BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G38640.1
Length=2320
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg494105 jgi|Araly1|494105|fgenesh2_kg.7__3538__AT5G38640.1 3759 0.0
Ahg483526 jgi|Araly1|483526|fgenesh2_kg.4__2586__AT2G44070.1 1504 0.0
> Ahg494105 jgi|Araly1|494105|fgenesh2_kg.7__3538__AT5G38640.1
Length=2297
Score = 3759 bits (2035), Expect = 0.0
Identities = 2219/2307 (96%), Gaps = 15/2307 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 19 AAAAAATCCAGAGCTTCTTCTCCTCCGACGCGATGGAGTCTCGTCGGAACCCTCGCGCCG 78
||||| || | |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1 AAAAATTCGATAGCTTCTTCTTCTCCGACGCGATGGAGTCTCGACGGAACCCTCGCGCCG 60
Query 79 TAGTAGATCCAAAGGTCCGACAAGTCGGTTTCTTCACATCATCTCAACCCGATTCATCAA 138
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 61 TAGTGGATCCAAAGGTCCGACAAGTCGGTTTCTTCACATCATCTCAACCCGATTCTTC-A 119
Query 139 CTCAA--CAACAACAACCCGACCCGATCGCTGCTACCTCTGCTTCTTCTTCTTCTTCCAC 196
|||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 120 -TCAACTCAACAACAACCCGACCCGATCGCTGCCACCTC--C-GCTTCTTCTTCTTCCAC 175
Query 197 CATTTCTCCTTCCGGTAACTCACTCTCCCCCGTCATGATTCCTCCTCCTCGTCTCAATTC 256
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 176 CATTTCTCCTTCCGGTAACTCACTCTCCCCCGTCATGATTCCTCCTCCTCTTCACAATTC 235
Query 257 CTCTGATACTTTCCCTCTTCGAGTCGCTGTC-GCTGGTGCTGCTGCGTCAGCCGTGTCTC 315
||||||||||||||| ||||| | ||| | | ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 236 CTCTGATACTTTCCCCCTTCGCGCCGCCG-CTGCTGGTGCTGCTGCGTCAGCCGTATCTC 294
Query 316 CTTCTTCGTTTTCTTACTCAAGTCGCCGTGATTTCCCTGATGGATCAACGACGGCGTCTC 375
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 295 CTTCTTCGTTTTCTTACTCCAGTCGCCGTGATTTCCCTGACGGATCAACGACGGCGTCTC 354
Query 376 CTGGACGCCATTCCAGGGGTAGTTTCGTAAAATCATCTGTTCCTGTTGCTTCTTCGCTGC 435
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 355 CTGGACGCCATTCCAGGGGTAGTTTCGTAAAATCTTCTGTTCCTGTTGCTTCTTCGCTTC 414
Query 436 CTGGTATTGGGATGGATTCTATGGCTGCTGCTAAATCTAGTAGTGTTCCTGCTAGTGGTT 495
||||| |||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 415 CTGGTGTTGGAATTGATTCTATGGCTGCGGCTAAATCTAGTAGTGTTCCTGCTAGTGGAT 474
Query 496 TAACCACTGTCTCCGTCGTTACCATGCCTCCTGGACTTTCTGAGAAGGCTAGTGGAATGG 555
|||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 475 TAACTACTGTCTCTGTTGTTACCATGCCTCCTGGACTTTCTGAGAAGGCTAGTGGAATGG 534
Query 556 AGGTGCAGAGTGACCAGAAGAAGCCATTGAAAGAGAAAACCACTAAAGCTGAGAGACGAG 615
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 535 AGGTGCAGAGTGACCAGAAGAAGCCATTGAAAGAGAAAACCACAAAAGCTGAGAGACGAG 594
Query 616 CTATTCAAGAAGCTCAAAGAGCTGCTAAAGCTGCTGCAAAAGCTGATGGTGGGAAGGTGG 675
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 595 CTATTCAAGAAGCTCAAAGAGCTGCTAAAGCTGCTGCAAAAGCTGATGGTGGGAAGGTGG 654
Query 676 CACCAGTG-TCCTCAGCCTCGGTGGCTTCAACAAGTGTTAAAGCTGCTAAACCAGCGAAG 734
|||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||
Sbjct 655 CACCAGTGAT-CTCAGCCTCGGTGGCTTCAACAAGTGGTAAAGCTGCTAAACCAGCAAAG 713
Query 735 GCTACATCTCAGAAGAATGATGTTGCTGTTGCTACTGGAGCAGCTGAGAAGAAGGGAGGT 794
|||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 714 GCTACATCTCAGAAGAATGATGTTGCCGTTGCTGCTGGAGCAGCTGAGAAGAAGGGAGGT 773
Query 795 CCATCTGAAAAAGATAGAAAGAAAGATGCTCCTCATCCCCGCATGCAGTATGATGATGAG 854
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 774 CCATCTGAGAAAGATAGAAAGAAAGATGCTCCTCATCCCCGCATGCAGTATGATGATGAG 833
Query 855 AGTAGAGTCGTGAAGGCTAAAAGACGTGCTGTTGTAAAACAGACCGAGGCTAAAAACAGG 914
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 834 AGTAGAGTCGTGAAGGCCAAAAGACGTGCTGTTGTAAAACAGACCGAGGCTAAAAACAGG 893
Query 915 GTTGAGCTATTTAGGCATTTGCCTCAGTATGAGCATGGCACTCAACTTCCTGATCTCGAG 974
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 894 GTTGAGCTATTTAGGCATTTGCCTCAGTATGAACATGGCACTCAACTTCCTGATCTCGAG 953
Query 975 ACTAAGTTCTTCCAACTTGACCCTATGCATCCTGCTGTGTACAAGGTTGGTCTTCAATAT 1034
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 954 ACTAAGTTCTTCCAACTTGACCCTATGCATCCTGCTGTGTACAAGGTTGGTCTTCAATAT 1013
Query 1035 CTTTCTGGGGATATCTCTGGTGGCAATGCCAGGTGTATTGCGATGCTCCAAGCATTCCAA 1094
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1014 CTTTCTGGGGATATCTCTGGTGGCAATGCCAGGTGTATTGCGATGCTCCAAGCATTCCAA 1073
Query 1095 GAGGTTGTCAAAGATTATTCAACACCGCCTGAGAAGTCTCTTAACAGGGACATGACTGCG 1154
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1074 GAGGTTGTCAAAGATTATTCGACACCGCCTGAGAAGTCTCTTAACAGGGACATGACTGCG 1133
Query 1155 AAAATAAGTAGCTACGTCTCCTTCCTCATAGAATGCCGTCCGCTTTCGATTAGCATGGGA 1214
|||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1134 AAAATAAGTAGCTATGTCTCTTTCCTAATTGAATGCCGTCCGCTTTCGATTAGCATGGGA 1193
Query 1215 AACGCAATACGATTTGTGAAAAACAGGATTGCAAAGCTGCCTATAACACTTTCTGAATCT 1274
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1194 AACGCAATCCGATTTGTGAAAAACAGGATTGCAAAGCTGCCTATAACACTTTCTGAATCT 1253
Query 1275 GAAGCAAAAGCTACTCTTCAGTCAGATATTGAACGGTTCATTAACGAGAAGATCATAGTG 1334
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
Sbjct 1254 GAAGCAAAAGCTGCTCTTCAGTCAGATATTGAACGGTTCATTAACGATAAGATCATAGGG 1313
Query 1335 GCAGATACGGTGATAGTCAAACATGCTGTTACTAAAATAAGAGACGGTGATGTCCTTCTG 1394
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1314 GCAGATACGGTGATAGTCAAACATGCTGTTACTAAAATCAGAGACGGTGATGTCCTTCTG 1373
Query 1395 ACCTACGGATCTCCCACTGCTGTTGAGATGGTAATATTACATGCACATGAACTCAGGAAA 1454
||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1374 ACCTATGGATCTCCCACGGCTGTTGAGATGGTATTATTACATGCACATGAACTCAGGAAA 1433
Query 1455 AAGTTTCGAGTCTTGGTGGTGGATTCTCGTCCAAAGCTTGAAGGGCAGCTACTGCTTCGT 1514
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1434 AAGTTTCGTGTCTTGGTGGTGGATTCTCGTCCAAAGCTTGAAGGGCAGCTACTGCTTCGT 1493
Query 1515 AGATTGATCAAACGAGGCATTAACTGTACATACACTCATATAAATGCCATTTCATATATC 1574
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1494 AGATTGATCAAACGAGGCATTAACTGTACATACACTCATATAAATGCCATTTCATATATC 1553
Query 1575 ATGCATGAAGTCACCAAAGTGTTTTTGGGCGCCTCGTCAGTTTTGTCTAACGGAACAGTT 1634
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1554 ATGCACGAAGTCACCAAAGTGTTTTTGGGCGCCTCATCAGTTTTGTCTAACGGAACAGTT 1613
Query 1635 TATTCAAGGGTTGGGACTGCTTGTGTTGCAATGGTTGCAAATGCATTCCGTGTTCCTGTG 1694
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1614 TACTCGAGGGTTGGGACTGCTTGTGTTGCAATGGTTGCAAATGCATTCCGTGTTCCTGTG 1673
Query 1695 CTTGTATGTTGCGAAGCCTACAAGTTCCATGAGAGGGTGCAATTGGATTCAATATGTTCC 1754
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1674 CTTGTATGTTGCGAAGCCTACAAGTTCCATGAGAGGGTGCAATTGGATTCAATATGCTCC 1733
Query 1755 AATGAGCTTGGTGATCCAAATGCTATTTCAGAAGTTCATGGAAGAGAAGACATAAACTAT 1814
|||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1734 AATGAGCTCGGTGATCCAAATGCTATTTCAAAAGTTCATGGAAGAGAAGACATAAACTAC 1793
Query 1815 TTAGATGGCTTGACCAACAACGCAAACCTGCAGTTTTTGAACTTGATGTATGATGCTACA 1874
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1794 TTAGATGGCTTGACCAACAACGCAAACCTGCAGTTTTTGAACTTGATGTATGATGCTACA 1853
Query 1875 CCTTCAGATTACATTTCCATGATAATCACAGATTATGGCATGGTACCTCCCACAAGTGTG 1934
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1854 CCTTCAGATTACATTTCCATGATAATCACAGATTATGGCATGGTACCTCCCACAAGCGTG 1913
Query 1935 CCTGTCATCGTGAGAGAATATCAGAAAGAACACTTGCTTGTCTAAGCAAAGCTCATTTTT 1994
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 1914 CCTGTCATCGTGAGAGAATATCAGAAAGAACACTTGCTTGTCTAAGCAAAATTCGTTTTT 1973
Query 1995 GCGAAAGCTCTTCTTCTCCAACCCCCTCCTCTAGCTCAGGCTCTTCTCATCACAACCCAG 2054
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 1974 GCGAAAGCTCTTCTTCTCCAACCCCTTCCTCTAGCTCAGGCTCTTCTCGTCACAACCC-G 2032
Query 2055 -ATAGAATAACTACCGGCACTGCCTCCCCTCATCCGCTTCTTTTCCTGAGTACCGGGTTC 2113
||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2033 CATAGAATAACTACTGGCACTGCCTCCC-TCATCCGCTTCTTTTCCTGAGTACCGGATTC 2091
Query 2114 AttttttttGGCCTTGACTTGTTTTTAGAAACTTTTGACTCTGTGAAGAGTGCGATTCAT 2173
|||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2092 ATTTTTTT-GGCCTTGACATGTTTTTAGTAACTTTTGACTCTGTGAAGAGTGCGATTCAT 2150
Query 2174 CATCCGCCTCTCCGGGAAGATTTTATCGATATCGGTGATGTTTTTCTTTGTCTGTGATGT 2233
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2151 CATCCGCCTCTCCGGGAAGATTTTATCGATATCGGTGATGTTTTTTTTTGTCTGTGATGT 2210
Query 2234 ATGAGTGAGGCTTCTCTTACTCTCCCTTCTCATGGAGGTTGATACAAATCTTTCTCAGAT 2293
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2211 ATGAGTGAGGCTTCTCTTACTCTCCCTTCTCATAGAGTTTGATACAAATCTTTCTCAGAT 2270
Query 2294 TCTATGCCAATTTTTGTTGGGTTCAGT 2320
||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2271 TCTATGCCAATTTTTTTTTGGTTCAGT 2297
> Ahg483526 jgi|Araly1|483526|fgenesh2_kg.4__2586__AT2G44070.1
Length=1035
Score = 1504 bits (814), Expect = 0.0
Identities = 935/993 (94%), Gaps = 10/993 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 990 CTTGACCCTATGCATCCTGCTGTGTACAAGGTTGGTCTTCAATATCTTTCTGGGGATATC 1049
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CTTGACCCTATGCATCCTGCTGTGTACAAGGTTGGTCTTCAATATCTTTCTGGGGATATT 60
Query 1050 TCTGGTGGCAATGCCAGGTGTATTGCGATGCTCCAAGCATTCCAAGAGGTTGTCAAAGAT 1109
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TCTGGTGGCAATGCCAGGTGTATTGCGATGCTCCAGGCATTCCAAGAGGTTGTCAAAGAT 120
Query 1110 TATTCAACACCGCCTGAGAAGTCTCTTAACAGGGACATGACTGCGAAAATAAGTAGCTAC 1169
||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TATTCTACACCGCCTGAGAAGACTCTTAACAGGAACATGGCTGCGAAAATAAGTAGCTAC 180
Query 1170 GTCTCCTTCCTCATAGAATGCCGTCCGCTTTCGATTAGCATGGGAAACGCAATACGATTT 1229
||||| || |||| ||| || |||||||||||| ||||||||| ||||||||| || |||
Sbjct 181 GTCTCTTTTCTCAGAGATTGTCGTCCGCTTTCGGTTAGCATGGAAAACGCAATCCGGTTT 240
Query 1230 GTGAAAAACAGGATTGCAAAGCTGCCTATAACACTTTCTGAATCTGAAGCAAAAGCTACT 1289
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 241 GTGAAAAACAGGATTGCAAAGCTGCCTATAACACTTTCTGAATCTGAAGCAAAAGCTGCT 300
Query 1290 CTTCAGTCAGATATTGAACGGTTCATTAACGAGAAGATCATAGTGGCAGATACGGTGATA 1349
||| |||||||||| | ||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 301 CTTAAGTCAGATATCGCACGGTTCATCAACGAGAAAATCATAGGGGCAGATACGGTGATA 360
Query 1350 GTCAAACATGCTGTTACTAAAATAAGAGACGGTGATGTCCTTCTGACCTACGGATCTCCC 1409
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GTCAAACATGCTGTCACTAAGATAAGAGACGGTGATGTCCTTCTGACCTACGGATCTCCC 420
Query 1410 ACTGCTGTTGAGATGGTAATATTACATGCACATGAACTCAGGAAAAAGTTTCGAGTCTTG 1469
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 421 ACTGCTGTTGAGATGGTATTATTACATGCACATGAACTCAGGAAAAAGTTTCGTGTCTTG 480
Query 1470 GTGGTGGATTCTCGTCCAAAGCTTGAAGGGCAGCTACTGCTTCGTAGATTGATCAAACGA 1529
|||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GTGGTGGATTCTCGCCCAAAGCTTCAAGGGCAGCTACTGCTTCGTAGATTGATCAAACGA 540
Query 1530 GGCATTAACTGTACATACACTCATATAAATGCCATTTCATATATCATGCATGAAGTCACC 1589
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 541 GGCATTAACTGTGCATACACTCATATAAATGCCATTTCATATATCATGCACCAAGTCACC 600
Query 1590 AAAGTGTTTTTGGGCGCCTCGTCAGTTTTGTCTAACGGAACAGTTTATTCAAGGGTTGGG 1649
|||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 601 AAAGTGTTTTTGGGCGCCTCATCAGTTTTCTCTAACGGAACAGTTTACTCTAGGGTTGGG 660
Query 1650 ACTGCTTGTGTTGCAATGGTTGCAAATGCATTCCGTGTTCCTGTGCTTGTATGTTGCGAA 1709
|||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 661 ACTGCTTGTGTTGCAATGGTGGCAACTGCTTTCCGTGTTCCTGTGCTTGTTTGTTGCGAA 720
Query 1710 GCCTACAAGTTCCATGAGAGGGTGCAATTGG---ATTCAATATG-T--TCCAATGAGCTT 1763
||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||| | |||||||||||
Sbjct 721 GCCTACAAGTTCCATGAGAGGGTACTATTGGATTATTCAATATGCTCGTCCAATGAGCTC 780
Query 1764 GGTGATCCAAATGCTATTTCAGAAGTTCATGGAAGAGAAGACATAAACTA-TTTAGATGG 1822
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 781 GGTGATCCAAATGCTATTTCAAAAGTTCATGGAAGAGAAGACATAAACTACTTT-GATGG 839
Query 1823 CTTGACCAACAACGCAAACCTGCAGTTTTTGAACTTGATGTATGATGCTACACCTTCAGA 1882
|||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 CTTGACCAACAATGCAAACCTAAAGTTTTTGAACTTGATGTATGATGCTACACCTTCAGA 899
Query 1883 TTACATTTCCATGATAATCACAGATTATGGCATGGTACCTCCCACAAGTGTGCCTGTCAT 1942
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 900 TTACATTTCCATGATAATCACAGATTATGGCATGGTACCTCCCACAAGCGTGCCTGTCAT 959
Query 1943 CGTGAGAGAATATCAGAAAGAACAC--TTGCTT 1973
||||||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 960 CGTGAGAGAATGTCAGAAAGAACACAATTGCTT 992
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 87379022030
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5