5__2618__AT5G28350.1
Length=3572
Score = 5840 bits (3162), Expect = 0.0
Identities = 3438/3571 (96%), Gaps = 19/3571 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 154 TAGCCAAAGATGTATATGGCTTACGGGTGGCCGCAGGTGATCCCGCTTCTACCTGGATCG 213
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 7 TAGCCAAAGATGTATATGGCTTACGGATGGCCGCAGGTGATCCCGCTTCTAGAAGGATCG 66
Query 214 TGTCCGTCTTCGCAGCGAGTCGTGTACCTTAAGCTCGCCGGCCGGCTATTGCTGGTAGTT 273
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 67 TGTCCGTCTTCTCAGCGAGTCGTGTACCTTAAGCTCGCCGGCCGGCTATTGCTGGTTGTT 126
Query 274 TCTCCGTCTCACCTGGAGCTTTGGGGTTCTTCTCAGCAACGAGTGAGGTTGGGAAAGTAT 333
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 127 TCTCCGTCTCACTTGGAGCTTTGGGGTTCTTCTCAGCAACGAGTGAGGTTGGGAAAGTAT 186
Query 334 ATGAGAGATGACAAGTCTGTGCGAGAAGAAGGAGAGAATTTGCAAGCTGTGTGGAGTCCA 393
||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 187 ATGAGAGATGACAGGTCGGTGCGAGAAGAAGGAGAGAATTTGCAAGCTGTGTGGAGTCCA 246
Query 394 GACGCCAAATTGATTGCTGTTCTTACATCATCGTTCTTTCTTCATATATATAAAATTAAG 453
||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 247 GACTCCAAATTGATTGCTCTTCTTACATCATCATTCTTCCTTCATATATATAAAATTAAG 306
Query 454 TTTACCGATAAAAGAGTAAAACCCGGAGAGAGACAACCCTCGGAGTTGTGTTTTGCAACC 513
||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 307 TTTACTGATAAACGAGTAAAACCCGGAGAGAGACAACCCTCGGAGTTGTCTTTTGCGACC 366
Query 514 ATATCTCTTTTGCTAAGTGAGCAGGTCCCTTTTGCTGGCAAGGACTTGTCTGTGAGCAAT 573
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 367 ATATCTCTTTTGCTAAGTGAGCAGGTCCCTTTTGCTGGGAAGGACTTGTCTGTGAGCAAT 426
Query 574 TTTGTGAGGGACAGCAAAACTATGCTTTTGGGACTCTCCGATGGATCTTTATATAGTATT 633
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||
Sbjct 427 TTTGTGAGGGACAGCAAAACTATGCTTTTGGGACTTTCTGATGGATGTTTATATAGTATT 486
Query 634 TCCTGGAAAGGAGAGTTTGGTGGAGCTTTCAGTATTGGCTCCCACCCTTCTGATAGCAAC 693
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 487 TCCTGGAAAGGAGAGTTTGGTGGAGCTTTCAGTATTGGCTCCCACCCTTCTGATAGCAAC 546
Query 694 GATGATAGACTCTTGTCCTACACTCTCGGTAATGGGCTAGTCTCTGGAGTAGCTTCACCA 753
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||
Sbjct 547 GATGATAGACTCTTGTCCTACACTCTTGGTAATGGGCTAGTCTCTGGAGTTGCTTCAGCA 606
Query 754 ACACTTGCATCTGATGATAAATTCTCTAC-AAATCCGGCTATTGTTCAGCTGGAACTTTG 812
||||||||||||||||| ||||||| || |||| |||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 607 GCACTTGCATCTGATGATGAATTCTCAACAAAAT-CGGCTATTGTTCAGCTGGAACTCTG 665
Query 813 CACTCGTTCCAAGTTATTGTTTGTGTTAAATTCGGATGGGCAGCTAGTAGTATGCTCTGT 872
|||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 666 CACTCGCTCGAAGTTATTGTTTGTGTTAAATTCTGATGGGCAGCTAGTAGTATGCTCTGT 725
Query 873 GAATAAGAAAGGTTTAAAGTACACGGAGAGTATTAGAGCTGAGAAGAAGGTT-GGTGGTG 931
|||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 726 GAATAAGAAAGGTTTAAAGTACACTGAGAGCATTAAAGCTGAGAAGAA-GTTGGGTGGTG 784
Query 932 ATGCTGTTTGTGCATCAGTGGCTTCAGAGCAACAAATTCTTGCTGTGGGTACAAGAAAAG 991
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 785 ATGCTGTTTGTGCATCAGTGGCTTCAGAGCAACAAATTCTTGCTGTGGGTACAAGAAAAG 844
Query 992 GGATGGTGGAATTATATGATCTATCACACTCGATCTCTCTCTTGCGAACAGTTTCTTTGC 1051
|||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 845 GGATGGTGGAATTATATGATCTGTCACAATCGATCTCTCTCTTACGAACGGTTTCTTTGC 904
Query 1052 ATGATTGGGGTTATTCAGCGGATTACACTGGGCCTGTAAATAACATTGCATGGACGCCTG 1111
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 905 ATGACTGGGGTTATTCAGCGGATTACACTGGGCCTGTCAATAACATTGCATGGACGCCTG 964
Query 1112 ATAATTCTGCTTTTGCAGTTGGGTGGAAGTCGAGAGGACTTGCAGTTTGGTCTGTTTCTG 1171
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 965 ATAATTCTGCTTTTGCAGTTGGGTGGAAGTCGAGAGGACTTGCAGTTTGGTCTGTTTCTG 1024
Query 1172 GATGTAGATTAATGTCAACTGTCCGCCAAATTGGACTGACTTCTACATCTTCCCCTAAAA 1231
||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1025 GATGTCGATTGATGTCAACTGTCCGCCAAATTGGATTGAGTTCTACATCTTCCCCTAAAA 1084
Query 1232 TTAATCCAAAACAAGACTGTAAATACGAACCACTGATGAGTGGTACTTCAGCCATCCAGT 1291
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1085 TTAATCCAAAACAAGACAGTAAATACGAACCACTGATGAATGGTACTTCAGCCATCCAGT 1144
Query 1292 GGGATGAATATGGATATAGACTATTTGCTACAGAGGAGGCATCATA-TGATAGAATTCTT 1350
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 1145 GGGATGAATATGGATATAGACTATTTGCTACAGAGGAGGCATCA-AGTGATAGAATTCTT 1203
Query 1351 GCATTTTCTTTTGGGAAATGTTGCTTAAATAGAGGAGTTTCAGGAAAAACTTATGTTCGT 1410
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1204 GCATTTTCTTTTGGGAAATGTTGCTTAAATAGAGGAGTTTCAGGAAAAACTTATGTTCGT 1263
Query 1411 CAGGTAATGTATGGTGATGATAGACTACTCATGGTTCAGGCGGAGGACACTGACGAGCTT 1470
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1264 CAGGTAATGTATGGTGATGATAGACTACTGATGGTTCAGGCGGAGGACACTGACGAGCTT 1323
Query 1471 AAGCTTTTACATCTAAAACTTCCAGTTTCTTATATTAGCCAAAATTGGCCTGTTCAACAC 1530
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1324 AAGCTTTTACATCTAAAACTTCCAGTTTCTTATATTACCCAAAATTGGCCTGTTCAACAT 1383
Query 1531 GTGGCAGCTAGCGAGGATGGGAAATACTTGGCGTTTGCTGGTTTACATGGCCTGATTTTG 1590
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1384 GTGGCAGCTAGCGAGGATGGGAAATACTTGGCGGTTGCTGGTTTACATGGCCTGATTTTG 1443
Query 1591 TATGACATTAGGTTTAAGAAGTGGAGGGTATTTGGAGATGTCAGTCAAGAACAACAGATT 1650
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1444 TATGACGTTAGGTTTAAGAAGTGGAGGGTATTTGGAGATGTCAGTCAAGAACAACAGATT 1503
Query 1651 CATTGCAAGGGTTTGTTATGGTTGGGGAAGATTGTCGTAATCTGTAACTACATTGAAGCT 1710
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1504 CATTGCAAGGGTTTGTTATGGTTGGGGAAGATAGTCGTAATCTGTAACTACATCGAAGCT 1563
Query 1711 TCTGAGACATATGAGCTGCTTTTCTATCCAAGATATCACCTTGATCAGAGCTCTTTACTT 1770
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1564 TCTGAGACATATGAACTGCTTTTCTATCCAAGATATCACCTTGATCAGAGCTCTTTACTT 1623
Query 1771 TGTCGTAAAGTGCTGCTTGGCAAACCAATGGTGATGGATGTTTACCAGGATTATATACTT 1830
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1624 TGTCGTAAAGTGCTGCTTGGCAAACCAATGGTGATGGATGTGTACCAGGATTATATACTT 1683
Query 1831 GTATCTTATCTTCCGTTTTTCATCCACGTCTACCATGTGAAGATATATGGTGAATTGACA 1890
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1684 GTATCTTATCTTCCGTTTGTCATCCACGTCTACCATGTGAAGATATATGGCGAATTGACA 1743
Query 1891 CCTTCAAGCAAAGCAGATCTGCAGCTTTCCACAGTAAGAGAGTTGTCCATCATGACTGCA 1950
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1744 CCTTCAAGCAAAGCAGATCTACAGCTTTCCACAGTAAGAGAGTTGTCCATCATGACTGCA 1803
Query 1951 AAGAGCCATCCAGCAGCAATGGGATTTGTTCCTGATCAGCACCTGAGAGAAGGCGAATTG 2010
||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||
Sbjct 1804 AAGAGCCATCCAGCAGCAATGCGATTTGTTCCTGACCAGCACCCGAGAGAAGGCGAGTTG 1863
Query 2011 GATAATGATAATTTGTCTTCTGATTTGTCGGACAGGGAACCCTCAAGATGTCTTATACTG 2070
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1864 GATAATGATAATTTGTCTTCTGATTTGTCAGACAGGGAACCCTCAAGATGTCTTATACTG 1923
Query 2071 AGAGGAAATGGGGAGCTTTCACTTCTTGATTTGGTTGATGGACGAGAGAGGGAACTTACA 2130
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1924 AGGGGAAACGGGGAGCTTTCACTTCTTGATTTGGTTGATGGACGAGAGAGGGAACTTACA 1983
Query 2131 GACTCAGTTGAACTATTTTGGGTGACATGTGGTCAATCGGAGGAGAAGACAAATCTTGTC 2190
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1984 GACTCAGTTGAACTATTTTGGGTGACATGTGGTCAATCGGAGGAGAAGACAAATCTTGTC 2043
Query 2191 GAGGAAGTTTCTTGGCTAGATTATGGACACCGAGGAATGCAGGTTTGGTATCCTTCTCTA 2250
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2044 GAGGAAGTATCTTGGCTAGATTATGGACACCGAGGAATGCAGGTTTGGTATCCTTCTCTA 2103
Query 2251 GGGGATGATCCTTTTATGCAAGAGGATTTCCTGCAGCTGGATCCAGAGTTGGAATTTGAT 2310
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2104 GGGGATGATCCTTTTATGCAAGAGGATTTCCTGCAGTTGGATCCAGAGTTGGAATTTGAT 2163
Query 2311 CGCGAGGTGTATCCCTTGGGACTTTTACCAAACGTGGGCGTCGTTGTCGGAGTTTCTCAG 2370
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2164 CGTGAGGTGTATCCCTTGGGACTTTTACCAAACGTGGGTGTCGTTGTCGGAGTTTCTCAA 2223
Query 2371 AGAATGTCATTTTCGGCAAGCGCAGAGTTTGCGTGTTTTGAGCCTACACCCCAGGCTCAG 2430
|||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2224 AGAATGTCATTTTCGGCAAGCGCAGAGTTTCCCTGTTTTGAGCCTACACCCCAGGCTCAG 2283
Query 2431 ACTATACTACATTGCCTGCTCCGTCACCTCCTTCAGAGAGATAAAAATGAAGAGGCGTTA 2490
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2284 ACTATACTACATTGCCTGCTCCGCCACCTCCTTCAGAGAGATAAAAATGAAGAGGCGTTA 2343
Query 2491 CTCTTAGCACAATTATCGGCAGAGAAACCCCACTTCTCCCATTGTCTGGAGTGGCTTCTT 2550
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2344 CTCTTAGCACAATTATCGGCAGAGAAACCTCACTTCTCCCATTGTCTGGAGTGGCTTCTT 2403
Query 2551 TTTACTGTTTTTGATGCAGAGATTTCTAGGCCAAATCCAAATAGGAACCAGATTTCAGGA 2610
|| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2404 TTCACTGTTTTTGATGCAGATATTTCTAGGCCAAATCCAAACAGGAACCAGATTTCAGGA 2463
Query 2611 CCTGGACATCTTAAAAAGTTATCCCTTTTGAGAAAAGCCTGTGATTTAATaaaaaaaTTC 2670
|||||| || |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2464 CCTGGATATATTAAAAAGTTGTCCCTTTTGAAAAAAGCCTGTGATTTAATAAAAAATTTC 2523
Query 2671 CCGGAGTACTATGATGTGGTTGTGAATGTAGCCAGAAAAACCGATGCCCGTCACTGGGCT 2730
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2524 CCTGAGTACTATGATGTGGTTGTGAATGTAGCCAGAAAAACCGATGCCCGTCACTGGGCT 2583
Query 2731 GATTTATTTTCTGCTGCTGGGATATCAACAACGTTATTTGAGGACTGCTTCCAGCGAAGA 2790
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2584 GATTTATTTTCTGCTGCTGGGATATCAACAACGTTGTTTGAGGACTGCTTCCAGCGAAGA 2643
Query 2791 TGGTATCGAACTGCAGCTTGCTATATCCTTGTGATTGCCAAACTAGAAGGTGTTGCTGTC 2850
||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2644 TGGTATCGAACCGCAGCTTGCTATATACTTGTGATTGCCAAACTAGAAGGTGTTGCTGTC 2703
Query 2851 AGTCAGTACTGTGCATTACGGCTATTGCAGGCGACACTTGATGAGTCCCTCTATGATCTT 2910
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2704 AGTCAGTACTGTGCATTACGGCTATTGCAGGCGACACTTGATGAGTCCCTCTATGATCTT 2763
Query 2911 GCTGGAGAGCTAGTGAGGTTCTTACTAAGATCTGGAAGAGACATTGAGCAGGCGCCAACA 2970
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2764 GCTGGAGAACTAGTGAGGTTCTTACTAAGATCTGGAAGAGACATCGAGCAGGCGCCAACA 2823
Query 2971 GAATCAGATTCATTATCGCCTAAGCTTCTCGG-TTTCCTTATTTTTGGCTCCAGCCACAA 3029
|||||||||||||| || |||||||||||||| |||| ||||||| || |||||||| ||
Sbjct 2824 GAATCAGATTCATTGTCACCTAAGCTTCTCGGGTTTC-TTATTTTCGGTTCCAGCCATAA 2882
Query 3030 GAAATCATCACTCGATAAGAGCTCCTCGTTCAAAGAGCAAAGTCCTCATGTTGCTTCTGT 3089
|||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2883 GAAATCATCACTTGATAAGAGCTCCTCATTCAAAGAGCAAAGTCCTCATGTTGCTTCTGT 2942
Query 3090 AAAGAGCATACTTGAAAGTCATGCCAGTTACTTGATGTCTGGTAAAGAACTTTCAAAGCT 3149
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2943 AAAGAGCATACTTGAAAGTCATGCCAGTTACTTGATGTCTGGTAAAGAAATTTCAAAGCT 3002
Query 3150 TGTTGCATTCGTCAAAGGCACCCAGTTTGATATTGTGGATTTTCTTCAACGAGAAAGATA 3209
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3003 TGTTGCATTCGTCAAAGGCACCCAGTTTGATATCGTGGATTTTCTTCAACGAGAAAGATA 3062
Query 3210 TGGTTGTGCGCAGCTGCAGAATTTTGCTGCAGGACTTGAACTGATTGGGCAAAAGCTGCA 3269
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3063 TGGTTGTGCGCAGCTGCAGAATTTCGCTGCAGGACTTGAACTGATTGGGCAAAAGCTGCA 3122
Query 3270 AATGAGTGAGCTACAGAACCGGTTAGATGCAGAGTTTCTATTGGCTCAAATGTGCTCTGT 3329
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 3123 AATGAGTGAGCTACAGAACAGGTTAGATGCAGAGTTTCTATTGGCTCAGATGTGTTCTGT 3182
Query 3330 CAAATTCAAAGAATGGATAGTTGTTCTTGCCACTCTTTTACAACGGTCTGAGGTTCTTTA 3389
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3183 CAAATTCAAAGAATGGATAGTTGTTCTTGCCACTCTTTTACAACGGTCCGAGGTTCTTTA 3242
Query 3390 TGATATTTTCCGGTATGATCTACGGTTGTGGAAAGCATATAGCGTGACATTAGAGTCTCA 3449
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3243 TGATATTTTCCGGTATGATCTACGGTTGTGGAAAGCATATAGCATGACATTAGAGTCTCA 3302
Query 3450 CTTGGCTTTCGCTCATTACCATGACTTACTTCAGATTTTAGAGGCAAAACTCTCAGCGAC 3509
||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3303 CTTGGCTTTCGCTCAGTACCATGACTTGCTTCAGATTTTAGAGGAAAAACTCTCAGCGAC 3362
Query 3510 CTCACGAGAAGAAAGCAATAGAGGTTCCATCTCTTGATAAATCATTTTATTTTTGAAGCT 3569
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 3363 CTCACGAGAAGAAAGCAATAGAGGTTCCATCTCTTGATAAATCACTATATTTTTGAAGCT 3422
Query 3570 TTTTCACATCAAACATTTTCTGCCTGAGTTTTCACGTTCGTGTAGATAAACAT-AATTTG 3628
||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 3423 TTTTCACATTAAACATTTTCTGCCTGAGTTTTCGCATTCGTGTAGATAA-CATTAATTTT 3481
Query 3629 -AGAAGAAATAAGAAATACATCACCTCACATACTTTTACTATTTATTT--T------GGT 3679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 3482 CAGAAGAAATAAGAAATACATCACCTCACATACTTTTACTATTTATTTAGTTATTTTGGT 3541
Query 3680 CACAATAGAAAGGAAAAGAAATGTATAAGTC 3710
| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3542 CTCAATAGAAAGGAAAAGAAATGTAGAAGTC 3572
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 140204098932
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5