BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G38880.1
Length=3096
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg947943 jgi|Araly1|947943|scaffold_704172.1 4056 0.0
> Ahg947943 jgi|Araly1|947943|scaffold_704172.1
Length=2431
Score = 4056 bits (2196), Expect = 0.0
Identities = 2353/2431 (97%), Gaps = 1/2431 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 371 GTATTGTAGTTGTAGAGAGAATGCAGAGTTTATCGAGCTCGGCTCCGACACCGGAGGCGA 430
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1 GTATTGTAGTTGTAGAGAGAATGCAGAGTTTATCGAACTCAGCTCCGACACCGGAGGCGA 60
Query 431 TATTAGAATGGTTACAGAAGGAAATGGGGTACAGGCAATTAGGTCCGTATAATGGATCGA 490
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 61 TATTAGAATGGTTACAGAAGGAAATGGGGTACAGGCAATTAGGTCCGTATAATGGATCAA 120
Query 491 GCAAATCTCATGTTCCTTCTATTGATGCTATAAGGAAGATTTGTAGAGGGAATATGATAC 550
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GCAAATCTCATGTTCCTTCTATTGATGCTATAAGGAAGATTTGTAGAGGGAATATGATAC 180
Query 551 CTATATGGAATTTTTTGATAAACCGAGTGAAATCGGAGAAGACAGTGGAGAGAATTAGGC 610
|||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CTATTTGGAATTTTTTAATAAACCGAGTGAAATCGGAGAAGACAGTGGAGAGAATTAGGC 240
Query 611 GGAATATTACGGTTCATGGGGGAAGTAGTAATGCTAGCATTGGGAGTTCGGTAAATCCTG 670
|||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |
Sbjct 241 GGAACATTACGGTTCATGGAGGAAGTAGTAATGCTAGCATTGGGAGTTCTGTGAATCCCG 300
Query 671 GGAAGGAGGAGAGTAAGAGTAAAGGAAGGCGGAAGGATAAGACAGTGACTGGTGAGAGTT 730
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||
Sbjct 301 GGAAGGAGGAGAGTAAGGGTAAAGGAAGGCGGAAGGAAAAGGCAGTGACTGGGGAGAGTT 360
Query 731 CGAGTTATGCGGAGGATAGAGAAGCTGCATTGCAGGAAAGGGAATTAGCTGCAAAGGAAG 790
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CGAGTTATGCAGAGGATAGAGAGGCTGCATTGCAGGAAAGGGAATTAGCTGCAAAGGAAG 420
Query 791 TGGAGAGATTGAGGAACATAGTGAGGAGGCAAAGAAAAGATTTGAAAGCTAGAATGTTGG 850
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 421 TGGAGAGGTTGAGGAACATAGTGAGGAGGCAAAGAAAAGATTTGAAAGCTCGAATGTTGG 480
Query 851 AGGTCTCTAGAGAAGAAGCAGAGCGGAAGAGGATGCTTGATGAAAGAGCAAATTACAGAC 910
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 481 AGGTCTCTAGAGAAGAAGCAGAACGGAAGAGGATGCTTGACGAAAGAGCAAATTACAGAC 540
Query 911 ACAAGCAAGCATTGTTGGAAGCGTATGATCAACAATGTGATGAAGCAACAAGAATATTTG 970
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 541 ACAAGCAAGCATTGTTGGAAGCTTATGATCAACAATGCGACGAAGCAACAAGAATATTTG 600
Query 971 CAGAGTATCACAAAAGGCTACAAGTCTATGTTAATCAAGCAAATGATGCACAACGGTCTG 1030
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 601 CAGAGTATCACAAAAGGCTACAAGTCTACGTTAATCAAGCAAATGATGCACAGCGGTCTG 660
Query 1031 TCAATTCATCGAATGAAGTGTTAAGCAGCCTCAGTGCTAACAGTGAGAGGGAAGCTGTTT 1090
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 661 TCAATTCATCGAATGAAGTGTTAAGCAGCCTCAGTGCTAACAGTGAGAGGGAAGCTGTGT 720
Query 1091 ATTCCACTGTCAAAGGAACTAAGTCTGCAGATGATGTCATTCTCATGGAAACAACCCGAG 1150
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 ATTCCACTGTCAAAGGAACTAAGTCTGCAGATGATGTCATTCTCATGGAAACAACCCGAG 780
Query 1151 AACGAAATATCAGGATAGTATGTGATTTGCTTGCATCACGCATGATTGAAAGAATACGTA 1210
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 AACGAAATATCAGGATAGTTTGTGATTTGCTTGCATCACGCATGATTGAAAGAATACGTA 840
Query 1211 ACTCCTTCCCTGCATACGAAGGAAATGGAATTTGTTCACTTCCAGAGCTGGAAACTGCCA 1270
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||
Sbjct 841 ACTCCTTCCCTGCATACGAAGGAAATGGAATTTGTTCACATCCTGAGCTGGAAACAGCCA 900
Query 1271 AGCTGGGTTTTGAGTATGATGGAGAAATAACTGATGAGATGAAAACTGTTATAGTAAATT 1330
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 AGCTGGGTTTTGAATATGATGGAGAAATAACTGATGAGATGAAAACTGTTATAGTAAATT 960
Query 1331 CCCTGAGGGGTCCTCCTCTGCTGCTTCAGGCTATTGCTGCATACACTTTACGCATTAAGA 1390
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 CCCTGAGGGGTCCTCCTCTGCTGCTTCAGGCTATTGCTGCATACACTTTACGCATTAAGA 1020
Query 1391 CTCTGATATCCAGAGAGATGGAGAAGATTGATGTCAGAGCAGATGCTGAAATGTTAAGGT 1450
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 CCCTGATATCCAGAGAGATGGAGAAGATTGATGTCAGAGCAGATGCTGAAATGTTAAGGT 1080
Query 1451 ATAAGTTTGAGAACAACCGTGTAACAGACAATTCTTCTTCTGATGTGAGCTCCCCTTTGA 1510
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1081 ATAAGTTTGAGAACAACCGGGTAACAGACAATTCTTCTTCTGATGTGAGCTCGCCTTTGA 1140
Query 1511 GTTATCAGTTTAATGGAAACGGGAAGATAGGCACAGATACTCATTTCCAAGGATCTAACA 1570
|||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1141 GTTATCAGTTTAATGGTAATGGAAAGATAGGCACAGATACTCATTTCCAGGGATCTAACA 1200
Query 1571 ACCAGCTCCTTGAACGGCAGAAAGCCCATGTTCAACAATTTTTGGCTACTGAAGATGCAC 1630
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 ACCAGCTTCTTGAACGGCAGAAAGCGCATGTTCAACAATTTTTGGCTACTGAAGATGCAC 1260
Query 1631 TAAACAAAGCAGCTGAAGCTCGTGATTTATGCCACAAGTTTATTAACCGTTTGCATGGAA 1690
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 TAAACAAAGCGGCTGAAGCTCGTGATTTATGCCAAAAATTTATTAACCGTTTGCATGGAA 1320
Query 1691 GTGCTGATACAGCTACTCATTCGTTTGTTGGAGGCACAACACAGAGTGGTAGCAATCTTA 1750
|||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 1321 GTGCTGATGCAGCTACACATTCGTTTGCTGGAGGCACAACACAGAATGGCAGCAATCTTA 1380
Query 1751 GGCAATTTGAGTTGGATGTATGGGGAAAGGAAAGAGAAGCTGCTGGTTTGAGGGCTAGCT 1810
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 GGCAATTTGAGTTGGATGTATGGGGAAAGGAAAGAGAAGCTGCTGGTTTGAGGGCTAGCT 1440
Query 1811 TAAACACATTGTTATCTGAAATACAACGGCTGAATAAATTATGTGCagaaagaaaagaag 1870
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 TAAACACATTGTTATCTGAAATACAACGGCTGAATAAATTATGTGCAGAAAGAAAAGAAG 1500
Query 1871 ccgaagattccttgaaaaagaagtggaagaaaaTTGAGGAATTTGATGCTCGCAGATCCG 1930
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 CCGAAGATTCCTTGAAGAAGAAGTGGAAGAAAATTGAGGAATTTGATGCTCGCAGATCCG 1560
Query 1931 AACTTGAAACCATATATACAACTCTTCTCAAGGCCAACATGGATGCTGTTGCATTCTGGA 1990
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 AACTTGAAACCATATATACAACTCTTCTCAAGGCTAACATGGATGCTGTTGCATTCTGGA 1620
Query 1991 ATCAACAACCACTAGCTGCAAGGGAATATGCATCAGCCACTGTAATTCCAGCCAGTGAAG 2050
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1621 ATCAACAACCACTAGCTGCAAGGGAATATGCATCAGCCACTGTAATTCCAGCAAGTGAAG 1680
Query 2051 TTGTTGTGGACATTTCAAACAGCGCAAAAGATTTCATTGAGAAAGAAGTGTCTGCTTTCT 2110
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 TTGTTGTGGACATTTCAAACAGCGCAAAAGATTTCATTGAGAAAGAAGTGTCTGCTTTCT 1740
Query 2111 TTCAAAGTCCTGATAACAGTCTTTATATGCTTCCAGCAACTCCCCAGGGACTTCTGGAAT 2170
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1741 TTCAAAGTCCTGATAACAGTCTTTATATGCTTCCAGCAACTCCTCAGGGACTTCTGGAGT 1800
Query 2171 CTATGGGAGCTAATGGATCGACGGGACCTGAAGCTGTTGCATATGCAGAGAAGAATGCTG 2230
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 CTATGGGAGCTAATGGATCGACGGGACCTGAAGCTGTTGCATATGCAGAGAAGAATGCTG 1860
Query 2231 CTCTATTAACGGCTAGAGCTGGTGCAAGAGATCCATCGGCAATACCATCTATATGTCGCA 2290
||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1861 CTCTATTAACGGCAAGAGCCGGTGCAAGAGATCCATCAGCAATTCCATCTATATGTCGCA 1920
Query 2291 TTTCTGCTGCCCTTCAATATCCTGCAGGTCTTGAGGGTTCAGATGCAAGTTTGGCCTCAG 2350
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 TTTCTGCTGCCCTTCAATATCCTGCAGGTCTGGAGGGTTCAGATGCAAGTTTGGCCTCAG 1980
Query 2351 TGTTAGAGTCTCTTGAGTTCTGCTTAAGAGTTCGTGGTTCTGAAGCATGTGTTTTAGAAG 2410
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 TGTTAGAGTCTCTTGAGTTCTGCTTAAGGGTTCGTGGTTCTGAAGCATGTGTTTTAGAAG 2040
Query 2411 ACTTAGCAAAGGCAATCGATTTGGTCCATATTCGGCAGGATCTAGTTGAAAGTGGCCATT 2470
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2041 ACTTAGCAAAGGCAATCGATTTGGTCCATATACGGCAGGATCTAGTTGAGAGTGGCCATT 2100
Query 2471 CTCTGTTAGATCATGCTTTCCGTGCCCAGCAAAAATATGAAAGAACAACTAACTACTGCC 2530
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2101 CTCTGTTAGATCATGCTTTCCGTGCCCAGCAAAAATATGAAAGAACAACTAACTACTGCC 2160
Query 2531 TAGATCTAGCTTCTGAACAAGAGAATACAATATCGGACCAGTGGTTACCTGAACTTAGGA 2590
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 2161 TAGATCTAGCTTCTGAACAAGAGAATACAATATCGGACCAATGGTTGCCTGAACTTAGGA 2220
Query 2591 CTGCAGTTCAGAATGCGCAAGCTTCCTCGGAACACTGCAAATACGTTAGGGGTTTGCTTG 2650
|||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 2221 CTGCAGTTCAGAATGCGCAAGCTTCCTCTGAGCACTGCAAATACGTCAGGGGCTTGCTTG 2280
Query 2651 ATGAATGGTGGGAACAACCTGCATCAACAGTTGTGGATTGGGTCACTGTAGATGGTCAAA 2710
|||||||||||||||| |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2281 ATGAATGGTGGGAACAGCCTGCAGCTACAGTTGTTGATTGGGTCACTGTAGATGGTCAAA 2340
Query 2711 GTGTTGCAGCTTGGCAAAACCATGTCAAACAGCTTCTTGCCTTCTATGATAAAGAATCAT 2770
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||
Sbjct 2341 GTGTTGCAGCTTGGCAAAACCATGTCAAACAGCTTCTGGCCTTTTACGATAAAGAATCAT 2400
Query 2771 TGCGAACGTAAAAACCCATCATG-CCGCTCT 2800
|||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 2401 TGCGAACGTAAAGCCCCATCATTTCCGCTCT 2431
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 116937052150
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5