BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G39040.1
Length=2198
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg494081 jgi|Araly1|494081|fgenesh2_kg.7__3514__AT5G39040.1 3295 0.0
> Ahg494081 jgi|Araly1|494081|fgenesh2_kg.7__3514__AT5G39040.1
Length=2100
Score = 3295 bits (1784), Expect = 0.0
Identities = 1933/2005 (96%), Gaps = 10/2005 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 45 AAACCCAAAACAAAAGTTGAGAAC-TTTTCA---TATTTCAGATGGGCAACAAGAAACTG 100
|||||||||||||||||||||| | |||| | | ||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 1 AAACCCAAAACAAAAGTTGAGACCTTTTTTATTTTCTTTGAGATGGGTAACAAGAAACTG 60
Query 101 TTGACTGGTGGGTCAAGCAAAACTCATGGTA---GTGGTAGTAGCTACAGAGATCCTCTG 157
|||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TTGACTGGTGGGTCAAGCAAAACTTATGGTAGTGGTGGTAGTAGCTACAGAGATCCTCTG 120
Query 158 TTGCAGAATCAGGAGGATAAACCGAAAGCGAATGGAAGCGAGAATGGTTTGAATGATCTT 217
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 121 TTGCAGAATC---AGGATAAACCGAAAGCGAATGGAAGCGAAAATGGTTCAAATGATCTT 177
Query 218 GAGCATGGTGTAGTTGAGGCGGCAAATGTTGGATTTGGCAGAGTCTTTGCGTTGGCAAAG 277
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 178 GAGCATGGTGTTGTTGAGGCAGCAAATGTTGGATTTGGCAGAGTCTTTGCGTTGGCAAAG 237
Query 278 CCCGATGCGGGAAAGCTAGTGATTGGTACCATTGCTTTGTTGATAGGTTCAACAACTAAT 337
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 238 CCCGATGCGGGAAAGCTAGTGATTGGTACCATTGCTTTGTTGATAGGTTCAACAACTAAT 297
Query 338 CTCCTTGTTCCAAAGTTTGGTGGGATGATTATAGACATTGTATCCAGAGATGTCAAGACG 397
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 298 CTCCTTGTTCCAAAGTTTGGTGGGATGATTATAGACATTGTATCCAGAGATGTCAAGATG 357
Query 398 CCTGAGCAGCAAACGGAATCCTTGATTGCTGTTAGAAACGCCGTAGTAATCATTTTGCTT 457
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||
Sbjct 358 CCTGAGCAGCAAACAGAATCCTTGATTGCTGTTAGAAATGCCGTTGTAGTCATTTTGCTT 417
Query 458 ATCGTTGTAATCGGATCGATATGCACGGCTTTGCGAGCGTGGCTATTTAATTCTGCCAGT 517
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 418 ATCGTTGTAATTGGATCGATATGCACGGCTTTGCGAGCGTGGCTATTTAACTCTGCCAGC 477
Query 518 GAAAGAGTTGTGGCTCGACTGAGAAAGGATTTGTTCAGACACCTAATGCATCAGGAAATA 577
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 GAAAGAGTTGTGGCTCGACTGAGAAAGGATTTGTTCAAACACCTAATGCATCAGGAAATA 537
Query 578 GCATTTTATGATGTCACAAAAACCGGAGAACTCTTAAGTAGATTATCCGAAGACACCCAG 637
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 GCATTTTATGATGTCACAAAAACCGGAGAACTCTTAAGTAGATTATCCGAAGACACCCAG 597
Query 638 ATCATAAAAAACGCTGCTACTACAAATCTTTCTGAAGCTCTTCGTAACGTAACAACTGCG 697
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 ATCATAAAAAACGCTGCTACGACAAATCTTTCTGAAGCTCTTCGTAACGTAACAACTGCG 657
Query 698 CTTATAGGAGTTGGTTTCATGTTTACATCATCTTGGAAATTAACATTGTTGGCGTTAGTA 757
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 658 CTTATTGGAGTTGGTTTCATGTTTACATCATCTTGGAAATTAACATTGTTGGCGCTAGTA 717
Query 758 GTAGTTCCGGTAATTTCAGTTGCTGTGAAACAGTTTGGTCGCTATCTACGTGAACTTTCA 817
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||
Sbjct 718 GTAGTTCCGGTAATTTCAGTTGCTGTGAAACAGTTCGGACGCTATCTGCGTGAACTTTCA 777
Query 818 CACACAACTCAAGCTGCAGCTGCTGTTGCTGCATCAATTGCTGAGGAATCTTTTGGTGCA 877
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 CACACAACTCAAGCTGCAGCTGCTGTTGCTGCATCAATTGCTGAGGAATCTTTTGGTGCA 837
Query 878 GTCCGAACTGTTAGATCGTTTGCGAAAGAAAGCTATATGGTATCACAATATTCCAAGAAA 937
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 ATCCGAACTGTTAGATCTTTTGCGAAAGAAAGCTATATGGTATCACAATATTCCAAGAAA 897
Query 938 GTCGATGAGACTCTGAAGCTAGGACTCAAACAAGCTGTACTTGTCGGGTTGTTCTTCGGA 997
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 898 GTTGATGAGACTCTGAAGCTAGGACTCAAACAAGCTGTACTTGTCGGATTGTTCTTCGGT 957
Query 998 GGACTAAACGCAGCTTTCACATTATCTGTTATTACGGTTGTTAGTTATGGAGCATACTTA 1057
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 GGACTAAACGCAGCTTTCACATTATCTGTTATTACGGTTGTTAGTTATGGAGCATACTTA 1017
Query 1058 ACAATATATGGTTCCATGACCGTTGGAGCACTCACTTCCTTCATTCTTTATAGCCTCACA 1117
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 ACAATATATGGTTCCATGACCGTTGGAGCACTCACTTCCTTCATTCTTTATAGCCTCACA 1077
Query 1118 GTTGGTTCATCGGTATCTTCTTTATCGAGTTTGTACACAACTGCAATGAAAGCTGCAGGC 1177
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 GTTGGTTCATCGGTATCTTCTTTGTCGAGTTTGTACACAACTGCAATGAAAGCTGCAGGC 1137
Query 1178 GCTAGTAGACGAGTTTTTCAGATCTTGGACCGTGTTTCTAGCATGTCAAGTTCAGGGGAT 1237
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 GCTAGTAGACGGGTTTTTCAGATCTTGGACCGTGTTTCTAGCATGTCAAGTTCAGGGGAT 1197
Query 1238 AAGTGTCCAGTCGGTAATCCTGATGGAGATGTGGAATTAAATGATGTCTGGTTTGCTTAT 1297
||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 AAGTGTCCAGTCGGTGTTCCTGATGGAGATGTGGAACTAAATGATGTCTGGTTTGCTTAT 1257
Query 1298 CCTTCTCGTCCTAGTCACATGATACTCAAGGGAATATCGTTGAGGTTGACACCAGGCTCA 1357
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 CCTTCTCGCCCTAGTCACATGATACTCAAGGGAATATCATTGAGGTTGACACCAGGCTCA 1317
Query 1358 AAAGTTGCACTAGTAGGACCAAGCGGTGGAGGAAAAACGACCATAGCTAATTTGATTGAG 1417
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1318 AAAGTTGCACTTGTAGGACCAAGTGGTGGAGGAAAAACGACCATAGCCAATTTGATTGAG 1377
Query 1418 AGATTCTATGATCCTCTCAAGGGAAAGATTTTGCTTAATGGAGTTTCTTTGATGGAAATA 1477
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1378 AGATTCTATGATCCTCTCAAGGGAAAGATCTTGCTTAATGGAGTTTCTTTAATGGAAATA 1437
Query 1478 TCCCATCAATACCTTCACAAACAGATCAGCATTGTAAGTCAGGAACCAATTCTTTTCAAC 1537
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 TCCCATCAATATCTTCACAAACAGATCAGCATTGTAAGTCAGGAACCAATTCTTTTCAAC 1497
Query 1538 TGTTCAGTGGAAGAGAACATCGCATATGGATTTGACGGTGAAGCTAGTTTTACCGATATA 1597
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1498 TGTTCAGTGGAAGAGAACATCGCATATGGATTTGACGGTGAAGCTAGTTTTTCCGATATA 1557
Query 1598 GAAAATGCAGCGAAAATGGCGAATGCACACGAGTTCATTGAAGCGTTTCCGGATAAGTAC 1657
||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 GAAAATGCAGCTAAAATGGCGAATGCACATGAGTTCATCGAAGCGTTTCCGGATAAGTAC 1617
Query 1658 AACACTGTTGTAGGAGAACGTGGATTACGGCTCTCAGGAGGACAGAAGCAAAGGATTGCA 1717
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 AACACTGTTGTTGGAGAACGTGGATTACGGCTCTCAGGAGGACAGAAGCAAAGGATTGCA 1677
Query 1718 ATCGCGAGGGCGCTTCTTACAAACCCGAGTGTTTTGCTCCTTGATGAAGCCACGAGTGCA 1777
|| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1678 ATAGCGAGGGCTCTTCTTACAAACCCAAGTGTTTTGCTCCTTGATGAAGCCACAAGTGCA 1737
Query 1778 CTCGACGCTGAAAGCGAATATCTTGTTCAGGATGCGATGGACTCGTTAATGGCGGGAAGA 1837
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1738 CTCGACGCTGAAAGCGAATATCTTGTTCAGGATGCGATGGACTCGTTGATGGCAGGAAGA 1797
Query 1838 ACGGTGTTGGTGATAGCTCATAGGTTATCGACGGTCAAGACTGCAGACTGTGTGGCGGTT 1897
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 ACAGTGTTGGTGATAGCTCATAGGTTATCGACGGTCAAGACTGCAGACTGTGTGGCGGTT 1857
Query 1898 ATATCAGATGGTGAGGTGGCTGAGAAAGGCACTCATGATGAGCTTCTCAGCCTTAATGGA 1957
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 ATATCAGATGGTGAAGTGGCTGAGAAAGGCACTCATAATGAGCTTCTCAGCCTTAATGGA 1917
Query 1958 ATCTACACAAATCTTGTCAAGAGGCAGCTTCAGAGTTCTTCCTCTGTTACCACCTTGTGA 2017
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1918 ATCTACACTAATCTTGTCAAGAGGCAGCTTCAGAGTTCTTCCTCTGTTACCAGCTTGTGA 1977
Query 2018 GATAATATCATTCTTCTGACTACAA 2042
|| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1978 GACAATATCATTCTTCTGACAACAA 2002
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 82732012140
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5