BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G35970.1
Length=3332
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg493645 jgi|Araly1|493645|fgenesh2_kg.7__3078__AT5G35970.1 4974 0.0
> Ahg493645 jgi|Araly1|493645|fgenesh2_kg.7__3078__AT5G35970.1
Length=3335
Score = 4974 bits (2693), Expect = 0.0
Identities = 3163/3373 (94%), Gaps = 99/3373 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 16 aaacaaaaataaaaaTATTTCTGAGAACCTCAAGTTTAATTTTGCGGCTTAGATTTAAAT 75
||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AAATAAAAATAAAAATATTTCTGAGAGCCTCAAGTTTAATTTTGCGGCTTAGATTTAAAT 60
Query 76 TCGTCTCTCAAACTCAAATATCTGAAAAAACCTTTCTCCAATA-TATAAATAAG-TTACA 133
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| | || ||
Sbjct 61 TCGTCTCTCAAACTCAAATATCTGAAAAAACTTTTCTCCAATAATATAAATA-GCTTCCA 119
Query 134 CGAGACTTTCAATTTCTCTGTATATTTTCCTTTTGATTCCCAGAAAATGTCACTAGATTC 193
| ||| |||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 120 CTAGATTTTCGATTTCTCTGTGTATTTTCCTTTCGATTCCCAGAAAATGTCACTAGCTTC 179
Query 194 CACTTTCTAGCTTGCGTTTTCTCGGGAATCTGAAGTTTCCTTTTGTGTTGAATCGCTGGG 253
||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||
Sbjct 180 TGCTTTCTAGCTTGCGTTTTCTCGGGAATCTGAAG---------GTA---AATTTCTGGA 227
Query 254 AAAAATCTGATGGAAGCAGCTTCAAGTTTTTTGTGTAGAAGTATTCGGATTCCGTCGACT 313
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 228 AAAAATCTGATGGAAGCAGCTTCAAGTTTCTTGTGTAGAAGTATTCGGATTCCGTCGACT 287
Query 314 ACTACGGCGACGGCGGCGTTCACGTTCACTCGACCGC-CGTTAAACTACGTTTGTGT--T 370
|| ||||||||||||||||| ||||| ||| |||| | || | || ||||||||||| |
Sbjct 288 ACAACGGCGACGGCGGCGTTTACGTTTACTAGACC-CTCGGTGAATTACGTTTGTGTGGT 346
Query 371 ----G-T-----------CGGAGTTCGTGTTTTCCCGACGCGGAAGGTCTTTTGCAGCGG 414
| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 347 CTCCGATAAGAGAGATGGCGGAGTTCGTGTTTTCCCGACGCGGAAGGTCTTTTGCAGCGG 406
Query 415 CGTTAATGGCGG--CT----CCAGTGTTACTAAGAAGAAGCCACGAAGGAAAAGTAACGT 468
|||||||||||| || |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 407 CGTTAATGGCGGTTCTAGTTCCAGTGCTACTAAGAAGAAGCCTCGAAGGAAAAGTAATGT 466
Query 469 TTCCGATAAACTTAGGTTTAAGAAAA-TTGAGAAGAGGAACGATAATACTGAATCTGAGA 527
||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 467 TTCCGATAAACTTAGGTCTAA-AAAAGTTGAGAAGAGGAACGATAATACTGAATCTGTGA 525
Query 528 GTTTAAGT-GT----T-GTTG---AGGA----ACCGA--A-GA--A----C-GA----T- 559
|||||||| || | |||| |||| | || | || | | || |
Sbjct 526 GTTTAAGTAGTGAAATTGTTGTTGAGGAGGTTAAGGAGGAAGATGAGAAACCGAAGAGTG 585
Query 560 A-AA-GAATTGAGTCTTCGAGCTTTGAATCAAAATGGTGATCCATTAGGGCGGAGAGATT 617
| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 586 ATAAAGAATTGAGTCTTCGTGCTTTGAATCAAAATGGTGATCCATTAGGGCGGAGAGATT 645
Query 618 TAGGGAGGAACGTAGTGAAGTGGATTAGTCAGGCGATGAAAGCGATGGCTTCGGATTTTG 677
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 646 TAGGGAGGAATGTAGTGAAGTGGATTAGTCAGGCGATGAAGGCGATGGCTTCGGATTTCG 705
Query 678 C-AACTGCGGAGGTTCAGGGGGAGTTTTCGGAGTTGAGGCAGAACGTCGGATCTGGTTTG 736
| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 706 CTAA-TGCGGAGGTTCAGGGGGAGTTTTCGGAGTTGAGGCAGAACGTGGGATCTGGTTTG 764
Query 737 ACGTTTGTGATTCAAGCTCAACCGTATCTCAATGCTATTCCCATGCCATTAGGTTCTGAA 796
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 765 ACGTTTGTGATTCAGGCTCAGCCGTATCTCAATGCCATTCCTATGCCATTAGGTTCTGAA 824
Query 797 GTCATTTGTTTGAAGGCTTGTACTCATTATCCTACCTTGTTCGATCATTTCCAGAGAGAG 856
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 825 GTCATTTGTTTGAAGGCTTGCACTCATTATCCTACCTTGTTCGATCATTTCCAGAGAGAG 884
Query 857 TTGCGTGATGTTCTTCAAGACCTGGAGCGGAAGAATATAATGGAGAGTTGGAAGGAGTCT 916
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 885 TTGCGTGATGTTCTTCAAGACCTGGAGCGGAAGAATATAATGGAGAATTGGAAGGAGACT 944
Query 917 GAGTCTTGGAAGCTGCTCAAGGAGATTGCAAATTCAGCTCAGCATCGGGAGGTTGCTCGC 976
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 945 GAGTCTTGGAAGCTGCTCAAGGAGATAGCAAATTCAGCTCAGCATCGGGAGGTTGCTCGC 1004
Query 977 AAAGCTGCTCAAGCTAAGCCTGTTCAAGGAG-TTTTGGGGATGGACTCAGAGAAGGTGAA 1035
|||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1005 AAAGCTGCTCAAGCAAAGCCTGTTCAAGGAGGTTTTGGG-ATGGACTCAGAGAAGGTGAA 1063
Query 1036 GGCTATACAGGAAAGGATTGATGAGTTCACCAGCCAGATGTCGCAGTTACTTCAAGTGGA 1095
||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1064 GGCTATACAGGCAAGGATTGATGAATTCACCAGCCAGATGTCACAGTTACTTCAAGTGGA 1123
Query 1096 ACGAGATACAGAACTGGAAGTTACACAGGAAGAACTAGATGTTGTTCCTACTCCAGATGA 1155
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||
Sbjct 1124 ACGAGATACAGAACTGGAAGTTACACAGGAAGAACTTGATGTTATCCCTACTCCAGATGA 1183
Query 1156 GAGCTCTGATTCCTCAAAACCGATTGAGTTCTTGGTTAGGCATGGTGATGCTCCACAGGA 1215
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1184 GAGCTCTGATTCTTCAAAACCGATTGAGTTCTTGGTTAGGCACGGTGATGCTCCACAGGA 1243
Query 1216 ACTTTGTGATACAATTTGCAATTTGTATGCAGTTAGTACCTCCACAGGGCTCGGAGGTAT 1275
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 1244 ACTTTGTGATACAATTTGCAATTTGTATGCAGTTAGTACCTCCACAGTGCTTGGAGGTAT 1303
Query 1276 GCACTTGGTGTTGTTTAAGGTTGGGGGAAACCACCGTCTTCCTCCTACTACACTTTCCCC 1335
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1304 GCACTTGGTGTTGTTTAAGGTTGGGGGAAACCACCGTCTTCCTCCTACTACACTTTCCCC 1363
Query 1336 TGGTGACATGGTTTGCATAAGAGTTTGTGACAGTAGGGGTGCTGGGGCAACTGCCTGTAC 1395
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1364 TGGTGACATGGTTTGCATAAGGGTTTGTGACAGTAGGGGTGCTGGAGCAACTGCCTGTAC 1423
Query 1396 GCAGGGCTTTGTTCACAACCTTGGAGAAGATGGGTGTAGCATTGGTGTGGCTCTAGAATC 1455
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1424 GCAGGGCTTTGTTCACAACCTTGGAGAAGATGGGTGTAGCATTGGTGTGGCTCTAGAATC 1483
Query 1456 TCGTCATGGAGATCCTACTTTTTCCAAGCTCTTTGGAAAGAGTGTGAGAATTGATCGTAT 1515
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1484 TCGTCATGGAGATCCTACTTTTTCCAAGCTCTTTGGAAAGAGTGTGAGAATTGATCGTAT 1543
Query 1516 TCATGGGTTGGCCGATGCCCTTACTTACGAGCGTAACTGCGAAGCCCTAATGCTTCTGCA 1575
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1544 TCATGGGTTGGCCGATGCCCTAACTTACGAGCGTAACTGCGAAGCCCTAATGCTTCTGCA 1603
Query 1576 GAAGAATGGTCTGCAGAAGAAAAATCCATCAATATCTGTTGTGGCGACTTTATTTGGGGA 1635
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1604 GAAGAATGGTCTGCAGAAGAAAAATCCATCAATATCTGTTGTGGCGACTTTATTTGGGGA 1663
Query 1636 TGGTGAAGATATAACATGGCTGGAGCAAAATGATTATGTAGACTGGAGTGAAGCGGAGTT 1695
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1664 TGGGGAAGATATAACATGGCTGGAGCAAAATGATTATGTAGACTGGAGTGAAGCAGAGTT 1723
Query 1696 GAGTGATGAGCCAGTGAGTAAGTTATTTGATTCTTCCCAAAGGAGAGCCATAGCTCTTGG 1755
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1724 GAGTGATGAGCCAGTGAGTAAGTTATTTGATTCTTCCCAAAGGAGAGCCATAGCTCTTGG 1783
Query 1756 AGTAAACaaaaaaaGACCTGTTATGATAGTCCAAGGACCTCCTGGCACGGGAAAGACTGG 1815
||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1784 AGTAAACAAAAAAAGACCTGTAATGATAGTTCAAGGACCTCCTGGCACAGGAAAGACTGG 1843
Query 1816 AATGCTTAAGGAGGTCATTACCCTGGCTGTTCAACAGGGGGAAAGAGTACTTGTAACAGC 1875
|||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1844 AATGCTTAAGGAGGTCATTACCCTTGCTGTTCAGCAGGGGGAAAGAGTACTTGTAACAGC 1903
Query 1876 GCCTACTAATGCAGCTGTTGATAACATGGTCGAGAAGCTCTTGCATCTTGGACTAAACAT 1935
||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1904 GCCTACTAATGCAGCAGTTGATAATATGGTCGAGAAGCTCTTGCATCTTGGACTAAACAT 1963
Query 1936 TGTCCGAGTAGGAAATCCCGCTAGAATATCATCTGCTGTTGCTTCAAAGTCTTTGGGGGA 1995
|||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1964 TGTCCGAGTAGGAAATCCTGCAAGAATATCATCCGCTGTTGCTTCAAAGTCTTTGGGGGA 2023
Query 1996 AATTGTGAACTCTAAGCTTGCAAGCTTCCGAGCAGAATTGGAAAGGAAGAAGTCAGATTT 2055
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2024 AATTGTGAACTCTAAGCTTGCAAGCTTCCGAGCAGAGTTGGAAAGGAAGAAGTCAGATTT 2083
Query 2056 AAGAAAAGATCTTCGGCAATGCCTGAGGGATGATGTTCTTGCAGCTGGCATTCGGCAGCT 2115
||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2084 AAGAAAAGACCTTCGGCAATGCATGAGGGATGATGTTCTTGCAGCTGGCATTCGGCAGCT 2143
Query 2116 CTTGAAACAGCTTGGAAAGACGTTGAAGAAGAAGGAAAAAGAGACTGTGAAGGAAATACT 2175
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||| |
Sbjct 2144 CTTGAAACAGCTTGGAAAGACGTTGAAGAAGAAAGAAAAGGAGACCGTGAAGGAAATATT 2203
Query 2176 ATCAAATGCACAGGTTGTTTTTGCCACTAACATTGGAGCAGCTGATCCTTTGATTAGGAG 2235
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2204 ATCAAATGCACAGGTTGTTTTTGCCACTAACATTGGAGCAGCTGATCCTTTGATTAGGAG 2263
Query 2236 GTTAGAAACATTTGATTTGGTTGTTATAGATGAAGCTGGTCAGTCTATCGAGCCTTCATG 2295
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2264 GCTAGAAACATTTGATTTGGTTGTTATAGATGAAGCTGGTCAGTCTATCGAGCCTTCATG 2323
Query 2296 CTGGATCCCAATATTGCAAGGGAAACGTTGTATTCTTTCCGGTGATCCATGCCAATTAGC 2355
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2324 CTGGATCCCAATATTGCAAGGGAAACGTTGTATTCTTTCCGGTGATCCATGCCAATTAGC 2383
Query 2356 ACCAGTTGTTCTATCACGTAAAGCTTTAGAAGGTGGACTTGGTGTATCCTTACTGGAAAG 2415
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2384 ACCTGTTGTTCTATCACGTAAAGCTTTAGAAGGTGGGCTTGGTGTATCCTTACTGGAAAG 2443
Query 2416 AGCTGCATCTTTACATGATGGAGTTCTTGCGACAAAATTAACAACTCAGTATCGTATGAA 2475
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2444 AGCTGCATCTTTACATGATGGAGTTCTTGCGACAAAACTAACAACTCAGTATCGTATGAA 2503
Query 2476 CGATGTAATCGCTGGTTGGGCATCAAAGGAGATGTATGGTGGATGGTTGAAATCTGCTCC 2535
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2504 CGATGTAATCTCTGGTTGGGCATCAAAGGAGATGTATGGTGGATGGTTGAAATCTGCTCC 2563
Query 2536 AAGTGTGGCCTCTCATCTGCTTATCGATTCTCCTTTTGTGAAGGCTACTTGGATAACGCA 2595
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||
Sbjct 2564 AAGTGTGGCCTCTCATCTGCTTATCGATTCTCCTTTTGTGAAGCCTACTTGGATGACACA 2623
Query 2596 ATGCCCACTGGTTCTGCTTGACACAAGAATGCCATATGGGAGTTTATCCGTGGGCTGCGA 2655
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2624 ATGCCCACTGGTTCTGCTTGACACAAGAATGCCATATGGGAGTTTATCAATGGGCTGCGA 2683
Query 2656 GGAGCGT-TTGGATCCAGCTGGCACAGGCTCATTATACAATGAAGGAGAAGCAGATATTG 2714
||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2684 GGAGCGTCTTG-ATCCAGCTGGTACAGGCTCATTATACAATGAAGGAGAAGCAGATATTG 2742
Query 2715 TGGTTAATCACGTCATTTCTTTGATATACGCAGGTGTTAGTCCAATGGCTATTGCTGTTC 2774
|||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2743 TGGTTAATCACGTCATATCTTTGATATATGCAGGTGTTAGTCCAATGGCTATTGCTGTTC 2802
Query 2775 AATCCCCATATGTTGCTCAGGTTCAACTTCTCAGAGAAAGGCTGGATGATTTTCCAGTGG 2834
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2803 AATCCCCATATGTTGCTCAGGTTCAACTTCTCAGAGAAAGGCTGGATGATTTTCCAGTAT 2862
Query 2835 CTGATGGAGTTGAGGTCGCAACCATTGACAGCTTTCAAGGGCGGGAGGCTGATGCAGTGA 2894
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2863 CTGATGGAGTTGAGGTCGCAACCATTGACAGCTTTCAAGGGCGGGAGGCTGATGCAGTGA 2922
Query 2895 TCATCTCAATGGTACGGTCAAACAACCTAGGTGCAGTGGGATTCCTAGGGGATAGCAGAC 2954
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2923 TCATCTCAATGGTACGGTCAAACAACCTAGGTGCAGTGGGATTCCTAGGGGATAGCAGAC 2982
Query 2955 GGATGAATGTAGCCATTACAAGAGCCCGGAAGCACGTGGCAGTGGTATGTGACAGCTCCA 3014
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 2983 GGATGAACGTAGCCATAACAAGAGCCCGGAAGCACGTGGCAGTGGTATGCGATAGCTCCA 3042
Query 3015 CAATCTGCCACAACACGTTCCTAGCAAGACTGTTGCGCCACATACGCTATTTCGGGAGAG 3074
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3043 CAATCTGCCACAACACGTTCCTTGCAAGACTGTTGCGTCACATACGCTATTTCGGGAGAG 3102
Query 3075 TTAAGCATGCAGACCCTGGTAGCTTGGGAGGGTCAGGACTAGGCTTGGACCCAATGTTGC 3134
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3103 TAAAGCATGCAGACCCTGGTAGCTTGGGAGGGTCAGGACTAGGCTTGGACCCAATGTTGC 3162
Query 3135 CCTACCTTGGTTAAAACCGTTGTAAGTACTACAAAAACCAGAACCTTCTGCTTActctct 3194
| |||| || |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||
Sbjct 3163 CTTACCCAGGCTAAAACCGCTGTAAGTACTACAAAAACCATAATCTTCTTCTTACTCTC- 3221
Query 3195 ccctctctctctatctctcCCGCTGAAAGAAACAGTTTCCATAGCAAATTGTCGTTGTAC 3254
|| ||||| | | || ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3222 CC-TCTCT-------------G-T-AA-GAAACAGTTTCCATAGCGAATTGTCGTTGTAC 3264
Query 3255 AGAACAATTGTTACCACAGAAAATAGTCTCTGTATATGATGACAATATATAATTCATGTA 3314
|||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| | ||||||||
Sbjct 3265 AGAAAAATTGTTACCACAGAAAATAGCCTCTGTATATGATGACAAGATA-A-TTCATGTA 3322
Query 3315 TATTTTTACAATT 3327
|||||||||||||
Sbjct 3323 TATTTTTACAATT 3335
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 125780278765
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5