BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G34837.1
Length=960
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg475665 jgi|Araly1|475665|fgenesh2_kg.2__795__AT5G34837.1 1432 0.0
Ahg473407 jgi|Araly1|473407|fgenesh2_kg.1__3361__AT5G34837.1 1415 0.0
Ahg492741 jgi|Araly1|492741|fgenesh2_kg.7__2174__AT5G34837.1 1219 0.0
> Ahg475665 jgi|Araly1|475665|fgenesh2_kg.2__795__AT5G34837.1
Length=941
Score = 1432 bits (775), Expect = 0.0
Identities = 902/960 (94%), Gaps = 21/960 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 3 GATTCACCGAATCCATATCATCATACTTCAAGCTTTATAAACCTTTTGAACAGTCAAGAT 62
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1 GATTCAACGAATCCATATCATCATACTTCAAGCTTTATAAACCTGTTGAACAGTCAAGAT 60
Query 63 GACAGTCACATTCTCCCACCAAATCCATATGAATGCTTTGAACTTGGATCAGCAAATGTC 122
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 61 GACAGTCACATTCTCCCACCAAATCCATATGAATGCTTGGAACTTGGATCAACAAATGTC 120
Query 123 CCTGTGTATAGCACTGAGTGGTCTGATGATGATCCAAGTGAAGATGAAGCACCAATTGCT 182
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 121 CCTGTGTTTAGCACTGAGTGGTCTGATGATGATCCAAGTGAAGATGAAACACCAATTG-T 179
Query 183 gggaaaaagggaagaaagggaagaaagggaagaaagtcaagaaaccaaagaggaaTTGGT 242
||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 180 ----------------TGGGAAGAAAGGGAAGAAAGCCAAGAAACCAAGGAGGAATTGGT 223
Query 243 CATCAACTGAAGATGTTGTTCTCATAAGTGGGTGGCTGAACACTTCCAAGGATCCGGTGG 302
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 224 CATCAACTGAAGATGTTGTTCTCATAAGTGGGTGGCTGAACACTTCCAAGGATCTGGTGG 283
Query 303 TGGGCAATGAGCAAAAGGGGGCAGCTTTCTGGGAACGTATAGCAGCGTACTACAACTCAA 362
| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 284 TTGGCAATGAGCAAAAGGGAGCAGCGTTCTGAAAACGTATAGCAGCGTACTACAACTCAA 343
Query 363 GTCCCAAGCTCAAAGGTGTGGAAAAGAGAGGCCACATATGTTGTAAACAAAGGTGGTCAA 422
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 344 GTCCCAAGCTCAAAGGTGTGGAAAAGAGAGGCCACATATGTTGTAAACAGAGGTGCTCAA 403
Query 423 AAGTGAATGATGTTGTGAACAAGTTTGTAGGGAGCTACTTGGCTGCAAGCAAACAACAAA 482
|||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 404 AAGTGAATGACGCCGTGAACAAGTTTGTAGGGAGCTACTTGGCCGCAAGCAAACAACAAA 463
Query 483 CAAGTGGTCAAAATGATGATGATGTGGTGTCTTTGGCACATCAGATCTTCTCAAAAGATT 542
|||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 464 CAAGTGGTCAGAATGATGATGATGTGGTGTCTATGGCACATCAGATCTTCTCGAAAGATT 523
Query 543 ATGGCTGCAAGTTTACTTGTGAGCATGCTTGGAGGGAGCTTAGATATGATCAAAAGTGGA 602
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 524 ATGGCTGCAAGTTTACTTGTGAGCATGCTTGGAGGGAGCTTAGATATGATCAAAAGTGGA 583
Query 603 TTGCTCAGTCTACTCATGGGAAAGCAAAGAGAAGAAAATGTGAAGATGACTCTGAAC-CT 661
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||
Sbjct 584 TTGGTCAGTCTACTCATGGGAAAGCAAAGAGAAGAAAATGTGAAGCTGACTCTG-ACTCT 642
Query 662 GTTGGCCTTGAAGACAAGGAAGCTCGTCCCATTGGTGTTAAGGCGGCCAAAGCCGCAGCC 721
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 643 GTTGGCGTTGAAGACAAGGAAGCTCGTCCCATTGGTGTTAAGGCTGCCAAAGCCGCAGCC 702
Query 722 AAAGCCAAAGGAAAAGGCAAGCTAAGTCCGGATGAAGGTGAAGAAACCAATGCTTTGAAG 781
||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 703 AAAGCCAAAGGCAAAGCCAAGCTAAGTCCGGTTGAAGGTGAAGAAACCAATGCTTTGAAG 762
Query 782 GAGATA-AAAAGTATATGGGAGATAAAAGAGAAAGATCACGCTGCCAAAGAGAAGCTAAT 840
|||||| |||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 763 GAGATACAAAA-TATCTGGGAGATAAAACAGAAAGATCACGCTGCCAAAGAGAAGCTAAT 821
Query 841 CATTATTAAAGAGAAGAAAAATAGGACTAAGTTGCTTGAGCGTCTGTTAGGGAAAACAGA 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 822 CATTATTAAAGAGAAGAAAAATAGGACTAAGTTGCTTGAGCGTCTGTTAGGAAAAACAGA 881
Query 901 ACCTCTATCTGACATAGAGATTGAACTGAAGAACAAGTTAATCAATGAGTTGTTGGCTTG 960
| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 882 ATCTCTATCTGACATAGAGATTGATCTTAAGAACAAGTTAATCAATGAGTTGTTGGCTTG 941
> Ahg473407 jgi|Araly1|473407|fgenesh2_kg.1__3361__AT5G34837.1
Length=941
Score = 1415 bits (766), Expect = 0.0
Identities = 899/960 (94%), Gaps = 21/960 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 3 GATTCACCGAATCCATATCATCATACTTCAAGCTTTATAAACCTTTTGAACAGTCAAGAT 62
|||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1 GATTCAACGAATCCATATAATCATACTTCAAGCTTTATAAACCTGTTGAACAGTCAAGAT 60
Query 63 GACAGTCACATTCTCCCACCAAATCCATATGAATGCTTTGAACTTGGATCAGCAAATGTC 122
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 61 GACAGTCACATTCTCCCATCAAATCCATATGAATGCTTGGAACTTGGATCAACAAATGTC 120
Query 123 CCTGTGTATAGCACTGAGTGGTCTGATGATGATCCAAGTGAAGATGAAGCACCAATTGCT 182
|||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 121 TCTGTGTTTAGCACTGATTGGTCTGATGATGATCTAAGTGAAGATGAAACACCAATTGCT 180
Query 183 gggaaaaagggaagaaagggaagaaagggaagaaagtcaagaaaccaaagaggaaTTGGT 242
||||||||| | | | ||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 181 --------GGGAAGAAA--G--G--A---AAGAAAGCCAAGAAACCAAGGAGGAATTGGT 223
Query 243 CATCAACTGAAGATGTTGTTCTCATAAGTGGGTGGCTGAACACTTCCAAGGATCCGGTGG 302
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 224 CTTCAACTGAAGATGTTGTTCTCATAAGTGGGTGGCTGAACACTTCCAAAGATCCGGTGG 283
Query 303 TGGGCAATGAGCAAAAGGGGGCAGCTTTCTGGGAACGTATAGCAGCGTACTACAACTCAA 362
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 284 TGGGCAATGAGCAAAAGGGGGCAGCGTTCTGGGAACGTATAGCATCGTACTACAACTCAA 343
Query 363 GTCCCAAGCTCAAAGGTGTGGAAAAGAGAGGCCACATATGTTGTAAACAAAGGTGGTCAA 422
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 344 GTCCCAAGCTCAAAGGTGTGGAAAAGAGAGGCCACATATGTTGTAAACAGAGGTGGTCAA 403
Query 423 AAGTGAATGATGTTGTGAACAAGTTTGTAGGGAGCTACTTGGCTGCAAGCAAACAACAAA 482
|||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 404 AAGTGAATGACGCCGTGAACAAGTTTGTAGGGAGCTACTTGGCCGCAAGCAAACAACAAA 463
Query 483 CAAGTGGTCAAAATGATGATGATGTGGTGTCTTTGGCACATCAGATCTTCTCAAAAGATT 542
|||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 464 CAAGTGGTCAGAATGATGATGATGTGGTGTCTATGGCACATCAGATCTTCTCGAAAGATT 523
Query 543 ATGGCTGCAAGTTTACTTGTGAGCATGCTTGGAGGGAGCTTAGATATGATCAAAAGTGGA 602
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 524 ATGGCTGCAAGTTTACTTGTGAGCATGCTTGGAGGGAGCTTAGATATGATCAAAAGTGGA 583
Query 603 TTGCTCAGTCTACTCATGGGAAAGCAAAGAGAAGAAAATGTGAAGATGACTCTGAAC-CT 661
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |
Sbjct 584 TTGGTCAGTCTACTCATGGGAAAGCAAAGAGAAGAAAATGTGAAGCTGACTCTG-ACTTT 642
Query 662 GTTGGCCTTGAAGACAAGGAAGCTCGTCCCATTGGTGTTAAGGCGGCCAAAGCCGCAGCC 721
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 643 GTTGGCGTTGAAGACAAGGAAGCTCGTCCCATTGGTGTTAAGGCTGCCAAAGCCGCAGCC 702
Query 722 AAAGCCAAAGGA-AAAGGCAAGCTAAGTCCGGATGAAGGTGAAGAAACCAATGCTTTGAA 780
||||| ||| || |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 703 AAAGCTAAA-GACAAAGCCAAGCTAAGTCCGGTTGAAGGTGAAGAAACCAATGCTTTGAA 761
Query 781 GGAGATAAAAAGTATATGGGAGATAAAAGAGAAAGATCACGCTGCCAAAGAGAAGCTAAT 840
||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 762 GGAGATACAAAGTATCTGGGAGATAAAACAGAAAGATCACGCTGCCAAAGAGAAGCTAAT 821
Query 841 CATTATTAAAGAGAAGAAAAATAGGACTAAGTTGCTTGAGCGTCTGTTAGGGAAAACAGA 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 822 CATTATTAAAGAGAAGAAAAATAGGACTAAGTTGCTTGAGCGTCTGTTAGGGAAAACAGA 881
Query 901 ACCTCTATCTGACATAGAGATTGAACTGAAGAACAAGTTAATCAATGAGTTGTTGGCTTG 960
|||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 882 ACCTCTATTTGACATAGAGATTGATCTTAAGAACAAGTTAATCAGTGAGTTGTTGGCTTG 941
> Ahg492741 jgi|Araly1|492741|fgenesh2_kg.7__2174__AT5G34837.1
Length=802
Score = 1219 bits (660), Expect = 0.0
Identities = 770/820 (94%), Gaps = 19/820 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 3 GATTCACCGAATCCATATCATCATACTTCAAGCTTTATAAACCTTTTGAACAGTCAAGAT 62
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1 GATTCAATGAATCCATATCATCATACTTCAAGCTTTATAAACCTGTTGAACAGTCAAGAT 60
Query 63 GACAGTCACATTCTCCCACCAAATCCATATGAATGCTTTGAACTTGGATCAGCAAATGTC 122
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 61 GACAGTCACATTCTCCCACCAAATCCATATGAATGCTTGGAACTTGGATCAACAAATGTC 120
Query 123 CCTGTGTATAGCACTGAGTGGTCTGATGATGATCCAAGTGAAGATGAAGCACCAATTGCT 182
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CATGTGTTTAGCACTGAGTGGTCTGATGATGATCCAAGTGAAGATGAAGCACCAATTGCT 180
Query 183 gggaaaaagggaagaaagggaagaaagggaagaaagtcaagaaaccaaagaggaaTTGGT 242
||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 181 -----------------GGGAAGAAAGGGAAGAAAGCCAAGAAACCAAGGAGGAATTGGT 223
Query 243 CATCAACTGAAGATGTTGTTCTCATAAGTGGGTGGCTGAACACTTCCAAGGATCCGGTGG 302
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 224 CATCAACTGAAGATGTTGTTCTCATAAGTGGGTGGCTGAACACTTCCAAGGATCCGGTGG 283
Query 303 TGGGCAATGAGCAAAAGGGGGCAGCTTTCTGGGAACGTATAGCAGCGTACTACAACTCAA 362
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 284 TGGGCAATGAGCAAAAGGGGGCAGCGTTCTGGGAACGTATAGCAGCCTACTACAACTCAA 343
Query 363 GTCCCAAGCTCAAAGGTGTGGAAAAGAGAGGCCACATATGTTGTAAACAAAGGTGGTCAA 422
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 344 GTCCCAAGCTCAAAGGTGTGGAAAAGAGAGGCCACATATGTTGTAAACAGAGGTGGTCAT 403
Query 423 AAGTGAATGATGTTGTGAACAAGTTTGTAGGGAGCTACTTGGCTGCAAGCAAACAACAAA 482
|||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 404 AAGTGAATGACGCCGTGAACAAGTTTGTAGGGAGCTACTTGGCCGCAAGCAAACAACAAA 463
Query 483 CAAGTGGTCAAAATGATGATGATGTGGTGTCTTTGGCACATCAGATCTTCTCAAAAGATT 542
|||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 464 CAAGTGGTCAGAATGATGATGATGTGGTGTCTATGGCACATCAGATCTTCTCGAAAGATT 523
Query 543 ATGGCTGCAAGTTTACTTGTGAGCATGCTTGGAGGGAGCTTAGATATGATCAAAAGTGGA 602
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 524 ATGGCTGCAAGTTTACTTGTGAGCATGCGTGGAGGGAGCTTAGATATGATCAAAAGTGGA 583
Query 603 TTGCTCAGTCTACTCATGGGAAAGCAAAGAGAAGAAAATGTGAAGATGACTCTGAAC-CT 661
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||
Sbjct 584 TTGCTCAGTCTACTCATGGGAAAGCAAAGAGAAGAAAATGTGAAGCTGACTCTGA-CTCT 642
Query 662 GTTGGCCTTGAAGACAAGGAAGCTCGTCCCATTGGTGTTAAGGCGGCCAAAGCCGCAGCC 721
|||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 643 GTTGGCGTTGAAGATAAGGAAGCTCGTCCCATTGGTGTTAAGGCTGCCAAAGCCGCAGCC 702
Query 722 AAAGCCAAAGGAAAAGGCAAGCTAAGTCCGGATGAAGGTGAAGAAACCAATGCTTTGAAG 781
||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 703 AAAGCCAAAGGCAAAGCCAAGCTAAGTCCGGTTGAAGGTGAAGAAACCAATGCTTTGAAG 762
Query 782 GAGATAAAAAGTATATGGGAGATAAAAGAGAAAGATCACG 821
|||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 763 GAGATACAAAGTATCTGGGAGATAAAACAGAAAGATCACG 802
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 35644927395
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5