BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G39710.1 Length=2244 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg947845 jgi|Araly1|947845|scaffold_704074.1 3518 0.0 > Ahg947845 jgi|Araly1|947845|scaffold_704074.1 Length=2289 Score = 3518 bits (1905), Expect = 0.0 Identities = 2136/2249 (95%), Gaps = 10/2249 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGTTTCTCACTAAAACCCTAATTCGACGATCTCTCTCAACCTTCGCTTCTTCTCCTTCA 60 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 25 ATGTTTCTCTCTAAAACCCTAATTCGACGATCTCTCTCAACCTTCACTTCTTCTCCTTCA 84 Query 61 GATTCACTTCTCGCCGATAAAGCTTTAACCTTTCTCAAACGCCATCCATACCAACTTCAT 120 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| Sbjct 85 GATTCACTTCTCGCCGATAAAGCTTTAACCTTTCTCAAACGTCATCCATATCAACTTCAT 144 Query 121 CATCTCTCTGCAAATTTCACACCAGAAGCAGCTTCAAATCTCCTCCTCAAATCTCAAAAC 180 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 145 CATCTCTCTGCAAATTTCACTCCAGAAGCAGCTTCAAATCTCCTTCTCAAATCTCAAAAC 204 Query 181 GATCAAGCACTAATCCTCAAGTTCCTAAATTGGGCAAACCCACATCAATTCTTCACTCTC 240 |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 205 AATCAAGAACTAATCCTCAAGTTCCTAACTTGGGCAAACCCACATCAATTCTTCACTCTC 264 Query 241 CGTTGCAAATGCATCACTCTTCACATCCTCACCAA-ATTCAAACTCTACAAAACAGCTCA 299 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 265 CGTTGCAAATGCATCACTCTTCACATCCTCA-CAAGATTCAAACTCTACAAAACAGCTCA 323 Query 300 AATCCTCGCCGAAGATGTCGCAGCCAAAACCCTAGACGACGAATACGCTTCTCTCGTCTT 359 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 324 AACCCTCGCCGAAGATGTCGCAGCCAAAACCCTAGACGACGAAGACGCTTCTCTCGTCTT 383 Query 360 CAAATC-TCTACAAGAGACTTACGATTTGTGTTATTCAACTTCCTCTGTTTTCGATTTAG 418 | || | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 384 CCGTTCGT-TACAAGAGACTTACGATTTGTGTAATTCAACTTCCTCTGTTTTCGATTTGG 442 Query 419 TAGTGAAATCTTACTCTCGTTTGAGTTTGATTGATAAGGCTTTAAGCATTGTTCATTTAG 478 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||| Sbjct 443 TAGTGAAATCTTACTCTCGTTTGTGTTTGATTGATAAGGCTTTGAGTATTGTTCATTTAT 502 Query 479 CTCAAGCTCATGGCTTTATGCCTGGAGTTTTGTCTTACAATGCGGTGTTAGATGCTACGA 538 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 503 CTCAAGCTCATGGCTTTATGCCTGGAGTTTTGTCGTACAATGCGGTGTTAGATGCTACGA 562 Query 539 TTAGATCTAAGAGGAACATTAGTTTTGCTGAGAATGTGTTCAAAGAAATGTTGGAGAGCC 598 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||| Sbjct 563 TTAGATCTAAGAGGAACATTAGTTTTGCTGAGAATGTGTTTAAAGAAATGTTGCAAAGCC 622 Query 599 AAGTTTCTCCTAATGTGTTTACTTACAATATCTTGATTAGAGGGTTTTGCTTT-GCTGGG 657 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| Sbjct 623 AAGTTTCTCCTAATGTGTTTACTTACAATATCTTGATTAGAGGGTTTTG-TTTAGCTGGG 681 Query 658 AATATAGATGTTGCTTTAAC-GTTATTCGATAAAATGGAGACGAAAGGTTGTTTACCAAA 716 ||| ||||||||||||| | ||| |||||| |||||||| ||||||||||||||| || Sbjct 682 AATTTAGATGTTGCTTT-GCGGTTTTTCGATCGAATGGAGAAGAAAGGTTGTTTACCTAA 740 Query 717 TGTTGTTACTTACAACACTTTGATTGATGGGTATTGTAAGTTGCGTAAGATTGATGATGG 776 ||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 741 TGTTGTTACTTACAATACTTTGATTCATGGGTTTTGTAAGTTGCGTAAGATTGATGATGG 800 Query 777 GTTTAAGCTTTTGAGATCAATGGCGTTAAAGGGTTTGGAGCCTAATTTGATTTCGTATAA 836 |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 801 GTTTGAGCTTTTGAGATCAATGGCGTTAAAAGGTTTGGAGCCGAATTTGATTTCGTATAA 860 Query 837 TGTTGTTATCAACGGGTTATGTAGAGAAGGGAGGATGAAGGAGGTAAGTTTTGTTCTTAC 896 ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| Sbjct 861 TGTCGTTATTAACGGGTTATGTAGAGAAGGGAGGATGAAGGAGATAAGTTTTGTGCTTAC 920 Query 897 GGAGATGAATAGGAGAGGGTATTCGCTTGATGAAGTTACTTATAATACTCTTATTAAAGG 956 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| Sbjct 921 GGAGATGAATAAGAGAGGGTATTCGCTTGATGAAGTTACGTATAATACGCTTATTAAAGG 980 Query 957 TTATTGTAAAGAAGGTAATTTTCATCAAGCTCTTGTGATGCATGCTGAGATGTTGAGACA 1016 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| Sbjct 981 TTATTGTAAAGAAGGTAATTTTCATCAAGCTCTTGTGATGCATGCGGAGATGCTGAGACA 1040 Query 1017 TGGGTTGACACCTAGTGTTATTACTTATACTTCGTTGATACATAGTATGTGTAAGGCTGG 1076 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1041 TGGGTTGTCACCTAGTGTTATTACTTATACTTCGTTGATACATAGTATGTGTAAGGCTGG 1100 Query 1077 GAATATGAACAGGGCTA-TGGAGTTTCTTGATCAGATGCGGGTTAGAGGGCTTTGTCCGA 1135 |||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1101 GAATATGAACCGGGCTACT-GAGTTTCTTGATCAGATGCGGGTTAGAGGGCTTTGTCCGA 1159 Query 1136 ATGAGCGTACTTACACGACGTTGGTTGATGGGTTTTCTCAAAAGGGGTATATGAATGAAG 1195 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1160 ATGAGCGTACATACACGACGTTGGTTGATGGGTTTTCTCAAAAGGGGTATATGAATGAAG 1219 Query 1196 CTTATCGGGTTTTGAGAGAGATGAATGATAACGGGTTTTCTCCTTCGGTTGTGACTTATA 1255 | ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1220 CCTATCGGGTTTTGAAAGAGATGATTGATAACGGGTTTTCTCCTTCGGTTGTGACTTATA 1279 Query 1256 ATGCTTTGATTAATGGTCATTGTGTTACTGGGAAAATGGAAGATGCGATAGCAGTTCTCG 1315 ||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1280 ATGCTTTAATTAATGGTCATTGTATCGCTGGGAAAATGGAAGATGCGAGAGCAGTTCTCG 1339 Query 1316 AAGATATGAAGGAGAAAGGTTTGAGTCCGGATGTAGTGAGTTATAGCACGGTATTATCCG 1375 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| | Sbjct 1340 AAGATATGAAGGAGAAAGGTTTGACTCCGGATGTAGTGAGTTACAGCACGGTATTATCTG 1399 Query 1376 GCTTTTGTAGAAGTTATGATGTTGATGAGGCGCTTAGAGTCAAGAGGGAAATGGTTGAAA 1435 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| || Sbjct 1400 GGTTTTGTAGAAGTTATGATGTTGATGAGGCGCTTAGAGTCAAAAGGAAAATGGTTGCAA 1459 Query 1436 AAGGTATCAAACCTGATACAATCACCTACTCATCTCTGATCCAAGGGTTTTGTGAACAGA 1495 ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||| Sbjct 1460 AAGGTATTAAACCTGATACAATCACCTACTCATCACTAATCCAAGGGTTTTGTGAGCAGA 1519 Query 1496 GAAGGACTAAGGAAGCGTGTGATCTTTACGAAGAAATGCTGAGAGTTGGTCTTCCACCAG 1555 ||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1520 GAAGGACAAAGGAAGCTTGTGATCTTTTCGATGAAATGCTGAGAGTTGGCCTTCCACCAG 1579 Query 1556 ATGAGTTTACTTACACAGCCTTGATCAATGCTTATTGTATGGAAGGCGATTTGGAAAAAG 1615 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| Sbjct 1580 ATGAATTTACTTACACAGCCTTGATCAATGCTTATTGTATGGAAGGCGATCTGCAAAAAG 1639 Query 1616 CTCTACAGTTGCACAATGAAATGGTCGAGAAAGGAGTATTGCCTGATGTTGTCACTTACA 1675 | || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1640 CGCTCCAGTTGCACAACGAAATGGTCGAGAAAGGCGTATTGCCTGATGTCGTCACTTACA 1699 Query 1676 GCGTGCTGATCAACGGGCTTAACAAACAATCTCGAACAAGAGAGGCAAAAAGACTTTTGC 1735 | || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1700 GTGTCCTGATCAACGGGCTTAACAAACAAGCTCGAACAAGAGAAGCAAAAAGACTTTTGC 1759 Query 1736 TCAAGCTGTTCTACGAAGAATCAGTCCCTAGCGATGTCACATATCACACACTCATAGAAA 1795 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1760 TCAAGCTGTTCTACGAAGAATCAGTCCCTAGCGACGTCACATATCATACACTCATAGAAA 1819 Query 1796 ACTGCAGTAACATCGAGTTCAAAAGCGTAGTATCTCTTATTAAAGGATTCTGTATGAAAG 1855 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1820 ACTGCAGTAACATCGAGTTCAAAAGCGTGGTATCTCTTATTAAAGGATTCTGTATGAAAG 1879 Query 1856 GAATGATGACTGAAGCTGATCAAGTTTTCGAATCCATGCTTGGGAAAAACCATAAACCCG 1915 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1880 GCATGATGACTGAAGCTGATCAAGTTTTCGAATCCATGCTTGAGAAAAACCATAAACCCG 1939 Query 1916 ATGGAACAGCATACAACATTATGATTCATGGTCATTGCAGAGCCGGAGATATCCGCAAAG 1975 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1940 ATGGAACAGCATACAACATTATGATCCATGGTCATTGCAGAGGAGGAGATATCCGCAAAG 1999 Query 1976 CGTATACTCTATACAAAGAGATGGTAAAATCCGGATTCCTTCTCCATACTGTGACAGTGA 2035 | |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 2000 CATATAGTCTATACAAAGAGATGGTAAAATCCGGATTTCTTCTCCATACTGTGACAGTGA 2059 Query 2036 TTGCTCTGGTTAAAGCCTTGCACAAGGAAGGGAAAGTTAATGAATTGAATAGTGTGATTG 2095 |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 2060 TTGCTCTGGTTAAAGCATTGCACAAGGAAGGGAAGGTTAATGAATTAAATAGTGTGATTG 2119 Query 2096 TGCATGTATTAAGAAGCTGTGAATTGAGCGAAGCAGAGCAAGCCAAAGTGCTTGTGGAGA 2155 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2120 AGAATGTATTAAGAAGCTGTGAATTGAGCGAAGCAGAGCAAGCCAAAGTGCTTGTGGAGA 2179 Query 2156 TCAATCATAGAGAAGGGAATATGGATGTGGTTCTTGATGTGCTTGCTGAAATGGCCAAAG 2215 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 2180 TCAATCATAGAGAAGGGAATATGGATGTGGTTCTTGATGTCCTTGCTGAAATGGCCAAAG 2239 Query 2216 ATGGATTTCTTCCCAACGGCATAAGTTAA 2244 ||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2240 ATGGATTTCTTCCCAACGGCAAAAGTTAA 2268 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 84484163410 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5