BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G42140.1 Length=3429 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg949110 jgi|Araly1|949110|scaffold_800997.1 5121 0.0 > Ahg949110 jgi|Araly1|949110|scaffold_800997.1 Length=3295 Score = 5121 bits (2773), Expect = 0.0 Identities = 3080/3229 (95%), Gaps = 17/3229 (1%) Strand=Plus/Plus Query 30 GCAGGCTTTAATTGCTTTGAAGAAAGGTGCTCAACTCTTGAAATATGGTCGGAAAGGAAA 89 ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 68 GCAGGCTCTAATTGCATTGAAGAAAGGTGCTCAACTGTTGAAATATGGTCGGAAAGGAAA 127 Query 90 GCCAAAGTTCTGTCCCTTTAGACTTTCCAATGATGAGACATCTTTGATCTGGATTTCAAA 149 ||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 128 GCCTAAGTTTTGTCCATTTAGACTCTCCAATGATGAGACATCTTTGATCTGGATTTCAAA 187 Query 150 TGGTGGAGAAAAACGATTGAAGTTAGCAACTGTATCTAAGATTGTTCCAGGACAAAGAAC 209 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 188 TGGTGGAGAAAAACGATTGAAGTTAGCAACTGTATCTAAGATTGTTCCAGGACAGCGAAC 247 Query 210 TGCTGTTTTCCAACGTTACCTTCGCCCGGATAAGGATTATTTATCTTTTTCCCTTATATA 269 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 248 TGCTGTTTTCCAACGTTACCTTCGCCCGGATAAGGATTATTTATCTTTTTCCCTAATATA 307 Query 270 CTCTAACAGGAAGCGGACTCTTGACTTGATTTGCAAGGACAAAGTTGAGGCAGAGGTGTG 329 ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 308 CTCCAACAGGAAGCGGACTCTTGATTTGATTTGCAAGGACAAAGTTGAGGCAGAGGTGTG 367 Query 330 GATAGCTGGCCTAAAAGCTTTGATATCTGGTCAGGCTGGCCGCTCTAAAATTGACGGCTG 389 ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 368 GATAGCTGGTCTCAAAGCTTTGATATCTGGTCAGGCTGGCCGCTCTAAAATTGACGGCTG 427 Query 390 GAGTGATGGAGGCCTTTCTATTGCTGACAGTAGAGACTTGACATTAAGCAGTCCTACCAA 449 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 428 GAGTGATGGAGGCCTTTCTATTGCTGACAGCAGAGACTTGACATTAAGCAGTCCTACCAA 487 Query 450 CAGCTCAGTTTGTGCTTCTCGAGATTTTAACATTGCTGATAGTCCCTACAATTCAACCAA 509 |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||| Sbjct 488 CAGCTCAGTTTGTGCTTCTCGAGATTATAACATTGCTGAGACTCCCTACAATTCAACCGC 547 Query 510 TTTTCCCAGGACTTCTAGAACTGAGAATTCTGTCAGTTCTGAAAGGTCACATGTGGCATC 569 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 548 TTTTCCCCGGACTTCTAGAACTGAGAATTCTGTCAGTTCTGAACGGTCACATGTGGCATC 607 Query 570 AGATAGCCCAAATATGTTAGTACGAGGAACTGGATCAGACGCGTTCCGGGTTAGTGTCTC 629 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| || Sbjct 608 AGATAGCCCAAATATGTTAGTACGAGGACCTGGATCAGACGTGTTCCGGGTTAGTGTTTC 667 Query 630 TAGTGTTCAAAGCAGCTCAAGTCATGGTTCTGCTCCAGATGATTGTGATGCTCTAGGTGA 689 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 668 TAGTGTTCAAAGCAGCTCAAGTCATGGTTCTGCTCCAGATGATTGTGATGCTCTAGGTGA 727 Query 690 TGTTTATATATGGGGTGAAGTGCTATGTGAGAATGTTACCAAATTCGGAGCTGATAAGAA 749 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 728 TGTTTATATATGGGGTGAAGTGCTATGTGATAATGTTACCAAATTCGGGGCTGATAAGAA 787 Query 750 TATTGGTTATCTTGGTTCAAGGTCTGATGTTCTGATTCCAAAGCCATTGGAGTCCAATGT 809 | | ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||| Sbjct 788 TGCTAGTTGTGTTGGTTCAAGGTCTGATGTTCTGATTCCAAAGCCGTTAGAATCCAATGT 847 Query 810 AGTTTTGGATGTCCATCACATAGCATGTGGTGTTAAGCATGCTGCTCTAGTCTCTAGGCA 869 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 848 AGTTTTGGATGTCCATCACATAGCATGTGGTGTTAGGCATGCTGCTCTAGTCTCTAGGCA 907 Query 870 AGGTGAGGTTTTTACATGGGGTGAAGCATCCGGAGGACGTCTTGGCCATGGAATGGGAAA 929 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 908 AGGTGAGGTTTTTACATGGGGTGAAGCATCCGGAGGACGTCTTGGCCATGGAATGGGAAA 967 Query 930 AGATGTTACTGGACCACAGCTTATTGAGTCTCTAGCTGCTACTAGTATTGATTTTGTTGC 989 |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| Sbjct 968 AGATGTTACTGGGCCTCAGCTTATTGAGTCTCTAGCTGCTACTAGTGTTGACTTTGTTGC 1027 Query 990 CTGTGGTGAGTTCCATACATGCGCTGTCACAATGACAGGAGAGATTTACACATGGGGTGA 1049 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1028 CTGTGGTGAGTTCCATACATGCGCTGTCACAATGACAGGAGAGATTTACACATGGGGTGA 1087 Query 1050 TGGAACACACAATGCAGGACTTCTCGGCCATGGTACCGATGTAAGTCACTGGATACCTAA 1109 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1088 TGGAACACACAATGCAGGACTTCTCGGCCATGGTACCGATGCGAGTCACTGGATACCTAA 1147 Query 1110 GAGAATATCAGGTCCCCTTGAAGGTCTTCAAATTGCTTCCGTATCCTGTGGACCATGGCA 1169 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1148 GAGAATATCAGGTCCTCTTGAAGGTCTTCAAATTGCTTCCGTATCCTGTGGACCATGGCA 1207 Query 1170 CACCGCTTTGATAACGTCAACTGGACAGCTTTTTACTTTTGGAGATGGGACGTTTGGTGT 1229 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| Sbjct 1208 CACCGCTTTGATAACATCAACTGGACAGCTTTTTACATTTGGAGATGGGACTTTTGGTGT 1267 Query 1230 TTTAGGGCATGGTGACAAGGAAACTGTATTTTACCCGAGAGAAGTTGAATCTTTATCTGG 1289 ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1268 TTTAGGGCATGGTGACAAGGAAACTGTATTTTATCCAAGAGAAGTTAAATCTTTATCTGG 1327 Query 1290 TTTGAGGACCATTGCTGTTGCATGCGGTGTATGGCATGCTGCTGCAATAGTAGAAGTCAT 1349 |||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1328 TTTGCGGACTATTGCTGTTGCATGTGGTGTATGGCATGCTGCTGCAATAGTAGAAGTCAT 1387 Query 1350 TGTCACTCACTCAAGTTCAAGTGTTTCATCAGGAAAGCTGTTCACATGGGGTGATGGTGA 1409 ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1388 TGTCACTCAGTCAAGTTCAAGTATTTCATCAGGAAAGCTGTTCACATGGGGTGATGGTGA 1447 Query 1410 CAAGAGCCGTCTTGGTCATGGAGATAAAGAGCCTCGGCTTAAACCAACATGTGTATCAGC 1469 ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1448 CAAAAGCCGTCTTGGTCATGGAGATAAAGAGTCTCGGCTTAAACCCACATGTGTATCAGC 1507 Query 1470 TCTAATTGACCATACTTTTCACAGAGTTGCATGTGGACATAGTTTAACAGTTGGTTTGAC 1529 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1508 TCTAATTGACCATACTTTTCACAGAGTTGCATGTGGACATAGTTTAACAGTTGGTTTGAC 1567 Query 1530 AACATCGGGAAAAGTTTACACAATGGGTAGTACAGTATATGGTCAACTAGGGAATCCCAA 1589 |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1568 CACATCGGGAAAAGTTTACACGATGGGTAGTACAGTTTATGGTCAACTAGGGAATCCCAA 1627 Query 1590 TGCTGATGGGAAACTTCCTTGCTTAGTAGAGGATAAACTAACAAAGGATTGTGTTGAAGA 1649 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1628 TGCTGATGGGAAGCTTCCTTGCTTAGTAGAGGATAAACTAACTAAGGATTGTGTTGAAGA 1687 Query 1650 AATAGCATGTGGAGCTTATCATGTAGCAGTTTTAACATCTCGAAATGAAGTGTTTACATG 1709 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1688 AATAGCATGCGGAGCTTATCATGTAGCAGTTTTAACATCTCGAAATGAAGTATTTACATG 1747 Query 1710 GGGCAAGGGTGCCAATGGGAGATTAGGTCATGGAGATGTTGAGGACCGTAAGGCACCAAC 1769 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1748 GGGGAAGGGTGCCAATGGGAGATTAGGTCATGGAGATATTGAGGACCGTAAGGCACCAAC 1807 Query 1770 TCTTGTTGATGCTTTGAAAGAGAGACATGTAAAAAATATTGCATGCGGTTCAAACTTCAC 1829 |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| Sbjct 1808 TCTTGTCGATACTTTGAAAGAGAGACATGTAAAAAATATTGCCTGTGGTTCAAACTTCAC 1867 Query 1830 AGCAGCAATATGTCTTCATAAATGGGTTTCTGGTACGGAGCAATCTCAATGTTCAGCTTG 1889 ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1868 AGCAGCAATATGTCTTCATAAATGGGTTTCTGGCACTGAGCAATCTCAATGTTCAGCTTG 1927 Query 1890 TAGACAGGCTTTCGGATTCACACGAAAAAGACACAATTGTTACAACTGTGGACTTGTCCA 1949 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1928 TAGACAGGCTTTCGGATTCACACGAAAAAGGCACAATTGTTACAACTGTGGACTTGTCCA 1987 Query 1950 CTGCCATTCATGCAGTTCAAAGAAATCACTGAAAGCTGCTTTGGCCCCTAATCCAGGCAA 2009 |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1988 CTGCCATTCATGCAGTTCCAAGAAATCACTAAAAGCTGCTTTGGCCCCTAATCCAGGCAA 2047 Query 2010 GCCTTACCGTGTCTGCGATTCATGTCACTCTAAACTAAGTAAAGTGTCAGAAGCTAATAT 2069 |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 2048 GCCTTATCGTGTCTGCGATTCATGTTACTCTAAACTAAGTAAAGTGTCAGAAGCTAGTAC 2107 Query 2070 TGATAGCAGGAAGAATGTTATGCCACGACTTTCCGGTGAGAACAAGGACAGATTGGATAA 2129 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2108 TGATAGCAGGAAGAATATTATGCCACGACTTTCCGGTGAGAACAAGGACAGATTGGATAA 2167 Query 2130 AACTGAGATAAGATTGGCTAAATCAGGAATACCGTCAAATATAGATTTGATCAAGCAGTT 2189 | | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| | Sbjct 2168 AGCCGAGATAAGATTGGCTAAATCAGGAATACCATCAAATATAGATTTGATCAGGCAGCT 2227 Query 2190 GGATAACAGGGCAGCTAGACAAGGAAAGAAGGCAGACACATTCTCTCTTGTCCGCACTTC 2249 ||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2228 GGATAGCAGGGCAGCTAGACAAGGAAAGAAGGCGGATACATTCTCTCTTGTCCGCACTTC 2287 Query 2250 CCAAACACCTCTAACACAACTTAAAGATGCTTTGACTAATGTGGCTGACTTACGCCGTGG 2309 ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 2288 CCAAACACCTCTAACACAACTTAGAGATGCTCTGACTAATGTGGCTGACTTACGGCGTGG 2347 Query 2310 GCCACCAAAACCAGCAGTAACTCCGTCT--AGC----TCCAGACCTGTGTCACCTTTCTC 2363 |||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||| |||||||||||||||| Sbjct 2348 GCCACCAAAACCAGCAGTAACTCCATCTGGAGCAAGCTCCAGATCTGTGTCACCTTTCTC 2407 Query 2364 AAGGAGATCTAGTCCTCCTCGTTCAGTCACTCCCATTCCTTTAAACGT-TGGTCTTGGTT 2422 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||| Sbjct 2408 AAGGAGGTCTAGTCCTCCTCGTTCAGTCACTCCCATTCCTTTGA-CGGCTGGTCTTGGTT 2466 Query 2423 TTTCAACAAGTATAGCTGAGAGTTTGAAGAAGACAAATGAGCTTCTGAATCAGGAAGTAG 2482 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 2467 TTTCAACAAGTATAGCTGAGAGTTTGAAGAAGACAAATGAACTTCTGAATCAGGAAGTAG 2526 Query 2483 TCAGATTGCGCGCTCAGGCCGAGAGTCTGAGGCACCGATGCGAGGTCCAAGAATTCGAAG 2542 ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 2527 TCAAATTGCGCGCCCAGGCCGAGAGTCTGAGGCACAGATGCGAGGTCCAAGAATTCGAAG 2586 Query 2543 TCCAGAAATCTGTGAAAAAAGTACAAGAAGCAATGAGCCTGGCAGCAGAGGAATCTGCCA 2602 | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2587 TTCAGAAATCTGTGAAAAAAGTACAAGAAGCAATGAACCTGGCAGCAGAGGAATCTGCCA 2646 Query 2603 AATCAGAAGCCGCAAAAGAAGTTATAAAATCTCTAACAGCACAGGTCAAGGATATAGCTG 2662 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 2647 AATCAGAAGCCGCAAAAGAAGTTATAAAATCTCTGACAGCTCAGGTCAAGGATATAGCTG 2706 Query 2663 CGCTGCTACCACCGGGTGCTTACGAAGCTGAGACCACACGGACAGCTAATTTATTGAACG 2722 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2707 CGCTGCTACCACCGGGTGCTTACGAAGCTGAGACCACACGGACAGCTAATTTATTGAACG 2766 Query 2723 GGTTTGAGCAAAATGGATTTCACTTTACGAATGCAAATGGACAACGTCAATCAAGATCTG 2782 ||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||| |||||| Sbjct 2767 GGTTTGAGCAAAACGGATTTCACTTCGCTAATGCAAATGGACAGCGTCAATCACGATCTG 2826 Query 2783 ATTCAATGAGCGACACCTCACTTGCTTCTCCTTTGGCTATGCCCGCTCGTTCAATGAATG 2842 |||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2827 ATTCAATGAGTGACACCTCACTTGCTTCGCCTATGGCTATGCCCGCTCGTTCAATGAATG 2886 Query 2843 GACTTTGGCGGAATTCGCAGTCGCCAAGAAACACAGATGCAAGCATGGGCGAACTTCTAA 2902 |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2887 GACTCTGGCGAAATTCCCAGTCGCCAAGAAACACAGATGCAAGCATGGGCGAACTTCTAA 2946 Query 2903 GTGAGGGGGTCCGAATCAGTAATGGTTTCTCAGAAGATGG--AC----G---AAACTCAA 2953 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||| Sbjct 2947 GTGAGGGGGTCCGAATCAGTAATGGTTTCTCAGAAGATGGTGACAACCGCCGAAACTCAA 3006 Query 2954 GAAGCTCAGCAGCATCAGCTTCAAATGCTTCTCAAGTGGAGGCAGAGTGGATTGAACAAT 3013 ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | Sbjct 3007 GAAGCTCAGCAGCCTCAGCTTCAAATGCTTCTCAAGTGGAGGCGGAGTGGATCGAACAGT 3066 Query 3014 ATGAACCTGGTGTTTATATAACACTTTTGGCTCTAGGCGATGGAACTAGAGATCTCAAAC 3073 ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3067 ATGAACCTGGTGTTTATATAACACTATTGGCCCTAGGCGATGGAACTAGAGATCTCAAAC 3126 Query 3074 GTGTGCGCTTTAGCCGGCGACGATTCAGGGAGCAACAAGCAGAAACATGGTGGTCAGAGA 3133 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| Sbjct 3127 GTGTGCGCTTTAGCCGGCGAAGATTCAGGGAGCAACAGGCAGAAGCATGGTGGTCAGAGA 3186 Query 3134 ATCGCGAAAGAGTATACGAGAAGTACAACATTCGCGGTACCGATAGATCAAGTGTGGCAA 3193 ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 3187 ATCGCGAAAGAGTGTACGAGAAGTACAACATTCGTGGTACCGATAGATCAAGCGTGGCAA 3246 Query 3194 CATCACCTATATCTCAATCACAATTCTAGACATGAACCGAAAACAACGA 3242 ||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||| |||||||||| Sbjct 3247 CATCACCTATATCACAATCTCAATTCCAGACATGAACCAAAAACAACGA 3295 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 129471863346 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5