BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G33280.1
Length=2500
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg493576 jgi|Araly1|493576|fgenesh2_kg.7__3009__AT5G33280.1 3821 0.0
> Ahg493576 jgi|Araly1|493576|fgenesh2_kg.7__3009__AT5G33280.1
Length=2460
Score = 3821 bits (2069), Expect = 0.0
Identities = 2313/2432 (95%), Gaps = 12/2432 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCCAAACTCAACGACGGAGGACTCCGTCGCCGTTCCACTACTCCCCTCCCTCCGCCGC 60
||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1 ATGCCGAACTCCACGACGGAAGACTCCGTCGCCGTTCCACTACTTCCCTCCCTCCGCCGC 60
Query 61 GCTACTAACTCTACTTCTCAAGTAGCAATCGTCGGTGCCAACGTCTGTCCAATAGAAAGT 120
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GCTACTAACTCTACTTCCCAAGTCGCAATCGTCGGTGCCAACGTCTGTCCAATAGAAAGT 120
Query 121 CTCGATTACGAAATCGCGGAGAATGATTTCTTCAAGCAGGATTGGAGAGGTCGTAGTAAG 180
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CTCGATTACGAGATCGCGGAGAATGATTTCTTCAAGCAGGATTGGAGAGGTCGTAGTAAG 180
Query 181 GTAGAGATTTTCCAATACGTGTTTATGAAGTGGCTGCTTTGTTTTTGTATCGGCATTATT 240
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GTAGAGATATTCCAATACGTGTTTATGAAGTGGCTGCTTTGTTTTTGTATCGGCATTATT 240
Query 241 GTTAGTCTCATCGGATTCGCTAATAACCTCGCCGTTGAGAATCTCGCCGGTGTTAAGTTT 300
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GTTAGTCTCATCGGATTCGCTAATAACCTCGCTGTTGAGAATCTCGCCGGTGTTAAGTTC 300
Query 301 GTTGTTACTTCTAACATGATGATAGCCGGAAGGTTTGCTATGGGTTTTGTTGTTTTCTCT 360
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct 301 GTTGTTACTTCTAACATGATGATAGCTGGAAGGTTTGGTATGGGCTTTGTTGTTTTCTCT 360
Query 361 GTTACAAATTTGATTCTTACTCTCTTTGCGTCGGTGATTACCGCTTTTGTTGCTCCTGCT 420
||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 361 GTTACAAATCTGGTTCTTACTCTTTTTGCGTCGGTGATTACCGCTTTTGTCGCGCCTGCT 420
Query 421 GCGGCAGGTTCCGGTATACCGGAAGTTAAGGCTTATTTGAATGGTGTTGATGCTCCAGAG 480
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GCGGCAGGTTCCGGTATACCGGAAGTGAAGGCCTATTTGAATGGTGTTGATGCTCCAGAG 480
Query 481 ATATTCTCACTTCGCACTTTGATCATTAAGATCATTGGGAACATATCTGCAGTATCAGCG 540
||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 481 ATATTCTCACTTCGCACTTTGGTCGTTCAGATCATTGGGAACATATCTGCAGTGTCAGCG 540
Query 541 TCTCTTCTCATTGG-AAAGGCAGGGCCTATGGTGCATACTGGTGCTTGTGTTGCATCTAT 599
|||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 541 TCTCTTCTCATTGGCAAA-GCAGGGCCTATGGTGCACACCGGTGCTTGTGTTGCATCTAT 599
Query 600 ACTTGGTCAGGGTGGCTCCAAAAGATATAGATTGACCTGGAGATGGCTCAGATTTTTCAA 659
||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 600 ACTAGGTCAGGGTGGCTCCAAAAGATTTAGACTGACCTGGAGATGGCTCAGATTTTTTAA 659
Query 660 AAATGATAGAGACAGAAGAGATCTTGTAACTTGTGGGGCAGCTGCTGGTATCGCTGCTTC 719
|||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 660 AAATGACAGAGACCGAAGAGATCTTGTAACTTGTGGGTCAGCTGCTGGTATTGCTGCCTC 719
Query 720 GTTTCGTGCTCCGGTTGGTGGTGTCCTGTTTGCGCTTGAGGAAATGTCATCTTGGTGGAG 779
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | | |
Sbjct 720 GTTTCGTGCTCCGGTTGGTGGTGTCCTGTTTGCGCTTGAGGAGATGTCATC-T--T---G 773
Query 780 GAGTGCACTTTTATGGAGAATCTTCTTTTCGACAGCTGTTGTGGCAATAGTTCTCAGAGC 839
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 774 GAGTGCACTTTTATGGAGAATCTTCTTTTCAACAGCTGTTGTGGCAATTGTTCTCAGAGC 833
Query 840 TCTAATCGATGTGTGTTTAAGTGGAAAGTGTGGGTTATTTGGTAAAGGAGGCTTAATAAT 899
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 834 TCTAATCGATGTGTGTTTAAGTGGAAAGTGCGGGTTATTTGGTAAAGGAGGCTTAATAAT 893
Query 900 GTTTGATGTCTACTCAGAAAATGCGTCATATCATTTAGGGGATGTACTTCCTGTTCTTCT 959
|||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 894 GTTTGATGTCTATTCAGAAAATGCATCATATCATCTGGGGGATGTACTTCCTGTTCTTCT 953
Query 960 TCTTGGGGTTGTTGGTGGTATTTTAGGAAGCTTATACAAC-TTCTTACTGGATAAGGTTC 1018
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||
Sbjct 954 CCTTGGAGTTGTCGGTGGTATTTTAGGAAGCTTATACAACTTTC-TACTTGATAAGGTTC 1012
Query 1019 TGCGAGCTTACAACTACATATATGAGAAAGGGGTTACTTGGAAAATCCTCCTCGCTTGTG 1078
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 1013 TGCGAGCTTACAACTACATATATGAGAAAGGGGTTACTTGGAAGATCCTCCTCGCATGTG 1072
Query 1079 CGATATCGATTTTCACGTCCTGCCTTCTTTTCGGATTACCATTTCTTGCATCATGCCAAC 1138
| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1073 CAATATCAATTTTCACGTCCTGTCTTCTTTTTGGATTACCATTTCTTGCATCATGCCAAC 1132
Query 1139 CTTGTCCTGTCGATGCCTTAGAGGAGTGCCCTACAATTGGACGGTCTGGAAACTTTAAGA 1198
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1133 CTTGTCCTGCCGATGCCTTAGAGGAGTGCCCTACAATTGGACGGTCTGGAAACTTTAAGA 1192
Query 1199 AATACCAATGCCCTCCTGGTCACTACAATGATCTAGCTAGCCTTATTTTCAACACAAATG 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1193 AATACCAATGCCCTCCTGGTCACTACAATGATCTAGCTAGCCTCATTTTCAACACAAATG 1252
Query 1259 ATGATGCCATCAAAAACCTTTTCAGCAAAAACACTGACTTCGAGTTTCATTATTTTTCGG 1318
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1253 ATGATGCTATCAAAAACCTTTTCAGCAAAAACACTGACTTCGAGTTTCATTATTTTTCGG 1312
Query 1319 TTCTCGTATTTTTTGTCACCTGCTTCTTCCTCAGTATCTTTAGCTATGGCATTGTTGCTC 1378
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1313 TTCTTGTATTTTTTGTCACCTGCTTCTTCCTCAGTATCTTTAGCTATGGCATTGTTGCTC 1372
Query 1379 CAGCAGGGCTCTTTGTGCCAGTTATTGTAACAGGAGCATCGTATGGACGGTTTGTAGGGA 1438
|||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1373 CAGCAGGGCTCTTTGTACCCGTTATCGTTACAGGAGCATCGTATGGACGGTTTGTAGGGA 1432
Query 1439 TGCTGCTTGGTTCAAACTCAAATCTTAATCATGGTCTGTTTGCTGTGCTCGGTGCTGCAT 1498
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |
Sbjct 1433 TGCTGCTTGGTTCAAACTCAAATCTTAATCATGGTCTGTTTGCTGTACTTGGTGCTGCGT 1492
Query 1499 CCTTTCTTGGCGGAACAATGAGGATGACAGTTTCCACTTGTGTTATTCTCCTTGAGCTGA 1558
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1493 CCTTTCTTGGCGGAACAATGAGGATGACAGTTTCCACTTGTGTTATTCTCCTTGAGCTGA 1552
Query 1559 CCAACAATCTGCTGCTACTACCTATGATGATGGTGGTCCTTCTGATTTCAAAAACAGTTG 1618
|||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1553 CCAACAATTTGCTGCTTCTACCTATGATGATGGTCGTCCTTCTGATTTCAAAAACAGTTG 1612
Query 1619 CTGATGGTTTCAATGCTAACATCTACAACCTCATCATGAAGTTAAAAGGATTTCCCTACC 1678
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1613 CTGATGGTTTCAACGCTAACATCTATAACCTCATCATGAAGTTAAAAGGGTTTCCCTACC 1672
Query 1679 TCTACAGCCATGCAGAGCCTTACATGAGGCAGCTTCTAGTTGGTGATGTAGTCACCGGCC 1738
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1673 TCTACAGCCATGCAGAGCCTTACATGAGGCAGCTTCTAGTTGGTGATGTAGTCACAGGCC 1732
Query 1739 CACTTCAAGTCTTCAATGGCATTGAGAAAGTCGAGACTATTGTACACGTTCTCAAAACGA 1798
|||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1733 CACTTCAATTCTTCAACGGCATTGAGAAAGTCGAGACTATTGTACACGTTCTCAAAACCA 1792
Query 1799 CCAATCACAATGGCTTCCCCGTGGTTGATGGGCCACCACTAGCTGCAGCTCCTGTTCTAC 1858
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 1793 CCAATCACAATGGCTTCCCCGTGGTTGATGGGCCACCTCTTGCTGCAGCTCCTGTTCTGT 1852
Query 1859 ACGGTCTAATCCTCCGGGCTCATATTCTGACTCTGTTAAAGAAACGAGTATTCATGCCTA 1918
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1853 GCGGTCTAATCCTCCGGGCTCATATTCTGACTCTGCTAAAGAAACGAGTATTCATGTCTA 1912
Query 1919 GTCCAGTAGCTTGTGACTCCAATACCCTTTCCCAATTCAAGGCAGAGGAGTTTGCTAAGA 1978
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 1913 GTCCAGTAGCTTGTGACTCCAATACCCTTGCCCAATTCAAAGCTGAGGAGTTTGCTAAGA 1972
Query 1979 AGGGTTCTGGGAGGAGTGATAAGA-TAGAAGATGTGGAATTAAGCGAGGAAGAATTGAAT 2037
|||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1973 AGGGTTCTGGGAGGGGTGATA-GAATAGAAGATGTGGAATTAAGCGAGGAAGAATTGAAT 2031
Query 2038 ATGTATTTGGATTTGCACCCATTCTCTAATGCCTCTCCGTACACTGTTGTGGAGACAATG 2097
|||||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||
Sbjct 2032 ATGTATTTGGATTTACATCCATTCTCTAATGCCTCGCCTTACACTGTTGTGGAGACGATG 2091
Query 2098 TCACTTGCAAAGGCCCTTATTCTCTTCCGTGAGGTTGGCATAAGGCACTTACTGGTTATA 2157
|||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2092 TCACTTGCAAAGGCCCTTATCCTTTTCCGTGAGGTTGGCATAAGGCACTTACTGGTCATA 2151
Query 2158 CCAAAAACCTCCAATAGACCTCCAGTGGTAGGTATATTGACACGGCATGACTTCATGCCG 2217
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2152 CCAAAAACCTCCAATAGACCTCCAGTGGTAGGTATATTGACACGGCATGACTTCATGCCG 2211
Query 2218 GAACATATACTAGGCCTGCATCCCTCCGTTTCTCGGAGCAAGTGGAAAAGGCTTCGGATT 2277
|||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2212 GAACATGTACTAGGCCTGCATCCCTCCCAGTCTCGGAGCAGGTGGAAAAGGCTTCGGATT 2271
Query 2278 CGGCTGCCTTTCTTCTCATGAAGTATTAAGCTGCCTACCAAGTTTCAGGTATGACAGTTC 2337
| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2272 CAACTGCCTTTCCTCTCATGAAGTATTAAGCTGCCTACCAAGTTTCAGGTATGACAGTTC 2331
Query 2338 AGATAAACTCTGTACAGTATATTAAAAGCAGCCTTGTGGTGCTATGTCGAACTCTTAGAT 2397
| |||||||||||| ||| |||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2332 ATATAAACTCTGTATAGTTTATTGAACGCAGCCTTGTGGTGCTATGTCGAGCTCTTAGAT 2391
Query 2398 ACAGAAAGATGTAGAGAGATTTATAAATGTTG 2429
||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2392 ACAGAAAGATGTAGAGAGATTTATAAATGTTG 2423
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 94235266130
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5