BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G35630.1
Length=1829
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg493621 jgi|Araly1|493621|fgenesh2_kg.7__3054__AT5G35630.3 2385 0.0
Ahg894826 jgi|Araly1|894826|Al_scaffold_0006_2822 211 1e-53
> Ahg493621 jgi|Araly1|493621|fgenesh2_kg.7__3054__AT5G35630.3
Length=1555
Score = 2385 bits (1291), Expect = 0.0
Identities = 1430/1494 (96%), Gaps = 22/1494 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 311 GGATCATCAATCCAATGGCTCAGATCTTAGCAGCTTCTCCAACATGTCAGATGAGAGTGC 370
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 66 GGATCATCAATCCAATGGCACAGATCTTAGCAGCTTCTCCAACATGTCAGATGAGAGTGC 125
Query 371 CTAAACACTCATCAGTCATTGCATCATCATCCAAGTTATGGAGCTCTGTTGTGTTGAAAC 430
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 126 CTAAACACTCATCAGTCATT---TCATCATCCAAGTTATGGAGCTCTGTTGTGTTGAAAC 182
Query 431 AGAAGAAGCAGAGCAACAACAAAGTCAGAGGCTTTAGAGTTCTTGCTCTCCAATCTGATA 490
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 183 AGAAGAAGCAGAGCAACAACAAAGTCAGAGGCTTTAGAGTTCTTGCTCTCCAATCTGATA 242
Query 491 ACAGTACTGTCAATAGAGTTGAGACTCTTCTCAATTTAGACACCAAACCTTACTCTGACA 550
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 243 ACAGTACTGTCAATAGAGTTGAGACTCTTCTCAATTTAGACACCAAACCTTACACTGACA 302
Query 551 GGATCATTGCTGAATACATTTGGATCGGAGGATCTGGAATTGACCTTAGAAGCAAGTCAA 610
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 303 GGATCATTGCTGAGTACATTTGGATTGGAGGATCTGGAATTGATCTTAGAAGCAAGTCAA 362
Query 611 GGACTATCGAAAAGCCGGTGGAGGATCCTTCTGAGCTACCTAAGTGGAACTATGATGGTT 670
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 363 GGACTATCGAAAAGCCGGTGGAGGATCCTTCTGAGCTTCCTAAGTGGAACTATGATGGTT 422
Query 671 CGAGTACCGGTCAAGCACCTGGTGAAGATAGTGAAGTGATTCTATACCCGCAAGCTATCT 730
||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 423 CGAGTACTGGTCAGGCACCTGGTGAAGATAGTGAAGTGATTCTATACCCGCAAGCTATCT 482
Query 731 TCAGAGATCCTTTCCGTGGAGGCAATAACATCTTGGTTATCTGTGATACTTGGACACCAG 790
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 483 TCAGAGATCCTTTCCGTGGGGGCAATAACATCTTGGTTATCTGTGATACTTGGACACCAG 542
Query 791 CTGGTGAGCCAATTCCAACAAACAAACGTGCTAAAGCTGCTGAGATCTTCAGTAACAAGA 850
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 543 CTGGTGAGCCAATTCCAACAAACAAACGTGCTAAAGCTGCTGAGATCTTCAGTAACAAGA 602
Query 851 AGGTCTCTGGCGAGGTTCCATGGTTCGGCATTGAACAAGAGTACACTTTACTTCAGCAAA 910
||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 603 AGGTCACCAACGAGGTTCCATGGTTCGGCATTGAACAAGAGTACACTTTACTTCAGCAAA 662
Query 911 ACGTCAAATGGCCTTTAGGTTGGCCTGTTGGAGCGTTCCCTGGTCCTCAGGGTCCTTACT 970
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 663 ACGTCAAATGGCCGTTGGGTTGGCCTGTTGGAGCGTTCCCTGGTCCTCAGGGTCCTTACT 722
Query 971 ACTGTGGAGTTGGAGCTGACAAGATTTGGGGGCGTGACATTTCAGATGCTCATTACAAAG 1030
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 723 ACTGTGGAGTTGGAGCTGACAAGATTTGGGGGCGTGACATTTCAGATGCTCATTACAAAG 782
Query 1031 CTTGTTTATATGCTGGAATTAACATTAGTGGTACTAATGGTGAAGTTATGCCTGGACAGT 1090
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 783 CTTGTTTATATGCTGGGATTAACATTAGTGGTACTAATGGTGAAGTTATGCCTGGACAGT 842
Query 1091 GGGAGTTCCAAGTTGGCCCGAGCGTAGGAATTGATGCAGGTGATCATGTTTGGTGTGCTA 1150
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 843 GGGAGTTCCAAGTTGGCCCGAGCGTAGGAATCGACGCAGGTGATCATGTTTGGTGTGCTA 902
Query 1151 GATACCTTCTTGAGAGAATCACAGAACAAGCTGGTGTTGTCCTAACACTTGATCCCAAAC 1210
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 903 GATACCTTCTTGAGAGAATCACAGAACAAGCGGGTGTTGTCCTAACACTTGATCCCAAAC 962
Query 1211 CGATAGAGGGTGACTGGAACGGTGCTGGTTGCCACACCAATTACAGTACCAAGAGCATGA 1270
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 CGATTGAGGGTGACTGGAACGGTGCTGGTTGCCACACCAATTACAGTACCAAGAGCATGA 1022
Query 1271 GAGAGGAAGGAGGATTTGAAGTGATCAAGAAGGCTATCTTGAACCTCTCGCTTCGCCACA 1330
||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1023 GAGAGGAAGGAGGATTTGAGGTGATCAAAAAGGCCATCTTGAACCTCTCGCTTCGCCACA 1082
Query 1331 AGGAGCACATCAGTGCCTACGGTGAAGGAAACGAGAGAAGGTTGACCGGAAAGCACGAGA 1390
|||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1083 AGGAGCACATCAGTGCCTACGGTGAAGGCAATGAGAGAAGGTTGACCGGAAAGCACGAGA 1142
Query 1391 CAGCTAGTATTGACCAGTTCTCATGGGGCGTGGCTAACCGTGGATGCTCTATTCGTGTGG 1450
|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1143 CAGCTAGTATCGACCAATTCTCATGGGGCGTGGCTAACCGTGGATGCTCTATTCGTGTGG 1202
Query 1451 GACGTGACACCGAGGCGAAAGGAAAAGGTTACTTAGAAGATCGCCGTCCAGCATCTAACA 1510
||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1203 GACGTGATACCGAGGCGAAAGGAAAAGGTTACTTGGAAGATCGGCGTCCAGCATCTAACA 1262
Query 1511 TGGACCCATACATTGTGACCTCACTTTTGGCAGAGACCACACTCCTGTGGGAGCCAACTC 1570
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1263 TGGACCCATACATTGTGACCTCACTTTTGGCAGAGACCACACTCCTGTGGGAGCCAACTC 1322
Query 1571 TTGAGGCTGAAGCCCTTGCAGCTCAAAAGCTTTCTTTGAATGTTTAAAATTAGTCGAAAC 1630
||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1323 TTGAGGCTGAAGCACTCGCAGCCCAAAAGCTTTCCTTGAATGTTTAAAATTAGTCGAAAC 1382
Query 1631 TTTCATGAATCTGATGAACACACGTGTCTATGTGGTCTCTC----A--A---G-TTGTTT 1680
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| | | | ||||||
Sbjct 1383 TTTCATGAATCCGATGAACACACATGTCTATGTGGTCTCTCCGGGATCATAAGGTTGTTT 1442
Query 1681 AAA-CATT----CGGATTAAGACATTGTTTGTTGTCTTTTCATTTGCATTTTTAAAACTC 1735
||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 1443 AAAACATTTGTTCGGATTAAGACATTATTTGTTGTCTTTTCATTTGCATTGTTGAAACTA 1502
Query 1736 AGAA-T-TGTATGG-ACAATGTTCATCCTTTTATATTGGTTCTTTTGACTGTTA 1786
|||| | | ||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1503 AGAACTCTATATGGGA-AATGGTCATCCTTTTATATTGGTTCTTTTGACTGTTA 1555
> Ahg894826 jgi|Araly1|894826|Al_scaffold_0006_2822
Length=981
Score = 211 bits (114), Expect = 1e-53
Identities = 125/130 (96%), Gaps = 2/130 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 961 GGTCCTTACTACTGTGGAGTTGGAGCTGACAAGATTTGGGGGCGTGACATT-TCAGATGC 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 559 GGTCCTTACTACTGTGGAGTTGGAGCTGACAAGATTTGGGGGCGTGACATTGT-AGATGC 617
Query 1020 TCATTACAAAGCTTGTTTATATGCTGGAATTAACATTAGTGGTACTAATGGTGAAGTTAT 1079
||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 618 TCATTACAAAGCTTGTTTACATGCTTTAATTAACATTAGTGGTACTAATGGTGAAGTTAT 677
Query 1080 GCCTGGACAG 1089
||||||||||
Sbjct 678 GCCTGGACAG 687
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 68676711735
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5