BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G41410.1
Length=2454
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg493837 jgi|Araly1|493837|fgenesh2_kg.7__3270__AT5G41410.1 3895 0.0
> Ahg493837 jgi|Araly1|493837|fgenesh2_kg.7__3270__AT5G41410.1
Length=2443
Score = 3895 bits (2109), Expect = 0.0
Identities = 2353/2465 (95%), Gaps = 39/2465 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AAGCCACACAAtctc-ttt--tct-tctctctctctctgttatatctcttctgtttaatt 56
||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AAGCCACACAATCTCTTTTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTTATATCTCTTCTGTTTAATT 60
Query 57 cttttattcttcttcgtcta---tcttctcctataatctc--ttctctctccctcttcAC 111
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 61 CTTTTATTCTTCTTCGTCTATCTTCTTCTCCTATAATCTCTTTTCTCTCTCCCTCTTCAC 120
Query 112 CTAAAGAATAAGAAGAAAAATAATT--CACATCTTTATGCAAACTACTTTCTTGTAGGGT 169
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CTAAAGAATAAGAAGAAAAATAATTCACACATCTTTATGCAAACTACTTTCTTGTAGGGT 180
Query 170 TTTAGGAGCTATCTCTATTGTCTTGGTTCTGATACAAAGTTTTGTAATTTTC-ATGGTAT 228
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |
Sbjct 181 TTTAGGAGCTATCTCTATTGACTTGGTTCTGATACAAAGTTTTGTAGTTTTCTTTGG-CT 239
Query 229 GAGAAGATTTGCCTTTCTATTTTGTTTATTGGTTCTTTTTAACTTTTTCTTGGAGATGGG 288
| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 240 AAAAAGATTTGCCTTTCTATTTTGTTTATTGATTCTTTTTAACTTTATCTTGGAGATGGG 299
Query 289 TTCTTGTAGATCTTAATGAAACTTCTGTTTTTGTCCCAAAAAGAGttttcttttttcttc 348
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 TTCTTGTAGATCTTAATGAAACTCCTGTTTTTGTCCCAAAAAGAGTTTTCTTTTTTCTTC 359
Query 349 tcttctttttgggttttcAATTCTTGAGAGACATGGCAAGAGATCAGTTCTATGGTCACA 408
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 TCTTCTTTTTGGGTTTTCAATTCTTAAGAGACATGGCAAGAGATCAGTTCTATGGTCACA 419
Query 409 ATAACCATCATCATCAAGAGCAACAACATCAAATGATTAATCAGATCCAAGGGTTTGATG 468
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 ATAACCATCATCATCAAGAGCAACAACATCAAATGATTAATCAGATCCAAGGGTTTGATG 479
Query 469 AGACAAACCAAAACCCAACCG---ATCATCATCATTACAATCATCAGATCTTTGGCTCAA 525
||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 AGACAAACCAAAACCCAACCGGTCATCATCATCATTATAATCATCAGATCTTTGGCTCAA 539
Query 526 ACTCCAACATGGGTATGATGATAGACTTCTCTAAGCAACAACAGATTAGGATGACAAGTG 585
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 ACTCCAACATGGGTATGATGATAGACTTCTCCAAGCAACAACAGATTAGGATGACAAGTG 599
Query 586 GTTCGGatcatcatcatcatcatcatcaGACAAGTGGTGGTACTGATCAGAATCAGCTTC 645
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 GTCCGGATCATCATCATCATCATCATCAGACAAGTGGTGGTACTGATCAGAATCAGCTTC 659
Query 646 TGGAAGATTCTTCATCTGCCATGAGACTATGCAATGTTAATAATGATTTCCCAAGTGAAG 705
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 TGGAAGATTCTTCATCTACCATGAGACTATGCAATGTTAATAATGATTTCCCAAGTGAAG 719
Query 706 TAAATGATGAGAGACCACCACAAAGACCAAGCCAAGGTCTTTCCCTTTCTCTCTCCTCTT 765
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 720 TAAATGATGAGAGACCACCACAAAGACCAAGCCAAGGTCTTTCCCTTTCTCTCTCATCTT 779
Query 766 CAAATCCTACAAGCATCAGTCTCCAATCTTTCGAACTCAGACCCcaacaacaacaacaac 825
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 780 CAAATCCTACAAGCATCAGTCTCCAATCTTTCGAACTCAGACCCCAACAACAAC--CT-C 836
Query 826 aaGGGTATTCCGGTAATAAATCAACACAACATCAGAATCTCCAACACACGCAgatgatga 885
|||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 837 AAGGGTATTCCGGTAA-A--TCAACACATCATCAGAATCTCCAACACACCCAGATGATGA 893
Query 886 tgatgatgatgaATAGTCACCACCAAAACAACAACAATAACAATCATCAGCATCATAATC 945
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || | |||| |
Sbjct 894 TGATGATGATGAATAGTCACCACCAAAACAACAACAA---CAA-CA--A---TCAT---C 941
Query 946 ATCATCAGTTTCAGATTGGGAGTTCCAAGTATTTGAGTCCAGCTCAAGAGCTACTGAGTG 1005
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 942 ATCATCAGTTTCAGATTGGGAGTTCCAAGTATTTGAGTCCAGCTCAAGAGCTACTAAGTG 1001
Query 1006 AGTTTTGCAGTCTTGGAGTAAAGGAAAGCGATGAAGAAGTGATGATGATGAAGCATAAGA 1065
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1002 AGTTTTGCAGTCTTGGAGTAAAGGAAAGTGATGAAGAAGTGATGATGATGAAGAATAAGA 1061
Query 1066 AGAAGCAAAAGGGTAAACAACAAGAAGAGTGGGACACAAGTCACCACAGCAACAATGATC 1125
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||
Sbjct 1062 GGAAGCAAAAGGGTAAACAACAAGAAGAGTGGGACACAAGTCATCACAACAACAATGATC 1121
Query 1126 AACATGACCAATCTGCGACTACTTCTTCAAAGAAACATGTTCCACCACTTCACTCTCTTG 1185
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 1122 AACATGACCAATCTGCAACTACTTCTTCAAAGAAACATGTTCCTCCACTACACTCTCTTG 1181
Query 1186 AGTTCATGGAACTTCAGAAAAGAAAAGCCAAGTTGCTCTCCATGCTCGAAGAGCTTAAAA 1245
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1182 AGTTTATGGAACTTCAGAAAAGAAAAGCCAAGTTGCTCTCCATGCTCGAAGAGCTTAAAA 1241
Query 1246 GAAGATATGGACATTACCGAGAGCAAATGAGAGTTGCGGCGGCAGCCTTTGAAGCGGCGG 1305
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1242 GAAGATATGGACATTACCGAGAGCAAATGAGAGTTGCGGCGGCAGGGTTTGAAGCCGCGG 1301
Query 1306 TTGGACTAGGAGGGGCAGAGATATACACTGCGTTAGCGTCAAGGGCAATGTCAAGACACT 1365
||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1302 TTGGAGTAGGAGCGGCAGAGATATACACTGCGTTAGCGTCAAGGGCAATGTCAAGACATT 1361
Query 1366 TTCGGTGTTTAAAAGACGGACTTGTGGGACAGATTCAAGCAACAAGTCAAGCTTTGGGAG 1425
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1362 TTCGGTGTTTAAAAGACGGACTTGTGGGACAGATTCAAGCAACAAGTCAAGCTTTGGGAG 1421
Query 1426 AGAGAGAAGAGGATAATCGTGCGGTTTCTATTGCAGCACGTGGAGAAACTCCACGGTTGA 1485
| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1422 AAAGAGAAGAGGATAATCGTGCGGTTTCGATTGCTGCACGCGGAGAAACTCCACGGTTGA 1481
Query 1486 GATTGCTCGATCAAGCTTTGCGGCAACAGAAATCGTATCGCCAAATGACTCTTGTTGACG 1545
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||
Sbjct 1482 GATTGCTCGATCAAGCTTTGCGGCAACAGAAATCTTATCGTCAAATGACTCTAGTCGACG 1541
Query 1546 CTCATCCTTGGCGTCCACAACGCGGCTTGCCTGAACGCGCAGTCACAACGTTGAGAGCTT 1605
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 1542 CTCATCCTTGGCGTCCACAACGCGGTTTGCCTGAACGTGCGGTCACAACGTTGAGAGCTT 1601
Query 1606 GGCTCTTTGAACACTTTCTTCACCCATATCCGAGCGATGTTGATAAGCATATATTGGCCC 1665
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1602 GGCTCTTTGAACACTTTCTTCACCCATATCCAAGCGATGTTGATAAGCATATATTGGCCC 1661
Query 1666 GACAAACTGGTTTATCAAGAAGTCAGGTATCAAATTGGTTTATTAATGCAAGAGTTAGGC 1725
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1662 GACAAACTGGTTTATCAAGAAGTCAGGTGTCAAATTGGTTCATTAATGCAAGAGTTAGGC 1721
Query 1726 TATGGAAACCAATGATTGAAGAAATGTACTGTGAAGAAACAAGAAGTGAACAAATGGAGA 1785
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1722 TATGGAAACCAATGATTGAAGAAATGTACTGTGAAGAAACAAGAGGTGAACAAATGGAGA 1781
Query 1786 TTACAAACCCGATGATGATCGATACTAAACCGGACCCGGACCAGTTGATCCGTGTCGAAC 1845
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1782 TTACAAACCCGATGATGATCGATACTAAACCGGACCCGAACCAGTTGATCCGTGTCGAAC 1841
Query 1846 CGGAATCTTTATCCTCAATAGTGACAAACCCTACATCCAAATCCGGTCACAACTCAACCC 1905
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||
Sbjct 1842 CGGAATCTTTATCTTCAATAGTGACAAACCCTACATCCAAAACCGGTCACAACTCAAACC 1901
Query 1906 ATGGAACGATGTCGTTAGGGTCAACGTTTGACTTTTCCTTGTACGGTAACCAAGCTGTGA 1965
||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1902 ATGGAACGACGTCGTTGGGGTCAACGTTTGACTTCTCCTTGTACGGTAACCAAGCTGTGA 1961
Query 1966 CATACGCTGGTGAAGGAGGGCCACGTGGTGACGTTTCCTTGACGCTTGGGTTACAACGTA 2025
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||
Sbjct 1962 CATATGCTGGTGAAGGAGGGCCACGTGGTGACGTGTCGTTGACGCTTGGGCTACAACGTA 2021
Query 2026 ACGATGGTAACGGTGGTGTGAGTTTAGCGTTGTCTCCAGTGACGGCTCAAGGTGGCCAAC 2085
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2022 ACGATGGTAACGGTGGTGTGAGTTTAGCGTTGTCTCCGGTGACGGCTCAAGGTGGCCAAC 2081
Query 2086 TTTTCTACGGTAGAGACCACATTGAAGAAGGACCGGTTCAATATTCAGCGTCGATGTTAG 2145
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2082 TTTTCTACGGTAGAGATCACATTGAAGAAGGACCGGTTCAATATTCAGCGTCGATGTTAG 2141
Query 2146 ATGATGATCAAGTTCAGAATTTGCCTTATAGGAATTTGATGGGAGCTCAATTACTTCATG 2205
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2142 ATGATGATCAAGTTCAGAATTTGCCGTATAGGAATTTGATGGGAGCTCAATTACTTCATG 2201
Query 2206 ATATTGTTTGAGATTAAAAGATTAGGACCAAAGTTATCGATACATATTTTCCAAAACCGA 2265
||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||
Sbjct 2202 ATATTGTTTGAAATTAAAAGATTAGGACCAAA-TTATCGAAACATATTTTTCAAAACCGA 2260
Query 2266 TTCGGTTATGTAACGGTTTAGTTAGATAAAAACCAAATTAGATATTT-ATATATACCGTT 2324
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 2261 TTCGGTTATGTAACGGTTTAGTTAGATAAAAACCAAATTAGATATTTTATATAAACCGTT 2320
Query 2325 GTCTGATTGGATTGGAGGATTGGTGGACA-AGGAGATATTATTAATGTATGAGTTAGTTG 2383
||||||||||||||| ||||||||||||| || | |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2321 GTCTGATTGGATTGGGGGATTGGTGGACACAG-ATATAT-ATTAATGTATGAGTTAGTTG 2378
Query 2384 GTTCGTCAATATCACTTGTAGGAtattttcattttgttttttaaaatatattattgagag 2443
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||
Sbjct 2379 GTTCGTCAATATCACTTGTAGGATATTTTCATTTTCTTTTTAAAAATATATTTTTGAGAC 2438
Query 2444 gtttt 2448
|||||
Sbjct 2439 GTTTT 2443
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 92483114860
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5