BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G40490.1
Length=1665
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg493936 jgi|Araly1|493936|fgenesh2_kg.7__3369__AT5G40490.1 2294 0.0
Ahg943112 jgi|Araly1|943112|scaffold_603656.1 484 7e-136
Ahg947478 jgi|Araly1|947478|scaffold_703707.1 209 4e-53
> Ahg493936 jgi|Araly1|493936|fgenesh2_kg.7__3369__AT5G40490.1
Length=1617
Score = 2294 bits (1242), Expect = 0.0
Identities = 1515/1640 (92%), Gaps = 45/1640 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 10 TTCTCTTCTCCAAGGGTTTTAGGGCTTTTAGGCGGCTGCCGCTTCTTTTTCATCTTCTTC 69
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||
Sbjct 1 TTCTCTTCTCCAAGGGTTTTAGGGCTTTTAGGCGGCTGCCGCTTC-TCTTCTTCTTCTTC 59
Query 70 TTCGTTCTCCGAAGG-TTTAGGGTTTCGATT-TTC-CCATCATGGATCCTTATGGAACGG 126
|||||||| || ||| ||||||||||| || ||| | | ||||| |||||||||||||
Sbjct 60 TTCGTTCT-CGGAGGTTTTAGGGTTTC--TTCTTCTTCTTTATGGACCCTTATGGAACGG 116
Query 127 AAACAGTTATCGAAGACGAAATCCACGATCCTAAACCATCCGAAGATATTGAAGACGATG 186
|||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 117 AAACAGTTATCGAAGATGAAATCCACGATGCTAAACCATCCGAAGATATTGAAGACGATG 176
Query 187 ACGACAAATCTCAGCCTCACTCTGGTGGCGGCGTCGATAGTGCTGGAAAGATATTTGTTG 246
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 177 ACGACAAATCTCAGCCTCACTCTGGTGGTGGCGTCGATAGTGCTGGAAAGATATTTGTTG 236
Query 247 GAGGTTTAGCCAGGGAGACAACTTCAGCTGAATTCCTCAAGCATTTTGGGAAATATGGAG 306
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 237 GAGGTTTAGCCAGGGAGACAACTTCAGCTGAATTCCTCAAGCATTTTGGGAAATATGGAG 296
Query 307 AGATCACTGATTCTGTGATTATGAAGGATAGGAAAACTGGACAGCCTCGGGGATTTGGGT 366
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 297 AGATCACTGATTCTGTGATTATGAAGGATAGGAAAACTGGACAGCCCCGAGGATTTGGGT 356
Query 367 TTGTCACATATGCTGATTCCTCTGTGGTCGACAAAGTTATCCAAGACAATCACATTATAA 426
|||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 357 TTGTGACATATGCTGATTCCTCTGTGGTTGACAAAGTTATCCAAGACAATCATATTATAA 416
Query 427 TTGGCAAGCAGGTTGAAATTAAGCGGACGATACCAAGAGGATCCATGAGCTCTAACGATT 486
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 417 TTGGGAAGCAGGTTGAAATTAAGCGGACGATACCAAGAGGATCCATGAGCTCTAACGATT 476
Query 487 TCAAAACCAAGAAGATATTTGTTGGTGGAATTCCTTCATCTGTGGATGATGATGAATTCA 546
||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 477 TCAAAACTAAGAAGATATTTGTTGGTGGAATTCCTGCTTCTGTAGATGATGATGAGTTCA 536
Query 547 AGGAGTTCTTTATGCAATTTGGAGAGCTGAAGGAACATCAGATTATGCGTGATCACTCAA 606
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 537 AGGAATTCTTTATGCAATTTGGAGAGCTGAAGGAGCATCAGATTATGCGTGATCACTCAA 596
Query 607 CTGGAAGATCACGTGGCTTTGGGTTTGTTACATATGAAAGTGAAGATATGGTTGATCATC 666
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 597 CTGGAAGATCACGTGGCTTTGGGTTTGTTACATATGAAAGTGAAGATATGGTTGATCATC 656
Query 667 TCTTGGCGAAAGGGAACAGAATTGAGCTTTCAGGGACTCAGGTAGAGATAAAGAAGGCAG 726
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 657 TCTTGGCGAAAGGGAACAGAATTGAGCTCTCAGGGACTCAGGTAGAGATAAAGAAGGCGG 716
Query 727 AGCCTAAAAAACCAAACTCGGTTACAACCCCATCGAAGCGGTTCGGTGACTCTCGCTCTA 786
|||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 717 AGCCAAAAAAACCAAACTCAGTTACAACCCCGTCAAAGCGGTTCGGTGATTCTCGCTCTA 776
Query 787 ACTTTGGTGGAGGTTATGGAGATGGTTATGGTGGCGGACACGGTGGA-GGATATGGTGGT 845
||||||||||||||||||||||||||||||| | || | || | | || |||||||||
Sbjct 777 ACTTTGGTGGAGGTTATGGAGATGGTTATGGAGATGGTTATGGAG-ATGGTTATGGTGGT 835
Query 846 CCAGGTGGTCCTTACAAGTCAGGTGG---CGGTTATGGAGGTGGCCGGTCtggtggttat 902
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 836 CCAGGTGGTCCTTACAAATCAGGTGGTGGCGGTTATGGAGGTGGCCGGTCTGGTGGTTAT 895
Query 903 ggagggtacggaggagaattcggtgggtatggcggtggtggatatggtggtggtgtggGA 962
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 896 GGAGGGTACGGAGGAGAATTCGGCGGGTATGGTGGTGGTGGATATGGTGGTGGCGTGGGA 955
Query 963 CCTTATAGAGGAGAACCAGCTCTTGGATATTCTGGTCGTTATGGAGGAGGAGGCGG---T 1019
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 956 CCTTATAGAGGAGAACCAGCACTTGGATATTCTGGTCGTTATGGAGGAGGAGGAGGGGGT 1015
Query 1020 GGTTACAATAGAGGTGGATACAGTATGGGAGGGGGCGGTGGGTACGGTGGTGGACCAGGT 1079
|||||||| |||||||| || | |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 1016 GGTTACAACAGAGGTGGTTATGGCATGGGAGGAGGCGGAGGGTACGGTGGTGGACCTGGT 1075
Query 1080 GATATGTATGGTGGGTCATACGGTGAACCAGGAGGTGGTTATGGTGGACCTAGTGGCAGT 1139
||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 1076 GATATGTATGGTGGGCCATATGGTGAACCTGGAGGTGGTTACGGTGGACCAAGTGGCAGT 1135
Query 1140 TATGGAGGCGGGTATGGTAGTAGCGGAATaggtgggtatggtggtggaatgggtggtgct 1199
|||||||| ||||||||||||||||| || ||| | || | | | ||| |||||||
Sbjct 1136 TATGGAGGTGGGTATGGTAGTAGCGGCAT---TGG-T--GG-G-T--A-TGG-TGGTGCT 1183
Query 1200 ggtggcggaggctatagaggaggtggtggCTATGATATGGGTGGAGTTGGAGGGGGAGGC 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1184 GGTGGCGGAGGCTATAGAGGAGGTGGTGGCTATGATATGGGTGGAGTTGGAGGTGGAGGC 1243
Query 1260 GCAGGAGGATATGGTGCTGGTGGTGGCGGAAACGGTGGAGGATCATTTTATGGAGGAGGA 1319
||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1244 GCAGGAGGATACGGTGCTGGTGGTGGAGGAAACGGTGGAGGCTCATTTTATGGAGGAGGA 1303
Query 1320 GGAGG---TAGAGGTGGATATGGAGGCGGGGGCAGCGGACGGTACCATCCTTATGGAAGG 1376
||||| |||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1304 GGAGGAAGTAGAGGAGGATATGGAGGTGG---CAGCGGACGGTACCATCCTTATGGAAGG 1360
Query 1377 TAGAGAGTTCGATGAAAGCTTGAATCTTCTTCTT---ACTTGTTGTGTCATGCTTAGCAT 1433
|||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1361 TAGAGAGTTCCATAAAAGCTTGAATCTTCTTCTTCTTACTTGTTGTGTCATGCTTAGCAT 1420
Query 1434 CATGTATGGTTATCAAGATTGATAGCTAGTCATTGTATTTTGAGAGATGAGGCTTTTAGG 1493
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 1421 CATGTATGGTTATCAAGATTGATAACTAGTCATTGTATTCTGAGAGAGGAGGCTTTTAGG 1480
Query 1494 GCTTTGATTCCCCTGAGTAGTTTAAATCAATACATTTTTTAGATTATAATTATCTCGGCG 1553
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || | |||||| ||||||||
Sbjct 1481 GCTTTGATTCCCCTGAGTAGTTTTAATCAATACATTTTT-AGGT-ATAATTCTCTCGGCG 1538
Query 1554 TAACAATGCCAGATTATT-TTTTACT-----CTCATGTGACATCTTTAGAGTTAGCTTGT 1607
| |||||||||||||||| |||| | ||| |||| || |||||||||||||||||
Sbjct 1539 TTACAATGCCAGATTATTATTTTGTTTAGAACTCTTGTGGCAACTTTAGAGTTAGCTTGT 1598
Query 1608 AGCAACGCTTTTGAGGTTTT 1627
| ||||||||||||| ||||
Sbjct 1599 ATCAACGCTTTTGAG-TTTT 1617
> Ahg943112 jgi|Araly1|943112|scaffold_603656.1
Length=377
Score = 484 bits (262), Expect = 7e-136
Identities = 297/314 (95%), Gaps = 1/314 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 358 GATTTGGGTTTGTCACATATGCTGATTCCTCTGTGGTCGACAAAGTTATCCAAGACAATC 417
||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 64 GATTTGGTTTTGTGACATATGCTGATTCCTCGGTCGTCGACAAAGTTATCCAGGACAATC 123
Query 418 ACATTATAATTGGCAAGCAGGTTGAAATTAAGCGGACGATACCAAGAGGATCCATGAGCT 477
||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 124 ACATTATAATTGGGAAGCAGATTGAAATTAAGCGGACGATACCAAGAGGATCCATGCGCT 183
Query 478 CTAACGATTTCAAAACCAAGAAGATATTTGTTGGTGGAATTCCTTCATCTGTGGATGATG 537
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 184 CTAACGATATCAAAACCAAGAAGATATTTGTTGGTGGAATTCCTTCTTCTGTGGATGATG 243
Query 538 ATGAATTCAAGGAGTTCTTTATGCAATTTGGAGAGCTGAAGGAACATCAGATTATGCGTG 597
|||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 244 ATGAGTTCAAAGAATTCTTTATGCAATTTGGAGAGCTGAAAGAACATCAGATTATGCGTG 303
Query 598 ATCACTCAACTGGAAGATCACGTGGCTTTGGGTTTGTTACATATGAAA-GTGAAGATATG 656
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 304 ATCATTCAACTGGAAGATCACGTGGCTTTGGGTTTGTTACATATGAAAAGTGAAGATATG 363
Query 657 GTTGATCATCTCTT 670
||| ||||||||||
Sbjct 364 GTTCATCATCTCTT 377
> Ahg947478 jgi|Araly1|947478|scaffold_703707.1
Length=866
Score = 209 bits (113), Expect = 4e-53
Identities = 128/135 (95%), Gaps = 1/135 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 537 GATGAATTCAAGGAGTTCTTTATGCAATTTGGAGAGCTGAAGGAACATCAGATTATGCGT 596
||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 732 GATGAGTTCAAAGAATTCTTTATGCAATTTGGAGAGCTGAAAGAACATCAGATTATGCGT 791
Query 597 GATCACTCAACTGGAAGATCACGTGGCTTTGGGTTTGTTACATATGAAA-GTGAAGATAT 655
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 792 GATCATTCAACTGGAAGATCACGTGGCTTTGGGTTTGTTACATATGAAAAGTGAAGATAT 851
Query 656 GGTTGATCATCTCTT 670
|||| ||||||||||
Sbjct 852 GGTTCATCATCTCTT 866
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 62429911555
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5