BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G40405.1
Length=1839
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg355947 jgi|Araly1|355947|fgenesh1_pg.C_scaffold_7003120 2924 0.0
> Ahg355947 jgi|Araly1|355947|fgenesh1_pg.C_scaffold_7003120
Length=3336
Score = 2924 bits (1583), Expect = 0.0
Identities = 1739/1815 (96%), Gaps = 8/1815 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAGTAGAATCGGGAAACATCCGGCTATCGCTCTGTTGGATTCCGGCATTACGTTTAAA 60
||||||||||| | |||||||| |||||| |||| ||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 25 ATGAGTAGAATTGTTAAACATCCAGCTATCTCTCTTTTGGATTCCGGCACTACATTTAAG 84
Query 61 GAAGTCCGGCAAATCCATGCCAAACTCTATGTCGACGGGACACTCAAGGATGACCATCTC 120
||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 85 GAAATTCGGCAAATCCATGCCAAGCTCTACGTCGACGGGACACTCAACGATGACCATCTC 144
Query 121 GTGGGTCACTTTGTAAAGGCAGTGGCTTTGAGTGACCACA-AGTACTTAGATTATGCGAA 179
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||
Sbjct 145 GTGGGTCAGTTTGTAAAGGCAGTGGCTTTGAGTGATCACACA-TACTTAGATTATGCGAA 203
Query 180 TCAGATTCTTGATAGGTCTGAAAAGCCTACATTGTTTGCTCTCAATTCTATGATTAGAGC 239
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 204 TCAGATTCTTGATAGGTCTGATAAGCCTACATTGTTTGCTCTCAATTCTATGATCAGAGC 263
Query 240 ACATTGCAAGAGCCCTGTTCCAGAAAAAAGCTTTGATTTTTATAGGAGGATACTCTCTTC 299
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 264 ACATTGCAAGAGCTCTGTTCCAGAAAAAAGCTTTGATTTTTATAGTAGGATACTCTCTTC 323
Query 300 GGGAAATGATCTTAAACCGGATAATTACACTGTCAACTTCTTGGTTCAGGCGTGTACGGG 359
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 324 GGGAAATGGTCTTAAACCGGATAATTACACTGTCAACTTCTTGGTTCAGGCGTGTACGGG 383
Query 360 GTTAAGG-ATGCGTGAGACAGGGCTTCAAGTTCATGGTATGACTATCAGACGTGGTTTTG 418
||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 384 GTT-AGGAATGCGTGAGACGGGGCTTCAAGTTCATGGTATGACTATCAGACGTGGTTTTG 442
Query 419 ACAATGACCCGCATGTCCAGACTGGGTTGATTTCTTTGTATGCGGAGCTTGGCTGTCTGG 478
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 443 ACAACGACCCGCATGTCCAGACTGGGTTGATTTCTTTGTATGCGGAGCTTGGCTGTCTGG 502
Query 479 ATTCTTGTCATAAGGTTTTTAATTCTATTCCGTGCCCGGATTTTGTGTGTCGGACAGCGA 538
||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 503 ATTCTTGTCATAAGGTTTTTAATTCGGTTTCGTACCCGGATTTTGTGTGTCGGACAGCGA 562
Query 539 TGGTCACTGCCTGTGCGAGATGTGGGGATGTCGTTTTTGCGCGGAAGTTGTTTGAGGGGA 598
|||| || |||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 563 TGGTTACAGCCTGTGCAAGATGCGGGGATGTCGCTTTTGCGCGGAAGTTGTTTGAGGGAA 622
Query 599 TGCCGG-AAAGAGACCCGATTGCCTGGAACGCGATGATCTCTGGCTATGCTCAGGTTGGT 657
|||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 623 TGCCGGAAAAG-GACCCGATTGCCTGGAACGCGATGATCTCTGGCTATGCTCAGGTTGGT 681
Query 658 GAGTCAAGAGAAGCTCTAAACGTGTTTCACTTGATGCAGTTGGAAGGTGTGAAAGTCAAT 717
|||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 682 GAGTCAAGGGAAGCTCTAAACTTGTTTCATTTGATGCAGTTGGAAGGTGTGAAAGTCAAT 741
Query 718 GGGGTTGCTATGATTTCTGTTTTATCGGCTTGCACTCAATTGGGTGCTTTAGACCAAGGG 777
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 742 GGGGTTTCTATGATTTCTGTTTTATCGGCTTGCACTCAATTGGGTGCTTTAGACCAAGGG 801
Query 778 AGATGGGCTCATTCTTACATAGAGAGAAACAAAATCAAAATCACTGTGAGGCTTGCTACT 837
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 802 AGATGGGCGCATTCTTACATTGAGAGAAACAAAATTAAAATCACTGTGAGGCTTGGTACT 861
Query 838 ACGTTGGTCGACTTGTATGCAAAATGTGGTGACATGGAAAAGGCTATGGAAGTTTTCTGG 897
|||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 862 ACGTTGGTCGACTTGTATGCAAAATGCGGAGACATGGACAAGGCTATGGAAGTTTTCTGG 921
Query 898 GGTATGGAAGAGAAGAATGTGTATACATGGAGTAGCGCCCTGAATGGGTTAGCCATGAAT 957
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 922 GGTATGGAAGAGAAGAATGTGTATACATGGAGTAGCGCCCTGAATGGGTTAGCCATGAAT 981
Query 958 GGGTTCGGGGAGAAATGTCTCGAGCTTTTCTCTCTTATGAAACAAGATGGTGTTACTCCA 1017
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 982 GGTTTCGGGGAGAAATGTCTCGAGCTTTTCTCTCTTATGAAACAAGATGGTGTTACTCCA 1041
Query 1018 AACGCTGTCACATTCGTCTCTGTTCTCAGAGGTTGTAGTGTGGTTGGTTTTGTAGATGAA 1077
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1042 AACGCTGTCACATTCGTCTCTGTTCTCAGAGGTTGTAGTGTGGTTGGTTTTGTAGATGAA 1101
Query 1078 GGGCAAAGACATTTTGATTCGATGAGGAATGAGTTCGGGATAGAACCTCAGCTCGAGCAC 1137
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1102 GGGCAAAAACATTTTGATTCGATGAGGAATGAGTTCGGGATAGACCCTCAGCTCGATCAC 1161
Query 1138 TATGGCTGCTTGGTTGATTTGTATGCTCGTGCAGGCCGCTTAGAAGACGCAGTAAGTATC 1197
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1162 TATGGCTGCTTAGTTGATTTGTATGCTCGTGCAGGCCGCTTAGAAGACGCAGTAAGTATC 1221
Query 1198 ATCCAGCAAATGCCCATGAAGCCTCATGCTGCTGTTTGGAGTTCTCTGCTCCACGCATCC 1257
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1222 ATCCAGCAAATGCCCATGAAGACTCATGCTGCTGTTTGGAGTTCTTTGCTCCACGCATCT 1281
Query 1258 AGAATGTACAAGAACCTTGAGCTTGGCGTGCTTGCATCTaaaaaaaTGCTCGAGCTAGAG 1317
|||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1282 AGAATGTACAAGAACCTTGAACTTGGCGTTCTTGCATCTAAAAAAATGCTCGAGCTAGAG 1341
Query 1318 ACCGCAAATCACGGAGCTTATGTCCTCTTATCAAACATATATGCAGATTCAAACGATTGG 1377
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1342 ACCGCAAATCACGGAGCTTATGTCCTCTTATCAAACATATATGCAGATTCAGACGATTGG 1401
Query 1378 GACAATGTTAGTCACGTTAGACAGTCAATGAAATCTAAAGGAGTCAGAAAGCAACCAGGG 1437
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1402 GACAATGTTAGTCACGTTAGACAGTCAATGAAATCTAAAGGAGTCAGAAAGCAACCAGGG 1461
Query 1438 TGCAGTGTAATGGAGGTCAATGGAGAAGTCCATGAATTCTTTGTAGGAGACAAATCTCAC 1497
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1462 TGCAGTGTAATGGAGGTAAATGGAGAAGTCCATGAATTCTTTGTCGGAGACAAATCTCAC 1521
Query 1498 CCAAAGTATACAC-AAATCGACGCGGTTTGGAAGGATATCTCGAGAAGGCTGAGACTCGC 1556
||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1522 CCAAAATATA-ACGAAATCGACGCGGTTTGGAAGGATATCTCGAGAAGGCTGAGACTCGC 1580
Query 1557 TGGTTATAAGGCGGACACAACCCCGGTTATGTTCGATATAGATGAAGAAGAGAAAGAGGA 1616
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1581 TGGATATAAGGCGGACACAACCCCGGTTATGTTCGACATAGATGAAGAAGAGAAAGAGGA 1640
Query 1617 TGCATTGTGTTTGCATAGCGAAAAGGCAGCGATTGCATTTGGTATAATGAGTTTGAAAGA 1676
|||||| ||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1641 TGCATTATGTCTGCATAGCGAAAAGGCCGCCATTGCATTTGGTATAATGAGTTTGAAAGC 1700
Query 1677 AGATGTTCCGATTCGGATCGTGAAGAACCTTCGGGTTTGTGGAGATTGTCATCAGGTTTC 1736
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1701 AGATGTCCCGATTCGGATCGTGAAGAACCTTCGGGTTTGTGGAGATTGTCATCAGGTTTC 1760
Query 1737 TATGATGATCTCCAAGATTTTTAACAGAGAGATCATTGTCAGAGACAGAAACAGGTTCCA 1796
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1761 CATGATGATCTCCAAGATTTTTAACAGAGAGATCATTGTGAGAGACAGAAACAGGTTCCA 1820
Query 1797 CCATTTCAAAGATGG 1811
|||||||||||||||
Sbjct 1821 CCATTTCAAAGATGG 1835
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 69057614185
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5