BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G39350.1
Length=2034
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg494052 jgi|Araly1|494052|fgenesh2_kg.7__3485__AT5G39350.1 3086 0.0
> Ahg494052 jgi|Araly1|494052|fgenesh2_kg.7__3485__AT5G39350.1
Length=2025
Score = 3086 bits (1671), Expect = 0.0
Identities = 1903/2017 (94%), Gaps = 8/2017 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 11 TTTTGCGCAGAGCCAACAACGCACTTAGTAGCGTCAAGCAATACCAATCTCTCTTGAATC 70
|||||||||||||||| || |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 14 TTTTGCGCAGAGCCAAAAAAGCAC-T--TAGCGTCAAGCAATACCAATCTCTCTTGAATC 70
Query 71 ACTTTGCAGCTACTCAATCAATTTCAAAAACCAAAGCTTTACACTGCCACGTCATCACCG 130
||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 71 ACTATGCAGCTACTCAATCAATTTCCAAAACCAAAGCTTTACACTGCCACGTCATCACCG 130
Query 131 GCGGTCGAGTTTCCGGCCACATTCTCTCGACTCTCTCCGTAACTTATGCGTTATGTGGTC 190
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 131 GCGGTCGAGTTTCCGGCCACATTCTCTCGACTCTCTCCGTAACTTATGCTTTATGTGGCC 190
Query 191 ACATCACTTATGCACGGAAGCTGTTCGAGGAAATGCCTCAAAGCTCTTTGCTTTCTTATA 250
||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 191 ACATCGCTTATGCACGGAAGCTGTTCGACGAAATGCCTCAAAGCTCTTTGCTTTCATATA 250
Query 251 ACATTGTTATTAGAATGTACGTGCGTGAAGGATTGTATCACGATGCGATTAGCGTGTTTA 310
|||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 251 ACATTGTTATCAGAATGTATGTGCGTGACGGATTGTATCACGATGCGATTAACGTGTTTA 310
Query 311 TTAGGATGGTTAGTGAGGGGGTTAAGTGTGTTCCGGATGGTTATACATACCCTTTTGTTG 370
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 311 TTAGGATGGTTAGTGAGGGAATTAAGTGTGTTCCGGATGGTTATACATACCCTTTTGTTG 370
Query 371 CTAAAGCTGCTGGAGAATTGAAATCGATGAAATTGGGGTTGGTTGTTCATGGGAGGATCT 430
| || ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 371 CCAAGGCTGCTGGAGAATTGAAATCGATTAGTTTGGGGTTGGTTATTCATGGGAGGATCT 430
Query 431 TGAGGAGTTGGTTTGGTAGGGATAAGTATGTGCAGAACGCGTTGTTAGCGATGTATATGA 490
|||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 431 TGAGAAGTTGGTTTGGTATGGATAAGTATGTGCAGAACGCGTTGTTAGCTATGTATATGA 490
Query 491 ACTTTGGGAAGGTTGAAATGGCGAGGGATGTGTTTGATGTGATGAAGAACCGTGATGTGA 550
||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 491 ACTTTGGGAGGGTTGAAATGGCGAGGAATGTGTTTGATGTGATGAAGAATCGAGATGTGA 550
Query 551 TTTCGTGGAACACGATGATTAGTGGGTATTATAGGAATGGTTATATGAATGATGCGTTAA 610
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 551 TTTCGTGGAATACGATGATTAGTGGGTATTATAGGAATGGATATATGAATGATGCGTTGA 610
Query 611 TGATGTTTGATTGGATGGTTAATGAAAGTGTTGATCTTGACCATGCTACGATTGTTTCTA 670
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| || |
Sbjct 611 TGATGTTTGATTGGATGGTTAATGAAGGTGTTGATCCTGACCATGCTACGATTGTGTCCA 670
Query 671 TGTTGCCTGTTTGTGGTCACTTGAAGGATTTGGAGATGGGGAGGAATGTTCATAAGTTGG 730
||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| || ||||||||||| ||||
Sbjct 671 TGTTGCCTGTTTGTGGTCACTTGAAGGGTTTGGAAATGGGAAGAAATGTTCATAAATTGG 730
Query 731 TGGAAGAGAAGCGGTTAGGGGATAAAATTGAGGTGAAGAATGCGTTGGTGAATATGTACT 790
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 731 TGGAAGAGAAGCGGTTAGGGGATAAAATTGAGGTGAAGAATGCGTTGGTGAATATGTACT 790
Query 791 TGAAATGTGGTCGTATGGATGAAGCGAGATTTGTTTTTGACAGGATGGAACGAAGGGATG 850
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 791 TGAAATGTGGTCGTATGGATGAGGCGAGATTTGTCTTTGACAGGATGGAACGCAGGGATG 850
Query 851 TGATCACGTGGACTTGTATGATTAACGGATATACTGAAGATGGAGATGTGGAAAACGCTT 910
||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 851 TGATCACATGGACGTGTATGATTAACGGATATACAGAAGATGGGGATGTGGAAAACGCTT 910
Query 911 TAGAGTTGTGTAGATTGATGCAGTTTGAAGGCGTAAGACCTAATGCTGTGACTATAGCTT 970
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 911 TAGAGTTGTGTAGATTGATGCAGTTTGAAGGCGTAAGACCTAATGCTGTGACTATAGCCT 970
Query 971 CTCTTGTTTCGGTGTGTGGTGATGCTTTGAAGGTGAATGATGGTAAATGTTTACACGGTT 1030
|||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 971 CTCTTGTTTCAGCATGTGGTGATGCTTTGAAGCTGAATGATGGTAAATGTTTACATGGTT 1030
Query 1031 GGGCGGTGAGGCAACAGGTTTATTCCGATATCATTATAGAAACATCTTTGATCAGCATGT 1090
||||| | |||||| |||||| |||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1031 GGGCGATAAGGCAAAAGGTTTGTTCCGACATCATCATCGAAACGTCTTTGATCAGCATGT 1090
Query 1091 ATGCTAAATGCAAACGTGTAGACCTCTGCTTTAGAGTATTTTCGGGGGCTTCGA-AATAC 1149
||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| | || ||
Sbjct 1091 ATGCTAAATGCAAGCACATAGACCTCTGCTTTAGAGTTTTTTCGGGGGCTTCAAGAA-AC 1149
Query 1150 CATACCGGTCCTTGGAGTGCAATTATCGCTGGTTGTGTACAGAATGAACTTGTGAGTGAT 1209
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1150 CATACCGGTCCTTGGAGTGCAATTATCGCTGGTTGTGTACAGAATGAACTTGTGAGGGAC 1209
Query 1210 GCGTTAGG-TCTATTCAAACGGATGCGACGGGAAGATGTGGAGCCCAATATTGCTACATT 1268
||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||
Sbjct 1210 GCGTT-GGATCTGTTCAAACGGATGCGACGGGAAGATGTAGAACCCAACATTGCTACATT 1268
Query 1269 AAACAGTCTCCTTCCAGCATATGCAGCTTTGGCAGATTTGCGTCAAGCAATGAATATCCA 1328
||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 1269 AAACAGTCTACTTCCAGCATATGCAACTTTGGCAGATTTGCGCCAAACAATGAATATCCA 1328
Query 1329 TTGCTACCTAACCAAAACCGGGTTTATGTCAAGCCTTGATGCTGCTACAGGGTTGGTTCA 1388
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||
Sbjct 1329 TTGCTACCTAACCAAAACCGGGTTTATGTCAAGCCTCGATGCGGCTACAGGGCTGGTTCA 1388
Query 1389 TGTTTACTCAAAGTGTGGAACATTAGAATCTGCTCACAAGATATTCAATGGAATCCAGGA 1448
||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1389 TGTTTACTCAAAGTGTGGAACTTTAGAATCCGCTCACAAGATATTCAATGGAATCCAGGA 1448
Query 1449 AAAACACAAGAGCAAAGATGTAGTTCTATGGGGTGCGTTAATATCCGGCTACGGGATGCA 1508
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1449 AAAACACAAGAGCAAAGATGTAGTTCTATGGGGTGCTTTAATTTCTGGCTACGGGATGCA 1508
Query 1509 CGGAGATGGTCATAATGCGTTGCAAGTTTTCATGGAAATGGTTCGATCTGGTGTAACGCC 1568
|||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1509 CGGAGATGGTCATAATGCATTGCAAATTTTCATGGAAATGGTTCGATCTGGTGTGACGCC 1568
Query 1569 AAACGAAATCACATTTACATCTGCCTTGAATGCTTGCAGTCATTCGGGTTTGGTTGAAGA 1628
||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1569 AAACGAAATCACATTCACTTCTGCCTTAAATGCTTGCAGTCATTCGGGTTTGGTTGAAGA 1628
Query 1629 AGGCTTGACATTATTCAGGTTCATGCTTGAACATTACAAAACGTTAGCCAGATCAAACCA 1688
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1629 AGGCTTGACATTATTCAGCTTCATGCTTGAACATTACAAAACGTTAGCCCGATCAAACCA 1688
Query 1689 TTACACTTGCATTGTTGATCTCCTTGGTCGAGCAGGTCGGTTAGACGAAGCTTACAATCT 1748
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1689 TTACACTTGCATTGTTGATCTCCTTGGGCGAGCAGGTCGGTTAGACGAAGCTTACAATCT 1748
Query 1749 CATCACAACAATTCCATTTGAACCAACGTCAACCGTTTGGGGTGCGTTGCTTGCTGCTTG 1808
||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1749 CATTACAACAATTCCATTTGAACCAACCTCAACCATTTGGGGTGCATTGCTTGCTGCTTG 1808
Query 1809 TGTCACACATGAGAATGTCCAGCTTGGAGAAATGGCAGCAAACAAGTTGTTCGAGCTGGA 1868
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1809 TGTCACACACGAGAATGTCCAGCTTGGAGAAATGGCAGCAAACAAGTTGTTCGAGCTGGA 1868
Query 1869 ACCAGAGAACACGGGCAACTATGTGTTGTTGGCAAACATCTATGCGGCTTTAGGACGATG 1928
|||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1869 ACCAGAGAACACGGGCAATTACGTGTTGTTGGCAAATATCTATGCGGCTTTAGGACGATG 1928
Query 1929 GAAAGATATGGAGAAGGTGAGAAGCATGATGGAGAATGTTGGATTGAGAAAGAAACCAGG 1988
||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1929 GAAAGATATGGAGAAAGTGAGAAACATGATGGAGAATGTTGGATTGAGGAAGAAACCAGG 1988
Query 1989 TCATAGCACAATCGAGATCAGAAGTAATTCA-GTTGA 2024
|||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1989 TCATAGCACAATTGAGATCAGAAGTAATTCAAGTTGA 2025
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 76485211960
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5