BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G35200.1
Length=2149
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg947166 jgi|Araly1|947166|scaffold_703395.1 2717 0.0
> Ahg947166 jgi|Araly1|947166|scaffold_703395.1
Length=1684
Score = 2717 bits (1471), Expect = 0.0
Identities = 1620/1689 (96%), Gaps = 21/1689 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 195 TTAAGGAGGGAGAAACGAAATGTCAGGTGGTGGTGGATCACAGAGTAGTTTAAGGAGGTA 254
|||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2 TTAAGGAGCGAGAAACGAAATGTCAGGTGGGGGAGGATCACAGAGTAGTTTAAGGAGGTA 61
Query 255 TCTTGGAGCTATTAAAGATACCACCACAGTTTCATTAGCTAAGGTCAATAGTGATTACAA 314
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 62 TCTTGGAGCTATTAAAGATACCACCACAGTTTCATTAGCTAAGGTCAATAGTGATTACAA 121
Query 315 GGAATTGGATATTGCTATTGTGAAGGCTACTAATCATGTGGAACGTCCTTCTAAAGAAAG 374
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 122 GGAATTGGATATTGCTATTGTGAAGGCTACAAATCATGTGGAGCGTCCTTCTAAAGAAAG 181
Query 375 ATACATCAGAGCTATTTTTATGGCTATTTCAGCAACAAGGCCTCGTGCAGATGTGGCTTA 434
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 182 ATACATCAGAGCTATTTTCATGGCTATTTCAGCAACAAGGCCTCGTGCAGATGTGGCTTA 241
Query 435 TTGTATCCATGCTCTTGCTAGGCGGTTATCAAGAACACATAACTGGGCGGTTGCACTGAA 494
||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 242 TTGCATCCATGCTCTGGCTAGGCGGTTATCAAGAACACATAACTGGGCGGTTGCACTGAA 301
Query 495 AACTCTTATTGTTATTCACCGTGCCTTGAGAGAAGTGGACCAGACATTTCATGAAGAAGT 554
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 302 AACTCTTATTGTTATTCACCGTGCCTTGAGGGAAGTGGACCAGACGTTTCATGAAGAAGT 361
Query 555 TATTAATTATAGCAGAAGCAGAAGTCATATGCTGAATATGTCTCATTTTAAAGATGATTC 614
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 362 TATTAATTATAGCAGAAGCAGAAGTCATATGCTGAATATGTCTCATTTTAAAGATGATTC 421
Query 615 TGGTCCAAATGCTTGGGCTTATTCTGCTTGGGTCCGTTTCTATGCTCTATTCTTAGAGGA 674
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 422 TGGTCCAAATGCTTGGGCTTACTCTGCTTGGGTCCGTTTCTATGCTCTATTCTTAGAGGA 481
Query 675 GCGATTAGAGTGTTTCCGTGTTTTGAAGTACGATGTTGAGGTTGACCCCCCAAGAACCAA 734
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 482 GCGATTAGAGTGTTTCCGTGTTTTGAAATACGATGTTGAGGTTGACCCCCCAAGAACCAA 541
Query 735 AGATTTGGACACTCCTGATTTGCTCGAGCAACTTCCTGCTCTGCAAGAACTTCTTTTCCG 794
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 542 AGATTTGGACACTCCTGATTTGCTCGAGCAACTTCCTGCTCTGCAAGAACTTCTTTTCCG 601
Query 795 TGTTCTTGACTGTCAGCCTGAAGGGGCAGCTGTTCAAAACCACATTATCCAATTGGCACT 854
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 602 TGTTCTTGACTGTCAGCCTGAAGGGGCAGCAGTTCAAAACCACATTATCCAATTGGCACT 661
Query 855 CTCAATGGTTATATCTGAGAGCACTAAAATATATCAAGCACTGACAGATGGCATAGACAA 914
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 662 CTCAATGGTTATATCTGAGAGCACTAAAATATATCAAGCACTGACAGATGGCATAGACAA 721
Query 915 TTTGGTTGATAAGTTCTTTGATATGCAACGGAATGATGCTGTGAAGGCTTTGGATATGTA 974
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 722 TTTGGTTGATAAGTTCTTTGAGATGCAACGGAATGATGCTCTTAAGGCTTTGGATATGTA 781
Query 975 CAGACGAGCGGTAAAACAGGCAGGGAGGCTTTCTGAATTTTTCGAAGTTTGCAAAAGTGT 1034
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 782 CAGAAGAGCGGTAAAACAGGCAGGGAGGCTTTCTGAATTTTTCGAAGTTTGCAAAAGTGT 841
Query 1035 TAATGTTGGACGTGGAGAGAGATTTATAAAGATTGAGCAGCCTCCCACTTCTTTTCTACA 1094
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 842 TAATGTTGGACGTGGAGATAGATTTATAAAGATTGAGCAGCCTCCCACTTCTTTTCTACA 901
Query 1095 AGCAATGGAAGAGTATGTGAAAGAAGCACCATTAGCAGCAGGGGTCAAGAAAGAGCAGGT 1154
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 902 AGCAATGGAAGAGTATGTGAAAGAAGCACCATTAGCAGCAGGGGTCAAGAAGGAGCAGGT 961
Query 1155 AGTGGAGAAACTTACTGCTCCCAAAGAGATTTTGGCCATAGAGTACGAAATTCCCCCGA- 1213
|||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 962 AGTGGAGAAACTTAATGCTCCGAAAGAGATTTTGGCCATAGAGTACGAAAAGCCCCC-AC 1020
Query 1214 AGGTTGTTGAAGAGAAACCAGCATCACCTGAACCAGTTAAAGCAGAAGCAGAGAAGCCTG 1273
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 AGGTTGTTGAAGAGAAACCAGCATCACCTGAACCAGTTAAAGCAGAAGCAGAGAAGCCTG 1080
Query 1274 TAGAGAAACAACCTGACCTTCTGTCTATGGATGATCCAGCTCCAATGGTCTCTGAACTTG 1333
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||| |
Sbjct 1081 TAGAGAAACAACCTGATCTTCTGTCTATGGATGATCCAGCTCCAGTGATCTCCGAACTCG 1140
Query 1334 AAGAGAAAAATGCTTTGGCTTTGGCTATTGTCCCTGTTAGCGTTGAACAGCCA-CATTCG 1392
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| | ||||
Sbjct 1141 AAGAGAAAAATGCTTTGGCTTTGGCTATTGTCCCTGTTAGCGTTGAGCCGCCAGC-TTCG 1199
Query 1393 ACAACTGATTTTACAAATGGTAATTCGACTGGCTGGGAATTGGCACTTGTGACTGCCCCA 1452
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 ACAACTGATTTTACAAATGGGAATTCGACTGGCTGGGAATTGGCACTTGTGACTGCCCCA 1259
Query 1453 AGCTCAAATGAAGGTGCCGCTGCAGATAGCAAATTGGCGGGTGGACTGGACAAGCTCACA 1512
|| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 AGTTCAAATGAAAGTGCCGCTGCAAATAGCAAATTGGCGGGTGGACTGGACAAGCTCACA 1319
Query 1513 CTTGACAGCCTATATGAGGATGCAATCAGAGTGAGTCAACAGCAAAACAGGAGCTATAAT 1572
|||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1320 CTTGACAGCCTATACGAGGATGCAATAAGAGTGAGTCAACAGCAAAACAGGAGCTACAAT 1379
Query 1573 CCATGGGAACAAAATCCAGTTCATAATGGTCACATGATGCACCAACCTTTCTATGCATCT 1632
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1380 CCATGGGAACAAAATCAAGTTCATAATGGTCACATGATGCACCAACCTTTCTTTGCATCT 1439
Query 1633 AATGGAGTCGCAGCTCCTCAACCTTTTCAAATGGCGAACCAAAATCATCAAACATTCGGG 1692
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 AATGGAGTCGCAGCTCCTCAACCTCTTCAAATGGCGAACCAAAATCATCAAACATTCGGG 1499
Query 1693 TATCAGCATCAGAATGCAGGAATGATGATGGGACCTGTACAACAACCTTATCAACAACAG 1752
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 1500 TATCAGCATCAGAATGCAGGAATGATGATGGGACCTGTACAAC--C-TTATCAACAACAG 1556
Query 1753 CAGCAGAACATGAACAATCCCTTTGGCAACCCATTTGTATCCAATGGTAATCCGCAACAA 1812
|||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1557 CAGCCGAACATGAGCAACCCCTTTGGCAACCCATTTGTATCCAATGGTAATCCGCACCAA 1616
Query 1813 CCGCA-----------A-GGTTACAACCCATATCCAAGGTATATGTAAGGAAAGGGGTGT 1860
||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 1617 CCGCATGGCTCGGTTCAAGGTTACAATCCATATCCAAGGTATATGTAAGGTAAGA--TGT 1674
Query 1861 GATATGATC 1869
|||| ||||
Sbjct 1675 GATAAGATC 1683
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 80865590135
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5