BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G35930.1
Length=3594
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg330218 jgi|Araly1|330218|fgenesh1_pm.C_scaffold_7002445 4916 0.0
> Ahg330218 jgi|Araly1|330218|fgenesh1_pm.C_scaffold_7002445
Length=3363
Score = 4916 bits (2662), Expect = 0.0
Identities = 3163/3399 (93%), Gaps = 58/3399 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GAAACCGAGGCAAGCCGAAGAATTGCTGCATTTCTCATAAATTCGTTGATGCAGCCTCCA 60
|||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 11 GAAACCGAGGCAAGTCGGAGAATTGTTGCATTTCTCATAAATTCG-T--TGCAGCCTCCA 67
Query 61 AAAACCCTCATCAAATCGCCGTGATTCAAGCTTCCGGCTTGACGGCGAGGAGCATTAGGT 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 68 AAAACCCTCATCAAATCGCCGTGATTCAAGCTTCAGGCTTGACGGCGAGGAGGATTAGGT 127
Query 121 CGGAATCAGCTGCACCGCCTGTTTACGACGGAGACAAATGTTTCACGTTCGCAGAGCTTT 180
|||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 128 CGGAATCAGCTGAACCTTTTGTTTACGACGGAGACAAATGTTTCACGTTCGCCGAGCTTT 187
Query 181 CTTCATCCATTGATTCACTCACCTCTCGTCTCCATCGTATCCTCAGTAACGATGATTCTC 240
|||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 188 CTTCATCCATTGATTCCCTCACCTCTCGTCTCCGTCGTATCCTCAGTGATGATGATTCTC 247
Query 241 AAGTGGCTGGTTCAGATGTTGTGTATATGCCAAAGGTAGTGGCTTTATATATGCCACCAT 300
||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 248 AAGAGGCTGGTTCAGATGTTGTATATATGCCAAAGGTAGTGGCTTTATATATGCCACCAT 307
Query 301 CAGTTGAATATGTTATCAGTGTGTTCTCTGTTTTGAGGTGTGGAGAAGCTTTTTTACCTT 360
||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 308 CAGTTGAATATATTATAAGTGTGTTCTCTGTTTTGAGGTGTGGAGAAGCTTTTTTACCTT 367
Query 361 TAGATCCAT-CATGGCCAAGAGAAAGGGTTTTGTCTCTTATTTCCTCTTCAAATATTTCT 419
||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 368 TAGATCC-TACATGGCCAAGAGAAAGGGTTTTGTCTCTTATTTCCTCTTCAAATGCTTCT 426
Query 420 CTTGTTATTGCTTGTGGCTTGTCTTCTGTGGAATCGCATTGGCTTGTGGAAAGAAATGTT 479
||||||||||| | | | | | | ||| |||||||||||||||| || ||
Sbjct 427 CTTGTTATTGC-T-T---TAG-----AG-AG-ATCACATTGGCTTGTGGAAACCAAGGTC 474
Query 480 TGCCCTGTGTTATTGTTTTCAATGGATGAGAAATTGAGTGTGGAAACTGGTTGCTCAAGC 539
|||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 475 TGCCCTGTATTACTGTTTTCAATGGATGAGAAATTGAGTGAGGAAACTGGTTGCTCAAGC 534
Query 540 TTTGTTTGGCCTTGCAAGAAAGAGAGGCAGAGAAAATTTTGTTATCTTATGTATACTTCA 599
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 535 TTTGTTTGGCCTTGCAAGAAACAGAGGCAGAGAAAATTTTGTTATCTTATGTATACTTCA 594
Query 600 GGATCTACTGGGAAGCCTAAAGGAGTTTGTGGTACTGAGCAAGGACTTTTAAATCGTTTC 659
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 595 GGATCTACTGGGAAGCCTAAAGGAGTTTGTGGCACTGAGCAAGGACTTTTAAATCGCTTC 654
Query 660 CTATGGATGCAAGAGCTCTATCCTGTTGTTGGAGAGCAGCGATTTGCTTTCAAGACTTCA 719
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 655 GTGTGGATGCAAGAGCTCTATCCTGTTGTTGGAGAGCAGCGATCGGCTTTCAAGACTTCA 714
Query 720 GTTGGTTTTATTGATCATATACAGGAGTTTCTTGGTGCTATTCTTAGTTCCACCGCCTTA 779
|||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||| ||| ||| |||||
Sbjct 715 GTTGGTTTTATTGATCATCTGCAGGAGTTTCTTGGCCCTATTCTTAATTCAACCCCCTTA 774
Query 780 GTCATCCCTCCATTCACACTACTAAAAGAAAATATGATATCCATCATTGATTTTTTGGAG 839
|||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 775 GTCATCCCTCCATTTACTCTACTCAAAGAGAATATGACATCCATCATTGATTTTTTGGAG 834
Query 840 GAGTATTCTATCAGTAGACTCCTAGCTGTCCCATCGATGATCAGAGCTATTCTTCCTACT 899
| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 835 GTGTATTCTATCAGCAGACTCCTAGCTGTCCCATCGATGATCAGAGCTATTCTTCCTACT 894
Query 900 TTACAACATCGTGGACACAACAATAAGCTTCAAAGTTGCCTGAAGCTGGTAGTTTTAAGT 959
|||||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 895 TTACAACATCGTGG--AC-ACAATAAGCTTCAAAGTAGCTTGAAGCTGGTAGTTTTAAGT 951
Query 960 GGCGAACCCTTTCCCGTGAGCCTGTGGGATTCACTTCACAGCCTACTTCCTGAAACATGT 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 952 GGCGAACCCTTTCCCGTGAGCCTGTGGGATTCACTTCACAGCCTACTTCCTGAAACATGT 1011
Query 1020 TTTCTGAATCTATATGGGAGTACAGAGGTATCAGGGGACTGCACTTATTTTGACTGCAGT 1079
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1012 TTTCTGAATCTATATGGGAGTACAGAGGTATCAGGGGACTGCACTTATTTCGACTGCAGT 1071
Query 1080 GAGTTGCCAAGACTCTTGAAGACCGAAGAGATTGGTAGTGTTCCTATTGGCAAGTCAATT 1139
| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1072 GGGTTGCCAAGAATCTTGAAGACCGAGGAGATTGGTAGTGTTCCTATTGGCAAGCCAATT 1131
Query 1140 TCCAATTGCAAAGTTGT-ACTTTTGGGGGACGAAGATAAACCTTACGAAGGAGAAATTTG 1198
|| ||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| ||
Sbjct 1132 TCGAATTGCAAAGT-GTTACTTTTTGGGGACGAAGATAAACCTTATGAGGGAGAAATATG 1190
Query 1199 TGTTAGTGGTCTCTGTCTTTCACAAGGGTACATGCATTCCTCGATAGAGTCTGAAGGCTA 1258
|||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1191 TGTTGGTGGCCTCTGTATTTCACAAGGGTACATGCATTCCTCGATAGAGTCTCAAGGCTA 1250
Query 1259 CGTGAAGCTACATAATAAC---TCACTCTGTAATCATTTAACAAATGATTGTGGAAGCCA 1315
|||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 1251 CGTGAAGCTACATAATAATAAATCGCTCTGTAATCATTTAACGAATGATTGTGGAAGCGA 1310
Query 1316 GCTTTATTATAGAACTGGTGATTATGGAAGACAACTTTCTAGTGGTGATTTGATTTTTAT 1375
||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1311 GCTTTATTATAGAACGGGTGATTATGGACGACAGCTTTCTAGTGGTGATTTGATTTTTAT 1370
Query 1376 TGGGAGAAGGGATCGAACTGTTAAACTCAATGGAAAACGCATGGCCCTTGAAGAGATTGA 1435
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1371 TGGGAGAAGGGATCGAACTGTTAAACTCAATGGAAAACGCATGGCCCTTGAAGAGATTGA 1430
Query 1436 AACAACTCTAGAACTAAATCCAGATATTGCTGAAGCTGTTGTTCTACTTAGCAGAGATGA 1495
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1431 AACAACTCTAGAACTAAATCCAGATGTTGCTGAAGCTGTTGTTCTACTTAGCAGAGATGA 1490
Query 1496 GACGGAGCTTGCTTCACTCAAGGCCTTTGTAGTACTGAACAAGGAAAGCAACTCCAGTGA 1555
|| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 1491 GAAGGAGCTTGCTTCACTTAAGGCCTTTTTAGTACTGAACAAGGAAAGCATTTCCGGTGA 1550
Query 1556 TGGTATCATATTTTCTATCAGAAATTGGATGGGTGGAAAACTTCCTCCGGTGATGATTCC 1615
||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1551 TGGTATCATATTTTCTATCAGAAATTGGATGAGCGAAAAACTTCCTACGGTGATGATTCC 1610
Query 1616 TAACCATTTTGTTTTGGTGGAGAAACTGCCACTTACTTCAAGTGGAAAAGTTGATTATGA 1675
|||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 1611 TAACCATTTTCTTTTGGTGGAGTCACTGCCACTTACTGCAAGTGGAAAAGTTAATTATGA 1670
Query 1676 AGCACTAGCAAGGTTGAAATGTCCTACAACCGGTGCTCAAGATATGATGCAGAGCAATGG 1735
|||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1671 AGCACTAGCAAGGTTGAAATGTCCTAAAACCCTTGCTCAAGATATGATGCATAGCAATGG 1730
Query 1736 AACTAATAGTTTACTGCAAAATATTAAAAAGGCTGTCTGTGATGCATTACTGGTCAAAGA 1795
|||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1731 AACTAATAGTCTACTGCAAACTATTAAAAAGGCCGTCTGTGATGCATTAGTGGTCAAAGA 1790
Query 1796 AGTTTCAGACGATGATGATTTCTTTGCGATTGGGGGAGACTCTTTAGCCGCAGCGCATCT 1855
||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1791 AGTTTTAGACGATGATGATTTCTTTGCGATTGGTGGAGACTCTTTAGCCGCAGCACATCT 1850
Query 1856 TTCTCATAGTCTTGGTATTGATATGAGATTGATTTACCAATTTCGAAGTCCATCTAGGCT 1915
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 TTCTCATAGTCTTGGTATTGATATGAGATTGATTTACCAATTTCGAAGTCCATCTAGGCT 1910
Query 1916 TTTGATCTATCTGTCAGAGAAAGAAGGGAAGTTAAGAGAAGATATGCAACACAACACCAC 1975
|||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1911 TTTGATCTGTCTGTCAGAGAAGGAAGGTAAGTTAAGAGAAGATACGCAACACAACACCAC 1970
Query 1976 TCAGAAACTAGACCACAAGATAGAGAGTCAGAATGGTAATGGGTTGGTTAGTAGAACTGT 2035
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1971 TCAGAAACTAGACCACAAGACAGAGAGTCAGAATGGTAATGGGTTGGTTAGTAGAACTGT 2030
Query 2036 TCCACTTCATTCTGGTGTTACATCAGGCCCAACACCTTCAA-AATTGCAGTGTGAGAAGA 2094
||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 2031 TCCACGTCATTCTGGTGTTACATCAAGCCCAACGCCTTCAGGAAT-GCAGTGTGAGAAGA 2089
Query 2095 ATAATTCCCCAAAGCGATTGAAAATTGATTACGAAAAGTTTT-CTCCCAAAAGAATGAAA 2153
|||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||| ||||||||| ||||
Sbjct 2090 ATAATTCCCCAAAGCGATTGAAAATTGATTCC-AAAATTTTTTCTCCCAAAAC---GAAA 2145
Query 2154 GAAAATAAATTATGGGATTCAGGATTTTCTCAAATACAATGTGCATTTAGTCGTTGCAAT 2213
||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 2146 GAAAAGAAATCATGGGATTCAGGATTTTCTCAAACACAATGTGCATTCAGTCGGTGCAAT 2205
Query 2214 AAGGTACATTCTCCAGAG-TCATGTAGTAATGAAGAGGCAAACCGAGAATACTGGTCGTT 2272
|||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 2206 AAGGTATATTCTCC-GAACTCATGTAGTAATGAAGAGGCAAACCGAGAAAACTGGTCGGT 2264
Query 2273 GGAGATTCCAAGGAACCAAATGGTCTCTATGCAAGAGATATGGAAAGTTCATATGGAGTC 2332
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2265 GGAGATTCCAAGGAACCAAATGGTCTCTATGCAAGAGATATGGAAAGTTCATATGGAGTC 2324
Query 2333 ATGTGTAGATGCCTCCCCCCTAGTTGTGTTGAAGGATTCGAAAACTTATCTATTCATTGG 2392
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2325 TTGTGTAGATGCCTCGCCCCTAGTTGTGTTGAAGGATTCGAAAACTTATCTATTCATTGG 2384
Query 2393 GTCTCACTCACGTAAATTTTCGTGCATTGACGCCAAAAGTGGTTCTATGTATTGGGAGAC 2452
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 2385 GTCTCACTCACGTAAATTTTCGTGCATTGACGCCAAAAGTGGCTCTATATATTGGGAGAC 2444
Query 2453 CATTCTAGAGGGAAGGATCGAAGGTTCAGCCATGGTAGTTGGTGATTTTAGTCAGGTCGT 2512
|| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2445 CACTCTAGAGGGAAGGGTCGAAGGTTCAGCCATGGTTGTTGGTGATTTTAGTCAGGTCGT 2504
Query 2513 TATTGGATGCTACAAAGGAAAATTATATTTCTTAGATTTCTCAACGGGAAGCTTATGTTG 2572
| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2505 TGTTGGATGCTACAAAGGAAAATTATATTTTTTAGAATTCTCAACTGGAAGCTTATGTTG 2564
Query 2573 GAAATTTCAAGCATGTGGTGAGATAAAGTGCCAGCCTGTGGTGGATACATCTTCGCAACT 2632
|| ||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 2565 GACATTCCAAGCATGTGGCGAGATAAAGTGCCAACCTGTTGTGGATGCATCTTCGCAACT 2624
Query 2633 GATATGGTGCGGATCACATGACCACACTCTTTATGCCCTTGACTATAGGAGTCAATGCTG 2692
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 2625 GATATGGTGCGGATCACATGACCACACTCTTTATGCCCTTGACTATAGGAGTCAACGTTG 2684
Query 2693 TGTTTATAAGCTGCAATGTGGTGGGAGCATATTTGCTTCGCCTGCAATTGATGAGGGTCA 2752
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 2685 TGTTTATAAGCTGCAATGTGGTGGGAGCATATTTGCTTCACCTTTAATTGATGAGGGTCA 2744
Query 2753 TAGTTCACTTTACGTGGCCTCTACCAGTGGTCGCGTGATAGCTGTATCAATAAAGGATTC 2812
||||| ||| || ||||| ||||| ||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 2745 TAGTTTACTATATGTGGCTTCTACAAGTGGTCACGTGACAGCTGTATCAATAGAGGATTT 2804
Query 2813 CCCATTCCACACCTTATGGCTATTTGAAT-TAGAGGCACCGATTTTTGGTTCCCTATGCA 2871
|||||||||||||| |||||| |||| | |||| ||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2805 GCCATTCCACACCTTGTGGCTACTTGA-TCTAGAAGCACCGATTTTTGGTTCCCTAAGCA 2863
Query 2872 TTACCCC-ATCAACTCAAAACGTTATTTGCTGCTTAGTTGATGGCCAAGTGATCGCAATG 2930
||||||| | ||| | || | || | || | |||||||||| |||||||||
Sbjct 2864 TTACCCCGA-CAAG-C----CGA-A---GC-G-TT-G---ATGGCCAAGTTATCGCAATG 2907
Query 2931 AGTCCGTCTGGAACTATTATTTGGAGGTATAGGACTGGTGGACCAATATTTGCTGGACCT 2990
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2908 AGTACGTCTGGAACTATTATTTGGAGGTATAGGACTGGTGGACCAATATTTGCTGGGCCT 2967
Query 2991 TGCATGTCACATGTGCTTCCTTCTCAGGTGCTTGTGTGCTGTAGAAATGGATGTGTTTAT 3050
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2968 TGCATGTCACATGTGCTTCCTTCTCAGGTGCTTGTGTGCTGTAGAAATGGAAGTGTTTAT 3027
Query 3051 TCCCTAGAACCGGAATCTGGGTGTCTTGTGTGGGAAGACAATATTGGGGACCCGATCACA 3110
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3028 TCACTAGAACCGGAATCTGGGTGTCTTGTGTGGGAATACAATATTGGGGACCCGATCACA 3087
Query 3111 GCATCTGCATACATTGATGAGAATCTGCATTTTGAATCGCATGAACTGCTTGCATCAGAC 3170
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3088 GCATCTGCATACATTGATGAGAATCTGCATTTTGAATCGCATCAACTGCTTGCATCAGAC 3147
Query 3171 AGGTTGGTGACTGTATGCTCAAGCTCGGGAAGAGTTCATGTCCTTCGTGTGAGACCCT-C 3229
||||||||||||||| |||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 3148 AGGTTGGTGACTGTAAGCTCGAGCTCAGGAAAAGTTCATGTCCTTCGTGTGAGAACCAAC 3207
Query 3230 CATTCTCAGCAGAGATTCACATGACTCAAAAGTAGGAGAAATCACGAGGATGGAGTTGCA 3289
|| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 3208 CA--C--AGCAGAGATTCGCATGACTCAAAAGTAGGAGAAATCGCGAGGCTGGAGTTGCA 3263
Query 3290 GGCAGACATTTTCTCTTCACCAGTGATGATCGGTGGCCGGATATTTGTTGGCTGTCGTGA 3349
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3264 GGCAGACATTTTCTCTTCACCAGTGATGATCGGTGGCCGGATATTTGTTGGCTGTCGTGA 3323
Query 3350 CGACTATGTGCACTGCCTCTCTCTTGAGAGTTGCAGGTA 3388
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3324 CGACTATGTGCATTGCCTCTCTCTTGAGAGTTGCAGGTA 3362
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 135751362891
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5