BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G34837.1 Length=960 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg475665 jgi|Araly1|475665|fgenesh2_kg.2__795__AT5G34837.1 1432 0.0 Ahg473407 jgi|Araly1|473407|fgenesh2_kg.1__3361__AT5G34837.1 1415 0.0 Ahg492741 jgi|Araly1|492741|fgenesh2_kg.7__2174__AT5G34837.1 1219 0.0 > Ahg475665 jgi|Araly1|475665|fgenesh2_kg.2__795__AT5G34837.1 Length=941 Score = 1432 bits (775), Expect = 0.0 Identities = 902/960 (94%), Gaps = 21/960 (2%) Strand=Plus/Plus Query 3 GATTCACCGAATCCATATCATCATACTTCAAGCTTTATAAACCTTTTGAACAGTCAAGAT 62 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1 GATTCAACGAATCCATATCATCATACTTCAAGCTTTATAAACCTGTTGAACAGTCAAGAT 60 Query 63 GACAGTCACATTCTCCCACCAAATCCATATGAATGCTTTGAACTTGGATCAGCAAATGTC 122 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| Sbjct 61 GACAGTCACATTCTCCCACCAAATCCATATGAATGCTTGGAACTTGGATCAACAAATGTC 120 Query 123 CCTGTGTATAGCACTGAGTGGTCTGATGATGATCCAAGTGAAGATGAAGCACCAATTGCT 182 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | Sbjct 121 CCTGTGTTTAGCACTGAGTGGTCTGATGATGATCCAAGTGAAGATGAAACACCAATTG-T 179 Query 183 gggaaaaagggaagaaagggaagaaagggaagaaagtcaagaaaccaaagaggaaTTGGT 242 ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| Sbjct 180 ----------------TGGGAAGAAAGGGAAGAAAGCCAAGAAACCAAGGAGGAATTGGT 223 Query 243 CATCAACTGAAGATGTTGTTCTCATAAGTGGGTGGCTGAACACTTCCAAGGATCCGGTGG 302 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 224 CATCAACTGAAGATGTTGTTCTCATAAGTGGGTGGCTGAACACTTCCAAGGATCTGGTGG 283 Query 303 TGGGCAATGAGCAAAAGGGGGCAGCTTTCTGGGAACGTATAGCAGCGTACTACAACTCAA 362 | ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 284 TTGGCAATGAGCAAAAGGGAGCAGCGTTCTGAAAACGTATAGCAGCGTACTACAACTCAA 343 Query 363 GTCCCAAGCTCAAAGGTGTGGAAAAGAGAGGCCACATATGTTGTAAACAAAGGTGGTCAA 422 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| Sbjct 344 GTCCCAAGCTCAAAGGTGTGGAAAAGAGAGGCCACATATGTTGTAAACAGAGGTGCTCAA 403 Query 423 AAGTGAATGATGTTGTGAACAAGTTTGTAGGGAGCTACTTGGCTGCAAGCAAACAACAAA 482 |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 404 AAGTGAATGACGCCGTGAACAAGTTTGTAGGGAGCTACTTGGCCGCAAGCAAACAACAAA 463 Query 483 CAAGTGGTCAAAATGATGATGATGTGGTGTCTTTGGCACATCAGATCTTCTCAAAAGATT 542 |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 464 CAAGTGGTCAGAATGATGATGATGTGGTGTCTATGGCACATCAGATCTTCTCGAAAGATT 523 Query 543 ATGGCTGCAAGTTTACTTGTGAGCATGCTTGGAGGGAGCTTAGATATGATCAAAAGTGGA 602 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 524 ATGGCTGCAAGTTTACTTGTGAGCATGCTTGGAGGGAGCTTAGATATGATCAAAAGTGGA 583 Query 603 TTGCTCAGTCTACTCATGGGAAAGCAAAGAGAAGAAAATGTGAAGATGACTCTGAAC-CT 661 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || Sbjct 584 TTGGTCAGTCTACTCATGGGAAAGCAAAGAGAAGAAAATGTGAAGCTGACTCTG-ACTCT 642 Query 662 GTTGGCCTTGAAGACAAGGAAGCTCGTCCCATTGGTGTTAAGGCGGCCAAAGCCGCAGCC 721 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 643 GTTGGCGTTGAAGACAAGGAAGCTCGTCCCATTGGTGTTAAGGCTGCCAAAGCCGCAGCC 702 Query 722 AAAGCCAAAGGAAAAGGCAAGCTAAGTCCGGATGAAGGTGAAGAAACCAATGCTTTGAAG 781 ||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 703 AAAGCCAAAGGCAAAGCCAAGCTAAGTCCGGTTGAAGGTGAAGAAACCAATGCTTTGAAG 762 Query 782 GAGATA-AAAAGTATATGGGAGATAAAAGAGAAAGATCACGCTGCCAAAGAGAAGCTAAT 840 |||||| |||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 763 GAGATACAAAA-TATCTGGGAGATAAAACAGAAAGATCACGCTGCCAAAGAGAAGCTAAT 821 Query 841 CATTATTAAAGAGAAGAAAAATAGGACTAAGTTGCTTGAGCGTCTGTTAGGGAAAACAGA 900 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 822 CATTATTAAAGAGAAGAAAAATAGGACTAAGTTGCTTGAGCGTCTGTTAGGAAAAACAGA 881 Query 901 ACCTCTATCTGACATAGAGATTGAACTGAAGAACAAGTTAATCAATGAGTTGTTGGCTTG 960 | |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 882 ATCTCTATCTGACATAGAGATTGATCTTAAGAACAAGTTAATCAATGAGTTGTTGGCTTG 941 > Ahg473407 jgi|Araly1|473407|fgenesh2_kg.1__3361__AT5G34837.1 Length=941 Score = 1415 bits (766), Expect = 0.0 Identities = 899/960 (94%), Gaps = 21/960 (2%) Strand=Plus/Plus Query 3 GATTCACCGAATCCATATCATCATACTTCAAGCTTTATAAACCTTTTGAACAGTCAAGAT 62 |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1 GATTCAACGAATCCATATAATCATACTTCAAGCTTTATAAACCTGTTGAACAGTCAAGAT 60 Query 63 GACAGTCACATTCTCCCACCAAATCCATATGAATGCTTTGAACTTGGATCAGCAAATGTC 122 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| Sbjct 61 GACAGTCACATTCTCCCATCAAATCCATATGAATGCTTGGAACTTGGATCAACAAATGTC 120 Query 123 CCTGTGTATAGCACTGAGTGGTCTGATGATGATCCAAGTGAAGATGAAGCACCAATTGCT 182 |||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 121 TCTGTGTTTAGCACTGATTGGTCTGATGATGATCTAAGTGAAGATGAAACACCAATTGCT 180 Query 183 gggaaaaagggaagaaagggaagaaagggaagaaagtcaagaaaccaaagaggaaTTGGT 242 ||||||||| | | | ||||||| ||||||||||| ||||||||||| Sbjct 181 --------GGGAAGAAA--G--G--A---AAGAAAGCCAAGAAACCAAGGAGGAATTGGT 223 Query 243 CATCAACTGAAGATGTTGTTCTCATAAGTGGGTGGCTGAACACTTCCAAGGATCCGGTGG 302 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 224 CTTCAACTGAAGATGTTGTTCTCATAAGTGGGTGGCTGAACACTTCCAAAGATCCGGTGG 283 Query 303 TGGGCAATGAGCAAAAGGGGGCAGCTTTCTGGGAACGTATAGCAGCGTACTACAACTCAA 362 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 284 TGGGCAATGAGCAAAAGGGGGCAGCGTTCTGGGAACGTATAGCATCGTACTACAACTCAA 343 Query 363 GTCCCAAGCTCAAAGGTGTGGAAAAGAGAGGCCACATATGTTGTAAACAAAGGTGGTCAA 422 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 344 GTCCCAAGCTCAAAGGTGTGGAAAAGAGAGGCCACATATGTTGTAAACAGAGGTGGTCAA 403 Query 423 AAGTGAATGATGTTGTGAACAAGTTTGTAGGGAGCTACTTGGCTGCAAGCAAACAACAAA 482 |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 404 AAGTGAATGACGCCGTGAACAAGTTTGTAGGGAGCTACTTGGCCGCAAGCAAACAACAAA 463 Query 483 CAAGTGGTCAAAATGATGATGATGTGGTGTCTTTGGCACATCAGATCTTCTCAAAAGATT 542 |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 464 CAAGTGGTCAGAATGATGATGATGTGGTGTCTATGGCACATCAGATCTTCTCGAAAGATT 523 Query 543 ATGGCTGCAAGTTTACTTGTGAGCATGCTTGGAGGGAGCTTAGATATGATCAAAAGTGGA 602 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 524 ATGGCTGCAAGTTTACTTGTGAGCATGCTTGGAGGGAGCTTAGATATGATCAAAAGTGGA 583 Query 603 TTGCTCAGTCTACTCATGGGAAAGCAAAGAGAAGAAAATGTGAAGATGACTCTGAAC-CT 661 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || | Sbjct 584 TTGGTCAGTCTACTCATGGGAAAGCAAAGAGAAGAAAATGTGAAGCTGACTCTG-ACTTT 642 Query 662 GTTGGCCTTGAAGACAAGGAAGCTCGTCCCATTGGTGTTAAGGCGGCCAAAGCCGCAGCC 721 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 643 GTTGGCGTTGAAGACAAGGAAGCTCGTCCCATTGGTGTTAAGGCTGCCAAAGCCGCAGCC 702 Query 722 AAAGCCAAAGGA-AAAGGCAAGCTAAGTCCGGATGAAGGTGAAGAAACCAATGCTTTGAA 780 ||||| ||| || |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 703 AAAGCTAAA-GACAAAGCCAAGCTAAGTCCGGTTGAAGGTGAAGAAACCAATGCTTTGAA 761 Query 781 GGAGATAAAAAGTATATGGGAGATAAAAGAGAAAGATCACGCTGCCAAAGAGAAGCTAAT 840 ||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 762 GGAGATACAAAGTATCTGGGAGATAAAACAGAAAGATCACGCTGCCAAAGAGAAGCTAAT 821 Query 841 CATTATTAAAGAGAAGAAAAATAGGACTAAGTTGCTTGAGCGTCTGTTAGGGAAAACAGA 900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 822 CATTATTAAAGAGAAGAAAAATAGGACTAAGTTGCTTGAGCGTCTGTTAGGGAAAACAGA 881 Query 901 ACCTCTATCTGACATAGAGATTGAACTGAAGAACAAGTTAATCAATGAGTTGTTGGCTTG 960 |||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 882 ACCTCTATTTGACATAGAGATTGATCTTAAGAACAAGTTAATCAGTGAGTTGTTGGCTTG 941 > Ahg492741 jgi|Araly1|492741|fgenesh2_kg.7__2174__AT5G34837.1 Length=802 Score = 1219 bits (660), Expect = 0.0 Identities = 770/820 (94%), Gaps = 19/820 (2%) Strand=Plus/Plus Query 3 GATTCACCGAATCCATATCATCATACTTCAAGCTTTATAAACCTTTTGAACAGTCAAGAT 62 |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1 GATTCAATGAATCCATATCATCATACTTCAAGCTTTATAAACCTGTTGAACAGTCAAGAT 60 Query 63 GACAGTCACATTCTCCCACCAAATCCATATGAATGCTTTGAACTTGGATCAGCAAATGTC 122 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| Sbjct 61 GACAGTCACATTCTCCCACCAAATCCATATGAATGCTTGGAACTTGGATCAACAAATGTC 120 Query 123 CCTGTGTATAGCACTGAGTGGTCTGATGATGATCCAAGTGAAGATGAAGCACCAATTGCT 182 | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 CATGTGTTTAGCACTGAGTGGTCTGATGATGATCCAAGTGAAGATGAAGCACCAATTGCT 180 Query 183 gggaaaaagggaagaaagggaagaaagggaagaaagtcaagaaaccaaagaggaaTTGGT 242 ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| Sbjct 181 -----------------GGGAAGAAAGGGAAGAAAGCCAAGAAACCAAGGAGGAATTGGT 223 Query 243 CATCAACTGAAGATGTTGTTCTCATAAGTGGGTGGCTGAACACTTCCAAGGATCCGGTGG 302 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 224 CATCAACTGAAGATGTTGTTCTCATAAGTGGGTGGCTGAACACTTCCAAGGATCCGGTGG 283 Query 303 TGGGCAATGAGCAAAAGGGGGCAGCTTTCTGGGAACGTATAGCAGCGTACTACAACTCAA 362 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 284 TGGGCAATGAGCAAAAGGGGGCAGCGTTCTGGGAACGTATAGCAGCCTACTACAACTCAA 343 Query 363 GTCCCAAGCTCAAAGGTGTGGAAAAGAGAGGCCACATATGTTGTAAACAAAGGTGGTCAA 422 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 344 GTCCCAAGCTCAAAGGTGTGGAAAAGAGAGGCCACATATGTTGTAAACAGAGGTGGTCAT 403 Query 423 AAGTGAATGATGTTGTGAACAAGTTTGTAGGGAGCTACTTGGCTGCAAGCAAACAACAAA 482 |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 404 AAGTGAATGACGCCGTGAACAAGTTTGTAGGGAGCTACTTGGCCGCAAGCAAACAACAAA 463 Query 483 CAAGTGGTCAAAATGATGATGATGTGGTGTCTTTGGCACATCAGATCTTCTCAAAAGATT 542 |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 464 CAAGTGGTCAGAATGATGATGATGTGGTGTCTATGGCACATCAGATCTTCTCGAAAGATT 523 Query 543 ATGGCTGCAAGTTTACTTGTGAGCATGCTTGGAGGGAGCTTAGATATGATCAAAAGTGGA 602 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 524 ATGGCTGCAAGTTTACTTGTGAGCATGCGTGGAGGGAGCTTAGATATGATCAAAAGTGGA 583 Query 603 TTGCTCAGTCTACTCATGGGAAAGCAAAGAGAAGAAAATGTGAAGATGACTCTGAAC-CT 661 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | || Sbjct 584 TTGCTCAGTCTACTCATGGGAAAGCAAAGAGAAGAAAATGTGAAGCTGACTCTGA-CTCT 642 Query 662 GTTGGCCTTGAAGACAAGGAAGCTCGTCCCATTGGTGTTAAGGCGGCCAAAGCCGCAGCC 721 |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 643 GTTGGCGTTGAAGATAAGGAAGCTCGTCCCATTGGTGTTAAGGCTGCCAAAGCCGCAGCC 702 Query 722 AAAGCCAAAGGAAAAGGCAAGCTAAGTCCGGATGAAGGTGAAGAAACCAATGCTTTGAAG 781 ||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 703 AAAGCCAAAGGCAAAGCCAAGCTAAGTCCGGTTGAAGGTGAAGAAACCAATGCTTTGAAG 762 Query 782 GAGATAAAAAGTATATGGGAGATAAAAGAGAAAGATCACG 821 |||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||| Sbjct 763 GAGATACAAAGTATCTGGGAGATAAAACAGAAAGATCACG 802 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 35644927395 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5