BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G35207.1
Length=753
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg475660 jgi|Araly1|475660|fgenesh2_kg.2__790__AT5G35207.1 1127 0.0
Ahg473402 jgi|Araly1|473402|fgenesh2_kg.1__3356__AT5G35207.1 1125 0.0
> Ahg475660 jgi|Araly1|475660|fgenesh2_kg.2__790__AT5G35207.1
Length=710
Score = 1127 bits (610), Expect = 0.0
Identities = 678/710 (95%), Gaps = 8/710 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 43 TTGGAAAGGACAATATACACGTGGATCAGGAAAACCAACAATCGTTTTAGAGGTCGTTGC 102
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Sbjct 1 TTGGAAAGGACAATATACACGTGGATCAGGAAAACCAACAATCGTTTTAGAGGCCGTTGC 60
Query 103 TTCCCAAGATCTCTGGATATGGCACGCGTTTTTTGGACCTCCAGGTACCTTAAACTATAT 162
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Sbjct 61 TTCCCAAGATCTCTGGATATGGCACGCATTTTTTGGACCTCCAGGTACCTTAAACGATAT 120
Query 163 CAATATTCTTGATCGCTCACCAGTTTTTGATGATATATTACAAGGTCGAGCTCCGAAAGT 222
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Sbjct 121 CAATATTCTTGATCGCTCACCAGTTTTTGATGATATATTACAAGGTCGAGCTCCGAAAGT 180
Query 223 GAAATACGTAGTCAACGAGAA-GACTATAATTTGGCTTACTACCTCACAGATGGAATTTA 281
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Sbjct 181 GAAATACGTAGTCAACGGGAAAGACTATAATTTGGCTTACTACCTCACAGATGGAATTTA 240
Query 282 TCCTAAATGGTTTACATTTATCCAATCAATTTCAATTCCACAAGGTGATAAAGCTTCTTT 341
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Sbjct 241 TCCTAAATGGGCTACATTTATCCAATCAATTTCAATTCCACAAGGTGATAAAGCTTCTTT 300
Query 342 ATTTGCTATAACTCAAGAAGCTTGTCGTAAAGATGTTGAGCGTGCTTTTGGAGTTTTGCA 401
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Sbjct 301 ATTTGCTACAACTCAAGAAGCTTGTCGTAAAGATGTTGAGCGTGCTTTCGGAGTTTTGCA 360
Query 402 AGCTCGGTTTGCCATTGTCAAACATCCAGCTCTTTTTCATGATAAGGTGAAAATTAGAAA 461
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Sbjct 361 AGCTCGGTTTGCCATTGTCAAACATCCAGCTCTTTTTCATGATAAGGTGAAAATT-GAAA 419
Query 462 -TATTATGCGAGCATATATAATACTTCACAATATGATAGTAGAAGACGAACGAGATGGGT 520
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Sbjct 420 ATATTATGCGAGCATGTATCATACTGCACAATATGATAGTAGAGGACGAACGAGATGGGT 479
Query 521 ACACTCAGTTTGATGTATCTGAATTCGTACATCCAGAATCAGCCATCTCTTCACAAGTAG 580
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Sbjct 480 ATACTCAGTTTGATGTATCTGAATTCGTACATCCAGAATCAACCAGCTCTTCACAAGTGG 539
Query 581 ATTTCACCTATGCTATAGATAT----GCCTCCAAATCTCGGTAATATGATGGCCATTAGA 636
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Sbjct 540 ATTTCACTTATGCTAGAGATATATATGCCTTCAAATCTCGGTAATATGATGGCCACTAGA 599
Query 637 GCCCGAGTTCGTGATCGGATTAAACATGAAGAATTGAAAGCTGATTT-GTTGAACATGTA 695
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Sbjct 600 GCCCGAGTTCGTGATCGGATTAAACATGAAGAATTGAAAGCTGATTTAGTTGAACATGTA 659
Query 696 TGAAAACATTATTATCATAATCAATCTTAAAATGTAATCGTTAttttttt 745
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Sbjct 660 TGGCAACATTATTACCAGAATCAATCTTAAAATGTAATCGTTATTTTTTT 709
> Ahg473402 jgi|Araly1|473402|fgenesh2_kg.1__3356__AT5G35207.1
Length=706
Score = 1125 bits (609), Expect = 0.0
Identities = 674/706 (95%), Gaps = 2/706 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 43 TTGGAAAGGACAATATACACGTGGATCAGGAAAACCAACAATCGTTTTAGAGGTCGTTGC 102
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Sbjct 1 TTGGAAAGGAAAATATACACGTGGATCAGGAAAACCAATAATCGTTTTAGAGGCCGTTGC 60
Query 103 TTCCCAAGATCTCTGGATATGGCACGCGTTTTTTGGACCTCCAGGTACCTTAAACTATAT 162
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Sbjct 61 TTCCCAAGATCTCTGGATATGGCACGCGTTTTTTGGACCTCCAGGTACTTTAAACGATAT 120
Query 163 CAATATTCTTGATCGCTCACCAGTTTTTGATGATATATTACAAGGTCGAGCTCCGAAAGT 222
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Sbjct 121 CAATATTCTTGATCGCTCACCAGTTTTTGATGATATATTACAAGGTCGAGCTCCGAAAGT 180
Query 223 GAAATACGTAGTCAACGAGAA-GACTATAATTTGGCTTACTACCTCACAGATGGAATTTA 281
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Sbjct 181 GAAATACGTAGTCAACGGGAAAGACTATAATTTGTCTTACTACCTCACATATGGAATTTA 240
Query 282 TCCTAAATGGTTTACATTTATCCAATCAATTTCAATTCCACAAGGTGATAAAGCTTCTTT 341
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Sbjct 241 TCCTAAATGGGCTACATTTATCCAATCAATTTCAATTCCACAAGGTGATAAAGCTTCTTT 300
Query 342 ATTTGCTATAACTCAAGAAGCTTGTCGTAAAGATGTTGAGCGTGCTTTTGGAGTTTTGCA 401
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Sbjct 301 ATTTGCTACAACTCAAGAAACTTGTCGTAAAGATGTTGAACGTGCTTTCGGAGTTTTGCA 360
Query 402 AGCTCGGTTTGCCATTGTCAAACATCCAGCTCTTTTTCATGATAAGGTGAAAATTAGAAA 461
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Sbjct 361 AGCTTGGTTTGCCATTGTCAAACATCCAGCTCTTTTTCATGATAAGGTTAAAATTGGAAA 420
Query 462 TATTATGCGAGCATATATAATACTTCACAATATGATAGTAGAAGACGAACGAGATGGGTA 521
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Sbjct 421 TATTATGCGAGCATGTATAATACTTCACAATATGATAGTAGTGGACGAACGAGATGGGTA 480
Query 522 CACTCAGTTTGATGTATCTGAATTCGTACATCCAGAATCAGCCATCTCTTCACAAGTAGA 581
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Sbjct 481 TACTCAGTTTGATGTATCTGAATTCGTACATCCAGAATCAGCCAGCTCTTCACAAGTGGA 540
Query 582 TTTCACCTATGCTATAGATATGCCTCCAAATCTCGGTAATATGATGGCCATTAGAGCCCG 641
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Sbjct 541 TTTCACCTATGCTACAGATATGCCTTCAAATCTCGGTAATATGATGGCCACTAGAGCCCG 600
Query 642 AGTTCGTGATCGGATTAAACATGAAGAATTGAAAGCTGATTT-GTTGAACATGTATGAAA 700
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Sbjct 601 AGTTCGTGATCGGATTAAACATGAAGAATTGAAAGCTGATTTAGTTGAACATGTATGGCA 660
Query 701 ACATTATTATCATAATCAATCTTAAAATGTAATCGTTAtttttttt 746
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Sbjct 661 ACATTATTACCAGAATCAATCTTAAAATGTAATCGTTATTTTTTTT 706
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 27753483576
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5