BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G39900.1
Length=2240
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg493995 jgi|Araly1|493995|fgenesh2_kg.7__3428__AT5G39900.1 3374 0.0
> Ahg493995 jgi|Araly1|493995|fgenesh2_kg.7__3428__AT5G39900.1
Length=2174
Score = 3374 bits (1827), Expect = 0.0
Identities = 1995/2076 (96%), Gaps = 11/2076 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GTATTACCGCAGAGATGAA--T--T-TTAACTTCTTCGTGTTGTTGAGCTCCAATCT-C- 53
|||||| |||||||||||| | | ||||||||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 1 GTATTAGCGCAGAGATGAATTTCCTCTTAACTTCTTCGTGTAGTTGAGCTCCAATCTCCT 60
Query 54 ACTATTACGCaaaaaaaaaCCAAATGGGTTCAATGTACAGAGCATCTAAAACCCTAAAAT 113
|||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ACTATTACGC--AAAACCCCCAAATGGGTTCTATGTACAGAGCATCTAAAACCCTAAAAT 118
Query 114 CATCGAGACAAGCATTATCAATCTTGTTCAATTCACTCAACTCCAATCGACAAAATCCGA 173
|||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 119 CATCAAGACAAGCATTTTCAATCTTGTTCAATTCACTCAAATCCAATCGACAAACTCCGA 178
Query 174 CATGTATCGGATTGTACCAAGCTTACGGTTTCAGCTCTGATTCTAGACAAAGCTCCAAAG 233
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 179 CATGTATCGGATTGTACCAAGCTTACGGTTTCAGCTCTGATTCTAGACAAAGCTCCAAAG 238
Query 234 AACCCACCATTGATTTGACCAAGTTTCCTTCAGAAAAGATTCGAAATTTCTCCATCATTG 293
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 239 AACCCACCATTGATTTGACCAAGTTTCCTTCAGAAAAGATTCGAAATTTCTCCATCATTG 298
Query 294 CTCATATTGATCATGGGAAATCTACTTTGGCTGATCGTCTTATGGAACTTACTGGCACAA 353
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 299 CTCATATTGATCATGGGAAATCTACTTTGGCTGATCGTCTCATGGAACTTACTGGCACAA 358
Query 354 TCAAGAAAGGTCATGGTCAGCCTCAGTATCTCGACAAATTGCAGGTAGAGAGGGAGAGAG 413
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 TCAAGAAAGGTCATGGTCAGCCTCAGTATCTCGACAAATTGCAGGTAGAGAGGGAGAGAG 418
Query 414 GAATCACTGTGAAAGCTCAGACGGCGACCATGTTCTATGAGAACAAAGTAGAAGATCAAG 473
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 419 GAATCACTGTGAAAGCTCAGACGGCGACAATGTTTTATGAAAACAAAGTAGAAGATCAAG 478
Query 474 AAGCGAGTGGTTATCTTCTGAACTTGATTGATACACCGGGTCATGTTGACTTTAGTTATG 533
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 AAGCGAGTGGTTATCTTTTGAACTTGATTGATACACCGGGTCATGTTGACTTTAGTTATG 538
Query 534 AGGTTTCTAGATCTTTATCAGCTTGTCAAGGAGCTCTTTTAGTTGTTGATGCGGCTCAAG 593
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 AGGTTTCTAGATCTTTATCAGCTTGTCAAGGTGCTCTCTTAGTTGTTGATGCGGCTCAAG 598
Query 594 GTGTTCAAGCACAAACAGTGGCTAATTTCTACTTAGCTTTTGAAGCTAACCTTACTATTG 653
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 GTGTTCAAGCGCAAACAGTGGCTAATTTCTACTTAGCTTTTGAAGCTAACCTTACTATTG 658
Query 654 TACCTGTGATTAACAAGATTGATCAACCAACTGCTGATCCTGAGCGTGTTAAAGCTCAGT 713
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 659 TACCTGTGATTAACAAGATTGATCAACCAACTGCTGATCCTGAGCGTGTTAAAGCTCAAT 718
Query 714 TGAAATCGATGTTTGATCTTGATACAGAAGATGTGCTTCTTGTGTCTGCTAAAACCGGTT 773
|||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 TGAAATCGATGTTTGATCTTAATACAGATGATGTGCTTCTTGTGTCTGCTAAAACCGGTT 778
Query 774 TGGGTCTTGAGCATGTTCTTCCTGCGGTTATAGAACGGATACCTCCTCCTCCTGGGATTA 833
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 779 TGGGTCTCGAGCATGTTCTTCCTGCGGTTATAGAACGGATACCTCCACCTCCTGGGATTA 838
Query 834 GTGAATCGCCTCTACGGATGCTTTTGTTTGATTCtttttttAATGAGTACAAAGGTGTCA 893
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 839 GTGATTCGCCTCTACGGATGCTTTTGTTTGATTCTTTTTTTAATGAGTACAAAGGTGTTA 898
Query 894 TTTGCTATGTTTCTGTTGTTGATGGAATGTTGAGTAAAGGAGATAAGGTTTCGTTTGCTG 953
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 899 TTTGCTATGTTTCTGTTGTTGATGGAATGTTGAGTAAAGGGGATAAGGTTTCGTTTGCTG 958
Query 954 CGTCGGGTCAGTCTTATGAAGTGTTAGATGTCGGGATTATGCATCCTGAGCTTACTTCTA 1013
||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 959 CGTCGGGCCAGTCTTATGAAGTATTAGATGTTGGGATTATGCATCCTGAGCTTACTTCGA 1018
Query 1014 CAGGAATGCTTCTTACTGGACAAGTTGGTTATATAGTAACCGGTATGCGAACCACGAAAG 1073
||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1019 CAGGAATGCTTCTCACAGGACAAGTTGGTTATATAGTTACCGGCATGCGAACCACGAAAG 1078
Query 1074 AAGCACGTATTGGAGACACTATCTATAGAACGAAAACCACTGTTGAGCCTCTTCCAGGTT 1133
| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1079 AGGCACGTATTGGAGACACAATCTACAGAACTAAAACTACTGTTGAGACTCTTCCAGGTT 1138
Query 1134 TCAAGCCGGTGAGGCATATGGTGTTTTCAGGCGTTTATCCTGCTGATGGATCTGATTTCG 1193
||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1139 TCAAGCCGGTGAGACATATGGTGTTCTCAGGCGTTTATCCTGCTGATGGATCTGATTTTG 1198
Query 1194 AAGCACTTGGTCATGCCATGGAGAAACTGACATGCAACGATGCAAGTGTATCAGTGGCAA 1253
|||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1199 AAGCACTTAGTCATGCCATAGAGAAACTGACATGCAACGATGCAAGTGTATCAGTGGCTA 1258
Query 1254 AGGAAACAAGTACAGCTCTTGGAATGGGATTCAGATGTGGTTTCCTCGGTTTGCTTCACA 1313
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 AGGAAACAAGTACAGCTCTTGGAATGGGATTCAGATGTGGTTTCCTCGGTTTGCTTCACA 1318
Query 1314 TGGATGTATTTCATCAGCGGCTTGAACAAGAATACGGTACACAAGTAATCTCCACAATCC 1373
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 TGGATGTATTTCATCAACGGCTTGAACAAGAATACGGTACACAAGTAATCTCCACAATCC 1378
Query 1374 CTACTGTTCCTTACACATTCGAATACTCAGATGGAAGCAAGCTACAAGTGCAAAATCCAG 1433
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1379 CTACTGTTCCTTACACATTTGAATACTCAGATGGAAGCAAGCTACAAGTGCAGAATCCAG 1438
Query 1434 CTGCCTTACCATCAAACCCCAAATACCGAGTCACAGCTTCTTGGGAGCCAACGGTAATCG 1493
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1439 CTGCCTTACCATCAAACCCCAAATACCGAGTCACAGCTTCTTGGGAGCCAACAGTAATCG 1498
Query 1494 CCACGATCATCCTTCCAAGTGAGTACGTTGGAGCTGTTATCAACCTCTGCTCTGATCGAA 1553
|||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 CCACAATCATCCTTCCAAGTGAGTATGTAGGAGCTGTTATCAACCTCTGCTCTGATCGAA 1558
Query 1554 GAGGTCAGCAACTAGAATACACATTTATAGATGCACAACGAGTTTTCTT-AAAGTACCAG 1612
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||
Sbjct 1559 GAGGTCAGCAACTAGAATACACATTTATAGATGCACAACGGGTTTTGTTGAAA-TACCAG 1617
Query 1613 TTACCATTGAGGGAAATAGTAGTGGATTTCTACGATGAGTTGAAAAGCATAACATCAGGT 1672
||||||||||||||||| || || |||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 1618 TTACCATTGAGGGAAATTGTTGTAGATTTCTACGATGAATTAAAAAGCATAACATCAGGG 1677
Query 1673 TATGCTTCTTTTGACTACGAGGATGCGGAGTACCAAGCATCTGATCTGGTGAAGCTCGAT 1732
||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1678 TATGCTTCTTTCGACTACGAGGATGCAGAGTACCAGGCATCAGATCTGGTGAAGCTCGAT 1737
Query 1733 ATACTCTTGAACGGGCAAGCAGTTGATGCGTTAGCCACTATAGTTCACAAGCAGAAAGCA 1792
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1738 ATCCTCTTGAACGGGCAAGCAGTTGATGCGTTAGCCACTATAGTTCACAAGCAGAAAGCA 1797
Query 1793 TACCGTGTGGGTAAAGAACTGGTTGAGAAGCTTAAGAACTATATAGAGAGGCAAATGTTT 1852
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1798 TACCGTGTGGGTAAAGAACTGGTTGAGAAGCTTAAGAACTACATAGAGAGGCAAATGTTT 1857
Query 1853 GAAGTAATGATACAAGCTGCTATTGGTTCAAAGATCATTGCAAGAGACACAATCTCGGCG 1912
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 GAAGTAATGATACAAGCTGCTATTGGTTCAAAGATCATTGCAAGAGACACAATCTCGGCG 1917
Query 1913 ATGAGAAAGAATGTTCTTGCAAAATGTTATGGAGGAGATATAACTCGgaagaagaagctt 1972
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1918 ATGAGAAAGAATGTTCTTGCAAAATGTTATGGAGGAGACATAACTCGGAAGAAGAAGCTT 1977
Query 1973 ctagagaaacagaaagaagggaagaaaagaatgaaaCGAGTTGGTTCTGTTGATATTCCA 2032
||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1978 CTAGAGAAACAGAAAGAAGGGAAGAAACGGATGAAACGAGTTGGTTCTGTTGATATTCCA 2037
Query 2033 CATGAAGCTTTTCAACAAATACTCAAAGTCTCTTAG 2068
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2038 CATGAAGCTTTTCAACAAATACTCAAAGTCTCTTAG 2073
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 84331802430
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5