BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G35630.1 Length=1829 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg493621 jgi|Araly1|493621|fgenesh2_kg.7__3054__AT5G35630.3 2385 0.0 Ahg894826 jgi|Araly1|894826|Al_scaffold_0006_2822 211 1e-53 > Ahg493621 jgi|Araly1|493621|fgenesh2_kg.7__3054__AT5G35630.3 Length=1555 Score = 2385 bits (1291), Expect = 0.0 Identities = 1430/1494 (96%), Gaps = 22/1494 (1%) Strand=Plus/Plus Query 311 GGATCATCAATCCAATGGCTCAGATCTTAGCAGCTTCTCCAACATGTCAGATGAGAGTGC 370 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 66 GGATCATCAATCCAATGGCACAGATCTTAGCAGCTTCTCCAACATGTCAGATGAGAGTGC 125 Query 371 CTAAACACTCATCAGTCATTGCATCATCATCCAAGTTATGGAGCTCTGTTGTGTTGAAAC 430 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 126 CTAAACACTCATCAGTCATT---TCATCATCCAAGTTATGGAGCTCTGTTGTGTTGAAAC 182 Query 431 AGAAGAAGCAGAGCAACAACAAAGTCAGAGGCTTTAGAGTTCTTGCTCTCCAATCTGATA 490 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 183 AGAAGAAGCAGAGCAACAACAAAGTCAGAGGCTTTAGAGTTCTTGCTCTCCAATCTGATA 242 Query 491 ACAGTACTGTCAATAGAGTTGAGACTCTTCTCAATTTAGACACCAAACCTTACTCTGACA 550 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 243 ACAGTACTGTCAATAGAGTTGAGACTCTTCTCAATTTAGACACCAAACCTTACACTGACA 302 Query 551 GGATCATTGCTGAATACATTTGGATCGGAGGATCTGGAATTGACCTTAGAAGCAAGTCAA 610 ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 303 GGATCATTGCTGAGTACATTTGGATTGGAGGATCTGGAATTGATCTTAGAAGCAAGTCAA 362 Query 611 GGACTATCGAAAAGCCGGTGGAGGATCCTTCTGAGCTACCTAAGTGGAACTATGATGGTT 670 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 363 GGACTATCGAAAAGCCGGTGGAGGATCCTTCTGAGCTTCCTAAGTGGAACTATGATGGTT 422 Query 671 CGAGTACCGGTCAAGCACCTGGTGAAGATAGTGAAGTGATTCTATACCCGCAAGCTATCT 730 ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 423 CGAGTACTGGTCAGGCACCTGGTGAAGATAGTGAAGTGATTCTATACCCGCAAGCTATCT 482 Query 731 TCAGAGATCCTTTCCGTGGAGGCAATAACATCTTGGTTATCTGTGATACTTGGACACCAG 790 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 483 TCAGAGATCCTTTCCGTGGGGGCAATAACATCTTGGTTATCTGTGATACTTGGACACCAG 542 Query 791 CTGGTGAGCCAATTCCAACAAACAAACGTGCTAAAGCTGCTGAGATCTTCAGTAACAAGA 850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 543 CTGGTGAGCCAATTCCAACAAACAAACGTGCTAAAGCTGCTGAGATCTTCAGTAACAAGA 602 Query 851 AGGTCTCTGGCGAGGTTCCATGGTTCGGCATTGAACAAGAGTACACTTTACTTCAGCAAA 910 ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 603 AGGTCACCAACGAGGTTCCATGGTTCGGCATTGAACAAGAGTACACTTTACTTCAGCAAA 662 Query 911 ACGTCAAATGGCCTTTAGGTTGGCCTGTTGGAGCGTTCCCTGGTCCTCAGGGTCCTTACT 970 ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 663 ACGTCAAATGGCCGTTGGGTTGGCCTGTTGGAGCGTTCCCTGGTCCTCAGGGTCCTTACT 722 Query 971 ACTGTGGAGTTGGAGCTGACAAGATTTGGGGGCGTGACATTTCAGATGCTCATTACAAAG 1030 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 723 ACTGTGGAGTTGGAGCTGACAAGATTTGGGGGCGTGACATTTCAGATGCTCATTACAAAG 782 Query 1031 CTTGTTTATATGCTGGAATTAACATTAGTGGTACTAATGGTGAAGTTATGCCTGGACAGT 1090 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 783 CTTGTTTATATGCTGGGATTAACATTAGTGGTACTAATGGTGAAGTTATGCCTGGACAGT 842 Query 1091 GGGAGTTCCAAGTTGGCCCGAGCGTAGGAATTGATGCAGGTGATCATGTTTGGTGTGCTA 1150 ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 843 GGGAGTTCCAAGTTGGCCCGAGCGTAGGAATCGACGCAGGTGATCATGTTTGGTGTGCTA 902 Query 1151 GATACCTTCTTGAGAGAATCACAGAACAAGCTGGTGTTGTCCTAACACTTGATCCCAAAC 1210 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 903 GATACCTTCTTGAGAGAATCACAGAACAAGCGGGTGTTGTCCTAACACTTGATCCCAAAC 962 Query 1211 CGATAGAGGGTGACTGGAACGGTGCTGGTTGCCACACCAATTACAGTACCAAGAGCATGA 1270 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 963 CGATTGAGGGTGACTGGAACGGTGCTGGTTGCCACACCAATTACAGTACCAAGAGCATGA 1022 Query 1271 GAGAGGAAGGAGGATTTGAAGTGATCAAGAAGGCTATCTTGAACCTCTCGCTTCGCCACA 1330 ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1023 GAGAGGAAGGAGGATTTGAGGTGATCAAAAAGGCCATCTTGAACCTCTCGCTTCGCCACA 1082 Query 1331 AGGAGCACATCAGTGCCTACGGTGAAGGAAACGAGAGAAGGTTGACCGGAAAGCACGAGA 1390 |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1083 AGGAGCACATCAGTGCCTACGGTGAAGGCAATGAGAGAAGGTTGACCGGAAAGCACGAGA 1142 Query 1391 CAGCTAGTATTGACCAGTTCTCATGGGGCGTGGCTAACCGTGGATGCTCTATTCGTGTGG 1450 |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1143 CAGCTAGTATCGACCAATTCTCATGGGGCGTGGCTAACCGTGGATGCTCTATTCGTGTGG 1202 Query 1451 GACGTGACACCGAGGCGAAAGGAAAAGGTTACTTAGAAGATCGCCGTCCAGCATCTAACA 1510 ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1203 GACGTGATACCGAGGCGAAAGGAAAAGGTTACTTGGAAGATCGGCGTCCAGCATCTAACA 1262 Query 1511 TGGACCCATACATTGTGACCTCACTTTTGGCAGAGACCACACTCCTGTGGGAGCCAACTC 1570 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1263 TGGACCCATACATTGTGACCTCACTTTTGGCAGAGACCACACTCCTGTGGGAGCCAACTC 1322 Query 1571 TTGAGGCTGAAGCCCTTGCAGCTCAAAAGCTTTCTTTGAATGTTTAAAATTAGTCGAAAC 1630 ||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1323 TTGAGGCTGAAGCACTCGCAGCCCAAAAGCTTTCCTTGAATGTTTAAAATTAGTCGAAAC 1382 Query 1631 TTTCATGAATCTGATGAACACACGTGTCTATGTGGTCTCTC----A--A---G-TTGTTT 1680 ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| | | | |||||| Sbjct 1383 TTTCATGAATCCGATGAACACACATGTCTATGTGGTCTCTCCGGGATCATAAGGTTGTTT 1442 Query 1681 AAA-CATT----CGGATTAAGACATTGTTTGTTGTCTTTTCATTTGCATTTTTAAAACTC 1735 ||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| Sbjct 1443 AAAACATTTGTTCGGATTAAGACATTATTTGTTGTCTTTTCATTTGCATTGTTGAAACTA 1502 Query 1736 AGAA-T-TGTATGG-ACAATGTTCATCCTTTTATATTGGTTCTTTTGACTGTTA 1786 |||| | | ||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1503 AGAACTCTATATGGGA-AATGGTCATCCTTTTATATTGGTTCTTTTGACTGTTA 1555 > Ahg894826 jgi|Araly1|894826|Al_scaffold_0006_2822 Length=981 Score = 211 bits (114), Expect = 1e-53 Identities = 125/130 (96%), Gaps = 2/130 (2%) Strand=Plus/Plus Query 961 GGTCCTTACTACTGTGGAGTTGGAGCTGACAAGATTTGGGGGCGTGACATT-TCAGATGC 1019 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| Sbjct 559 GGTCCTTACTACTGTGGAGTTGGAGCTGACAAGATTTGGGGGCGTGACATTGT-AGATGC 617 Query 1020 TCATTACAAAGCTTGTTTATATGCTGGAATTAACATTAGTGGTACTAATGGTGAAGTTAT 1079 ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 618 TCATTACAAAGCTTGTTTACATGCTTTAATTAACATTAGTGGTACTAATGGTGAAGTTAT 677 Query 1080 GCCTGGACAG 1089 |||||||||| Sbjct 678 GCCTGGACAG 687 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 68676711735 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5