BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G35160.2
Length=2321
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg891118 jgi|Araly1|891118|Al_scaffold_0007_3104 2904 0.0
> Ahg891118 jgi|Araly1|891118|Al_scaffold_0007_3104
Length=1893
Score = 2904 bits (1572), Expect = 0.0
Identities = 1702/1767 (96%), Gaps = 0/1767 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 211 AAGGATAGTGCTGAGAATTTAGGTGAACTTCTTATGGGAGATCGGATTGAGAATTCGCCT 270
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 127 AAGGATAGTGCTGAGAATTTAGGTGAACTTCTTATGGGAGATCGGATTGAGAATTCGCCT 186
Query 271 TATAGGTTTAGAATGTTTAAGAATGAGAGTGAGATCTTTCTTTGTCAGACTGATAAATTG 330
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||
Sbjct 187 TATAGGTTTAAAATGTTTAAGAATGAGAGTGAGATCTTTCTCTGTCAGACTGACAAGTTG 246
Query 331 TCTGCTGATAGTTTGAAGCTTTTGAAGAAGAGGATTGATGAGATGTATCAAGTTAATCCT 390
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 247 TCTGCTGATAGTTTTAAGCTTTTGAAGAAGAGGATTGATGAGATGTATCAGGTTAATCCT 306
Query 391 ATGCTTGACAATTTACCGGCGATTCGGTATACTAAGAGAGATGGGTATGTTTTGAGGTGG 450
|||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 307 ATGCTTGATAATTTACCGGCGATTCGGTATACGAAGAAAGATGGGTATGTTTTGAGGTGG 366
Query 451 ACTGGTTATCCTGTTGGGATTAAGGTTCAGGATGTTTATTATGTTTTTAATCATTTGAAG 510
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 367 ACTGGGTATCCTGTTGGGATTAAGGTTCATGATGTTTATTATGTTTTTAATCATTTGAAG 426
Query 511 TTTAAGGTTCTTGTTCATAAGTATGAAGAAGCTGCTAATGTGGCTCGTGTGATGGGTACT 570
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 427 TTTAAGGTTCTTGTTCATAAGTATGAAGAGGCTGCTAATGTGGCTCGTGTGATGGGTACT 486
Query 571 GGTGATGCCGCTGAGGTCATTCCGACTATTGGGAAGAAAGATTCTGATGTCCCTGGTTAT 630
|||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 487 GGTGATGCGGCTGAGGTGATTCCGACTGTTGGGAAGAAAGATTCTGATGTGCCTGGGTAT 546
Query 631 ATGGTTGTTGGGTTTGAGGTTGTTCCTTGTAGCTTTGCTCATAATGGTGAATCTACGAAG 690
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 547 ATGGTTGTTGGGTTTGAGGTTGTTCCTTGTAGCTTTGCTCATAATGGTGAATCTACAAAG 606
Query 691 AAGTTGAAAATGTATGAGAGATATACTACTCCGATTAAATGTGATTCCACTAGGGTGTCT 750
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||| || |||
Sbjct 607 AAGTTGAAAATGTATGAAAGATATACAACTCCGATTAAATGTGATTCCATTAGTGTTTCT 666
Query 751 ATGTCTGTTAAGGAAGGTCAGTCTATTGTCTTCTCTTATGAAGTCAGTTTTGAGGAGAGT 810
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 667 ATGTCTGTTAAGGAAGGTCAGTCTATTGTCTTCTCGTATGAAGTCAGTTTTGAGGAGAGT 726
Query 811 GACATCAAATGGCCATCTAGATGGGATGCGTACTTGAAGATGGAGGGTTCGAAGGTTCAT 870
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 727 GACATCAAATGGCCATCTAGATGGGATGCGTACTTGAAGATGGAGGGTTCAAAGGTTCAT 786
Query 871 TGGTTCTCAATCTTGAACTCTCTTATGGTAATCACTTTCTTGGCTGGTATTGTTCTGGTG 930
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||
Sbjct 787 TGGTTCTCAATCTTGAACTCTCTTATGGTAATCACTTTCTTGGCCGGTATCGTTCTCGTG 846
Query 931 ATATTCTTGAGAACTGTTAGGCGGGATTTGACTCGTTATGAGGAGCTTGACAAGGAGGCT 990
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 847 ATATTCTTGAGAACTGTTAGGCGGGATTTGACTCGTTATGAGGAGCTTGACAAGGAGGCT 906
Query 991 CAAGCTCAGATGAACGAAGAGTTGTCTGGATGGAAGCTTGTTGTGGGTGATGTTTTCCGT 1050
|||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 907 CAAGCTCAGATGAATGAAGAGTTATCTGGGTGGAAGCTTGTCGTGGGTGATGTTTTCCGT 966
Query 1051 GCTCCATCAAATGCCTCGCTATTGTGTGTCATGGTTGGTGACGGAGTTCAGATTCTTGGC 1110
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 967 GCTCCATCAAACGCCTCGCTTTTGTGTGTCATGGTTGGTGATGGAGTTCAGATTCTTGGC 1026
Query 1111 ATGGCTGTTGTTACCATTTTGTTTGCTGCTCTAGGGTTCATGTCACCGGCTTCACGTGGA 1170
||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1027 ATGGCTGTTGTAACCATTTTGTTTGCTGCTCTTGGGTTCATGTCACCGGCTTCACGTGGA 1086
Query 1171 ACACTTATTACTGGTATGCTCTTCTTCTACATGATTCTTGGCATTGCAGCTGGTTATGTT 1230
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1087 ACACTTATTACGGGTATGCTCTTCTTCTACATGATTCTTGGCATTGCAGCTGGTTATGTT 1146
Query 1231 TCTGTTCGTCTTTGGAGGACAATTGGTTGTGGCGAACACCGTGGATGGATGTCTGTCGCA 1290
||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1147 TCTGTTCGTCTCTGGAGGACAATTGGCTGTGGCGATCACCGTGGATGGATGTCTGTCGCA 1206
Query 1291 TGGAAAGCTGCTTGCTTTTTCCCGGGTATTGCGTTTCTGATCCTTACAACGCTGAACTTC 1350
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1207 TGGAAAGCTGCTTGCTTTTTCCCAGGTATTGCGTTTCTGATCCTTACAACGCTGAACTTC 1266
Query 1351 CTTCTATGGGGTAGCCATAGCACTGGAGCCATTCCTTTCTCTCTATTTGTCATCCTCCTC 1410
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1267 CTTCTATGGGGTAGCCATAGCACTGGAGCCATTCCTTTCTCTCTATTTGTCATCCTGCTC 1326
Query 1411 CTCCTGTGGTTTTGCATCTCGGTTCCTCTAACTCTTATCGGTGGTTACTTTGGAGCCAAG 1470
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1327 CTCCTGTGGTTTTGCATCTCGGTTCCTCTCACTCTTATCGGCGGTTACTTTGGAGCCAAG 1386
Query 1471 GCTCCTCACATTGAATTCCCAGTTCGAACAAACCAAATTCCCCGGGAAATCCCCGCTCAG 1530
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1387 GCTCCTCACATTGAATTCCCAGTTCGAACCAACCAAATTCCCCGGGAAATCCCAGCTCAG 1446
Query 1531 AAATACCCATCCTGGCTTCTGGTTCTTGGCGCTGGAACACTTCCATTCGGTACCCTCTTC 1590
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 1447 AAATACCCATCCTGGCTTCTGGTTCTTGGCGCTGGAACACTTCCATTTGGGACCCTCTTC 1506
Query 1591 ATCGAGCTTTTCTTTATCATGTCCAGCATCTGGATGGGCCGTGTCTACTACGTCTTTGGA 1650
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1507 ATCGAGCTTTTCTTCATCATGTCCAGCATCTGGATGGGCCGTGTCTACTACGTCTTTGGA 1566
Query 1651 TTCCTTTTTGTAGTCTTGATCCTTCTTGTCGTAGTGTGTGCCGAGGTTTCCCTAGTGCTA 1710
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1567 TTCCTTTTTGTAGTCTTGATCCTTCTTGTGGTAGTGTGTGCTGAGGTTTCCCTAGTGCTA 1626
Query 1711 ACATACATGCACCTGTGCGTTGAAGACTATAAGTGGTGGTGGAAATCCTTCTTTGCATCT 1770
||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1627 ACATACATGCACCTGTGTGTTGAAGACTATAAATGGTGGTGGAAATCCTTCTTCGCATCA 1686
Query 1771 GGATCCGTTGCAATCTACATCTTCATATACTCCATAAACTATCTCGTCTTCGACCTCAAA 1830
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1687 GGATCCGTTGCAATCTACATCTTCATATACTCTATAAACTATCTCGTCTTCGACCTTAAA 1746
Query 1831 AGCTTGAGTGGACCCGTTTCAGCGACTCTTTATCTCGGCTACTCTCTCTTTATGGTCCTG 1890
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||
Sbjct 1747 AGCTTAAGTGGACCCGTTTCAGCGACTCTTTATCTCGGCTACTCTCTGTTTATGGTCTTG 1806
Query 1891 GCTATCATGCTCGCAACAGGTACCGTTGGTTTCCTCTCTTCCTTCTGGTTCGTACACTAC 1950
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 1807 GCTATCATGCTCGCAACAGGTACTGTTGGTTTCCTCTCTTCTTTCTGGTTCGTGCACTAC 1866
Query 1951 TTGTTTTCTTCGGTGAAACTTGACTAA 1977
|||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1867 TTGTTTTCTTCGGTCAAACTTGACTAA 1893
Score = 219 bits (118), Expect = 1e-55
Identities = 126/130 (97%), Gaps = 0/130 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAGGTCAATGGATCGATTTGGGATCTGGGTTTTGGCGATTTTGTTAGTGATTCAATCA 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1 ATGAGGTCAATGGATCGATTTGGGATCTGGGTTTTGGCGATTTTGTCAGTGATTCAATCA 60
Query 61 AGTTTTGGGTTTTACCTTCCTGGAAGCTATCCACATAAGTATGAAGTTGGTGATTACTTG 120
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AGTTTTGGTTTTTACCTTCCAGGAAGCTATCCACATAAGTATGAAGTTGGTGATTACTTG 120
Query 121 AACGTGAAGG 130
|| |||||||
Sbjct 121 AATGTGAAGG 130
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 87417112275
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5