BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G41370.1
Length=2733
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg891524 jgi|Araly1|891524|Al_scaffold_0007_3510 3731 0.0
Ahg947584 jgi|Araly1|947584|scaffold_703813.1 3591 0.0
> Ahg891524 jgi|Araly1|891524|Al_scaffold_0007_3510
Length=2340
Score = 3731 bits (2020), Expect = 0.0
Identities = 2225/2321 (96%), Gaps = 26/2321 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 227 CGGTGAAAGAGGAAGACCTAACAAGAAGATGAAGTATGGTGGCAAGGATGATCAAAAGAT 286
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 21 CGGTGAAAGAGGAAGACCCAACAAGAAGATCAAGTATGGTGGCAAGGATGATCAAAAGAT 80
Query 287 GAAGAACATCCAAAACGCTGAAGATTACTAT------GATGAT---G-----C-TGA--- 328
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | | |||
Sbjct 81 GAAGAACATCCAAAACGCTGAAGATTACTATGACGAAGATGATGAAGATTCTCGTGATGG 140
Query 329 TGAA--GA--CTCTCG-TG-ATGGTGAAGGAGAGGAGAAGAAGAGAGATTTTACTAAATT 382
|||| | |||||| || ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |
Sbjct 141 TGAACTTACTCTCTCGCTGTATGGTGAAGGAGAAGAGAAGAAGAGGGATTTTACTAAACT 200
Query 383 GGAGTTGAAGCCAGATCATG-GAAACAGGCCTTTGTGGGCTTGTGCTGATGGAAGGATTT 441
|||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 201 GGAGTTGAAGCCAGATCATGTG-AACAGGCCTTTGTGGGCTTGTGCTGATGGAAGGATTT 259
Query 442 TCTTGGAGACATTTTCTCCTCTCTATAAACAAGCTTATGACTTTCTTATCGCCATTGCTG 501
|||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 260 TCTTGGAGACTTTTTCTCCTCTTTATAAACAAGCTTATGATTTTCTTATCGCCATTGCTG 319
Query 502 AACCCGTTTGCAGGCCTGAGTCAATGCACGAGTATAATTTAACCCCACACTCGTTGTATG 561
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 320 AACCTGTTTGCAGGCCTGAGTCAATGCACGAGTATAATTTAACCCCACACTCGTTGTATG 379
Query 562 CTGCTGTTTCCGTTGGTCTTGAGACAGAAACTATCATTTCTGTTTTGAATAAACTGTCTA 621
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 380 CTGCTGTTTCCGTTGGTCTTGAGACAGAAACTATCATTTCTGTTTTGAATAAACTGTCTA 439
Query 622 AGACTAAGCTACCCAAGGAGATGATTGAGTTCATCCATGCTTCTACTGCTAATTATGGGA 681
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 440 AGACTAAGCTACCCAAGGAGATGATTGAGTTCATCCATGCTTCTACTGCTAATTATGGGA 499
Query 682 AAGTAAAGCTGGTTTTGAAGAAGAATCGGTATTTTATTGAGTCCCCATTCCCAGAGGTTT 741
|||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 500 AAGTGAAGCTCGTTTTGAAGAAGAATCGGTATTTTATTGAATCCCCATTCCCAGAGGTAT 559
Query 742 TGAAAAGGCTTCTCAGCGACGATGTTATAAACCGAGCTAGATTTTCTTCTGAGCCATATT 801
|||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 560 TGAAAAGGCTTCTCAGTGACGATGTTATTAACCGAGCTAGATTTTCTTCTGAGCCATATT 619
Query 802 ATGGCGGTGATGGATTCTCGGTCGGCAGAACATGCGGTGAACTTGAAGCAGGACCCGGGG 861
||||||||||||||||| || |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 620 ATGGCGGTGATGGATTCACGATCGGCAAAACAAGCGGTGAACTTGAAGCAGGACCCGGGG 679
Query 862 AGCTATTGAATGAAGCGGAATTTGCAGCAGCAGCAGAAGAGAAAGAAACTCACTCATTTG 921
|||| ||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 680 AGCTGTTGAATGGAGCAGAATTGGCAGCAGCAGCAGAAGAGAAAGAAACTCACTCATTTG 739
Query 922 AGATTGACCCTGCACAGGTGGAGAATGTGAAGCAGCGTTGCTTACCAAATGCCTTGAATT 981
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 740 AGATAGACCCTGCACAGGTGGAGAATGTGAAGCAGCGTTGCTTACCAAATGCCTTGAATT 799
Query 982 ACCCTATGTTAGAGGAATATGACTTCAGGAACGACAATGTTAATCCCGATCTTGACATGG 1041
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 800 ACCCTATGTTAGAGGAATATGACTTCAGGAACGACAATGTTAATCCCGATCTTGACATGG 859
Query 1042 AACTGAAGCCCCATGCACAACCGAGGCCATACCAGGAAAAAAGTTTGAGCAAAATGTTTG 1101
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 860 AACTGAAGCCCCATGCACAACCGAGGCCATACCAGGAAAAAAGTTTGAGCAAAATGTTTG 919
Query 1102 GGAACGGGCGAGCAAGATCTGGGATTATAGTGTTGCCTTGTGGTGCTGGTAAATCTCTAG 1161
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 920 GGAACGGACGAGCAAGATCTGGGATTATAGTGTTGCCTTGTGGTGCTGGTAAATCTCTAG 979
Query 1162 TTGGTGTTTCTGCAGCTGCTCGTATAAAGAAGAGTTGTCTTTGTTTGGCGACGAATGCTG 1221
|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 980 TTGGTGTTTCGGCAGCGGCTCGTATAAAGAAGAGTTGTCTTTGTTTGGCGACGAATGCTG 1039
Query 1222 TCTCAGTGGATCAGTGGGCCTTCCAGTTCAAGTTGTGGTCTACTATAAGAGATGACCAAA 1281
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1040 TCTCGGTGGATCAGTGGGCCTTCCAGTTCAAGTTGTGGTCTACTATAAGAGATGACCAAA 1099
Query 1282 TATGTCGTTTCACTTCTGATAGTAAAGAACGATTCCGTGGAAATGCTGGTGTTGTTGTGA 1341
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1100 TATGCCGTTTCACTTCTGATAGCAAAGAACGATTCCGTGGAAATGCTGGTGTTGTTGTGA 1159
Query 1342 CAACCTATAATATGGTTGCCTTTGGTGGTAAACGGTCTGAGGAATCAGAGAAGATTATAG 1401
||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1160 CAACCTATAATATGGTTGCCTTTAGTGGTAAACGATCTGAGGAATCAGAGAAGATTATAG 1219
Query 1402 AAGAAATGAGAAACAGAGAGTGGGGGTTACTGCTCATGGATGAGGTGCATGTGGTTCCAG 1461
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |
Sbjct 1220 AAGAAATGAGAAACAGAGAGTGGGGGTTGCTGCTCATGGACGAGGTGCATGTGGTCCCGG 1279
Query 1462 CCCATATGTTTAGGAAAGTTATCAGTATCACAAAATCTCACTGCAAGCTAGGACTTACAG 1521
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1280 CCCATATGTTTAGGAAAGTTATCAGTATCACAAAATCTCACTGCAAGCTAGGACTGACAG 1339
Query 1522 CCACCCTTGTGAGAGAAGACGAAAGGATTACAGATTTGAACTTCCTCATTGGCCCGAAAC 1581
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1340 CCACCCTTGTGAGAGAAGACGAAAGGATTACAGATTTGAACTTCCTCATTGGCCCGAAAC 1399
Query 1582 TCTATGAAGCCAATTGGCTAGATTTAGTTAAAGGAGGCTTTATTGCAAATGTTCAGTGTG 1641
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1400 TATATGAAGCCAATTGGCTAGATTTAGTTAAAGGAGGCTTTATTGCAAATGTTCAGTGTG 1459
Query 1642 CTGAAGTATGGTGTCCCATGACCAAAGAGTTTTTTGCAGAATATCTAAAGAAAGAGAACT 1701
|||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1460 CTGAAGTATGGTGTCCTATGACTAAAGAGTTTTTTGCAGAATATCTGAAGAAAGAAAACT 1519
Query 1702 CCAAGAAAAAGCAGGCACTTTATGTCATGAACCCTAACAAGTTCAGAGCCTGTGAGTTTC 1761
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1520 CCAAGAAAAAACAGGCACTTTATGTCATGAACCCTAACAAGTTCAGAGCCTGTGAGTTTC 1579
Query 1762 TGATTCGTTTCCATGAACAACAACGTGGGGATAAAATCATTGTCTTTGCAGACAATCTTT 1821
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1580 TGATTCGTTTCCATGAACAACAACGTGGGGATAAAATCATTGTCTTTGCAGACAATCTTT 1639
Query 1822 TTGCGCTTACAGAGTATGCGATGAAACTCCGGAAACCAATGATTTATGGTGCAACCAGTC 1881
|||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 1640 TTGCACTTACAGAGTATGCAATGAAACTCCGGAAACCGATGATTTATGGTGCAACCAGCC 1699
Query 1882 ATATCGAAAGGACAAAAATTCTCGAGGCGTTTAAAACCAGTAAAGACGTGAACACTGTCT 1941
|||||||| | || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1700 ATATCGAACGAACCAAAATTCTCGAGGCATTTAAAACCAGTAAAGACGTGAACACTGTCT 1759
Query 1942 TCCTGTCAAAGGTTGGTGATAACTCCATAGATATCCCTGAAGCTAATGTGATTATCCAGA 2001
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1760 TCCTGTCAAAGGTTGGTGATAACTCTATAGATATCCCTGAAGCGAATGTGATTATCCAGA 1819
Query 2002 TTTCGTCACATGCTGGTTCTAGACGTCAAGAGGCTCAGCGTTTGGGTCGTATTCTTAGGG 2061
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1820 TTTCGTCACATGCTGGTTCTAGACGTCAAGAGGCTCAGCGTTTGGGTCGTATTCTTAGGG 1879
Query 2062 CTAAGGGTAAACTCGAAGATAGAATGGCCGGTGGAAAAGAAGAGTACAATGCATTCTTCT 2121
||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1880 CTAAGGGTAAACTTGAAGACAGAATGGCCGGTGGAAAAGAAGAGTACAATGCATTCTTCT 1939
Query 2122 ACTCACTTGTTTCGACAGATACACAGGAAATGTATTATTCGACGAAAAGACAACAGTTCT 2181
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1940 ACTCACTTGTTTCGACAGATACACAGGAAATGTATTATTCAACGAAAAGACAACAGTTCC 1999
Query 2182 TGATAGACCAAGGTTACAGCTTTAAGGTTATAACAAGCCTCCCACCTCCGGACGCGGGTT 2241
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2000 TGATTGACCAAGGTTACAGCTTTAAGGTTATAACAAGCCTCCCACCTCCGGACGCGGGTT 2059
Query 2242 CAAGCTTGAGCTACCATAGTCAAGAAGAACAGTTGTCTCTTCTTGGAAAGGTGATGAATG 2301
|||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||||| ||||||
Sbjct 2060 CAAGCTTGAGCTACCACAGTCAAGAAGAACAATTATCTCTTCTCGGAAAGGTGTTGAATG 2119
Query 2302 CTGGAGACGATCTGGTCGGTTTAGAGCAACTCGAAGAAGACACAGACGGAATGGCTCTAC 2361
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2120 CTGGAGACGATTTGGTCGGTTTAGAGCAACTCGAAGAAGACACAGACGGAATGGCTTTAC 2179
Query 2362 AAAAGGCGAGACGAAGCATGGGATCGATGAGCGTAATGTCCGGTTCAAAAGGAATGGTCT 2421
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 2180 AAAAGGCGAGACGAAGCATGGGATCGATGAGCTTAATGTCTGGTGCAAAAGGAATGGTCT 2239
Query 2422 ACATGGAATACAACTCAGGCCGTCACAAATCCGGTCAGCAATTCAAGAAACCTAAAGACC 2481
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2240 ACATGGAATACAACTCAGGCCGTCACAAATCCGGTCAACAATTCAAGAAACCTAAAGACC 2299
Query 2482 CAACCAAACGACACAATCTCTTCAAAAAACGTTACGTGTGA 2522
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2300 CAACCAAACGACACAATCTCTTCAAAAAACGTTACGTGTGA 2340
> Ahg947584 jgi|Araly1|947584|scaffold_703813.1
Length=2347
Score = 3591 bits (1944), Expect = 0.0
Identities = 2218/2352 (94%), Gaps = 11/2352 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 202 aaaaaaaGAAGATCAATATGGGAAACGGTGAAAGAGGAAGACCTAAC-AAGAAGATGAAG 260
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||
Sbjct 4 AAAAAAAGAAGATCAATATGGGAAACGGTGAAAGAGGACGACC-GACGAAGAAGATGAAG 62
Query 261 TATGGTGGCAAGGATGATCAAAAGATGAAGAACATCCAAAACGCTGAAGATTACTATGAT 320
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 63 TACGGTGGGAAGGATGATCAAAAGATGAAGAACATCCAAAACGCTGAAGATTACTATGAT 122
Query 321 GATGCTGATGAAGACTCTCGTGATGGTGAAGGAGAGGAGAAGAAGAGAGATTTTACTAAA 380
||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 123 GATGCTGATGAGGATTCTCGTGATGGTGCAGGAGAGGAGAAGAAGAGAGATTTTACTGAA 182
Query 381 TTGGAGTTGAAGCCAGATCATGGAAACAGGCCTTTGTGGGCTTGTGCTGATGGAAGGATT 440
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 183 TTGGAGTTGAAGCCAGATCATGGCAATAGGCCTTTGTGGGCTTGTGCTGATGGAAGGATT 242
Query 441 TTCTTGGAGACATTTTCTCCTCTCTATAAACAAGCTTATGACTTTCTTATCGCCATTGCT 500
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 243 TTCTTGGAGACGTTTTCTCCTCTCTATAAACAAGCTTATGATTTTCTTATCGCCATTGCT 302
Query 501 GAACCCGTTTGCAGGCCTGAGTCAATGCACGAGTATAATTTAACCCCACACTCGTTGTAT 560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 303 GAACCCGTTTGCAGGCCTGAGTCAATGCACGAGTATAGTTTAACCCCACACTCGTTGTAT 362
Query 561 GCTGCTGTTTCCGTTGGTCTTGAGACAGAAACTATCATTTCTGTTTTGAATAAACTGTCT 620
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 363 GCTGCTGTTTCCGTTGGTCTTGAGACAGAAACTATCATCTCTGTTTTGAATAAGCTGTCT 422
Query 621 AAGACTAAGCTACCCAAGGAGATGATTGAGTTCATCCATGCTTCTACTGCTAATTATGGG 680
||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 423 AAGACTAAGCTACCCAATGAGATCATTGATTTTATCCATGCTTCTACTGCTAATTATGGG 482
Query 681 AAAGTAAAGCTGGTTTTGAAGAAGAATCGGTATTTTATTGAGTCCCCATTCCCAGAGGTT 740
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||
Sbjct 483 AAAGTGAAGCTGGTATTGAAGAAGAATCGGTATTTTATTGAATCCCCATTCACGGAGGTA 542
Query 741 TTGAAAAGGCTTCTCAGCGACGATGTTATAAACCGAGCTAGATTTTCTTCTGAGCCATAT 800
||||||||||||||||| || ||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 543 TTGAAAAGGCTTCTCAGTGATGATACTATAAATCGAGCTAGACTTTCTTCTGAGCCATAT 602
Query 801 TATGGCGGTGATGGATTCT-CGGTCGGCAGAACATGCGGTGAACTTGAAGCAGGACCCGG 859
||||| ||||||||||| | || |||||| |||| | |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 603 TATGGTGGTGATGGATT-TACGATCGGCAAAACAAGTGGTGAACTTGAAGCAGGACCTGG 661
Query 860 GGAGCTATTGAATGAAGCGGAATTTGCAGCAGCAGCAGAAGAGAAAGAAACTCACTCATT 919
|||||| ||||||||||| ||||| |||||||| | ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 662 GGAGCTGTTGAATGAAGCAGAATTGGCAGCAGCTTCGGAAGAGAAAGAAACTCATTCATT 721
Query 920 TGAGATTGACCCTGCACAGGTGGAGAATGTGAAGCAGCGTTGCTTACCAAATGCCTTGAA 979
|||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 722 TGAGGTAGACCCTGCACAGGTGGAGAATGTGAAGCAGCGTTGCTTACCAAATGCCTTGAA 781
Query 980 TTACCCTATGTTAGAGGAATATGACTTCAGGAACGACAATGTTAATCCCGATCTTGACAT 1039
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 782 TTACCCTATGTTAGAGGAATATGACTTCAGGAACGACAATGTTAATCCTGATCTTGACAT 841
Query 1040 GGAACTGAAGCCCCATGCACAACCGAGGCCATACCAGGAAAAAAGTTTGAGCAAAATGTT 1099
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 842 GGAACTGAAGCCCCATGCACAACCAAGGCCATACCAGGAAAAAAGTTTGAGCAAAATGTT 901
Query 1100 TGGGAACGGGCGAGCAAGATCTGGGATTATAGTGTTGCCTTGTGGTGCTGGTAAATCTCT 1159
||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 902 TGGAAACGGACGAGCAAGATCTGGGATTATAGTGTTGCCTTGTGGTGCTGGTAAATCTCT 961
Query 1160 AGTTGGTGTTTCTGCAGCTGCTCGTATAAAGAAGAGTTGTCTTTGTTTGGCGACGAATGC 1219
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 962 AGTTGGTGTTTCTGCAGCGGCTCGTATAAAGAAGAGTTGTCTTTGTTTGGCAACGAATGC 1021
Query 1220 TGTCTCAGTGGATCAGTGGGCCTTCCAGTTCAAGTTGTGGTCTACTATAAGAGATGACCA 1279
|||||| |||||||| ||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1022 TGTCTCGGTGGATCAATGGGCCTACCAATTTAAGTTGTGGTCTACTATAAGAGATGACCA 1081
Query 1280 AATATGTCGTTTCACTTCTGATAGTAAAGAACGATTCCGTGGAAATGCTGGTGTTGTTGT 1339
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1082 AATATGCCGTTTCACTTCTGATAGTAAAGAACGATTCCGTGGAAATGCTGGTGTTGTTGT 1141
Query 1340 GACAACCTATAATATGGTTGCCTTTGGTGGTAAACGGTCTGAGGAATCAGAGAAGATTAT 1399
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 1142 GACAACCTATAATATGATTGCCTTTGGTGGTAAACGATCTGAAGAAGCAGAGAAGATTAT 1201
Query 1400 AGAAGAAATGAGAAACAGAGAGTGGGGGTTACTGCTCATGGATGAGGTGCATGTGGTTCC 1459
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1202 AGAAGAAATGAGAAACAGAGAGTGGGGGTTACTGCTTATGGACGAGGTGCATGTGGTTCC 1261
Query 1460 AGCCCATATGTTTAGGAAAGTTATCAGTATCACAAAATCTCACTGCAAGCTAGGACTTAC 1519
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1262 AGCTCATATGTTTAGGAAAGTTATCAGTATCACAAAATCTCACTGCAAGCTGGGACTTAC 1321
Query 1520 AGCCACCCTTGTGAGAGAAGACGAAAGGATTACAGATTTGAACTTCCTCATTGGCCCGAA 1579
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1322 AGCCACCCTTGTGAGAGAAGACGAAAAGATTACAGATTTGAACTTCCTCATTGGCCCGAA 1381
Query 1580 ACTCTATGAAGCCAATTGGCTAGATTTAGTTAAAGGAGGCTTTATTGCAAATGTTCAGTG 1639
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1382 ACTATATGAAGCCAATTGGCTAGATTTAGTTAAAGGAGGCTTTATTGCAAATGTTCAATG 1441
Query 1640 TGCTGAAGTATGGTGTCCCATGACCAAAGAGTTTTTTGCAGAATATCTAAAGAAAGAGAA 1699
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1442 TGCTGAAGTATGGTGTCCTATGACCAAAGAGTTTTTTGCAGAATATCTGAAGAAAGAGAA 1501
Query 1700 CTCCAAGAAAAAGCAGGCACTTTATGTCATGAACCCTAACAAGTTCAGAGCCTGTGAGTT 1759
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1502 CTCCAAGAAAAAACAGGCGCTTTATGTCATGAACCCTAACAAGTTCAGAGCCTGTGAATT 1561
Query 1760 TCTGATTCGTTTCCATGAACAACAACGTGGGGATAAAATCATTGTCTTTGCAGACAATCT 1819
| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1562 TTTGATACGTTTCCATGAACAACAACGTGGGGATAAAATCATCGTCTTTGCAGACAATCT 1621
Query 1820 TTTTGCGCTTACAGAGTATGCGATGAAACTCCGGAAACCAATGATTTATGGTGCAACCAG 1879
|||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1622 TTTTGCACTTACAGAGTATGCAATGAAACTCCGGAAACCGATGATTTATGGTGCAACCAG 1681
Query 1880 TCATATCGAAAGGACAAAAATTCTCGAGGCGTTTAAAACCAGTAAAGACGTGAACACTGT 1939
||||||||| | || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1682 CCATATCGAACGAACCAAAATTCTCGAGGCATTTAAAACCAGTAAAGACGTGAACACTGT 1741
Query 1940 CTTCCTGTCAAAGGTTGGTGATAACTCCATAGATATCCCTGAAGCTAATGTGATTATCCA 1999
|||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1742 CTTCTTGTCAAAGGTTGGTGATAACTCTATAGATATCCCTGAAGCGAATGTGATTATCCA 1801
Query 2000 GATTTCGTCACATGCTGGTTCTAGACGTCAAGAGGCTCAGCGTTTGGGTCGTATTCTTAG 2059
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1802 GATTTCGTCACATGCTGGTTCTAGACGTCAAGAGGCTCAACGTTTGGGTCGTATCCTTAG 1861
Query 2060 GGCTAAGGGTAAACTCGAAGATAGAATGGCCGGTGGAAAAGAAGAGTACAATGCATTCTT 2119
||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1862 GGCTAAGGGTAAACTTGAAGACAGAATGGCCGGTGGAAAAGAAGAGTACAATGCATTCTT 1921
Query 2120 CTACTCACTTGTTTCGACAGATACACAGGAAATGTATTATTCGACGAAAAGACAACAGTT 2179
||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1922 CTACTCACTTGTTTCTACTGATACACAGGAAATGTATTATTCAACGAAAAGACAGCAGTT 1981
Query 2180 CTTGATAGACCAAGGTTACAGCTTTAAGGTTATAACAAGCCTCCCACCTCCGGACGCGGG 2239
||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1982 TTTGATCGACCAAGGTTATAGCTTCAAGGTAATAACAAGCCTCCCACCTCCGGACGCGGG 2041
Query 2240 TTCAAGCTTGAGCTACCATAGTCAAGAAGAACAGTTGTCTCTTCTTGGAAAGGTGATGAA 2299
|||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 2042 TTCAAGCTTGGGCTACCACAGTCAAGAAGAACAGTTGTCTCTTCTCGGAAAGGTGTTGAA 2101
Query 2300 TGCTGGAGACGATCTGGTCGGTTTAGAGCAACTCGAAGAAGACACAGACGGAATGGCTCT 2359
||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2102 TGCTGGAGACGATTTGGTTGGTTTAGAGCAACTCGAAGAAGACACAGACGGAATGGCTCT 2161
Query 2360 ACAAAAGGCGAGACGAAGCATGGGATCGATGAGCGTAATGTCCGGTTCAAAAGGAATGGT 2419
|||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||| |||| |||
Sbjct 2162 ACAAAAGGCGCGACGAAGCATGGGATCGATGAGTGCAATGTCCGGTGCAAAGGGAAGGGT 2221
Query 2420 CTACATGGAATACAACTCAGGCCGTCACAAATCCGGTCAGCAATTCAAGAAACCTAAAGA 2479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||
Sbjct 2222 CTACATGGAATACAACTCAGGCCGTCACAAATCCGGTCAACAGGTAAAGAAACCTAAAGA 2281
Query 2480 CCCAACCAAACGACAC-AATCTCTTCAAAAAACGTTACGTGTGAGAGAAACAAAGAGAAG 2538
||||||| |||||||| || | |||| ||||||||| | |||||| ||| ||||||
Sbjct 2282 CCCAACCCAACGACACCAAA-TGTTCAGAAAACGTTATGGGTGAGA----CAA-GAGAAG 2335
Query 2539 CTTTCAAGAGTT 2550
||||||||||||
Sbjct 2336 CTTTCAAGAGTT 2347
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 103110293215
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5