BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G38470.1
Length=1426
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg494129 jgi|Araly1|494129|fgenesh2_kg.7__3562__AT5G38470.1 2124 0.0
> Ahg494129 jgi|Araly1|494129|fgenesh2_kg.7__3562__AT5G38470.1
Length=1382
Score = 2124 bits (1150), Expect = 0.0
Identities = 1281/1342 (95%), Gaps = 17/1342 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 72 CTAAACGATGAAGATTTTCGTGAAGACTCTCAGTGGTTCGAACTTCGAGATCGAAGTAAA 131
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||
Sbjct 48 CTAAACGATGAAGATTTTCGTGAAGACTCTCAGTGGTACGAACTTCGAGATCGAAGTTAA 107
Query 132 ACCTGCAGATAAGGTTTCTGATGTTAA-AACGGCTATAGAAACTGTTAAAGGTGCAGAAT 190
|||||| |||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 108 ACCTGCGGATACGGTTTCTGATGTTAAGAA-AGCTATAGAAACTGTTAAAGGTGCAGAAT 166
Query 191 ACCCTGCTGCT-AAGCAGATGCTGATCCACCAAGGAAAGGTTCTAAAGGATGAGACCACA 249
||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 167 ACCCTGCTG-TGAAGCAGATGCTGATCCACCAAGGAAAGGTTCTAAAGGATGAGACCACA 225
Query 250 TTGGAAGAGAACAATGTTGTTGAGAACAGTTTCATTGTTATCATGTTGTCCAAGACCAAG 309
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 226 TTGGAAGAGAACAATGTTGTTGAGAACAGTTTCATTGTTATCATGTTGTCCAAGACCAAG 285
Query 310 GCTTC-TCCAAGTGGGGCATCAACCGCATCTGCACCAGCACCTAGTGCTACACAGCCACA 368
||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 286 GCTTCGTC-AAGTGGGGCATCAACTGCATCTGCACCAGCACCTAGTGCTACCCAGGCACA 344
Query 369 GACAGTAGCTACACCTCAGGTTTCTGCTCCTACTGCCTCAGTTCCAGTTCCTACAAGTGG 428
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 345 GACAGTTGCTACACCTCAGGTTTCTGCTCCAACTGTCTCAGTTCCAGAGCCTACAAGTGG 404
Query 429 AACTGCAACCGCTGCAGCTCCAGCTACTGCTGCTTCGGTTCAGACAGATGTGTATGGTCA 488
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 405 AACTGCAACCGCTGCAGCTCCAGCTGCTGCTGCTTCGGTTCAAACAGATGTGTATGGTCA 464
Query 489 AGCAGCATCAAACCTTGTTGCTGGAACTACTTTAGAGTCCACTGTTCAGCAAATTCTTGA 548
|||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 465 AGCAGCGTCAAACCTTGTTGCTGGAACTACTCTAGAGTCCACTGTTCAGCAAATTCTTGA 524
Query 549 TATGGGTGGAGGTAGTTGGGACCGTGACACTGTTGTTCGTGCTCTGAGAGCTGCGTTCAA 608
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 525 CATGGGTGGAGGTAGTTGGGACCGTGACACTGTTGTTCGTGCTCTGAGAGCTGCCTTCAA 584
Query 609 CAATCCTGAAAGAGCTGTTGAATACCTGTACTCGGGTATCCCTGCTCAAGCTGAAATCCC 668
||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 585 CAATCCTGAAAGAGCCGTTGAATATCTGTACTCAGGTATCCCTGCTCAAGCTGAAATCCC 644
Query 669 ACCAGTTGCTCAAGCCCCAGCTACTGGGGAACAGGCAGCCAATCCTCTAGCACAGCCCCA 728
|||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||| ||||||| |||||| |||||
Sbjct 645 GCCAGTTGCTCAAGCCCCATCTACTGGTGAACAGCCAGCAAATCCTCAAGCACAACCCCA 704
Query 729 ACAAGCAGCAGCTCCAGCAGCTGCAACTGGTGGTCCAAACGCAAATCCATTAAACCTGTT 788
||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 705 ACAAGCAGC---TCCGGTAGCTGCAACTGGTGGTCCAAACGCAAATCCATTAAACCTGTT 761
Query 789 CCCCCAGGGCATGCCCGCTGCAGATGCTGGTGCTGGAGCTGGTAATCTTGATTTCCTGCG 848
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 762 CCCCCAGGGCATGCCCGCTGCAGATGCTGCTGCTGGAGCTGGTAATCTTGATTTCCTGCG 821
Query 849 TAACAGTCAACAGTTCCAAGCCTTGCGAGCTATGGTACAAGCAAACCCACAAATTCTACA 908
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 822 TAACAGTCAGCAGTTCCAAGCCTTGCGAGCTATGGTACAAGCAAACCCACAAATTCTACA 881
Query 909 GCCTATGCTTCAGGAGCTCGGTAAACAAAACCCCCAGCTTGTGCGACTAATTCAAGAGCA 968
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 882 GCCTATGCTTCAGGAGCTCGGTAAACAAAACCCGCAGCTTGTGCGACTAATTCAAGAGCA 941
Query 969 CCAGGCTGACTTCCTACGCTTGATAAACGAACCTGTCGAGGGAGAAGAGAATGTTATGGA 1028
||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 942 CCAGGCTGACTTCCTACGCTTGATAAATGAGCCCGTCGAGGGAGAAGAGAATGTTATGGA 1001
Query 1029 ACAGTTGGAAGCAGCAATGCCACAAGCTGTTACCGTTACACCTGAAGAGCGTGAAGCCAT 1088
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1002 ACAGTTGGAAGCAGCAATGCCACAAGCTGTTACAGTTACACCTGAAGAGCGTGAAGCCAT 1061
Query 1089 TGAACGGCTTGAAGGGATGGGGTTTGATCGTGCGATGGTCTTGGAAGTGTTCTTTGCGTG 1148
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1062 TGAACGGCTTGAAGCGATGGGGTTTGATCGTGCGATGGTCTTAGAAGTGTTCTTTGCGTG 1121
Query 1149 TAACAAGAATGAAGAACTTGCAGCTAATTACCTTCTAGATCACATGCATGAGTTTGAAGA 1208
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1122 TAACAAGAATGAAGAACTTGCAGCGAATTACCTTCTAGATCACATGCATGAGTTTGAGGA 1181
Query 1209 TCAATAAACAGAGCAAATCCATTCCTCC-CTCTAAACTCAGA--CC-Atctttctgtttc 1264
||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 1182 CCAATAAACAGAGCAAATCCATTCCTCCTCCCTAAACTCAGAGACCCATCTTTCTGTTTC 1241
Query 1265 tttttcttcttctttttAATATGATAATCTCTTCTCCAATGCCATTTGACAGTTTCATGT 1324
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1242 TTTTTCTTCTTCTTTTTAATATGATAATCTCTTCTCCAATGCCATTTGACAGTTTCATGT 1301
Query 1325 TTATGTTCATGGGAGTTGATGTGTTTATGTTACTA--TT-AAAACTATCATAGTTTATCT 1381
|||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||
Sbjct 1302 TTATGTTCATGGGAGTTGATGTGTTTATGTTA-TACATTTAAAACTATCATAGTTTATCT 1360
Query 1382 GGTTTGAAGATGCTCCTCTTTT 1403
||||||||||||||||||||||
Sbjct 1361 GGTTTGAAGATGCTCCTCTTTT 1382
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 53326343000
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5