BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G28712.1
Length=1274
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg489764 jgi|Araly1|489764|fgenesh2_kg.6__2898__AT5G28712.1 1890 0.0
Ahg949069 jgi|Araly1|949069|scaffold_800956.1 571 4e-162
Ahg474030 jgi|Araly1|474030|fgenesh2_kg.1__3984__AT5G28667.1 564 6e-160
Ahg493747 jgi|Araly1|493747|fgenesh2_kg.7__3180__AT5G28667.1 374 1e-102
> Ahg489764 jgi|Araly1|489764|fgenesh2_kg.6__2898__AT5G28712.1
Length=1269
Score = 1890 bits (1023), Expect = 0.0
Identities = 1192/1274 (94%), Gaps = 10/1274 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCACAAAGTTCACACACTCTAAGTTATGAATAGAGACTCGAGTTGTGGAATTTGAAAAAT 60
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Sbjct 1 TCACAAAGTCCACACACTCTAAGTTATGAAGAGAGAATCGAGTTGTGGAGTTTGGAAAAT 60
Query 61 GAGCAATTTGAGGAGTTGCTAATTCAACCATCATTGAATTACTATGAACGATATTTTCAA 120
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Sbjct 61 GAGCAATTTGAGGAGTTGATAATTCAACCATCATTGAATTACTATGAACGATATTTTCAA 120
Query 121 AGAGGACCTGTTCAAACAAATTGCGGTCTAGGATGGAGAAACATTTGGTCTCGACTA-AA 179
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Sbjct 121 AGAGTACCTGTTCAAACAGATTGCGGTCTAGGATAGAGAAACATTTGGTCTCGACTACAA 180
Query 180 TGAAGATAATGCTGCTTGTCTACAGTTGCTACGGATGTCACTTGATGCGTTCACAACATT 239
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Sbjct 181 -GAAGATAATGCTGCTTGTCTATAGTTGCTACGGATGTCACTTGATGCATTCACAACATT 239
Query 240 GTGTCATATTCTACAAACCAATTATGGATTACAA-TAACCATTGAATGTAAGCATCAAAG 298
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Sbjct 240 GTGTCGTATTCTACAAACCAATTATGGATTACAACCAA-CACTGAATGTAAGCATCGAAG 298
Query 299 AGAGTGTTGCTATATTTCTCCGGATATGTAGGCACAATGAAGTTCAACGAGATGTTGGAT 358
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Sbjct 299 AGAGTGTGGCTATATTTCTCCGGATATGTGGGCACAGTGAAGTTCAACGAGATGTTGGAT 358
Query 359 TACGGTTTGGACGAAATCAAGAAACAGTGAAGAGAAAGTTTTTTGAAGTTCTGACAGCTA 418
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Sbjct 359 TACGGTTTGGACGGAATCAAGAAACAGTGAAGAGAAAGTTTTTTGAAGTTCTGACAGCTA 418
Query 419 CTGAATTACTTGCTTGTGATTATATCAAAACTCCAACAACACAAGAA-TGACATAGGATT 477
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Sbjct 419 CTAAATTACTTGCTTGTGATTATATCAAAACTTCAACAACACAAGAACT-ACATATGATT 477
Query 478 CCTGAACGGCTGTAGTTGGATGACTGATATGGGCGATATTTTACTGGATTTGTTGGAGCT 537
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Sbjct 478 CATGAACGGCTGCAGTTGGATGACAGATATGGGCAATATTTTACTGGATTTGTTGGAGCT 537
Query 538 ACGGATGGGATTCATGCATGCGTTAATGTGAAACCCGCATTGCAAGGAATGTATTGGAAT 597
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Sbjct 538 ATGGATGGGGTTCATGTATGCGTTAAAGTGAAACCCGCATTGCAAGGAATGTATTGGAAT 597
Query 598 CAACATGATATAACATCTTTTAACATCATGGCAATATGTGATCTAAATATGTTATTCACA 657
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Sbjct 598 CGACATGATAGAACATCTTTTAACATCATGGCAATATGTGATCTAAATATGTTATTCACA 657
Query 658 TATGTTTGGAATGGAGCACCTGGATCATGTCATGATACAACAGTTCTTGTGATGGCACaa 717
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Sbjct 658 TATGTTTGGAATGGAGCACCTGGATCATGTCGTGATACAGCATTTCTTGCGATGGCACAA 717
Query 718 aaaaaaTGATCCTGAATTTCCAATGCCTCCGGCAGACAAGTACTATGTTGTAGATTCTGG 777
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Sbjct 718 GAAAA-TGATCCTGAATTTCCAATGCCTCCGGCAGACAAGTACTATGTTGTGGATTCTGG 776
Query 778 ATATCCATATATAAAAGGATTTTTGACCCTGTACAGATCTTTACGAAACAGGATAGTAAG 837
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Sbjct 777 CTATCCAAATAAAAAAGGATTTTTGGCTCTGTACAGATCTTCACGAAACAAGATAGTAAG 836
Query 838 TTATCATATGTCACAATTTAACACTAATCATCCTCCGAGGAATAAACATGAATTGTTTAA 897
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Sbjct 837 GTATCATATGTCACAATTTAACACTAATCGTCCTTCGAGGAATAAACATGAATTGTTTAA 896
Query 898 TAGATGGCATGCTTCTTTGCGGTCTGTTATTGAGAGGACATTTGGTGTTTGGAAGAAAAA 957
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Sbjct 897 TAGATGGCATGCTTCTTTGCAGTCAGTTATTAAGAGGACATTTGGTGTTTAGAAGAAAAA 956
Query 958 GTGGAGGATTCTTTCTAAGTTCCCTAGATATATTATTGAAGTGCAAAAAT-AGTGGTAAT 1016
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Sbjct 957 GTGGAGGATTCTTTGTGAGTTCTCTAGATATAATATTGAAGTGCAAAAAAGAGTGGTAAT 1016
Query 1017 TGCTACAATGGGACTACAAAATTTTATTAGAATTTCAAATTTTCCAGATGAAGATTTCAC 1076
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Sbjct 1017 TGCTACAATGGGACTACATAATTTTATTAGAATTTCAAATTTTCCATATGAAGATTTCTC 1076
Query 1077 TAAAAGAATGGGACACACTAAGAATAGCTACACAGACAATGCAAC-GAATCAAGATGAAA 1135
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Sbjct 1077 TGAAAGAATGGGACACACTGAGAATAGCAACACAGACGGTGCAACTGA-TCAAGATGATA 1135
Query 1136 TGGAAGCAGCAGAGGTAGAAGATGAAGATGTAATGGCAAACATCAGAGAATATATTGCAT 1195
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Sbjct 1136 TGGAAGCAGCAGAGGTAGAAGATGGAGATGTAATGGCAAACATCAAAGAATATATTGCAA 1195
Query 1196 ATAAACTATGGCAAGATAAAAATACTGTATAGTAGAAGTTTCAGTCATTTTCATGTGTTA 1255
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Sbjct 1196 ATAAACTATGGCAAGATAAAAATACTGGATAGTAGAAGTTTCAGTCATTTTTATGTGTTA 1255
Query 1256 TTTTATATTTATTT 1269
|||| |||||||||
Sbjct 1256 TTTTGTATTTATTT 1269
> Ahg949069 jgi|Araly1|949069|scaffold_800956.1
Length=1823
Score = 571 bits (309), Expect = 4e-162
Identities = 599/735 (81%), Gaps = 36/735 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCACAAAGT-TCACACACTCTAAGTTATGAATAGAGACTCGAGTTGTGGAATTTGAAAAA 59
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Sbjct 817 TCACAAGGTGT-ACACAATCTAAATTATGAAGAGAGAATTGAATTATGGAATTTGGAAAA 875
Query 60 TGAGCAATTTGAGGAGTTGCTAATTCAACCATCATTGAATTACTATGAA-CGATATTTTC 118
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Sbjct 876 TGAGCAATTTGAAGAGTTAATAATTCAACCGTCATTGAGTTACTA-CAATCGAAATTTTG 934
Query 119 AAAGAGGACCTGTTCAAACAAATTGC-GGTCTAGGATGGAGAAACATTTGGTC-TCGACT 176
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Sbjct 935 AAAGAGGGCCAATTCAAACAGATGGCGGGT-TGGGATGGAGAAATATTTGG-CGTCGAAT 992
Query 177 A-AATGAAGATAATGCTGCTTGTCTACAGTTGCTACGGATGTCACTTGA-TGCGTTCACA 234
| || ||||||| |||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| || || | |
Sbjct 993 ACAA-GAAGATAGTGCTGCTTGTCTTCAGTTACTACGAATGTCTCTTGATTG-TTTTAGA 1050
Query 235 ACA-T-TGTGTCATATTCTACAA-ACCAATTATGGATTACAA--TAACCATTGAATGTAA 289
|| | |||| | || | | || | | ||||||||||||| | | |||||||||| |
Sbjct 1051 TCATTATGTGACGTAATGGA-AATA-C-GTTATGGATTACAACCT-A-CATTGAATGTTA 1105
Query 290 GCA-TCAAAGAGAGTGTTGCTATATTTCTCCGGATATGTAGG-CACAATGAAGTTCAACG 347
||| | ||| |||||||||| || ||| | ||||||||| || ||||||||||||||| |
Sbjct 1106 GCATTGAAA-AGAGTGTTGCCATGTTTTTACGGATATGT-GGACACAATGAAGTTCAAAG 1163
Query 348 AGATGTTGGATTACGGTTTGGACGAAATCAAGAAACAGTGAA--GAGAAAGTTTTTTGAA 405
||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||| | |||| |||||||||
Sbjct 1164 AGATGTTGGGTTACGATTTGGACGAACGCAAGAAACAGTGAATCG-GAAA-TTTTTTGAA 1221
Query 406 GTTCTGACAGCTACTGAATTACTTGCTTGTGATTATATCAAAACTCCAACAACACAAGAA 465
|| || | ||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 1222 GTCCTTAGAGCGACAGAGTTACTTGCTTGTGATTATATCAAGACTCCAACAAGACAAGAA 1281
Query 466 -TGACATAGGATTCCTGAACGGCTGTAGTTGGAT-GACTGATATGGGCGATATTTTACTG 523
| || | | |||||| || || | |||| || ||||| ||| |||||| | ||
Sbjct 1282 CT-ACGTCGAATTCCTAAAAAACTACAAAGGGATCGA-AGATATTGGCCATATTTCAGTG 1339
Query 524 GATTTGTTGGAGCTACGGATGGGA-TTCATGCATGCGTTAATGTGAAACCCGCATTGCAA 582
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Sbjct 1340 GATTTGTTGGAGCTATAGAT-GGAGTTCATGTATGTGTTAAGGTGAAGCCTGAACTACAA 1398
Query 583 GGAATGTATTGGAATCAACATGATATAACATCTTTTAACATCATGGCAATATGTGATCTA 642
|||||||||||||||| ||| |||| |||||| ||||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 1399 GGAATGTATTGGAATCGACACGATAGAACATCGTTTAATATCATGGCAATATGTGATATA 1458
Query 643 AATATGTTATTCACATATGTTTGGAATGGAGCACCTGGATCATGTCATGATACAACAGTT 702
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||
Sbjct 1459 AATATGTTGTTTACATATGTTTGGAATGGAGCACCTGGATCGTGTCACGATACAGCAGTT 1518
Query 703 CTTGTGATGGCACaa 717
|| ||||||||||
Sbjct 1519 CTAACGATGGCACAA 1533
> Ahg474030 jgi|Araly1|474030|fgenesh2_kg.1__3984__AT5G28667.1
Length=976
Score = 564 bits (305), Expect = 6e-160
Identities = 565/689 (82%), Gaps = 24/689 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 397 TTTTTTGAAGTTCTGACAGCTACTGAATTACTTGCTTGTGATTATATCAAAACTCCAACA 456
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Sbjct 153 TTTTTTGAAGTCCTTAGAGCGACAGAGTTACTTGCTTGTGATTATATCAAGACTCCAACA 212
Query 457 ACACAAGAA-TGACATAGGATTCCTGAACGGCTGTAGTTGGAT-GACTGATATGGGCGAT 514
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Sbjct 213 AGACAAGAACT-ACGTCGAATTCCTGAAAAACTACAAATGGATCGA-AGATATTGGCCAT 270
Query 515 ATTTTACTGGATTTGTTGGAGCTACGGATGGGA-TTCATGCATGCGTTAATGTGAAACCC 573
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Sbjct 271 ATTTCAGTGGATTTGTTGGAGCTATAGAT-GGAGTTCATGTATGTATTAAGGTGAAGCCT 329
Query 574 GCATTGCAAGGAATGTATTGGAATCAACATGATATAACATCTTTTAACATCATGGCAATA 633
| | | ||||||||||||||||||| ||| |||| |||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 330 GAACTACAAGGAATGTATTGGAATCGACACGATAGAACATCGTTTAATATCATGGCAATA 389
Query 634 TGTGATCTAAATATGTTATTCACATATGTTTGGAATGGAGCACCTGGATCATGTCATGAT 693
|| ||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 390 TGCGATATAAATATGTTGTTTACATATGTTTGGAATGGAGCACCTGGATCGTGTCACGAT 449
Query 694 ACAACAGTTCTTGTGATGGCACaaaaaaaaTGATCCTGAATTTCCAATGCCTCCG-GCAG 752
||| ||||||| |||||||||| | || |||| |||||||||| ||||||| | ||
Sbjct 450 ACAGCAGTTCTAACGATGGCACAAGATAA-TGATTCTGAATTTCCTTTGCCTCCAAG-AG 507
Query 753 ACAAGTACTATGTTGTAGATTCTGGATATCCATATATAA-AAGGATTTTTGAC-CCTGTA 810
||||||| ||||| || |||||||| |||||| ||| || |||| |||||| | ||| ||
Sbjct 508 ACAAGTATTATGTAGTTGATTCTGGGTATCCAAATA-AACAAGGCTTTTTGGCACCT-TA 565
Query 811 CAGATCTTTACGAAACAGGA-TAGTAAGTTATCATATGTCACAATT-TAACACTAATCAT 868
|| |||| || ||| ||| | || || ||||| || |||||||| || || | || |
Sbjct 566 TAGGTCTTCGCGGAAC-GGAGTTGTTAGGTATCACATATCACAATTCTA-CAATGGTCCT 623
Query 869 CCTCCGAGGAATAAACATGAATTGTTTAATAGATGGCATGCTTCTTTGCGGTCTGTTATT 928
||||| ||||||||||| || ||||||||| |||| ||||| ||| | || |||||||||
Sbjct 624 CCTCCTAGGAATAAACAGGAGTTGTTTAATCGATGTCATGCATCTCTACGTTCTGTTATT 683
Query 929 GAGAGGACATTTGGTGTTTGGAAGAAAAAGTGGAGGATTCTTTCT-AAGTTCCCTAGATA 987
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| | || ||||| |||||
Sbjct 684 GAGAGGACATTTGGAGTTTGGAAGAAAAAATGGAGGATTCTTTGTGAATTTCCC-AGATA 742
Query 988 T-ATTATTGAAGTGCAAAAAT-AGTGGTAATTGCTACAATGGGACTACAAAATTTTATTA 1045
| || ||||| || |||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 743 TGAT-ATTGATGTTCAAAAAAGAGTGGTAACGGCTACAATGGGACTACATAATTTTATCA 801
Query 1046 GAATTTCAAATT-TTCCAGATGAAGATTT 1073
||||||| |||| || ||||| |||||
Sbjct 802 GAATTTCGAATTATTTT-GATGAGGATTT 829
> Ahg493747 jgi|Araly1|493747|fgenesh2_kg.7__3180__AT5G28667.1
Length=956
Score = 374 bits (202), Expect = 1e-102
Identities = 413/510 (81%), Gaps = 34/510 (7%)
Strand=Plus/Plus
Query 585 AATGTATTGGAATCAACATGATATAACATCTTTTAACATCATGGCAATATGTGATCTAAA 644
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Sbjct 306 AATGTATTGGAATCGACACGATAGAACATCGTTTAATATCATGGTAATATGTGATATAAA 365
Query 645 TATGTTATTCACATATGTTTGGAATGGAGCACCTGGATCATGTCATGATACAACAGTTCT 704
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||
Sbjct 366 TATGTTGTTTACATATGTTTGGAATGGAGCACCTGGATCGTGTCACGATACAGCAGTTCT 425
Query 705 TG-TGATGGCACaaaaaaaaTGATCCTGAATTTCCAATGCCTCCG-GCAGACAAGTACTA 762
| ||||||||| | || |||| |||||||| | ||||||| | |||||| || ||
Sbjct 426 AACT-ATGGCACAAGATAA-TGATTCTGAATTTTCTTTGCCTCCAAG-AGACAACTATTA 482
Query 763 TG--T-T---GTAG---ATTCTGGATATCCATATATAA-AAGGATTTTTGAC-CCTGTAC 811
| | | |||| ||||||| |||||| ||| || |||| |||||| | ||| ||
Sbjct 483 TAACTATTATGTAGTTGATTCTGGGTATCCAAATA-AACAAGGCTTTTTGGCACCT-TAT 540
Query 812 AGATCTTTA-CGAAACAGGA-TAGT-AAGTTATCATATGTCACAATT-TAACACTAATCA 867
|||| ||| || ||| ||| | || |||| |||| |||||||| || || || | ||
Sbjct 541 AGAT-TTTCGCGGAAC-GGAGTTGTTAAGT-ATCACATGTCACAGTTCTA-CAATGGTCC 596
Query 868 TCCTCCGAGGAATAAACATGAATTGTTTAATAGATGGCATGCTTCTTTGCGGTCTGTTAT 927
|||||| ||||||||||| || ||||||||| |||| ||||| ||| | || ||||||||
Sbjct 597 TCCTCCTAGGAATAAACAGGAGTTGTTTAATCGATGTCATGCATCTCTACGTTCTGTTAT 656
Query 928 TGAGAGGACATTTGGTGTTTGGAAGAAAAAGTGGAGGATTCTTTCT-AAGTTCCCTAGAT 986
||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| | || ||||| ||||
Sbjct 657 TGAGAGGACATTTGGAGTTTGGAAGAAAAAATGGAGCATTCTTTGTGAA-TTCCC-AGAT 714
Query 987 AT-ATTATTGAAGTGCAA-AAATAGTGGTAATTGCTACAATGGGACTACAAAATTTTATT 1044
|| || ||||| || ||| ||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 715 ATGAT-ATTGATGTTCAATAAAGAGTGGTAACGGCTACAATTGGACTACATAATTTTATC 773
Query 1045 AGAATTTCAAATT-TTCCAGATGAAGATTT 1073
|||||||| |||| || ||||| |||||
Sbjct 774 AGAATTTCGAATTATTTT-GATGAGGATTT 802
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 47615523333
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5