BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G28672.1
Length=1442
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg474030 jgi|Araly1|474030|fgenesh2_kg.1__3984__AT5G28667.1 1166 0.0
Ahg949069 jgi|Araly1|949069|scaffold_800956.1 1155 0.0
Ahg497217 jgi|Araly1|497217|fgenesh2_kg.61__1__AT5G28667.1 1110 0.0
Ahg494740 jgi|Araly1|494740|fgenesh2_kg.8__556__AT5G28667.1 1007 0.0
Ahg493747 jgi|Araly1|493747|fgenesh2_kg.7__3180__AT5G28667.1 821 0.0
Ahg942705 jgi|Araly1|942705|scaffold_603249.1 357 1e-97
Ahg323065 jgi|Araly1|323065|fgenesh1_pm.C_scaffold_5000609 259 4e-68
Ahg949467 jgi|Araly1|949467|scaffold_801354.1 93.5 4e-18
> Ahg474030 jgi|Araly1|474030|fgenesh2_kg.1__3984__AT5G28667.1
Length=976
Score = 1166 bits (631), Expect = 0.0
Identities = 760/823 (92%), Gaps = 5/823 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 409 ATTTTTTGAAGTCCTTAGAGCGACATAGATACTTGCTTGTGATTATATCAAAACGCCAAC 468
||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 152 ATTTTTTGAAGTCCTTAGAGCGACAGAGTTACTTGCTTGTGATTATATCAAGACTCCAAC 211
Query 469 AACACAAGAACTACGTCGAATTCCTGAATAACTATAAATGGATC-AACAATATTGGTCAT 527
|| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| || ||||||| |||
Sbjct 212 AAGACAAGAACTACGTCGAATTCCTGAAAAACTACAAATGGATCGAA-GATATTGGCCAT 270
Query 528 ATTTTAGTGGATTTGTTGGAGGTATAAATGGAGTTCATGTATGTGTTAAGGTGAAGCATT 587
|||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |
Sbjct 271 ATTTCAGTGGATTTGTTGGAGCTATAGATGGAGTTCATGTATGTATTAAGGTGAAGCCTG 330
Query 588 AACTACAAGGAATGTATTGGAATCGACACGATAGAACATCGTTTAATATCAAGGCCATAT 647
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 331 AACTACAAGGAATGTATTGGAATCGACACGATAGAACATCGTTTAATATCATGGCAATAT 390
Query 648 GTGATATAAATATGTTGTTTACATATGTTTGGAATGGAGCACTTGGATCGTGCCACGATA 707
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||
Sbjct 391 GCGATATAAATATGTTGTTTACATATGTTTGGAATGGAGCACCTGGATCGTGTCACGATA 450
Query 708 CAGTAGTTCTAACGATGGCACAAGATAATGATTCTGAATTTCCTTTGCCTCCTAGAGATA 767
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 451 CAGCAGTTCTAACGATGGCACAAGATAATGATTCTGAATTTCCTTTGCCTCCAAGAGACA 510
Query 768 AGTATTATGTAGTTGATTCTGGGTATCCAAATAAACAAGGCTTTTTGGCATCTTATCGAT 827
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |
Sbjct 511 AGTATTATGTAGTTGATTCTGGGTATCCAAATAAACAAGGCTTTTTGGCACCTTATAGGT 570
Query 828 CTTCGCGGAACAGAGTT-TTCGGTATCACATGTCACAGCTCTACAATGGTCCTCCTCTTA 886
||||||||||| ||||| || |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 571 CTTCGCGGAACGGAGTTGTTAGGTATCACATATCACAATTCTACAATGGTCCTCCTCCTA 630
Query 887 GAAATAAACATGAGTTGTTTAATCGATGTCATGCATCTTTACGTTCTGTTATTGAAAGGA 946
| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
Sbjct 631 GGAATAAACAGGAGTTGTTTAATCGATGTCATGCATCTCTACGTTCTGTTATTGAGAGGA 690
Query 947 AAATTGGAGTTTGGAAGAAAAAATGGAGGATTCTTTATGAATTTTCTAGATATGATATTG 1006
| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||
Sbjct 691 CATTTGGAGTTTGGAAGAAAAAATGGAGGATTCTTTGTGAATTTCCCAGATATGATATTG 750
Query 1007 ATGTCCAAAAAACAGTGGTAACGACTACAATGTGACTACATAACTTTATCAGAATGTCGA 1066
|||| ||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 751 ATGTTCAAAAAAGAGTGGTAACGGCTACAATGGGACTACATAATTTTATCAGAATTTCGA 810
Query 1067 ATTATTTTGACGAGAATTTTGTTGAAGTAATAGGAGATACAAATATCAACAACATAAATT 1126
|||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 811 ATTATTTTGATGAGGATTTTGTTGAAGTAATGGGAGATACAAATATCAACAACATAAATT 870
Query 1127 CTGAGAATGATCTAGATGACC-GAAGAGAAGTGGTATACCTGATGGAAATCATATGGCAA 1185
||||||||||||| |||||| | ||||| || ||| |||||| |||||| |||||||||
Sbjct 871 CTGAGAATGATCTTGATGACATGGAGAGAGGTAGTAAACCTGACGGAAATTATATGGCAA 930
Query 1186 AATATAAGAGAAAATATTGCTGATATGTTATGGGCAAATCAaa 1228
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 931 A-TATAAGAGAAAATATTGCTGATATGTTATGGGCAAATCAAA 972
Score = 248 bits (134), Expect = 8e-65
Identities = 149/156 (96%), Gaps = 2/156 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 225 GAATGTCTCTGGATTGTTTTAGATCATTATGTGACATAATGGAAACAAGTTATGGATTA- 283
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1 GAATGTCTCTTGATTGTTTTAGATCATTATGTGACATAATGGAAACACGTTATGGATTAC 60
Query 284 ATTCCTACAATGAATGTTAGTATTGAAGAGAGTGTTGCCATGTTTTTACGGATATGTGGA 343
| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 A-ACCTACATTGAATGTTAGCATTGAAGAGAGTGTTGCCATGTTTTTACGGATATGTGGA 119
Query 344 CACAATGAAGTTCAAAGAGATGTTGGGTTACGATTT 379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 CACAATGAAGTTCAAAGAGATGTTGGGTTACGATTT 155
> Ahg949069 jgi|Araly1|949069|scaffold_800956.1
Length=1823
Score = 1155 bits (625), Expect = 0.0
Identities = 768/834 (92%), Gaps = 21/834 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCCAATTGCGATCACAAGGTGTACATAATCTAAATTATGAAGAGAGAATTGAATTATG 60
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 804 ATGCCAATTGCGATCACAAGGTGTACACAATCTAAATTATGAAGAGAGAATTGAATTATG 863
Query 61 AAATTTGGAAAATGAGCAAATTGAACAGTTAATAATTCAACCGTCATTGAGTTGCTACAA 120
|||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 864 GAATTTGGAAAATGAGCAATTTGAAGAGTTAATAATTCAACCGTCATTGAGTTACTACAA 923
Query 121 TCGAACTTTTGAAAGAGGACCAATTCAAACAGATGGCGGGATGGGATGGAAAAATACTTG 180
||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||
Sbjct 924 TCGAAATTTTGAAAGAGGGCCAATTCAAACAGATGGCGGGTTGGGATGGAGAAATATTTG 983
Query 181 GCGTCGAATACAAGAAGATAAG-GCTGCTTATCTTCAATTACTACGAATGTCTCTGGATT 239
||||||||||||||||||| || ||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 984 GCGTCGAATACAAGAAGAT-AGTGCTGCTTGTCTTCAGTTACTACGAATGTCTCTTGATT 1042
Query 240 GTTTTAGATCATTATGTGACATAATGGAAACAAGTTATGGATTA-ATTCCTACAATGAAT 298
|||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||| | |||||| |||||
Sbjct 1043 GTTTTAGATCATTATGTGACGTAATGGAAATACGTTATGGATTACA-ACCTACATTGAAT 1101
Query 299 GTTAGTATTGAAGAGAGTGTTGCCATGTTTTTACGGATATGTGGACACAATGAAGTTCAA 358
||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1102 GTTAGCATTGAAAAGAGTGTTGCCATGTTTTTACGGATATGTGGACACAATGAAGTTCAA 1161
Query 359 AGAGATGTTGGGTTACGATTTGGACGAACGCAAGAAACAGTGAATCAGAAATTTTTTGAA 418
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1162 AGAGATGTTGGGTTACGATTTGGACGAACGCAAGAAACAGTGAATCGGAAATTTTTTGAA 1221
Query 419 GTCCTTAGAGCGACATAGATACTTGCTTGTGATTATATCAAAACGCCAACAACACAAGAA 478
||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||
Sbjct 1222 GTCCTTAGAGCGACAGAGTTACTTGCTTGTGATTATATCAAGACTCCAACAAGACAAGAA 1281
Query 479 CTACGTCGAATTCCTGAATAACTATAAATGGATC-AACAATATTGGTCATATTTTAGTGG 537
||||||||||||||| || ||||| ||| ||||| || | |||||| ||||||| |||||
Sbjct 1282 CTACGTCGAATTCCTAAAAAACTACAAAGGGATCGAAGA-TATTGGCCATATTTCAGTGG 1340
Query 538 ATTTGTTGGAGGTATAAATGGAGTTCATGTATGTGTTAAGGTGAAGCATTAACTACAAGG 597
||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 1341 ATTTGTTGGAGCTATAGATGGAGTTCATGTATGTGTTAAGGTGAAGCCTGAACTACAAGG 1400
Query 598 AATGTATTGGAATCGACACGATAGAACATCGTTTAATATCAAGGCCATATGTGATATAAA 657
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 1401 AATGTATTGGAATCGACACGATAGAACATCGTTTAATATCATGGCAATATGTGATATAAA 1460
Query 658 TATGTTGTTTACATATGTTTGGAATGGAGCACTTGGATCGTGCCACGATACAGTAGTTCT 717
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||
Sbjct 1461 TATGTTGTTTACATATGTTTGGAATGGAGCACCTGGATCGTGTCACGATACAGCAGTTCT 1520
Query 718 AACGATGGCACAAGATAATGATTCTGAATTTCCTTTGCCTCCTAGAGATAAGTATTATGT 777
|||||||||||||||| || ||| |||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1521 AACGATGGCACAAGAT-------CT---TTT-----GCCTCCAAGAGATAAGTATTATGT 1565
Query 778 AGTTGATTCTGGGTATCCAAATAAACAAGGCTTTTTGGCATCTTATCGATCTTC 831
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 1566 AGTTGATTCTGGGTATCCAAATAAACAAGGCTTTTTGGCACCTTATAGATCTTC 1619
Score = 243 bits (131), Expect = 4e-63
Identities = 158/171 (92%), Gaps = 2/171 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1059 AATGTCGAATTATTTTGACGAGAATTTTGTTGAAGTAATAGGAGATACAAATATCAACAA 1118
||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 AATTTCGAATTATTTTGATGAGGATTTTGTTGAAGTAATGGGAGATACAAATATCAACAA 1679
Query 1119 CATAAATTCTGAGAATGATCTAGATGAC-CGAAGAGAAGTGGTATACCTGATGGAAATCA 1177
| ||||||||||||||||||| |||||| | ||||| || |||||||||| ||||||||
Sbjct 1680 CGTAAATTCTGAGAATGATCTTGATGACATGGAGAGAGGTAGTATACCTGACGGAAATCA 1739
Query 1178 TATGGCAAAATATAAGAGAAAATATTGCTGATATGTTATGGGCAAATCAaa 1228
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 TATGGC-AAATATAAGAGAAAATATTGCTGATATGTTATGGGCAAATCAAA 1789
> Ahg497217 jgi|Araly1|497217|fgenesh2_kg.61__1__AT5G28667.1
Length=976
Score = 1110 bits (601), Expect = 0.0
Identities = 756/829 (91%), Gaps = 17/829 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 409 ATTTTTTGAAGTCCTTAGAGCGACATAGATACTTGCTTGTGATTATATCAAAACGCCAAC 468
||||||||||||||||||||| ||| || ||||| |||||||||||||||| || |||||
Sbjct 152 ATTTTTTGAAGTCCTTAGAGCAACAAAGTTACTTACTTGTGATTATATCAAGACTCCAAC 211
Query 469 AACACAAGAACTACGTCGAATTCCTGAATAACTATAAATGGATC-AACAATATTGGTCAT 527
|| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| || ||||||| |||
Sbjct 212 AAGACAAGAACTACGTCGAATTCCTGAAAAACTGCAAATGGATCGAA-GATATTGGCCAT 270
Query 528 ATTTTAGTGGATTTGTTGGAGGTATAAATGGAGTTCATGTATGTGTTAAGGTGAAGCATT 587
||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 271 ATTTTAGTGGATTTGTTGGAGCTATAGATGGAGTTCATGTATGTGTTAAGGTGAAGCCTG 330
Query 588 AACTACAAGGAATGTATTGGAATCGACACGATAGAACATCGTTTAATATCAAGGCCATAT 647
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 331 AACTACAAGGAATGTATTGGAATCGACACGATAGAACATCGTTTAATATCATGGCAATAT 390
Query 648 GTGATATAAATATGTTGTTTACATATGTTTGGAATGGAGCACTTGGATCGTGCCACGATA 707
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| || |||||||
Sbjct 391 GTGATATAAATATGTTGTTTACATATGTTTGGAACGGAGCACCTGGATCATGTCACGATA 450
Query 708 CAGTAGTTCTAACGATGGCACAAGATAATGATTCTGAATTTCCTTTGCCTCCT-AGAGAT 766
||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||
Sbjct 451 CAGCAGTTCTAACGATGGCACAAGATAATGATTATGAATTTCCTTTGCCT-CTGAGAGAC 509
Query 767 AAGTATTATGTAGTTGATTCTGGGTATCCAAATAAACAAGGCTTTTTGGCATCTTATCGA 826
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||
Sbjct 510 AAGTATTATGTAGTTGATTCTGGGTATCCAAATAAACAAAGCTTTTTGGCACCTTATAGA 569
Query 827 TCTTCGCGGAACAGAGTT-TTCGGTATCACATGTCACAGCTCTACAATGGTCCTCCTCTT 885
|||||||||||| | ||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 570 TCTTCGCGGAACGGGGTTGTTATGTATCACATGTCACAGTTCTACAATGGTCCTCCTCCA 629
Query 886 AGAAATAAACATGAGTTGTTTAATCGATGTCATGCATCTTTACGTTCTGTTATTGAAAGG 945
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 630 AGAAATAAACAAGAGTTGTTTAATCGATGCCATGCATCTCTACGTTCTGTTATTGAAAG- 688
Query 946 AAAATT-GGAGTTTGGAAGAAAAAATGGAGGATTCTTTA-TGAATTTTCT-AGATATGAT 1002
|| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||| |||||||||
Sbjct 689 AACATTTGGAGTTTGGAAGAAAAAATGGAGGATTCTA-AGTGA-TTTTCCCAGATATGAT 746
Query 1003 ATTGATGTCCAAAAAACAGTGGTAACGACTACAATGTGACTACATAACTTTATCAGAATG 1062
|||||||| |||||| |||||||| | |||||||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 747 ATTGATGTTAAAAAAAGAGTGGTAATGGCTACAATGGGACTACATAATTTTATCAGAATT 806
Query 1063 TCGAATTATTTTGACGA-GAATTTTGTTGAAGTAATAGGAGATACAAATATCAACAACAT 1121
||||||||||||||||| || |||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 807 TCGAATTATTTTGACGAAGA-TTTTGTTGAAGTGATGGGAGATACAAATATCAACAACGT 865
Query 1122 AAATTCTGAGAATGATCTAGATGACC-GAAGAGA-AGTGGTATACCTGATGGAAATCATA 1179
||||||||||||||||||||||||| | |||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 866 AAATTCTGAGAATGATCTAGATGACATGGAGAGTGA-TGGTATACCTGATGGAAATCATA 924
Query 1180 TGGCAAAATATAAGAGAAAATATTGCTGATATGTTATGGGCAAATCAaa 1228
||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 925 TGGCAAA-TATAAGAGAAAATATTGCAGATATGTTATGGGCAAATCAAA 972
Score = 237 bits (128), Expect = 2e-61
Identities = 147/156 (94%), Gaps = 2/156 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 225 GAATGTCTCTGGATTGTTTTAGATCATTATGTGACATAATGGAAACAAGTTATGGATTA- 283
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GAATGTCTCTTGATTGTTTTAGATCATTATGTGACAAAATGGAAACAAGTTATGGATTAC 60
Query 284 ATTCCTACAATGAATGTTAGTATTGAAGAGAGTGTTGCCATGTTTTTACGGATATGTGGA 343
| |||||| ||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 A-ACCTACATTGATTGTTAGCATTGAAGAGAGTGTCGCCATGTTTTTACGGATATGTGGA 119
Query 344 CACAATGAAGTTCAAAGAGATGTTGGGTTACGATTT 379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 CACAATGAAGTTCAAAGAGATGTTGGGTTACGATTT 155
> Ahg494740 jgi|Araly1|494740|fgenesh2_kg.8__556__AT5G28667.1
Length=954
Score = 1007 bits (545), Expect = 0.0
Identities = 739/827 (89%), Gaps = 35/827 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 409 ATTTTTTGAAGTCCTTAGAGCGACATAGATACTTGCTTGTGATTATATCAAAACGCCAAC 468
||||||||||||||||||||| ||| || ||||| |||||||||||||||| || |||||
Sbjct 152 ATTTTTTGAAGTCCTTAGAGCAACAAAGTTACTTACTTGTGATTATATCAAGACTCCAAC 211
Query 469 AACACAAGAACTACGTCGAATTCCTGAATAACTATAAATGGATC-AACAATATTGGTCAT 527
|| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| || ||||||| |||
Sbjct 212 AAGACAAGAACTACGTCGAATTCCTGAAAAACTGCAAATGGATCGAA-GATATTGGCCAT 270
Query 528 ATTTTAGTGGATTTGTTGGAGGTATAAATGGAGTTCATGTATGTGTTAAGGTGAAGCAT- 586
||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 271 ATTTTAGTGGATTTGTTGGAGCTATAGATGGAGTTCATGTATGTGTTAAGGTGAAGCCTG 330
Query 587 TAACTACAAGGAATGTATTGGAATCGACACGATAGAACATCGTTTAATATCAAGGCCATA 646
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 331 GAACTACAAGGAATGTATTGGAATCGACACGATAGAACATCGTTTAATATCATGGCAATA 390
Query 647 TGTGATATAAATATGTTGTTTACATATGTTTGGAATGGAGCACTTGGATCGTGCCACGAT 706
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| || ||||||
Sbjct 391 TGTGATATAAATATGTTGTTTACATATGTTTGGAACGGAGCACCTGGATCATGTCACGAT 450
Query 707 ACAGTAGTTCTAACGATGGCACAAGATAATGATTCTGAATTTCCTTTGCCTCCTAGAGAT 766
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 451 ACAGCAGTTCTAACGATGGCACAAGATAATGATTCTGAATTTCCTTTGCCTCCGAGAGAC 510
Query 767 AAGTATTATGTAGTTGATTCTGGGTATCCAAATAAACAAGGCTTTTTGGCATCTTATCGA 826
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 511 AAGTATTATGTAGTTGATTCTGGGTATCCAAATAAACAAGGCTTTTTGGCACCTTATAGA 570
Query 827 TCTTCGCGGAACAGAGTT-TTCGGTATCACATGTCACAGCTCTACAATGGTCCTCCTCTT 885
|||||||||||| | ||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 571 TCTTCGCGGAACGGGGTTGTTAGGTATCACATGTCACAGTTCTACAATGGTCCTCCTCCA 630
Query 886 AGAAATAAACATGAGTTGTTTAATCGATGTCATGCATCTTTACGTTCTGTTATTGAAAGG 945
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| || |||
Sbjct 631 AGAAATAAACAAGAGTTGTTTAATCGATGCCATGCAT----AC--------ATT------ 672
Query 946 AAAATTGGAGTTTGGAAGAAAAAATGGAGGATTCTTTA-TGAATTTTCT-AGATATGATA 1003
| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||| ||||||||||
Sbjct 673 ----T-GGAGTTTGGAAGAAAAAATGGAGGATTCTA-AGTGA-TTTTCCCAGATATGATA 725
Query 1004 TTGATGTCCAAAAAACAGTGGTAACGACTACAATGTGACTACATAACTTTATCAGAATGT 1063
||||||| |||||| |||||||| | |||||||| |||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 726 TTGATGTTAAAAAAAAAGTGGTAATGGCTACAATGAGACTACATAATTTTATCAGAATTT 785
Query 1064 CGAATTATTTTGACGA-GAATTTTGTTGAAGTAATAGGAGATACAAATATCAACAACATA 1122
|||||||||||||||| || |||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 786 CGAATTATTTTGACGAAGA-TTTTGTTGAAGTGATGGGAGATACAAATATCAACAACGTA 844
Query 1123 AATTCTGAGAATGATCTAGATGACC-GAAGAGAAGTGGTATACCTGATGGAAATCATATG 1181
|||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 845 AATTCTGAGAATGATCTAGATGACATGGAGAGTGGTGGTATACCTGATGGAAATCATATG 904
Query 1182 GCAAAATATAAGAGAAAATATTGCTGATATGTTATGGGCAAATCAaa 1228
||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 905 GCAAA-TATAAGAGAAAATATTGCAGATATGTTATGGGCAAATCAAA 950
Score = 237 bits (128), Expect = 2e-61
Identities = 147/156 (94%), Gaps = 2/156 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 225 GAATGTCTCTGGATTGTTTTAGATCATTATGTGACATAATGGAAACAAGTTATGGATTA- 283
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GAATGTCTCTTGATTGTTTTAGATCATTATGTGACAAAATGGAAACAAGTTATGGATTAC 60
Query 284 ATTCCTACAATGAATGTTAGTATTGAAGAGAGTGTTGCCATGTTTTTACGGATATGTGGA 343
| |||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 61 A-ACCTACATTGAATGTTAGCATTGAAGAGAGTGTCGCCATGTTTTTACGTATATGTGGA 119
Query 344 CACAATGAAGTTCAAAGAGATGTTGGGTTACGATTT 379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 CACAATGAAGTTCAAAGAGATGTTGGGTTACGATTT 155
> Ahg493747 jgi|Araly1|493747|fgenesh2_kg.7__3180__AT5G28667.1
Length=956
Score = 821 bits (444), Expect = 0.0
Identities = 585/650 (90%), Gaps = 22/650 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 598 AATGTATTGGAATCGACACGATAGAACATCGTTTAATATCAAGGCCATATGTGATATAAA 657
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 306 AATGTATTGGAATCGACACGATAGAACATCGTTTAATATCATGGTAATATGTGATATAAA 365
Query 658 TATGTTGTTTACATATGTTTGGAATGGAGCACTTGGATCGTGCCACGATACAGTAGTTCT 717
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||
Sbjct 366 TATGTTGTTTACATATGTTTGGAATGGAGCACCTGGATCGTGTCACGATACAGCAGTTCT 425
Query 718 AACGATGGCACAAGATAATGATTCTGAATTTCCTTTGCCTCCTAGAG---------ATAA 768
||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||
Sbjct 426 AACTATGGCACAAGATAATGATTCTGAATTTTCTTTGCCTCCAAGAGACAACTATTATAA 485
Query 769 GTATTATGTAGTTGATTCTGGGTATCCAAATAAACAAGGCTTTTTGGCATCTTATCGATC 828
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 486 CTATTATGTAGTTGATTCTGGGTATCCAAATAAACAAGGCTTTTTGGCACCTTATAGATT 545
Query 829 TTCGCGGAACAGAGTT-TTCGGTATCACATGTCACAGCTCTACAATGGTCCTCCTCTTAG 887
|||||||||| ||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||
Sbjct 546 TTCGCGGAACGGAGTTGTTAAGTATCACATGTCACAGTTCTACAATGGTCCTCCTCCTAG 605
Query 888 AAATAAACATGAGTTGTTTAATCGATGTCATGCATCTTTACGTTCTGTTATTGAAAGGAA 947
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
Sbjct 606 GAATAAACAGGAGTTGTTTAATCGATGTCATGCATCTCTACGTTCTGTTATTGAGAGGAC 665
Query 948 AATTGGAGTTTGGAAGAAAAAATGGAGGATTCTTTATGAATTTTCTAGATATGATATTGA 1007
| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| || | ||||||||||||||
Sbjct 666 ATTTGGAGTTTGGAAGAAAAAATGGAGCATTCTTTGTGAA-TTCCCAGATATGATATTGA 724
Query 1008 TGTCCAAAAAACAGTGGTAACGACTACAA-TGTGACTACATAACTTTATCAGAATGTCGA 1066
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Sbjct 725 TGTTCAATAAAGAGTGGTAACGGCTACAATTG-GACTACATAATTTTATCAGAATTTCGA 783
Query 1067 ATTATTTTGACGAGAATTTTGTTGAAGTAATAGGAGATACAAATATCAACAACATAAATT 1126
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Sbjct 784 ATTATTTTGATGAGGATTTTGTTGAAGTAATGGGAGATAAAAATATCAACAACGTAAATT 843
Query 1127 CTGAGAATGATCTAGATGAC--CGA-AGA-G-A--A-GTGGTATACCTGATGGAAATCAT 1178
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Sbjct 844 CTGAGAATGATCTTGATGACATGGAGAGAGGTAGTAGGTAGTATACCTGACGGAAATCAT 903
Query 1179 ATGGCAAAATATAAGAGAAAATATTGCTGATATGTTATGGGCAAATCAaa 1228
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Sbjct 904 ATGGC-AAATATAAGAGAAAATATTGCTGATATGTTATGGGCAAATCAAA 952
Score = 326 bits (176), Expect = 4e-88
Identities = 199/210 (95%), Gaps = 2/210 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 225 GAATGTCTCTGGATTGTTTTAGATCATTATGTGACATAATGGAAACAAGTTATGGATTA- 283
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Sbjct 1 GAATGTCTCTTGATTGTTTTAGATCATTATGTGACATAATGGAAACACGTTATGGATTAC 60
Query 284 ATTCCTACAATGAATGTTAGTATTGAAGAGAGTGTTGCCATGTTTTTACGGATATGTGGA 343
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Sbjct 61 A-ACCTACATTGAATGTTCGCATTGAAGAGAGTGTTGTCATGTTTTTACGGATATGTGGA 119
Query 344 CACAATGAAGTTCAAAGAGATGTTGGGTTACGATTTGGACGAACGCAAGAAACAGTGAAT 403
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Sbjct 120 CACAATGAAGTTCAAAGAGATGTTGGGTTACGATTTGGACGAACGCAAGAAACAGTGAAT 179
Query 404 CAGAAATTTTTTGAAGTCCTTAGAGCGACA 433
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Sbjct 180 CGGAAATTTTTTGAAGTCCTTAGAGCAACA 209
> Ahg942705 jgi|Araly1|942705|scaffold_603249.1
Length=2035
Score = 357 bits (193), Expect = 1e-97
Identities = 462/589 (78%), Gaps = 30/589 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 47 AGAATTGAATTATGAAATTTGGAAAATGAGCAAATTGAACAGTTAATAATTCAACC-GTC 105
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Sbjct 1164 AGAATTGAATTGTGGAATTTAGAAAACGAACAATTTGAAGAGTTAGTAATTCAACCAG-C 1222
Query 106 ATTGAGTTGCTACAATCGA-ACTTTTGAAAGAGGACCAATTCAAACAGATGGCGGGATGG 164
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Sbjct 1223 TTTGACTTATTATGATCGATA-TTTTCAAAGAGCACCGGTCCAAACCGATGGAGGTTTGG 1281
Query 165 GATGGAAAAATACTTGGCGTCGAATACAAGAAGATAAGGCTGCTTATCTTCAATTACTAC 224
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Sbjct 1282 GATGGAGAAATATTTGGCGTCGATTACAACAAGATGATGCTGCCTGTCTTCAGTTATTAC 1341
Query 225 GAATGTCTC-TGGATTGTTTTAGATCATTATGTGACATAATGGAAACAAGTTATGGAT-T 282
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Sbjct 1342 GGATGTCACTTCCA-TGTTTCACAACATTGTGTAATATATTGCAGACAAATTACGG-TCT 1399
Query 283 A-ATTCCTACAATGAATGTTAGTATTGAAGAGAGTGTTGCCATGTTTTTACGGATATGTG 341
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Sbjct 1400 ACA-ACCAACACTAAATATAAGCATTGAAGAAAGTGTGGCTATGTTTCTACGGATATGTG 1458
Query 342 GACACAATGAAGTTCAAAGAGATGTTGGGTTACGATTTGG-ACGAACGCAAGAAACAGTG 400
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Sbjct 1459 GACACAATGAAGTTCAAAGAGATGTTGGTTTAAGATTTGGCA-GAAATCAAGAAACTGTG 1517
Query 401 AATCAGAAATTTTTTG-AAGTCCTTA-GAGCGACATAGA-T-ACTTG-CTTGTGATTATA 455
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Sbjct 1518 CAG-AGAAAATTTAGGGAAGTTCTTACG-GCTAC-T-GAATTA-TTGGCATGTGATTATA 1572
Query 456 TCAAAACGCCAACAACACAAGAACTACGTCGAATTCCTGAATA-ACTATAAA-TGGATCA 513
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Sbjct 1573 TCAGAACTCCAACAAGACAAGAACTTTATCGAATTCCTGAA-AGACT-TCAGGTAGACCG 1630
Query 514 -ACAATATTGGTCATATTTTAGTGGATTTGTTGGAGGTATAAATGGAGTTCATGTATGTG 572
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Sbjct 1631 GAGA-TATTGGCCATATTTTAGTGGATTCGTTGGAGCTATGGATGGAACTCATGTATGCG 1689
Query 573 TTAAGGTGAAGCATTAACT-ACAAGGAATGTATTGGAATCGACACGATA 620
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Sbjct 1690 TAAAAGTAAAGC-TTGAGTTACAAGGAATGTATTGGAATCGACACGATA 1737
> Ahg323065 jgi|Araly1|323065|fgenesh1_pm.C_scaffold_5000609
Length=813
Score = 259 bits (140), Expect = 4e-68
Identities = 372/480 (78%), Gaps = 31/480 (6%)
Strand=Plus/Plus
Query 765 ATAAGTATTATGTAGTTGATTCTGGGTATCCAAATAAACAAG-GCTTTTTGGCAT-CTTA 822
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Sbjct 338 ATAAGTATTATCTTGTTGATTCTGGTTATCCAAACAAACAAGAG-TTTTTGGC-TCCTTA 395
Query 823 TCGATCTTCGCGGAACAGAGTT-TTCGGTATCACATGTCACAGCTCTACAATGGTCCTCC 881
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Sbjct 396 TAGATCATCACGAAACCGAGTTGTGAGATATCATATGTCACAATTCTATTCTGGTCCTCC 455
Query 882 TCTTAGAAATAAACATGAGTTGTTTAATCGATGTCATGCATCTTTACGTTCTGTTATTGA 941
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Sbjct 456 TCCAAGGAATAAACATGAACTGTTCAACCAATGTCACGCATCTTTACGTTCGGTTATCGA 515
Query 942 AAGGAA-AATTGGAGTTTGGAAGAAAAAATGGAGGATTCTTTATGAATTTTCTA-GATAT 999
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Sbjct 516 GA-GAACTTTTGGAGTTTGGAAGAAAAAATGGAGGATTATTTCTGA-TTTCCCAAGATAT 573
Query 1000 GATATTGATGTCCAAAAAACAGTGGTAACGACTACAATGTGACTACATAACTTT-ATCAG 1058
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Sbjct 574 AATGTTCACATTCAAAAAAGAGTAGTAATGGCTACAGTGGGATTACATAA-TTTCATCAG 632
Query 1059 AATGTCGAATTATTTT-GACG-AGAATTTTGTTGAAGTAAT-AGGAGATACAAATATCAA 1115
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Sbjct 633 AATTTCAAATT-TCTCAGATGCAGA-TTTTGCAGATGTAATGAC-AGAAACAAATATAAA 689
Query 1116 CAACA-TAAATTCTGAGAATGATCTA-GATGACC-GAA-G-AGA-AGTGGTATACCTGAT 1169
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Sbjct 690 CAACGGTGATTT-TGAGCATGATGTATG-TGACATGGATGCA-ACAGAG-T-TAGCAGAT 744
Query 1170 GGA-AATCATATGGCAAAATATAAGAGAAAATATTGCTGATATGTTATGGGCAAATCAaa 1228
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Sbjct 745 GGAGAAT-ATATGACGCAA-ATAAGAGACAATATTGCAAATATGTTATGGGGAAATCAAA 802
> Ahg949467 jgi|Araly1|949467|scaffold_801354.1
Length=443
Score = 93.5 bits (50), Expect = 4e-18
Identities = 62/67 (93%), Gaps = 4/67 (6%)
Strand=Plus/Plus
Query 1149 AAGAGAAGTG--GTATACCTGATGGAAATCATATGGCAAAATATAAGAGAAAATATTGCT 1206
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Sbjct 379 AAGAG-AGTGAAGTATACCTGATGGAAATCATATGGC-AAATATAAGATAAAATATTGCT 436
Query 1207 GATATGT 1213
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Sbjct 437 GATATGT 443
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 53935786920
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5