BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G39960.1
Length=2278
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg330506 jgi|Araly1|330506|fgenesh1_pm.C_scaffold_7002733 2892 0.0
> Ahg330506 jgi|Araly1|330506|fgenesh1_pm.C_scaffold_7002733
Length=1872
Score = 2892 bits (1566), Expect = 0.0
Identities = 1786/1887 (95%), Gaps = 36/1887 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 175 ATGTCTCAGTCACTGGTTCGAGCAATCTCAGCTCGGAAGAATCAATTCAGTCTTGTTTTT 234
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1 ATGTCTCAGTCACTGGTTCGAGCAATCTCAGCTCGGAAGAATCAATTCAGTCTTAAGTTT 60
Query 235 TACTATAGATGTCTTTATTCTAAGCTATTGCATTCCCAAGATCAGATTATTGCTTCC-AA 293
|||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| ||| ||
Sbjct 61 TACTATAGATGTGTTTATTCTAAGCAATTTCATTCCCAAGATCAGATCATTGC-TCCTAA 119
Query 294 TTGCTCCAATTTTTCATCTTTAGGATTCAATTCAACTGTTAGACATAGAAGTCATCAG-- 351
||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 120 TTGCTTCAATTTTTCATCTTTAGGATTTACTTCAAGTGTTAGACATGGAAGTCATCAGAA 179
Query 352 -A---ATAGGTTTTGTAGTAATTTGATCTCAGACTTGAA-------T-C-TAGTTCGATC 398
| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||| | | |||||||| |
Sbjct 180 TAGTTATAGGTTTTGTGGTAATTTGATCCCAGACTTGAATCTTGCTTGCTTAGTTCGACC 239
Query 399 CACAAATGGGTTTGCCACGGTTTCTGATGAATCAAATGTTGACAATGGTGAGAAACTTGT 458
| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 CTCAAATGGATTTGCCACGGTTTCTGATGAATCAAATGTTGACAATGGTGAGAAACTTGT 299
Query 459 GGATAAGAAGCCAAAGATTTTTTACAAGAAACCAATTGATTTCACCAAAATAGATGCCAA 518
|||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 GGATAAGAAGCCAAAGGTTGTTTACAAGAAACCAATTGATTTCACCAAAATAGATGCCAA 359
Query 519 TTTACTACCTACGGTGATGCTTATGGG-CAGGCCAAATGTTGGGAAGTCTGCTTTGTATA 577
||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 360 TTTACTACCTACGGTGATGCTTATGGGTC-GGCCAAATGTTGGGAAGTCTGCTTTG--T- 415
Query 578 ATCGATTGATCCGGAGGAGGGAGGCTCTTGTTTACAACACTCCTGATGATCATGTGACAA 637
|| | | || |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 416 AT--A---A-CC---GGAGGGAGGCTCTTGTTTACAATACTCCGGATGATCATGTGACAA 466
Query 638 GGGATATAAGAGAAGGGATTGCAAAGTTAGGTGATTTGAGGTTCAATGTGTTGGACTCTG 697
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 467 GGGATATAAGAGAAGGGATTGCCAAGTTAGGTGATTTGAGGTTCAATGTGTTGGACTCTG 526
Query 698 CTGGTATAGAGACTGAGGTTTCTTCGGGTACTATTCTTGGTAGAACTACAGCAATGACGG 757
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 527 CTGGTATAGAGACTGAGGTTTCTTCGGGTACTATTCTGGGTAGAACTACAGCAATGACGG 586
Query 758 CTAATGTGCTTGCAAGGACTCAGTTTGCGGTTCTTATTATCGACGTGAGGGCTGGGTTGC 817
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 587 CTAATGTGCTTGCAAGGACTCAGTTTGCGGTTCTTATTATTGACGTGCGGGCTGGGTTGC 646
Query 818 ATCCACTAGATTTAGAGGTTGGGAAATGGTTGAGGAAGCATGCTCCACAGATTAAGCCCA 877
||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 647 ATCCATTAGATTTAGAGGTTGGGAAATGGTTGAGAAAGCATGCTCCTCAGATTAAACCCA 706
Query 878 TTGTGGTTATGAATAAATCTGAATCAATCGGCTCTCTTGATGAAGTTGCTTCAGAGGCCC 937
|||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 707 TTGTAGTTATGAATAAATCTGAATCAATTGGCTCTCTTGATGAAGTTGCTTCTGAGGCCC 766
Query 938 TTGCACTAGGTTTTGGCGAGCCTATAGCTATTTCAGCCGAGACTGGACTTGGTATGACCA 997
|||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 767 TTGCACTAGGTTTTGGAGAACCTATTGCTATTTCCGCCGAGACTGGACTTGGGATGACCA 826
Query 998 CACTTTATGAAGTTCTGCGCCCTCTACTAGAGGATTACACGGTCGAAATGTTAAACGATA 1057
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||
Sbjct 827 CACTTTATGAAGTTCTCCGCCCTCTACTAGAGGATTACATGGTCGAAATGTTAAATGATA 886
Query 1058 TAGGCAGTCAAGATGATGTTCTGACCGATGAGAATCTCTCTGATGAAATCGACGAGTCCA 1117
|| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 887 TATGCAGTCAAAATGATGTTCTGAGCGATGAGAATCTCTCTGATGAAATCGACGAGTCCA 946
Query 1118 AGTTGCCATTGCAGTTAGCTATCGTAGGTAAGCCTAATGTTGGGAAGTCAACCTTGCTCA 1177
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 947 AGTTGCCATTGCAGTTAGCTATCGTAGGTAAGCCTAATGTTGGGAAGTCAACATTGCTCA 1006
Query 1178 ATGCATTGTTGGAAGAAGAGCGTGTATTAGTGGGTCCAGAAGCTGGCCTCACAAGAGATG 1237
||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 1007 ATGCATTGTTGGAAGAAGAGCGTGTGTTGGTGGGTCCAGAAGCTGGTCTCACCAGAGATG 1066
Query 1238 CTGTGAGAGTTCAGTTTGAGTTTCAGGGTAGGACCGTTTATCTGGTTGATACTGCTGGGT 1297
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1067 CTGTGAGAGTTCAGTTTGAGTTTCAGGGTAGGACCGTTTATCTGGTTGATACTGCTGGGT 1126
Query 1298 GGTTGGAGAGAACAGAGCGAGACAAAGGACCAGCATCTTTGAGTATCATGCAATCAAGAA 1357
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1127 GGTTGGAGAGAACAGAGCGAGACAAAGGACCAGCATCTTTGAGTATCATGCAATCAAGAA 1186
Query 1358 AGAGTCTTATGCGGGCACATGTTATCGCGTTAGTTCTCGATGCTGAAGAGATCATAAAAG 1417
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1187 AGAGTCTTATGCGGGCACATGTTATCGCGTTAGTTCTCGATGCTGAAGAGATCATAAAAG 1246
Query 1418 CTAAATGTAGTATGACACATTCAGAAGTAGTTATCGCTAGACGTGCTGTAGAAGAAGGAC 1477
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1247 CTAAATGTAGTATGACACACTCAGAAGTAGTTATAGCTAGACGTGCTGTAGAAGAAGGAC 1306
Query 1478 GTGGTCTAGTCGTTATCGTTAACAAAATGGATCGTCTAAGAGGTAGAGAGAACTCTGAGA 1537
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1307 GTGGTCTAGTCGTTATTGTTAACAAAATGGATCGTCTAAGAGGTAGAGAGAACTCTGAGA 1366
Query 1538 TGTACAAGAAGATCAAAGAAGCTGTTCCCATTGAAATTCAGACAGTTATTCCTCAGATAA 1597
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1367 TGTACAAGAAGATCAAAGAAGCTGTTCCCATTGAAATTCAGACAGTTATTCCTCAGATAA 1426
Query 1598 CTGGAATACCAGTTGTGTTTATCTCTGCATTAGAGGGAAGAGGACGTATGGAAGTAATGA 1657
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1427 CGGGAATACCAGTAGTGTTTATCTCTGCATTAGAGGGAAGAGGACGTATGGAAGTAATGA 1486
Query 1658 AAGAAGTCACTGATACATACAAGAGATGGTGTTCAAGACTTTCCACAGGCCGCCTCAATC 1717
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1487 AAGAAGTCACTGACACATACAAGAGATGGTGTTCAAGACTTTCCACAGGCCGCCTCAATC 1546
Query 1718 GCTGGTTGCGTAAGGTTATGAGCCGGCATTCATGGAAAGACACGGCTTCACAGCCAAAGA 1777
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1547 GCTGGTTGCGTAAGGTTATGAGCCGACATTCTTGGAAAGACACGGCTTCACAGCCAAAGA 1606
Query 1778 TCAAGTTCTTT-ACTCAAGTGAAAGCTCGACCGCCGACTTTTGTAGCGTTTGTGAGCGGT 1836
||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1607 TCAAGTT-TTTCACTCAAGTGAAAGCTCGACCACCGACTTTTGTAGCGTTTGTGAGCGGT 1665
Query 1837 AAAACGCAGTTATTGGAAAGCGACATAAGGTTTCTGACTAGATCATTGAAGGAAGATTTT 1896
|||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1666 AAAATGCAGTTATTGGAAAGCGACATAAGGTTTTTGACTAGATCATTGAAGGAAGATTTT 1725
Query 1897 GATTTAGGCGGGACTCCTATTCGAATCATACAGCGGGTTATTCCTCGTGCACCACCCTCC 1956
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||
Sbjct 1726 GATTTAGGCGGGACTCCAATTCGAATCATACAGCGGGTTGTTCCTCGAGCACCACCCTCT 1785
Query 1957 GGTACAGGTGGTGGTGGAAGCGGAAACAGCTCGA-G--TCGAGTAGTGCAAAGAACCACC 2013
|||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||
Sbjct 1786 GGTACAGGCGGTGGTGGAAGCGGAAACAGCTCGAAGAGTCGAGTAGTGCATAGAACCACC 1845
Query 2014 TCAGACAAACGGACTCTCTCGGCCTAA 2040
|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1846 TCAGACAAACGGACTCTCTCGGCCTAA 1872
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 85779231740
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5