BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G37350.1
Length=1848
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg932616 jgi|Araly1|932616|scaffold_400604.1 2529 0.0
Ahg493708 jgi|Araly1|493708|fgenesh2_kg.7__3141__AT5G37350.1 1500 0.0
> Ahg932616 jgi|Araly1|932616|scaffold_400604.1
Length=1646
Score = 2529 bits (1369), Expect = 0.0
Identities = 1533/1613 (95%), Gaps = 8/1613 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 43 AAAAACAAGTGATGGAGGAAGTAGTGGTAGTTGCAGAGCCACCACCGAAGATTACTCCCT 102
||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 14 AAAAAAAAGTGATGGAGGAAGTAGTGGTAGCAGCAGAGCCACCACCGACGATTCCTCCGG 73
Query 103 TTGTGGAATACGAAGAAGAGCTT---GAAGAT---GATGACGATGATCTCTCGCTTTCGT 156
|||||||||||||||| || || |||||| || ||||| ||||| || |||||||
Sbjct 74 TTGTGGAATACGAAGAGGATATTGAAGAAGATGACGACGACGACGATCTTTCTCTTTCGT 133
Query 157 CAGATTCCGATATCGCTGAAGCTCTTGATTGGCTAGACGGTAAAGACGATGACGAGCTAA 216
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 134 CAGATTCCGATATCGCTGAAGCTCTTGATTGGCTAGATGGTAAAGACGATGACGAGCTAA 193
Query 217 TTGGTGGTGGCTTTTCTCTTCATGCTCGTCGTCCTAATGCTCACGGTGGACATGGTTCAC 276
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 194 TCGGTGGTGGCTTCTCTCTTCATGCTCGTCGTCCTAATGCTCACGGTGGACATGGTTCAC 253
Query 277 GCCCTAACTCTAGTGCTCTTCAGCCTATTTCAAATAAGGCCCAGAAGCTTACTAGTCACG 336
| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |
Sbjct 254 GTCCTAACTCTAGTGCTCTTCAGCCTATATCAAATAAGGCACAAAAGCTTACTAGTCATG 313
Query 337 TTCGTGCTTCTCCTTTGGAGGGATGGGAAGGAAGAGTTAAAGTTGGGATGTCGAATTCTG 396
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 314 TTCGTGCTTCTCCTTTGGAGGGATGGGAAGGAAGAGTTAACGTTGGGATGTCGAATTCTG 373
Query 397 TGACAACTGCGATTCGTGGAAGTCTTAGAGATACAGAAATTGGGAGAAGTAGGAATACTG 456
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 374 TGACAACTGCGATTCGTGGAAGTCTTAGAGAGACAGAGATTGGGAGAAGTAGGAATACAG 433
Query 457 ATAAAGCGGACCGGGCAACTGTTGAACAGGCTCTTGATCCAAGGACGCGTATGGTATTGT 516
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 434 ATAAAGCTGACCGGGCAACAGTTGAACAGGCTCTTGATCCAAGGACGCGTATGGTTTTGT 493
Query 517 TTAGAATGCTTAATAGGGGTGTGTTTAACGATGTTAATGGCTGTATCTCGACAGGCAAAG 576
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 494 TTAGAATGCTTAATCGGGGTGTGTTTAACGATGTTAATGGATGTATTTCGACAGGCAAAG 553
Query 577 AAGCAAATGTTTATCATGCCACAAAATCTGACGGTTCGGAACTTGCAATAAAAGTGTACA 636
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 554 AAGCTAATGTTTATCATGCCACAAAATCTGACGGTTCGGAACTTGCAATAAAAGTGTACA 613
Query 637 AGACATCTGTTCTGGTTTTCAAGGATCGAGATCGATATGTACAAGGAGATTACCGTTTTA 696
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 614 AGACATCGGTTCTGGTTTTCAAGGATCGAGATCGATATGTACAAGGAGATTACCGTTTTA 673
Query 697 GATATGGCTACTGTCGTCACAATCCTCGAAAGATGGTGAAGACATGGGCTGAAAAAGAAC 756
|||||||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 674 GATATGGCTACTGTCGCCACAATCCCCGGAAGATGGTTAAGACGTGGGCTGAAAAAGAAC 733
Query 757 AGAGAAATCTCAAGAGGCTTCATGCAGCAGGAATTAGGTGTCCAGCTGTTATACTTCTAC 816
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 734 AGAGAAATCTTAAGAGGCTTCATGCAGCAGGAATTAGGTGTCCAGCTGTTATACTTCTAC 793
Query 817 GCCTTCATGTTCTAGTCATGGAGTTTATAGGGAGGGATGGTTGGGCTGCACCGCGTCTCA 876
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 794 GCCTTCATGTTCTAGTCATGGAGTTTATAGGGAGGGATGGTTGGGCTGCACCGCGTCTCA 853
Query 877 AGGATGCCGCATTGTCTCTGGACAAGTTGCGCGAGTGTTACTTAGAGTTGATAATTCAAA 936
||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 854 AGGATGCTGCATTATCACTGGACAAGTTGCGCGAGTGTTACCTAGAGTTGATAATTCAAA 913
Query 937 TGCGAGTATTATATCAGAAGTGCAAATTAGTGCATGGGGATCTCAGTGAGTATAACATAC 996
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 914 TGCGAGTATTATATCAGAAGTGCAAATTGGTGCATGGGGATCTCAGTGAGTATAACATAC 973
Query 997 TTTATTTTGAAGGGCACCTTTATATAATTGATGTTTCTCAATCTGTGGATCTGGACCATC 1056
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 974 TTTATTTTGAGGGGCACCTTTATATAATTGATGTTTCTCAATCTGTGGATCTGGACCATC 1033
Query 1057 CTCTTGCACTCAACTTTCTACGGGAAGATTGTGACCATGTCTCGGATTTTTTCAAAAAAC 1116
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 1034 CTCTTGCACTCAACTTTCTACGGGAAGATTGTGACCACGTCTCAGATTTTTTCAAGAAAC 1093
Query 1117 ATGGTGTGGCTGTTATGACAATACGAGAGCTATTTGACTTCATAGTTGACCCGACAATTT 1176
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1094 ATGGTGTGGCTGTCATGACAATACGGGAGCTATTTGACTTCATAGTTGACCCGACAATTT 1153
Query 1177 CAGACGAAAATGTTGATAGCTATTTGGAAGAGGTCCAACGGAAAGTTATAGAGCGAGGAG 1236
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1154 CAGACGAAAATGTTGATAGCTATTTGGAAGAGGTCCAACGAAAAGTTATAGAGCGAGGAG 1213
Query 1237 AGATATCCGTAGAGGATGAAATCGCGGATTCTGTATTCATGAAGTCATACATACCGAAAT 1296
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1214 AGATATCCGTAGAGGATGAAATCGCAGATTCAGTATTCATGAAGTCATACATACCAAAAT 1273
Query 1297 CTCTGGATGCTGTGAACAACCCAGAGGCTGATGTAGCGAAGATAACAAGCGGGCAGGACA 1356
|||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1274 CTCTGGATGCTGTGAACAACCCGGAGGCTGACGTGGCGAAGATAACAAGCGGGCAGGACA 1333
Query 1357 CAGGAGACATGCTGTACCAAACGATAACGGGGCTTAAGGATGCTCTTCCTAAAGTAGACG 1416
|||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |
Sbjct 1334 CAGGAGACATGCTGTACCAAACGATAACGGGGCTGAAAGATGCTCTTCCTAAAGTAGAAG 1393
Query 1417 AGCAGCAAATAGAGGTGAATGCTgaagaggaagaagaagaagaggaagagggaagtgga- 1475
||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| || || ||||| | ||| ||
Sbjct 1394 AGCAGCAAAAAGAGGTGAATGCTGCAGAGGAAGAAGAGGAGGAAGAAGAAG-AAGAAGAC 1452
Query 1476 gaagaaagcgaagaagagagtgaaaaagaattgggtcctgaagacaagaaagCTGCAAGG 1535
| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1453 GGAGAAAGCGAAGAAGAGAGTGAAGAAGAATTGGGTCCTGAAGACAAGAAAGCTGCAAGG 1512
Query 1536 AAAGAGCACAAGAAGAAAGTGAAAGAGGAGAAACGAGAGTCTAGGAAGACGAAAACACCC 1595
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1513 AAAGAGCACAAGAAGAAAGTGAAAGAGGAGAAACGAGAGTCTAGGAAGACGAAAACACCC 1572
Query 1596 AAATCTGTCAAGAAGCGAAAAAAGAAAGTCTCTAAACCCCACAAGACTCGTTA 1648
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1573 AAATCTGTCAAGAAGCGAAAGAAGAAAGTCTCTAAACCCCACAAGACTCGTTA 1625
> Ahg493708 jgi|Araly1|493708|fgenesh2_kg.7__3141__AT5G37350.1
Length=1686
Score = 1500 bits (812), Expect = 0.0
Identities = 856/878 (97%), Gaps = 0/878 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 771 AGGCTTCATGCAGCAGGAATTAGGTGTCCAGCTGTTATACTTCTACGCCTTCATGTTCTA 830
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 759 AGGCTTCATGCAGCAGGAATTAGGTGTCCAGCTGTTATACTTCTACGCCTTCATGTTCTA 818
Query 831 GTCATGGAGTTTATAGGGAGGGATGGTTGGGCTGCACCGCGTCTCAAGGATGCCGCATTG 890
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 819 GTCATGGAGTTTATAGGGAGGGATGGTTGGGCTGCACCGCGTCTCAAGGATGCTGCATTA 878
Query 891 TCTCTGGACAAGTTGCGCGAGTGTTACTTAGAGTTGATAATTCAAATGCGAGTATTATAT 950
||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 879 TCTCTGGACAAGTTGCGCGAGTGCTACCTAGAGTTGATAATCCAAATGCGAGTATTATAT 938
Query 951 CAGAAGTGCAAATTAGTGCATGGGGATCTCAGTGAGTATAACATACTTTATTTTGAAGGG 1010
|||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 939 CAGAAGTGTAAATTGGTGCATGGGGATCTTAGTGAGTATAACATACTATATTTTGAGGGG 998
Query 1011 CACCTTTATATAATTGATGTTTCTCAATCTGTGGATCTGGACCATCCTCTTGCACTCAAC 1070
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 999 CACCTTTATATAATTGATGTTTCTCAATCTGTGGATCTGGACCATCCTCTTGCACTCAAC 1058
Query 1071 TTTCTACGGGAAGATTGTGACCATGTCTCGGATTTTTTCAAAAAACATGGTGTGGCTGTT 1130
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1059 TTTCTACGGGAAGATTGTGACCATGTCTCGGATTTTTTCAAAAAACATGGTGTGGCTGTT 1118
Query 1131 ATGACAATACGAGAGCTATTTGACTTCATAGTTGACCCGACAATTTCAGACGAAAATGTT 1190
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1119 ATGACGATACGAGAGCTATTTGACTTCATAGTTGACCCGACAATTTCAGACGAAAATGTT 1178
Query 1191 GATAGCTATTTGGAAGAGGTCCAACGGAAAGTTATAGAGCGAGGAGAGATATCCGTAGAG 1250
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1179 GATAGCTATTTGGAAGAGGTGCAACGAAAAGTTATAGAGCGAGGAGAGATATCTGTAGAG 1238
Query 1251 GATGAAATCGCGGATTCTGTATTCATGAAGTCATACATACCGAAATCTCTGGATGCTGTG 1310
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1239 GATGAAATCGCGGATTCAGTATTCATGAAGTCATACATACCGAAATCTCTGGATGCTGTG 1298
Query 1311 AACAACCCAGAGGCTGATGTAGCGAAGATAACAAGCGGGCAGGACACAGGAGACATGCTG 1370
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1299 AACAACCCAGAGGCTGATGTAGCGAAGATAACAAGCGGGCAGGACACAGGAGACATGCTG 1358
Query 1371 TACCAAACGATAACGGGGCTTAAGGATGCTCTTCCTAAAGTAGACGAGCAGCAAATAGAG 1430
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1359 TACCAAACGGTAACGGGGCTTAAGGATGCTCTTCCTAAAGTAGACGAGCAGCAAATAGAG 1418
Query 1431 GTGAATGCTgaagaggaagaagaagaagaggaagagggaagtggagaagaaagcgaagaa 1490
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1419 GTGAATGCTGAAGAGGAAGAAGAAGAAGAAGAAGACGGAAGTGGAGAAGAAAGCGAAGAA 1478
Query 1491 gagagtgaaaaagaattgggtcctgaagacaagaaagCTGCAAGGAAAGAGCACAAGAAG 1550
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1479 GAGAGTGAAGAAGAATTGGGTCCTGAAGACAAGAAAGCTGCAAGGAAAGAGCACAAGAAG 1538
Query 1551 AAAGTGAAAGAGGAGAAACGAGAGTCTAGGAAGACGAAAACACCCAAATCTGTCAAGAAG 1610
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1539 AAAGTGAAAGAGGAGAAACGTGAGTCCAGGAAGACGAAAACACCCAAATCTGTCAAGAAG 1598
Query 1611 CGAAAAAAGAAAGTCTCTAAACCCCACAAGACTCGTTA 1648
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1599 CGAAAGAAGAAAGTCTCTAAACCCCACAAGACTCGTTA 1636
Score = 953 bits (516), Expect = 0.0
Identities = 583/615 (95%), Gaps = 6/615 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 41 CGAAAAACAAGTGATGGAGGAAGTAGTGGTAGTTGCAGAGCCACCACCGAAGATTACTCC 100
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 23 CGAAAAACAAGTGATGGAGGAAGTAGTAGTAGTTGCAGAGCCACCACCGAAGATTACTAC 82
Query 101 CTTTGTGGAATACGAAGAAGAGCTT---GAAGATGATGA---CGATGATCTCTCGCTTTC 154
| |||||||||||||||| ||| || ||||| ||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 83 CGTTGTGGAATACGAAGAGGAGATTGAAGAAGAAGATGACGGCGACGATCTCTCGCTTTC 142
Query 155 GTCAGATTCCGATATCGCTGAAGCTCTTGATTGGCTAGACGGTAAAGACGATGACGAGCT 214
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 143 GTCAGATTCCGATATCGCTGAAGCTCTTGATTGGCTAGACGGTAAAGACGATGACGAACT 202
Query 215 AATTGGTGGTGGCTTTTCTCTTCATGCTCGTCGTCCTAATGCTCACGGTGGACATGGTTC 274
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 203 AATTGGTGGTGGCTTCTCTCTTCATGCTCGTCGTCCTAATGCTCACGGTGGACATGGTTC 262
Query 275 ACGCCCTAACTCTAGTGCTCTTCAGCCTATTTCAAATAAGGCCCAGAAGCTTACTAGTCA 334
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 263 ACGCCCTAACTCTAGTGCTCTTCAGCCTATATCAAATAAAGCCCAGAAGCTTACTAGTCA 322
Query 335 CGTTCGTGCTTCTCCTTTGGAGGGATGGGAAGGAAGAGTTAAAGTTGGGATGTCGAATTC 394
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 323 TGTTCGTGCTTCTCCTTTGGAGGGATGGGAAGGAAGAGTTAAAGTTGGGATGTCGAATTC 382
Query 395 TGTGACAACTGCGATTCGTGGAAGTCTTAGAGATACAGAAATTGGGAGAAGTAGGAATAC 454
||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 383 TGTGACAACTGCGATTCGTGGAAGTCTAAGAGAGACAGAGATTGGGAGAAGTAGGAACAC 442
Query 455 TGATAAAGCGGACCGGGCAACTGTTGAACAGGCTCTTGATCCAAGGACGCGTATGGTATT 514
||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 443 TGATAAAGCGGACAGGGCAACAGTTGAACAGGCTCTTGATCCAAGGACGCGTATGGTTTT 502
Query 515 GTTTAGAATGCTTAATAGGGGTGTGTTTAACGATGTTAATGGCTGTATCTCGACAGGCAA 574
|||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 503 GTTTAGAATGCTTAATCGGGGTGTGTTTAATGATGTTAATGGCTGTATTTCCACAGGCAA 562
Query 575 AGAAGCAAATGTTTATCATGCCACAAAATCTGACGGTTCGGAACTTGCAATAAAAGTGTA 634
|||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 563 AGAAGCTAATGTTTATCATGCCACGAAATCTGACGGTTCGGAACTTGCAATAAAAGTGTA 622
Query 635 CAAGACATCTGTTCT 649
||||||||| |||||
Sbjct 623 CAAGACATCGGTTCT 637
Score = 148 bits (80), Expect = 1e-34
Identities = 89/93 (96%), Gaps = 1/93 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 682 GAGATTACCGTTTTAGATATGGCTACTGTCGTCACAATCCTC-GAAAGATGGTGAAGACA 740
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||
Sbjct 639 GAGATTACCGTTTTAGATATGGCTACTGTCGTCACAATCCCCCGCAAGATGGTGAAGACA 698
Query 741 TGGGCTGAAAAAGAACAGAGAAATCTCAAGAGG 773
|||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 699 TGGGCTGAAAAAGAACAGAGAAATCTTAAGAGG 731
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 69400426390
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5