BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G37570.1
Length=1653
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg947406 jgi|Araly1|947406|scaffold_703635.1 2584 0.0
> Ahg947406 jgi|Araly1|947406|scaffold_703635.1
Length=1684
Score = 2584 bits (1399), Expect = 0.0
Identities = 1571/1654 (95%), Gaps = 11/1654 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGATCCAGAGATTATCTCATCCTTCTTTGCTCTCACTCGAAACCCTCTTCAAGCTCTGC 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 21 ATGATCCAGAGATTATCTCATCCTTCTTTGCTCTCACTCGAAACACTCTTAAAGCTCTGC 80
Query 61 AAATCCGAGATTCATCTTAATCAAATCCATGCCCGAATCATCCGCAAAGGTCTTGAACAA 120
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 81 AAATCTGAGATTCATCTTAATCAAATCCATGCCCGAATCATCCGCAAAGGTCTTGAACAA 140
Query 121 GACCAGAatctcatctcaatcttcatctcttcgtcttcttcgtcttcttcgtctctctct 180
||||||||||| ||||| | |||| || || |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 141 GACCAGAATCTTATCTC-A-----ATCT-TT-ATC-TCTTCGTCTTCTTCATCTCTCTCT 191
Query 181 tactcttcctctGTTTTTGAACGTGTTCCTT-CTCCTGGAACTTATCTCTGGAATCATTT 239
||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 192 TACTCTTCCTCTGTTTTTGAACGTGTTCCTTAC-CCTGGAACGTATCTTTGGAATCATTT 250
Query 240 GATTAAAGGGTACTCGAATAAGTTTCTCTTCTTTGAGACTGTTTCGATTCTAATGCGGAT 299
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||
Sbjct 251 GATCAAAGGGTACTCGAATAAGTTTCTCTTCTTTGAGACGGTTTCGCTTCTAATGCGTAT 310
Query 300 GATGAGAACAGGTTTAGCTAGACCTGATGAGTATACTTTTCCTTTGGTTATGAAAGTTTG 359
||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 311 GATGAGAACAGGTTTTGCGAGACCTGATGAGTATACTTTTCCTTTGGTTATGAAAGTTTG 370
Query 360 TTCTAACAATGGACAGGTTCGTGTTGGTTCATCGGTTCATGGGTTAGTTTTGAGAATTGG 419
|||||| |||| | || |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 371 TTCTAATAATGCAGAGTTTCGTGTTGGTTCAACGGTTCATGGGTTGGTTTTGAGAATTGG 430
Query 420 GTTTGATAAAGATGTTGTTGTGGGTACAAGTTTTGTTGATTTTTATGGTAAATGTAAGGA 479
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 431 GTTTGATAAAGATGTTGTTTTGGGTACAAGTTTTGTTGATTTTTATGGTAAATGTAAGGA 490
Query 480 TTTGTTTAGTGCACGTAAGGTGTTTGGGGAAATGCCTGAGAGAAATGCTGTTTCTTGGAC 539
||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 491 TTTGTGTAGTGCACGTAAGGTGTTTGGTGAAATGCCTGAGAGAAATGTTGTTTCTTGGAC 550
Query 540 AGCTTTGGTTGTTGCCTATGTGAAATCTGGGGAGTTAGAGGAAGCGAAGAGCATGTTTGA 599
|||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 551 GGCTTTGATTGTTGCGTATGTAAAATCTGGGGAGTTGGAGGAAGCGAAGAGGATGTTTGA 610
Query 600 TCTTATGCCTGAGCGTAATTTGGGATCTTGGAATGCTTTGGTTGATGGGTTGGTTAAATC 659
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 611 TCTTATGCCTGAGCGTAATTTGGGAACTTGGAATGCTTTGGTTGATGGGTTGGTGAAATC 670
Query 660 TGGTGATTTGGTTAATGCTAAGAAGTTGTTTGATGAAATGCCTAAGAGAGATATAATTTC 719
|| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 671 GGGAGATTTGGTTAATGCTAGGAAGTTGTTTGATGAAATGCCTAAGAGAGATATTATTTC 730
Query 720 GTATACCTCTATGATTGATGGGTATGCTAAAGGTGGTGATATGGTTTCTGCAAGGGATTT 779
|||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 731 GTATACTTCTATGATTGATGGATATGCTAAAGGTGGTGATATGGTTTCTGCGAGGGATTT 790
Query 780 GTTTGAGGAAGCGAGGGGTGTTGATGTTAGAGCATGGTCAGCTTTGATATTGGGTTATGC 839
||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 791 GTTTGAGAAAGCGAGGGGTGTTGATGTTAGGGCATGGTCAGCTTTAATATTGGGTTATGC 850
Query 840 ACAGAACGGTCAGCCGAATGAGGCTTTTAAGGTTTTTAGCGAAATGTGTGCGAAGAATGT 899
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 851 ACAGAACGGTCAGCCGAATGAGGCCTTTAAGGTTTTTAGCGAAATGTGTGCGAAGAATGT 910
Query 900 CAAACCTGATGAGTTTATAATGGTGGGTTTGATGTCAGCTTGTTCTCAGATGGGTTGTTT 959
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 911 TAAACCTGATGAGTTTATAATGGTGGGTTTGATGTCAGCTTGTTCTCAGATGGGTTGTTT 970
Query 960 TGAGTTATGTGAAAAGGTTGATTCTTATCTGCACCAAAGGATGAATAAGTTTTCTAGTCA 1019
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 971 TGAATTATGTGAAAAGGTTGATTCTTATCTGCACCAAAGCATGAATAAATTTTCTAGTCA 1030
Query 1020 TTATGTTGTACCTGCTTTGATAGACATGAATGCCAAGTGTGGCCACATGGACAGAGCAGC 1079
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1031 TTATGTTATACCTGCTTTGATAGACATGAATGCCAAGTGTGGCCACATGGACAGAGCAGC 1090
Query 1080 TAAGTTGTTTGAAGAGATGCCTCAGCGAGATCTTGTTTCATATTGTTCGATGATGGAAGG 1139
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1091 TAAGTTGTTTGAAGAGATGCCTCAGCGAGATCTTGTTTCATACTGTTCGATGATGGAAGG 1150
Query 1140 AATGGCGATCCACGGGTGTGGAAGTGAAGCTATTCGACTGTTTGAGAAAATGGTAGACGA 1199
|||||| || || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1151 AATGGCTATTCATGGGTGTGGAAGTGAAGCTGTTCGACTGTTTGAGAAAATGGTAGACGA 1210
Query 1200 AGGTATTGTTCCTGATGAAGTTGCCTTCACAGTAATATTGAAAGTTTGTGGCCAATCCAG 1259
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 1211 AGGTATTGTTCCCGATGAAGTTGCCTTCACAGTAATATTGAAAGTTTGTAGCCAGTCCAG 1270
Query 1260 GCTTGTTGAGGAGGGATTGAGGTATTTCGAGTTAATGCGAAAGAAATATTCTATTTTGGC 1319
||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||
Sbjct 1271 GCTTGTTGAGGAGGGCTTAAGGTATTTCGAGTTAATGCGAAAGGAGTATTCAATTTTGGC 1330
Query 1320 ATCTCCTGATCATTATTCATGCATTGTGAATCTTCTTAGCCGGACAGGGAAGCTTAAAGA 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 1331 ATCTCCTGATCATTATTCATGCATTGTGAATCTTCTTAGTCGGACAGGAAAGCTTAAAGA 1390
Query 1380 GGCCTATGAGCTTATCAAATCCATGCCCTTTGAAGCTCATGCTAGTGCTTGGGGTTCACT 1439
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1391 GGCTTATGAGCTTATCAAATCCATGCCCTTTGAAGCTCATGCTAGTGCTTGGGGTTCGCT 1450
Query 1440 TTTGGGTGGTTGTAGTCTACATGGGAATACTGAGATAGCAGAGGTAGTTGCAAGGCACCT 1499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1451 TTTGGGTGGTTGTAGTCTACATGGGAATACTGAGATAGCAGAGGTAGTTGCAAGGCAACT 1510
Query 1500 CTTTGAGCTTGAACCACAAAGTGCCGGTAGTTACGTGCTTCTGTCAAATATTTATGCAGC 1559
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1511 CTTTGAGCTTGAACCACAAAGTGCCGGTAGTTACGTGCTTCTGTCAAATATATATGCAGC 1570
Query 1560 TTTAGACCGGTGGACGGATGTTGCTCATCTTAGGGACAAAATGAACGAAAATGGTATTAC 1619
||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1571 TTTAGACCGGTGGGCGGATCTTGCTCATCTTAGGGACAAAATGAACGAGAATGGTATTAA 1630
Query 1620 AAAGATTTGTGGCCGAAGTTGGATAAGTCGATAA 1653
|||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1631 AAAGATTTGTGGCCGAAGTTGGATAATTCGATAA 1664
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 61972828615
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5