BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G36880.2
Length=2583
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg330245 jgi|Araly1|330245|fgenesh1_pm.C_scaffold_7002472 3746 0.0
> Ahg330245 jgi|Araly1|330245|fgenesh1_pm.C_scaffold_7002472
Length=2232
Score = 3746 bits (2028), Expect = 0.0
Identities = 2165/2233 (97%), Gaps = 2/2233 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 ATGAAAATAGGATCTCCTTCTTCCCCGATTCTCAGCGTTGTCTCCAGCTCAGGCTCATTG 63
|||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAAAATAGCTTCTCCTTCTTCTCCGATTCTCACCGTTGTCTCCAGCTCAGGCTCATTG 60
Query 64 GATCCGAAAATTAGTGGATCACTTGGATCTCGAATCCTTCCGGCTACTCAAAGATCATCC 123
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GATTCGAAAATTAGTGGATCACTTGGATCTCGAATCCTTCCGGCTACTCAAAGATCATCC 120
Query 124 CCATCGGAGAATCTTCTCCTCCATAGGAAAATGTCGTCTAATTCCCTGAGGCATGTCGAG 183
|||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||
Sbjct 121 CCATCGGACAATCTTATCCTCCATAGGACAATGTCGTCTAATTACCTGAGGCATGTGGAG 180
Query 184 TCCATGTCCCAGCTACCCTCAGGTGCCGGAAAGATCTCTCAATTAAACGCCGTCGTGTTA 243
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 181 TCCATGTCCCAGCTACCCTCAGGTACCGGAAAGATCTCTCAATTAAACGCCGTTGTTTTA 240
Query 244 GGAGAATCCCTTGCATCGGAGGAGAATGATCTCGTCTTTCCCAGCAAGGAATTCTCCGGC 303
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GGAGAATCCCTTGCATCGGAGGAGAATGATCTCATCTTTCCCAGCAAGGAATTCTCCGGC 300
Query 304 CAGGCTCTTGTTTCCTCCCCTCAACAGTACATGGAAATGCATAAGAGGTCGATGGATGAC 363
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CAGGCTCTTGTTTCCTCCCCTCAACAGTACATGGAAATGCATAAGAGGTCGATGGATGAC 360
Query 364 CCTGCTGCTTTTTGGTCTGATATTGCGTCTGAGTTTTACTGGAAGCAGAAATGGGGTGAC 423
||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CCTGCTGGTTTTTGGTCTGACATTGCATCTGAGTTTTACTGGAAGCAGAAATGGGGTGAC 420
Query 424 CAAGTGTTTTCCGAGAATCTCGATGTCAGGAAGGGTCCTATTAGCATCGAGTGGTTTAAA 483
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 421 CAAGTGTTTTCCGAAAATCTCGATGTCAGGAAGGGTCCTATTAGCATTGAGTGGTTTAAA 480
Query 484 GGGGGAATCACCAATATTTGCTACAACTGTTTGGACAAAAACGTTGAAGCT-GGTTTGGG 542
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 481 GGGGGAATCACCAATATTTGCTACAACTGTTTGGACAAAAACGTTGAAGCTGGGTTT-GG 539
Query 543 TGATAAAACAGCCATACACTGGGAAGGAAATGAACTTGGGGTAGATGCTTCCTTAACTTA 602
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TGATAAAACAGCCATATACTGGGAAGGAAATGAACTTGGGGTAGATGCTTCCTTAACTTA 599
Query 603 TTCTGAGTTGCTCCAACGAGTTTGCCAGCTTGCTAATTACTTGAAAGATAATGGAGTGAA 662
|||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TTCTGAATTGCTCCAACAAGTTTGCCAGCTTGCTAATTACTTGAAAGATAATGGAGTGAA 659
Query 663 GAAGGGTGATGCTGTTGTAATTTATTTACCTATGTTGATGGAACTTCCCATCGCTATGCT 722
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 660 GAAGGGTGATGCTGTTGTAATTTATTTACCTATGTTGATGGAACTTCCCATTGCTATGCT 719
Query 723 TGCATGTGCAAGGATCGGAGCTGTTCATTCGGTCGTTTTTGCTGGATTTTCTGCGGACTC 782
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 720 TGCATGTGCACGGATCGGAGCTGTTCATTCGGTCGTTTTTGCGGGATTTTCTGCTGACTC 779
Query 783 TCTTGCCCAAAGAATCGTTGATTGCAAGCCAAATGTAATACTGACTTGCAATGCTGTTAA 842
|||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TCTTGCCCAAAGAATCATTGATTGCAAGCCAAAAGTGATACTGACTTGCAATGCTGTTAA 839
Query 843 AAGAGGCCCTAAGACCATAAACCTTAAAGCTATTGTTGATGCTGCACTTGACCAATCTTC 902
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 AAGAGGCCCTAAGACCATAAACCTTAAAGCTATTGTTGATGCTGCACTTGACCAATCTTC 899
Query 903 TAAAGATGGAGTCTCTGTAGGCATATGCTTGACCTATGACAACTCATTAGCGACAACAAG 962
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 TAAAGATGGAGTCTCTGTAGGCATATGCTTGACCTATGACAACTCATTAGCGACAACAAG 959
Query 963 GGAAAACACTAAATGGCAGAATGGAAGAGATGTGTGGTGGCAGGATGTTATTTCTCAATA 1022
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 960 GGAAAACACGAAATGGCAGAATGGAAGAGATGTGTGGTGGCAGGATGTCATTTCTCAATA 1019
Query 1023 TCCAACATCGTGTGAGGTGGAATGGGTTGATGCAGAAGATCCCCTGTTTTTGCTCTACAC 1082
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 TCCAACATCGTGTGAGGTGGAATGGGTTGATGCGGAAGATCCCCTGTTTTTGCTCTACAC 1079
Query 1083 CAGTGGAAGTACTGGGAAGCCAAAGGGTGTCCTACACACAACTGGAGGGTATATGATCTA 1142
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 AAGTGGAAGTACCGGGAAGCCAAAGGGTGTCCTACACACAACTGGAGGGTATATGATCTA 1139
Query 1143 CACTGCTACAACGTTCAAATATGCATTTGACTACAAATCAACAGATGTATACTGGTGTAC 1202
|||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 CACTGCTACAACATTCAAGTATGCATTTGATTACAAATCAACAGATGTATACTGGTGTAC 1199
Query 1203 AGCAGATTGTGGTTGGATAACTGGCCATAGCTATGTTACTTATGGACCAATGCTTAATGG 1262
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1200 AGCAGACTGTGGTTGGATAACTGGCCATAGCTATGTTACTTATGGACCAATGCTAAATGG 1259
Query 1263 AGCCACTGTTGTTGTCTTTGAGGGGGCTCCAAACTACCCTGACCCTGGACGCTGTTGGGA 1322
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1260 AGCCACTGTTGTTGTCTTTGAAGGGGCTCCAAACTACCCTGATTCTGGACGCTGTTGGGA 1319
Query 1323 TATTGTTGACAAATACAAGGTTTCAATATTTTATACTGCCCCAACATTGGTGAGGTCTCT 1382
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 TATTGTTGACAAATACAAAGTTTCCATATTTTATACTGCCCCAACATTGGTGAGGTCTCT 1379
Query 1383 CATGCGCGATGACGATAAGTTTGTAACACGTCACTCGCGCAAATCGCTGCGGGTCCTTGG 1442
|||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1380 CATGCGTGATGATGATAAGTATGTAACACGTCACTCTCGCAAATCGCTACGGGTCCTTGG 1439
Query 1443 AAGTGTTGGTGAGCCCATCAATCCTAGTGCCTGGAGATGGTTCTTCAATGTAGTCGGTGA 1502
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 AAGTGTGGGAGAGCCCATCAATCCTAGTGCCTGGAGATGGTTCTTCAATGTAGTCGGTGA 1499
Query 1503 TTCAAGGTGTCCCATTTCAGATACGTGGTGGCAAACTGAAACTGGTGGCTTCATGATAAC 1562
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 CTCAAGGTGTCCCATTTCAGATACGTGGTGGCAAACTGAAACTGGTGGCTTCATGATAAC 1559
Query 1563 CCCATTGCCAGGTGCTTGGCCCCAGAAACCTGGTTCAGCCACTTTCCCTTTCTTTGGTGT 1622
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 CCCATTGCCAGGTGCTTGGCCACAGAAGCCTGGTTCAGCTACTTTCCCTTTCTTTGGTGT 1619
Query 1623 TCAGCCTGTCATAGTTGATGAAAAGGGCAATGAAATCGAAGGCGAGTGTAGTGGTTATCT 1682
|||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 TCAGCCTGTCATAGTTGATGAAAAAGGCATTGAAATCGAAGGCGAGTGTAGTGGTTATCT 1679
Query 1683 TTGTGTCAAAGGTTCATGGCCCGGGGCGTTTCGAACTCTGTTTGGGGATCATGAAAGATA 1742
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 TTGTGTCAAAGGTTCATGGCCTGGGGCGTTTCGAACTCTATTTGGGGATCATGAAAGATA 1739
Query 1743 CGAAACCACATACTTTAAACCTTTTGCCGGATATTATTTCAGTGGTGATGGTTGCAGCAG 1802
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1740 TGAAACCACATACTTTAAACCTTTTGCCGGATATTATTTCAGTGGTGATGGTTGCAGAAG 1799
Query 1803 AGACAAGGATGGTTACTACTGGCTTACAGGGAGGGTTGATGATGTTATCAACGTCAGTGG 1862
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 AGACAAGGATGGTTACTACTGGCTTACAGGGAGGGTTGATGATGTTATCAACGTCAGTGG 1859
Query 1863 CCATCGAATCGGAACTGCTGAAGTAGAATCTGCTCTGGTTTTACACCCTCAATGTGCAGA 1922
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1860 CCATCGAATCGGAACTGCTGAAGTGGAATCTGCTCTGGTTTTACATCCTCAATGTGCAGA 1919
Query 1923 AGCAGCTGTTGTAGGCATAGAACATGAGGTAAAAGGTCAGGGAATTTATGCGTTTGTCAC 1982
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 AGCAGCTGTTGTAGGCATAGAACATGAGGTAAAAGGTCAGGGAATTTATGCGTTTGTCAC 1979
Query 1983 TCTTCTGGAAGGTGTTCCTTACAGCGAGGAGCTTCGTAAAAGCCTAGTACTAATGGTCCG 2042
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 TCTTCTGGAAGGTGTTCCTTACAGCGAGGAGCTTCGGAAAAGCCTAGTACTAATGGTCCG 2039
Query 2043 AAATCAGATTGGGGCTTTTGCAGCACCGGACAGAATACATTGGGCACCAGGGTTGCCAAA 2102
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 AAATCAGATTGGGGCTTTTGCAGCACCGGACAGAATACATTGGGCACCAGGGTTGCCAAA 2099
Query 2103 GACGAGAAGCGGAAAGATAATGAGGAGAATCTTGAGAAAGATTGCTTCGAGGCAATTAGA 2162
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2100 GACGAGAAGCGGAAAGATAATGAGGAGAATCTTGAGAAAGATTGCTTCAAGGCAATTAGA 2159
Query 2163 AGAACTCGGAGATACTAGCACACTCGCGGATCCTAGTGTAGTTGATCAGCTTATTGCACT 2222
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 AGAACTCGGAGATATTAGCACACTCGCGGATCCTAGTGTAGTTGATCAGCTTATTGCACT 2219
Query 2223 TGCCGATGTGTGA 2235
|||||||||||||
Sbjct 2220 TGCCGATGTGTGA 2232
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 97396756465
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5