BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G40410.1
Length=1853
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg493946 jgi|Araly1|493946|fgenesh2_kg.7__3379__AT5G40410.1 2730 0.0
Ahg355947 jgi|Araly1|355947|fgenesh1_pg.C_scaffold_7003120 2211 0.0
> Ahg493946 jgi|Araly1|493946|fgenesh2_kg.7__3379__AT5G40410.1
Length=1852
Score = 2730 bits (1478), Expect = 0.0
Identities = 1736/1860 (93%), Gaps = 19/1860 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AACAATGAGAGATGATCAAAGCAAATGTGTATTCATGTTCAAAGTTCAGATTTTTATATC 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1 AACAATGAGAGATGATCAAAGCAAATGTGTATTCATGTTCAAAGTTTAGATTTTTATATC 60
Query 61 GTCGGAGATTTTTGAGCCAATCTAG---TTTTGTTCATAGTTTAGAT-GCAAATGTTTCA 116
||||||| |||||||||| | |||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 61 GTCGGAGTTTTTTGAGCCGAGCTAGTACTTTTGTTCATAGTTTAGATAG-AAATGTTTCA 119
Query 117 TCACTTATAGCTGCTGTAAAGTCTTGTGTCTCCATTGAACTGTGTCGTTTGCTTCATTGT 176
|||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 TCACTTATAGCTTCTATAAATTCTTGTGTCTCCATTGAACTGTGTCGTTTGCTTCATTGT 179
Query 177 AAAGTAGTGAAGAGTGTGAGTTACCGCCATGGATTTATTGGGGACCAGCTTGTTGGTTGT 236
||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 180 AAAGTAGTGAAGAGTGTGAGTTATCGCCATGGGTTTATTGGGGACCAGCTTGTTGGCTGT 239
Query 237 TACTTGAGATTGGGTCATGATGTTTGTGCAGAGAAGCTGTTCGATGAAATGCCTGAGAGA 296
|||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TACTTGAGATTGGGTCTTGATGTTTGCGCAGAGAAGCTGTTCGATGAAATGCCTGAGAGA 299
Query 297 GATTTAGTCTCTTGGAACTCTTTAATATCTGGGTATTCAGGGAGAGGTTATTTGGGGAAA 356
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 300 GATTTGGTGTCTTGGAACTCTTTAATATCTGGGTATTCAGGGAGAGGACATTTGGGGAAA 359
Query 357 TGTTTTGAGGTGTTGTCTAGGATGATGATATCTGAGGTGGGTTTTAGACCTAATGAAGTT 416
|||||||||||||| | || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 TGTTTTGAGGTGTTATGTAAGATGATGAGATCTGAGGTGGGTTTTAGACCTAATGAAGTT 419
Query 417 ACGTTTTTGTCGATGATCTCGGCTTGTGTTTACGGGGGAAGTAAGGAAGAAGGACG-TTG 475
||||||||||||||||| |||||||||||| | || |||| ||||||||| ||| | |||
Sbjct 420 ACGTTTTTGTCGATGATTTCGGCTTGTGTTCATGGAGGAAATAAGGAAGAGGGA-GTTTG 478
Query 476 TATTCATGGGTTGGTGATGAAATTTGGTGTACTTGAGGAAGTTAAAGTTGTGAATGCTTT 535
|||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 479 CATTCATGGGTTGGTGATGAAATCTGGTGTGCTTGAGGAAGTTAAAGTTGTGAATGCTCT 538
Query 536 TATCAATTGGTATGGAAAGACTGGAGATTTGACTTCATCCTGCAAATTGTTTGAGGATTT 595
||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 TATGAATTTGTATGGAAAGACTGGAGATTTGATTTCGTCCTGCAAATTGTTTGAGGATTT 598
Query 596 GAGTATAAAGAATTTGGTTTCTTGGAATACGATGATTGTGATTCACTTGCAGAACGGTTT 655
|||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 599 GAGTGTAAAGAATTTGGTTTCGTGGAATACGATGATTGTGATTCACTTGCAAAACGGTTT 658
Query 656 AGCTGAAAAAGGTCTGGCTTACTTTAACATGAGCAGAAGGGTTGGGCACGAGCCTGATCA 715
|| ||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||
Sbjct 659 GGCCGAAGAAGGTCTGGCTTACTTCAACATGAGCAGATGGGTTGGGCTTAAGCCTGATCA 718
Query 716 AGCCACTTTTCTGGCTGTTCTCCGTAG-CTGTGAAGACAT-GGGTGTAGTGAGATTGGCG 773
||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||| |||||||||||| |
Sbjct 719 AGCCACTTTTCTGGCTGTTCTCCGT-GTCTGTGAAGACATCGGG-GTAGTGAGATTGTCA 776
Query 774 CAAGGAATTCATGGGCTAATCATGTTTGGTGGGTTCAGTGGAAACA-AGTGTATAACGAC 832
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||| | |||||||||||
Sbjct 777 CAAGGAATTCATGGGCTAATCATGTTTTGTGGGTTCAATGCAAACACA-TGTATAACGAC 835
Query 833 AGCGTTATTAGACTTGTATTCGAAACTTGGGAGGTTGGAGGATTCGTCTACGGTTTTTCA 892
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 836 TGCGTTATTAGACTTGTATGCAAAACTTGGGAGGTTGGAGGATTCGTCTACGGTATTTCT 895
Query 893 TGAGATTACTTCTCCAGATAGTATGGCGTGGACTGCAATGCTTGCTGCTTATGCCACTCA 952
||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 896 TGAGATTACTTCTCCTGATAGCATGGCGTGGACAGCAATGCTTGCTGCTTATGCCACTCA 955
Query 953 TGGGTTTGGAAGAGATGCAATCAAGCATTTTGAGCTCATGGTTCACTATGGTATT-AGTC 1011
|||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 956 CGGGTATGGAAGAGATGCAATAAAGCATTTTGAGCTCATGGTTCACTATGGT-TTAAGTC 1014
Query 1012 CTGATCATGTAACCTTCACTCACTTGTTAAATGCTTGTAGTCATTCTGGTCTTGTAGAAG 1071
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||
Sbjct 1015 CTGATCATGTAACCTTCACTCACTTGTTAAATGCTTGTAGTCACTCAGGTCTGGTCGAAG 1074
Query 1072 AAGGGAAGCATTATTTCGAAACAATGTCGAAAAGATACAGGATTGA-CCCGAGGTTAGAT 1130
|||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||
Sbjct 1075 AAGGGAGGTATTATTTCGAAACAATGTCGAAAAGATACAGAATTGAGCCC-AGGTTAGAT 1133
Query 1131 CACTATTCATGTATGGTTGATCTAC-TGGGTCGATCCGGGCTTCTCCAAGATGCTTATGG 1189
||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1134 CACTACTCATGTATGGTTGATCT-CATGGGTCGATCCGGGCTTCTCCAAGATGCTTATGG 1192
Query 1190 ATTGATCAAAGAAATGCCAATGGAGCCTAGTTCTGGTGTTTGGGGAGCTTTGCTTGGTGC 1249
|||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1193 ATTGATCAAAGAGATGCCAATGGAGCCGAGTTCTGGTGTTTGGGGAGCTTTGCTTGGTGC 1252
Query 1250 TTGTAGGGTTTACAAAGATACACAACTCGGAACAAAAGCCGCAGAGAGATTGTTCGAATT 1309
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||| |
Sbjct 1253 TTGTAGGGTTTACAAAGATACCCAACTCGGAACAAAAGCGGCAAAGAGATTGTTTGAACT 1312
Query 1310 AGAGCCTCGTGATGGTAGAAACTATGTAATGCTCTCAAACATCTATTCAGCTTCTGGTCT 1369
|||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1313 AGAGCCTCGTGATGGTAGAAACTACATAATGCTATCAAACATCTATTCAGCTTCTGGTCT 1372
Query 1370 ATGGAAAGATGCTTCAAGAATAAGGAATCTGATGAAACAGAAAGGTCTTGTAAGAGCTTC 1429
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1373 ATGGAAAGATGCTTCAAGAATAAGGAATCTGATGAAACAGAAAGGTCTTGTAAGAGCTTC 1432
Query 1430 AGGGTGTAGCTACATTGAACATGGTAACAAAATTCATAAGTTTGTTGTTGGAGATTGGTC 1489
||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1433 AGGGTATAGTTACATTGAACATGGTAATAAGATTCATAAGTTTGTTGTTGGAGATTGGTC 1492
Query 1490 TCATCCTGAATCAGAGAAGATACAAAAGAAGCTGAAAGAGATTAGGAAGAAGATGAAGAG 1549
|||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1493 TCATCCTGAATCAGAGAAGATACAGAAGAAGCTAAAAGAGATTAGAAAGAAGATGAAGAG 1552
Query 1550 TGAAATGGGATATAAATCAAAAACAGAGTTTGTATTACATGATGTTGGTGAAGATGTTAA 1609
||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||
Sbjct 1553 TGAGTTGGGATTTAAATCAAGAACAGAGTTTGTATTACATGATGTTGATGAAGATGTGAA 1612
Query 1610 AGAGGAAATGATCAATCAACATAGTGAGAAGATTGCGATGGCGTTTGGGCTTTTGGTGGT 1669
||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1613 AGAAGAAATGATTAATCAACATAGTGAGAAGATTGCAATGGCGTTTGGGCTTTTGGTGAT 1672
Query 1670 TAGTCCAATGGAGCCAATTATCATAAGGAAGAATCTTAGAATTTGTGGGGATTGTCATGA 1729
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1673 TAGTCCAATGGAGCCAATTATCATAAGGAAGAATCTTAGAATTTGTGGAGATTGTCATGA 1732
Query 1730 AACAGCAAAAGCAATATCTTTGATCGAGAAAAGGAGAATCATTATTAGAGATTCTAAGAG 1789
||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1733 AACAGCAAAAGCAATTTCATTGATTGAAAAAAGAAGAATCATTATTAGAGATTCTAAGAG 1792
Query 1790 GTTTCATCATTTCTTAGACGGATCATGCTCTTGTAGCGATTATTGGTAGTATCTCAATTT 1849
|||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1793 GTTTCATCATTTCTTAGAAGGATCATGCTCTTGCAGAGATTATTGGTAGTATCTCAATTT 1852
> Ahg355947 jgi|Araly1|355947|fgenesh1_pg.C_scaffold_7003120
Length=3336
Score = 2211 bits (1197), Expect = 0.0
Identities = 1408/1510 (93%), Gaps = 14/1510 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 336 GGGAGAGGTTATTTGGGGAAATGTTTTGAGGTGTTGTCTAGGATGATGATATCTGAGGTG 395
|||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1834 GGGAGAGGATATTTGGGGAAATGTTTTGAGGTTTTATCTAGGATGATGAGATCTGAGGTG 1893
Query 396 GGTTTTAGACCTAATGAAGTTACGTTTTTGTCGATGATCTCGGCTTGTGTTTACGGGGGA 455
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | || |||
Sbjct 1894 GGTTTTAGACCTAATGAAGTTACGTTTTTGTCGATGATTTCGGCTTGTGTTCATGGAGGA 1953
Query 456 AGTAAGGAAGAAGGACG-TTGTATTCATGGGTTGGTGATGAAATTTGGTGTACTTGAGGA 514
| ||||||||| ||| | ||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 1954 AATAAGGAAGAGGGA-GTTTGCATTCATGGGTTGGTGATGAAATCTGGTGTGCTTGAGGA 2012
Query 515 AGTTAAAGTTGTGAATGCTTTTATCAATTGGTATGGAAAGACTGGAGATTTGACTTCATC 574
||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 2013 AGTTAAAGTTGTGAATGCTCTTATGAATTTGTATGGAAAGACTGGAGATTTGATTTCGTC 2072
Query 575 CTGCAAATTGTTTGAGGATTTGAGTATAAAGAATTTGGTTTCTTGGAATACGATGATTGT 634
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2073 CTGCAAATTGTTTGAGGATTTGAGTGTAAAGAATTTGGTTTCGTGGAATACGATGATTGT 2132
Query 635 GATTCACTTGCAGAACGGTTTAGCTGAAAAAGGTCTGGCTTACTTTAACATGAGCAGAAG 694
|||||||||||| |||||||| || ||| |||||||||||||||| |||||||||||| |
Sbjct 2133 GATTCACTTGCAAAACGGTTTGGCCGAAGAAGGTCTGGCTTACTTCAACATGAGCAGATG 2192
Query 695 GGTTGGGCACGAGCCTGATCAAGCCACTTTTCTGGCTGTTCTCCGTAG-CTGTGAAGACA 753
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 2193 GGTTGGGCTTAAGCCTGATCAAGCCACTTTTCTGGCTGTTCTCCGT-GTCTGTGAAGACA 2251
Query 754 T-GGGTGTAGTGAGATTGGCGCAAGGAATTCATGGGCTAATCATGTTTGGTGGGTTCAGT 812
| ||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 2252 TCGGG-GTAGTGAGATTGTCACAAGGAATTCATGGGCTAATCATGTTTTGTGGGTTCAAT 2310
Query 813 GGAAACA-AGTGTATAACGACAGCGTTATTAGACTTGTATTCGAAACTTGGGAGGTTGGA 871
| ||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 2311 GCAAACACA-TGTATAACGACTGCGTTATTAGACTTGTATGCAAAACTTGGGAGGTTGGA 2369
Query 872 GGATTCGTCTACGGTTTTTCATGAGATTACTTCTCCAGATAGTATGGCGTGGACTGCAAT 931
||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 2370 GGATTCGTCTACGGTATTTCTTGAGATTACTTCTCCTGATAGCATGGCGTGGACAGCAAT 2429
Query 932 GCTTGCTGCTTATGCCACTCATGGGTTTGGAAGAGATGCAATCAAGCATTTTGAGCTCAT 991
||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2430 GCTTGCTGCTTATGCCACTCACGGGTATGGAAGAGATGCAATAAAGCATTTTGAGCTCAT 2489
Query 992 GGTTCACTATGGTATT-AGTCCTGATCATGTAACCTTCACTCACTTGTTAAATGCTTGTA 1050
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2490 GGTTCACTATGGT-TTAAGTCCTGATCATGTAACCTTCACTCACTTGTTAAATGCTTGTA 2548
Query 1051 GTCATTCTGGTCTTGTAGAAGAAGGGAAGCATTATTTCGAAACAATGTCGAAAAGATACA 1110
|||| || ||||| || |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2549 GTCACTCAGGTCTGGTCGAAGAAGGGAGGTATTATTTCGAAACAATGTCGAAAAGATACA 2608
Query 1111 GGATTGA-CCCGAGGTTAGATCACTATTCATGTATGGTTGATCTAC-TGGGTCGATCCGG 1168
| ||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 2609 GAATTGAGCCC-AGGTTAGATCACTACTCATGTATGGTTGATCT-CATGGGTCGATCCGG 2666
Query 1169 GCTTCTCCAAGATGCTTATGGATTGATCAAAGAAATGCCAATGGAGCCTAGTTCTGGTGT 1228
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2667 GCTTCTCCAAGATGCTTATGGATTGATCAAAGAGATGCCAATGGAGCCGAGTTCTGGTGT 2726
Query 1229 TTGGGGAGCTTTGCTTGGTGCTTGTAGGGTTTACAAAGATACACAACTCGGAACAAAAGC 1288
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2727 TTGGGGAGCTTTGCTTGGTGCTTGTAGGGTTTACAAAGATACCCAACTCGGAACAAAAGC 2786
Query 1289 CGCAGAGAGATTGTTCGAATTAGAGCCTCGTGATGGTAGAAACTATGTAATGCTCTCAAA 1348
||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||
Sbjct 2787 GGCAAAGAGATTGTTTGAACTAGAGCCTCGTGATGGTAGAAACTACATAATGCTATCAAA 2846
Query 1349 CATCTATTCAGCTTCTGGTCTATGGAAAGATGCTTCAAGAATAAGGAATCTGATGAAACA 1408
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2847 CATCTATTCAGCTTCTGGTCTATGGAAAGATGCTTCAAGAATAAGGAATCTGATGAAACA 2906
Query 1409 GAAAGGTCTTGTAAGAGCTTCAGGGTGTAGCTACATTGAACATGGTAACAAAATTCATAA 1468
|||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2907 GAAAGGTCTTGTAAGAGCTTCAGGGTATAGTTACATTGAACATGGTAATAAGATTCATAA 2966
Query 1469 GTTTGTTGTTGGAGATTGGTCTCATCCTGAATCAGAGAAGATACAAAAGAAGCTGAAAGA 1528
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 2967 GTTTGTTGTTGGAGATTGGTCTCATCCTGAATCAGAGAAGATACAGAAGAAGCTAAAAGA 3026
Query 1529 GATTAGGAAGAAGATGAAGAGTGAAATGGGATATAAATCAAAAACAGAGTTTGTATTACA 1588
|||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3027 GATTAGAAAGAAGATGAAGAGTGAGTTGGGATTTAAATCAAGAACAGAGTTTGTATTACA 3086
Query 1589 TGATGTTGGTGAAGATGTTAAAGAGGAAATGATCAATCAACATAGTGAGAAGATTGCGAT 1648
|||||||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3087 TGATGTTGATGAAGATGTGAAAGAAGAAATGATTAATCAACATAGTGAGAAGATTGCAAT 3146
Query 1649 GGCGTTTGGGCTTTTGGTGGTTAGTCCAATGGAGCCAATTATCATAAGGAAGAATCTTAG 1708
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3147 GGCGTTTGGGCTTTTGGTGATTAGTCCAATGGAGCCAATTATCATAAGGAAGAATCTTAG 3206
Query 1709 AATTTGTGGGGATTGTCATGAAACAGCAAAAGCAATATCTTTGATCGAGAAAAGGAGAAT 1768
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||| |||||
Sbjct 3207 AATTTGTGGAGATTGTCATGAAACAGCAAAAGCAATTTCATTGATTGAAAAAAGAAGAAT 3266
Query 1769 CATTATTAGAGATTCTAAGAGGTTTCATCATTTCTTAGACGGATCATGCTCTTGTAGCGA 1828
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 3267 CATTATTAGAGATTCTAAGAGGTTTCATCATTTCTTAGAAGGATCATGCTCTTGTAGAGA 3326
Query 1829 TTATTGGTAG 1838
||||||||||
Sbjct 3327 TTATTGGTAG 3336
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 69590877615
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5