BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G40740.1
Length=2583
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg947666 jgi|Araly1|947666|scaffold_703895.1 3832 0.0
> Ahg947666 jgi|Araly1|947666|scaffold_703895.1
Length=2267
Score = 3832 bits (2075), Expect = 0.0
Identities = 2193/2252 (97%), Gaps = 0/2252 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 23 GATCGGAGGCGACGACGGTGATGACGATGGACAGAGAAAAGGAGAGAGAACTTGAGCTCG 82
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GATCGGAGACGACGACGGTGATGACGATGGACAGAGAGAAGGAGAGAGAACTTGAGCTCG 60
Query 83 AGAGTGCAATGTACACAAACTGTTTGCTTTTAGGTTTGGATCCGAATGTGATCGGACTCG 142
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 61 AGAGTGCAATGTACACAAACTGTTTGCTTTTAGGTTTGGATCCGAACGTGATCGGACTCG 120
Query 143 GAGCCTCCAATGGCACGCCTCGGGTCGGGTTATTTCGCCATTCGAATCCAAAGCTCGGTG 202
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 121 GAGCCTCCAATGGCACGCCTCGGGTCGGGTTATTTCGCCATTCCAATCCAAAGCTCGGTG 180
Query 203 AACAGCTTCTCTACTTCATCCTCTCTTCTCTTCGTGGCCCTGCTCAGTCTTCAAAGGATT 262
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AACAGCTTCTCTACTTCATCCTCTCTTCTCTTCGTGGCCCTGCTCAGTCTTCAAAGGATT 240
Query 263 TTGATAAGGTTTGGCCAATTTTCGATTCGGCTCAATCTCGCGATTTTCGTAAGGTTGTTC 322
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TTGATAAGGTTTGGCCAATTTTCGATTCGGCTCAATCTCGCGATTTTCGTAAGGTTGTTC 300
Query 323 AAGCGATTATAAGCGAGCTTGAATCACAAGGGGCATTACCAAGGAGTAATTCGAGGGTTT 382
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 AAGCGATTATAAGCGAGCTTGAATCACAAGGGGCGTTACCAAGGAGTAATTCGAGGGTTT 360
Query 383 CATCACTAGCCACTTGCTGTGGACCAAGATTTGTGGAGCTCTTGTGGCAACTTTCACTGC 442
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||
Sbjct 361 CATCACTAGCCACTTGCTGTGGTCCAAGATTTGTGGAGCTCTTATGGCAACTTTCATTGC 420
Query 443 ATGCGTTAAGAGAAGTTCATAGGCGGACATTTCCTGCTGATGTAGCTTCCAATCCTCTAC 502
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 ATGCATTAAGAGAAGTTCATAGGCGGACATTTCCTGCTGATGTAGCTTCCAATCCTCTAC 480
Query 503 CTTCTTCTCTAACTGACGTTTCTTTCTCACATGCAGCTACTTTGCTTCCTGTAACCAAGG 562
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 CTTCTTCTCTAACTGACGTATCTTTCTCACATGCAGCTACTTTGCTTCCTGTAACCAAGG 540
Query 563 CCCGGATAGTGCTTGAGCGCCGTCGGTTTCTTAAAAATGCAGAGACTGCGGTACAAAGAC 622
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CCCGGATAGTGCTTGAGCGCCGTCGGTTTCTTAAAAATGCAGAGACTGCGGTACAAAGAC 600
Query 623 AGGCCATGTGGTCTAATTTAGCCCATGAGATGACTGCAGAGTTCCGTGGTCTCTGTGCTG 682
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 AGGCCATGTGGTCTAATTTAGCACATGAGATGACTGCAGAGTTCCGTGGTCTCTGTGCTG 660
Query 683 AAGAGGCTTACCTTCAACAGGAACTAGAGAAACTTAACGATTTGAGAAACAAAGTGAAGC 742
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 AAGAGGCTTACCTGCAACAGGAACTAGAAAAACTTAATGATTTGAGAAACAAAGTGAAGC 720
Query 743 AGGAAGGAGAAGTGTGGGATGACCTTGTGTCTAGCTCCAGTCAGAATTCTCATCTAGTTT 802
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 AGGAAGGAGAAGTCTGGGATGACCTTGTGTCTAGCTCCAGTCAGAATTCTCATCTAGTTT 780
Query 803 CAAAGGCAACTAGGTTATGGGATTCTATAATGGCTCGTAAAGGTCAGCATGAAGTTCTTG 862
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 781 CAAAGGCAACTAGGTTATGGGATTCTATAATGGCTCGTAAAGGCCAGCATGAAGTTCTTG 840
Query 863 CGTCAGGTCCCATTGAGGACTTGATAGCTCACAGGGAGCATAGATACCGGATTTCAGGAT 922
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 841 CGTCAGGTCCCATTGAGGATTTGATAGCTCACAGGGAGCATAGATACCGAATTTCAGGAT 900
Query 923 CGGCCCTACTTGCAGCGATGGATCAGAGTTCTCAAGTTCCTCGAGCAGAATTACTCTCTG 982
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 901 CGGCCCTACTTGCAGCGATGGATCAGAGTTCCCAAGTTCCTTGTGCAGAATTACTCTCTG 960
Query 983 CCCACTCAGATGATTCAGCTTCACTTGCGGATGACAAAGAACTAAGTGATGGATCGTACA 1042
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 CCCATTCAGATGATTCAGCTTCACTTGCGGATGACAAAGAACTAAGTGATGGATCGTACA 1020
Query 1043 CAAACATGCATGACCACTCTTTAGTAGATAGTTTTGAAACAGCCAGCTCACAAGCAAGTG 1102
|||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 CAAACATGCATGACCACTCTTTAGGAGACAGTTTTGAAACAGCCAGCTCACAAGCAAGTG 1080
Query 1103 ATGAAACACTTTCTCGAGTAGATGATAGAGGTGGAAAGATCAATCAGACAGTCGATGTAG 1162
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1081 ATGAAACACTTTCTCGAGTAGATGATAGAGGTGGAAAGATCAACCAGACAGTCGATGTAG 1140
Query 1163 CGGAAGTCATAAGGCGCTGGACACATGCATTACAGCGTATTCATAAACAGTCTCTTCTTC 1222
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1141 CGGAAGTCATAAGGCGCTGGACACATGCATTACAGCGTATTCATAAGCAGTCTCTTCTTC 1200
Query 1223 TGGCTAAAGCAAATGATGGGGATGGTCCAGATATTTTGCGGACTGCGAGTGATGGTGGTA 1282
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1201 TGGCTAAAGCAAATGATGGGGATGGTCCAGATATTTTGCGAACTGCGAGTGATGGTGGTA 1260
Query 1283 CAAGTGGGCATGTTGAATCATTGGCTGCAACTTTGACTGAACATCAACAACATTTAGCTA 1342
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 CAAGTGGGCATGTTGAATCATTGGCTGCAACTTTGACTGAACATCAACAACATTTAGCTA 1320
Query 1343 GCTTTCAGGTTCTTATCAACCAATTAAAGGAAGTTTCTCCAGCCATACAAAAGTCCATAT 1402
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1321 GCTTTCAGGTTCTTATCAACCAGTTAAAGGAAGTTTCTCCAGCCATACAAAAATCCATAT 1380
Query 1403 CGGAATGTACTGAGATGGTTAATAGTCTTCCCCCAACCTTGCCTCCAGTTACGAGAAGTA 1462
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 CGGAATGTACTGAGATGGTTAATAGTCTTCCCCCGACCTTGCCTCCAGTTACGAGAAGTA 1440
Query 1463 ATGGACAAGCATCTTCACTTCTACAATCTCAGGGCAGTGGGAGAATTATGGAAGGTGTAT 1522
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1441 ATGGGCAAGCATCTTCACTTCTACAATCTCAGGGCAGTGGGAGAATTATGGATGGTGTAT 1500
Query 1523 CAAATGATGTTGCTGAGCTGACCTCGACAATGTCTAATGTTCAGCTCGAGAAAGTCTCAG 1582
| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1501 CCAATGATGTTGCTGAGTTGACCTCAACAATGTCTAATGTTCAGCTCGAGAAGGTCTCAG 1560
Query 1583 CTAGTCCTACATTAAAGCTTCCACAGTTATTTAGTTCCACTCCTACTTCTTCTGGTAAAG 1642
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 CTAGTCCTACATTAAAGCTTCCACAGTTATTTAGCTCCACTCCTACTTCTTCTGGTAAAG 1620
Query 1643 GAGGAAATGGACAAAAGCGACAGACAATGGCTTCCCAGGTCAATAAAATGGAAAGCTTGT 1702
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 GAGGAAATGGACAAAAGCGACAGACAATGGCTTCTCAGGTCAATAAAATGGAAAGCTTGT 1680
Query 1703 CTGAGAAGAACTCTACAGACCAAGCACTATCAAATGCTCGACCAGACAACTTACCGACTG 1762
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 CAGAGAAGAACTCTACAGACCAAGCACTATCAAATGCTCGACCAGACAACTTACCGACTG 1740
Query 1763 ATACAAGCAGTTCTTTTGTCCATAACCTGAAGAAATCTGTGAGGGAAGCGGCTTTATTGA 1822
|||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 ATACAAGCAGTTCTTTTGTCCAGAACCTAAAGAAATCTGTGAGGGAAGCGGCTTTATTGA 1800
Query 1823 TTCCTTCTTCAGCAGGCTCATCACGGGATAGTCAATCCGATGAGGGCTCCGAGCATTATT 1882
|||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 TTCCTTCTTCAGCAGGATCATCACGGGACAGTCAATCCGATGAGGGCTCCGAGCATTATT 1860
Query 1883 TTGTACCTCTTTCAGCAACTGGCTTTTCCCGTTTTCCATCAGAAACCAAAGCCCTGCCTC 1942
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 TTGTACCTCTTTCAGCAACTGGCTTTTCCCGTTTTCCATCAGAAACCAAAGCCCTGCCTC 1920
Query 1943 TCAGAGGGTCGAGAGCACTTACCTCTCTGAGCGAGCCTTCGTTTCTTGAACCCAATGTTC 2002
||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 TCAGAGGGTCGAGGGCACTTACCTCTATGAGCGAGCCTTCGTTTCTTGAACCCAATGTTC 1980
Query 2003 CCGATAGCTTTGCACCAAGCAAGTACAGCGATATACCTGACACGTATGATGATCTTGATT 2062
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 1981 CTGATAGCTTTGCGCCAAGCAAGTACAGCGATATACCTGACACGTTTGATGATCTAGATT 2040
Query 2063 CATTCAAAGATTACGATAATGGGAACGGGTTTCTGTCGGTTGCTGGATCAAACAGTGTAG 2122
||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2041 CATTCAAAGATTATGATAACGGAAATGGGTTTCTGTCGGTTGCTGGATCAAACAGTGTAG 2100
Query 2123 CTTCTGATGCACAACAATCATTTTACGATATTGATGATCAAGTATTTTCCCCACCTTTAC 2182
||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2101 CTTCTGATGCACAACAATCGTTTTACGATGTTGATGATCAAGTATTTTCCCCACCTTTAC 2160
Query 2183 TAATGGACTCATCCCTATTATCAGATGCCTATGAAGACTTGTTAGCTCCTCTTTCAGAAA 2242
|||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 2161 TAATGGACTCGTCCTTATTATCAGATGCCTATGAAGACTTGTTAGCTCCTCTGTCTGAAA 2220
Query 2243 CCGAAGCCGCTTTAATGGAGCATTAGGAAGAA 2274
||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 CCGAAGCCGCTTTAATGGAGCATTAGGAAGAA 2252
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 97396756465
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5