BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G37630.1
Length=3452
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg493738 jgi|Araly1|493738|fgenesh2_kg.7__3171__AT5G37630.1 5144 0.0
> Ahg493738 jgi|Araly1|493738|fgenesh2_kg.7__3171__AT5G37630.1
Length=3335
Score = 5144 bits (2785), Expect = 0.0
Identities = 3170/3351 (95%), Gaps = 46/3351 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 47 TTCACAAAAAATCTCAAATTTCTCTGTG-AAAATGGGCGAAGAATCAGAAATCGCCATGG 105
||||| |||||| ||||||||||| | | ||||||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 16 TTCACCAAAAATTTCAAATTTCTCAGCGAAAAATGGGCGAAGAATCCGAAACCGCCATGG 75
Query 106 CTTCAGCAGATCGAAATAACCTAACCCAGAAAATCGCCAAGATCCTAAACGAGACTCGCA 165
|||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 76 CTTCTCCAGATCG--A-AACCTAACCCAGAAAATCGCCAAGATCCTAAACGAGACTCGCA 132
Query 166 CATCATACGCTACTCATAACCGTAAGCTAAAGGAGCTCGCCACAATCCGTTCAAAACTAT 225
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 133 CATCATACGCTACTCATAACCGGAAGCTAAAGGAGCTCGCCACAATCCGTTCAAAGCTAT 192
Query 226 CTTCATCTGAATCCGAATCCGAGTCCGTGTCTTCTTCTATTCTTCAATTCTCTTCCGTGT 285
||||||| | |||||||||| | | ||||||||||||| |||||| ||||| ||||
Sbjct 193 CTTCATC----T--GAATCCGAGT-C-T-TCTTCTTCTATTCGTCAATTTTCTTCGGTGT 243
Query 286 TTCTCAAAACCCTAACCCCTCTTTTCATCGCGGCTCAACGAAGAACCGCTGCAGCAGAGC 345
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 244 TTTTCAAAACCCTAACCCCTCTTTTCATCGCGGCTCAACGAAGAACCGCTGCAGCAGAGC 303
Query 346 GTGTTGTTCGATTCGTGGCGGAATTCGCTTGTCTTCGTAGTAATTCAGACGGTGACTCCG 405
||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| || | ||| ||||
Sbjct 304 GTGTTGTTCGATTCGCGGCGGAATTTGCTTGTCTTCGTAGTAATTCTGATGATGATTCCG 363
Query 406 ATTGCGACGAGTTTCTAGAGGAATTTCTTAAGTTTTTGGTTGCTGGGTCTGTTGCTGCCA 465
|||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| | ||| ||||| ||||| |
Sbjct 364 ATTGCGACGAGTTTCTGGAGGAATTTCTAAAGTTTTTGGTGGTTGGATCTGTGGCTGCGA 423
Query 466 ATAGAAACGCGAGATTCAGGGCGTGTCAGATAATTTCAGAGATCATATTGAGGCTGCCAG 525
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 424 ATAGAAACGCGAGATTCAGAGCGTGTCAGATAATTTCTGAGATCATATTGAGGCTGCCAG 483
Query 526 ATGAAGTGGAAGTAGCGGATGAACTATGGGATGATGTAATTGATTGTATGATGTTGCGAG 585
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 484 ATGAAGTGGAAGTAGCGGATGAACTATGGGATGATGTAATTGATTGTATGATGTTGCGTG 543
Query 586 TTCGGGACAAAGTTCCTGTTATACGTACATTTGCTGTGAGGTCTCTTTCACGTTTTGTGA 645
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 544 TTCGGGACAAAGTTCCTGTTATCCGTACATTTGCTGTAAGGTCTCTTTCACGCTTTGTGA 603
Query 646 ATGATCCTGAGAATAGTGACATTCTTGATTTGCTACTTGAGGTGCTTCCTTTGGAACAGA 705
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 604 ATGATCCTGAGAATAGTGACATTCTTGATTTGCTACTTGAGGTGCTTCCCCTGGAACAGA 663
Query 706 ATCCGGAGGTACGCAAAACAATTGTTTTATCTCTGCCTCCTTCAAATGCAACCACCCAAG 765
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 664 ATCCGGAGGTACGCAAAACAATTGTTTTATCTCTGCCTCCTTCAAATGCAACCACCCAAG 723
Query 766 CAATTATTGATTGCACGCTCGATGTTAATGAATCAGTACGCAAAGCAGCTTACTCTGTTC 825
||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 724 CAATTATTGATTGCACGCTTGACGTTAATGAATCAGTACGCAAAGCAGCTTACTCTGTTC 783
Query 826 TGGCTAATAAAGTTCCTCTTCAGAGTCTGAGCATCAAGCTAAGGACCACAATTCTTCAGA 885
| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 784 TTGCAAATAAAGTTCCTCTTCAGAGTCTGAGCATCAAGCTTAGGACCACAATTCTTCAGA 843
Query 886 GAGGGCTCGCTGATCGTGCTGTAAATGTTTCAACGGAATGCTTGAAGCTAATGAAAGAGC 945
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 844 GAGGGCTCGCTGATCGTGCTGTAAATGTTTCAGCGGAATGCTTGAAGCTAATGAAAGAGC 903
Query 946 AATGGCTAGCTAACTATTGTGAAGGAGATCCTATC-ACATTTCTTAAATACCTTGACGTT 1004
|||||||| |||||| ||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 904 AATGGCTATCTAACTCTTGTGGAGGAGATCCTATCGA-ATTTCTTAAATACCTTGACGTT 962
Query 1005 GAAACCTACGAATCTGTGGCAGAATCGGCGTTGGAAGTTCTGTTGAGTGAAGGGTTGATA 1064
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 963 GAAACCTATGAATCTGTAGCAGAATCGGCGTTGGAAGTTCTGTTGAGTGAAGGATTGATA 1022
Query 1065 ATGCCCTCCGATGATAAAAGCATCCAGCAGTACATATTGTCAGCAGATGGTGAAACTAGA 1124
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1023 ATGCCCACCGATGATAAAAGCATCCAGCAGTACATATTGTCAGCAGATGGTGAAGCTAGA 1082
Query 1125 GATGAAAGCACATGTTCTGCACCCAGCATTCAACTTATGGAGCCAGAGATTGCTCTTTAC 1184
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1083 GATGAGAGCACATGTTCTGCACCCAGCATTCAACTTATGGAGCCAGAGATTGCTCTTTAC 1142
Query 1185 TGGAGGATTATATGCAGGAAGGTGCACCAAAGTGCTCAAGCAAAAGGTTCTGATGCTGCT 1244
|||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1143 TGGAGGATTATATGCAGGAAATTACACAAAAGTGCTCAAGCAAAGGGTTCTGATGCTGCT 1202
Query 1245 ACAGCGATGGGTGCTGAAGCAGCAGTTTATGCTGCTGAAGCTTCAGATGCTAATGATTTG 1304
|| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1203 ACTGCGATGGGAGCTGAGGCAGCAGTTTATGCCGCTGAAGCTTCAGATGCTAATGATTTG 1262
Query 1305 CTGGAAAGAATTCTTCCTGCAACAGTTTCTGATTATGTTGATCTAGTTAAAGCTCATATA 1364
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1263 CTAGAAAGAATTCTTCCTGCAACAGTCTCTGATTATGTTGATCTAGTTAAAGCTCATATA 1322
Query 1365 GAAGCAGGACCAAATCATCACTTTGCTTCGAGGCAGCTATTATTGTTGGGTACGATGCTT 1424
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1323 GAAGCTGGACCAAATCATCACTTTGCTTCGAGGCAACTATTATTGTTGGGCACGATGCTT 1382
Query 1425 GATTTCTCTGATGCTATGCTCCACAAGACTGTGAGCTCATTTGTCCAGGAGCTGCTCCGC 1484
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1383 GATTTCTCTGATGCTATGCTCCACAAGACTGCCAGCTCATTTGTCCAGGAGCTGCTCCGC 1442
Query 1485 AGACCTTTTGAGCAAGAATTAGATGAAGATGGGAACAGTATTGTGATTGGAGATGGTATA 1544
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1443 AGACCTTTTGAGCAAGAATTAGATGAAGATGGGAACAGTATTGTGATTGGAGATGGTATA 1502
Query 1545 AACCTTGGTGGTGATAAAGATTGGGCTGAGGCAGTGTCGAAATTGGCTAAAAAAGTCCAT 1604
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 1503 AACCTTGGTGGTGATAAAGATTGGGCTGAGGCAGTGTCCAAATTGGCTAAGAAAGTCCAT 1562
Query 1605 GCTGCCCCTGGAGAATATGAAGAAGTTATACTTGTTGTTGTTGAAGAAGTAGCGAGACCC 1664
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1563 GCTGCCCCGGGAGAATATGAAGAAGTTATACTTGTTGTTATTGAAGAAGTAGCGAGACCC 1622
Query 1665 TGCAGGGAAAGGACTGCGGATTTCCTGCAGTGGATGCACATGCTTTCTCTGACAAGTCTT 1724
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1623 TGCAGGGAAAGGACTGCAGATTTCCTGCAGTGGATGCACATGCTTTCTCTGACAAGTCTT 1682
Query 1725 CTCTTGGAAAATGGAAAATCTTTACATTCACTGCAAGGGAAGGCTATTGAACCAGAAGAG 1784
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1683 CTCTTGGAAAATGGAAAATCTTTAGATTCACTGCAAGGGAAAGCTATTGAACCAGAAGAG 1742
Query 1785 ATATTGCATGCTCTATTGCTTCCAGGGGCAAAACACACTCACTTGGATGTGCAGAGGATT 1844
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1743 ATATTACATGCTCTATTGCTTCCAGGGGCAAAACACACTCACTTGGATGTGCAGAGGATT 1802
Query 1845 GCTATAAAGGGCCTTGGTCTTTTTGGTTTGTTAGAGAAGAAGCCTAGCGAAGAGCTAGTA 1904
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1803 GCTATAAAGGGCCTTGGTCTTTTTGGTTTATTAGAGAAGAAGCCTAGCGAAGAGCTAGTA 1862
Query 1905 AGGCAGCTACGTGCAGCTTTTTGCAGAAGCCCTCCTCCAATTAGTATTATGGCTTGCAAG 1964
|||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1863 AGGCAGCTACGTACAGCTTTTTGCATAAGCCCTCCTCCAATTAGTATTATGGCTTGCAAG 1922
Query 1965 GCACTAGTGGATCTTGGGATGTGGCATAGCCCAACTGAAGTTGACAAGGCAATGGGACAA 2024
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1923 GCACTAGTGGATCTTGGGATGTGGCATAGCCCAACAGAAGTTGACAAGGCAATGGGACAA 1982
Query 2025 GATCTCTTGTCACAATTTGAGGATGACAGCATTGATTTTGCACCCATCGACTTATCCAAT 2084
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1983 GATCTCTTGTCACAATTTGAGGATGAAAGCATTGATTTTGCACCCATTGACTTATCCAAT 2042
Query 2085 GCCGAAGAAGATATGAACTTTAAAATGCTCGATCTCTTGTATGCTGGACTTGAAAGTGAT 2144
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2043 GCGGAAGAAGATATGAACTTTAAAATGCTCGATCTCTTGTATGCTGGACTTGAAAGTGAT 2102
Query 2145 GACTGGAGAGCATCCACAGAGAGCAGTGAGAATGAGTCAGTTAAAGCAACTGTTGGGGAG 2204
||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2103 GACTGGAGAGCTTTCACAGAGAGCAGTGAGAATGAGTCAGTTAAAGCAACTGTTGGGGAG 2162
Query 2205 GGGTTTGCAAAACTTCTTCTTCTAGGAGAGAAGTACCCAAACTTGCCTGCATCTTTCTAT 2264
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2163 GGGTTTGCAAAACTTCTTCTTCTTGGAGAGAAGTACCCAAACTTGCCTGCATCTTTCTAT 2222
Query 2265 CCGTTTGTATTGGGAAAGCTAATTGCTTTATATTTCAGTGAGGAGTCAAAAGAACAACTG 2324
|||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2223 CCGTTTGTTTTGGGGAAGCTAATTGCATTATATTTCAGTGAGGAGTCAAAAGAACAACTG 2282
Query 2325 AGGTTTAAACAGTGTTTATCCGTCTTCTTTGAGCACTATGCCTCCCTCTCAGAAAAACAT 2384
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 2283 AGGTTTAAACAGTGTTTATCTGTCTTCTTTGAGCACTATGCGTCCCTCTCAGAAAAGCAT 2342
Query 2385 AAGGGATACGTGTCAAAGGCTTTTGTTCCTCTTGTACGCTCAATGTGGCCTGGGATTGAT 2444
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2343 AAGGGATACGTGTCAAAGGCTTTTGTTCCTCTTATACGCTCAATGTGGCCTGGGATTGAT 2402
Query 2445 GGAAACACTAAAAGTTCGTCATATGTTGTATCAAATCAACGCAAGCGCGCAGTCCAAGTA 2504
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 2403 GGAAACACTAAAAGTTCGTCATATGTTGTATCAAATCAACGCAAGCGCGCGGTCCAAGCA 2462
Query 2505 TCCAGATTCATCCTACAGATGATGCAAACCCCGCTATACAAAAAAGAGACAAGAGGTGAG 2564
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2463 TCCAGATTTATTCTACAGATGATGCAAACCCCGCTATACAAAAAAGAGACAAGAGGTGAG 2522
Query 2565 CCTGAAAGCCAGGTCAATAAATCACCAGAAGATTCTATCCAACATCCACTAAACTGTACA 2624
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 2523 CCTGAAAGCCAGTTCAATAAATCACCAGAAGATTCTATCCAGCCTCCACTAAACTGTACA 2582
Query 2625 GAAGAAGGTTTGGCCATACGCATAGCCATCGAGATGCTAAGCTTCAAAGAAAAGAAGACT 2684
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2583 GAAGAAGGGTTGGCCATACGCATGGCCATCGAGATGCTAAGCTTCAAGGAAAAGAAGACT 2642
Query 2685 GCT-CATGAGAAGGCATATGTTGCAGCGCTGTGCAAAATACTTGTGCTGCTCCATCTGAA 2743
||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2643 GCTGC-TGAGAAGGCATATGTTGCAGCGCTGTGCAAAATACTTGTGCTGCTTCATCTGAA 2701
Query 2744 ACCATCAGAACAAAATGTGACAAAGTTGTTGAAAAAGCTTTTAAGCCTACTCGCAGATTC 2803
||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2702 ACCATCAGATCGAAATGTGACAAAGTTGTTGAAAAAGCTTTTAAGCCTACTCGCAGATTC 2761
Query 2804 TGTACGTTCAGAGAAGGATCTTCTTAAAGAAGTGAAACCGGTGCTTCAACATCTAAAATC 2863
|||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2762 TGTATGTTCAGAGAAGGAGCTTCTTAAAGAAGTGAAACCGGTGCTTCAACATCTAAAATC 2821
Query 2864 TTTGGATGCTTGTCCAAGCGAGGAGCTTACACAAGATCAAGCAAATTCCATCTTTGAAAT 2923
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2822 TTTGGATGCTTGTCCAAACGAGGAGCTTACACAAGATCAAGCAAATTCCATCTTTGAAAC 2881
Query 2924 ACTCGGAGTTAGCTACAACTTAGAGATCACTGAAACTACAACAGTGCCACAGACACCTGC 2983
||| ||||| |||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2882 ACTAGGAGTAAGCTACAATTTAGAGATCATTGCAACTACAACAGTGCCACAGACACCTGC 2941
Query 2984 TCCTTGCTCAACAAAACCAGCTCGGTCAAGAAGACGAGCAAGGATTGAAGAAACATCCTC 3043
|||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 2942 TCCTTGCTCAACAAGACCAGCTCGGTCAAGAAGAAGAGCAAGGACTGAAGATACATCCTC 3001
Query 3044 TGATGAAGAAGAAG---TAGCATCTCCTCCACCTTCTGCTCCTAATACTTTGATGACCCG 3100
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3002 TGATGAAGAAGAAGAGATAGCATCTCCTCCACCTTCTGCTCCTAATACTTTGATGACCCG 3061
Query 3101 ATCACACCGTGCAAGTAAAGCTGCTGCCTTGGCCAAAATAATGGCAAGCAAAGTGAAAAT 3160
||||||||| ||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3062 ATCACACCGAGCAAGTAAAGCTGTTGCTTTAGCCAAAATAATGGCAAGCAAAGTGAAAAT 3121
Query 3161 GAGCAATGTAGACGAGGATGATGAGGAAGAAGAAGGTTCTTCTGATGTTACAGCAGATGA 3220
||| |||||||||||||||||||||||||||| | | | ||||||||||||||||||||
Sbjct 3122 GAGTAATGTAGACGAGGATGATGAGGAAGAAG--G-TGCCTCTGATGTTACAGCAGATGA 3178
Query 3221 TTCAGATGAAT---A--ACTA-T-A--GAGAGTTGAATTAGGGGTTGGCTCTGTTGTTTG 3271
||||||||||| | | || | | ||||||||| |||||| |||| |||||||||||
Sbjct 3179 TTCAGATGAATCTGATGAATAATCATAGAGAGTTGAGTTAGGGATTGGTTCTGTTGTTTG 3238
Query 3272 TACGTTTGCTACTAAGTCGATGTGTGTTTTATGTCAGTTATAAAAAGATTATAGCCAATT 3331
|||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| | ||||||| |||| |
Sbjct 3239 TACGTTTGTTACCAAGTTGATGTGTGTTTTATGTCAGTTGTGAAAAGATCATAG--A--- 3293
Query 3332 CGTAGCTTGTTATGTGTGAGTGTCGGTTATGTTTGCTGTCGAAAATCTTTG 3382
| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3294 C--A-------ATGTGTGAGTCTCGGTTATGTTTGCTGTCGAAAATCTTTG 3335
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 130347187525
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5