BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G37340.2
Length=1807
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg493706 jgi|Araly1|493706|fgenesh2_kg.7__3139__AT5G22480.1 2368 0.0
Ahg489106 jgi|Araly1|489106|fgenesh2_kg.6__2240__AT5G22480.1 1943 0.0
> Ahg493706 jgi|Araly1|493706|fgenesh2_kg.7__3139__AT5G22480.1
Length=1521
Score = 2368 bits (1282), Expect = 0.0
Identities = 1450/1530 (95%), Gaps = 15/1530 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 59 GGATTGTTTGGAGAAATTTTTGGAGGTGATGGACAACGGGAATGATCAACAAATCGATGT 118
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 7 GGATTGTTTGGAGAAACTTTTGGAGGTGATGGACAATGGGAATGATCAACAAATCGATGT 66
Query 119 TGGCTCGGTAGTTGAAGCAGTTTCGGCTGATCATTCCTTTGGTGCTCCTCTCTATGTAGT 178
||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 67 TGGATCGGTGGTTGAAGCTGTTTCTGCTGATCATTCCTTTGGTGCTCCTCTCTATGTAGT 126
Query 179 TGAGAGTATGTGTATGCGCTGCGGTGAAAATGGAACAACTAGATTTCTATTGACCTTAAT 238
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 127 TGAGAGCATGTGTATGCGCTGCGGTGAAAATGGAACAACTAGATTTCTATTGACCTTAAT 186
Query 239 ACCTCACTTCAGAAAGGTCTTAATATCTGCATTTGAATGTCCGCATTGCGGAGAAAGGAA 298
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 187 TCCTCACTTCAGAAAGGTCTTAATATCTGCATTTGAATGTCAGCACTGCGGAGAAAGGAA 246
Query 299 TAATGAAGTTCAGTTTGCTGGCGAGATTCAACCCCGAGGATGCTCTTACCATCTAGAGGT 358
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 247 TAATGAAGTTCAGTTTGCTGGTGAGATTCAACCCCGAGGATGCTCTTACCATCTAGAGGT 306
Query 359 TTCAGCTGGTGATGTGAAGACATTTGACCGGCAAGTTGTAAAATCTGAATCAGCCACTAT 418
||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 307 TTCAGCTGGCGATGTGAAGATATTTGACCGGCAAGTTGTAAAATCTGAATCTGCCACTAT 366
Query 419 TAAGATTCCTGAACTGGATTTTGAGATTCCACCAGAGGCCCAAAGTGGTAGTTTATCTAC 478
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 367 TAAGATTCCTGAACTGGATTTTGAAATTCCACCAGAGGCCCAACGGGGTAGTTTATCTAC 426
Query 479 GGTGGAAGGGATACTATCCAGGGCTGCTGATGAACTGAGTGCCCTTCAAGAAGAACGCAG 538
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 427 GGTGGAAGGGATACTATCCCGGGCTGCTGATGAACTGAGTGCCCTTCAAGAAGAACGCAG 486
Query 539 GAAAGTGGATCCTAAAACAGCTGAAGCAATAGACCAATTCTTGTCTAAACTGAGAGCTTG 598
|||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 487 GAAAGTAGATCCTAAAACTGCGGAAGCAATAGACCAATTCTTGTCTAAACTCAGAGCTTG 546
Query 599 TGCTAAAGCAGAGACATCATTCACCTTCATTTTGGATGATCCTGCTGGAAACAGTTTCAT 658
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 547 TGCTAAAGCAGAGACATCATTCACCTTCATTTTGGATGATCCTGCTGGAAACAGTTTCAT 606
Query 659 TGAGAACCCACATGCTCCATCATTAGATCCCTCACTAACGATCAAGTTCTATGAGCGTAC 718
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 607 TGAGAACCCACATGCTCCATCACTAGATCCCTCACTAACAATCAAGTTCTATGAGCGAAC 666
Query 719 ACCCGAACAACAAGCAACTCTTGGATATCTTACTAACCCATCTCAGACTGGACAGTCAGA 778
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 667 ACCCGAACAACAAGCAACTCTTGGATATCTTACTAACCCATCTCAGACTGGACAGTTAGA 726
Query 779 AAGAAGCCTGGGAACACCTTCTACTCAAACAACTGCTCTACCTCATGGAACTATCGGAGC 838
|||||| || | |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 727 AAGAAGTCTTGAAACATCTTCTACCCAAACAACTGCTCTACCTCATGGAACTATCGGAGC 786
Query 839 AACAGCTGGTCATCGGGCTATTGCGCAGAGTAATAGCACTGATATTTCAGATAACTTGTT 898
||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 787 AACAGCTGGTCATCGAGCAATTGCACAGAGTAATAGTACTGATATTTCAGATAACTTGTT 846
Query 899 TAGATACTCTGCGCCTGAAGAGGTGATGACTTTCCCTTCAACTTGCGGAGCATGTACAAA 958
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 847 TAGATACACTGCGCCTGAAGAGGTGATGACTTTCCCTTCAACTTGCGGAGCATGTGCAAA 906
Query 959 GCTGTGTGAGACACGGATGTTCGTTACTAGTATTCTTTCAAAACTCTGTAGCCGTTCCTT 1018
||||||||| |||||||||||||| |||| || | | | ||| | |||
Sbjct 907 GCTGTGTGAAACACGGATGTTCGTGACTAAAAT-C---C----C---GTA-CT-TTCA-- 951
Query 1019 GGAGGTTATCGTCATGGCATCTACATGTGATGATTGTGGCTATCGGAATTCTGAGTTGAA 1078
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 952 GGAGGTTATTGTCATGGCATCTACATGTGATGATTGTGGCTATCGTAATTCTGAGTTGAA 1011
Query 1079 GCCTGGTGGTGCAATTCCTGAAAAGGGAAAGAAAATTACGCTCTCTGTGAAGAACATAAC 1138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1012 GCCTGGTGGTGCAATTCCTGAAAAGGGAAAGAAAATTACTCTCTCTGTGAAAAACATCAC 1071
Query 1139 TGACCTTAGCCGCGATGTTATCAAGTCAGACACTGCAGGAGTGAAAATCCCAGAACTTGA 1198
|||||||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1072 TGACCTTAGCCGGGATGTGATCAAGTCAGACACCGCTGGAGTGAAAATCCCAGAACTTGA 1131
Query 1199 TTTGGAGCTAGCTGGTGGTACACTTGGTGGAATGGTAACAACAGTGGAAGGGTTGGTCAC 1258
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1132 TCTGGAGCTAGCTGGTGGTACACTTGGTGGAATGGTAACAACAGTGGAAGGGTTGGTCAC 1191
Query 1259 ACAGATCAGAGAAAGCTTAGCGAGAGTCCATGGATTCACTTTTGGTGACAGTTTGGAGCA 1318
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1192 ACAAATCAGAGAAAGCTTAGCGAGAGTCCACGGATTCACTTTTGGTGACAGTTTGGAGCA 1251
Query 1319 GAGTAAGATTAACAAGTGGAAAGAATTTGGATCCAGACTAACTAAGCTTCTAAGCTTAGA 1378
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1252 GAGTAAGATTAACAAGTGGAAAGAATTTGGAGCCAGACTAACAAAGCTTCTAAGCTTAGA 1311
Query 1379 ACAGGAATGGACATTGATTCTTGATGACGAATTAGCGAATTCTTTTATTTCACCAGTAAC 1438
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1312 ACAGCCGTGGACATTGATTCTTGATGACGAATTAGCAAATTCCTTTATTTCACCAGTAAC 1371
Query 1439 AGATGATATCAAAGATGATCATCAGCTCACATTTGAAGAGTACGAGAGATCATGGGAGCA 1498
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1372 AGATGATATCAAAGATGATCATCAGCTCACATTTGAAGAGTACGAGAGATCATGGGAGCA 1431
Query 1499 AAACGAGGAGTTGGGTCTCAACGACATTGATACTTCTTCAGCTGATGCTGCTTATGAGTC 1558
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1432 AAACGAGGAGTTGGGTCTCAACGACATAGATACTTCTTCAGCTGATGCTGCTTATGAATC 1491
Query 1559 CACAGAGCCAACTAAATTACCTTAAACCTG 1588
| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1492 CGCAGAGCCAACTAAATTACCTTAAACCTG 1521
> Ahg489106 jgi|Araly1|489106|fgenesh2_kg.6__2240__AT5G22480.1
Length=1603
Score = 1943 bits (1052), Expect = 0.0
Identities = 1374/1529 (90%), Gaps = 24/1529 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 59 GGATTGTTTGGAGAAATTTTTGGAGGTGATGGACAACGGGAATGATCAACAAATCGATGT 118
|||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 50 GGATTGTTTGGAGAAA-CTTTGGAGATGATGGACAACGGAAATGATCAACAAATTGATGT 108
Query 119 TGGCTCGGTAGTTGAAGCAGTTTCGGCTGATCATTCCTTTGGTGCTCCTCTCTATGTAGT 178
| | || || |||||||| ||||| || |||| |||||| |||||||| |||||||| ||
Sbjct 109 TAGATCAGTTGTTGAAGCTGTTTCCGCCGATCTTTCCTTCGGTGCTCCCCTCTATGTGGT 168
Query 179 TGAGAGTATGTGTATGCGCTGCGGTGAAAATGGAACAACTAGATTTCTATTGACCTTAAT 238
||| || ||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 169 TGAAAGCATGTGCATGCGCTGCGAAGAAAATGGAACAACCAGATTTCTATTGACCTTAAT 228
Query 239 ACCTCACTTCAGAAAGGTCTTAATATCTGCATTTGAATGTCCGCATTGCGGAGAAAGGAA 298
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 229 TCCTCACTTCAGAAAGGTCTTAATATCTGCATTTGAATGTCCACATTGCGGAGAAAGGAA 288
Query 299 TAATGAAGTTCAGTTTGCTGGCGAGATTCAACCCCGAGGATGCTCTTACCATCTAGAGGT 358
|||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||| |
Sbjct 289 TAATGAAGTTCAATTTGCGGGCGAGATCCAACCCCGAGGATGCTGTTACAATCTAGATG- 347
Query 359 TTC-AGCTGGTGATGTGAAGACATTTGACCGGCAAGTTGTAAAATCTGAATCAGCCACTA 417
||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 348 TTCTAGCTGGTGATGTGAAGATATTTGACCGACAAGTTGTGAAATCTGAATCAGCCACTA 407
Query 418 TTAAGATTCCTGAACTGGATTTTGAGATTCCACCAGAGGCCCAAAGTGGTAGTTTATCTA 477
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||
Sbjct 408 TTAAGATTCCTGAACTGGATTTTGAGATTCCACCAGAGGCCCAACGTGGAAGTTTGTCTA 467
Query 478 CGGTGGAAGGGATACTATC-CAGGGCTGCTGATGAACTGAGTGCCCTTCAAGAAGAACGC 536
| |||||||||||| || | | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 468 CTGTGGAAGGGATATTAGCAC-GGGCTGCCGATGAACTGAGTGCCCTTCAAGAAGAACGC 526
Query 537 AGGAAAGTGGATCCTAAAACAGCTGAAGCAATAGACCAATTCTTGTCTAAACTGAGAGCT 596
| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 527 AAGAAAGTTGATCCTAAAACTGCTGAAGCAATAGACCAATTCTTGTCCAAACTGAGAGCT 586
Query 597 TGTGCTAAAGCAGAGACATCATTCACCTTCATTTTGGATGATCCTGCTGGAAACAGTTTC 656
|||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 587 TGTGCTAAAGCAGAGATATCCTTCACCTTCATTTTGGATGATCCTGCTGGAAACAGTTTC 646
Query 657 ATTGAGAACCCACATGCTCCATCATTAGATCCCTCACTAACGATCAAGTTCTATGAGCGT 716
||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| |||||||||||
Sbjct 647 ATTGAAAACCCACATGCTCCATCACCAGATCCCTCTTTAACCATCAAATTCTATGAGCGG 706
Query 717 ACACCCGAACAACAAGCAACTCTTGGATATCTTACTAACCCATCTCAGACTGGACAGTCA 776
||||| || ||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 707 ACACCAGAGCAACAAGCAACACTTGGGTATGTTGCTAACCCATCTCAGGCTGGACAATCA 766
Query 777 GAAAGAAGCCTGGGAACACCTTCTACTCAAACAACTGCTCTACCTCATGGAACTATCGGA 836
||| ||||||| || |||||||| || ||||| || | ||||| ||||||| ||||||
Sbjct 767 GAAGGAAGCCTTGGCGCACCTTCTGCTAAAACAGCTTATGTACCTAATGGAACAATCGGA 826
Query 837 GCAACAGCTGGTCATCGGGCTATTGCGCAGAGTAATAGCACTGATATTTCAGATAACTTG 896
||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 827 GCAACTGCTGGTCATCGTGCGATTGCTCAGAGTAATAGCACTGATATTTCTGACAACTTG 886
Query 897 TTTAGATACTCTGCGCCTGAAGAGGTGATGACTTTCCCTTCAACTTGCGGAGCATGTACA 956
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 887 TTCAGATACTCTGCGCCTGAAGAGGTGATGACTTTCCCTTCAACTTGCGGAGCATGTACG 946
Query 957 AAGCTGTGTGAGACACGGATGTTCGTTACTAGTATTCTTTCAAAACTCTGTAGCCGTTCC 1016
||| ||||||||||||||||||||| |||| || | | | ||| | |||
Sbjct 947 GAGCCGTGTGAGACACGGATGTTCGTGACTAAAAT-C---C----C---GTA-CT-TTCA 993
Query 1017 TTGGAGGTTATCGTCATGGCATCTACATGTGAT-GATTGTGGCTATCGGAATTCTGAGTT 1075
||| ||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||
Sbjct 994 --GGAAGTTATTGTCATGGCATCTACATGTGACAG-TTGTGGCTATCGTAATTCTGAGTT 1050
Query 1076 GAAGCCTGGTGGTGCAATTCCTGAAAAGGGAAAGAAAATTACGCTCTCTGTGAAGAACAT 1135
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||
Sbjct 1051 GAAGCCTGGTGGTGCAATTCCTGAGAAGGGAAAGAAAATTACTCTCTCTGTGAGGAACAT 1110
Query 1136 AACTGACCTTAGCCGCGATGTTATCAAGTCAGACACTGCAGGAGTGAAAATCCCAGAACT 1195
|||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1111 TACTGACCTTAGCCGAGATGTTATCAAGTCGGACACTGCAGGAGTGATAATCCCAGAACT 1170
Query 1196 TGATTTGGAGCTAGCTGGTGGTACACTTGGTGGAATGGTAACAACAGTGGAAGGGTTGGT 1255
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1171 TGATCTGGAGCTAGCTGGTGGTACACTTGGTGGAATGGTAACAACAGTGGAAGGGTTGGT 1230
Query 1256 CACACAGATCAGAGAAAGCTTAGCGAGAGTCCATGGATTCACTTTTGGTGACAGTTTGGA 1315
||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 1231 CACACAGATCAGAGAAAGCCTAGCGAGAGTTCACGGATTCACTTTTGGTGATAGTCTGGA 1290
Query 1316 -GCAGAGTAAGATTAACAAGTGGAAAGAATTTGGATCCAGACTAACTAAGCTTCTAAGCT 1374
| ||||||||| |||||||||| |||||||||| |||| || |||||||| |||||||
Sbjct 1291 AG-AGAGTAAGAAGAACAAGTGGAGAGAATTTGGAGCCAGGCTCACTAAGCTCCTAAGCT 1349
Query 1375 TAGAACAGGAATGGACATTGATTCTTGATGACGAATTAGCGAATTCTTTTATTTCACCAG 1434
|||||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||| | ||||
Sbjct 1350 TAGAACAGCCATGGACTTTGATTCTTGACGACGAGTTAGCAAATTCCTTTATTGCGCCAG 1409
Query 1435 TAACAGATGATATCAAAGATGATCATCAGCTCACATTTGAAGAGTACGAGAGATCATGGG 1494
||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1410 TAACAGATGATATCAAAGACGATCATCAGCTCACATATGAAGAGTACGAGAGGTCATGGG 1469
Query 1495 AGCAAAACGAGGAGTTGGGTCTCAACGACATTGATACTTCTTCAGCTGATGCTGCTTATG 1554
| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 1470 ATCAAAACGAGGAGTTGGGTCTCAACGACATAGACACTTCTTCAGCCGATGCCGCTTATG 1529
Query 1555 AGTCCACAGAGCCAACTAAATTACCTTAA 1583
| ||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1530 AATCCACAGAGACAACTAAATTACCTTAA 1558
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 67838726345
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5