BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G42140.1
Length=3429
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg949110 jgi|Araly1|949110|scaffold_800997.1 5121 0.0
> Ahg949110 jgi|Araly1|949110|scaffold_800997.1
Length=3295
Score = 5121 bits (2773), Expect = 0.0
Identities = 3080/3229 (95%), Gaps = 17/3229 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 30 GCAGGCTTTAATTGCTTTGAAGAAAGGTGCTCAACTCTTGAAATATGGTCGGAAAGGAAA 89
||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 68 GCAGGCTCTAATTGCATTGAAGAAAGGTGCTCAACTGTTGAAATATGGTCGGAAAGGAAA 127
Query 90 GCCAAAGTTCTGTCCCTTTAGACTTTCCAATGATGAGACATCTTTGATCTGGATTTCAAA 149
||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 128 GCCTAAGTTTTGTCCATTTAGACTCTCCAATGATGAGACATCTTTGATCTGGATTTCAAA 187
Query 150 TGGTGGAGAAAAACGATTGAAGTTAGCAACTGTATCTAAGATTGTTCCAGGACAAAGAAC 209
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 188 TGGTGGAGAAAAACGATTGAAGTTAGCAACTGTATCTAAGATTGTTCCAGGACAGCGAAC 247
Query 210 TGCTGTTTTCCAACGTTACCTTCGCCCGGATAAGGATTATTTATCTTTTTCCCTTATATA 269
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 248 TGCTGTTTTCCAACGTTACCTTCGCCCGGATAAGGATTATTTATCTTTTTCCCTAATATA 307
Query 270 CTCTAACAGGAAGCGGACTCTTGACTTGATTTGCAAGGACAAAGTTGAGGCAGAGGTGTG 329
||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 308 CTCCAACAGGAAGCGGACTCTTGATTTGATTTGCAAGGACAAAGTTGAGGCAGAGGTGTG 367
Query 330 GATAGCTGGCCTAAAAGCTTTGATATCTGGTCAGGCTGGCCGCTCTAAAATTGACGGCTG 389
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 368 GATAGCTGGTCTCAAAGCTTTGATATCTGGTCAGGCTGGCCGCTCTAAAATTGACGGCTG 427
Query 390 GAGTGATGGAGGCCTTTCTATTGCTGACAGTAGAGACTTGACATTAAGCAGTCCTACCAA 449
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 428 GAGTGATGGAGGCCTTTCTATTGCTGACAGCAGAGACTTGACATTAAGCAGTCCTACCAA 487
Query 450 CAGCTCAGTTTGTGCTTCTCGAGATTTTAACATTGCTGATAGTCCCTACAATTCAACCAA 509
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 488 CAGCTCAGTTTGTGCTTCTCGAGATTATAACATTGCTGAGACTCCCTACAATTCAACCGC 547
Query 510 TTTTCCCAGGACTTCTAGAACTGAGAATTCTGTCAGTTCTGAAAGGTCACATGTGGCATC 569
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 548 TTTTCCCCGGACTTCTAGAACTGAGAATTCTGTCAGTTCTGAACGGTCACATGTGGCATC 607
Query 570 AGATAGCCCAAATATGTTAGTACGAGGAACTGGATCAGACGCGTTCCGGGTTAGTGTCTC 629
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||
Sbjct 608 AGATAGCCCAAATATGTTAGTACGAGGACCTGGATCAGACGTGTTCCGGGTTAGTGTTTC 667
Query 630 TAGTGTTCAAAGCAGCTCAAGTCATGGTTCTGCTCCAGATGATTGTGATGCTCTAGGTGA 689
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 668 TAGTGTTCAAAGCAGCTCAAGTCATGGTTCTGCTCCAGATGATTGTGATGCTCTAGGTGA 727
Query 690 TGTTTATATATGGGGTGAAGTGCTATGTGAGAATGTTACCAAATTCGGAGCTGATAAGAA 749
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 728 TGTTTATATATGGGGTGAAGTGCTATGTGATAATGTTACCAAATTCGGGGCTGATAAGAA 787
Query 750 TATTGGTTATCTTGGTTCAAGGTCTGATGTTCTGATTCCAAAGCCATTGGAGTCCAATGT 809
| | ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||
Sbjct 788 TGCTAGTTGTGTTGGTTCAAGGTCTGATGTTCTGATTCCAAAGCCGTTAGAATCCAATGT 847
Query 810 AGTTTTGGATGTCCATCACATAGCATGTGGTGTTAAGCATGCTGCTCTAGTCTCTAGGCA 869
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 848 AGTTTTGGATGTCCATCACATAGCATGTGGTGTTAGGCATGCTGCTCTAGTCTCTAGGCA 907
Query 870 AGGTGAGGTTTTTACATGGGGTGAAGCATCCGGAGGACGTCTTGGCCATGGAATGGGAAA 929
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 908 AGGTGAGGTTTTTACATGGGGTGAAGCATCCGGAGGACGTCTTGGCCATGGAATGGGAAA 967
Query 930 AGATGTTACTGGACCACAGCTTATTGAGTCTCTAGCTGCTACTAGTATTGATTTTGTTGC 989
|||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 968 AGATGTTACTGGGCCTCAGCTTATTGAGTCTCTAGCTGCTACTAGTGTTGACTTTGTTGC 1027
Query 990 CTGTGGTGAGTTCCATACATGCGCTGTCACAATGACAGGAGAGATTTACACATGGGGTGA 1049
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1028 CTGTGGTGAGTTCCATACATGCGCTGTCACAATGACAGGAGAGATTTACACATGGGGTGA 1087
Query 1050 TGGAACACACAATGCAGGACTTCTCGGCCATGGTACCGATGTAAGTCACTGGATACCTAA 1109
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1088 TGGAACACACAATGCAGGACTTCTCGGCCATGGTACCGATGCGAGTCACTGGATACCTAA 1147
Query 1110 GAGAATATCAGGTCCCCTTGAAGGTCTTCAAATTGCTTCCGTATCCTGTGGACCATGGCA 1169
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1148 GAGAATATCAGGTCCTCTTGAAGGTCTTCAAATTGCTTCCGTATCCTGTGGACCATGGCA 1207
Query 1170 CACCGCTTTGATAACGTCAACTGGACAGCTTTTTACTTTTGGAGATGGGACGTTTGGTGT 1229
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1208 CACCGCTTTGATAACATCAACTGGACAGCTTTTTACATTTGGAGATGGGACTTTTGGTGT 1267
Query 1230 TTTAGGGCATGGTGACAAGGAAACTGTATTTTACCCGAGAGAAGTTGAATCTTTATCTGG 1289
||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1268 TTTAGGGCATGGTGACAAGGAAACTGTATTTTATCCAAGAGAAGTTAAATCTTTATCTGG 1327
Query 1290 TTTGAGGACCATTGCTGTTGCATGCGGTGTATGGCATGCTGCTGCAATAGTAGAAGTCAT 1349
|||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1328 TTTGCGGACTATTGCTGTTGCATGTGGTGTATGGCATGCTGCTGCAATAGTAGAAGTCAT 1387
Query 1350 TGTCACTCACTCAAGTTCAAGTGTTTCATCAGGAAAGCTGTTCACATGGGGTGATGGTGA 1409
||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1388 TGTCACTCAGTCAAGTTCAAGTATTTCATCAGGAAAGCTGTTCACATGGGGTGATGGTGA 1447
Query 1410 CAAGAGCCGTCTTGGTCATGGAGATAAAGAGCCTCGGCTTAAACCAACATGTGTATCAGC 1469
||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1448 CAAAAGCCGTCTTGGTCATGGAGATAAAGAGTCTCGGCTTAAACCCACATGTGTATCAGC 1507
Query 1470 TCTAATTGACCATACTTTTCACAGAGTTGCATGTGGACATAGTTTAACAGTTGGTTTGAC 1529
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1508 TCTAATTGACCATACTTTTCACAGAGTTGCATGTGGACATAGTTTAACAGTTGGTTTGAC 1567
Query 1530 AACATCGGGAAAAGTTTACACAATGGGTAGTACAGTATATGGTCAACTAGGGAATCCCAA 1589
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1568 CACATCGGGAAAAGTTTACACGATGGGTAGTACAGTTTATGGTCAACTAGGGAATCCCAA 1627
Query 1590 TGCTGATGGGAAACTTCCTTGCTTAGTAGAGGATAAACTAACAAAGGATTGTGTTGAAGA 1649
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1628 TGCTGATGGGAAGCTTCCTTGCTTAGTAGAGGATAAACTAACTAAGGATTGTGTTGAAGA 1687
Query 1650 AATAGCATGTGGAGCTTATCATGTAGCAGTTTTAACATCTCGAAATGAAGTGTTTACATG 1709
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1688 AATAGCATGCGGAGCTTATCATGTAGCAGTTTTAACATCTCGAAATGAAGTATTTACATG 1747
Query 1710 GGGCAAGGGTGCCAATGGGAGATTAGGTCATGGAGATGTTGAGGACCGTAAGGCACCAAC 1769
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1748 GGGGAAGGGTGCCAATGGGAGATTAGGTCATGGAGATATTGAGGACCGTAAGGCACCAAC 1807
Query 1770 TCTTGTTGATGCTTTGAAAGAGAGACATGTAAAAAATATTGCATGCGGTTCAAACTTCAC 1829
|||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1808 TCTTGTCGATACTTTGAAAGAGAGACATGTAAAAAATATTGCCTGTGGTTCAAACTTCAC 1867
Query 1830 AGCAGCAATATGTCTTCATAAATGGGTTTCTGGTACGGAGCAATCTCAATGTTCAGCTTG 1889
||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1868 AGCAGCAATATGTCTTCATAAATGGGTTTCTGGCACTGAGCAATCTCAATGTTCAGCTTG 1927
Query 1890 TAGACAGGCTTTCGGATTCACACGAAAAAGACACAATTGTTACAACTGTGGACTTGTCCA 1949
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1928 TAGACAGGCTTTCGGATTCACACGAAAAAGGCACAATTGTTACAACTGTGGACTTGTCCA 1987
Query 1950 CTGCCATTCATGCAGTTCAAAGAAATCACTGAAAGCTGCTTTGGCCCCTAATCCAGGCAA 2009
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1988 CTGCCATTCATGCAGTTCCAAGAAATCACTAAAAGCTGCTTTGGCCCCTAATCCAGGCAA 2047
Query 2010 GCCTTACCGTGTCTGCGATTCATGTCACTCTAAACTAAGTAAAGTGTCAGAAGCTAATAT 2069
|||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2048 GCCTTATCGTGTCTGCGATTCATGTTACTCTAAACTAAGTAAAGTGTCAGAAGCTAGTAC 2107
Query 2070 TGATAGCAGGAAGAATGTTATGCCACGACTTTCCGGTGAGAACAAGGACAGATTGGATAA 2129
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2108 TGATAGCAGGAAGAATATTATGCCACGACTTTCCGGTGAGAACAAGGACAGATTGGATAA 2167
Query 2130 AACTGAGATAAGATTGGCTAAATCAGGAATACCGTCAAATATAGATTTGATCAAGCAGTT 2189
| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 2168 AGCCGAGATAAGATTGGCTAAATCAGGAATACCATCAAATATAGATTTGATCAGGCAGCT 2227
Query 2190 GGATAACAGGGCAGCTAGACAAGGAAAGAAGGCAGACACATTCTCTCTTGTCCGCACTTC 2249
||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2228 GGATAGCAGGGCAGCTAGACAAGGAAAGAAGGCGGATACATTCTCTCTTGTCCGCACTTC 2287
Query 2250 CCAAACACCTCTAACACAACTTAAAGATGCTTTGACTAATGTGGCTGACTTACGCCGTGG 2309
||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2288 CCAAACACCTCTAACACAACTTAGAGATGCTCTGACTAATGTGGCTGACTTACGGCGTGG 2347
Query 2310 GCCACCAAAACCAGCAGTAACTCCGTCT--AGC----TCCAGACCTGTGTCACCTTTCTC 2363
|||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2348 GCCACCAAAACCAGCAGTAACTCCATCTGGAGCAAGCTCCAGATCTGTGTCACCTTTCTC 2407
Query 2364 AAGGAGATCTAGTCCTCCTCGTTCAGTCACTCCCATTCCTTTAAACGT-TGGTCTTGGTT 2422
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||
Sbjct 2408 AAGGAGGTCTAGTCCTCCTCGTTCAGTCACTCCCATTCCTTTGA-CGGCTGGTCTTGGTT 2466
Query 2423 TTTCAACAAGTATAGCTGAGAGTTTGAAGAAGACAAATGAGCTTCTGAATCAGGAAGTAG 2482
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2467 TTTCAACAAGTATAGCTGAGAGTTTGAAGAAGACAAATGAACTTCTGAATCAGGAAGTAG 2526
Query 2483 TCAGATTGCGCGCTCAGGCCGAGAGTCTGAGGCACCGATGCGAGGTCCAAGAATTCGAAG 2542
||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2527 TCAAATTGCGCGCCCAGGCCGAGAGTCTGAGGCACAGATGCGAGGTCCAAGAATTCGAAG 2586
Query 2543 TCCAGAAATCTGTGAAAAAAGTACAAGAAGCAATGAGCCTGGCAGCAGAGGAATCTGCCA 2602
| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2587 TTCAGAAATCTGTGAAAAAAGTACAAGAAGCAATGAACCTGGCAGCAGAGGAATCTGCCA 2646
Query 2603 AATCAGAAGCCGCAAAAGAAGTTATAAAATCTCTAACAGCACAGGTCAAGGATATAGCTG 2662
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2647 AATCAGAAGCCGCAAAAGAAGTTATAAAATCTCTGACAGCTCAGGTCAAGGATATAGCTG 2706
Query 2663 CGCTGCTACCACCGGGTGCTTACGAAGCTGAGACCACACGGACAGCTAATTTATTGAACG 2722
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2707 CGCTGCTACCACCGGGTGCTTACGAAGCTGAGACCACACGGACAGCTAATTTATTGAACG 2766
Query 2723 GGTTTGAGCAAAATGGATTTCACTTTACGAATGCAAATGGACAACGTCAATCAAGATCTG 2782
||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||| ||||||
Sbjct 2767 GGTTTGAGCAAAACGGATTTCACTTCGCTAATGCAAATGGACAGCGTCAATCACGATCTG 2826
Query 2783 ATTCAATGAGCGACACCTCACTTGCTTCTCCTTTGGCTATGCCCGCTCGTTCAATGAATG 2842
|||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2827 ATTCAATGAGTGACACCTCACTTGCTTCGCCTATGGCTATGCCCGCTCGTTCAATGAATG 2886
Query 2843 GACTTTGGCGGAATTCGCAGTCGCCAAGAAACACAGATGCAAGCATGGGCGAACTTCTAA 2902
|||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887 GACTCTGGCGAAATTCCCAGTCGCCAAGAAACACAGATGCAAGCATGGGCGAACTTCTAA 2946
Query 2903 GTGAGGGGGTCCGAATCAGTAATGGTTTCTCAGAAGATGG--AC----G---AAACTCAA 2953
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||
Sbjct 2947 GTGAGGGGGTCCGAATCAGTAATGGTTTCTCAGAAGATGGTGACAACCGCCGAAACTCAA 3006
Query 2954 GAAGCTCAGCAGCATCAGCTTCAAATGCTTCTCAAGTGGAGGCAGAGTGGATTGAACAAT 3013
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |
Sbjct 3007 GAAGCTCAGCAGCCTCAGCTTCAAATGCTTCTCAAGTGGAGGCGGAGTGGATCGAACAGT 3066
Query 3014 ATGAACCTGGTGTTTATATAACACTTTTGGCTCTAGGCGATGGAACTAGAGATCTCAAAC 3073
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3067 ATGAACCTGGTGTTTATATAACACTATTGGCCCTAGGCGATGGAACTAGAGATCTCAAAC 3126
Query 3074 GTGTGCGCTTTAGCCGGCGACGATTCAGGGAGCAACAAGCAGAAACATGGTGGTCAGAGA 3133
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct 3127 GTGTGCGCTTTAGCCGGCGAAGATTCAGGGAGCAACAGGCAGAAGCATGGTGGTCAGAGA 3186
Query 3134 ATCGCGAAAGAGTATACGAGAAGTACAACATTCGCGGTACCGATAGATCAAGTGTGGCAA 3193
||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3187 ATCGCGAAAGAGTGTACGAGAAGTACAACATTCGTGGTACCGATAGATCAAGCGTGGCAA 3246
Query 3194 CATCACCTATATCTCAATCACAATTCTAGACATGAACCGAAAACAACGA 3242
||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3247 CATCACCTATATCACAATCTCAATTCCAGACATGAACCAAAAACAACGA 3295
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 129471863346
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5