BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G39710.1
Length=2244
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg947845 jgi|Araly1|947845|scaffold_704074.1 3518 0.0
> Ahg947845 jgi|Araly1|947845|scaffold_704074.1
Length=2289
Score = 3518 bits (1905), Expect = 0.0
Identities = 2136/2249 (95%), Gaps = 10/2249 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTTTCTCACTAAAACCCTAATTCGACGATCTCTCTCAACCTTCGCTTCTTCTCCTTCA 60
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 25 ATGTTTCTCTCTAAAACCCTAATTCGACGATCTCTCTCAACCTTCACTTCTTCTCCTTCA 84
Query 61 GATTCACTTCTCGCCGATAAAGCTTTAACCTTTCTCAAACGCCATCCATACCAACTTCAT 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 85 GATTCACTTCTCGCCGATAAAGCTTTAACCTTTCTCAAACGTCATCCATATCAACTTCAT 144
Query 121 CATCTCTCTGCAAATTTCACACCAGAAGCAGCTTCAAATCTCCTCCTCAAATCTCAAAAC 180
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 145 CATCTCTCTGCAAATTTCACTCCAGAAGCAGCTTCAAATCTCCTTCTCAAATCTCAAAAC 204
Query 181 GATCAAGCACTAATCCTCAAGTTCCTAAATTGGGCAAACCCACATCAATTCTTCACTCTC 240
|||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 205 AATCAAGAACTAATCCTCAAGTTCCTAACTTGGGCAAACCCACATCAATTCTTCACTCTC 264
Query 241 CGTTGCAAATGCATCACTCTTCACATCCTCACCAA-ATTCAAACTCTACAAAACAGCTCA 299
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 265 CGTTGCAAATGCATCACTCTTCACATCCTCA-CAAGATTCAAACTCTACAAAACAGCTCA 323
Query 300 AATCCTCGCCGAAGATGTCGCAGCCAAAACCCTAGACGACGAATACGCTTCTCTCGTCTT 359
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 324 AACCCTCGCCGAAGATGTCGCAGCCAAAACCCTAGACGACGAAGACGCTTCTCTCGTCTT 383
Query 360 CAAATC-TCTACAAGAGACTTACGATTTGTGTTATTCAACTTCCTCTGTTTTCGATTTAG 418
| || | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 384 CCGTTCGT-TACAAGAGACTTACGATTTGTGTAATTCAACTTCCTCTGTTTTCGATTTGG 442
Query 419 TAGTGAAATCTTACTCTCGTTTGAGTTTGATTGATAAGGCTTTAAGCATTGTTCATTTAG 478
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 443 TAGTGAAATCTTACTCTCGTTTGTGTTTGATTGATAAGGCTTTGAGTATTGTTCATTTAT 502
Query 479 CTCAAGCTCATGGCTTTATGCCTGGAGTTTTGTCTTACAATGCGGTGTTAGATGCTACGA 538
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 503 CTCAAGCTCATGGCTTTATGCCTGGAGTTTTGTCGTACAATGCGGTGTTAGATGCTACGA 562
Query 539 TTAGATCTAAGAGGAACATTAGTTTTGCTGAGAATGTGTTCAAAGAAATGTTGGAGAGCC 598
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||
Sbjct 563 TTAGATCTAAGAGGAACATTAGTTTTGCTGAGAATGTGTTTAAAGAAATGTTGCAAAGCC 622
Query 599 AAGTTTCTCCTAATGTGTTTACTTACAATATCTTGATTAGAGGGTTTTGCTTT-GCTGGG 657
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 623 AAGTTTCTCCTAATGTGTTTACTTACAATATCTTGATTAGAGGGTTTTG-TTTAGCTGGG 681
Query 658 AATATAGATGTTGCTTTAAC-GTTATTCGATAAAATGGAGACGAAAGGTTGTTTACCAAA 716
||| ||||||||||||| | ||| |||||| |||||||| ||||||||||||||| ||
Sbjct 682 AATTTAGATGTTGCTTT-GCGGTTTTTCGATCGAATGGAGAAGAAAGGTTGTTTACCTAA 740
Query 717 TGTTGTTACTTACAACACTTTGATTGATGGGTATTGTAAGTTGCGTAAGATTGATGATGG 776
||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 TGTTGTTACTTACAATACTTTGATTCATGGGTTTTGTAAGTTGCGTAAGATTGATGATGG 800
Query 777 GTTTAAGCTTTTGAGATCAATGGCGTTAAAGGGTTTGGAGCCTAATTTGATTTCGTATAA 836
|||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 801 GTTTGAGCTTTTGAGATCAATGGCGTTAAAAGGTTTGGAGCCGAATTTGATTTCGTATAA 860
Query 837 TGTTGTTATCAACGGGTTATGTAGAGAAGGGAGGATGAAGGAGGTAAGTTTTGTTCTTAC 896
||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||
Sbjct 861 TGTCGTTATTAACGGGTTATGTAGAGAAGGGAGGATGAAGGAGATAAGTTTTGTGCTTAC 920
Query 897 GGAGATGAATAGGAGAGGGTATTCGCTTGATGAAGTTACTTATAATACTCTTATTAAAGG 956
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 921 GGAGATGAATAAGAGAGGGTATTCGCTTGATGAAGTTACGTATAATACGCTTATTAAAGG 980
Query 957 TTATTGTAAAGAAGGTAATTTTCATCAAGCTCTTGTGATGCATGCTGAGATGTTGAGACA 1016
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 981 TTATTGTAAAGAAGGTAATTTTCATCAAGCTCTTGTGATGCATGCGGAGATGCTGAGACA 1040
Query 1017 TGGGTTGACACCTAGTGTTATTACTTATACTTCGTTGATACATAGTATGTGTAAGGCTGG 1076
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1041 TGGGTTGTCACCTAGTGTTATTACTTATACTTCGTTGATACATAGTATGTGTAAGGCTGG 1100
Query 1077 GAATATGAACAGGGCTA-TGGAGTTTCTTGATCAGATGCGGGTTAGAGGGCTTTGTCCGA 1135
|||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1101 GAATATGAACCGGGCTACT-GAGTTTCTTGATCAGATGCGGGTTAGAGGGCTTTGTCCGA 1159
Query 1136 ATGAGCGTACTTACACGACGTTGGTTGATGGGTTTTCTCAAAAGGGGTATATGAATGAAG 1195
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1160 ATGAGCGTACATACACGACGTTGGTTGATGGGTTTTCTCAAAAGGGGTATATGAATGAAG 1219
Query 1196 CTTATCGGGTTTTGAGAGAGATGAATGATAACGGGTTTTCTCCTTCGGTTGTGACTTATA 1255
| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1220 CCTATCGGGTTTTGAAAGAGATGATTGATAACGGGTTTTCTCCTTCGGTTGTGACTTATA 1279
Query 1256 ATGCTTTGATTAATGGTCATTGTGTTACTGGGAAAATGGAAGATGCGATAGCAGTTCTCG 1315
||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1280 ATGCTTTAATTAATGGTCATTGTATCGCTGGGAAAATGGAAGATGCGAGAGCAGTTCTCG 1339
Query 1316 AAGATATGAAGGAGAAAGGTTTGAGTCCGGATGTAGTGAGTTATAGCACGGTATTATCCG 1375
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1340 AAGATATGAAGGAGAAAGGTTTGACTCCGGATGTAGTGAGTTACAGCACGGTATTATCTG 1399
Query 1376 GCTTTTGTAGAAGTTATGATGTTGATGAGGCGCTTAGAGTCAAGAGGGAAATGGTTGAAA 1435
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||
Sbjct 1400 GGTTTTGTAGAAGTTATGATGTTGATGAGGCGCTTAGAGTCAAAAGGAAAATGGTTGCAA 1459
Query 1436 AAGGTATCAAACCTGATACAATCACCTACTCATCTCTGATCCAAGGGTTTTGTGAACAGA 1495
||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1460 AAGGTATTAAACCTGATACAATCACCTACTCATCACTAATCCAAGGGTTTTGTGAGCAGA 1519
Query 1496 GAAGGACTAAGGAAGCGTGTGATCTTTACGAAGAAATGCTGAGAGTTGGTCTTCCACCAG 1555
||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1520 GAAGGACAAAGGAAGCTTGTGATCTTTTCGATGAAATGCTGAGAGTTGGCCTTCCACCAG 1579
Query 1556 ATGAGTTTACTTACACAGCCTTGATCAATGCTTATTGTATGGAAGGCGATTTGGAAAAAG 1615
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1580 ATGAATTTACTTACACAGCCTTGATCAATGCTTATTGTATGGAAGGCGATCTGCAAAAAG 1639
Query 1616 CTCTACAGTTGCACAATGAAATGGTCGAGAAAGGAGTATTGCCTGATGTTGTCACTTACA 1675
| || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1640 CGCTCCAGTTGCACAACGAAATGGTCGAGAAAGGCGTATTGCCTGATGTCGTCACTTACA 1699
Query 1676 GCGTGCTGATCAACGGGCTTAACAAACAATCTCGAACAAGAGAGGCAAAAAGACTTTTGC 1735
| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1700 GTGTCCTGATCAACGGGCTTAACAAACAAGCTCGAACAAGAGAAGCAAAAAGACTTTTGC 1759
Query 1736 TCAAGCTGTTCTACGAAGAATCAGTCCCTAGCGATGTCACATATCACACACTCATAGAAA 1795
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1760 TCAAGCTGTTCTACGAAGAATCAGTCCCTAGCGACGTCACATATCATACACTCATAGAAA 1819
Query 1796 ACTGCAGTAACATCGAGTTCAAAAGCGTAGTATCTCTTATTAAAGGATTCTGTATGAAAG 1855
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1820 ACTGCAGTAACATCGAGTTCAAAAGCGTGGTATCTCTTATTAAAGGATTCTGTATGAAAG 1879
Query 1856 GAATGATGACTGAAGCTGATCAAGTTTTCGAATCCATGCTTGGGAAAAACCATAAACCCG 1915
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1880 GCATGATGACTGAAGCTGATCAAGTTTTCGAATCCATGCTTGAGAAAAACCATAAACCCG 1939
Query 1916 ATGGAACAGCATACAACATTATGATTCATGGTCATTGCAGAGCCGGAGATATCCGCAAAG 1975
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1940 ATGGAACAGCATACAACATTATGATCCATGGTCATTGCAGAGGAGGAGATATCCGCAAAG 1999
Query 1976 CGTATACTCTATACAAAGAGATGGTAAAATCCGGATTCCTTCTCCATACTGTGACAGTGA 2035
| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2000 CATATAGTCTATACAAAGAGATGGTAAAATCCGGATTTCTTCTCCATACTGTGACAGTGA 2059
Query 2036 TTGCTCTGGTTAAAGCCTTGCACAAGGAAGGGAAAGTTAATGAATTGAATAGTGTGATTG 2095
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2060 TTGCTCTGGTTAAAGCATTGCACAAGGAAGGGAAGGTTAATGAATTAAATAGTGTGATTG 2119
Query 2096 TGCATGTATTAAGAAGCTGTGAATTGAGCGAAGCAGAGCAAGCCAAAGTGCTTGTGGAGA 2155
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2120 AGAATGTATTAAGAAGCTGTGAATTGAGCGAAGCAGAGCAAGCCAAAGTGCTTGTGGAGA 2179
Query 2156 TCAATCATAGAGAAGGGAATATGGATGTGGTTCTTGATGTGCTTGCTGAAATGGCCAAAG 2215
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2180 TCAATCATAGAGAAGGGAATATGGATGTGGTTCTTGATGTCCTTGCTGAAATGGCCAAAG 2239
Query 2216 ATGGATTTCTTCCCAACGGCATAAGTTAA 2244
||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2240 ATGGATTTCTTCCCAACGGCAAAAGTTAA 2268
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 84484163410
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5